The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5A2Q O; 1HNX K; 1N36 K; 4B3M K; 4LFC K; 4DR4 K; 1FJG K; 2E5L K; 5LMU K; 2VQF K; 4DV2 K; 4DR2 K; 1IBM K; 4JI0 K; 4DR6 K; 4DR3 K; 1IBL K; 4DR5 K; 4DR7 K; 2UXC K; 3T1Y K; 2HHH K; 1XNQ K; 2UU9 K; 4DUZ K; 4LF5 K; 4LFB K; 5FLX O; 1N34 K; 4JI7 K; 4OX9 K; 4X64 K; 4B3T K; 3J80 O; 4K0K K; 4DV6 K; 4V19 S; 4B3R K; 2UXD K; 4JI6 K; 5AJ3 K; 4LF8 K; 3T1H K; 4X65 K; 2UUB K; 4NXN K; 2F4V K; 4LF9 K; 1J5E K; 4LFA K; 1XMQ K; 4GKJ K; 3J7A P; 2UUC K; 4DV4 K; 1IBK K; 4KHP K; 1XNR K; 1HNZ K; 4CVN E; 4DV3 K; 1HR0 K; 5LMN K; 4DV0 K; 4NXM K; 4JI8 K; 2UXB K; 4DR1 K; 3J7Y P; 4LF4 K; 2ZM6 K; 4B3S K; 4JYA K; 4AQY K; 1N33 K; 4GKK K; 5BR8 K; 5IT9 O; 4LF7 K; 4JI3 K; 3OTO K; 5LL6 Z; 4CW7 B; 4X62 K; 1HNW K; 4JI2 K; 3JAM O; 2UUA K; 4JI5 K; 4JV5 K; 1N32 K; 4YHH K; 1XMO K; 2VQE K; 4X66 K; 4YY3 K; 1I94 K; 3J81 O; 4LF6 K; 4DUY K; 4JI4 K; 4DV5 K; 4DV7 K; 4DV1 K; 4JI1 K; 5IWA K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QXF A; 4BRO A; 4KI4 A; 1GOB A; 4AHS A; 4HUE A; 4ELU A; 2O4I A; 1S6P A; 2ZGZ A; 3M6G A; 2E6L A; 2NRR A; 5KTQ A; 3CD6 N; 4FLT A; 2RKI A; 3I8B A; 1YAG A; 4BRP A; 1L5U A; 1SL1 A; 1J9A A; 2JWL A; 4DSL A; 1UA1 A; 2XY8 A; 4BR9 A; 4KO0 A; 5SZT A; 3PSI A; 5CZ2 A; 3FE1 A; 3OVN A; 3J7Z O; 1Z05 A; 2O8C A; 5FRO A; 1GLC G; 5AQX A; 2O8B A; 1EX4 A; 5BRE A; 3P39 A; 1IH7 A; 3V6D A; 4Y0W A; 4RCH A; 5JLH A; 3FZK A; 4FWO A; 1TUU A; 2UUB K; 2YKM A; 3GE1 A; 1CZ9 A; 4GV9 A; 3CM6 A; 3DXM B; 1OVY A; 3IUC A; 4IFV A; 1IKV A; 4DQR A; 4ID5 A; 1NGH A; 4PA1 A; 1YHQ N; 3KLG A; 4JN4 A; 3DLG A; 1EP4 A; 3AVK A; 1ZBI A; 4DKW A; 3OYK A; 2F8T A; 3C94 A; 3EKU A; 1Q9X A; 1RBS A; 2E2N A; 2KHO A; 1NGJ A; 2I5J A; 1KRP A; 4N5S A; 2YHX A; 3WEE A; 2P9N A; 4CGD A; 2X74 A; 4JHD B; 3M8P A; 1J54 A; 3O1W A; 3JS6 A; 4RW9 A; 3OJS A; 5LY3 A; 1IKW A; 3O9Q A; 4FM0 A; 3PO4 A; 1NMD A; 4G1Q A; 4CBW A; 1NWK A; 2O8E