4KB0A

Crystal structure of rnase t in complex with a bluge dna (two nucleotide insertion cc )
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
207
structure length
207
Chain Sequence
LTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insights into DNA repair by RNase T--an exonuclease processing 3' end of structured DNA in repair pathways.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 61
structure length 207
sequence length 207
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2013-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4kb0A00
2HVHA 3ZSQA 3AVNA 4DQPA 4I2PA 2AJQA 3PY8A 1ITGA 4AILC 1TK5A 2XHBA 4CGDA 1S1WA 3IRXA 1EX4A 1S1XA 3KIOA 3P5JA 2FBTA 5JS2A 3KK3A 4E7HA 4ID5A 1S5JA 1C1BA 4FLYA 3SPYA 3DLHA 3DMJA 4N47A 1B92A 3SNNA 4DSFA 2PY5A 3SCXA 4O5BA 4CESA 1TV6A 4I7FA 1ZBUA 2OYQA 1DLOA 3V1RA 4M41A 4CJKA 1KFSA 1S9GA 3D0PA 2BE2A 1UA1A 4CGHA 5SWMA 4CHQA 4CK1A 3IG1A 3QESA 2QK9A 4FVMA 3AO2A 4M45A 4CJQA 3K5NA 1D9FA 2YV0X 1EXQA 1GOBA 1RT4A 4CJ3A 1VSHA 1XHXA 3K5OA 2PYJA 5HP1A 4N41A 4DTPA 4CJ5A 4NYFA 1WSEA 1JLBA 4B08A 4M3TA 1TVRA 3PV8A 4Q5VA 2BANA 1HNIA 1SV5A 4ELUA 1EETA 1B9DA 4CFCA 4FK2A 3SQ4A 2ETJA 3V9ZA 2KTQA 3LP3A 1RBRA 3AVBA 1BCMA 3SPZA 1RTJA 1IKYA 3SV4A 1RT2A 3KK1A 4LSNA 1KFDA 4E3SA 3NCIA 1F21A 1RCHA 1BIZA 4CEFA 2GUIA 3C6TA 4E89A 3AV9A 4CJ4A 3VQ6A 3SI6A 3MXIA 1VSKA 3DI6A 2VWJA 1WSIA 3HPGA 2F96A 4FJHA 3O3FA 2X6SA 3OYIA 3RMBA 1X9SA 3KLEA 4JRQA 1VSDA 1JLEA 5HRNA 1K6YA 3ASMA 2B6AA 1VSLA 2FBVA 4LY7A 3RR8A 1X9WA 4KREA 2A1RA 1BL3A 4CJTA 3VN5A 2Y1IA 3NBPA 3K5MA 5DMRA 4RW8A 4J2AA 1KLMA 3O3HA 3OYNA 4E1NA 1BQNA 4O44A 1HQUA 1KTQA 3L2UA 4FLXA 3V6DA 4KHWA 4CF1A 4FYDA 4F2SA 5K14A 1UOCA 4MFBA 3OS0A 4B9TA 1YTAA 3OJSA 1RBVA 3DRPA 4Y1DA 5J1EA 3I0SA 1KSPA 2I5JA 2HHSA 3PO4A 3TAMA 1NJWA 1LWCA 1RDAA 4CK3A 