The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
24
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR1 K; 4DUY K; 4B3M K; 4KHP K; 4AQY K; 4JYA K; 4YY3 K; 4LF4 K; 3J7Y P; 3J80 O; 1XMQ K; 4YHH K; 1J5E K; 5LMN K; 4GKK K; 4K0K K; 4DV2 K; 4DR3 K; 2UXC K; 2F4V K; 4JI4 K; 2HHH K; 4DR4 K; 5A2Q O; 1N32 K; 4X64 K; 4DV4 K; 1N34 K; 2VQE K; 5LMU K; 5FLX O; 4JI0 K; 4LF5 K; 1XMO K; 2UXB K; 5LL6 Z; 5IWA K; 5BR8 K; 4B3S K; 1HR0 K; 4X66 K; 3T1Y K; 1IBL K; 1IBM K; 4NXN K; 4V19 S; 4DV0 K; 1XNR K; 3J81 O; 4X65 K; 4LFA K; 1XNQ K; 3JAM O; 4LF7 K; 4DUZ K; 4JI3 K; 2VQF K; 1HNX K; 5AJ3 K; 2UUB K; 4JI7 K; 1FJG K; 4X62 K; 1I94 K; 4DV1 K; 3T1H K; 5IT9 O; 4B3R K; 4DR5 K; 1HNW K; 1IBK K; 4DR6 K; 4JI2 K; 4CW7 B; 1N36 K; 4JI5 K; 4OX9 K; 4DV7 K; 3J7A P; 4NXM K; 4DV6 K; 4JI1 K; 1HNZ K; 2UXD K; 4LF9 K; 4B3T K; 2UUA K; 3OTO K; 4JI8 K; 4DV5 K; 4LFB K; 2UU9 K; 4LFC K; 2E5L K; 4JI6 K; 1N33 K; 4CVN E; 4GKJ K; 4DR7 K; 4LF8 K; 2ZM6 K; 4DR2 K; 2UUC K; 4LF6 K; 4JV5 K; 4DV3 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JJ2 M; 3L6Q A; 3H08 A; 3BP8 A; 3WXK A; 1NK7 A; 4XH5 A; 4AQY K; 1ZBL A; 3V81 A; 1SL2 A; 3VF2 A; 4IOC L; 1NU0 A; 5ADX H; 4A5A A; 2HF4 A; 4FWK A; 1ASW A; 5AQP A; 5AZJ B; 1RIL A; 3K0S A; 2WBN A; 4B3O A; 1T8E A; 3KD5 E; 3QNN A; 3S3O A; 2G8F A; 1NGH A; 1GLC G; 3NH1 A; 5LJV A; 3AVG A; 3HRG A; 5KPR A; 3CCR N; 1WBD A; 5KPZ A; 2F4V K; 1C0F A; 3THW A; 1KQS M; 1XQS C; 5HP1 A; 4RWT A; 2IVP A; 1KAZ A; 4CD1 A; 2Z1J A; 5EXW A; 2OTJ N; 1TUU A; 1O13 A; 3THV A; 3QIC A; 5HRP A; 3O4Q A; 3SPZ A; 4CJ4 A; 1RNH A; 3HTV A; 1GLA G; 4HCC A; 1SZ2 A; 4H0T B; 3NAE A; 4DU3 A; 2BDP A; 4LC9 B; 4CJU A; 3T1A A; 4DMN A; 4FJK A; 3DOL A; 2P9U B; 3THX A; 2IOC A; 4NYF A; 4IOA L; 4E3S A; 2O4I A; 1UA0 A; 1VSE A; 4IFY A; 1K8K A; 1NNE A; 1HNX K; 4XH4 A; 4DU1 A; 4BC4 A; 2HND A; 1FJG K; 2YV0 X; 4N47 A; 4A62 A; 1NJI O; 1KTQ A; 3A5O C; 2OZM A; 4PY5 A; 2IIR A; 3VQ4 A; 1RGI A; 1GOA A; 2D0B A; 2D0P A; 1YHQ N; 1KXP A; 4NCA A; 3C65 A; 3RMC A; 4PUO A; 2HHQ A; 1NLV A; 4EZ6 A; 3FZF A; 4BR5 A; 4CZE A; 5I42 A; 3ULE A; 2IC3 A; 4W5Q A; 3UB5 A; 2KZM A; 3UKU