The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| total genus |
24
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR6 K; 4X64 K; 4LF7 K; 4X66 K; 4JV5 K; 4DR2 K; 2UUB K; 4LF4 K; 1N33 K; 2UU9 K; 1XMQ K; 5LMU K; 4OX9 K; 4DR7 K; 4JI4 K; 4CW7 B; 4DR5 K; 1HR0 K; 4JI7 K; 4DUZ K; 2F4V K; 4B3M K; 5BR8 K; 4LFC K; 1XNQ K; 4LFA K; 4DV7 K; 4B3S K; 4DR1 K; 1HNX K; 4DR3 K; 2HHH K; 4X65 K; 3J7A P; 4DV2 K; 4V19 S; 3J7Y P; 2UXC K; 3J81 O; 5IWA K; 3T1Y K; 1IBK K; 4X62 K; 4JI6 K; 1N34 K; 4DV5 K; 4LF6 K; 4NXM K; 5LMN K; 4DV3 K; 4LF5 K; 4CVN E; 2UUC K; 1IBM K; 4JI5 K; 4LF9 K; 1HNZ K; 1J5E K; 5IT9 O; 3JAM O; 2UUA K; 3OTO K; 4DUY K; 5AJ3 K; 4JYA K; 4DV6 K; 1IBL K; 4B3T K; 3T1H K; 4KHP K; 2E5L K; 4JI3 K; 5LL6 Z; 1HNW K; 1I94 K; 2UXD K; 4DR4 K; 1FJG K; 4DV0 K; 4DV1 K; 4JI8 K; 4LFB K; 4GKJ K; 4B3R K; 4JI1 K; 4YY3 K; 2VQF K; 4DV4 K; 4JI2 K; 4AQY K; 4NXN K; 4K0K K; 4LF8 K; 2VQE K; 4GKK K; 2UXB K; 2ZM6 K; 5A2Q O; 5FLX O; 1XNR K; 1N32 K; 4YHH K; 1N36 K; 3J80 O; 4JI0 K; 1XMO K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4U67 L; 3OYE A; 3V9U A; 4JS4 A; 2P9I A; 1RT1 A; 3PO5 A; 3IS9 A; 4RCH A; 4CZF A; 5EX5 A; 1CZB A; 2UYT A; 4CJV A; 3F2K A; 3LZJ A; 4JK7 A; 4HUF A; 4U7B A; 3ZT3 A; 1VRT A; 5M1P A; 3KK2 A; 1XWL A; 3KLG A; 1HPZ A; 2WOM A; 5C2D A; 4IJN A; 4JI4 K; 3KWI A; 2HF4 A; 3BZK A; 4E7J A; 1M90 O; 3E66 A; 2E2O A; 2ZGZ A; 3MX2 A; 3ZET A; 3FZH A; 3AO1 A; 2E8A A; 3UKU B; 4BR9 A; 2VWJ A; 4HUE A; 5ADX H; 2AA4 A; 4C1N K; 4DSJ A; 3L6Q A; 5AQN A; 1EWQ A; 1L3U A; 4X65 K; 2YHW A; 5JIC A; 4CHZ A; 4V19 S; 2OYQ A; 4BC2 A; 2PY5 A; 5IWA K; 3EYZ A; 1FXX A; 1U2V A; 5FRM A; 4PL7 A; 4H4M A; 3OW2 M; 4HWI A; 1FKO A; 4KHU A; 5HRP A; 3UKR A; 4NLC A; 1VHX A; 1W9H A; 4RG8 A; 1VAZ A; 2IVO A; 4F3O A; 2Q0U A; 4DTN A; 3L3V A; 2XY8 A; 2P9I B; 4FLT A; 5FPM A; 3ZSV A; 1J5E K; 4DQQ A; 4CF1 A; 1W97 L; 2JGU A; 5EOY A; 4LD0 A; 4Q5V A; 1B9D A; 1OVY A; 4AHC