The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
24
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CW7 B; 2E5L K; 2UXC K; 1HNX K; 2HHH K; 1I94 K; 4NXM K; 1J5E K; 1N36 K; 4JYA K; 4B3S K; 4JI4 K; 4GKJ K; 4JI5 K; 5A2Q O; 1FJG K; 4DV0 K; 3JAM O; 1IBK K; 2UUB K; 4X66 K; 4DR7 K; 1XMQ K; 4LFC K; 1HNZ K; 4DR6 K; 4OX9 K; 4DR2 K; 1IBL K; 4DR5 K; 4DUZ K; 1XNQ K; 5LMN K; 4LFB K; 5LMU K; 5IT9 O; 2UXD K; 4DV4 K; 4X62 K; 4DV6 K; 3T1Y K; 3T1H K; 4DR3 K; 3J7A P; 4JI0 K; 4KHP K; 1HNW K; 4LF8 K; 4LF7 K; 4X64 K; 4LF6 K; 2VQF K; 4LF5 K; 4CVN E; 4DUY K; 2VQE K; 1HR0 K; 3J81 O; 4LF9 K; 4YY3 K; 1N33 K; 4GKK K; 1IBM K; 2UUA K; 4DV1 K; 3OTO K; 4B3M K; 4DV2 K; 5BR8 K; 5LL6 Z; 1N34 K; 4JI7 K; 1XNR K; 4X65 K; 4DR4 K; 5AJ3 K; 4JI3 K; 4JI1 K; 2UUC K; 2F4V K; 4B3R K; 4JV5 K; 4DV5 K; 4V19 S; 4DR1 K; 4NXN K; 4DV3 K; 4AQY K; 5IWA K; 4K0K K; 5FLX O; 4YHH K; 2UU9 K; 1N32 K; 4JI6 K; 1XMO K; 3J7Y P; 4JI8 K; 4JI2 K; 4LFA K; 2ZM6 K; 3J80 O; 4LF4 K; 2UXB K; 4DV7 K; 4B3T K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HM9 A; 3O9R A; 1Q18 A; 1C0T A; 4OPA A; 2E5L K; 3O9T A; 1KCF A; 3KWG A; 3AGK A; 5T7B A; 1RTH A; 1WNS A; 2P9P B; 4CZE A; 3RWU A; 4R79 A; 1RTD A; 1JKH A; 3K9J A; 3VTI A; 3DLE A; 4DTJ A; 3RSE B; 1SZ2 A; 4L3Q A; 4CEZ A; 3AVA A; 4YDU C; 1VQ9 N; 3EKS A; 4CJV A; 1IJJ A; 3HSC A; 4IFV A; 1WBD A; 1YXQ A; 3SV4 A; 1NK7 A; 2X74 A; 2ASP A; 5KPR A; 4B1W B; 4DU1 A; 1SKW A; 4FWN A; 3HTV A; 3DOL A; 4Z4F A; 4CHN A; 1ATS A; 4FZX C; 1MDU B; 3ENO A; 2QA4 N; 2F8S A; 4FWS A; 5LJW A; 3HOS A; 2PY5 A; 3NVM A; 3T1H K; 1CZA N; 4LF8 K; 3OHR A; 2WOM A; 4X64 K; 3MEG A; 1S6Q A; 1C0F A; 5KPZ A; 4YOW A; 4YOU A; 1RBT A; 2ZJR L; 3TAB A; 3NVK A; 1D4X A; 2PYJ A; 2NZT A; 2OCE A; 1P8Z A; 3OTO K; 5AQQ A; 3HPG A; 2NRW A; 3E9L A; 4CZF A; 1NJI O; 4BGB A; 3NGZ A; 1C0U A; 4GY2 B; 4OPK A; 1YVN A; 3OS0 A; 2FSJ A; 2NRV A; 4BRE A; 3PX4 A; 3C6H A; 4UY8 