A; 4ID1 A; 3CM5 A; 3PSF A; 1S6P A; 3DI6 A; 4IWV A; 5I9E B; 3G25 A; 1W9H A; 1MDU B; 4KHS A; 3OYF A; 1UOC A; 5HOO A; 2Z1I A; 4CJ5 A; 4L3Q A; 4JV5 K; 4B9U A; 4DQS A; 4J8F A; 4QS9 A; 3WQT A; 4KHP K; 2QWQ A; 4F2R A; 4F9O A; 1ATN A; 2I7N A; 4FK4 A; 1Q8I A; 5LJW A; 1VQ6 N; 4H8K A; 1X9J A; 2ASO A; 4H4M A; 2X6N A; 4H0X B; 4H5V A; 3VGK A; 3D7E O; 3ZSZ A; 3CCS N; 4J2A A; 4JAX A; 1WUA A; 1RBR A; 3S3N A; 1ITG A; 4JEP A; 4B1Y B; 3V6D A; 2Q3S A; 3AO2 A; 3SPY A; 1Q18 A; 3TR8 A; 3OBY A; 3SNN A; 3LDS A; 4N41 A; 4G9Z A; 1E3M A; 4YOT A; 4F2S A; 4Z4H A; 3L2R A; 4CEQ A; 2UYT A; 1JL2 A; 4O4G A; 1ZC6 A; 4CZL A; 5EY4 A; 1CLQ A; 1E4F T; 4PKG A; 5FPN A; 1YJW N; 5AZJ A; 1J5O A; 3HJF A; 1EET A; 4C1N K; 4CZG A; 3P83 D; 3TU5 A; 4MO5 A; 2HHW A; 1LOT B; 3OY9 A; 2DFF A; 3WUH A; 4CEA A; 1SL0 A; 1EO1 A; 4DV0 K; 1VSD A; 3EE9 A; 2WON A; 4X65 K; 1RDB A; 2VG6 A; 4CD3 A; 4JKA A; 1XC9 A; 5J2Q A; 4H03 B; 1W97 L; 3CCE N; 2RF2 A; 2E20 A; 3DM2 A; 3KD1 E; 2QKK A; 3VET A; 5CZ1 A; 4YOV A; 5T7B A; 4M3Y A; 3AGR A; 3CJ7 A; 4AHR A; 3AA2 A; 4DSK A; 3K9J A; 1OH8 A; 4B3R K; 2Q1N A; 3T19 A; 3VQE A; 3HM8 A; 2P9U A; 4BAC A; 1C6V A; 2ITM A; 4BRL A; 2ZJP L; 1HJO A; 2E2P A; 2VWJ A; 2NRT A; 1I39 A; 4I2Q A; 1VK0 A; 4DV6 K; 1JCF A; 3EN9 A; 4EFH A; 4M7X A; 4JS5 A; 1XHX A; 3LP0 A; 3MAQ A; 2V52 B; 4FLV A; 3LAN A; 2E6M A; 1WSI A; 2NRX A; 1OH5 A; 2E2N A; 4YOX A; 4A61 A; 1QZ6 A; 5FRN A; 2HOE A; 4LF6 K; 2HBJ A; 3L4Q A; 4CGI A; 2O8D B; 4JKH A; 4BRE A; 1SS6 A; 3AVM A; 4K41 A; 2ZJQ L; 3SQ1 A; 3KLG A; 1CZB A; 3QDK A; 3AVH A; 1RDW X; 1C1B A; 3SYZ A; 2YKN A; 5DK5 A; 4CF1 A; 3CQX A; 5F0X A; 3VF6 A; 4IEI A; 4M41 A; 1NGA A; 1HX1 A; 1WSE A; 1L3T A; 4O5F A; 3KK3 A; 2GWJ A; 1ZBU A; 1BOT O; 5KGX A; 1SAZ A; 3PX6 A; 2CH5 A; 2KHO A; 2I7P A; 4CJQ A; 2PY5 A; 2AA4 A; 2FF3 B; 5AFU A; 1U49 A; 4B1V A; 4X64 K; 5JLH A; 1T7P A; 1YTU A; 3ZCM A; 3PSI A; 4MQ3 A; 1XMO K; 5C25 A; 5CZ2 A; 4ISF A; 4IXC A; 4U7B A; 4CFB A; 5KRS A; 4R79 A; 2FBT A; 4M63 C; 2H3G X; 3O9R A; 4CER A; 1CZ9 A; 4CK1 A; 1NGD A; 3DLG A; 3M8S A; 4AF1 A; 3VQ8 A; 2E2Q A; 2ASP A; 2IGI A; 2D5R A; 2OPP A; 1TL1 A; 4DUZ K; 1Y64 