A; 5J2N A; 1WBD A; 1YIT N; 1EQY A; 2BE2 A; 3DLR A; 2VG6 A; 4JRQ A; 3LPT A; 3GG4 A; 4B1W B; 3SBT A; 3ZET B; 2ZJP L; 5AFU H; 1JCF A; 3ZYY X; 4CJS A; 2XY7 A; 4H0P A; 5AQS A; 4JK9 A; 3SV3 A; 1NU0 A; 3NF7 A; 2B6A A; 4KFB A; 2ZJR L; 3CFP A; 1TK0 A; 3IG1 A; 1NGI A; 3CCL N; 1GLL O; 3OS1 A; 4WYB A; 3E01 A; 3QNN A; 2O8C A; 3CET A; 4JN4 A; 1U2V B; 4CJ4 A; 3C95 A; 4Y1D A; 1VQ5 N; 4JI0 K; 4YFU A; 4BWM A; 1RT3 A; 3CM5 A; 4J2E A; 3UKR B; 2EWS A; 3NMU A; 3ENO A; 5FRN A; 3K5L A; 4DG1 A; 3EN9 A; 1IH7 A; 1K8A O; 2G8K A; 5SZT A; 1N33 K; 3KHY A; 4I2P A; 4FCY A; 3AVC A; 4M3W A; 3VF2 A; 2I5J A; 3AVH A; 1JL1 A; 4FWR A; 4ISG A; 4AF1 A; 5I3U A; 1HKG A; 1OH5 A; 4LSN A; 3FFI A; 1MA9 B; 4CHN A; 3KKR A; 1T8E A; 3HVT A; 1GOA A; 4DF4 A; 3KTQ A; 3KK7 A; 1ASW A; 1ILY A; 4B9U A; 2ZWH A; 4IO9 L; 1X9S A; 3QB0 A; 2NRX A; 1QQN A; 1RGI A; 3A8Y A; 3E9O A; 1DT9 A; 3AGK A; 5J1E A; 2NRW A; 2O8B A; 4IOA L; 3SZ2 A; 1NKC A; 4ZTJ A; 1T6C A; 4A61 A; 2DY4 A; 3PLA A; 4WCE L; 1MWM A; 4LF6 K; 2IIR A; 4QS8 A; 4OKE A; 3CC7 N; 2O8C B; 4E7I A; 4N5S A; 5AQF A; 4FZZ A; 1HNZ K; 1E4G T; 3BP8 A; 4PA1 A; 1BA1 A; 1JLC A; 3CXC M; 3MXI A; 3K9J A; 5CR4 A; 2WFB A; 5KPT A; 3V81 A; 1BQN A; 4DKW A; 1ATN A; 1KFD A; 4CZE A; 3T1H K; 4BRP A; 4FPA A; 1U6Z A; 4DR4 K; 3M3Z A; 3EZW A; 4IOX A; 1T05 A; 2HHS A; 1RFQ A; 3DM2 A; 3JS6 A; 3U6F A; 3ZX3 A; 2RHK A; 4AH9 A; 2IVP A; 2LSN A; 3QLH A; 3OS0 A; 2OAN A; 2E2Q A; 2PAV A; 3LDL A; 1GLE G; 2GWJ A; 2VQE K; 4O0I A; 3ZSW A; 3HOT A; 1NK5 A; 5F2R A; 2O8B B; 3V1O A; 3THX A; 2FSN A; 2R7Y A; 4RW7 A; 4H0O A; 4FWS A; 3CQX A; 4C1N I; 3HOS A; 4I2Q A; 3DAW A; 1U49 A; 3IMX A; 1W2B M; 4OGC A; 3CD6 N; 4O5F A; 3ZSY A; 2D5R A; 4F2R A; 4MDA A; 2QKB A; 4AHV A; 3D7E O; 4CJF A; 4I9L A; 4JKB A; 3L2Q A; 3O5B A; 2OPP A; 1YVU A; 3D2F A; 1RTH A; 4DFM A; 4CW7 B; 1QE1 A; 1FKP A; 3CCE N; 2GX9 A; 4E1J A; 3H1Q A; 5FPE A; 3SBG A; 3C6T A; 3LL3 A; 2Z1G A; 3EKS A; 3KLE A; 