The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
28
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YHH K; 4CW7 B; 1XMO K; 3T1H K; 4JI0 K; 4X64 K; 4GKK K; 5IT9 O; 2UXB K; 4DUY K; 4DR3 K; 4JI2 K; 4X65 K; 4LF6 K; 4KHP K; 3J80 O; 4JI4 K; 1XNQ K; 4LF9 K; 5A2Q O; 5LMN K; 4GKJ K; 2UXD K; 4LFB K; 1HNZ K; 2VQF K; 4DR5 K; 4DUZ K; 1N34 K; 2VQE K; 1HR0 K; 4DV6 K; 4LF8 K; 4LF5 K; 4DR7 K; 1N32 K; 3OTO K; 4DR2 K; 3J81 O; 4X66 K; 4CVN E; 2UUB K; 4NXN K; 4JV5 K; 2UUC K; 1IBK K; 3J7A P; 4B3R K; 4JI7 K; 1I94 K; 2UXC K; 2ZM6 K; 4DV7 K; 2E5L K; 4B3S K; 4DV0 K; 1XMQ K; 4JYA K; 4DR4 K; 4LFA K; 4X62 K; 4K0K K; 4JI6 K; 5AJ3 K; 4DR1 K; 4DV4 K; 1HNX K; 4DV1 K; 4OX9 K; 4DV2 K; 5FLX O; 2HHH K; 2F4V K; 1N33 K; 5BR8 K; 1J5E K; 4DR6 K; 1HNW K; 4LF4 K; 4NXM K; 2UUA K; 4V19 S; 4AQY K; 1N36 K; 5LL6 Z; 4JI8 K; 4JI3 K; 2UU9 K; 1IBL K; 4B3M K; 5LMU K; 1FJG K; 4YY3 K; 4LF7 K; 4JI1 K; 3JAM O; 5IWA K; 1IBM K; 3T1Y K; 4DV3 K; 4B3T K; 4DV5 K; 4JI5 K; 1XNR K; 3J7Y P; 4LFC K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C8N A; 1RBT A; 1D8Y A; 3OJS A; 1IH7 A; 3WNG A; 4FJG A; 3IS9 A; 1VSD A; 4CZH A; 1N5Y A; 2UYT A; 2BE2 A; 3L6Q A; 1YAG A; 3EKU A; 3VET A; 4B08 A; 3RMA A; 4CEO A; 1XNQ K; 3OHR A; 1JL1 A; 2KLA A; 2YKM A; 4FXD A; 4WFA L; 3GG4 A; 2O8C A; 4DU4 A; 3OYM A; 4J2A A; 4MLE A; 3H3N O; 2IOC A; 4A59 A; 2D0P A; 3WNH A; 5JLF A; 1NJW A; 1QHT A; 4GVM A; 1OH5 A; 1VSK A; 1C1B A; 4IFE A; 1TKX A; 1SKW A; 1TYQ B; 3SUN A; 3VEO A; 4AHC A; 1GLL O; 5CYM A; 3CQX A; 3DLR A; 2XO7 A; 3ULD A; 4JI7 K; 1QHA A; 1KFS A; 1RBR A; 3MEE A; 1ASV A; 2IIR A; 5ELZ A; 2HHQ A; 1VSJ A; 4YOT A; 4R5P A; 4LFA K; 4CIG A; 4JK7 A; 2RE2 A; 2VWB A; 5JMV A; 4K42 A; 1G99 A; 2HHH K; 1KQS M; 1TL1 A; 4W5N A; 5CYQ A; 4YOX A; 4W5O A; 3FZF A; 4O0J A; 3S41 A; 2QXF A; 2ETJ A; 3AO4 A; 3ULE A; 1NBW A; 3IUC A; 3OS2 A; 4C8L A; 5AQZ A; 3KD5 E; 1RT2 A; 3NVM A; 3OA9 A; 4WF9 L; 1YUW A; 