The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
24
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XNR K; 4V19 S; 3JAM O; 4X66 K; 4DR4 K; 4CW7 B; 4AQY K; 4DR2 K; 4X65 K; 4JV5 K; 4LF6 K; 4DUY K; 1I94 K; 3OTO K; 5LMN K; 4X64 K; 5IT9 O; 3J7A P; 4NXN K; 4YHH K; 4LFB K; 4JYA K; 4LF9 K; 1IBM K; 2UUA K; 3T1Y K; 2E5L K; 2VQE K; 4DV7 K; 4DR6 K; 4CVN E; 4KHP K; 1XMO K; 4GKK K; 4JI8 K; 2HHH K; 4K0K K; 2UXD K; 4DV1 K; 4LF5 K; 4DUZ K; 1N34 K; 2UUC K; 1XNQ K; 1N32 K; 5FLX O; 1HR0 K; 4DV3 K; 1HNZ K; 4GKJ K; 5LMU K; 1HNX K; 4LFA K; 5A2Q O; 4LFC K; 4LF7 K; 4LF4 K; 4DR5 K; 4DV0 K; 4OX9 K; 2F4V K; 4DR1 K; 1FJG K; 2UU9 K; 5AJ3 K; 4JI3 K; 4B3M K; 1XMQ K; 3J7Y P; 4DR7 K; 5IWA K; 4LF8 K; 5BR8 K; 1IBL K; 4JI5 K; 1J5E K; 4DV6 K; 4B3T K; 1N36 K; 4X62 K; 4JI4 K; 1HNW K; 4DR3 K; 1IBK K; 3J81 O; 5LL6 Z; 4B3R K; 4JI7 K; 4DV4 K; 2UXB K; 4DV2 K; 4JI2 K; 2UXC K; 2UUB K; 4NXM K; 4YY3 K; 3T1H K; 4JI0 K; 4JI1 K; 4B3S K; 4DV5 K; 2VQF K; 4JI6 K; 2ZM6 K; 1N33 K; 3J80 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CF9 A; 4DFJ A; 5HL7 L; 1SQK A; 2ASP A; 1KVA A; 2O4I A; 3DXM B; 4IZ9 A; 3ENO A; 1RDU A; 3FE1 A; 3FFI A; 3NH2 A; 3ENH A; 1TKX A; 2RHK A; 3CHW A; 3HST B; 3LDN A; 5LJW A; 3CPW M; 2V7Z A; 3DOL A; 4ZTJ A; 4EP4 A; 3HL8 A; 1K8A O; 4B9S A; 2O8E A; 3CJA A; 1YTA A; 5DK5 A; 3V6D A; 4J2D A; 3ALY A; 4E7K A; 1IKW A; 3OA9 A; 4IFV A; 5JS1 A; 1RFQ A; 2NRH A; 3RR8 A; 1TK0 A; 3D7E O; 1KCF A; 3CCE N; 2HVI A; 2KZM A; 4FWS A; 2D0P A; 3VQQ A; 3FLC O; 1HNZ K; 4CJ3 A; 5A2Q O; 4N76 A; 4H4O A; 3O6W A; 1KLN A; 1NNE A; 4LF4 K; 1BL3 A; 4BQL A; 4KB1 A; 4OX9 K; 1HNV A; 3NVM A; 1RDC A; 3MN9 A; 4FW1 A; 5J2P A; 3JYT A; 1NK6 A; 4YOX A; 2QK9 A; 4BRL A; 3L3U A; 2YX6 A; 4H0T B; 2GTD A; 4DSE A; 3RSE A; 5KQ8 A; 2BUP A; 1N36 K; 1WAF A; 4H5W A; 3A8Y A; 4JKF A; 3VQ5 A; 3CD6 N; 1WN7 A; 3QEX A; 3CFR A; 1RDW X; 1TKT A; 1L5U A; 3M6G A; 1UWB A; 2Z1G A; 4RW7 A; 