4K25A

Crystal structure of yeast qri7 homodimer
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
374
structure length
355
Chain Sequence
YKVLAIETSCDDTCVSVLDRFSKSAAPNVLANLKDTLDSTKAHIHHQARIGPLTERALIESNAREGIDLICVTRGPGMPGSLSGGLDFAKGLAVAWNKPLIGVHHMLGHLLIPRMGTNGKVPQFPFVSLLVSGGHTTFVLSRAIDDHEILCDTIDIAVGDSLDKCGRELGFKGTMIAREMEKFINQDINDQDFALKLEMNMLSFSFSAFITALRTNLTKLGKTEIQELPEREIRSIAYQVQESVFDHIINKLKHVLKSQPEKFKNVREFVCSGGVSSNQRLRTKLETELGTLNSTSFFNFYYPPMDLCSDNSIMIGWAGIEIWESLRLVSDLDICPIRQWPLNDLLSVDGWRTDQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Reconstitution and characterization of eukaryotic N6-threonylcarbamoylation of tRNA using a minimal enzyme system.
pubmed doi rcsb
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Probable tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protei
total genus 96
structure length 355
sequence length 374
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2013-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A01
3QMLA 5AZJA 5EX5A 1Q18A 3VGLA 4BR5A 2A41A 4BRIA 1C0GA 2HF3A 1ATNA 2V7ZA 4EAHD 1CZAN 3VETA 4BRGA 1HKCA 2ASPA 1BU6O 4YDUA 4K25A 4BREA 4B1WB 3O80A 1Y64A 3M1FA 1GLEG 3MN6A 2ASMA 4H0YB 4BC2A 2PBDA 4BRNA 2IIRA 1X9JA 4KBOA 2E2OA 2FSKA 1G99A 2CH5A 1QQOA 1P8ZA 1DKGD 1OKJA 1SQKA 5I9EB 4BVPA 3DXKB 1MA9B 4A2AA 3GG4A 4FWRA 4RWTA 3CQXA 5BRDA 5AQJA 5AQLA 3WXKA 1BO5O 2IVPA 3BF3A 4I6MA 4F9OA 5LJWA 5BN8A 2A42A 1RDWX 4BROA 3U4LA 2ZWHA 3WXLA 1DEJA 5AQWA 5BPLA 3EKSA 5AQNA 3FZFA 4XH1A 3H6EA 3DXKA 3ENOA 1GLDG 2E2QA 3HM8A 2QWPA 3CJCA 4FSVA 3SLCA 2D0OA 4WQ4A 5FPMA 4IO8A 2NLXA 4XEIA 3VF4A 1NGDA 4XH5A 3LDQA 3HSCA 3KZBA 1HJOA 2VWBA 4A62A 3A5MC 5AQOA 1XUPO 5BREA 3D2EB 4CD1A 2VYPA 2P9NB 4IWVA 5KQDA 1QQMA 2OANA 3UKUA 4CJ7A 3O5BA 3W0LA 4BRKA 1NGIA 1GLFO 1BA0A 2J4RA 3I33A 1GLAG 1HLUA 3GOIA 3VGKA 3ZETA 1SZ2A 1IJJA 5AQSA 3ZX3A 3MCPA 4DCHA 2I7NA 3FLCO 1QQNA 2Q31A 3GDQA 4BG8A 2GWJA 1MWKA 2P9SB 3EN9A 4IZ9A 4NO7A 5JLHA 1DGKN 5B8HA 3B8AX 5F0XA 2ZF5O 3HBTA 4BRQA 5AR0A 3O08A 4CZMA 2GELA 1HX1A 2V51B 4BR9A 3FE1A 3H3NO 4EFHA 3QBWA 3D2FB 1BG3A 1BOTO 3O8MA 2Q0RA 4FL9A 3HZ6A 1U6ZA 3A5NC 5AQTA 4CBWA 3IDHA 