3VQB A; 4DQQ A; 4JEP A; 1IBM K; 4CJ7 A; 2F7T A; 4DV3 K; 2GEL A; 1VAZ A; 3BP8 A; 5HOO A; 3P31 A; 3M3Z A; 3HSC A; 4KTZ A; 2FBT A; 3ZYY X; 1JCG A; 1B92 A; 1TK8 A; 4F3O A; 4KPY A; 3WXJ A; 3VQ7 A; 4CD3 A; 4K8X A; 3H1V X; 2A1S A; 1MA9 B; 3KVG A; 1VQ8 N; 3GOI A; 3O08 A; 1VHX A; 2HBJ A; 2ITM A; 4DQ8 A; 3LZJ A; 1SQK A; 3PO5 A; 4DR3 K; 4FZY A; 2YHB A; 3LPT A; 3VGK A; 4MQ3 A; 1QQM A; 3ATV A; 1NGJ A; 3AVC A; 3P39 A; 4A2A A; 5JVH L; 1XQS C; 3MXI A; 3LP1 A; 2QWN A; 4JN4 A; 3VEW A; 3VQA A; 1C0U A; 1WOQ A; 2WBN A; 3A5L C; 4JKG A; 3ZSZ A; 1NOY A; 2FC0 A; 5AZJ A; 4CJT A; 3V9X A; 2O8C B; 1TK5 A; 4DR5 K; 3SUP A; 4O8U A; 1SV5 A; 3CCS N; 3SQ2 A; 4ELU A; 1D4X A; 1C0F A; 3EKS A; 2Q31 A; 3HO1 A; 1N32 K; 3CC2 N; 4ISF A; 3LZI A; 4BRE A; 4X66 K; 4BE1 A; 3QO9 A; 1NLV A; 1W0H A; 1LWF A; 3ZT4 A; 3V1Q A; 1EO1 A; 2FSN A; 4HTL A; 4JV5 K; 4ELV A; 4DU1 A; 4U67 L; 4FJJ A; 3IKM A; 3AVI A; 3QLH A; 3QES A; 4AF1 A; 3SJJ A; 4BDY A; 4ISE A; 2ZJP L; 2WUS A; 3MDQ A; 3ZSO A; 2Q3S A; 5LY3 A; 4DR1 K; 5C24 A; 1MDU B; 1WSG A; 3KLG A; 5J2P A; 3H08 A; 4HUF A; 3CFR A; 1S22 A; 2X6N A; 3ALY A; 4C1N I; 4CK2 A; 3MEC A; 5KPR A; 5GIN A; 1ZBH A; 2YNI A; 3AA2 A; 1QQO A; 2UUA K; 4R79 A; 3WXI A; 4FVU A; 4DLG A; 5BPN A; 4AHS A; 3LWM A; 3P83 D; 4KRE A; 4ZHR A; 4GY2 B; 5HL7 L; 3AAQ A; 4JI3 K; 4N56 A; 2E6M A; 4OPA A; 1VQ6 N; 2QK9 A; 5LMU K; 1FK9 A; 3I0S A; 3JAM O; 4WQ5 C; 5AQS A; 4I2Q A; 2ASP A; 2BAN A; 3FZM A; 3THW A; 3IAY A; 3R8E A; 2KZZ A; 1YIT N; 3J7Y P; 1RTH A; 1RTJ A; 3VER A; 4QS7 A; 4HHT A; 1BGX T; 1HMV A; 4PHT X; 2FSK A; 4QCL A; 3WQT A; 3TR8 A; 4BR7 A; 3T1H K; 3FGU A; 3MN7 A; 3TAN A; 4BVP A; 3VQ5 A; 3AVH A; 2NUB A; 3O4W A; 4H5N A; 3VEV A; 2YNF A; 3E9L A; 2O8E A; 3ZSR A; 2E1Z A; 4E7K A; 2W6L A; 1ZBU A; 4H0T B; 4CGI A; 1SS6 A; 4ELT A; 4KI6 A; 2ASM A; 2UXD K; 3BZK A; 3E66 A; 1UOC A; 1WSF A; 4FPA A; 2QI2 A; 1WAJ A; 3FZK A; 4B9U A; 3QIC A; 2KFN A; 4NLB A; 2Q97 A; 