4K25A

Crystal structure of yeast qri7 homodimer
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
374
structure length
355
Chain Sequence
YKVLAIETSCDDTCVSVLDRFSKSAAPNVLANLKDTLDSTKAHIHHQARIGPLTERALIESNAREGIDLICVTRGPGMPGSLSGGLDFAKGLAVAWNKPLIGVHHMLGHLLIPRMGTNGKVPQFPFVSLLVSGGHTTFVLSRAIDDHEILCDTIDIAVGDSLDKCGRELGFKGTMIAREMEKFINQDINDQDFALKLEMNMLSFSFSAFITALRTNLTKLGKTEIQELPEREIRSIAYQVQESVFDHIINKLKHVLKSQPEKFKNVREFVCSGGVSSNQRLRTKLETELGTLNSTSFFNFYYPPMDLCSDNSIMIGWAGIEIWESLRLVSDLDICPIRQWPLNDLLSVDGWRTDQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Reconstitution and characterization of eukaryotic N6-threonylcarbamoylation of tRNA using a minimal enzyme system.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protei
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 96
structure length 355
sequence length 374
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2013-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A01
1HLUA 3D2EA 4BQZA 2UYTA 4YDUC 4IZ9A 5AQHA 3D2FA 2KHOA 2ZGZA 2BTFA 2HF3A 2GWKA 3VPZA 5ADXH 1BUPA 3VOVA 1QHAA 1QZ5A 4B1ZA 4LC9B 3WXIA 1DGKN 3GL1A 5BRDA 3G25A 5AQNA 4CBXA 1X3MA 3LDPA 4BRFA 4BR2A 2A42A 2P9NB 2PAVA 2YCHA 3DWLA 4GNIA 2QM1A 3U9DA 2A40A 4PL7A 1HX1A 3VEYA 4MO5A 3VEXA 3AAPA 4JHDB 3KVGA 3CQYA 2FLOA 3A0IX 2WUSA 3MK6A 4I6MA 2J4RA 5JLHA 2VWBA 4AM7A 4E1JA 2V52B 1GLFO 1JCGA 1YAGA 3BP8A 1J6ZA 5BRHA 2GEMA 3SK3A 2Q36A 3UKUA 4A2BA 5AZJB 5AR0A 2P9LA 3ATVA 4EAHD 1BG3A 4BROA 3WXLA 4Y0WA 4PKGA 5AQGA 5AQQA 2GELA 4BRQA 2E1ZA 3DXKB 5KPTA 5FPEA 3GG4A 2V7YA 3L4IA 4BVPA 3EL2A 4FL9A 2F9TA 1NGFA 5AQYA 4CZFA 1NGDA 3MN9A 1BOTO 2ASPA 3FZMA 3A5MC 3UE5A 5BN8A 1V4TA 3BF3A 2IVPA 3ENHA 4AM6A 5EXWA 1NGHA 2YHWA 4BGBA 3DXMB 5AFUA 1U6ZA 3AAQA 3IUCA 4BRAA 2FSNA 2E2QA 3C7NA 4FO0A 3UB5A 4JD2B 1NGAA 3ULEA 3H1VX 1KAZA 1P8ZA 1OKJA 3GE1A 3GOIA 2DPNA 5ADXA 5BREA 4CZGA 4FWPA 4GY2B 3WQUA 3EKUA 1LCUA 3FE1A 3CQXA 1Q18A 2HMPA 1RGIA 2Q97A 1H1VA 3VEVA 4H0TB 4CBWA 3AARA 5JMVA 3HBTA 4BR7A 3GDQA 1ZBSA 2E2OA 5TKYA 2EWSA 1GLDG 2Q1NA 4K42A 2CGKA 4WQ5A 1TYQA 1TUYA 1TUUA 3O80A 4JNEA 3ZETA 4L3QA 3I33A 3AY9A 4DHYA 1JCFA 3FZKA 2FXUA 5BN9A 