4K25A

Crystal structure of yeast qri7 homodimer
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
374
structure length
355
Chain Sequence
YKVLAIETSCDDTCVSVLDRFSKSAAPNVLANLKDTLDSTKAHIHHQARIGPLTERALIESNAREGIDLICVTRGPGMPGSLSGGLDFAKGLAVAWNKPLIGVHHMLGHLLIPRMGTNGKVPQFPFVSLLVSGGHTTFVLSRAIDDHEILCDTIDIAVGDSLDKCGRELGFKGTMIAREMEKFINQDINDQDFALKLEMNMLSFSFSAFITALRTNLTKLGKTEIQELPEREIRSIAYQVQESVFDHIINKLKHVLKSQPEKFKNVREFVCSGGVSSNQRLRTKLETELGTLNSTSFFNFYYPPMDLCSDNSIMIGWAGIEIWESLRLVSDLDICPIRQWPLNDLLSVDGWRTDQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Reconstitution and characterization of eukaryotic N6-threonylcarbamoylation of tRNA using a minimal enzyme system.
pubmed doi rcsb
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Probable tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protei
total genus 96
structure length 355
sequence length 374
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2013-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A01
4H5RA 3DXMB 4RWTA 1Q18A 1LOTB 1QHAA 2E2QA 3EZWA 3UKUA 3U4LA 4BR7A 1J6ZA 2VWBA 1C0GA 1T6CA 1ZC6A 2ASOA 1GLAG 3WEEB 1NWKA 3VETA 3M3ZA 1V4TA 4AM6A 2F9TA 1HPMA 4CZFA 2E8AA 1NGHA 4BC2A 3BEXA 4FPBA 2E1ZA 3ZETB 3IDHA 3SK3A 4FWNA 1BG3A 3M1FA 3FZHA 3MN7A 4CBWA 1SZ2A 3FZMA 1HUXA 4CZHA 2YCHA 2YHXA 1BA0A 3CERA 4H0OA 1XQSC 3SMSA 4NO7A 5BPLA 3HZ6A 2V52B 2CGJA 3BF3A 2ZGYA 3ZX2A 1TUUA 4BRGA 1YUWA 5ADXH 2J4RA 2P9KA 2P9SB 5LY3A 5AFUA 2GWKA 3ID8A 3VEXA 4BR0A 2V7YA 5AZIB 2ZWHA 4BRIA 5E84A 2Q31A 3O80A 1NGIA 4H0VB 3HI0A 3TU5A 3M6GA 4JD2B 4FL9A 5EVZA 3VESA 4ISGA 4DHYA 3VEYA 2IVPA 4XH5A 4B9QA 4BRCA 2IVOA 4F9OA 3AAPA 2VCPA 1HKGA 3U9ZA 1YXQA 4XH1A 4J8FA 4GY2B 3QBXA 1BO5O 4QS9A 2YJFA 4PL7A 2ASMA 5AZJB 2CH5A 3DXMA 5F0XA 3EKUA 1RDWX 2Q0RA 1GLJO 2UYTA 5KPZA 2ZGZA 3FR0A 3VGLA 4BR2A 4PKGA 5AQJA 1U6ZA 3WEEA 4YDUA 4CBUA 4MLHA 4EIAA 2I7PA 3J8AA 3O5BA 4PKIA 4PL8A 2D0OA 3QFUA 4HWIA 4CZMA 3JS6A 2P9IA 3LL3A 4JNEA 3ZETA 2PBDA 5TKYA 1TUYA 3HTVA 4IWVA 3W0LA 1YVNA 3R6MA 4L3QA 3ZEUA 2E2OA 3AAQA 3MN6A 4H0TB 1QQNA 5KPTA 2H3GX 5AQQA 5AQRA 3CHWA 5AQIA 4CZEA 4H0YB 3VEVA 3IFRA 5JLHA 3A8YA 1HKBA 2IVNA 3MMVA 