4JLHA

Hiv-1 integrase catalytic core domain a128t mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
138
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEFESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Integrase catalytic core domain
total genus 45
structure length 138
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4jlhA00
1QQCA 3NH2A 1S1VA 1TK8A 2HHQA 2IS3A 3AO2A 4M3WA 1SKSA 3V1QA 2IAJA 3VN5A 1LWCA 4BE1A 1BISA 4E3SA 1JLAA 1RBRA 4F2RA 1KLNA 1IO2A 4W5OA 2G8FA 4CJUA 4MQ3A 3P5JA 3DI6A 1HYSA 3JSMA 3D45A 3NDKA 1HYZA 4ID1A 4O0JA 4KHWA 4RW8A 3PX6A 1SUQA 4E7KA 4DTPA 3NH0A 1SKRA 3K57A 3AV9A 4GW6A 2ETJA 2Y1IA 1KVCA 4FK4A 2ZE2A 1EX4A 1NKEA 1JLFA 3SUPA 4CJTA 5J1EA 1GOAA 3HYFA 2Z1HA 4PA1A 1JLCA 2RKIA 2B6AA 4AILC 1VRTA 2Q3SA 4M3TA 3HK2A 1Q9XA 3TR8A 3KLFA 4F4KA 4RG8A 3AO4A 4KHSA 2QXFA 2X74A 4CGHA 5I42A 1SL0A 3QO9A 4DSLA 5EU7A 4ICLA 2D0CA 3SV3A 4E1NA 3RMAA 4KRFA 1QSYA 5I3UA 1L5UA 3TAMA 1NJXA 3AVKA 2XRIA 1TAQA 3OS1A 4FJMA 5HRSA 3LP1A 4FYDA 2P1JA 5KGWA 3K59A 2HNZA 3CFRA 2JGUA 1B92A 1BHLA 3KKRA 3IAYA 1W0HA 1KLMA 5CZ2A 3SQ1A 3VA3A 1VSMA 4RW7A 4CGJA 3HP9A 4M3UA 3AVNA 1HJRA 2XY8A 3V9WA 1I39A 4NCGA 3MEDA 3L8BA 4DSIA 4FJGA 4CF1A 4FZXC 5HRPA 3DLKA 4BDYA 4OKEA 2BANA 1CLQA 1A5VA 2X78A 1LAVA 3VQEA 1NK6A 2QK9A 4FLZA 1RBUA 1N5YA 1S1WA 1UAXA 1XWLA 3O3FA 2X6SA 2XHBA 5J2PA 4OKJA 1RBSA 5CZ1A 2R7YA 3TAGA 4CESA 1U4BA 1NOYA 1D9FA 2PYJA 3AVLA 5HRRA 4QAGA 4DQRA 2O4GA 1SL2A 3TARA 3KKSA 4Z4EA 1UA0A 3SUOA 2YKNA 4DMNA 2VG5A 3C6UA 4DSJA 4N56A 3AVBA 3P1GA 3KLGA 4DTXA 3HJFA 4CECA 1RT1A 3OYMA 3O3GA 4F8RA 1RTJA 4E19A 3ZSWA 3AO5A 3HSTB 4CJWA 3SQ4A 1U47A 2RPIA 5DMRA 3DMJA 3CM5A 2OZSA 3OS0A 4HVJA 4NYFA 1D5AA 4FJ9A 4I2QA 4B8CA 2VWJA 3CM6A 5CYMA 1EKEA 4O44A 2BE2A 4B9MA 4E7IA 1ITGA 3AVCA 4I2PA 4B08A 2W42A 1BCMA 4YFUA 1O1WA 3OYEA 5DK5A 4CE9A 4Z4IA 3KK3A 3O4NA 3U3YA 1XI1A 5J2MA 4CJ5A 3C94A 1KSPA 1B9DA 4C8OA 3DOKA 3NFAA 3KK2A 5E41A 2FBVA 