2A41A 2YJFA 3WEEA 3R6MA 3BF1A 5AQMA 4CZKA 3ZX2A 3VGLA 2CGJA 4H0PA 3UKRB 4CZJA 1E4FT 3A8YA 3H45C 2P9SB 3HSCA 4BRNA 3FR0A 3LDOA 3MDQA 3EKSA 4FWNA 5LJVA 3L6QA 2P9PA 1BA0A 1V4SA 4IJAA 4CZMA 4MLHA 1QQMA 3O8MA 1D4XA 3RSEA 4EHTA 3QFUA 1MWKA 1ZXOA 2GTDA 5AQWA 4BR9A 4CZEA 4IWVA 1EQYA 1CZAN 2F9WA 1T44A 4QS9A 2CH5A 2QWRA 5BPNA 1X3NA 3IFRA 5EX5A 4M63C 1ATRA 4BRHA 3SMSA 1GLJO 4HWIA 2IVOA 3H46O 4CZLA 5KPRA 3O4WA 5AZIB 4BQLA 2D0PA 1NLVA 2GWJA 3B8AX 4FWLA 4BC4A 4H0VB 4H0OA 5F2RA 3CJCA 1NGJA 1K8KB 2P9NA 2PBDA 1S22A 4O5FA 3J8AA 3F9MA 3ZEUB 1S3XA 3H1QA 4JHDA 2VYPA 1JCEA 1RDWX 2D4WA 3A5NC 4H5RA 4KBOA 2W41A 4M7YA 2A6AA 3U8XA 4RCHA 3D7EO 4BRPA 4RTFD 1GLAG 2YI1A 5I9EB 2P9UB 3CJ9A 1QZ6A 2QWMA 3DJCA 4FWRA 3CIPA 4BR0A 4CZHA 2QWOA 4BC3A 3QDKA 3JS6A 3LM2A 3M6GA 3P4IA 3GBTA 4XH4A 1GLLO 4FWQA 1Z05A 3OHRA 4MLEA 1KAXA 4PKHA 3QMLA 1BU6O 3HM8A 3HI0A 4NO7A 2E88A 1GLEG 4BVOA 4QS7A 3I8BA 2E2PA 4FOEA 1IJJA 4H0XB 1U2VB 5AQRA 3MCPA 3DXMA 1ZC6A 3FGUA 2Q2RA 1GLBG 2YJEA 3W3DA 1Z6RA 1HUXA 2HOEA 1DKGD 4BR4A 5B8HA 4JD2A 2QWLA 2HF4A 2ZGYA 3U4LA 1XUPO 1HKBA 4B1VA 4BRKA 5KQDA 2H3GX 1BWFO 4EHUA 1HPMA 5BR9A 1GLCG 3LDLA 4NB4A 5F0XA 1ESVA 2I7NA 4H0YB 3VETA 2E1YA 1R59O 1NBWA 2P9KB 3LL3A 5E26A 4BG8A 4DCHA 2QWPA 3QFPA 4CZIA 5KPZA 2P9IB 3VF6A 1BA1A 1X9JA 4JAXA 4BR5A 5AQOA 5AQXA 2ASOA 4CD3A 2V51B 1NGBA 1SQKA 4WQ5C 4YDUA 1DEJA 3D2EB 1C0FA 4A62A 3H6EA 2QXLA 3D2FB 5EY4A 1NGEA 2CGLA 3EO3A 4CBUA 2FSKA 4CD1A 3WXJA 4B1YB 3SMPA 3CI5A 3JXUA 3C0BA 5AQVA 2YHXA 5E84A 3FZLA 5LJWA 3EZWA 3MN7A 4FWKA 4DQ8A 1Y64A 2NZTA 1SAZA 2Q0RA 4HTLA 3VEOA 3UKRA 3LDQA 3MMVA 4FWOA 2BUPA 2P9SA 4B9QA 2E2NA 3QB0A 4IJNA 3VF4A 4I6MB 1WUAA 3SLCA 1T6CA 1NWKA 2IVNA 2NLXA 3VERA 4BRMA 4ISFA 3CERA 3IMXA 3BUZB 4BC5A 1KAYA 1KXPA 4XH1A 2V7ZA 1MDUB 2A3ZA 3S41A 2FSJA 2VCPA 3WXKA 2Q0UA 4RWTA 3IDHA 5BRFA 3UKUB 4K25A 2Q31A 2P9LB 3LDNA 4CI6A 4DB3A 4QS8A 3LM9A 3VENA 4O8KA 5ELZA 1YVNA 4FPBA 5CE3A 2IIRA 5FPMA 3CJAA 4IXCA 5JLFA 3VEZA 1YUWA 2GUPA 1NM1A 1MA9B 2CH6A 3HZ6A 3ZX3A 2AP1A 3MN5A 3U9ZA 4BRGA 5AZIA 2AA4A 4PL8A 1NGIA 5AZJA 4F9OA 1K8KA 3CJBA 3VESA 3CHWA 5AQLA 3CJ7A 5AQPA 4FWMA 3C7NB 3O08A 4BG9A 2ZWHA 1BO5O 4K43A 