4H0VB 3LL3A 3BEXA 1ESVA 4J8FA 4M7YA 4B1VA 1QZ6A 3R9PA 4CZHA 1T6DA 3WT0A 2E2PA 3EKUA 2CH6A 3TPQA 3A0IX 3VEZA 1NGHA 4ISGA 3R6MA 1RFQA 3ATUA 4FWKA 4PKIA 5AQQA 2AP1A 4BRMA 3F9MA 4M63C 4WQ5C 4CZJA 3JS6A 3VPZA 3WUHA 2GUPA 2QWLA 3CI5A 4K41A 2D4WA 1LOTB 3CHWA 4JN4A 2NRHA 2YHXA 1KXPA 4O5FA 1QZ5A 3VEWA 4B1YB 3VESA 5EOYA 3DAWA 3CJ9A 3A5LC 1HKBA 2QWRA 1JCGA 5BPMA 3BF1A 3UKRA 2ZGYA 3MK6A 4HWIA 2AA4A 3CERA 4BQZA 3WEEB 1Z05A 1ATRA 2QM1A 3SK3A 3QFPA 2KHOA 1JCEA 2Q1NA 4B1UB 2CGJA 3M6GA 4H5VA 1KAYA 3FGUA 2FF6A 5BRHA 2IVNA 4BVOA 4M7XA 4FPAA 4BQLA 3C0BA 1X3MA 2HOEA 3H1QA 2YCHA 5ADXA 4CZFA 4H0PA 3LDOA 2QW9A 5BPNA 1YAGA 3CIPA 5AFUH 5TKYA 4BGAA 1NGJA 5AQYA 3A5OC 4PL7A 5EXWA 4A2BA 5AQVA 5FPNA 3AARA 3ZEUB 1T44A 3MN9A 3M3ZA 1TUUA 5AZIB 2H3GX 3BP8A 4FWQA 5AQGA 5AQMA 3L0QA 4BR2A 3WXIA 1X3NA 3O1BA 1NBWA 2YHWA 1C0FA 4CZEA 2GEMA 3O4WA 4H0TB 2F9WA 1V4SA 3I8BA 3P4IA 3QBXA 2QWMA 2DPNA 5AQXA 3FZKA 2ASOA 4NB4A 1GLCG 3KHYA 3JXUA 3H1VX 3AAQA 1S3XA 4ISEA 2CGKA 2IVOA 3UE5A 5KPZA 3QB0A 3LDNA 1TUYA 3AY9A 5ELZA 4H5WA 3LM2A 2FSJA 3D7EO 5LY3A 1HKGA 1U2VB 4FWMA 3D2EA 1T6CA 2E88A 4XH4A 2NZTA 2P9NA 4BGBA 1NGCA 3H3OB 1GLLO 4BC3A 2QWOA 2P9LB 5AQKA 3EO3A 5KQ8A 2PAVA 3CETA 1LCUA 1D4XA 5AQRA 3OHRA 5F1XA 1YXQA 3CJ1A 4L3QA 2GTDA 2HF4A 3VGMA 5KPRA 1NLVA 2E1YA 4BRHA 2W41A 2A5XA 4JHDB 4HTLA 3DWLA 3A8YA 2Q97A 4BRCA 1NGFA 2BUPA 2QWNA 3CJ7A 2CGLA 3QFUA 2P9SA 3DXMB 4RTFD 4QS9A 4A61A 2P9UB 4H03B 3H45C 5E26A 2GWKA 1NGBA 2QWQA 3EL2A 4PKHA 3TU5A 4FPBA 1JCFA 3VOVA 3D2FA 3O6WA 2YJFA 2FSNA 3FFKB 4GY2B 1ZXOA 3WQTA 5LJVA 4FOEA 2P9UA 2V7YA 3GE1A 3BUZB 1RGIA 5AQZA 4CZKA 3S41A 3IFRA 1R59O 4CBUA 5KPTA 1E4GT 4QS8A 1GLJO 3HI0A 2V52B 5AQFA 5AQPA 4MO5A 4CI6A 4CBXA 2WUSA 2FLOA 1HUXA 5AQIA 1NWKA 5AZJB 4FO0A 4IXCA 1Z6RA 3ATVA 5JLFA 3MN7A 5ADXH 4MLHA 3SJHA 2Q36A 3QICA 5FPDA 4AM7A 2E20A 2P9IB 4Y0WA 3WQUA 1ATSA 1NMDA 3VERA 1WUAA 3J8AA 4H0OA 4H5RA 3C7NB 4EHUA 3VENA 1E4FT 4QS7A 4O8KA 1NGGA 2ZGZA 2A3ZA 4GNIA 3LM9A 4JNEA 5AQUA 3MDQA 1MWMA 1HPMA 2P9IA 4FWSA 3CJAA 5AQHA 2P9KB 4MO4A 4IJNA 3O1WA 2E2NA 4H0XB 5JICA 4B1XB 2YI1A 5BN9A 3ZX2A 3C7NA 3WEEA 4IJAA 3R8EA 4I6MB 2BTFA 4C23A 4PL8A 3G25A 1KAXA 1J6ZA 4H5NA 