2DFFA 4KB0A 4PQUA 1RT2A 2DY4A 1L3VA 4ELUA 3MEEA 3EYZA 3VQCA 1G15A 3QEVA 2KZZA 4FZYA 2E6MA 4O0IA 1LV5A 4AHCA 3K2PA 2OPPA 2Z1GA 3SI6A 3PX0A 2HHVA 2FC0A 1WLJA 4DTJA 4J2EA 3NBPA 3QEPA 3JYTA 3U6FA 3BGRA 4M42A 3PUFA 1QHTA 1RDBA 4LY7A 3QERA 4ELTA 4IFVA 1BGXT 3U3GA 3ZT3A 1HMVA 1VK0A 1WSGA 1NK7A 3MAQA 3TAEA 4CGIA 4OPKA 2XY6A 1RTHA 1S9GA 3AVIA 1T03A 1NJZA 2F96A 1BL3A 4DU1A 4E1MA 3KD1E 3LWLA 3QLHA 4Q5VA 4E7HA 1CXQA 1WSJA 3G10A 3OJUA 4DWIA 3DLHA 4BDPA 3V9UA 4M45A 2G8UA 3T19A 3DRPA 4KHNA 1S1UA 4DTOA 1LW0A 3PV8A 1L3TA 1ZBIA 1GOBA 1RTIA 3QNOA 4OLBA 2E4LA 1VSKA 4BWMA 3LANA 5HLFA 3L3VA 3O4QA 1RT7A 4CJSA 1WSFA 4CEFA 1NKBA 3AVJA 1WAFA 3DRSA 4DS5A 4O4GA 1WN7A 4LH4A 3SPYA 3ZSRA 4I9QA 4CEQA 3H08A 4LD0A 5JS2A 4CJ4A 1HNVA 4F2SA 2KQ2A 4FVMA 3OJSA 1T05A 4DG1A 3QEIA 5HROA 3TAPA 1NKCA 4IG3A 1TVRA 5K14A 3RRHA 2GUIA 2YHBA 4OKKA 2GV9A 3L3UA 1S1XA 4FW2A 4CEAA 3L2WA 3I0SA 1IKYA 3CFOA 4CEOA 4UQGA 4CJQA 3VQBA 3ZT2A 3KLEA 3TWHA 3QEXA 1R0AA 4OLAA 3HL8A 3SJJA 4DS4A 3OYHA 1BI4B 2FBTA 3OYGA 3HM9A 3NGIA 4N41A 1HRHA 3VQ7A 2EX3A 3HO1A 5JS1A 1Q9YA 3OY9A 4KB1A 1VSDA 4N76A 3ZT0A 3DRRA 1VSEA 4EP4A 4W5TA 3LZJA 2Z1JA 4FJLA 3AVFA 4CEDA 4KHQA 3ZSOA 4EZ9A 3DLBA 1QE1A 1C1CA 4E89A 4MFBA 3L2VA 2D0BA 4DTUA 3RTVA 3TI0A 1TV6A 4C8NA 3V9ZA 3UIQA 1GOCA 3ALYA 4J2DA 1RDCA 2I5JA 3NF8A 4G1QA 3ZCMA 3CYMA 4CJVA 1ZYQA 4B9TA 4TSXA 4IKFA 1SKWA 3ZT1A 3S3OA 4KKOA 4ZTJA 3NGYA 4AHTA 4BE2A 1NK0A 4CGGA 4DSKA 4FJIA 1X9MA 5CY4A 3K5LA 2D0AA 1UA1A 1S6PA 1DLOA 3ASMA 4OVLA 5FDLA 3NE6A 4AHRA 4JLHA 3AO3A 4KFBA 3V1RA 1TAUA 4CFDA 5J2QA 1WNSA 3PO5A 1ZBLA 4DQPA 1A5WA 3SZ2A 1HNIA 2X6NA 4LSLA 4CJEA 3WNFA 1Z26A 3F9KA 4DFPA 4B9UA 1XC9A 1BI4A 4FJNA 4H8KA 1JLGA 1RBTA 3HXMA 1C0UA 3LDSA 4E0DA 4FM0A 4DFJA 1XHZA 2OZMA 3T1AA 1FXXA 1JXBA 4AH9A 4B3OA 1BIZA 3C6TA 4Z0UA 2JLEA 3S3NA 4HHTA 2P5GA 1EETA 1YT3A 2YNFA 2YNIA 1NK9A 4EP5A 3C95A 4ZHRA 2DFHA 3AA4A 2ZQBA 3QNNA 3SQ0A 1J5OA 3AVGA 2Z1IA 3RWUA 1SV5A 2YV0X 