4KAZ | Genus

Total Genus 61

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	61
sequence length	206
structure length	206
Chain Sequence	TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__442042910932069__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__442042910932069__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4KAZ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__442042910932069__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"442042910932069","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4KAZ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__442042910932069__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/dna
source organism	Escherichia coli
publication title	Structural insights into DNA repair by RNase T--an exonuclease processing 3' end of structured DNA in repair pathways. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Ribonuclease T
total genus	61
structure length	206
sequence length	206
ec nomenclature	ec 3.1.13.-:
pdb deposition date	2013-04-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00929	RNase_T	Exonuclease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4kazA00

4M45A 4DF4A 3M8SA 4FJHA 4FLTA 5HLFA 1ZBUA 4DSIA 4CJLA 1ZBIA 2F8SA 5KI6A 2HHXA 4Y1DA 2GUIA 2RN2A 3F73A 4PQUA 5KGWA 4FJIA 2B5JA 2IAJA 3K57A 3K58A 1TL1A 4CGDA 1XI1A 3VQAA 3NDKA 2G8WA 3AVIA 1S6PA 3KK1A 1U45A 4RW9A 4F3OA 5KTQA 2ZD1A 5C42A 3AVFA 3VA3A 3OYKA 4ELVA 4NYFA 4MFBA 1U04A 4WE1A 3BDPA 1BHLA 1L3TA 1JLGA 2IOCA 2X6SA 4W5TA 3L2WA 1BL3A 1UAXA 2HNZA 3SZ2A 4E7HA 4KAZA 1NOYA 1W0HA 1SUQA 1RT7A 2I5JA 3LALA 4CK1A 1RILA 2DY4A 3VQEA 2HW3A 2HHVA 1MU2A 1S6QA 4ELUA 4Z4FA 3I0RA 2IDOA 4CJTA 1L3UA 4B9NA 1Y97A 1KFSA 1WSIA 1D8YA 1NOZA 4QCLA 3DLBA 4FJLA 3KLFA 1SL0A 2KZMA 2Z1JA 2FBXA 2R7YA 3PUFA 4CJVA 4E7IA 5EU7A 4UQGA 2QKBA 1HYZA 1S5JA 4C8OA 3LWLA 3KLIA 3OYCA 1WSEA 5KGXA 2G8IA 4M42A 3AVGA 3MECA 5KRTA 5SWMA 3AVJA 4JS4A 3S3OA 4FZXC 1T03A 4FYDA 4G1QA 4FM0A 3ZT4A 3KK2A 4DSEA 1BISA 3WNHA 3AVAA 1RT2A 2D5RA 2YKMA 3EYZA 4KI4A 2FBVA 4CJ5A 