4K25A

Crystal structure of yeast qri7 homodimer
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
374
structure length
355
Chain Sequence
YKVLAIETSCDDTCVSVLDRFSKSAAPNVLANLKDTLDSTKAHIHHQARIGPLTERALIESNAREGIDLICVTRGPGMPGSLSGGLDFAKGLAVAWNKPLIGVHHMLGHLLIPRMGTNGKVPQFPFVSLLVSGGHTTFVLSRAIDDHEILCDTIDIAVGDSLDKCGRELGFKGTMIAREMEKFINQDINDQDFALKLEMNMLSFSFSAFITALRTNLTKLGKTEIQELPEREIRSIAYQVQESVFDHIINKLKHVLKSQPEKFKNVREFVCSGGVSSNQRLRTKLETELGTLNSTSFFNFYYPPMDLCSDNSIMIGWAGIEIWESLRLVSDLDICPIRQWPLNDLLSVDGWRTDQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Reconstitution and characterization of eukaryotic N6-threonylcarbamoylation of tRNA using a minimal enzyme system.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protei
total genus 96
structure length 355
sequence length 374
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2013-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A01
5AQSA 3A0IX 5KQ8A 3QICA 5AR0A 4H5TA 1GLCG 5AQKA 5ADXA 4A61A 3BF1A 2YHYA 3DJCA 3MDQA 3L0QA 3WXLA 3M3ZA 5AQIA 1GLFO 2HOEA 4WYBA 1NGIA 3VEXA 3VEOA 3VETA 3OHRA 5FPDA 3DXKB 3KZBA 2I7NA 4ISFA 5CE3A 2Q97A 4WQ4C 4FWOA 3CETA 3U9DA 3CJ7A 3J8AA 4IJNA 3QFPA 2NRHA 2W41A 3D2FA 3WXJA 1U2VA 3FLCO 4JNEA 3CJAA 3BP8A 1NGCA 2A40A 3ATUA 4J8FA 2D4WA 3VEYA 1BWFO 2VYPA 2QWQA 3ZETB 4CZEA 1X3MA 3UKRA 4BR7A 4CBXA 3H45C 1BUPA 2QW9A 1HKBA 2FSJA 3FGUA 3O8MA 5EVZA 3VEWA 5AQHA 3B8AX 4B9QA 2FSNA 5AZJB 3QB0A 3JS6A 4BRLA 3KVGA 4K25A 4Y0WA 4BRKA 1LCUA 1YVNA 3FZMA 2Q36A 1KXPA 3A8YA 3EKUA 4HWIA 3SLCA 4FWQA 3D2EB 4CD1A 3D7EO 1E4FT 1S22A 5F2RA 4CZKA 1H1VA 4A2BA 3EO3A 4H5WA 4FWRA 3R6MA 5AQQA 2CGKA 3F9MA 1QQOA 1NGDA 1QZ6A 4BG8A 2WUSA 3FE1A 3VGKA 2IIRA 2P9KB 1ZXOA 2DPNA 4DCHA 1GLLO 1NMDA 3HSCA 1BOTO 4PL7A 5AQOA 1J6ZA 1GLDG 