O; 5MLC Q; 4WYB A; 2Q3S A; 2HMI A; 4KRF A; 3KLH A; 2PFU A; 1K8K B; 3HXM A; 2GUI A; 1ITG A; 3K5O A; 2GX9 A; 3DXK A; 4PL7 A; 5IWA K; 3G10 A; 3G0Z A; 3VEV A; 1N32 K; 4FWR A; 3ALY A; 4FK0 A; 4DF8 A; 3AV9 A; 5DK5 A; 2CGK A; 1S1T A; 2YV0 X; 3BY5 A; 3T3F A; 3UB5 A; 3OYM A; 3D2F A; 3KLI A; 2P9L B; 3IFR A; 1LW0 A; 3AO4 A; 4CES A; 2RN2 A; 2YHW A; 4RG8 A; 3VGM A; 3PY8 A; 5GAG P; 4E7I A; 2IC3 A; 4JHD B; 4DTM A; 3VOV A; 2QWO A; 4J2A A; 3THX A; 4HWI A; 3L2V A; 2ZJQ L; 1J5E K; 4BRL A; 3SAG A; 1N36 K; 3VQ4 A; 4XEI A; 1TK0 A; 3EZ5 A; 4M3R A; 2FBX A; 3VQE A; 4OPJ A; 2Q0R A; 3IAY A; 1S1X A; 1HNZ K; 4YOT A; 4OX9 K; 3EEQ A; 1SL0 A; 3O08 A; 3AAQ A; 1LCU A; 5E84 A; 3SCX A; 3HVR A; 1J5O A; 2P9N B; 2A42 A; 1RT1 A; 4I6M A; 1RDD A; 1JXE A; 4K41 A; 3QIP A; 4DG1 A; 5AQO A; 2P9I B; 3TSU A; 2E20 A; 2YHX A; 1G99 A; 4IOC L; 4JI0 K; 4NCB A; 3V81 A; 2HOE A; 3FZF A; 4EHU A; 1EWQ A; 4BR7 A; 3J8A A; 2O4I A; 4OKE A; 5LY3 A; 3V9W A; 3ZSR A; 4CVN E; 4DUY K; 5C12 A; 2E88 A; 2NRR A; 1J53 A; 5M1K A; 1JLC A; 2I7P A; 4Z94 A; 4DV1 K; 3U4L A; 3CC2 N; 1B92 A; 4A5B A; 4FM2 A; 3SQ4 A; 3U6F A; 1H1V A; 2QTD A; 3JXU A; 4ELV A; 1GLE G; 3PLA A; 1G15 A; 4QCL A; 1KSP A; 1VQ8 N; 3QBX A; 3NHG A; 4B3R K; 4BDP A; 2HBK A; 3WUH A; 1X9W A; 2FLO A; 4FL9 A; 4FJ5 A; 4I9L A; 4CZG A; 1YIT N; 3FFI A; 1RDC A; 3NFA A; 4IOA L; 5FLX O; 3LWM A; 4OPH A; 2OPQ A; 4RWT A; 1GLL O; 3THW A; 2F9T A; 1BQN A; 3I56 N; 2HBM A; 4WFN L; 4BC2 A; 4Z4C A; 2JWK A; 4BG9 A; 4RTF D; 3CCE N; 1VQM N; 4I2P A; 3LDQ A; 4EP5 A; 2P9S A; 4WQ5 C; 1NJY A; 5AZJ A; 1TKT A; 4DCH A; 1KFD A; 1NU0 A; 3ZYY X; 2YCH A; 5AQV A; 5FRO A; 4KHS A; 1HNX K; 4PY5 A; 1JCG A; 1S9G A; 1NLV A; 2Q97 A; 3VQC A; 1NKB A; 2ZE2 A; 4B3S K; 1ESV A; 3SLC A; 5SZT A; 3MX5 A; 4G1Q A; 4CJS A; 3GL1 A; 4ICL A; 1HJR A; 3OBW A; 3HOT A; 3AVF A; 4Z4I A; 4MQ3 A; 4LFC K; 4FSV A; 3ZEU A; 4OLA A; 1GOA A; 4GV3 A; 4KV8 A; 4KHW A; 3AVK A; 