3VQ6A 1B9FA 4C8KA 3G0ZA 4KI6A 1U49A 4FJKA 4FJ7A 4FK2A 3OYCA 3F73A 4DSFA 3QIPA 3ULDA 2HHWA 1HPZA 3K58A 2NUBA 1BCOA 4H4MA 3OS2A 2VG7A 3OYKA 3LAKA 4PY5A 1C6VA 1L3SA 3M8RA 4C8LA 3AO1A 4O5BA 4NCAA 4CHYA 4CJ3A 3OYAA 4KPYA 1W9HA 4CF0A 5FRMA 4CIEA 1TK5A 3RMBA 1F21A 1IKVA 3I0RA 1RDDA 3HPGA 1J9AA 1TL3A 1ZBUA 2IGIA 3ITHA 4KV8A 3PO4A 4FLVA 3WNHA 2F8TA 1C0MA 1X9SA 3MXIA 1Y97A 5FROA 1T8EA 1RDAA 4CEBA 3NCIA 3V81A 2ITGA 2EHGA 4FJHA 5KGXA 2FBXA 1T7PA 4OPJA 4W5QA 4HUFA 2AJQA 3VQ8A 1YVUA 4C8MA 4BACA 5C42A 2GBZA 4FM2A 4DFKA 1RILA 4DTMA 3V4IA 3SQ2A 1KFSA 3RRGA 2OYQA 3WNEA 5KRSA 2KZMA 4N47A 1J53A 4JRQA 4Q0BA 2HVHA 4FLYA 2BGGA 1A5XA 5FRNA 3D0PA 3ZSXA 4JRPA 1EP4A 2P51A 1QTMA 4DTRA 1QSSA 4CCHA 3V1OA 2HB5A 3QESA 4FZZA 1I3AA 3VQ5A 3QIOA 4CGFA 2XY5A 3K5NA 1RT3A 4ID5A 2IDOA 3PX4A 3S9HA 1S9EA 4I9LA 2YNHA 3EY1A 2D5RA 3S3MA 4DQSA 2QKKA 2G8KA 2HHXA 3A2FA 4O55A 4BE0A 2G8IA 2OPSA 3VQQA 4DFMA 5KRTA 4HCCA 4FLTA 4KTZA 3DOLA 3SUQA 1NJYA 4Z4FA 1XHXA 2ATQA 1NK5A 3VQPA 1JL1A 1KFDA 3NGZA 4KAZA 4L8RB 5T7BA 1D8YA 2KFNA 1RNHA 2HMIA 3MXMA 1NJWA 5SZTA 3HPOA 4FLWA 4JS4A 1NK8A 1HQUA 4FJ5A 2YNGA 1ASWA 3P83D 4Z4CA 1RT5A 3RMDA 4CJRA 4B9LA 4CF8A 4FLUA 2PY5A 1RT4A 2E6LA 3B6PA 4BDZA 4CK2A 3VA0A 2DFEA 4DU4A 3TAFA 1X9WA 3LP2A 4Z4HA 4CJLA 3HP6A 1VSJA 4LSNA 4CHZA 1JLBA 1QS4A 3SNNA 4KTQA 4CJPA 4DSEA 3SCXA 2VWKA 5KI6A 3NH1A 2OA8A 3EZ5A 3KJVA 2HHSA 1JLEA 1TKTA 3KK1A 3CFPA 4FJJA 2IC3A 1VSFA 2RN2A 1RBVA 1TGOA 2Y1JA 1ASUA 1C1AA 3HPHA 2G8HA 3AA3A 3WNGA 4DTNA 4CFBA 4F3OA 4KHYA 4CF2A 4FCYA 3T3FA 3THVA 4FJ8A 1KCFA 4CF9A 4Y1DA 3OYNA 4F3TA 1REVA 3KIOA 3DLGA 3AA2A 3ZSYA 2G8VA 1U04A 1BQMA 2PZSA 4J2BA 4KHUA 1WSEA 4FXDA 1LW2A 3IS9A 3QINA 4LH5A 4M3XA 4FJXA 3MECA 4DLEA 2LSNA 1TKZA 3L2QA 4B9SA 1S1TA 1X1PA 1IKXA 1ASVA 4HTUA 4J2AA 3DYAA 1KTQA 3LAMA 4FW1A 2YKMA 3LWMA 3LPTA 3LZIA 3RR7A 3KD5E 4PUOA 5KTQA 5SWMA 1LAWA 3CG7A 4HUGA 4B9NA 2KW4A 4OGCA 2IOCA 3VQDA 4W5RA 4DF8A 4M3ZA 1KVBA 3RR8A 