4PL8A 4MO5A 1TUUA 5BN8A 2P9LB 1Y64A 4M7YA 3GL1A 3VF6A 4JN4A 2FF6A 3C0BA 4BQLA 3RSEB 3FZKA 4BC5A 2CH6A 4FWPA 4BC4A 2E88A 1WOQA 1IJJA 2V7YA 4CBWA 4B1WB 4WQ5A 3TU5A 3AARA 3MCPA 2IVPA 2HF3A 3WXKA 4PKIA 3VF2A 1HUXA 4A2AA 3C7NB 1YXQA 2P9SB 3M6GA 3WEEA 3ENOA 1RGIA 3HI0A 3IMXA 1T6CA 3HBTA 3EN9A 1YAGA 2CGLA 3AAPA 3UB5A 3IUCA 4I6MB 4WQ4A 2AA4A 3O08A 1BA1A 2QWPA 1ATNA 4H0TB 1SAZA 2PAVA 4FPAA 3L6QA 3SK3A 3ATVA 4FWKA 5AZIA 1NGAA 2J4RA 3U4LA 5E26A 3U9ZA 4EAHD 4BR2A 2E1YA 3FZHA 2IVOA 2QWMA 3DWLA 1ZC6A 4WQ5C 3ID8A 1R59O 3DXMA 3SMPA 1XC3A 4FSVA 1V4SA 4H0PA 1XUPO 4BR9A 4BR4A 3I8BA 3CJ9A 2P9PA 2YCHA 3R9PA 1NWKA 1X3NA 2A42A 4BG9A 4JD2B 2AP1A 4B1YB 3H1QA 1KAYA 4RTFD 4CZMA 2F9WA 2P9IB 5LJWA 4MLEA 2IVNA 4H5NA 4XH4A 1K8KB 3H3OB 1NM1A 4O8KA 2Q1NA 1E4GT 1HKCA 3H3NO 2D1KA 5AQPA 3VESA 2D0PA 2ASMA 3UKUB 1U6ZA 3KHYA 4B1VA 2YJEA 2QWLA 1NGBA 2GTDA 3QFUA 3CI5A 1GLAG 3O4WA 5AQMA 2V52B 1GLBG 5BRFA 1EQYA 1G99A 2YI1A 1BG3A 2H3GX 4BRGA 5TKYA 1P8ZA 2VWBA 3H1VX 4QS8A 4DQ8A 1MDUB 1LOTB 3DAWA 4XH1A 5ELZA 1Z6RA 4BRAA 2E8AA 2V51B 1IG8A 3VERA 4LC9B 5JLHA 1QZ5A 4BRMA 5AQUA 1BO5O 4BRQA 4BVPA 3QBXA 4BRNA 5JMVA 5BN9A 1S3XA 4B1XB 3MK6A 4BRHA 2GEMA 4MLHA 1RFQA 3U8XA 1JCGA 2YHXA 3MMVA 4IO8A 4BRCA 3ZETA 3LDPA 5LY3A 3LM9A 3M1FA 1KAZA 2FSKA 3SMSA 5BRDA 1MA9B 3IFRA 1OKJA 4BRFA 5KPRA 1DKGD 5AQVA 4M7XA 5AZJA 2GELA 3CHWA 3ULEB 3QBWA 4H03B 1NGGA 1NGFA 4FWLA 2QWOA 5FPNA 4CZHA 3ZX3A 3FZLA 4CZIA 3D2EA 2V7ZA 5KPZA 1NLVA 4QS7A 3HZ6A 3VOVA 4H5VA 2A3ZA 5BPMA 4PKHA 1Q18A 4JHDB 1BA0A 4EFHA 2CH5A 1MWKA 1XQSC 2KHOA 3H46O 2E2NA 1NGJA 1ATSA 4BR5A 3IDHA 4BREA 2UYTA 4IXCA 2P9KA 2F9TA 2HMPA 2Q2RA 3WT0A 2P9UB 4AM6A 3ENHA 1C0GA 3TPQA 2P9NB 1BU6O 3A5MC 3ZEUB 2ASPA 2Q0RA 1TYQB 3LL3A 1ATRA 3MN9A 2P9LA 4FL9A 1DEJA 5E84A 4EIAA 3LM2A 3CQYA 