B; 4DU1 A; 3AVL A; 4CJ7 A; 1BGX T; 3HO1 A; 2HB5 A; 4CZK A; 4FCY A; 3NF6 A; 5AZJ A; 3KTQ A; 4DB3 A; 4DLE A; 2F7T A; 3LP3 A; 3R9P A; 2WON A; 4KB0 A; 2HHX A; 4JRQ A; 4FJ5 A; 5LMU K; 5GAD P; 4YNQ A; 1M90 O; 4DS5 A; 3SK3 A; 4BRL A; 3JYT A; 2CH6 A; 4CHP A; 1IBL K; 4GNI A; 3QEI A; 4CZJ A; 4XIU A; 1MU2 A; 3CCV N; 2IVP A; 2R7Y A; 1RT6 A; 2WOM A; 1TL3 A; 1ZBF A; 1SS6 A; 2HMI A; 1WSE A; 3AVH A; 4DSF A; 3KKS A; 1N34 K; 2HHS A; 5AQV A; 3R1X A; 2ZWH A; 3DXM A; 3IDH A; 5JLF A; 3WXJ A; 1GLA G; 1K6Y A; 1BUP A; 2A3Z A; 3V81 A; 4MLH A; 2ZQB A; 2UYT A; 4Y1C A; 3SQ0 A; 3AO3 A; 1TV6 A; 2VG7 A; 4X65 K; 3SJJ A; 5DM6 L; 3L3U A; 1OVQ A; 1ATS A; 3VEV A; 3RRG A; 1BIZ A; 3P1G A; 4DWI A; 1Z6R A; 5KQ8 A; 1SL2 A; 1XMQ K; 4N76 A; 3U4L A; 4YFU A; 4LC9 B; 1IBK K; 4KHP K; 4FLZ A; 3FFK B; 3VQP A; 1T8E A; 2P9L A; 2YKN A; 4YDU C; 3QIO A; 1RNH A; 2KQ2 A; 2O8D B; 1YXQ A; 1HPM A; 1SZ2 A; 3OTO K; 3MXM A; 5LL6 Z; 4DSK A; 4CJQ A; 1TKT A; 4KH6 A; 5KGW A; 3G4S N; 4M3Y A; 2NNW A; 2HHQ A; 2CGK A; 3ZSY A; 2PFU A; 2ZE2 A; 3DOK A; 5AQP A; 4GW6 A; 3PX0 A; 3OJU A; 3HPO A; 2RPI A; 3DXK A; 4CJT A; 3VQQ A; 4QS8 A; 4BR7 A; 4FK2 A; 3FLC O; 3HM8 A; 5JMV A; 4JS4 A; 5AQO A; 3VEY A; 4Z0U A; 4IG3 A; 2O8F B; 2JWK A; 1SUQ A; 1RT4 A; 1X1P A; 2XY6 A; 4CI6 A; 5J2P A; 2V51 B; 3R6M A; 5AQS A; 4JKF A; 1VSH A; 1QQM A; 4HUG A; 1Q7Y O; 1XUP O; 2G8W A; 4CJL A; 2VQF K; 2ZF5 O; 4DV2 K; 4GV3 A; 5C2D A; 3OYN A; 1RIL A; 3OHR A; 4CJU A; 3BEX A; 4M3R A; 5EXW A; 1TK5 A; 2GTD A; 2QA4 N; 3PY8 A; 5EU7 A; 4CE9 A; 2QXL A; 4CZM A; 5J1E A; 4B9L A; 4CGH A; 4ISE A; 2FSJ A; 3IG1 A; 4KHS A; 2P9S A; 4B1X B; 4K0K K; 3AO5 A; 3VQB A; 4DQP A; 2P9U B; 2E2Q A; 4B08 A; 5EOY A; 4C1N I; 4EHU A; 2Z1G A; 2IVO A; 4FWN A; 1RDU A; 3HJF A; 3NVK A; 4DU3 A; 3TAG A; 3H45 C; 4R5P A; 1TKX A; 3MX2 A; 3PV8 A; 3WT0 A; 5MLC Q; 1K9M O; 1ILY A; 3AVI A; 2AJQ A; 4KHU A; 2GEL A; 1YTU A; 3L6Q A; 4AIL C; 3LP1 A; 