3OS2A 1I3AA 3QERA 3TAQA 5K14A 1U48A 1B92A 2GBZA 3DLHA 4DSKA 3D0PA 4DTOA 1HYSA 2KFZA 1NJZA 4O44A 4FJGA 3KKSA 3OYNA 1VSJA 3QIPA 5I3UA 3L8BA 1TKXA 3ZSZA 3A2FA 1CZBA 3KK3A 3V9UA 1UOCA 3VQ5A 3LANA 1NK5A 3TANA 4B9SA 1B9FA 3QEPA 2PYLA 1BIZA 4CEOA 2G8HA 4W5QA 2KW4A 4ELTA 4M3WA 4CFCA 3IG1A 4KHYA 2P51A 4NCGA 4R5PA 4FK0A 3OS1A 1YT3A 3DLRA 2Z1IA 4XIUA 3NCIA 1HRHA 3VQDA 5C24A 4JRQA 1RDBA 4PUOA 4Z4EA 4H4OA 3QLHA 4O55A 2HHQA 1TK8A 2VWJA 1S1VA 4FM2A 3RTVA 4FCYA 4RW7A 2LSNA 4B3OA 5CZ2A 1C1CA 3OYIA 4CF0A 2B6AA 1VRUA 3TAEA 3ZT3A 3HT3A 4KB1A 1TL3A 4AHSA 3AVBA 3V1OA 1KVCA 4BDYA 4RW8A 1IKXA 3ZSQA 3TAGA 3PX6A 4CGIA 1TVRA 3SUNA 1EP4A 3HJFA 4AHTA 4CEQA 1RDAA 4CECA 3NH1A 3DOKA 5E41A 4FLXA 4HUEA 4HUFA 3DLEA 4KTQA 4IG3A 4M3UA 3K5OA 1D5AA 4DTJA 3QETA 2A1SA 4H8KA 3K5NA 2XY6A 4OGEA 1HNVA 3WNGA 3OYAA 4FZZA 1WSFA 1HQEA 1TGOA 2G8UA 1QSLA 1DLOA 3NGYA 3TR8A 3V6DA 3MXMA 1JLCA 1X1PA 4KV8A 4KPYA 1LW2A 4TSXA 4CESA 1KLMA 4EP5A 3OYBA 4E7KA 4KHNA 5C25A 4M3XA 4FJ7A 4HVJA 1D9FA 4BWMA 4KHQA 3HSTB 1HQUA 1JL1A 3AVCA 1J54A 2BGGA 4C8LA 1TAQA 3KKRA 4FJ8A 3P1GA 3ZT2A 1VK0A 2E6MA 1JKHA 3LP0A 2DFHA 2FBYA 5JS2A 1RBTA 4BACA 3KLEA 3SQ1A 2XY5A 2OPQA 2W42A 4CEZA 2HMIA 2XRIA 2HHWA 3DLGA 3QESA 2YNIA 1WAFA 4DLGA 2BE2A 4DFPA 3AA5X 1TK5A 3V4IA 1A5XA 4FJ5A 3T3FA 2IC3A 2GV9A 4GVMA 4CHOA 5FRMA 1VSIA 4IG0A 4CGFA 3MEEA 5HRRA 4Z4HA 1DTQA 1NK8A 3S3MA 4FJMA 1LWEA 4N56A 3C94A 5DK5A 4E3SA 2VG7A 2KQ2A 4DU4A 2HHSA 4CF8A 1ZBFA 4DTRA 2Y1JA 3RR7A 3KJVA 1QE1A 3SJJA 1NK7A 4DTNA 1HNIA 4W5OA 4KFBA 1RT5A 1KVAA 2ZE2A 3NHGA 1YTUA 1RT4A 2HHUA 4PY5A 5JS1A 1L5UA 3IAYA 3AVMA 1S1TA 4E1NA 1ZBHA 4B8CA 3OYGA 3OS0A 3OY9A 3SQ4A 3AA3A 1SV5A 4RW4A 1D9DA 4DFKA 5J1EA 3VQ6A 1QSYA 1VSLA 1L3SA 3VN5A 1VRTA 4DFMA 4CCHA 4FLYA 1LV5A 1T7PA 2XY7A 4CEDA 4W5RA 4FW1A 3RWUA 3NH0A 3OYEA 4O4GA 4ZHRA 4CF1A 4HTUA 1T05A 4Z4GA 3ITHA 4AHRA 4DTMA 3QNOA 4FLWA 1RT1A 4BWJA 2HNYA 3KIOA 1TK0A 1SL2A 4CEAA 4QOZB 3TAPA 1WAJA 1RT6A 3L3UA 4FM1A 2VG6A 3HPHA 3SV3A 3TARA 4F8RA 2YV0X 2VG5A 4OKKA 5HBMA 4CHNA 1KCFA 1RBUA 3NBPA 4KI6A 5D3GA 1FK9A 3CM6A 3HL8A 3WNEA 3O3GA 4BDZA 3SQ0A 4CJQA 