3VGLA 5AQGA 2FF3B 1MWMA 3CJCA 3LDLA 4H0VB 5EOYA 5AQFA 3O1WA 3RSEA 1HPMA 2QXLA 3R8EA 4GNIA 3WQUA 3BF3A 4EHTA 1T44A 4ISEA 3QDKA 3AAQA 3C7NA 2P9SA 1TUYA 4FPBA 4FWNA 4BC3A 3CIPA 3HM8A 5AQWA 1ZBSA 2OANA 3CJ1A 4I6MA 5BREA 3EZWA 1QQMA 4KBOA 5AQYA 5JICA 4XH5A 5KQDA 5AQJA 3ZX2A 3I33A 3WQTA 3LDQA 5AQLA 1YUWA 3EL2A 3O80A 3MN5A 3D2FB 4BVOA 1X9JA 3AY9A 1U2VB 1QQNA 3O1BA 3VENA 4C23A 3A5OC 4BRDA 4BGAA 4CJ7A 4CZJA 2YHWA 4CZFA 4O5FA 2E2OA 2BUPA 4DHYA 4CBUA 3CERA 2W40A 3W3DA 2GWKA 3UKRB 3ZX0A 5BRHA 3VEVA 4RWTA 1QHAA 3DXKA 4JD2A 3GG4A 4CI6A 2P9IA 2ZWHA 3FR0A 4B1ZA 2E1ZA 1K8KA 2QWNA 4K41A 1Z05A 3A5LC 5FPEA 2YJFA 4BR0A 1HKGA 4CZLA 4H0XB 3SJHA 3HTVA 2ZGZA 4XEIA 3UKUA 3VF4A 3VGMA 2NLXA 4Z94A 3O6WA 3GE1A 2Q31A 4B1UB 3QMLA 5EXWA 5FPMA 4YDUA 5BPNA 3W0LA 4M63C 1HJOA 2GUPA 5AFUH 4QS9A 3VEZA 5BR9A 3FZFA 4BQZA 3CJBA 2I7PA 4NO7A 1GLJO 1D4XA 2GWJA 1KAXA 4E1JA 5AQTA 3MN6A 3L4IA 3BEXA 4A62A 4L3QA 4AM7A 2ITMA 4CD3A 2BTFA 5AQNA 3H6EA 4JAXA 4HTLA 2QM1A 1C0FA 4IWVA 3WUHA 2Q0UA 3LDNA 5KPTA 5AQRA 2CGJA 4FOIA 1JCFA 4BRPA 3GBTA 4FWMA 5AFUA 3MN7A 2E2QA 4YDUC 3P4IA 2A5XA 5AQZA 1CZAN 5EY4A 4CZGA 1T6DA 5LJVA 3CQXA 2ZGYA 2ASOA 4PKGA 3ULEA 1SQKA 4NB4A 1RDWX 3WEEB 2A41A 3VPZA 4H5RA 3GDQA 3O5BA 5I9EB 2FLOA 4FOEA 2PBDA 2QWRA 1GLEG 4F9OA 4JHDA 4BROA 1DGKN 4IZ9A 3WXIA 2E2PA 3S41A 5F0XA 4H0YB 4ISGA 5JLFA 5EX5A 1BDGA 5AZIB 1V4TA 3JXUA 4K43A 4K42A 3UE5A 5ADXH 4DB3A 4RCHA 4GY2B 1WUAA 2ZF5O 3DXMB 2FXUA 2P9UA 3LDOA 2HF4A 4H0OA 1NGHA 1NGEA 3FFKB 2P9NA 3A5NC 1NBWA 2D0OA 3EKSA 2E20A 3ZEUA 2P9PB 4BGBA 1HLUA 3G25A 3BUZB 4FO0A 5AQXA 2A6AA 1TYQA 5B8HA 2VCPA 1JCEA 3GOIA 4MO4A 5F1XA 5BPLA 4IJAA 4BRIA 4BC2A 2EWSA 4FWSA 4EHUA 2NZTA 1SZ2A 1HX1A 1ESVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQSA 1KVCA 4ID5A 1J9AA 