The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| total genus |
24
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B3S K; 4DR6 K; 4DR7 K; 2UU9 K; 4DV5 K; 3J81 O; 1N33 K; 1N36 K; 4DR2 K; 4LF8 K; 4LF7 K; 4JYA K; 2UUB K; 4CW7 B; 1HNW K; 4JI5 K; 4JI7 K; 4X66 K; 4JI3 K; 4YHH K; 5IT9 O; 3JAM O; 2ZM6 K; 3J80 O; 5A2Q O; 4LF5 K; 1IBK K; 4B3T K; 1IBM K; 2UXC K; 4LFA K; 4V19 S; 4X62 K; 3T1H K; 4NXM K; 3J7A P; 1HNZ K; 4LFC K; 4YY3 K; 5IWA K; 1I94 K; 4DV0 K; 4K0K K; 4AQY K; 4DV4 K; 4CVN E; 4LFB K; 2UUC K; 4NXN K; 4JI1 K; 4GKK K; 4LF9 K; 4KHP K; 5LMU K; 1XNR K; 4DR3 K; 4DV7 K; 4DV1 K; 4DV6 K; 4DUZ K; 4DV3 K; 4JI8 K; 1XMO K; 1FJG K; 4B3R K; 3J7Y P; 4DUY K; 2VQE K; 1IBL K; 5AJ3 K; 5LMN K; 4JV5 K; 4LF4 K; 1HNX K; 2UUA K; 3T1Y K; 4DR4 K; 4JI2 K; 4JI0 K; 4B3M K; 1N34 K; 4JI4 K; 2UXB K; 2UXD K; 1N32 K; 4DR5 K; 2VQF K; 4X64 K; 4JI6 K; 4DV2 K; 2HHH K; 1J5E K; 4X65 K; 4LF6 K; 2F4V K; 1XMQ K; 5FLX O; 4OX9 K; 1XNQ K; 5BR8 K; 3OTO K; 2E5L K; 1HR0 K; 5LL6 Z; 4DR1 K; 4GKJ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3NE6 A; 4CFB A; 1NK8 A; 4FXD A; 2YKM A; 3AVJ A; 4DLE A; 5JS1 A; 3DOK A; 3I33 A; 3LP0 A; 5D3G A; 1Z26 A; 2BUP A; 3RR8 A; 5LJW A; 2F7T A; 2ZGY A; 2V51 B; 3RMA A; 4IZ9 A; 1P8Z A; 1W0H A; 5CE3 A; 4X66 K; 4YOY A; 1R0A A; 4FZY A; 4FZX C; 3E01 A; 3LPU A; 4CZL A; 2FBX A; 3JAM O; 3KKR A; 3LDL A; 4NLC A; 4BC5 A; 4W5R A; 3UKU A; 4JKG B; 3SUQ A; 1ZBS A; 3HSC A; 3FZM A; 4BVP A; 5AQG A; 4ISF A; 4BE1 A; 2QXF A; 3WT0 A; 3M1F A; 3CC2 N; 1RDA A; 4NO7 A; 1D5A A; 2HHT A; 4M3X A; 1YTU A; 1TYQ A; 3ZCM A; 4MO5 A; 1S6P A; 3AO5 A; 3V9U A; 3EE9 A; 3ZT1 A; 2KKZ A; 4K43 A; 2FBT A; 1BO5 O; 4DB3 A; 4DR3 K; 2Z1J A; 4H5T A; 1ILY A; 2YHB A; 2FBY A; 4HUE A; 1WNS A; 1RIL A; 2R7Y A; 1HRH A; 4DLG A; 3KLF A; 2PYJ A; 4EHT A; 4C23 A; 3PLA A; 3I8D A; 1TK0 A; 4DS4 A; 1N5Y A; 1G99 A; 4CF9 A; 4CIG A; 1JXB A; 3CM6 A; 4LSL A; 1SKS A; 4OGE A; 5FPN A; 4CGJ A; 1UWB A; 2RKI A; 3ZYY X; 2D0C A; 2NRH A; 4CBU A; 2KFZ A; 1J53 A; 3TWH A; 3THY A; 4B9M A; 5KPT A; 1ZBL A; 3O9Q A; 4UY8 O; 3VEV A; 4K8X A; 2F4V K; 3CJ1 A; 1SKR A; 5FLX O; 2KQ2 A; 