4ZTJA 3MXJA 4CJVA 3WNHA 3TWHA 3NH1A 3OY9A 4HCCA 2HVIA 4CJSA 3QEPA 3EZ5A 3HPOA 2NUBA 4KTQA 2IAJA 1RBUA 4PA1A 1Z26A 4W5OA 4FZZA 5FRNA 4BDYA 2KZMA 2P1JA 3TAPA 1L3VA 4CIEA 2HHTA 1IH7A 5HRSA 4Z4FA 4DTOA 1IO2A 3PO5A 1KVBA 1R0AA 2Y1JA 2ZE2A 3LP1A 4DSJA 3DRRA 3KKRA 3K58A 2D0AA 4CFBA 2P5OA 1RBSA 2A1SA 3QO9A 4FLUA 4B9NA 4FXDA 4PY5A 4E7LA 3AVLA 3O4NA 1ASWA 4HTUA 4DFJA 1TKZA 1CZBA 3I0RA 4OPJA 4DF8A 5CYQA 3U6FA 5CY4A 3C95A 4CIGA 4CHPA 2HHWA 2R7YA 1TL3A 3V4IA 1VSIA 2ZD1A 3TR8A 3RWUA 4E19A 1SUQA 2OPPA 4N56A 4C8LA 1VSJA 4EP5A 3RMCA 1QTMA 1S6PA 4B9VA 1T8EA 1U04A 4KAZA 1RILA 1WSFA 1NKCA 3B6OA 3F73A 4FCYA 1IG9A 3NE6A 1JLGA 1O1WA 2DTUA 3OYHA 1JXBA 4CJWA 2IGIA 4QAGA 4OKEA 3HYFA 1RT6A 3OYDA 2DFEA 5FROA 3JYTA 3L3VA 4CFAA 3KKSA 3MAQA 2VWKA 3CQ8A 1ZBFA 4KB1A 1S1UA 2FBYA 1WSHA 2IS3A 4FJGA 1JLQA 3IS9A 4NYNA 4DSLA 1WSGA 4LSLA 3VQ4A 1RT5A 3HVRA 2GV9A 3L2RA 3HVTA 1KRPA 3LP2A 4CGJA 4CEBA 4R5PA 4FZYA 3L8BA 4FJ7A 3MEDA 4OLAA 1VRTA 2HNYA 3ZSXA 3MXMA 2E6LA 3MECA 1N6QA 4H8KA 1QSYA 2G8UA 3DM2A 5C24A 4E1MA 4UQGA 3VA0A 3CM5A 2P51A 5HRRA 2D0BA 1QE1A 1FK9A 3AVCA 4FJNA 4AHVA 3CG7A 4DU4A 3AVKA 4BWJA 3ZT0A 2HB5A 1FXXA 4KFBA 1NK7A 1C6VA 1RT7A 1DTQA 3SUQA 4IG3A 1I39A 1HJRA 4AH9A 3RMAA 2JGUA 3LZJA 1HYZA 2DFFA 3AO3A 5J2QA 1JLFA 4FJXA 3HXMA 4FJMA 3V1OA 4E7KA 1ZYQA 4CF9A 1A5WA 4CHYA 1D9DA 2KFZA 4KPYA 4CHOA 3OYBA 4C8KA 3QEIA 3KLHA 3O4QA 4FLVA 2G8KA 1G15A 2YNIA 2E4LA 4KTWA 3HSTB 1LW0A 5KGXA 1HMVA 2HNDA 4RW4A 3OYCA 1HQEA 4KKOA 4RG8A 4GVMA 3QEVA 1LAWA 4KHUA 3AO1A 3H08A 1ASVA 3QIOA 3OJUA 1I3AA 3NGIA 1SKRA 2KZZA 3OYFA 3TABA 4XIUA 3LPTA 1TAUA 3AVIA 4RW9A 5KRTA 1TKXA 1KVAA 4W5NA 4DU1A 3NF9A 4CGGA 4RW7A 1UWBA 2EX3A 4Y1CA 3ZT4A 4W5TA 4CJFA 4CCHA 4FW2A 4ELTA 3NF7A 4IG0A 3VQBA 5CYMA 3T3FA 4YNQA 2GBZA 3SV3A 4AHUA 1XI1A 1N5YA 4OJRA 1RDDA 3KLIA 2HHXA 3PX0A 1XHZA 4CEAA 