3VQPA 4CF2A 2ETJA 3BGRA 2EHGA 3CFOA 3ZSWA 3QEXA 3SQ2A 4M3TA 1Z26A 1EXQA 3C6UA 2WONA 3NF7A 3KD1E 1CXUA 3SUOA 1TKZA 3DYAA 3V1QA 2DFFA 1S9GA 4O0JA 3CQ8A 3KD5E 1EX4A 1JXEA 4KKOA 4LY7A 4LD0A 3SNNA 4ZTFA 1TV6A 3HXMA 1SKRA 1L3VA 1KRPA 4B9LA 3KLGA 4H4MA 1RBRA 3O4QA 4E1MA 1C0UA 1JXBA 1S1WA 2JGUA 3ULDA 1A5VA 1ASUA 1BI4B 2EX3A 2Z1GA 4BE0A 4KB0A 4HCBA 3OYDA 4NYNA 3RR8A 1WSHA 4NCAA 1ASVA 3HO1A 3AA2A 4KREA 3QIOA 5HRNA 2D0AA 4N41A 4JRPA 1CZ9A 3RMAA 1BI4A 2PZSA 4CJPA 1NJXA 4E19A 1KTQA 3DRSA 2D0CA 1WN7A 3ZSRA 2BDPA 3OVNA 1U4BA 4CJ4A 2G8FA 4E89A 3E01A 1IKVA 2G8KA 2HHTA 4CHZA 3V1RA 1S9EA 3HP9A 3ALYA 3LWMA 4DTXA 4FJJA 3CG7A 2XY8A 4KRFA 4DLEA 4FLZA 2BANA 3VQ4A 4DSFA 1GOCA 3TI0A 4L8RB 3AVHA 3CFPA 2QKKA 5J2NA 3OYFA 2D0BA 2E6LA 1KSPA 3NF8A 3HYFA 4CJKA 4C8NA 3T1AA 4IFYA 3LZIA 4FLVA 4CIEA 4PA1A 4EP4A 4HHTA 3QEIA 3DLKA 1BIUA 3L2QA 4E7JA 4DWIA 3OJSA 4LH5A 4FK4A 3AO2A 1DTTA 3VQBA 3AA4A 2ITGA 3HVTA 4LH4A 3VQ8A 3WNFA 2Q3SA 4OLBA 1RBVA 4DQSA 1TKDA 4N76A 4YFUA 3SI6A 4YNQA 2XHBA 4B9UA 3F9KA 1HMVA 1JLQA 2HB5A 1J9AA 1LAWA 3MEDA 4IDKA 3U3GA 5J2MA 3NFAA 3ZSYA 4Z0UA 3V9ZA 3IS9A 4O0IA 4K8ZA 4FJKA 1JLEA 3I8DA 1RBSA 1ASWA 4DU1A 1R0AA 5HROA 3M8PA 1Q8IA 4OKEA 4CGJA 3V81A 1IKYA 3NE6A 3S9HA 1NK0A 4B8AB 1XHZA 4M3YA 3RRHA 3CM5A 4AHVA 4E7LA 1C6VA 1TKTA 3PO4A 3RMDA 4CF9A 3KTQA 2O4IA 4GW6A 1A5WA 1YVUA 4JS5A 4DQQA 2X6NA 1RTJA 3AO4A 1I39A 4KHWA 4OLAA 1EETA 1U47A 2KZZA 3S3NA 4IBNA 4I9LA 4RW6A 1JLFA 5HRPA 1Q9XA 3L3VA 2IS3A 3ISNC 4DS4A 3U6FA 3LPUA 3LAKA 4EZ6A 1C1AA 3AO1A 4HUGA 3VQQA 1QSSA 4DSJA 4LSNA 3C6TA 4KHUA 3C95A 4OPJA 1JL2A 5SZTA 1QQCA 4I9QA 1IO2A 3AVNA 1Z25A 1S1XA 3SPZA 1RCHA 3ZT1A 3SUQA 1J53A 3SUPA 3H08A 1NJYA 2KFNA 4FJ9A 2X78A 1W9HA 1QS4A 1X9SA 1IG9A 1NKBA 1KFDA 3K2PA 3MEGA 4CGGA 1ZBLA 3PY8A 1RTHA 1VSFA 1YTAA 4N5SA 3KLHA 3IRXA 3LP2A 4CJ3A 1C0TA 1JLBA 2VWKA 3AO3A 3G0ZA 4RG8A 4N47A 4M3RA 1U49A 2YHBA 1ZYQA 3AVKA 2Z1HA 4J2BA 4DMNA 3JYTA 2KTQA 3D45A 3NF6A 4KTZA 4CIGA 4ICLA 4CJFA 1NK6A 2IGIA 3I0SA 1LWCA 4AH9A 3VQCA 4C8MA 2NUBA 4LSLA 3DRRA 1LAVA 3QEVA 5FRNA 4OVLA 1ITGA 3L2RA 3SPYA 1RDDA 3M8QA 3P83D 3SYZA 4CJSA 