4BWM A; 3VQC A; 5KRT A; 3V1Q A; 2I7N A; 3AO1 A; 4CIF A; 2P5G A; 3CFR A; 4DQQ A; 3SQ1 A; 4NYF A; 2YCH A; 3SAG A; 3BZC A; 4GKK K; 3LDS A; 3HI0 A; 4HTL A; 4FJI A; 2ASO A; 4E7H A; 1NMN A; 2YHW A; 3HBT A; 5F1X A; 2V52 B; 3THW B; 3C95 A; 4A2B A; 3QIN A; 3G71 N; 1HX1 A; 3SLC A; 3THY A; 4FZZ A; 3RRH A; 2FSK A; 2PY5 A; 1S1W A; 2A5X A; 4OGC A; 3LDO A; 4DCH A; 4CF1 A; 4H4O A; 4Z4E A; 1I94 K; 4YOX A; 1HYV A; 3V1R A; 3P4I A; 5FPM A; 3CPE A; 2FF3 B; 4F3O A; 4Z4F A; 3TAQ A; 2GUP A; 4KTW A; 2KZZ A; 4ISG A; 2IDO A; 3KK7 A; 4M7Y A; 3VF2 A; 4JK9 A; 3A0I X; 3AAP A; 3WNH A; 3QEX A; 4IG0 A; 4DR3 K; 4BG9 A; 3VGL A; 3K57 A; 2VCP A; 4DMN A; 5HBM A; 4DUZ K; 4LFB K; 4NB4 A; 4A59 A; 3NHG A; 1VQL N; 4DQI A; 1HKB A; 3TAN A; 1KXP A; 3F9M A; 3T7Z A; 4KHY A; 5H1S Q; 3L2W A; 4B3R K; 4I9L A; 3K5N A; 4HCB A; 4FO0 A; 3KIO A; 4BRK A; 3KK1 A; 1RT2 A; 3ZT4 A; 4BDP A; 1LAW A; 1QZ6 A; 4FJL A; 1NGA A; 2XHB A; 5HLF A; 2HHW A; 1BL3 A; 3OA9 A; 1KVC A; 1NJW A; 4E7J A; 1RTI A; 2RE2 A; 3J7A P; 2YNH A; 1J5O A; 3H1Q A; 2B5J A; 3OYM A; 1SAZ A; 3KLF A; 3THV A; 5EX5 A; 1D9F A; 3I33 A; 4DV3 K; 3QES A; 2RHK A; 3THW A; 4PY5 A; 4DR1 K; 2HF3 A; 1T3V A; 3HM9 A; 3AA3 A; 3KD5 E; 3SPZ A; 4O8K A; 2ZM6 K; 2QWM A; 3O9S A; 1TK0 A; 4CHO A; 5FRM A; 3SAF A; 4W5T A; 4FLW A; 4J2B A; 4CJW A; 1HPZ A; 1W0H A; 1KAZ A; 1S9E A; 1U2V A; 3SUN A; 1HNW K; 3OYD A; 1NJY A; 1NK5 A; 4JI5 K; 2VWB A; 1QVF M; 3SUO A; 3HK2 A; 5BRF A; 1C0G A; 3HT3 A; 5AQU A; 1VSE A; 3OW2 M; 3T3F A; 1L3S A; 4J2D A; 4B9M A; 1Q18 A; 1WAJ A; 1NK0 A; 1EWR A; 3LDQ A; 1VQ8 N; 4LF6 K; 4ID1 A; 4OO1 J; 4JRP A; 2NZT A; 4H5W A; 3FR0 A; 3D7E O; 1P90 A; 2E4L A; 2WFB A; 4F9O A; 3MWP A; 1WSJ A; 1HNX K; 1B92 A; 2QWR A; 3OYB A; 3VES A; 4EZ9 A; 3ZT0 A; 2HMP A; 1LWC A; 4IKF A; 2F9W A; 4MO4 A; 3KKR A; 4DR2 K; 4FJG A; 4KKO A; 4KH4 A; 1YT3 A; 2P1J A; 1FXX A; 1VQK N; 2A42 A; 3LM9 A; 2Q0U A; 5CZ1 A; 3MN9 A; 4FOE A; 3QFU A; 