4M45 A; 3L4I A; 3HM9 A; 4N76 A; 5AQL A; 3K9K A; 3HK2 A; 1QQN A; 3OYK A; 4DR1 K; 4YFU A; 1T03 A; 1BCM A; 4DG1 A; 2W6L A; 2DTU A; 1YT3 A; 3AVN A; 3L0Q A; 4DKW A; 3NGY A; 4Z4H A; 4M41 A; 3CCQ N; 2ITM A; 3V1O A; 1GLB G; 3OYF A; 3S41 A; 3QER A; 1TKZ A; 1RTH A; 2X6N A; 4J2A A; 3QIO A; 4GV3 A; 5AQH A; 5AQK A; 1RBT A; 3EKS A; 1MA9 B; 3SMS A; 4KPY A; 4FJK A; 5FPE A; 1IBK K; 5CYM A; 1GOC A; 3CQX A; 3M8R A; 2Z1I A; 2OAN A; 4FLW A; 1SKW A; 1WAF A; 5SWM A; 2NLX A; 3HOT A; 3BP8 A; 1N6Q A; 5HBM A; 3FFI A; 4DTJ A; 3MEG A; 4CJT A; 3VQA A; 2UUC K; 4GV9 A; 2E8A A; 4QAG A; 1HNI A; 3QFP A; 1L3U A; 1VQN N; 3SMP A; 4EP5 A; 3NH1 A; 4CK2 A; 3G71 N; 4E1J A; 1EO1 A; 3SI6 A; 3IS9 A; 3OYL A; 4GMJ B; 4FLX A; 1KVA A; 3LPT A; 3OYE A; 3TSQ A; 3HT3 A; 4YDU A; 3VQ8 A; 1A5W A; 2O4I A; 3QEI A; 3QB0 A; 1NK7 A; 4PKH A; 3EL2 A; 2Q97 A; 1K9M O; 2GEL A; 2HW3 A; 3TAE A; 4KV8 A; 4EAH D; 1YIT N; 3H46 O; 1YF5 L; 4BRL A; 4CHN A; 2QWL A; 2QKK A; 5CHI A; 3EY1 A; 3AVB A; 4FWK A; 4BG9 A; 1WAJ A; 2X6S A; 3GDQ A; 4NCG A; 3MX2 A; 1KQS M; 1NGE A; 5F2R A; 3DLE A; 3UKR B; 4KI4 A; 5M1O A; 1NGD A; 3O6W A; 1E4G T; 2VCP A; 1C1C A; 1CLQ A; 4EP4 A; 1XNQ K; 1WSI A; 2HHW A; 4A62 A; 5DMR A; 4RTF D; 4YNQ A; 3RWU A; 2FF6 A; 3CCR N; 1JKH A; 2HHS A; 3OS1 A; 2XY5 A; 3BZC A; 1JLC A; 4Y1D A; 4CJF A; 4JHD A; 3SUN A; 1NKB A; 1EXQ A; 1Q82 O; 3RSE A; 1YTA A; 3UE5 A; 4CER A; 3MEE A; 2O8D A; 4E1N A; 1N33 K; 5M1Q A; 4FCY A; 1D9F A; 4HWI A; 2OCE A; 1Q18 A; 2QWQ A; 3NF9 A; 3CD6 N; 3DXK A; 5IT9 O; 5KGW A; 4CHP A; 2Q2R A; 5EXW A; 1KLM A; 1X3N A; 4PQU A; 2QTD A; 5A2Q O; 3NDK A; 3AA4 A; 3OBW A; 3H1Q A; 1XHZ A; 5FRM A; 4Z4C A; 3S3N A; 2G8W A; 5DK5 A; 3IG1 A; 3U8X A; 3TSU A; 4IDH A; 4CEB A; 3IUC A; 4CEE A; 4M3W A; 3A8Y A; 3AVL A; 1HYV A; 3ZT3 A; 5K14 A; 3VER A; 1RT3 A; 2BE2 A; 2IVO A; 3C6H A; 3SPY A; 4FJL A; 4OJR A; 1C0G A; 3OYH A; 4ZTF A; 2G8V A; 3TU5 A; 5F0X A; 3ZSZ A; 3QBX A; 3ZSQ A; 1HJO A; 3HTV A; 4G9Z A; 1BOT O; 1ASW A; 4ZHR A; 3CQY A; 3P83 D; 3CME N; 3D7E O; 5AQV A; 4I6M B; 3VQB A; 3CC7 N; 4DQQ A; 1RBS A; 4C8K A; 3FZF A; 3ZSX A; 4JKA A; 1EKE A; 3EYZ A; 1Q9Y A; 4XH1 A; 