1FKOA 1HPZA 3OYJA 2AJQA 1KLNA 3PX4A 3LZJA 2OPRA 1J5OA 2OA8A 4DU3A 4Q5VA 1FKPA 5HRSA 3EY1A 5KRSA 3MAQA 1QHTA 3ASMA 4K8XA 4Y1CA 4KO0A 4DS5A 5CYMA 1NK4A 1BQNA 3QINA 2FBTA 4F4KA 3V9WA 4B9TA 4J2AA 1RDCA 4F3TA 3DOLA 3LP3A 1NJWA 1BCMA 4OKJA 3O4NA 1TAUA 2PYJA 4AHCA 3ZSVA 4CHYA 2HVHA 1X9MA 4BDPA 3L2VA 4BE1A 3RMCA 2F96A 1WSGA 2YNFA 4PWDA 3OJUA 4W5NA 3DMJA 4CFDA 5FROA 3DI6A 3TAMA 4FK2A 3RMBA 4CEBA 3TAFA 3O3FA 3K5MA 3V9SA 2FC0A 4F2SA 1UA0A 1Q9YA 1BCOA 4CJWA 3HPOA 4KTWA 1N6QA 2QXFA 3T19A 3HM9A 1RT3A 1T8EA 3QNNA 4GMJB 4CE9A 4QAGA 4Z4IA 3K59A 2Y1IA 1NK9A 2E4LA 4DFJA 5CZ1A 3HP6A 2XO7A 5FDLA 3OYHA 3FFIA 3PV8A 4B9MA 3ZT0A 3O3HA 1HJRA 2P1JA 4E0DA 3DM2A 4OPKA 4JLHA 3SCXA 1B9DA 4CJRA 1FXXA 4OGCA 3CFRA 1SKSA 1C1BA 1LWFA 2HNDA 4I2QA 4M3ZA 1EKEA 4CHQA 4DF8A 1N5YA 3SV4A 2P5OA 2OZSA 3VQ7A 2YKNA 4FVMA 1XC9A 2F8TA 3ZSXA 3AVLA 3JSMA 2WOMA 3LAMA 4CFBA 4B9VA 1IH7A 2OPSA 4CERA 1VSEA 3HVRA 4NCBA 1WNSA 5J2QA 3VQ9A 3TWHA 1GOBA 3MXIA 4AHUA 1QTMA 1XWLA 4FLUA 1CLQA 1VSKA 3TABA 3MXJA 1F21A 4CK3A 4DTPA 4J2DA 1RTIA 1C0MA 2OZMA 2ATQA 2YNGA 2DFEA 3NF9A 3PO5A 4J2EA 3THVA 1VSDA 2ZQBA 3OYMA 2YHAA 3LPTA 1REVA 3NAEA 1SL1A 1X9WA 1GOAA 1NKCA 2OYQA 3B6PA 2G8VA 4CEFA 3AO5A 4DTUA 2PY5A 3P5JA 2YNHA 3VA0A 4C8KA 1K6YA 1KVBA 2O4GA 1NKEA 1VSHA 2X74A 4KHSA 5CY4A 4CFAA 3NH2A 3NGZA 4Q0BA 1CXQA 4FZYA 1RNHA 4CEEA 4CJUA 1BGXT 3M8RA 4DQIA 4M41A 3K5LA 2HVIA 3L2UA 4DQPA 5T7BA 4OJRA 3ZCMA 5J2PA 1SKWA 3UIQA 4FXDA 2DTUA 3G10A 3LDSA 4DTSA 4FW2A 5DMRA 4BE2A 3PX0A 1O1WA 4B08A 2RF2A 4CJEA 1BQMA 4I7FA 1LW0A 5HP1A 4DG1A 3HPGA 1S1UA 2QK9A 3V9XA 4AILC 4I2PA 2B4JA 4ZTJA 3HK2A 3QO9A 1VSMA 1IKWA 4MQ3A 5CYQA 4Z4CA 3QEWA 3CYMA 1WLJA 4F2RA 3AV9A 3EZ5A 4HCCA 4FJNA 1WSJA 4EZ9A 2RKIA 4ID5A 1RTDA 4DSLA 4ID1A 4IFVA 1UWBA 3DRPA 1XHXA 1HYVA 4DQRA 2A1RA 3LP1A 4CHPA 1G15A 1JLAA 4CIFA 3U3YA 4IKFA 3NGIA 4CK2A 5I42A 2JLEA 2RPIA 3RRGA 4O5BA 2OPPA 2P5GA 4CGHA 3OYLA 4FJXA 3ZSOA 1UA1A 3B6OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4KAZA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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