1YVN A; 3MEC A; 3VQP A; 3ZEU B; 4NCG A; 2ETJ A; 2E1Y A; 3HOT A; 5C2F A; 3O1W A; 3OJS A; 2I7N A; 5GIP A; 3RMD A; 1ZBI A; 1NG9 A; 2X74 A; 1T6D A; 1VRT A; 1TK8 A; 2HW3 A; 1KLM A; 4IFY A; 4DF4 A; 4CHP A; 2YNI A; 4H5R A; 5CY4 A; 3VER A; 2NLX A; 2B6A A; 4CGI A; 1R59 O; 1Q7Y O; 1VQM N; 3AVN A; 4RWT A; 3LZJ A; 3EE8 A; 1TAU A; 2EHG A; 1QQC A; 4CBW A; 3C7N B; 1IH7 A; 4JV5 K; 4BWJ A; 3OYE A; 1Q81 O; 2WBN A; 3HVT A; 4CZF A; 3CFO A; 4R5P A; 3THY B; 5AQN A; 4NXN K; 1LWE A; 5GAD P; 1P8Z A; 3CI5 A; 2O8C B; 4UQG A; 2QEX N; 3O80 A; 3E1Y A; 4DTS A; 2UUA K; 3T1Y K; 2XRI A; 5BRE A; 5HP1 A; 1WBB A; 3MEG A; 4G1Q A; 3OYN A; 4KHP K; 3MX5 A; 4WF9 L; 2Y1J A; 3U3G A; 4JKG B; 2UUC K; 5EVZ A; 2FSJ A; 3UE5 A; 3G0Z A; 4JAX A; 3ASM A; 4CEB A; 1LW0 A; 3I56 N; 5LMU K; 4WQ5 A; 3GDQ A; 4Z4E A; 1S1U A; 3D2E A; 4CF1 A; 3W0L A; 3MWP A; 2AA4 A; 4FWO A; 1ATN A; 4ISF A; 5GIN A; 3VPZ A; 3GBT A; 1BOT O; 1SL0 A; 3OYL A; 1LW2 A; 3D6R A; 5AQM A; 1M1K O; 4IOA L; 1RT6 A; 4CBX A; 1Q82 O; 2O8D B; 5C15 A; 3O08 A; 4DFM A; 4CZH A; 3NHG A; 1S1T A; 1J6Z A; 2QWO A; 1EQY A; 2PYL A; 2PYJ A; 3C6A A; 4CZM A; 3CCR N; 4FWL A; 4AF1 A; 2HVH A; 4BRC A; 3RRH A; 2YKM A; 1T44 A; 3NBP A; 2Z1H A; 4YNQ A; 3ZYY X; 4XH4 A; 5FRM A; 1EWR A; 2RF2 A; 4YOV A; 4CBU A; 4W5N A; 4O4G A; 2G8U A; 3GOI A; 3T1A A; 4H0Y B; 1UA1 A; 2P9I B; 3VGM A; 3ZCM A; 3SCX A; 4XEI A; 5EXW A; 4DSI A; 1XHX A; 1EKE A; 3FZM A; 3KKR A; 4DF8 A; 1N5Y A; 2YV0 X; 3THW B; 2QXL A; 1NK8 A; 4X65 K; 1M90 O; 1Q9X A; 2RN2 A; 1ATS A; 3EY1 A; 5LMN K; 4XH5 A; 1SAZ A; 4ILH A; 2PY5 A; 5IT9 O; 1LAV A; 3U8X A; 1T03 A; 3DXM A; 4EHT A; 2WUS A; 3AO2 A; 3WNE A; 4FO0 A; 2LSN A; 1FW6 A; 5C12 A; 3LPU A; 5GIO A; 3CQ8 A; 5AQT A; 4CVN E; 4GKK K; 5GAE P; 1HPZ A; 2D5R A; 4EP5 A; 4GY2 B; 4JI8 K; 4KI4 A; 1ZXO A; 1L3U A; 5AQG A; 4BR4 A; 3CJB A; 3SJH A; 1VQ5 N; 4IO8 A; 1GLF O; 3QER A; 2A5X A; 1I39 A; 3D45 A; 3CJC A; 1KD1 O; 3UIQ A; 2KW4 A; 