3EN9A 3ULEB 3ZEUA 3ATUA 3CETA 3DXKA 3FZFA 1MWMA 3TU5A 4MO4A 3SJHA 4H03B 4EFHA 4Z94A 3VF2A 4H5VA 3FZHA 2D0OA 1ATNA 3O1WA 4PKIA 2QWQA 4B1XB 1NGGA 2OANA 4ISGA 3TPQA 3VGKA 3KHYA 4EIAA 2E20A 5F1XA 2ASMA 2FF3B 2P9UA 4FWSA 4M7XA 2ITMA 4CJ7A 3QICA 3L0QA 2QW9A 2I7PA 4FPAA 2QWNA 3CJ1A 4BRIA 4K41A 1BDGA 5FPNA 3M3ZA 2A5XA 1HKGA 1TYQB 2YHYA 3H3NO 3VGMA 1E4GT 3ENOA 5EVZA 4A2AA 4C23A 1QQNA 3BEXA 1T6DA 2W40A 2D1KA 5BPLA 1ATSA 1XC3A 3R8EA 3R9PA 3KZBA 4H5TA 5AQZA 3ZETB 1U2VA 4BREA 1NGCA 3QBXA 4J8FA 4WQ4A 4XH5A 3QBWA 5LY3A 1G99A 1NMDA 4ISEA 5AQFA 5AQKA 3WEEB 3HTVA 3VEWA 1IG8A 1HKCA 3A5OC 4BRLA 1WOQA 1XQSC 5AQUA 1YXQA 4XEIA 4BRDA 3FFKB 4BC2A 5AQSA 3O5BA 5JICA 1SZ2A 3O1BA 4IO8A 3M1FA 5FPDA 4B1UB 3MN6A 2NRHA 1HJOA 1LOTB 2ZF5O 4WYBA 1RFQA 3A5LC 2E8AA 5BPMA 2P9PB 4H5WA 3FLCO 3ZX0A 4JN4A 4BGAA 5EOYA 4WQ4C 1C0GA 3W0LA 1QQOA 5KQ8A 2P9KA 3DAWA 5AFUH 4A61A 3RSEB 3O6WA 3H3OB 4FOIA 5AQTA 2P9IA 2FF6A 5AQIA 4B1WB 3WUHA 4BRCA 3ID8A 4H5NA 4FSVA 5AQJA 3WQTA 3WT0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HLUA 3D2EA 4BQZA 2UYTA 5AQHA 3D2FA 2BTFA 2HF3A 3SPYA 3L3VA 4DFKA 3OYLA 1BUPA 3VOVA 3VQQA 4CHNA 2G8KA 1L3UA 3GL1A 2KFZA 5LL6Z 1X3MA 3LDPA 2JGUA 4KH6A 4M3YA 3M8QA 4J2DA 2QA4N 3HOSA 2A40A 2E6MA 4CF2A 4PL7A 2ZM6K 3CF5L 1HX1A 2ITGA 3VEYA 4DQSA 3AAPA 3KVGA 4JI0K 4KO0A 2FLOA 3A0IX 2WUSA 3AA4A 2VWBA 4DQRA 4JS5A 3R3LA 2OTLN 1CZ9A 4FM1A 1NK4A 4IEEA 1JCGA 1ZBUA 4FLZA 2BANA 3CC2N 4A2BA 4OPAA 2P9LA 1RBVA 3DLRA 1BG3A 4BROA 4CW7B 4PKGA 4JV5K 1KVAA 4X65K 2E1ZA 4NCGA 2V7YA 3L4IA 4BVPA 4FL9A 4GV9A 2F9TA 1NGFA 2OZMA 1NGDA 1KFSA 2QKKA 1N32K 1RT4A 4PUOA 1HQUA 2YNFA 1V4TA 4C8MA 3L4QA 1KVCA 5AFUA 4LF4K 4CESA 4NCBA 1VQ4N 3NF8A 3O4QA 4BRAA 3TAFA 1B9FA 3C7NA 3O9SA 4FO0A 3K59A 3UB5A 1NGAA 2D0CA 1GOBA 3H1VX 3TTFA 1Q9YA 2KKZA 2DPNA 3MXJA 2BGGA 4DR3K 4DFMA 2QEXN 4YHHK 4KI4A 2OTJN 3CQXA 3VN5A 4H0TB 4CBWA 3AARA 3C95A 1Q82O 5TKYA 1W97L 4K42A 2IOCA 1HNZK 1QE1A 5J2PA 4WQ5A 1Q9XA 3HVRA 3ZSZA 2Z1GA 4CEAA 3PO4A 3OA9A 1A5WA 1WLJA 4WFAL 1YITN 3L2VA 1UAXA 1HNIA 1TAUA 2QK9A 1CXQA 3LDSA 3VQCA 3KWGA 3G6EN 5BN9A 3CCVN 2A41A 2RF2A 3BY5A 1QS4A 3SV3A 4M3WA 4BY9C 1S6PA 4ILGB 2VQEK 