1HJR A; 4HVJ A; 1C1C A; 1RBU A; 4Z4G A; 1YF5 L; 3UB5 A; 4FPB A; 3LZJ A; 1QSY A; 3H3O B; 4X64 K; 1TVR A; 4ZTF A; 4FWS A; 1J53 A; 4NCA A; 3J80 O; 4OGE A; 3SQ4 A; 1HQE A; 3V9S A; 4I2Q A; 5I3U A; 4EP5 A; 3MED A; 2UXD K; 4BDY A; 4E1J A; 4AH9 A; 2VGN A; 4AM7 A; 3HOS A; 3CI5 A; 2HHV A; 3ID6 A; 2G8U A; 4E19 A; 3VET A; 4M3U A; 3RR8 A; 3KVG A; 3C6H A; 3TAM A; 1BIS A; 2JGU A; 5M1N A; 2UUC K; 4CJ4 A; 3WNE A; 1T6D A; 3KD1 E; 4FK0 A; 3OBW A; 1LWE A; 1WSF A; 3QNO A; 4OPA A; 4NLC A; 3TU5 A; 3CCM N; 4J2E A; 1WNS A; 3HYF A; 4MDA A; 4CEA A; 3CPW M; 5AFU A; 2AA4 A; 3AA4 A; 4CES A; 1UA0 A; 4WYB A; 5BR8 K; 4FW2 A; 4LF7 K; 4CJ3 A; 3D2E B; 4H5R A; 2RF2 A; 1O13 A; 2UUA K; 4DF4 A; 4FZY A; 1RFQ A; 2HBJ A; 3ASM A; 2YNF A; 3VMF B; 3SBG A; 1VSL A; 2E6M A; 5JVG L; 3VEX A; 2OPP A; 5T7B A; 3FZF A; 3BF1 A; 4XEI A; 3H46 O; 2HF4 A; 1BA0 A; 3JXU A; 4DTX A; 1S1T A; 4IBN A; 5AQZ A; 3NF9 A; 4J8F A; 1LOT B; 1L3V A; 4B9V A; 4M45 A; 1ATN A; 1ESV A; 4PWD A; 3MDQ A; 1V4T A; 2GX9 A; 4BRA A; 4KV8 A; 3LPT A; 1NK4 A; 3ZSV A; 4FLX A; 4DFK A; 3AO4 A; 2BH1 A; 3QB0 A; 2W6K A; 4BRG A; 3EZW A; 2V7Y A; 3QFP A; 3F73 A; 3MN6 A; 3IFR A; 3ENB A; 4CBX A; 3SMS A; 3NE6 A; 2OPR A; 1U47 A; 1GLL O; 1YJ9 N; 1N8R O; 4B3T K; 3I8D A; 1K8K A; 5AQF A; 3VN5 A; 1KVA A; 4EZ6 A; 3BZK A; 4BE2 A; 2RN2 A; 3FFI A; 4E1M A; 3OYF A; 5AQL A; 3HP6 A; 3S3O A; 1IKX A; 3DLE A; 3G0Z A; 1FKP A; 4N47 A; 3B6P A; 3OS1 A; 1IKY A; 1QHA A; 4MDB A; 1VSK A; 3SAH A; 4KB1 A; 4FL9 A; 4LF9 K; 3N4P A; 4I2P A; 2FBV A; 3VOV A; 4IDH A; 1ASW A; 1TYQ B; 5HRR A; 2P9K A; 4CFD A; 4CVN E; 3FZH A; 1HR0 K; 1DT9 A; 1IG8 A; 4AHV A; 2YHA A; 5C12 A; 1YTA A; 1UOC A; 3VQ9 A; 3VQA A; 3K58 A; 1R0A A; 3M3Z A; 3CJC A; 4DSJ A; 4F2R A; 4CJF A; 1N33 K; 1NK6 A; 4CIE A; 1BI4 B; 3QNN A; 2F8S A; 1GLJ O; 1VSF A; 3MCA B; 3GG4 A; 3MEG A; 3KWG A; 3O6W A; 4FOI A; 3CCJ N; 4ILJ A; 5CR4 A; 4CGJ A; 4BWJ A; 3TAB A; 4FVM A; 4JKD