2F96 A; 3DRS A; 4KB1 A; 3SJJ A; 4JKA A; 4M3X A; 1SUQ A; 3E9L A; 3QIP A; 1VSE A; 4FM2 A; 4JS5 A; 4DS5 A; 2HW3 A; 1EX4 A; 1V4T A; 4FOI A; 4R79 A; 4CI6 A; 5C12 A; 4ILJ A; 4DV3 K; 1VQ4 N; 3ZT1 A; 3THX B; 4JI5 K; 1BG3 A; 3HPH A; 3Q7C A; 3P83 D; 3SAF A; 1CXQ A; 3QEI A; 3WNE A; 4CFA A; 4RTF D; 4BRC A; 2IGI A; 3S3M A; 3LWL A; 3WXJ A; 3O9U A; 4B3T K; 1HNI A; 3P31 A; 4CZG A; 4FLY A; 3IFR A; 4B1Y B; 3H6E A; 3D2F B; 3NFA A; 3CF5 L; 3CFO A; 2HNZ A; 3AVM A; 4IO8 A; 1YAG A; 3NH0 A; 1NK6 A; 1NOZ A; 4DV1 K; 4LFB K; 1WSE A; 3J7Z O; 3DRP A; 3IAY A; 4FK0 A; 1RT2 A; 4MLE A; 1RBU A; 1N6Q A; 4QS7 A; 4H0X B; 4CEE A; 5DM6 L; 1GLD G; 4BGA A; 1VSM A; 1N36 K; 3ZSO A; 4JKC A; 3VPZ A; 2E2N A; 3OBY A; 3RMB A; 4LY7 A; 4CES A; 3ATV A; 4CJW A; 4PUO A; 2Y1J A; 2W6K A; 4M45 A; 4ELV A; 2ITG A; 4ELU A; 3THV A; 2NZT A; 1S22 A; 5CHI A; 3AY9 A; 4DSI A; 3H46 O; 4LH4 A; 3SYZ A; 4H0Y B; 5CZ2 A; 4FL9 A; 3WUH A; 1C6V A; 5GIN A; 1NMD A; 2HMI A; 3U3Y A; 2Y1I A; 3DWL A; 5AQL A; 3FFK B; 1M1K O; 2KW4 A; 1HUX A; 3VF4 A; 2D0B A; 4CGF A; 4CE9 A; 3SAG A; 3M8S A; 3O6W A; 4N56 A; 3MDQ A; 3OYF A; 4IEI A; 2RE2 A; 4LFA K; 3V1R A; 1GLJ O; 2YHB A; 3J7A P; 4WQ4 C; 3K5O A; 3MAQ A; 1C0M A; 3D0P A; 4DF8 A; 3SNN A; 3J7Y P; 1C0G A; 1IV0 A; 1OKJ A; 3K9K A; 4FWN A; 1QSL A; 3L4Q A; 4TSX A; 4BC5 A; 1V4S A; 1U45 A; 5HRN A; 1VSK A; 3DMJ A; 3LAM A; 2ZQB A; 3WNF A; 4DCH A; 4DU4 A; 2XY6 A; 1JCG A; 3I56 N; 1LWC A; 3NF9 A; 4CZM A; 2FBV A; 1QSY A; 3DXM A; 3JAM O; 4KHN A; 1Q9X A; 1HNV A; 4CED A; 2FBT A; 4QAG A; 4JYA K; 4A57 A; 3CCQ N; 2A41 A; 2QEX N; 4ELT A; 3QBW A; 4BE1 A; 1WOQ A; 4K8Z A; 5BN8 A; 1HNW K; 4B9V A; 4EP4 A; 3H45 C; 4DV0 K; 2QWQ A; 1X1P A; 4IBN A; 3DOL A; 2OPR A; 3OYD A; 4A5A A; 3O3H A; 2VQF K; 5AQJ A; 2WC9 A; 4BDZ A; 2P9K A; 4ZTF A; 1FK9 A; 4F4K A; 3A5L C; 1QSS A; 2WBN A; 4BRE A; 5I42 A; 3EL2 A; 4CBX A; 5FLX O; 3KJV A; 1S1T A; 3WEE A; 4FZY A; 1NGB A; 4KB0 A; 3CJA A; 