3CQYA 3UKRB 1G99A 1NGBA 1LCUA 3QB0A 5AQSA 4B1WB 1NBWA 4PKHA 2P9SA 1BUPA 4B1XB 5BRDA 3GL1A 4IZ9A 5AQKA 3A5OC 5LJVA 4EHUA 5AZIA 1DEJA 2YHWA 4K25A 2QWMA 4FWKA 1Z05A 4H5TA 5AQZA 1MA9B 2FSNA 4CD1A 2FSKA 3VEWA 1R59O 2OANA 4JD2A 3FGUA 1TYQB 3KVGA 3LDLA 2A40A 4FWOA 4WYBA 4B1VA 3ULEB 5KQDA 1KAYA 2HF4A 5EXWA 3VOVA 1QZ6A 3UB5A 2VYPA 1V4SA 5AQPA 4DCHA 5AQWA 4JHDB 5BN8A 2PAVA 3LDQA 3KZBA 1GLEG 2P9IB 4CJ7A 4BQLA 1GLCG 2Q97A 4FWLA 3GBTA 3A5MC 5AZJA 3VEOA 3FE1A 3EKSA 4H5WA 4WQ4C 3RSEB 3ZEUB 2Q1NA 3HM8A 1DGKN 3DXKB 4K43A 3EL2A 3WQTA 4BGBA 5AQLA 1XUPO 5I9EB 3VERA 3ENHA 3GE1A 5AQUA 4BRMA 1NGJA 4JN4A 3DWLA 3BP8A 3C7NA 5JMVA 3IUCA 2P9PA 3WXIA 2A42A 5BRFA 4BRFA 4BC5A 3I8BA 3EN9A 1NM1A 2CGLA 2GTDA 4CZKA 5AQYA 4Z94A 5FPEA 1Y64A 4FWRA 4BQZA 3UKRA 4A2AA 1SAZA 2P9UB 4BR9A 2AA4A 3VF2A 3F9MA 3H6EA 2E1YA 1K8KB 5AQMA 3QFPA 2FLOA 3SJHA 5JLFA 4CZJA 3U8XA 4E1JA 5AR0A 3FZFA 5AQHA 4DB3A 1NGEA 4H0PA 2A5XA 1GLFO 1S3XA 4C23A 5BPMA 2FF3B 3GOIA 2FF6A 5EY4A 4BRAA 4IO8A 1KAZA 2FXUA 2QM1A 1YAGA 2KHOA 2I7NA 3ZX0A 4BGAA 1MWMA 4BRPA 2HMPA 1OKJA 2NRHA 3D2FA 1TYQA 4MLEA 4O8KA 1GLLO 1NGGA 3FLCO 3ULEA 4CZLA 3I33A 3WXKA 5AFUH 5KQ8A 3CIPA 3QMLA 5EOYA 1JCFA 3O1WA 4LC9B 4WQ5C 4JHDA 4QS7A 3B8AX 3ATUA 3C7NB 1DKGD 1HJOA 3CETA 2QWPA 4KBOA 2P9PB 5F1XA 2P9NA 3LDPA 1KAXA 3RSEA 4XH4A 3DXKA 1E4FT 1NLVA 3A5NC 3IMXA 4EHTA 1ESVA 4ISFA 1QQOA 2E2PA 1HLUA 2QWLA 5AQXA 4QS8A 1NGDA 4FWSA 2Q2RA 1RGIA 4HTLA 4BG9A 5FPDA 3D7EO 2W40A 1ZBSA 4B1ZA 1KXPA 1ATRA 3L6QA 5EX5A 1BA1A 4M63C 3VEZA 3W3DA 4BROA 1D4XA 2V51B 4H5VA 4IJAA 1WUAA 2Q36A 5BPNA 3MCPA 2P9UA 1MDUB 3D2FB 1JCEA 1K8KA 1HX1A 2GWJA 3CJ1A 5BN9A 2BTFA 3WT0A 4A2BA 3D2EB 1E4GT 3DJCA 1MWKA 1QQMA 4FOEA 3SMPA 1GLDG 2P9LA 2WUSA 2E88A 3FZKA 5AQNA 3WQUA 2AP1A 3U9DA 3L0QA 2D1KA 4CBXA 4XEIA 4BR5A 5AQVA 3R9PA 1H1VA 2A3ZA 4CZIA 4CZGA 1X3NA 2DPNA 3H45C 1Z6RA 2P9NB 3ATVA 3O6WA 3QDKA 4EFHA 3O4WA 3GDQA 5AQOA 2A6AA 3CJ7A 4DQ8A 3VF6A 4JAXA 1ATNA 1ATSA 1X3MA 2V7ZA 2E20A 4I6MA 5FPNA 4B1YB 3MK6A 4BRKA 3DAWA 3H3OB 3HSCA 3O1BA 3BF1A 4FOIA 4O5FA 3KHYA 4BG8A 1NGFA 1BDGA 4CD3A 2QWNA 4FWMA 5BREA 2HF3A 3CJCA 4WQ4A 5FPMA 1X9JA 3A5LC 3ZX3A 1QZ5A 4M7YA 1U2VA 3S41A 3MN5A 