A; 3U6F A; 2WTU A; 2HHT A; 1HPZ A; 1HYS A; 3AY9 A; 3VQ9 A; 4FW1 A; 3HPO A; 2FSK A; 4DR5 K; 4CIF A; 3AAP A; 4BR9 A; 3K59 A; 4I6M B; 3BGR A; 1NJX A; 1WN7 A; 3OVN A; 3CER A; 4XH1 A; 1VQN N; 1EKE A; 2EHG A; 2HNY A; 5JVH L; 4CJP A; 3GL1 A; 1L3V A; 1U2V B; 2BH1 A; 1FXX A; 4FJJ A; 3HP6 A; 2ATQ A; 1TV6 A; 3P4I A; 1G15 A; 2VG5 A; 2Q36 A; 4KRE A; 5EU7 A; 1VQO N; 1QHA A; 4KB0 A; 1WLJ A; 2NRR A; 3G10 A; 4E7L A; 3VTH A; 2YCH A; 1SL1 A; 4FWM A; 4BRH A; 3EY1 A; 1RDC A; 1KCF A; 3OYD A; 4AM7 A; 4RCH A; 3NBP A; 1QQC A; 5J1E A; 1D4X A; 5FPD A; 1JL1 A; 2JGU A; 1YXQ A; 3OBW A; 3QBX A; 3QIO A; 1WOQ A; 1O1W A; 2UXC K; 2O8D A; 4KKO A; 1RTI A; 4F3O A; 3CJB A; 3O4N A; 1HQE A; 2BAN A; 1HJR A; 4C8O A; 4CHO A; 4K43 A; 2WFB A; 4B1U B; 4AHC A; 3I0S A; 1CXU A; 5TKW A; 4QS7 A; 1NK6 A; 2QWO A; 4FLT A; 1T05 A; 3ZSQ A; 1RBS A; 2CGL A; 3ENB A; 2JLE A; 1VQ4 N; 1L5U A; 3E01 A; 1IBL K; 1IBM K; 3CET A; 4CHP A; 5BRD A; 4NXN K; 1GLD G; 1HNI A; 3WNF A; 1S3X A; 3CME N; 3OHR A; 1QTM A; 3L3U A; 3WNH A; 4LFA K; 3M8P A; 3NCI A; 2QWN A; 1BIS A; 4K42 A; 3DRP A; 3DLE A; 4FSV A; 3M3Z A; 3PUF A; 3WEE B; 2I5J A; 3DRS A; 4OPJ A; 3OJS A; 4B1X B; 3HPG A; 1VQ7 N; 2OA8 A; 2XY7 A; 3AVI A; 4RW9 A; 4BDY A; 5H1S Q; 1BIZ A; 3AVL A; 5AQI A; 3MXI A; 1R59 O; 2NLX A; 3HST B; 4WFA L; 1S1U A; 2FBX A; 3CMA N; 4W5N A; 3LM2 A; 3TAM A; 4CEZ A; 3B6P A; 4M3U A; 1Q82 O; 1K9M O; 5HRN A; 1ZXO A; 4RW6 A; 1LCU A; 1XHZ A; 1LW0 A; 1S6Q A; 2NRZ A; 5HRR A; 3ID8 A; 3VA3 A; 1OH7 A; 2EWS A; 3I55 N; 4I6M A; 1Q86 O; 3LPU A; 4FJ9 A; 1XI1 A; 4DR1 K; 1NJY A; 4AHT A; 1ZYQ A; 4CI6 A; 5BN9 A; 1NWK A; 1YJ9 N; 1U2V A; 1H1V A; 4HVJ A; 3PLA A; 4IDH A; 3I0R A; 3D2F B; 4FYD A; 2YNI A; 1JLB A; 4CZM A; 3J7Y P; 3J80 O; 3VQ6 A; 3KK2 A; 4KTQ A; 4YHH K; 1XWL A; 3ZT2 A; 3DWL A; 1MU2 A; 2KW4 A; 3EEQ A; 4BR2 A; 4GKK K; 1L3S A; 2QM1 A; 4FK0 A; 3ZX2 A; 3MMV A; 2PYL A; 3RRG A; 1OKJ A; 1YAG A; 4QS8 A; 4DTU A; 3AVC A; 3V1R A; 1NK9 A; 4B9V A; 4ILG B; 1A5W A; 2Q97 A; 2OPS A; 4CJK A; 3KLI A; 3NGY A; 2G8U A; 4JK8 A; 4FJH A; 2XY5 A; 3SQ4 A; 5B8H A; 4BR4 A; 4CJT A; 3ZT1 A; 4CF9 A; 3ZSW A; 2QW9 A; 3OYK A; 