4LSN A; 3DXK B; 2QWQ A; 3TTD A; 1UAX A; 4A62 A; 3WXL A; 4X62 K; 3QIC A; 4O55 A; 1BWF O; 3J7A P; 4GVE A; 2GWK A; 1DLO A; 2F8T A; 3HRG A; 5KGX A; 3VET A; 3KLE A; 3M1F A; 4LF6 K; 4LF5 K; 3FR0 A; 1S9E A; 3L4Q A; 1HPZ A; 4B8C A; 5JLF A; 4H0T B; 4BR5 A; 3FE1 A; 3NF7 A; 3UKR A; 4BE0 A; 4DV2 K; 3THX B; 5LL6 Z; 2QWN A; 3SMP A; 3P83 D; 5AJ3 K; 4BRD A; 3CPW M; 5C2F A; 2AA4 A; 4BC3 A; 4CGH A; 3ATV A; 5EVZ A; 4QOZ B; 1NK9 A; 4F3O A; 5AQT A; 2QWP A; 4GV9 A; 3CJ1 A; 4E7L A; 1Z26 A; 1BUP A; 3EO3 A; 3K5N A; 2UU9 K; 3LDP A; 2WUS A; 3WQU A; 3VQ5 A; 3CCS N; 3A5N C; 2NRX A; 2NRZ A; 4KO0 A; 2A40 A; 4DFJ A; 4WQ5 A; 3QNN A; 3M3Z A; 3O9S A; 1VSH A; 3JS6 A; 2V7Y A; 2O8E A; 4BRA A; 4B08 A; 3V1R A; 2ATQ A; 2DFE A; 2QKB A; 3VMF B; 4FVU A; 3DOK A; 4JS5 A; 1KQS M; 4W5Q A; 4M3Z A; 4C1N I; 4CJ3 A; 4DU3 A; 1ASW A; 1VQK N; 5GAH P; 3CJB A; 3AVL A; 1JLE A; 5KRT A; 1D5A A; 2Q31 A; 2HF3 A; 5K14 A; 4CK2 A; 5A2Q O; 3SYZ A; 4FLW A; 3DLL L; 3CMA N; 1DT9 A; 3CPE A; 2ZJP L; 3TAR A; 1WBB A; 5BRF A; 2E6L A; 1ZBL A; 3K59 A; 4JKC A; 3IG1 A; 4DR2 K; 1IBL K; 5KTQ A; 5AQH A; 2NRT A; 5C2D A; 3SQ0 A; 1I3A A; 1HKB A; 2VYP A; 4J2D A; 1YAG A; 2E8A A; 5CY4 A; 3THW B; 4CEF A; 3MEC A; 5HRN A; 3A2F A; 3VQP A; 1RT2 A; 3HP9 A; 4QS8 A; 1VQ4 N; 1RTJ A; 5AQK A; 2KKZ A; 1GLC G; 3K9K A; 4Y1D A; 4B1U B; 3QEX A; 4I9Q A; 1J6Z A; 2D0O A; 1TVR A; 3J81 O; 2A1S A; 1J9A A; 4GVM A; 1NGB A; 3SJH A; 4O44 A; 3RMC A; 1S1V A; 3P39 A; 1SV5 A; 5KGW A; 4HVJ A; 3PIO L; 5BR8 K; 3HVT A; 3K0S A; 3VEW A; 4A61 A; 4CGI A; 4DR4 K; 1WSF A; 2DFH A; 3VF4 A; 3VF6 A; 1Q81 O; 3WNE A; 5J1E A; 1HYZ A; 4FXD A; 4IEE A; 1MWM A; 4BRP A; 4JS4 A; 3OYI A; 4H0X B; 5AZI B; 1HJO A; 4CI6 A; 4DSK A; 1EX4 A; 1X3M A; 2KLA A; 1YTU A; 1IG8 A; 3ID8 A; 2QXF A; 1YTA A; 2P9P A; 1BA0 A; 1TYQ A; 3BUZ B; 1ZC6 A; 3Q7C A; 1L3V A; 4FJ8 A; 2ZGY A; 3RSE A; 3EYZ A; 2G8H A; 4DLG A; 3SQ1 A; 3A8Y A; 2YKM A; 4M7X A; 3FZK A; 