3QFP A; 3VQD A; 3AVF A; 3VGK A; 4ISE A; 5CZ1 A; 1DTQ A; 1SS6 A; 4KPY A; 1EP4 A; 2VGM A; 3MCA B; 5KGW A; 1B9F A; 4BDP A; 4AHU A; 2Z1J A; 4FLV A; 3PIP L; 3E1Y A; 2UU9 K; 5KGX A; 2YHX A; 3DXM B; 2OTL N; 4XEI A; 1QVF M; 3FZF A; 1RBT A; 4ILH A; 5HRR A; 1VSJ A; 4KTW A; 1T44 A; 5EU7 A; 4E3S A; 3KK1 A; 4GVE A; 3AVK A; 1HJR A; 3K57 A; 4IJA A; 2YV0 X; 4B3S K; 2YNI A; 2Q1N A; 3D45 A; 4XH5 A; 1VSI A; 4FJ7 A; 2JLE A; 3J81 O; 2P9K B; 4KHY A; 4YDU A; 2HHQ A; 5HBM A; 4FLW A; 3O8M A; 3VQ8 A; 4AM7 A; 3B6P A; 2GUI A; 1IG8 A; 2FF3 B; 3WEE B; 2G8U A; 1KSP A; 2YX6 A; 3H3N O; 3TTC A; 1RCH A; 3L2U A; 3ASM A; 2YNF A; 5HP1 A; 3WXK A; 4RW4 A; 2P9S A; 4B9L A; 3CER A; 5JLH A; 4O8K A; 4A2A A; 2G8F A; 3A0I X; 3I0R A; 4CD1 A; 3ZT4 A; 3PY8 A; 4KHP K; 2P9N A; 2KZM A; 2NUB A; 3ULD A; 2VG5 A; 4DQR A; 1L3V A; 4CBU A; 4JI8 K; 5HOO A; 1ZBI A; 4IDK A; 1O13 A; 1S9G A; 3ID8 A; 4PKH A; 3HXM A; 4O5B A; 1Q18 A; 2OPS A; 4JI2 K; 3CPW M; 2HMP A; 4IZ9 A; 4JKE A; 3SPZ A; 2RPI A; 5JMV A; 1ZBF A; 3OA9 A; 3VEN A; 4Y0W A; 1XHX A; 1WAJ A; 1HKB A; 4KV8 A; 4KRE A; 5GAG P; 1TAU A; 4JEP A; 2PFU A; 3KLI A; 3CJ9 A; 4FWQ A; 4JKF A; 3OYB A; 4OVL A; 4KH5 A; 4JKH A; 3TSQ A; 5GAE P; 4MDB A; 2G8H A; 4FSV A; 1SL2 A; 3C94 A; 4WFA L; 4JKG A; 4MQ3 A; 4DLE A; 1P90 A; 2QWO A; 3SAH A; 4FLX A; 4L3Q A; 2P9S B; 3I0S A; 3VQ6 A; 3D2E A; 1DEJ A; 3CCV N; 2VWK A; 3SQ4 A; 3AO3 A; 5AQP A; 4DTR A; 2E6L A; 1ZXO A; 2KQ2 A; 4HHT A; 3G71 N; 1E3M A; 4EZ6 A; 2P9N B; 4HUG A; 2HST A; 4LFC K; 1BO5 O; 3CCM N; 3ZX2 A; 3CJC A; 3VES A; 4BVO A; 4CJL A; 2X74 A; 4OPH A; 1GLC G; 4DV7 K; 2X78 A; 2E2P A; 1EXQ A; 5SWM A; 3TPQ A; 1KLM A; 4Z94 A; 3I55 N; 4FLU A; 4PY5 A; 3ATU A; 1TYQ A; 1WSI A; 3C6A A; 2HVH A; 4FZX C; 1RIL A; 4FXD A; 1TVR A; 1YTU A; 4WFN L; 2UXC K; 4PL8 A; 4CFD A; 4CGD A; 3SJH A; 1UA1 A; 1IKW A; 1TK8 A; 5E41 A; 5KRT A; 2HBL A; 3D6R A; 5LJV A; 3ENH A; 4CEZ A; 4CVN E; 4CJP A; 3RVC A; 4CZJ A; 1XUP