2BDPA 3VQ8A 5HRSA 2CGJA 3QEIA 3K57A 1NJXA 3A8YA 3H45C 5FRMA 4BRNA 4KFBA 4F2RA 3N4QA 3EKSA 4FWNA 4DTUA 3L6QA 2D5RA 2P5OA 3IRXA 4Z4EA 3KD1E 5C10A 2F4VK 3VQEA 3RSEA 1KD1O 3CC7N 3ZT3A 1VRUA 1BQMA 1YT3A 1JJ2M 2GTDA 4BR9A 4IWVA 1RBTA 4RW8A 2B5JA 3LAMA 4DR5K 4DSJA 2PYJA 3IKMA 1YI2N 4Q0BA 1W9HA 3E66A 3VQ7A 3DLHA 4M63C 3OYKA 3B6PA 3SI6A 3SMSA 3RR7A 4FZZA 5AZIB 5A2QO 4CIEA 3B8AX 3DOLA 3OYIA 3SQ0A 5F2RA 3LZJA 4BE0A 3LALA 2PBDA 1CLQA 3VQBA 3F9MA 4M3UA 1S3XA 1HNWK 4CGGA 5HP1A 5LMNK 4JHDA 3OW2M 1JCEA 3MWPA 4H8KA 4DS4A 4B3RK 3T7ZA 1WSEA 1RT1A 4BDPA 4PQUA 2HBKA 4UQGA 3AO1A 1D5AA 4DKWA 3ZT2A 3U6FA 4C8LA 2P9UB 3CJ9A 3M5RA 1SL1A 4FWRA 3V1OA 3LM2A 5KGWA 3GBTA 3LZIA 4O55A 3O4NA 1VSJA 4FJXA 3F9KA 3V9UA 1GLLO 4M3ZA 1Z05A 4YORA 4MLEA 5M1PA 3KK1A 4NO7A 2RHKA 1BISA 4EP4A 4JI7K 2E88A 4A5BA 2HNDA 4AHSA 4BVOA 3DLBA 1FKOA 4CEOA 4AHRA 2NNWA 4AHVA 4RW9A 5AQRA 3MAQA 3T1YK 4B9UA 1TL1A 4BR4A 1VQ6N 1QHTA 1D9FA 4F2SA 2O8DB 1GOAA 3G0ZA 4OKKA 1VQPN 1NKCA 3QO9A 1XUPO 4FZXC 3D6RA 2FBXA 2H3GX 1RTHA 5BR9A 3NGYA 3F73A 1S9EA 3OYBA 3AGRA 4YOWA 1ESVA 1YTUA 5BR8K 2E1YA 1YJ9N 4DU1A 4KHWA 1WSFA 3CPEA 1KQSM 4CZIA 4C8KA 1DTQA 5J2QA 2D0BA 1BHLA 1X9JA 3VQAA 2R7YA 3TTDA 2X6SA 4WFBL 2XO7A 1NOZA 3RMDA 2ASOA 4CD3A 1NGBA 3NGIA 1HQEA 4WQ5C 4B9LA 3MX5A 1KVBA 3WXMB 2UXBK 1C0FA 3AA5X 1M1KO 4DTXA 4DWIA 3AVBA 2VG6A 2ETJA 1NGEA 4CBUA 3P38A 3OYAA 4JK9A 4B1YB 1NK7A 3I8DA 2YNGA 1HYZA 3MN7A 4GW6A 1SUQA 2NZTA 1CZBA 3AVNA 2Q0RA 3VEOA 5H1SQ 3LDQA 1TK0A 3MMVA 4FWOA 1L3TA 2WC9A 5KRTA 2KZMA 3VERA 4FCYA 1NWKA 2NLXA 1IKXA 4ISFA 3CERA 3HL8A 1VSMA 3IMXA 5HBMA 3S41A 1MDUB 4NYNA 2Q0UA 4OPHA 4GKKK 5BRFA 4J2BA 3L2RA 2Q31A 1VK0A 3E9LA 3LANA 4B8CA 3VENA 4O8KA 3AVLA 2IIRA 4IXCA 4CGFA 4O0IA 4CJEA 1TAQA 1YUWA 2GUPA 1MA9B 1S1UA 4IOXA 3G4SN 3E1YA 3RR8A 3CFOA 3NFAA 3U9ZA 1DT9A 4DV1K 2XY7A 4PL8A 4B3TK 4F9OA 1K8KA 1RDUA 1KRPA 2IAJA 3DYAA 2E4LA 5AQLA 5AQPA 1IKYA 4DU3A 2ZWHA 3ULEB 3DXKA 1Y97A 1MWMA 4EFHA 3VF2A 4YOTA 3TAPA 1TL3A 2D0OA 4LSLA 4CF0A 1NJYA 3O1WA 4YOXA 4CJ5A 1O13A 4B9TA 1SKRA 3DLEA 3TPQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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