4CJFA 3V6DA 1TKDA 4RW9A 1Z25A 3CQ8A 4DU3A 3SUNA 4AHVA 1ZBHA 4NCBA 1RTDA 3OYIA 3DLEA 2XY7A 4IFYA 4RW6A 3TABA 4BWJA 3QETA 3KLHA 1FKOA 3OYFA 1HYVA 1TKXA 1LWEA 3OYBA 4HUEA 3KLIA 4DTSA 4EZ6A 3HVRA 1BIUA 3B6OA 4W5NA 1DTTA 1EXQA 1KRPA 4GMJB 2ZD1A 1IKWA 3BDPA 4ZTFA 1VSIA 4N5SA 2WONA 3K5OA 3SPZA 1MU2A 2BDPA 1JKHA 4XIUA 1YTAA 4CK3A 2A1RA 2WOMA 3TAQA 4AHUA 3MEGA 2P5OA 1UOCA 4M3YA 2HW3A 3VQAA 2KTQA 3RMCA 2XO7A 2HHUA 2O4IA 4H4OA 1D9DA 4KREA 2KFZA 4GVMA 5C24A 4AHSA 3QEWA 1VRUA 3ZT4A 3KTQA 2HNDA 3L2RA 3DM2A 2HHTA 1U48A 3O3HA 3OVNA 3OYLA 4CEZA 2PYLA 3OYJA 1S6QA 4NYNA 1JXEA 4CFCA 4KO0A 4CERA 4CHOA 3M8SA 3AVAA 3TANA 3NF6A 3SV4A 3LP3A 2F8SA 3DLRA 4I7FA 4IG0A 2OPQA 4CHPA 2QKBA 1L3UA 1NOZA 2VG6A 4QCLA 1LWFA 1WSHA 3NHGA 4R5PA 4DLGA 5J2NA 1BQNA 4FM1A 3L2UA 4YNQA 3E01A 4OGEA 3AA5X 5C25A 1DTQA 1UWBA 3OYDA 1K6YA 4OJRA 3I8DA 3MXJA 1CXUA 3HT3A 4DQQA 1WAJA 2A1SA 1CZ9A 4B9VA 1FK9A 3VQ4A 4CHQA 4DQIA 3AVMA 3LPUA 1ZBFA 4CHNA 1SL1A 4CGDA 1Q8IA 4Y1CA 1NK4A 4HCBA 4CIGA 1U45A 1FKPA 4M41A 1RCHA 1TK0A 1RT6A 3NAEA 2HVIA 2DTUA 1JL2A 2B5JA 3LP0A 3M8QA 3ZSZA 3ZSVA 1IH7A 4B8AB 2YHAA 4CEEA 4E7LA 1CZBA 4DF4A 4KTWA 4CFAA 4CIFA 3PY8A 5HBMA 4FLXA 5CYQA 3ZSQA 2G8WA 3HVTA 4E7JA 1HQEA 1J54A 5HP1A 3M8PA 4QOZB 5D3GA 1TL1A 3IRXA 1JLQA 3NF9A 1KVAA 4Z4GA 1YTUA 2HNYA 1VSHA 5HRNA 4M3RA 4KI4A 3LALA 1WSIA 4JS5A 3SYZA 3NF7A 2B4JA 1C1BA 1VSLA 1QSLA 3V9SA 4K8ZA 4IDKA 2FBYA 1IG9A 3IG1A 1N6QA 4FK0A 4CJKA 4K8XA 3AVHA 4ELVA 2RF2A 4WE1A 4PWDA 1C0TA 2OPRA 3ISNC 3FFIA 1S5JA 4CK1A 3VQ9A 4RW4A 3K5MA 3V9XA 4IBNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3THWB 3SK3A 2HHQA 4CBWA 1C0FA 1SKSA 1LWCA 3CC7N 1JLAA 5FPEA 1J5EK 1HYSA 4BR4A 4ID1A 4WF9L 3PX6A 1SUQA 1NNEA 3R9PA 2GELA 4ILJA 1VQ5N 1NKEA 4BROA 3CPEA 5J1EA 1U2VA 4PA1A 4H5NA 1VRTA 4JK8A 2QXFA 4BG9A 1VQLN 3QO9A 5EU7A 2YI1A 4JKGB 2W6LA 3TAMA 4DR4K 3M5RA 4KBOA 5HRSA 3I8BA 1B92A 3LDNA 3IAYA 3SQ1A 1VSMA 3OBYA 4M3UA 2XY8A 