5GAG P; 3D6R A; 3BF1 A; 3QFP A; 3M5R A; 3OW2 M; 3LZI A; 5SZT A; 2WOM A; 3Q7B A; 1Q9Y A; 2B4J A; 5AJ3 K; 3ZT4 A; 3M1F A; 1RBT A; 5E26 A; 3AVF A; 1TKD A; 5IT9 O; 3KWI A; 2E6L A; 2D4W A; 4E0D A; 3BZC A; 1X9S A; 3LAK A; 4LH4 A; 4FJ8 A; 4DR6 K; 5AQN A; 3OYI A; 1S1W A; 3WEE A; 4RW4 A; 4I2P A; 1KAX A; 2E1Y A; 1NGG A; 4GW6 A; 3GG4 A; 3QNO A; 2UUA K; 3DLK A; 5M1F A; 4JI8 K; 4IBN A; 3CXC M; 3C95 A; 4M42 A; 1D9F A; 4A5B A; 2KTQ A; 5C12 A; 4KAZ A; 4NB4 A; 4WQ5 A; 1YUW A; 4BVP A; 3WT0 A; 3CC7 N; 4DV3 K; 3IUC A; 5AZI B; 4BQL A; 5MLC Q; 3ISN C; 4BWJ A; 4M7Y A; 4AHV A; 4CJV A; 3ULD A; 1W2B M; 5GIN A; 2PYJ A; 1GLB G; 4CF2 A; 3SMP A; 3LDO A; 1NK0 A; 4HCB A; 5LMN K; 3H3O B; 4GV3 A; 3N4Q A; 4YFU A; 3FZH A; 4KO0 A; 4Q0B A; 1BGX T; 1QQN A; 4FLZ A; 2W41 A; 3SZ2 A; 2YX6 A; 3KK7 A; 4BR0 A; 3TAR A; 3D2F A; 4RG8 A; 4CZH A; 3SBT A; 2Q2R A; 3GBT A; 5C2F A; 4IG0 A; 4DSE A; 1QVF M; 1VSM A; 3LDP A; 2OAN A; 3H3N O; 3NF8 A; 3O6W A; 4HWI A; 4CEF A; 2HMI A; 1Z6R A; 4X66 K; 1N8R O; 1NMN A; 4FJ5 A; 4V19 S; 3HP9 A; 4CE9 A; 4OPA A; 3U9D A; 1W0H A; 4BRI A; 3TAP A; 3O3F A; 1HYV A; 2NZT A; 1TK5 A; 4CK3 A; 4C1N I; 3QEV A; 1DEJ A; 3CM6 A; 4FXD A; 4WYB A; 1ZBF A; 4KHW A; 3AAR A; 4H5W A; 2UUB K; 4F4K A; 4AH9 A; 5JVG L; 1YIJ N; 3TTD A; 1YVU A; 4I7F A; 4DFP A; 4BRQ A; 5BPN A; 2OPQ A; 3CFO A; 4W5T A; 1SKS A; 1U6Z A; 2QXF A; 4OLA A; 3KKS A; 1YF5 L; 4DLG A; 1N5Y A; 5E41 A; 1J9A A; 2P51 A; 1BA0 A; 3DOK A; 1VQ9 N; 3Q7C A; 4CEB A; 2UXD K; 4CJE A; 2O8B B; 4OKK A; 5I3U A; 4KI4 A; 4ZTF A; 4E7I A; 4WQ4 A; 1HKB A; 2W42 A; 4E7K A; 4DV5 K; 5KTQ A; 3V1O A; 5J2N A; 4UQG A; 4FWS A; 4HUE A; 3SV4 A; 4KH4 A; 4DUY K; 3BF3 A; 1EQY A; 5M1K A; 1RDD A; 3FZK A; 4FPA A; 4DG1 A; 3M8Q A; 4EIA A; 2VGN A; 4WF9 L; 3GE1 A; 3H1Q A; 4BVO A; 1T44 A; 2Q0U A; 4KTZ A; 5AQM A; 3AVN A; 3CF5 L; 4DTR A; 4CEO A; 5BRE A; 3CG7 A; 1HQU A; 4CK2 A; 1U04 A; 5AZI A; 2HBM A; 4Z0U A; 2D0O A; 4K25 A; 1K6Y A; 5KGW A; 3EZ5 A; 4JI4 K; 4C8K A; 3A0I X; 4E89 A; 3NMU A; 3VQP A; 4JI0 K; 3DLL L; 2OPR A; 1RDA A; 3ZLJ A; 4YOU A; 4KB1 A; 4CBU A; 3H46 O; 3VF4 A; 3OYA A; 2P9S B; 1HPM A; 1BL3 A; 5AQK A; 