4FWQA 2ITMA 1NGAA 2NZTA 3ENOA 4FSVA 3AY9A 5AQGA 2D4WA 2Q0UA 5ELZA 4A62A 2P9LB 3VGMA 4AM7A 3MDQA 1T44A 2E2NA 2QWOA 3WXJA 4BC3A 1BU6O 1P8ZA 3LDOA 4FWPA 2QW9A 2ASPA 4FO0A 3QICA 2YI1A 4EAHD 4IJNA 1ZXOA 3VGKA 3P4IA 2W41A 2CH6A 1JCGA 3UE5A 2F9WA 5JICA 1T6DA 1WOQA 1EQYA 3C0BA 4NB4A 4YDUC 3L4IA 4K42A 3UKUB 3LM2A 3SLCA 3D2EA 3CJAA 5CE3A 3QBWA 3LM9A 3TPQA 2QWQA 4M7XA 4BR4A 5AQTA 5LJWA 3G25A 4I6MB 4IXCA 2GEMA 3FFKB 2D0PA 3VENA 3AARA 3H1VX 1RFQA 4Y0WA 4BVOA 3R8EA 4H5NA 2GELA 1BOTO 3WUHA 3MN9A 1NGCA 4MO5A 3JXUA 1CZAN 3WXLA 1IJJA 1U2VB 3CJBA 1HKCA 3BUZB 1BWFO 3GG4A 2QWRA 5AQFA 4BRNA 4CI6A 4H0XB 2HOEA 2P9KB 4WQ5A 4H03B 4BC4A 4BVPA 4ISEA 5E26A 4MO4A 4BRDA 2GUPA 4RTFD 2EWSA 4BRQA 1SQKA 3A0IX 4GNIA 3VPZA 2IIRA 2A41A 3H46O 3EO3A 1IG8A 3OHRA 4BRLA 4BRHA 5B8HA 3HBTA 1NMDA 2QXLA 4K41A 3H3NO 1C0FA 1S22A 2YHYA 5BR9A 3O08A 4BREA 2BUPA 3O8MA 2YJEA 4FPAA 3CI5A 3FZLA 5F2RA 5ADXA 3LDNA 4RCHA 2CGKA 2NLXA 3CJ9A 3CQXA 5BRHA 1XC3A 4B1UB 2ZF5O 3VF4A 3H1QA 1GLBG 2FSJA 4A61A 5KPRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q18A 2FC0A 4OPAA 1JL2A 3EZWA 1JLBA 3UKUA 3U4LA 4BR7A 4FK2A 3K5MA 1C0GA 3CPEA 4LFCK 1TGOA 4AM6A 3V81A 4LF9K 4CZFA 5K14A 1BGXT 1NGHA 2VG7A 4DTRA 4BC2A 3WNEA 3BEXA 4E7LA 1D9FA 3IDHA 1NJXA 3CG7A 4FWNA 3SK3A 3T1HK 1EO1A 4CJ4A 2O8CA 4CJRA 4C1NK 3FZMA 4NYNA 4CECA 1HUXA 1LW0A 1XQSC 2OTLN 4CFCA 3AA2A 3T7ZA 4YOUA 4GKKK 4CGDA 4FJGA 4DU1A 2Z1HA 3C65A 5E84A 4KV8A 1EKEA 2BDPA 4H0VB 3OYCA 3VQPA 3M6GA 4KTZA 4FL9A 3VESA 2HHHK 1XHZA 4Z4FA 3VEYA 2IVPA 1RBTA 1VHXA 4CJSA 3LZIA 1VQ8N 4BRCA 4FJHA 4LH4A 2VCPA 3U9ZA 3M5RA 1BQMA 4DR2K 4DR6K 4B08A 1YT3A 3J81O 3TI0A 3PO5A 4QS9A 4KHNA 4O8UA 1SKRA 3K9KA 5AZJB 3DXMA 3EKUA 1GLJO 1RT5A 2UYTA 2ZGZA 5LMNK 3OYAA 3VGLA 4BR2A 3DLRA 1ZBHA 1M90O 4PKGA 1K8AO 1EWQA 3WEEA 3D6RA 3CPWM 2HNYA 1ILYA 4FLVA 3TANA 3NF7A 2P9IA 4JNEA 1I39A 4IEEA 2PBDA 5TKYA 4FM2A 1U49A 1FKPA 4IWVA 3W0LA 3HPOA 3R6MA 4L3QA 2E2OA 5CY4A 4A5BA 1FXXA 4FJ9A 5KPTA 5AQQA 4CZEA 5JLHA 4H0YB 3L2VA 3DLHA 3P38A 1SV5A 4FCYA 3CQYA 1IO2A 3A2FA 3T1AA 1NGBA 4CEDA 2VWJA 1Q81O 3V1QA 3LP1A 4ELUA 4DS4A 4FLUA 1HPZA 5J2QA 4NXNK 1NBWA 4PKHA 2P9SA 4B1XB 4CK1A 5BRDA 2ZD1A 