4CJ4 A; 1QSS A; 3SYZ A; 3NDK A; 1YIT N; 1TK5 A; 2FBT A; 1Z05 A; 3E01 A; 4CJV A; 2OTL N; 3RR7 A; 4DR5 K; 4CJS A; 1XC9 A; 5AQS A; 4FJK A; 4Y1D A; 4E7L A; 2PFU A; 2UU9 K; 2HHV A; 3O9S A; 5HRR A; 1QQN A; 5F1X A; 1VQ6 N; 4I9L A; 2IIR A; 1FXX A; 4BRO A; 4DR7 K; 1KFD A; 4LF8 K; 1NKB A; 3JS6 A; 3UB5 A; 3LWL A; 1GLL O; 5HRS A; 2IVO A; 3TTD A; 4H0P A; 3KJV A; 3QFU A; 4CIE A; 4ILG B; 4F3O A; 4DQR A; 4DU1 A; 3VQC A; 4I9Q A; 1MWM A; 4YOT A; 3H3O B; 3S3O A; 3B8A X; 3FZK A; 4DTU A; 2E88 A; 3C6T A; 4Y0W A; 3EKU A; 5HRP A; 3ENB A; 3J8A A; 2W6K A; 2HMI A; 4BG8 A; 2UUB K; 5EU7 A; 4JKH A; 1V4T A; 4E7J A; 4NXM K; 2HHX A; 3EEQ A; 2CGJ A; 4KH5 A; 1LWF A; 2BTF A; 3AVL A; 1DT9 A; 2A1S A; 3LDP A; 3PSI A; 4CJW A; 4CEO A; 1W9H A; 1DGK N; 4FLV A; 1TKD A; 1Q9Y A; 3AVC A; 4AHU A; 4B9M A; 4A59 A; 3JAM O; 4DR4 K; 1C1C A; 3HPH A; 1D9D A; 1TYQ B; 1BWF O; 1NKC A; 3CMA N; 1U47 A; 3VQ8 A; 3ZSR A; 3ZLJ A; 3SNN A; 3NFA A; 2IDO A; 1VSI A; 3C7N A; 3CER A; 4A2A A; 3VQ7 A; 4HCB A; 4PHT X; 1T3V A; 3THY A; 5KGW A; 3DM2 A; 1XMO K; 3SPZ A; 3LDS A; 2O8C A; 3WXK A; 1JLE A; 2DFF A; 1XNQ K; 4ID1 A; 1ZBU A; 1X3N A; 3RRG A; 1NJI O; 2O8F B; 2V52 B; 4BQZ A; 2JGU A; 4JKG A; 4M3T A; 2YHY A; 1VSE A; 1WUA A; 1IKV A; 2F96 A; 3CCV N; 3VQB A; 4R79 A; 2V7Y A; 4AHS A; 5AJ3 K; 3GG4 A; 5AQU A; 3BF1 A; 4E1M A; 4FWK A; 3PX6 A; 5BR9 A; 3VF6 A; 3J7Z O; 3FR0 A; 3EKS A; 4U67 L; 3HZ6 A; 1RT3 A; 2PZS A; 5C25 A; 5CZ2 A; 4B1U B; 1U2V A; 3VEN A; 4MDA A; 4B3T K; 4DQS A; 1RBV A; 3HI0 A; 3MWT A; 4FPA A; 3NH0 A; 2FSK A; 4DFP A; 2Q0R A; 1QQO A; 5AQH A; 4NCA A; 3LPT A; 3DLK A; 4H0O A; 4FK0 A; 4DG1 A; 3KZB A; 4FWM A; 3WEE B; 2HF4 A; 1S72 N; 4RW8 A; 1OH5 A; 1IJJ A; 5AQK A; 3S9H A; 4KO0 A; 1V4S A; 3T1H K; 4HTL A; 3JXU A; 2BDP A; 4M3W A; 3CPE A; 1S1X A; 3CC2 N; 4ELU A; 1VK0 A; 1WNS A; 1QVF M; 3L8B A; 4ZTF A; 1JLA A; 1BCO A; 2P9N A; 3H08 A; 4A62 A; 4E7I A; 1ZYQ A; 3OYK A; 3PIP L; 1I94 K; 