4CJEA 3RMDA 2E6MA 2KQ2A 3BDPA 4NCGA 4ID1A 5C42A 2QXFA 5KRSA 4RW6A 1BQMA 2YNFA 2ZQBA 3V9SA 3KLGA 2ITGA 2XO7A 3TAFA 1QSLA 4J2BA 2G8VA 3WNGA 2B4JA 3T1AA 3OYAA 3ZSVA 3V1QA 2G8HA 4C8OA 4F8RA 4M3XA 1Q8IA 2OA8A 2YKMA 1S1TA 2LSNA 4AHTA 1JXEA 1YVUA 3ZSWA 3L2QA 3TI0A 3NFAA 1NK4A 3HP9A 5I3UA 4KHYA 3D45A 1EP4A 3PX6A 5CZ1A 2G8FA 3CYMA 4CEDA 4EZ6A 2YHAA 3FFIA 4CERA 2PYLA 4MQ3A 1J53A 3HPHA 4YFUA 1B9FA 1JL1A 4ICLA 3VQ7A 1C1AA 2ATQA 1UAXA 2FBXA 4G1QA 4Z4CA 4CHNA 3QNNA 1SL1A 4PWDA 4DSIA 4C8MA 3U3YA 2Q3SA 5HRPA 4ZTFA 1LWFA 5J2NA 4FLZA 4M3WA 4ZHRA 4KB0A 3S3OA 4DQRA 4IDKA 3QETA 1QQCA 3SYZA 4DTXA 2HHVA 1NK6A 5DK5A 2RN2A 4CE9A 3CFPA 3S9HA 1Q9YA 2P5GA 4KI6A 1RTIA 3LWLA 1S6QA 4TSXA 3SZ2A 4HHTA 1U48A 1NKBA 1BGXT 1D5AA 1ASUA 2FC0A 3RTVA 1Z25A 2IC3A 1KCFA 1DTTA 1KVCA 4CEQA 3HM9A 3NAEA 2HNZA 2VG5A 1HPZA 4CGFA 2F8TA 3VA3A 1WLJA 1GOAA 3K2PA 3TAQA 4FJKA 3HT3A 3ZSRA 4HUEA 4Z4HA 3HK2A 3NF8A 3OS1A 1WNSA 1C0TA 3LAKA 2RPIA 2XY5A 2B5JA 1VSFA 1WN7A 2RF2A 4DLEA 4DF4A 3L2WA 4CJPA 4KHQA 1HYSA 3AVAA 1CLQA 3UIQA 1JKHA 4N5SA 1HRHA 3IAYA 3NHGA 4HCBA 4BDPA 1L5UA 1RTHA 3S3MA 3AVGA 1NJXA 3OYEA 3KTQA 4B9MA 3KK2A 4PUOA 3K5LA 4CEZA 4W5QA 3EY1A 1WAFA 4OVLA 3AO5A 4CFDA 3S3NA 3VQ8A 4BACA 2XY6A 2RKIA 4GMJB 1J54A 4DTJA 4FK4A 1HYVA 4JS5A 3NDKA 4DQQA 2YKNA 5FDLA 3VQ5A 4B8CA 4BE0A 4DFMA 4HVJA 1U49A 1LW2A 1JLCA 2Z1JA 1TK0A 3VQPA 2OPRA 1SL2A 4O0IA 1NK8A 1QSSA 4FZXC 4JLHA 3AA3A 2O4GA 4W5RA 4FM0A 2X78A 3CM6A 3I8DA 3ISNC 4DQIA 4FJ8A 1JLAA 1W9HA 4QCLA 4NCBA 4M3ZA 4DWIA 2VG7A 4E7IA 1ZBIA 1A5XA 4KV8A 2HW3A 3AVJA 3ULDA 1VSMA 2Z1HA 1EKEA 1W0HA 3QIPA 3DRSA 4DLGA 4HUGA 3WNEA 4DG1A 3SUNA 4K8ZA 3DYAA 5FRMA 1GOCA 3T19A 4BE2A 4F4KA 1X1PA 2VG6A 1QS4A 1XWLA 1T03A 4DU3A 1LAVA 2W42A 1SL0A 1HNVA 1L3SA 4CF0A 5E41A 4GW6A 3OYKA 1S9EA 5CZ2A 4LH4A 5J2PA 3VQAA 3DLGA 4CGIA 1YTUA 2QKBA 