1XNQK 3P31A 5AZIA 3CC7N 4K25A 1HJRA 2OPSA 1WSFA 3PSFA 2X74A 4M3XA 1MA9B 1C0TA 2FSNA 4CD1A 5HP1A 4DTNA 1IKXA 4G9ZA 2HHUA 3FGUA 3QESA 1XC9A 1NK4A 4WYBA 4DV4K 1D9DA 4IFVA 4B1VA 3ULEB 3SCXA 2HMIA 2Q3SA 5KQDA 2O8DB 1ZBFA 4E7JA 4JK7A 1RCHA 2XY8A 5M1PA 5BN8A 2XY7A 1GLEG 2P9IB 3SPYA 4FW1A 3T19A 4WFAL 3FE1A 2KLAA 4O0JA 3DXKB 4CGHA 3WQTA 3CCQN 1XUPO 3ENHA 4JKFA 1RT4A 3Q7BA 4PUOA 3BP8A 2G8HA 4RW4A 3E9PA 4NXMK 3K9JA 3MEDA 3S9HA 5BRFA 4RG8A 4PHTX 2GTDA 4JK8A 4MDAA 4Z94A 2UUBK 4BQZA 3UKRA 1ITGA 2YNHA 4A59A 4K8XA 3F9MA 3H6EA 4CJFA 1K8KB 1RBUA 3ZT3A 4U67L 3MXJA 5AQMA 3QFPA 5EU7A 3SJHA 5AR0A 3FZFA 5C24A 1GLFO 2FF3B 2FF6A 4ELTA 4IO8A 5KI6A 4OVLA 2KHOA 2I7NA 3ZX0A 3J7YP 1VSLA 3SI6A 1OKJA 5E41A 3O3GA 4DU3A 4DWIA 1TYQA 4MLEA 3EY1A 3CCJN 2HHVA 4M3RA 4CZLA 1HNWK 4LF5K 5AFUH 1CLQA 2XO7A 2PZSA 3O1WA 3VQ5A 3J7AP 2O8EB 4BWJA 2GBZA 3B8AX 3ATUA 3Q7CA 2QWPA 5F1XA 2P9NA 3LDPA 3QEWA 2OZMA 1A5WA 1BL3A 4YOYA 4E1NA 2VG6A 3OA9A 2OYQA 4V19S 5J2MA 4CJUA 4AF1A 5C0YA 4HVJA 1IBMK 2Q2RA 1HYSA 4HTLA 4BG9A 5FPDA 4MQ3A 5C10A 1ZBSA 2YNFA 1WB9A 2B5JA 4ILHA 5EX5A 1Q7YO 4Y1CA 4H5VA 2VG5A 2G8UA 3AVLA 1RTDA 4FJLA 3AO5A 4BE2A 2W6KA 4N76A 3K5OA 3DRSA 4MFBA 3NH0A 1JCEA 1JLFA 3CFOA 3VTHA 4CEQA 3AGKA 4A2BA 1HNVA 2Z1GA 3OS2A 2D0BA 4ELVA 3MCAB 5HROA 3FZKA 1C0MA 3U9DA 2D1KA 1XNRK 2G8IA 3R9PA 1H1VA 4CZGA 4JV5K 1KC8O 3QEXA 3G0ZA 1Z6RA 2P9NB 2BGGA 4CHZA 1NG9A 4LF8K 3AO2A 5AQOA 1N33K 2A6AA 3ZT2A 3L8BA 5D3GA 1NK5A 1NKCA 2HVIA 3VF6A 1W0HA 4N56A 4DTPA 1OVQA 4I6MA 4B1YB 4BRKA 4KPYA 3H3OB 5JVHL 3TAPA 3BF1A 4BE1A 1EETA 4O5FA 4BG8A 4CHPA 1LWCA 2PYLA 1S1UA 3E1YA 3MX2A 4CD3A 1HYZA 2QWNA 5BREA 4OGCA 3S3NA 3JAMO 3HPHA 1KTQA 4W5OA 4I2QA 4LF7K 3ZX3A 4R79A 4OPJA 2VQEK 4DLEA 3KK1A 2NZTA 4FSVA 3OYKA 3SQ4A 1GOCA 3KIOA 5CZ2A 2E2NA 3JYTA 2E6MA 1T8EA 1WBBA 4FWPA 4FO0A 4IO9L 1JL1A 4YOWA 3VGKA 4F2SA 1J5OA 3P39A 4CJQA 3LDSA 4A5AA 3LM2A 3D2EA 4ZTFA 3G4SN 4YNQA 3QBWA 3TAMA 2QWQA 4BR4A 5AQTA 3D45A 3G25A 4I6MB 5LJWA 1WSJA 3LZJA 4DU4A 3VENA 3AARA 5KRTA 1TK5A 2GELA 4M3TA 1BOTO 4M3UA 1RT7A 3WUHA 3WXMB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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