1QHAA 4ISFA 4CZIA 2E8AA 3LDPA 3SMPA 2ITMA 2FF3B 4H5TA 4B9QA 4YDUC 2VCPA 1MDUB 5F2RA 2P9KA 4RCHA 4E1JA 2I7PA 4PKGA 1TYQB 4BRLA 4K43A 2QXLA 2FXUA 1IG8A 2W40A 3ZEUA 4BR4A 3VEVA 1K8KB 5AZIA 2A40A 3VEOA 4LC9B 2Q2RA 2HMPA 4FWOA 4DQ8A 4BR0A 2D1KA 4B1ZA 4Z94A 3VF2A 1BDGA 4DHYA 3IMXA 4JD2B 1TYQA 3UKUB 5AFUA 1KAZA 4FWPA 3ULEB 1NGAA 1YUWA 3FZLA 1ZC6A 2Q0UA 5FPEA 3W3DA 3ZETB 1K8KA 4EIAA 5EY4A 5JMVA 3CJBA 3L4IA 4WQ4C 4WYBA 2EWSA 3EZWA 3U9ZA 1BUPA 1NM1A 4JD2A 3VF6A 1XQSC 3RSEB 3ULEA 2E1ZA 4MLEA 1U2VA 1H1VA 5BR9A 4BG9A 1BWFO 1GLBG 3MN5A 3GBTA 3GL1A 3IUCA 4FWLA 4BC5A 1ZBSA 3ENHA 4BRAA 4CZGA 2P9LA 3U9DA 3WXJA 1BA1A 3FZMA 4K42A 3RSEA 4WQ5A 4CZLA 3SMSA 1EQYA 3L6QA 4BC4A 3ID8A 3QDKA 5CE3A 4JHDA 4CD3A 5BRFA 3MMVA 4BRPA 2YHYA 2YJEA 3U8XA 2P9PB 3DXMA 4DB3A 2F9TA 3CQYA 1WOQA 2UYTA 3AAPA 1XC3A 4BRDA 4AM6A 3FR0A 4EHTA 2A6AA 3HTVA 2D0PA 3ZX0A 4FOIA 2P9PA 3VEYA 4BRFA 1V4TA 1S22A 1SAZA 3H46O 5EVZA 4JAXA 3DJCA 1NGEA 4FWNA 1YVNA 3FZHA 4BR7A 3VEXA 3UB5A 3UKRB 3KVGA 3LDLA 5E84A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QMLA 1DTTA 1YTAA 1Q18A 2A41A 3HK2A 1ATNA 3MEGA 3SV3A 3N4PA 4K25A 4BREA 1EWQA 1Y64A 3M1FA 3F9KA 2IIRA 1X9JA 1TAUA 2O8EA 1G99A 2Z1IA 1QQOA 3IG1A 1VSEA 1OKJA 1RDBA 1NJIO 1SQKA 3DXKB 5KI6A 2OPRA 3VN5A 4A2AA 1BIZA 1W2BM 3CQ8A 4RWTA 4M41A 4YOTA 3VQ7A 4J2DA 3HVRA 2ZM6K 4M42A 3O4QA 2XY8A 4F9OA 5LJWA 3S3OA 3O3FA 2A42A 1RDWX 4OVLA 1IBMK 4FJJA 5MLCQ 3JYTA 3FZFA 4RW7A 4DV2K 4JK9A 3H6EA 3ENOA 1GLDG 1RT6A 3L4QA 2QWPA 3LAMA 4GVEA 2JWLA 2IAJA 2YHAA 1UOCA 3SAGA 4IO8A 2NLXA 1NGDA 3RTVA 4XH5A 1LW0A 4JI6K 3G71N 3WNFA 3LALA 2VWBA 1RNHA 3A5MC 5AQOA 1XUPO 5BREA 3D2EB 1ITGA 4E7LA 2VYPA 4KAZA 3K57A 3AVIA 1D9FA 1VQMN 1HRHA 4X64K 4FM2A 3ZT3A 4CJ3A 2QK9A 3THWA 3H08A 3KK1A 4DFKA 1HLUA 1WBBA 1SZ2A 3OYEA 3O9SA 3VQ8A 3MEDA 4BG8A 1VQPN 1L3VA 1BISA 3VQPA 4JK8A 1DGKN 2WC9A 4I7FA 3B8AX 4DSLA 1IH7A 4N41A 3HPHA 4BRQA 4NCAA 3OY9A 3V9ZA 1RTHA 1N8RO 4CJTA 3E9OA 4CERA 1LAVA 4DG1A 1Q81O 3CC7N 4KKOA 1CLQA 4H0VB 3ZSQA 3BEXA 1QQCA 1NK8A 3AO5A 3SCXA 2KQ2A 4DSJA 4CHPA 5CYMA 5C12A 1D8YA 1KLMA 3K9KA 4YOWA 2CH6A 1T3VA 2B5JA 3A0IX 3KLFA 1ILYA 1RBRA 3SV4A 1FW6A 3VPZA 3WUHA 1W7AA 