3J7ZO 4FJGA 3WXMB 3CMAN 2BANA 1WB9A 4FLZA 1SQKA 3O3FA 2X6SA 4OKJA 1N32K 4JI8K 2O4GA 3WEEB 4BGBA 3KKSA 3TARA 4JI0K 4Z4EA 2QTDA 4DMNA 1N36K 4DSJA 4N56A 1JCGA 1OKJA 3LDLA 4DTXA 3HJFA 4DB3A 5AQUA 3T7ZA 3O3GA 5AZJB 2I7PA 5M1FA 5DMRA 3GOIA 4IDHA 3P39A 4B8CA 4DCHA 5CYMA 2W40A 1EKEA 2DPNA 2W42A 4YFUA 4GY2B 1KAZA 5C15A 5GINA 3U3YA 2ZJPL 5J2MA 3C94A 2HBKA 4M7XA 3CCSN 3NFAA 4A5AA 5AQLA 4KB0A 4PQUA 4ELUA 3QEVA 3VQCA 4LF9K 3UE5A 3CJAA 3SI6A 5GAGP 3VEYA 2FC0A 3JYTA 1M90O 3BGRA 5KPRA 2CGJA 1QHTA 3PUFA 4LY7A 1XMOK 2H3GX 4PKGA 2PFUA 5M1OA 1VK0A 1WSGA 3TAEA 3AVIA 4OO1J 3LWLA 4E7HA 3T19A 3DRPA 4KHNA 1S1UA 1L3TA 1ZBIA 1VSKA 1DGKN 5HLFA 3O4QA 2QI2A 3BZCA 1BU6O 1NWKA 4CJSA 4CEFA 1G99A 3ZLJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3THW B;  3SK3 A;  2HHQ A;  4CBW A;  1C0F A;  1SKS A;  1LWC A;  3CC7 N;  1JLA A;  5FPE A;  1J5E K;  1HYS A;  4BR4 A;  4ID1 A;  4WF9 L;  3PX6 A;  1SUQ A;  1NNE A;  3R9P A;  2GEL A;  4ILJ A;  1VQ5 N;  1NKE A;  4BRO A;  3CPE A;  5J1E A;  1U2V A;  4PA1 A;  4H5N A;  1VRT A;  4JK8 A;  2QXF A;  4BG9 A;  1VQL N;  3QO9 A;  5EU7 A;  2YI1 A;  4JKG B;  2W6L A;  3TAM A;  4DR4 K;  3M5R A;  4KBO A;  5HRS A;  3I8B A;  1B92 A;  3LDN A;  3IAY A;  3SQ1 A;  1VSM A;  3OBY A;  4M3U A;  2XY8 A;  3J7Z O;  4FJG A;  3WXM B;  3CMA N;  2BAN A;  1WB9 A;  4FLZ A;  1SQK A;  3O3F A;  2X6S A;  4OKJ A;  1N32 K;  4JI8 K;  2O4G A;  3WEE B;  4BGB A;  3KKS A;  3TAR A;  4JI0 K;  4Z4E A;  2QTD A;  4DMN A;  1N36 K;  4DSJ A;  4N56 A;  1JCG A;  1OKJ A;  3LDL A;  4DTX A;  3HJF A;  4DB3 A;  5AQU A;  3T7Z A;  3O3G A;  5AZJ B;  2I7P A;  5M1F A;  5DMR A;  3GOI A;  4IDH A;  3P39 A;  4B8C A;  4DCH A;  5CYM A;  2W40 A;  1EKE A;  2DPN A;  2W42 A;  4YFU A;  4GY2 B;  1KAZ A;  5C15 A;  5GIN A;  3U3Y A;  2ZJP L;  5J2M A;  3C94 A;  2HBK A;  4M7X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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