1UAX A; 2H3G X; 1SL0 A; 1TUY A; 4G9Z A; 1NK5 A; 4LSL A; 1OVQ A; 5E41 A; 4I9Q A; 2Z1J A; 3CQ8 A; 4KO0 A; 4M7X A; 4FJ9 A; 2XHB A; 4DFK A; 3KTQ A; 1RDD A; 4FZZ A; 1CZA N; 1X1P A; 4IG0 A; 3D0P A; 3T69 A; 4ZTJ A; 1O1W A; 4TSX A; 4DTP A; 3S9H A; 2E5L K; 2QWL A; 2QWQ A; 5K14 A; 4CEB A; 3F5T A; 2NRX A; 1V4T A; 2OTL N; 1JKH A; 4NCB A; 4E0D A; 3LDL A; 3PX0 A; 1VSE A; 1VSH A; 1X9S A; 1M1K O; 1TAQ A; 4CES A; 2D1K A; 4FL9 A; 1EXQ A; 3R1X A; 3M1F A; 4OO1 J; 2HHX A; 4PA1 A; 3C6H A; 1Q18 A; 3QET A; 2Z1H A; 4E7L A; 3CJ1 A; 1IV0 A; 2HBM A; 1EWR A; 5BRE A; 1NU0 A; 4DF8 A; 2HBK A; 2YCH A; 4MLH A; 3VMF B; 3KIO A; 3DRS A; 4CJU A; 3THX B; 1HNV A; 3KWG A; 1GOC A; 1GLF O; 4IG3 A; 5AQG A; 4CJF A; 3AO5 A; 3D45 A; 1WBB A; 3THW B; 5C25 A; 4CGJ A; 3KD1 E; 3KK3 A; 3VPZ A; 1GLJ O; 3TPQ A; 1RTD A; 2WON A; 4JI5 K; 2V7Y A; 2YHW A; 4BRH A; 3QER A; 1JCE A; 1Q86 O; 2O8D B; 3DJC A; 1HPZ A; 3TAG A; 3NMU A; 1XMO K; 5DK5 A; 4J8F A; 2EHG A; 1HUX A; 1OH6 A; 4FWQ A; 2P5O A; 4B1Z A; 4CHY A; 3LAM A; 4HVJ A; 5IT9 O; 2O8E B; 4A61 A; 4CJQ A; 4JI2 K; 1TV6 A; 5AQR A; 3ZSW A; 1E4F T; 2FLO A; 3QIN A; 1ASW A; 3L0Q A; 1ZC6 A; 4NCG A; 1D9F A; 5AQM A; 4M63 C; 3AO2 A; 1BIU A; 3T1A A; 3BEX A; 3S3N A; 2KW4 A; 2X78 A; 4J2D A; 4KB1 A; 4IEE A; 3AAP A; 4BWJ A; 5MLC Q; 2BGG A; 4GV6 A; 3OYJ A; 4A5A A; 1EET A; 3LWL A; 2P9L A; 3K57 A; 4OPH A; 4H0O A; 5AR0 A; 3MWP A; 4O5B A; 2UXC K; 4JK9 A; 4DFP A; 4B3S K; 2GBZ A; 2VG5 A; 3HPH A; 4CHZ A; 2GTD A; 4LSN A; 2NRW A; 1A5W A; 4JI6 K; 4EHT A; 3FR0 A; 1ILY A; 2XY7 A; 4DV2 K; 1I3A A; 3JS6 A; 5FLX O; 3NF6 A; 1YT3 A; 2IGI A; 3AVN A; 1NJY A; 2D0C A; 4ILJ A; 1K6Y A; 4O44 A; 5CE3 A; 4IOC L; 1XI1 A; 3NDK A; 1K8A O; 4CJV A; 3TAF A; 4YFU A; 3VF2 A; 3DLL L; 5TKY A; 3ZEU A; 4LH4 A; 5KPT A; 1DLO A; 4E7J A; 3V9U A; 1VSI A; 3BUZ B; 4J2B A; 4XIU A; 1GLB G; 5M1K A; 2DTU A; 3KKS A; 1L3V A; 1HKC A; 1S1X A; 4BRC A; 1IKX A; 3DXM B; 4CJW A; 4FCY A; 