3CPE A; 3BZK A; 3RMA A; 4CEE A; 1QSL A; 3WXJ A; 2O4G A; 1DLO A; 4FJI A; 3OYL A; 4TSX A; 3CQY A; 4CZI A; 1BQN A; 4O0I A; 3SI6 A; 4CFA A; 1TK8 A; 1EXQ A; 2W6L A; 1WAJ A; 3V9U A; 2VQF K; 1NJW A; 3OS0 A; 4OKJ A; 4KHY A; 1BCM A; 3E66 A; 1IJJ A; 4MDA A; 2YHA A; 3L3V A; 1RT2 A; 2YJF A; 5HBM A; 3OYC A; 5BR9 A; 1LAW A; 1JLC A; 4ZHR A; 4OX9 K; 4FWR A; 1JLQ A; 2Q0R A; 4JNE A; 1EWR A; 3SCX A; 4CCH A; 5CYM A; 4JI6 K; 3U9Z A; 5FRM A; 4DTJ A; 4CVN E; 4BE0 A; 2ZJR L; 3G71 N; 3F2K A; 4PKI A; 3O80 A; 4RW8 A; 1M1K O; 3P1G A; 3M8R A; 2YKM A; 4CJ3 A; 2GEL A; 4DS5 A; 1DKG D; 2XO7 A; 4E7H A; 3A2F A; 4MO4 A; 3AA4 A; 4KH5 A; 3HPH A; 5AQJ A; 2O8B A; 3VQ7 A; 5AQO A; 1TYQ B; 1X3N A; 3DMJ A; 2G8I A; 4HUG A; 3L0Q A; 3FZL A; 3RTV A; 5TKY A; 4KHQ A; 4O8U A; 3CC4 N; 3TAG A; 3D0P A; 3ENH A; 3SMS A; 4K8Z A; 4A2B A; 4FLU A; 4FK2 A; 4JHD B; 3AGK A; 2LSN A; 1IKW A; 4DWI A; 3QES A; 1KAY A; 1S9G A; 1Q81 O; 4IG3 A; 3JXU A; 4FLY A; 3HI0 A; 4DU4 A; 2PBD A; 2HBL A; 1ASV A; 1G99 A; 4JK7 A; 3PO4 A; 4LSN A; 5BPM A; 4C8L A; 1N32 K; 4JK9 A; 3PX4 A; 4FZZ A; 4LH5 A; 3O08 A; 2KLA A; 4PQU A; 2VQE K; 2YHW A; 3BDP A; 4CBX A; 4O8K A; 1GLL O; 3VEO A; 1X9M A; 3JYT A; 3V9W A; 5LY3 A; 5AQG A; 1WSJ A; 3VQD A; 4CZF A; 1BI4 B; 1IG8 A; 1JXB A; 3QEW A; 4YOW A; 2RKI A; 3NGI A; 4IKF A; 2WC9 A; 3T7Z A; 2F9T A; 4DCH A; 1NM1 A; 3NE6 A; 4CHZ A; 1RT5 A; 3HVR A; 1IKV A; 4H4O A; 3H6E A; 4DTX A; 2P9S A; 2D0A A; 3QEP A; 4MLH A; 1HNW K; 4CW7 B; 5AQL A; 1BHL A; 1DGK N; 4KHU A; 3NGZ A; 3SBG A; 3KK1 A; 1S9E A; 3TSQ A; 2YHY A; 3RSE B; 3ZSO A; 3MED A; 1ASU A; 2P5G A; 3RMD A; 2NNW A; 4LFB K; 2UU9 K; 3VEY A; 3OYJ A; 4JD2 B; 4FW2 A; 3NH0 A; 2E5L K; 1GOC A; 1Z25 A; 3MN5 A; 4CJF A; 1IV0 A; 1F21 A; 1Z26 A; 4DR2 K; 1MWK A; 3ZSR A; 5J2P A; 4FOE A; 5AQW A; 4DS4 A; 4W5R A; 5BPL A; 4JRP A; 3SUQ A; 3RR8 A; 3QBW A; 5FRO A; 5CHI A; 3TAN A; 2YNF A; 5C42 A; 1QQM A; 1XC3 A; 1ZBH A; 5EX5 A; 3CJA A; 5SWM A; 5HRS A; 3O9Q A; 4YDU A; 4N76 A; 5JLF A; 4DTS A; 1RTJ A; 1BG3 A; 3CJ9 A; 3VPZ A; 1SKW A; 4B9N A; 2B6A A; 3VER A; 1TYQ A; 3C6A A; 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