3VQCA 2FBTA 3CHWA 4LH4A 3PX4A 1RT5A 2YHXA 1VSLA 3VEWA 4B1YB 3VESA 5EOYA 4FLZA 4JKCA 4KTQA 3DAWA 3CJ9A 4NCGA 3A5LC 1HKBA 1JCGA 3MK6A 2AA4A 4M3YA 3CERA 3SZ2A 4BQZA 1ATRA 3QFPA 2KLAA 2HHWA 4CJ4A 3OYKA 4CJQA 2IVNA 1WSJA 4BVOA 4M3ZA 4JKGA 4H0PA 1X9WA 4FJIA 3NVKA 2QW9A 3MCAB 4JKBA 1QTMA 5AFUH 3G0ZA 4PL7A 5EXWA 2HVIA 4CJSA 3KK7A 4HHTA 3ZEUB 3NH1A 2P1JA 1A5XA 3M3ZA 4CESA 3PX0A 2XRIA 3PIOL 4FWQA 5GAHP 3Q7CA 4C1NI 1YJNN 3O1BA 4FLWA 4FJMA 1JL2A 2YHWA 2FBXA 3EY1A 3U3GA 5KTQA 3O4WA 3AGRA 3QBXA 5AQXA 3FZKA 4NB4A 4CJLA 1REVA 4KFBA 1M1KO 3UE5A 5KPZA 3EE9A 3QB0A 3KJVA 3F5TA 1RBVA 3LDNA 3T3FA 1BQMA 3AY9A 5ELZA 4DS4A 3QEWA 1SL0A 1HKGA 1XNQK 1R0AA 4XH4A 2E88A 2NZTA 4DU1A 2A1SA 2QTDA 3TTFA 1GLLO 4LD0A 4BC3A 2QWOA 5LMUK 4NYFA 3T69A 4DSEA 5KQ8A 4TSXA 3OVNA 4J2EA 3OYJA 1S1XA 2PAVA 2PZSA 1VQ4N 5AQRA 1YXQA 4CGJA 1N6QA 1VQ6N 4L3QA 1NOZA 4CFCA 1NLVA 4HCCA 3SBGA 3T7ZA 4F2RA 3A8YA 2QXFA 3CCRN 1NGFA 2R7YA 3PUFA 2QWNA 4WFBL 3CJ7A 4E1NA 2P9SA 3LP1A 3TR8A 5KGWA 4AHTA 3HM9A 3O9TA 3AVKA 4H03B 5HOOA 3H45C 1NJYA 4OPKA 2HNDA 1KCFA 5E26A 4N47A 3EL2A 3TU5A 1JLFA 3VOVA 4B9NA 5CYQA 3HP9A 3OYMA 2DFHA 1JLEA 3DOLA 3WQTA 2V7YA 4E89A 4MDAA 3S41A 3IFRA 4H4MA 4LFCK 1E4GT 4E0DA 3DI6A 1VSMA 4CJPA 5AQFA 5AQPA 4K8ZA 2WUSA 4FJGA 2FC0A 1NJXA 5GIOA 4FO0A 1NMNA 4ZHRA 3CCSN 5IT9O 1RT3A 2KFZA 4MLHA 2Q36A 3AVFA 3UIQA 4AM7A 2W42A 3VERA 3J8AA 3VENA 4LFBK 3TSQA 2D0AA 3V4IA 4GNIA 3LM9A 5A2QO 4FZZA 3MDQA 4ILHA 1NOYA 2E4LA 3SAHA 1NK4A 2PY5A 3O1WA 4B1XB 2FBYA 2BTFA 4C23A 1YTUA 4JI8K 3AA2A 4CJRA 1J6ZA 4H5NA 4KB0A 3V9UA 3PV8A 2FF3B 3C6AA 5M1QA 4YDUC 2VCPA 4NLCA 4I2QA 2P9KA 5FRMA 2DFFA 4J2BA 5J2QA 3VQBA 5DM7L 4X66K 1RILA 3AVLA 4CF9A 3MWTA 2Y1JA 5J1EA 3CC2N 3OYBA 4FYDA 3VEVA 4C8NA 3AA3A 1N5YA 5AZIA 4OGEA 4LC9B 2NUBA 3IS9A 4W5OA 4BR0A 2D1KA 1S1VA 1BDGA 3R1XA 3P31A 3VF2A 4AILC 4JD2B 5AFUA 3U6FA 2RKIA 2HBMA 1YUWA 3FZLA 3O9UA 2OTJN 1JLGA 5JMVA 4FCYA 2VG5A 4B3TK 4WYBA 2WFBA 3J7ZO 4KRFA 2ZE2A 3SUPA 3U9ZA 3SJJA 1E3MA 1N33K 3DLLL 3ULEA 3RR8A 1U2VA 2D5RA 3EE8A 3GL1A 1BIUA 4JLHA 1TL1A 5C10A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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