1FK9 A; 4B3O A; 4CZE A; 3W3D A; 3HST B; 3DLK A; 4BRQ A; 1K8K B; 1Q9X A; 1Z05 A; 5FRO A; 1IG8 A; 5CY4 A; 3HPO A; 4CIE A; 3QEW A; 1BU6 O; 4CEC A; 5J2Q A; 4B9S A; 3WEE A; 4I9L A; 4CJQ A; 2VGM A; 5KRT A; 4HCC A; 1M90 O; 5JLH A; 3LAK A; 2DPN A; 1CZB A; 4M63 C; 3JYT A; 3O4W A; 2KZM A; 3JS6 A; 2CGL A; 1BI4 B; 1CXU A; 1NK5 A; 5EVZ A; 2ATQ A; 1Q86 O; 3B8A X; 5H1S Q; 5CZ2 A; 3IAY A; 4GV6 A; 2D4W A; 3NCI A; 2H3G X; 4CFA A; 1YI2 N; 3MXI A; 3MK6 A; 4DQP A; 4WQ4 C; 4FWQ A; 3DLH A; 3RTV A; 5M1K A; 3O8M A; 2A1R A; 4CHZ A; 4IDK A; 4H0O A; 2GV9 A; 2QWO A; 3AVI A; 3TAQ A; 3WQT A; 4LF5 K; 3O1W A; 3VQ9 A; 4FWR A; 5I42 A; 1IBM K; 4NXM K; 5C0Y A; 3R3L A; 3O80 A; 4MLE A; 3MAQ A; 3NF6 A; 3PIP L; 3KK7 A; 5HRO A; 1JLF A; 4GVE A; 4Y0W A; 5T7B A; 1RTI A; 2XHB A; 1VSK A; 1JL2 A; 4DQ8 A; 5E26 A; 3D45 A; 4WQ5 C; 4BGA A; 1RGI A; 3LZI A; 1NG9 A; 3ATV A; 4FK2 A; 3QFU A; 4Z94 A; 1LOT B; 4PUO A; 3KTQ A; 2CH5 A; 2QW9 A; 2ETJ A; 4C1N K; 4O8U A; 5C2F A; 1NJZ A; 3BF3 A; 3VQ4 A; 1S72 N; 1C1B A; 1SL2 A; 2FSN A; 4BDY A; 4B9T A; 3J7Z O; 4JI2 K; 1GLJ O; 5C15 A; 1LAV A; 3HM8 A; 4CGF A; 2O8E A; 4KHS A; 3AVK A; 1RT6 A; 4DTS A; 3ENH A; 4B9V A; 2HBL A; 3SJH A; 3P39 A; 2X78 A; 3PX4 A; 1W2B M; 3CPE A; 3ZSY A; 3RRG A; 5KPR A; 3NVM A; 2P9N B; 4WFA L; 4FWN A; 3VF4 A; 4OPH A; 3O4Q A; 2ASO A; 3O1B A; 4AHV A; 3V9X A; 1TAU A; 4CJU A; 2Q0U A; 1FXX A; 3ULE A; 1BHL A; 4CHY A; 3EN9 A; 4LSN A; 5DM6 L; 5BPN A; 1YIJ N; 3KZB A; 1GLE G; 2F96 A; 3VQ5 A; 3AA5 X; 3OW2 M; 3VOV A; 4IBN A; 4CJR A; 3O3G A; 4JI5 K; 4HHT A; 2KFN A; 3VQD A; 3VQE A; 1T44 A; 2PBD A; 3LAL A; 5CR4 A; 5F1X A; 4FJH A; 2VG7 A; 4OKJ A; 1M1K O; 4O5F A; 3WNH A; 1E4F T; 5GAD P; 2ITG A; 1VQ6 N; 3AA2 A; 4IOC L; 4CJV A; 3ZX0 A; 3SCX A; 4K0K K; 4O8K A; 1V4S A; 3M8Q A; 4KH6 A; 1VQP N; 1X9S A; 3VPZ A; 1VSD A; 4FLZ A; 3VQQ A; 1BWF O; 2GBZ A; 2JGU A; 4CIF A; 4A5A A; 3HVR A; 3TTF A; 3TTD A; 1W97 L; 5LMU K; 1ASV A; 3SAF A; 3AVF A; 3LDO A; 4BWM A; 2QI2 A; 4DUZ K; 2F8S A; 2ZJP L; 3CCU N; 3ZX2 A; 1TAQ A; 1VQK N; 1TKT A; 1ZYQ A; 3MDQ A; 1BG3 A; 3J7Y P; 4BDP A; 4B8A B; 1HUX A; 3IMX A; 4R5P A; 3MCA B; 4DSE A; 2YNH