5KGX A; 4U7B A; 3OTO K; 1TVR A; 3K0S A; 3KK7 A; 3L3V A; 1NK5 A; 1ILY A; 4CHN A; 2ZF5 O; 3Q7C A; 3B6O A; 3CCS N; 3SQ1 A; 4LH5 A; 3DOK A; 2HHS A; 3TAF A; 3K5O A; 2ITM A; 3BF3 A; 1SKS A; 3H1V X; 2RKI A; 3MAQ A; 4EAH D; 4FJN A; 2UXD K; 4CF0 A; 3OYD A; 4CK3 A; 3SQ4 A; 3AAR A; 3MN5 A; 4LY7 A; 4OPH A; 1HNX K; 3IMX A; 1RTD A; 2OPP A; 3TSP A; 1ASU A; 5SZT A; 3G10 A; 1HKC A; 1NLV A; 1EXQ A; 4KFB A; 1KXP A; 2VYP A; 4PKH A; 2P9K A; 3D2F B; 1YHQ N; 2CGL A; 3KLH A; 3LZI A; 1XMQ K; 1VSF A; 4A2B A; 4BY9 C; 2G8W A; 2DFE A; 4EHU A; 3QEV A; 3PO5 A; 3DLG A; 4PA1 A; 3PV8 A; 1NK9 A; 3QBX A; 3VQE A; 4GVE A; 4CGH A; 1S5J A; 3M5R A; 1VQN N; 1IBK K; 3J81 O; 4FW2 A; 4KH6 A; 1RT1 A; 5LL6 Z; 3AO1 A; 4DTM A; 1Z25 A; 2VWK A; 1JLF A; 1NGG A; 2J4R A; 3V9Z A; 4DV2 K; 4QCL A; 3KVG A; 1TAQ A; 3AVJ A; 3CM5 A; 1YT3 A; 1JCE A; 1U04 A; 3OYA A; 3AVH A; 4JI1 K; 4B3S K; 4B9N A; 2HBJ A; 3H46 O; 3PX4 A; 4JI6 K; 4KHW A; 5I3U A; 5AQZ A; 2WON A; 1N6Q A; 4QS8 A; 1GOB A; 3QEW A; 1MWK A; 4WQ5 C; 4ICL A; 4JNE A; 1C0U A; 4CGG A; 2YHX A; 3LAK A; 1JXB A; 4FJH A; 1OKJ A; 1O1W A; 3NF8 A; 3K57 A; 4B1Z A; 3P5J A; 1K6Y A; 1WB9 A; 3V4I A; 5EOY A; 3DRP A; 4YHH K; 4Z4F A; 5ADX H; 4DLG A; 1QQM A; 3OY9 A; 3VF4 A; 4W5T A; 3AVB A; 3ZT4 A; 1MDU B; 3EN9 A; 3K58 A; 4FJL A; 4BAC A; 3E9L A; 4EFH A; 2NRX A; 4RG8 A; 5D3G A; 1RT4 A; 3F73 A; 3K5N A; 3E9O A; 1YI2 N; 1EP4 A; 1NK7 A; 4BG9 A; 3AA2 A; 4YDU C; 4HVJ A; 2P9L A; 3LAN A; 1T05 A; 4CEE A; 4BC3 A; 1UOC A; 1KAZ A; 3UKR B; 2O8F A; 4IWV A; 2Q3S A; 4DQP A; 4CE9 A; 3CCJ N; 4CI6 A; 1KQS M; 3TPQ A; 5JLH A; 2F4V K; 4JN4 A; 3CET A; 2QWQ A; 3PX0 A; 2VWB A; 2G8F A; 3BEX A; 2X6N A; 5IWA K; 2F7T A; 4AM7 A; 2HHQ A; 3EO3 A; 3D0P A; 4AHV A; 5AZI A; 3NAE A; 5AQJ A; 3CJ7 A; 3T7Z A; 5C10 A; 3C65 A; 4BRF A; 4PKI A; 4Z4C A; 2BAN A; 2I7P A; 4RW6 A; 5J2N A; 1OH6 A; 4KHY A; 2GUP A; 4I2P A; 4B3R K; 3DLE A; 1QS4 A; 3KK3 A; 3H1Q A; 3FFK B; 2VG6 A; 