1GLCG 4WFNL 3S9HA 4HVJA 2KW4A 4CHQA 2HHSA 4GKKK 3DJCA 3MDQA 5FRNA 4DU3A 1GLFO 2IS3A 4JKGA 5GAEP 2VWKA 3VEXA 2EHGA 3VEOA 3VETA 3OHRA 1RDUA 4OLAA 4IDHA 3KZBA 4NLCA 3LPTA 1SKSA 1I39A 5C25A 1QS4A 3VN5A 3WXJA 3K5OA 1VQ4N 4IG3A 3CJAA 5HOOA 3TTDA 1TKDA 3I56N 2NRWA 2E4LA 3ATUA 1TK5A 5CR4A 2B4JA 4FZXC 2VG5A 3SQ2A 4CZEA 1KSPA 4FJLA 1TK0A 5JS1A 3O4QA 1HKBA 4YOUA 5EVZA 3PY8A 4QOZB 3B8AX 3SPZA 2FSNA 3VQEA 1K8AO 1IKXA 4V19S 4BRLA 3TTCA 1LCUA 1YVNA 2VG6A 1M90O 3QEPA 4CF1A 4FWQA 2XY6A 4CJSA 1NK9A 1H1VA 4H5WA 4NYFA 4A5BA 1VSJA 1RTDA 3EY1A 3F9MA 4LY7A 1NGDA 1U45A 4BG8A 2WUSA 3CC7N 2IIRA 3CYMA 2XO7A 3KLGA 1VRTA 3O9UA 4CIEA 1J5OA 1NJXA 5E41A 3BZCA 1NMDA 2RN2A 1BOTO 4CJ4A 3AVNA 2QKKA 1GLDG 5KGXA 4KB1A 1HJRA 1TUUA 3KK1A 1Y64A 4IG0A 3VF6A 4HHTA 4DSFA 1QSYA 4YOWA 1TV6A 3RRHA 4BQLA 1OVYA 4FWPA 1J54A 4BC4A 4BY9C 3IAYA 4CEFA 3TU5A 3MCPA 2HF3A 4JV5K 3OTOK 1TK8A 2E6MA 3VF2A 4A2AA 1WBDA 5I3UA 3ENOA 3HI0A 1RBUA 3NF7A 3DLKA 3AAPA 3O08A 4FJ9A 2HBLA 5GADP 1ATNA 3O4NA 4O5BA 2B6AA 4FVUA 3L6QA 3ATVA 3NH2A 3ISNC 1NGAA 3P83D 4KTWA 3FZHA 3LPUA 3OYJA 4JI0K 4DG1A 1IV0A 3SMPA 3D0PA 4B9UA 1HNWK 2FBTA 1XC3A 4YORA 4GVEA 4BR9A 4HUGA 5FROA 3C6HA 2NNWA 3R9PA 4JD2B 2F9WA 2P9IB 4LSNA 2IVNA 4H5NA 4DV4K 1K8KB 1LW0A 1E4GT 4FK2A 3M8PA 1ASWA 5AQPA 1FW6A 2UUAK 2ASMA 1U6ZA 1OH8A 3RMCA 1YHQN 4DR3K 4OX9K 2GTDA 2R7YA 1UOCA 1GLBG 4BRGA 3WNHA 3WNFA 3HVRA 3H1VX 4DQ8A 3TANA 4MQ3A 3Q7CA 4KHSA 4PWDA 3TSQA 4LFBK 4JKFA 2E8AA 1NK8A 3AO1A 3D6RA 4LC9B 5JLHA 1IKYA 4BRMA 1BQMA 1BO5O 5AQUA 1KCFA 3LDSA 2F8SA 5BN9A 3CCEN 5JVHL 4BRHA 2GEMA 3ZYYX 4CE9A 1FJGK 2A1SA 3KKSA 4RG8A 1RBRA 1Q82O 2YHXA 1JXEA 4IO8A 1U4BA 3SUQA 4JS5A 3LDPA 4CW7B 3LM9A 1WSHA 1KAZA 3PIOL 4JI7K 2KLAA 4DTRA 4YNQA 3IFRA 4HUFA 4DV5K 4K8XA 5AQVA 4M7XA 3OJSA 3SQ4A 3TWHA 