A; 2P9K B; 3ISN C; 1NGC A; 2A5X A; 5LMN K; 2NZT A; 3RVC A; 3OYA A; 5KQ8 A; 1K6Y A; 1WBD A; 3V1R A; 5AFU H; 2HBK A; 1JLG A; 1U47 A; 2O8B B; 2W41 A; 4IWV A; 3THX A; 4OO1 J; 3U4L A; 3LAM A; 4JS4 A; 4DR5 K; 5JS2 A; 4X64 K; 4FWO A; 4CJW A; 2HHH K; 2EWS A; 4FO0 A; 3PV8 A; 5FRN A; 3WNE A; 3CCJ N; 3LDP A; 4BC2 A; 5KTQ A; 1VQ8 N; 5C10 A; 1ESV A; 4ID1 A; 4OGC A; 1N8R O; 2B5J A; 4FM0 A; 4FJ9 A; 3T3F A; 2Q3S A; 3V6D A; 3VEN A; 3P4I A; 4EIA A; 4FLV A; 4JN4 A; 3O08 A; 4DR6 K; 2BTF A; 4M7X A; 5TKY A; 1RDU A; 4DV5 K; 3J81 O; 3TR8 A; 3NAE A; 1UA0 A; 4CEQ A; 1HKC A; 1U4B A; 4BRM A; 1VSM A; 1VSL A; 4NYF A; 4FM1 A; 1VSJ A; 3DI6 A; 4NB4 A; 2YNG A; 4J2B A; 1WSE A; 2YHX A; 3SZ2 A; 4I7F A; 5KQD A; 3SAG A; 3LZJ A; 3ASM A; 5C24 A; 1VSF A; 4BVO A; 3BUZ B; 5AQP A; 3OJS A; 4V19 S; 3PY8 A; 1ASU A; 2ZGZ A; 4O0I A; 3J7A P; 3QES A; 3VA0 A; 2P9L A; 3B6O A; 3V1Q A; 3THW B; 2J4R A; 3TTC A; 4KO0 A; 1KAZ A; 2P9U B; 4OKK A; 3CPW M; 2IVP A; 3G25 A; 1J6Z A; 4DSL A; 3FZH A; 3IRX A; 1XUP O; 3THV A; 3HP6 A; 2BAN A; 4IO8 A; 4H5N A; 3SV4 A; 2BH1 A; 1HMV A; 5B8H A; 4ID5 A; 3TAG A; 2HOE A; 1NGF A; 3VN5 A; 2YX6 A; 2Z1H A; 1T05 A; 3VEO A; 3WXL A; 4CZG A; 1GLF O; 5ADX H; 2V52 B; 4CJ7 A; 2O8C A; 4CF1 A; 4B1Z A; 2HVH A; 2DFH A; 1UOC A; 3IDH A; 4FJ8 A; 4PKG A; 4M42 A; 3VEW A; 4CZK A; 3SBT A; 5JIC A; 4BAC A; 4DWI A; 3C95 A; 1ZBU A; 5AQF A; 4JK9 A; 4GY2 B; 3GE1 A; 1VQO N; 1UA1 A; 2NRR A; 3LDQ A; 1E3M A; 2GWK A; 2WON A; 3VQC A; 3WNG A; 2RE2 A; 4KI6 A; 1JXE A; 1P90 A; 2HBJ A; 4MLH A; 4DQS A; 3VGL A; 5CYQ A; 3OS2 A; 4BWJ A; 4I9Q A; 1BQN A; 4JI6 K; 3DXM A; 4DV2 K; 3F5T A; 1J5E K; 2HMP A; 3L2V A; 4F2R A; 4B1Y B; 4LD0 A; 1IH7 A; 4E19 A; 5BR9 A; 4LC9 B; 3QET A; 2E2P A; 1RBR A; 3VEZ A; 2HBM A; 1U2V A; 4CJL A; 4FJG A; 4AHU A; 5AZI A; 1IG9 A; 1ZXO A; 2W6K A; 3E9L A; 4B3S K; 3C7N A; 4IFV A; 3F9M A; 4BR5 A; 5C25 A; 4R79 A; 2CH6 A; 2JWK A; 3G0Z A; 1RBU A; 3ZET A; 4GVM A; 2W42 A; 1GLA G; 3UB5 A; 2VWB A; 4YOV A; 2HHX A; 4DTO A; 1WSF A; 3AAQ A; 4H0P A; 4RW9 A; 3AAR A; 1FKP A; 1S6Q A; 3J80 O; 3BEX A; 1OVQ A; 1TUU A; 1VK0 A; 3CET A; 4JKH A; 1CXQ A; 2FF3 B; 3AVM