O; 2FXU A; 3HT3 A; 4FJ8 A; 4NO7 A; 3IKM A; 4BRK A; 5IT9 O; 5H1S Q; 2GEL A; 1NK9 A; 4JKG B; 2AP1 A; 3BF1 A; 1VQM N; 1RT5 A; 4DFJ A; 3VEX A; 3BUZ B; 3LAL A; 4HVJ A; 2X6S A; 4M42 A; 3D2E B; 3VEZ A; 1TK5 A; 3PIO L; 2HVI A; 4H5V A; 1ZBL A; 1QVG M; 3C0B A; 2Z1H A; 1WSG A; 3TAG A; 3V9Z A; 1VQ8 N; 4ID1 A; 3OYM A; 4YY3 K; 1IKY A; 3JSM A; 4C23 A; 4M41 A; 3K59 A; 3LM2 A; 1LWF A; 4K25 A; 4NXN K; 4CF9 A; 1TYQ B; 4CFB A; 1BQM A; 2GUP A; 2BDP A; 3DLG A; 3OVN A; 4ZHR A; 1RDD A; 3AO2 A; 3LPU A; 4NCA A; 4J2B A; 3TAP A; 4FO0 A; 1LWE A; 4MO4 A; 3WXL A; 2BH1 A; 3DLK A; 4YOW A; 3SV4 A; 3HJF A; 3KVG A; 1TKX A; 4EP5 A; 1RDA A; 3L4I A; 3M8P A; 1KAY A; 3EKU A; 2HHV A; 3MK6 A; 1ZBH A; 1BHL A; 3QBX A; 4BRO A; 3CJ7 A; 4FVM A; 5AZI A; 3THY A; 4KI6 A; 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3AVB A; 1G15 A; 1P8Z A; 3DYA A; 1S72 N; 2A1S A; 2Q3S A; 1G99 A; 4N76 A; 1VRU A; 1BIZ A; 1REV A; 3NH2 A; 1SKR A; 1Q82 O; 2YJE A; 4LSL A; 4DUZ K; 1YF5 L; 4Z0U A; 4QCL A; 3AVI A; 5HRS A; 4JNE A; 1NGC A; 2RN2 A; 3G0Z A; 3TU5 A; 4DTJ A; 5M1N A; 2IDO A; 1Q86 O; 1X3M A; 4B9S A; 2E4L A; 3VQ9 A; 3CI5 A; 4Z4F A; 4G9Z A; 4JHD A; 5AQV A; 1WSH A; 3O1B A; 5AQQ A; 3ZT2 A; 4E1M A; 5GAH P; 1KC8 O; 4KHW A; 3VTI A; 2ATQ A; 5J2P A; 4F2S A; 2QWL A; 3CFR A; 1YIJ N; 1W0H A; 4X62 K; 1XC9 A; 1KVC A; 4LF5 K; 1YI2 N; 2UUC K; 4BDY A; 3O4Q A; 3L2V A; 2XRI A; 2YHY A; 5JVG L; 2Q0R A; 3VOV A; 4FJI A; 4WQ5 A; 1R0A A; 1NGA A; 3P1G A; 3QML A; 4BG8 A; 3TTF A; 2F8T A; 1YUW A; 4OLA A; 3DI6 A; 3NAE A; 2PZS A; 2RKI A; 4BRF A; 3LAK A; 2IAJ A; 2QWR A; 4KI4 A; 1NGD A; 3CC4 N; 2ZD1 A; 1LW0 A; 1I94 K; 4OGE A; 5T7B A; 3N4Q A; 3KD1 E; 4OPK A; 3T69 A; 1X9W A; 3HPO A; 4FJL A; 2HND A; 4JI1 K; 5HL7 L; 4B9N A; 5C24 A; 1KFS A; 5LY3 A; 4FJJ A; 4BRM A; 4M3Y A; 3NE6 A; 4AQY K; 5ELZ A; 4CEC A; 4YOU A; 4JHD B; 1CZ9 A; 4A2B A; 4DSF A; 4BR7 A; 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