A; 5LJV A; 3H08 A; 1KFS A; 2DFE A; 3Q7B A; 1JXE A; 3PSF A; 3VF4 A; 4YY3 K; 3O9T A; 3HRG A; 2QKB A; 1VAZ A; 3ZSQ A; 2P9P A; 4WCE L; 3CQX A; 1VQ9 N; 4E3S A; 2X6N A; 4QS9 A; 3VEN A; 3AVA A; 4O0I A; 1NM1 A; 3NH1 A; 5AR0 A; 2IS3 A; 4RW8 A; 4H5N A; 4B8A B; 1KFD A; 3L4Q A; 3P5J A; 1FK9 A; 3RSE A; 4DU4 A; 3L2V A; 4FWP A; 3U9D A; 3CJ9 A; 5ADX H; 4W5R A; 4DR6 K; 1Z25 A; 2NRW A; 3P83 D; 1JXB A; 2E1Y A; 1W97 L; 2Q36 A; 4FLY A; 5J2Q A; 3B8A X; 4LF5 K; 1XHZ A; 3TTF A; 3SV4 A; 3ZT3 A; 3WXK A; 4FM1 A; 4HHT A; 2AP1 A; 4Q0B A; 1E4G T; 4FJK A; 4V19 S; 1FKO A; 3LDL A; 1U04 A; 1IV0 A; 3V9Z A; 2NRZ A; 3BDP A; 5BN8 A; 3M5R A; 1CXQ A; 3LAK A; 4JEP A; 2HW3 A; 4FWK A; 1JCE A; 4Z94 A; 2A1R A; 4O5F A; 3VGM A; 3V9X A; 2ASP A; 2Z1H A; 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3A5M C; 1D5A A; 3OYC A; 3SJH A; 3UKR B; 4CCH A; 5FDL A; 1TL1 A; 3S3M A; 1HKC A; 1HJO A; 3LAL A; 4EAH D; 4HTU A; 3F5T A; 3ZSO A; 3C0B A; 4DV6 K; 4WF9 L; 3P38 A; 1HYS A; 1NJZ A; 3ZX0 A; 1KAY A; 2J4R A; 3CCE N; 3RMA A; 1X9J A; 5AQN A; 5SWM A; 3L4I A; 4YOV A; 3AVJ A; 3ZLJ A; 3AVM A; 4CED A; 1WB9 A; 2FF6 A; 1NOY A; 2HBL A; 1XWL A; 5C0Y A; 4JLH A; 3C7N A; 3GOI A; 3NCI A; 2D1K A; 5DK5 A; 2F9T A; 4B1Z A; 1U45 A; 1CZA N; 4AHT A; 3TTC A; 4DV0 K; 1EET A; 3SCX A; 5HL7 L; 2CH5 A; 5BPM A; 3TI0 A; 3ITH A; 3ZEU A; 3K5L A; 3WXM B; 1RBR A; 1QQC A; 5AZI A; 4DTJ A; 2NRV A; 4PKI A; 5CYM A; 3E9P A; 5KGX A; 2A41 A; 3K5M A; 1DGK N; 4BRH A; 2OAN A; 4G9Z A; 2O8D A; 3OS0 A; 4JKE A; 3AAR A; 5C24 A; 4BY9 C; 4CK3 A; 1WBD A; 3PUF A; 1GOC A; 1DKG D; 5GAG P; 4C23 A; 3BP8 A; 3SV3 A; 4DUY K; 5EY4 A; 4CJ5 A; 4ISF A; 4DV5 K; 1DLO A; 4GY2 B; 4IFY A; 3HPG A; 4FW1 A; 1VSD A; 4CEQ A; 3ULD A; 4BQL A; 3EYZ A; 4Q5V A; 3UKR A; 4ZTJ A; 2YHY A; 4I6M B; 3LAN A; 2O8F A; 4JKH A; 3RMB A; 1SKR A; 1IBM K; 5KPR A; 4M41 A; 1NGE A; 1M1K O; 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