A; 1REV A; 4Z4F A; 3T1H K; 3VQ6 A; 2YHW A; 3ZEU A; 1TUY A; 4YY3 K; 1U6Z A; 3GBT A; 4AIL C; 1BA0 A; 3ENB A; 4E7K A; 1IKX A; 2ZE2 A; 3CIP A; 1QSS A; 4F3O A; 1CZ9 A; 1QSL A; 1NOZ A; 4JI1 K; 3Q7B A; 2YHA A; 2I7N A; 2B6A A; 1IV0 A; 1GOA A; 4N5S A; 3A5N C; 4UQG A; 5AQS A; 5I3U A; 2HHU A; 2PFU A; 3HRG A; 3OYN A; 1QVF M; 3EZ5 A; 2PY5 A; 1XMO K; 3PIO L; 2IC3 A; 1VAZ A; 3NFA A; 4IEE A; 1ITG A; 4CZJ A; 4DSF A; 3TAM A; 5GAE P; 1XHX A; 4M3R A; 4CFC A; 2A1S A; 1VSI A; 4RW8 A; 4HCB A; 3HL8 A; 4KHQ A; 4KRE A; 1RDB A; 2E2Q A; 5HL7 L; 5J2N A; 4DFP A; 4B3M K; 2EX3 A; 1NJY A; 4FWS A; 2RN2 A; 3M3Z A; 1N32 K; 3DMJ A; 3VA3 A; 1BQM A; 1JLA A; 4BRI A; 4F2S A; 4ISG A; 4W5T A; 2WFB A; 5LJV A; 3A5O C; 2AA4 A; 1OKJ A; 2NNW A; 1S1W A; 4RW4 A; 3WXM B; 1ZC6 A; 1JLE A; 1QHT A; 3GOI A; 4OPJ A; 2F8T A; 3DWL A; 1NM1 A; 1D9D A; 3MMV A; 2O8F B; 3D2E A; 5AZJ A; 1WN7 A; 3I8B A; 1MWK A; 1S1X A; 1RFQ A; 4AF1 A; 1J5O A; 3VEX A; 3AVC A; 3CF5 L; 4FJI A; 2UU9 K; 2A6A A; 5BN9 A; 1L5U A; 3CYM A; 1BIS A; 4PY5 A; 2PAV A; 3K5O A; 4RWT A; 5FPD A; 2E4L A; 1OH8 A; 3C6U A; 2NRX A; 4H03 B; 4QOZ B; 2F9W A; 4TSX A; 5AQT A; 4CW7 B; 3ALY A; 1HNW K; 3SNN A; 3RRH A; 3P38 A; 3T1A A; 3H45 C; 2WUS A; 4PWD A; 1YVU A; 4B08 A; 1TK5 A; 3RMB A; 4KRF A; 4LH5 A; 2Z1G A; 1L3V A; 3M8P A; 2YCH A; 3OHR A; 3NF8 A; 4JKE A; 3V81 A; 3O9U A; 1VQ4 N; 3AV9 A; 1VQM N; 4WQ4 A; 2ASP A; 3C6T A; 4FJX A; 1J54 A; 3EZW A; 3ZSO A; 3K59 A; 4KTQ A; 1EQY A; 2VWK A; 4B1W B; 4WFB L; 4KTZ A; 3OBY A; 4A61 A; 3R6M A; 5J1E A; 2D0A A; 1DT9 A; 4ILG B; 4AM7 A; 4FL9 A; 4RW6 A; 3D2F B; 3C65 A; 3PO4 A; 1KAX A; 3L6Q A; 4E7H A; 4DUY K; 2Q31 A; 2VQE K; 4JKG A; 1ZBI A; 2HMI A; 2E6L A; 4K8Z A; 2IDO A; 1VRU A; 4XEI A; 2ZJR L; 4LF4 K; 4J2E A; 4CGD A; 4DMN A; 1BIZ A; 4JD2 B; 3SV3 A; 4CF8 A; 1SL0 A; 3EEQ A; 3DLG A; 1SAZ A; 2CGJ A; 3CCV N; 3SPZ A; 1I3A A; 1ZBH A; 1NGA A; 1NGB A; 3SUP A; 5E41 A; 2ZQB A; 4LF6 K; 3A2F A; 4OLA A; 4BGB A; 3JXU A; 3HVT A; 2HVI A; 5EOY A; 5BR8 K; 3QIN A; 1QQM A; 3I55 N; 4IFY A; 4Y1C A; 4MO4 A; 3AY9 A; 5GAG P; 4ILJ A; 3L3U A; 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