3E9O A; 2PZS A; 3IRX A; 4KHU A; 3UKU B; 5AZI A; 1VQO N; 5FRO A; 2BUP A; 1JXE A; 3ENB A; 4CFD A; 4DHY A; 3U3Y A; 4B8A B; 4DQR A; 1L3U A; 4DU3 A; 1IG9 A; 4GKK K; 4BGB A; 1S9E A; 1VQM N; 2F8T A; 1T7P A; 5D3G A; 1HLU A; 3TSU A; 5AQQ A; 1Q82 O; 3MN6 A; 3VF4 A; 1NOZ A; 3WNE A; 4I6M A; 5A2Q O; 1HKB A; 4CI6 A; 4PY5 A; 3AGK A; 5M1O A; 1DKG D; 5EOY A; 5ADX H; 5CZ1 A; 1S1V A; 3WXK A; 3EE9 A; 3I8D A; 4DR7 K; 3HVT A; 3TSP A; 3OTO K; 3FZH A; 4EP5 A; 5BRH A; 3G10 A; 4YNQ A; 3AVB A; 1S1W A; 5J2M A; 4CK3 A; 2GUP A; 3OBY A; 2QWO A; 2ASO A; 5FRN A; 2YKN A; 1WSI A; 3OYD A; 3WNF A; 5HRR A; 3SPY A; 3CG7 A; 3LDO A; 1TAU A; 1QSY A; 4DV0 K; 2D5R A; 1U04 A; 4N41 A; 4DSE A; 3QEX A; 2AA4 A; 3I33 A; 2BTF A; 4JD2 B; 4CGD A; 1HNX K; 2HHS A; 1F21 A; 4CER A; 3F9K A; 1N33 K; 4DS4 A; 4H5V A; 3H45 C; 1KVB A; 1TYQ A; 1HNW K; 4NXM K; 4GV9 A; 4BRQ A; 1NGI A; 4JAX A; 4BG9 A; 5FRM A; 4H5T A; 4AHU A; 2W40 A; 1N36 K; 3LP2 A; 1O13 A; 2RF2 A; 5FPD A; 5LL6 Z; 4XH1 A; 3C6U A; 4UQG A; 1IBL K; 4PL8 A; 3ZX0 A; 2OCE A; 4M3R A; 2Q36 A; 4YY3 K; 3P1G A; 2PFU A; 1BIZ A; 2DPN A; 5CY4 A; 4W5T A; 4BQL A; 1NK4 A; 5AQW A; 1LAW A; 5M1F A; 3KLF A; 3WQU A; 5HP1 A; 4C8K A; 1RDB A; 4DV5 K; 2DY4 A; 3EE8 A; 1T8E A; 3O1W A; 1RTI A; 4WYB A; 4FWP A; 4N47 A; 3AV9 A; 3LDP A; 3G71 N; 2QKK A; 1XUP O; 3NH1 A; 2KQ2 A; 2FSJ A; 4N76 A; 2E4L A; 4B9M A; 4FPB A; 1ZXO A; 2P5G A; 2UXB K; 4WQ4 A; 4JKH A; 3OYK A; 3SQ1 A; 1WSJ A; 2HF3 A; 2ZGZ A; 3RTV A; 4X65 K; 5FDL A; 3FZL A; 3PIO L; 4CZL A; 3KJV A; 4JLH A; 5JS1 A; 1NGE A; 2OPR A; 4BRF A; 3QEW A; 4DTO A; 4JKA A; 1Q9Y A; 1NK6 A; 3CF5 L; 1JLC A; 3K5L A; 3RRH A; 4DSI A; 4JHD B; 3CJC A; 3P4I A; 1WN7 A; 2QKB A; 4FM0 A; 1C1C A; 4BRL A; 1XHX A; 4CJ4 A; 1RDA A; 3MED A; 2YNH A; 3WUH A; 4OPJ A; 4F2R A; 5GIP A; 5BR9 A; 4B9Q A; 1BQM A; 4KBO A; 1DGK N; 1IO2 A; 2Q1N A; 2A5X A; 1QZ6 A; 4DCH A; 4F2S A; 2B6A A; 2ZM6 K; 4LD0 A; 3VEZ A; 4FJN A; 1QQN A; 