4CFA A; 4WYB A; 2UXC K; 3OS1 A; 5M1P A; 4CJK A; 2O8B B; 3ZET B; 4BDY A; 1YTU A; 3I55 N; 4AHC A; 4CJP A; 4IDH A; 4BRN A; 4FJ5 A; 2QW9 A; 2D0B A; 2GEM A; 3NE6 A; 4BDZ A; 4ELT A; 2Q0U A; 4B9T A; 1X9J A; 2W6L A; 4CZI A; 4X66 K; 4RCH A; 1GLB G; 4K8X A; 4UY8 O; 3OYG A; 3SUN A; 4DSF A; 1BIU A; 4BRE A; 4CEA A; 4DUY K; 3OYH A; 4CHY A; 3LWM A; 4E0D A; 1TUY A; 1E4F T; 5AQV A; 4KAZ A; 1T6C A; 3HP9 A; 1Y97 A; 3IG1 A; 4W5Q A; 4ISG A; 1MU2 A; 3KLI A; 2YJE A; 1IBM K; 4O0J A; 1WAJ A; 4DR6 K; 2FC0 A; 3C6U A; 1GLC G; 3DLR A; 3SV4 A; 4MO4 A; 3VOV A; 1JL2 A; 4O55 A; 3NF6 A; 1N34 K; 2KHO A; 5AZJ B; 3ZSV A; 4M41 A; 3L0Q A; 2HHT A; 3IKM A; 4FJX A; 1LOT B; 1RCH A; 1ASW A; 1NJY A; 4GKJ K; 4DMN A; 1NK0 A; 4BR2 A; 5AQL A; 4M3R A; 3DXK B; 3VTH A; 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5FLX O; 1VQ9 N; 1QVG M; 1KTQ A; 4DSK A; 4C8M A; 3NMU A; 4IG0 A; 2B5J A; 4EZ6 A; 3NVK A; 4JHD B; 4N47 A; 3RTV A; 3ZSY A; 4IG3 A; 1KRP A; 1ATR A; 1T8E A; 1VQ7 N; 1YJW N; 3LM9 A; 2GUI A; 4F9O A; 4DR1 K; 1EX4 A; 4C23 A; 1S1W A; 3ULD A; 3O4N A; 3S3N A; 3V81 A; 4DU3 A; 4GVM A; 3MXI A; 3CQX A; 3VES A; 3L2R A; 1C0F A; 1GLD G; 3VEY A; 2ZJR L; 2VGM A; 3AO3 A; 3V9S A; 3VQ6 A; 2P9U B; 3HP6 A; 4FLX A; 3O8M A; 5BPN A; 4ELV A; 4AIL C; 5CE3 A; 1VQP N; 1HLU A; 4QS7 A; 3LDO A; 5BPL A; 1XHZ A; 4C8L A; 3QML A; 3BZK A; 1KFS A; 4OLA A; 4BR7 A; 2I5J A; 2UXB K; 4CES A; 2F8T A; 1ITG A; 3SZ2 A; 4JK8 A; 5F2R A; 2ASM A; 3O9U A; 5AFU A; 1QHT A; 3N4Q A; 3R3L A; 3CC7 N; 1NGD A; 1G99 A; 1L3V A; 3M8S A; 3FZF A; 3OW2 M; 4CZK A; 2E2P A; 1HX1 A; 4H0V B; 2IC3 A; 1SKW A; 4GNI A; 2FLO A; 5LJV A; 3J80 O; 1NKE A; 1YF5 L; 3QEI A; 5F0X A; 3LAL A; 2YJF A; 1QZ5 A; 4I6M B; 2YHA A; 4JRP A; 5M1Q A; 4YOR A; 4FPB A; 4F4K A; 4DHY A; 1RBS A; 4CHO A; 2X78 A; 3ZEU A; 2OZS A; 3MED A; 1Z6R A; 4FLT A; 3PO4 A; 4BVP A; 5JIC A; 4JD2 B; 1L3T A; 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