3EKU A; 1YJN N; 4LSL A; 2QKK A; 2OPR A; 1TKZ A; 1M90 O; 3RR7 A; 1S5J A; 1HPM A; 1JLQ A; 2KFZ A; 5C25 A; 1F21 A; 2GEM A; 3H45 C; 1UA0 A; 3UKR B; 2BAN A; 1Z25 A; 3L4I A; 3HJF A; 1XHZ A; 3RTV A; 1KD1 O; 3SPY A; 2DFF A; 1FKO A; 3SPZ A; 5FPM A; 4CGD A; 1X3N A; 3AVJ A; 4AHT A; 5C0Y A; 5C42 A; 4FJN A; 3SAH A; 4IXC A; 4O0I A; 2PZS A; 2Q2R A; 1WN7 A; 2E4L A; 1XMQ K; 1T6C A; 1XNQ K; 2B6A A; 5I9E B; 3Q7B A; 3TR8 A; 5JVH L; 5LMU K; 4LH5 A; 2UXD K; 4FLT A; 5AQJ A; 3LAN A; 1NJZ A; 3QFU A; 1R59 O; 2HNY A; 1L5U A; 4DV6 K; 2FBY A; 4CFC A; 3C6A A; 1BGX T; 1QTM A; 4H5V A; 4GMJ B; 1NK0 A; 1HNW K; 4OKK A; 2ZF5 O; 3RMA A; 4FJJ A; 2BTF A; 3G6E N; 3T7Z A; 3ULE B; 1KLN A; 4CJU A; 2G8U A; 4M7Y A; 1K8K A; 1TK5 A; 3CCQ N; 1QQN A; 1WLJ A; 1VSM A; 3GDQ A; 2OPS A; 4BG8 A; 1U4B A; 4B3M K; 4M3U A; 3SBG A; 5KQ8 A; 4BVO A; 4CBW A; 1L3S A; 4JI3 K; 1B9D A; 3U3G A; 4KI6 A; 4IO9 L; 4MDB A; 2QWR A; 2P9L A; 4IDH A; 4IZ9 A; 4CFB A; 4CJ5 A; 4DV5 K; 3DXM B; 4H0P A; 4TSX A; 4H8K A; 3H3O B; 4DR1 K; 3S41 A; 3MX2 A; 1W97 L; 3M8P A; 5D3G A; 5HBM A; 4YHH K; 4DU4 A; 1ZBI A; 2ASO A; 5HLF A; 3THY B; 4DFM A; 2YHB A; 1C1A A; 1S22 A; 4LF4 K; 2VWK A; 3PSF A; 3VES A; 3N4P A; 1NJX A; 1BA1 A; 3DRS A; 4YNQ A; 2G8W A; 3E9O A; 4DWI A; 3M6G A; 1VQ7 N; 2P9N A; 1OKJ A; 5AQP A; 2YNG A; 3RRG A; 1BL3 A; 2V7Z A; 4N41 A; 3HI0 A; 5M1O A; 2P9I A; 3OJS A; 3EE8 A; 1KTQ A; 4KH6 A; 1XC3 A; 4PWD A; 1Q86 O; 3MAQ A; 4DV0 K; 5EXW A; 5BPM A; 3VEX A; 3C6U A; 4X66 K; 4BR2 A; 5AQW A; 3CIP A; 5FDL A; 3E66 A; 2HBL A; 3D6R A; 3B6P A; 1U48 A; 1HYV A; 3VQ9 A; 4B9Q A; 4M3Y A; 4FJX A; 5ELZ A; 1X9S A; 1HNV A; 5HRR A; 2XY7 A; 2QEX N; 1TYQ B; 2CH6 A; 2G8F A; 1BIU A; 1U49 A; 3IS9 A; 3CC7 N; 2CH5 A; 2W42 A; 2Z1I A; 1BOT O; 1S72 N; 5EX5 A; 1OH5 A; 4DTR A; 4B1X B; 1A5W A; 2B4J A; 1RT3 A; 3KHY A; 3DRR A; 3NCI A; 4GKK K; 4JKG B; 2UUA K; 4XH1 A; 4DTO A; 1BIZ A; 1YVU A; 4IJN A; 1N34 K; 1NGD A; 