5HBMA 1D5AA 3QBWA 4H03B 1NGGA 5J2NA 5DM7L 1IH7A 4CEDA 3ZT2A 3FZLA 4DR6K 1W9HA 2V7ZA 1NK6A 3TAQA 1NLVA 3ZSWA 4FJJA 4CVNE 3HOTA 2D0CA 2A3ZA 4JHDB 1BA0A 1KC8O 3I55N 1XQSC 1X9WA 3G6EN 1N36K 3AA3A 1NGJA 2QA4N 3HRGA 4DU4A 4BR5A 1L5UA 3IDHA 2G8UA 5HRNA 4PHTX 2HHQA 2UYTA 2HMPA 3DLEA 2Q2RA 4IFEA 4DV6K 4W5RA 4AM6A 1QE1A 2IAJA 4RW4A 3VQ9A 3KJVA 3MN9A 1SV5A 2P9LA 4FL9A 1DEJA 2VGMA 3LM2A 3JSMA 4JK9A 3CC2N 3CJCA 3N4QA 3LDLA 4DLGA 1VQKN 3O1WA 3P5JA 3OVNA 2HHHK 3WNEA 1TL1A 1S72N 2HSTA 3TSPA 3E9LA 4KH4A 4DTXA 2PYJA 3HSTB 4JKGB 4B3OA 4FPBA 3DMJA 3HXMA 4BC3A 4OJRA 3QNNA 1L3SA 3PX4A 3EZWA 3U6FA 1NG9A 2YNFA 5JICA 3WQTA 3LDQA 5AQLA 1YUWA 1J53A 3AY9A 1QQNA 3O1BA 1IG9A 4DF4A 3A5OC 1EXQA 4EP5A 3LAMA 4FJHA 3QIOA 2YHWA 3SV4A 2ZE2A 3MEDA 3JAMO 2FBXA 3W3DA 3VEVA 2D0BA 5T7BA 2ZWHA 3G71N 4W5TA 4DV1K 1QQCA 5J2QA 4IEEA 3LWMA 3SJHA 3RWUA 3K57A 3S3NA 4LF5K 3UKUA 2HVHA 1ZBFA 3HO1A 5FPMA 3LANA 4KTQA 4YDUA 4GMJB 1JLFA 4E1MA 1GLJO 2JWKA 2GBZA 3MN6A 4A5AA 3LP0A 4OKKA 4AM7A 3OYDA 3KLEA 4KO0A 2XY8A 4CD3A 5I42A 4JRQA 3K5LA 3E01A 1WSFA 1JLEA 2QM1A 1U48A 2Q0UA 3OBYA 4DS5A 2X6NA 1VSIA 4DR5K 5KPTA 5AQRA 4CEBA 3MXMA 5EY4A 4CF9A 4K8ZA 3CQXA 3VQBA 4DLEA 1FKPA 5DM6L 2DTUA 4MDBA 3A2FA 4RW7A 4DV3K 4NB4A 4E0DA 4DKWA 3RR7A 2A41A 3K5MA 2O8CA 3GDQA 4FOEA 4KTZA 2QWRA 4F9OA 1BIZA 3HJFA 3MX5A 4ELUA 2E2PA 4CJEA 4FJXA 3TAPA 1VSDA 5EX5A 3VQ5A 2P5GA 4E7LA 1D8YA 1Q9XA 3IKMA 4H0OA 1RTJA 1NGHA 1NGEA 5SZTA 2D0OA 4DFPA 3QNOA 3HPGA 2JLEA 4BGBA 3G25A 5M1KA 2A6AA 1TYQA 2OPRA 1W7AA 1BCMA 3B6OA 4IJAA 3AVGA 4E19A 3VTIA 3RTVA 1W97L 4AHVA 1SZ2A 3KLHA 1HQUA 4B9VA 1JLBA 3KIOA 4KRFA 2HHWA 2OTLN 1ZBUA 2YV0X 1RBSA 3NGZA 3DLHA 4GVMA 5ADXA 2G8IA 3HK2A 1S1XA 1A5WA 3FFIA 2OA8A 2X78A 2YHYA 4FJMA 4CCHA 3L0QA 4O55A 5AQIA 4NCBA 4FLWA 4WF9L 1T03A 