1BO5 O; 1NGH A; 1JCF A; 4CGF A; 3NBP A; 5C0Y A; 1ATS A; 4PKI A; 3R6M A; 1YJN N; 1J6Z A; 1YXQ A; 3SCX A; 3A2F A; 3TAB A; 3CET A; 2P9I B; 1VQP N; 4FJ7 A; 4Z4I A; 4DTU A; 5HRP A; 4AQY K; 1JLA A; 1T6C A; 4OKJ A; 2CGL A; 2OA8 A; 3OVN A; 1S1U A; 4CK1 A; 3ENH A; 1SUQ A; 4FJL A; 4BRM A; 3O8M A; 3C95 A; 5I3U A; 4B3M K; 1TGO A; 3M8Q A; 4B3O A; 3P38 A; 1E3M A; 2NRV A; 4YOY A; 4FM2 A; 4J2E A; 1KTQ A; 3W0L A; 1JXB A; 3HXM A; 2ZJQ L; 5AQV A; 3MAQ A; 4KI4 A; 3I56 N; 3WXL A; 2CGK A; 1HQU A; 3QBW A; 1S6P A; 2OAN A; 3CPE A; 4LFC K; 1GOA A; 3U4L A; 3EZ5 A; 4DS5 A; 5EY4 A; 4BC5 A; 4CW7 B; 4FSV A; 2XY6 A; 2PBD A; 3CJA A; 3KLI A; 4DTN A; 4FWL A; 2OPP A; 3HT3 A; 4CZK A; 1GLE G; 2A6A A; 3TAR A; 3AA5 X; 4BDZ A; 1NMN A; 3J80 O; 3HST B; 1UA1 A; 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3ID6 A; 2P9P A; 4CF0 A; 4AHT A; 1S9G A; 4QAG A; 3AGR A; 5AFU H; 4H5W A; 3THX A; 3OW2 M; 4K25 A; 4KHP K; 4KH6 A; 2NNW A; 1QE1 A; 4JI4 K; 3VES A; 1EP4 A; 2IVO A; 5CZ2 A; 3K59 A; 5DM7 L; 3PO4 A; 3V9Z A; 3VOV A; 3SLC A; 4E1N A; 4CZI A; 3TTD A; 2O8D A; 3V1R A; 3QEV A; 3CXC M; 3MXJ A; 3A0I X; 4DTR A; 4BRI A; 1NMD A; 4DTS A; 3L4I A; 3NF7 A; 4U7B A; 3DI6 A; 4Z4G A; 1ESV A; 1Q8I A; 4PL7 A; 2P9S B; 4BC3 A; 3CJB A; 2UUB K; 1NGF A; 4KV8 A; 3D2F B; 1A5V A; 2P9N A; 3ZT3 A; 2YX6 A; 3I0R A; 3CHW A; 4DSL A; 3J7A P; 1NGB A; 4DMN A; 1W97 L; 2CGJ A; 1I94 K; 4MO4 A; 4Z4F A; 1JLG A; 3B6O A; 2YHY A; 2IC3 A; 4JYA K; 3QFP A; 1KAY A; 3QB0 A; 2NLX A; 3KLH A; 5AJ3 K; 1S3X A; 4L8R B; 1P8Z A; 3WT0 A; 2P9K B; 2ATQ A; 5C12 A; 1JLE A; 4K41 A; 4Q0B A; 5KI6 A; 3SUO A; 1X3M A; 4K43 A; 1QSS A; 3FLC O; 3VQC A; 3C6A A; 4V19 S; 5AQO A; 4C8O A; 1P90 A; 4IDK A; 2KFZ A; 2R7Y A; 3HM9 A; 3UIQ A; 1FKO A; 1K73 O; 1LWC A; 3NHG A; 3U6F A; 1TKT A; 3DXK B; 1X9W A; 1KD1 O; 3AO3 A; 4M42 A; 3BGR A; 3CCV N; 1T03 A; 2JGU A; 2FBV A; 4IFY A; 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