1RDU A; 3AA5 X; 2YI1 A; 1RTI A; 1UWB A; 5AQR A; 1EO1 A; 5BRH A; 3D2E A; 5GIN A; 5F0X A; 1SAZ A; 3VEN A; 3VEO A; 4IFE A; 1Z6R A; 3QNO A; 2FSN A; 2HHS A; 1U45 A; 4CF1 A; 2G8K A; 4CJL A; 3FGU A; 3QIO A; 4YFU A; 2KHO A; 1IKV A; 3O5B A; 4LH4 A; 2V52 B; 3ZSQ A; 2UYT A; 2GWJ A; 4GNI A; 4U7B A; 4IG0 A; 4KAZ A; 3P31 A; 1NKE A; 2NUB A; 3DMJ A; 4FVM A; 1FK9 A; 4E7J A; 3KK1 A; 2OZS A; 1IH7 A; 4B9M A; 3V9S A; 1IV0 A; 5FRN A; 4NXM K; 1IO2 A; 3F9K A; 2ZWH A; 4GV6 A; 3H1V X; 1QHT A; 2DPN A; 4N76 A; 2D5R A; 4NCG A; 3PSI A; 3U8X A; 4NCA A; 4I7F A; 3L8B A; 4E89 A; 4ZTF A; 5JLH A; 3F73 A; 3BZC A; 5SWM A; 3OYK A; 4KB1 A; 1XQS C; 1NJW A; 3PX0 A; 3C0B A; 4W5O A; 5BR9 A; 3ULD A; 5LMN K; 2FXU A; 4CF9 A; 2GTD A; 4HCB A; 4WQ4 C; 1TKX A; 1HNI A; 3VGK A; 4IOX A; 4FWQ A; 3OBY A; 3MN9 A; 4YDU A; 2O4G A; 1E4F T; 2F7T A; 4DTX A; 3DLG A; 3OYF A; 2VQF K; 2XRI A; 4JK8 A; 4K25 A; 5JMV A; 3NH1 A; 2O8B B; 4E3S A; 3B8A X; 3AAR A; 3AO3 A; 3FZL A; 4CZH A; 5AR0 A; 2ZD1 A; 2Q36 A; 1TL3 A; 4AH9 A; 3LDO A; 5M1Q A; 2VGN A; 3RRH A; 1K6Y A; 2D4W A; 4CEQ A; 5J2Q A; 3K58 A; 3V1Q A; 4CEA A; 4HTU A; 3C6T A; 3AAP A; 4O8K A; 4DSL A; 5JS2 A; 1BIS A; 2P9U A; 3V4I A; 4FWO A; 1M1K O; 1YUW A; 2O8C B; 2KTQ A; 2D0A A; 1JCF A; 4CF2 A; 3UIQ A; 4UQG A; 4BC5 A; 3HM8 A; 3PUF A; 5CZ1 A; 3CCV N; 3AA3 A; 3ZSX A; 1Q82 O; 3T1A A; 3OA9 A; 3BF3 A; 4DB3 A; 2OTJ N; 3RMB A; 4J2E A; 1TKD A; 2XO7 A; 3O4W A; 3SQ2 A; 2YX6 A; 4H5T A; 4LY7 A; 3ENB A; 3SJJ A; 3BDP A; 1HX1 A; 4QS9 A; 3KZB A; 4C8O A; 3D7E O; 1BDG A; 1RCH A; 4EP4 A; 2AJQ A; 3R1X A; 3EE9 A; 3VQD A; 1FJG K; 2ITG A; 2RPI A; 1YHQ N; 4OO1 J; 3D2E B; 1IG9 A; 3KWI A; 3A5O C; 1DEJ A; 2E2O A; 3VA3 A; 4A2A A; 1OH7 A; 3KKR A; 3CM5 A; 4BRF A; 4CZM A; 4MLH A; 3S3N A; 4KH4 A; 3EZW A; 4AHV A; 4FZY A; 3WEE A; 1FW6 A; 1MU2 A; 3SMS A; 3S9H A; 2VWJ A; 3NGY A; 2O8D B; 3H08 A; 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