4JK8A 4JK7A 4FVMA 4RW9A 3MXIA 1R0AA 1NGIA 5FPDA 2WONA 2LSNA 1JKHA 1N34K 5CE3A 4WQ4C 4FWOA 3CETA 4JI1K 3U9DA 3AA5X 3J8AA 3SV3A 5C12A 4IJNA 1C1AA 2HBMA 3D2FA 1U2VA 2HBJA 4J2EA 2UXBK 3PSFA 4JI6K 1M1KO 4YY3K 3RR8A 2OZMA 2DFFA 1DT9A 3UKRA 4BR7A 2QW9A 3AVHA 3ZSRA 1I3AA 3L2WA 3VEWA 5AQHA 4X62K 1WB9A 4B9QA 2PFUA 3SNNA 4OPAA 3MXJA 1RTHA 4Y0WA 2ZJPL 3L4QA 4M3ZA 5IWAK 2Q36A 4KFBA 3CCUN 4EZ9A 4JRPA 3D7EO 4CZKA 3DRSA 4A2BA 1WBBA 3R6MA 1VK0A 4GKJK 4CHYA 3V9WA 4CF2A 1QZ6A 4N56A 3FE1A 3VA0A 3CD6N 4DTSA 2ZJRL 4DQIA 3TARA 1ZXOA 3C65A 4DCHA 2VQFK 1GLLO 1A5XA 4JKHA 3K9JA 4PL7A 4WE1A 3CCMN 1J6ZA 2BH1A 3NBPA 5LMNK 1EKEA 5BN8A 2P9LB 4CJ5A 4JN4A 2FF6A 4DFKA 1WOQA 4CBWA 1S9GA 1X9SA 3AARA 3WXKA 4PKIA 3T7ZA 3V9ZA 4UQGA 1HUXA 1N8RO 1BGXT 2HHTA 3O3GA 1XMOK 4KH5A 2QKBA 1ASVA 4DQQA 1RGIA 3S3OA 4AILC 3RMAA 3HBTA 3CCJN 1XNQK 4PA1A 3IUCA 1EETA 4OPJA 1BA1A 3TABA 4H0TB 1SAZA 4FPAA 4CJUA 3O9SA 1L3VA 2WTUA 1FKOA 1EP4A 3C6AA 3U4LA 4J2BA 1VRUA 4EAHD 3ZCMA 2QWMA 4LF4K 3DWLA 4R5PA 1RT4A 4CERA 1R59O 1VSEA 4BR4A 2E5LK 4IO9L 3I8BA 1K9MO 5D3GA 2YCHA 1LAVA 4FYDA 4GV9A 3H1QA 4KREA 1L3UA 4M45A 1YF5L 3LZJA 5IT9O 4CEEA 4KB0A 3H3OB 2PZSA 2Q1NA 4E1NA 1HKCA 3T1HK 2G8HA 4I9QA 4DQRA 3UKUB 2YJEA 3VA3A 1KD1O 4GV3A 4B3RK 5AQMA 3NFAA 1G99A 2Y1IA 5K14A 1BG3A 5C42A 4GV6A 5TKYA 2VWBA 4HTUA 4QS8A 1MDUB 4KI6A 3BGRA 3SBGA 1YVUA 3VERA 2UXDK 5FLXO 4JI4K 1I94K 2NUBA 1QZ5A 1RDCA 1KFDA 3QEVA 3NMUA 3MK6A 4G1QA 3U8XA 4ILGB 4FZYA 3QEWA 4FM0A 2KKZA 3NDKA 3ZETA 3OJUA 3M1FA 3SZ2A 4Z4EA 1DLOA 4W5QA 1MA9B 1TL3A 1YT3A 4BRFA 3KKRA 1RT6A 1NOYA 1SL1A 1TKTA 3T1AA 1EX4A 2G8FA 2O8EA 1NK4A 4GW6A 3O9TA 2FBVA 1NGFA 4CGIA 2QWOA 4CZHA 2YNIA 3ZX3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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