1BI4A 1ZBLA 3TAEA 3AO4A 4IBNA 1SKSA 3KD1E 1LWEA 3LALA 4CF8A 2YNHA 2XRIA 1REVA 4I2QA 3M8RA 3SUPA 3M8QA 1RNHA 1NK5A 3P83D 1L3UA 1CXUA 4N76A 3OS2A 3AVMA 4BDZA 4FJ5A 3ZSYA 3HJFA 1C0UA 4IFYA 3KLFA 1A5VA 3SQ0A 2D0CA 4FLWA 3LPUA 3RRGA 3VQ9A 2D5RA 4FK0A 3SJJA 3ALYA 4J2EA 1VK0A 4DS4A 4FJ9A 3K59A 4FLTA 2YNGA 1RT1A 3CFOA 5KGWA 1D8YA 3AA4A 4FM1A 4IFVA 1NK9A 4E7JA 3ZT1A 4CJRA 2G8IA 4O55A 4I9LA 3QEXA 4AHCA 1T05A 2Z1GA 3DOLA 4DS5A 1ZBHA 1RT3A 1QHTA 4DTRA 4KO0A 3DLBA 1XC9A 1TKTA 3ZSOA 3KJVA 4BE1A 1T7PA 3O3GA 2KFNA 5KTQA 1KLNA 5I42A 1VSEA 4IKFA 4FM2A 3C6UA 3DLRA 4CF2A 1TKDA 2HMIA 3HO1A 1UA0A 4H4MA 2KW4A 2JLEA 3NF6A 5KI6A 4DSKA 1BCOA 3V9XA 4DSEA 4DTSA 4WE1A 3VQCA 1FKOA 1BIUA 4Z0UA 3NGZA 2HHQA 2Z1IA 5SZTA 3RRHA 4KTZA 4I9QA 2X74A 4F3OA 4CECA 1NJYA 3SQ1A 4KRFA 4F3TA 3PX4A 3PUFA 3SQ2A 2OZSA 3LWMA 4DTMA 3V9UA 4AHSA 1MU2A 1Y97A 4FJJA 4B9SA 3B6PA 4OGCA 2HHUA 4CJUA 5HROA 3QINA 1JL2A 5HBMA 4CEOA 4Z4EA 3M8SA 4B3OA 3ZT2A 3G0ZA 5JS1A 3ZSZA 3EYZA 3AVFA 4NCAA 1SKWA 3QERA 5C25A 3ZT3A 4DTUA 4M42A 4CEEA 2DFHA 3TARA 3HP6A 1NK0A 4FJIA 3OYJA 1CZ9A 4B9UA 4AHRA 4KHSA 3A2FA 4LD0A 4EZ9A 3LAMA 3LDSA 1U47A 4QOZB 4FJLA 2WONA 1BISA 4O4GA 3NH0A 4DFKA 3OYMA 3OYGA 4DTNA 3QEWA 3OVNA 4ELVA 1WAJA 2EHGA 5J2MA 4OGEA 4Q0BA 3AA5X 1IKVA 1TGOA 4BWMA 1X9MA 1L3TA 1WSJA 3L2VA 3LZIA 3M8PA 4KI4A 4JS4A 3L3UA 2OPSA 3VQDA 2YHBA 4CHZA 3QNOA 2XY8A 1CXQA 4H4OA 3JSMA 5HLFA 2PZSA 4M3YA 1TK8A 4CIFA 3TANA 3G10A 2WOMA 5T7BA 1IKWA 2XY7A 4M3UA 1J9AA 1C0MA 1TAQA 4OKJA 1U45A 4KHNA 1NOZA 3AA2A 3V81A 3C94A 2OZMA 4FW1A 1BI4B 2X6NA 4E0DA 4OLBA 2DY4A 2OPQA 4O0JA 3OYLA 4DQSA 1NOYA 4K8XA 2BGGA 3SUOA 3DOKA 4LH5A 1IKXA 1VRUA 2F8SA 4PQUA 3ZCMA 4JRPA 4DFPA 1J5OA 5D3GA 3DLKA 3TAGA 4M3RA 1NKEA 4OKKA 3K57A 1TL1A 3P1GA 3V9WA 1RBTA 4B9LA 2IOCA 3CFRA 2BDPA 4L8RB 1S1VA 1Q9XA 4OPKA 3NGYA 3QLHA 3RR7A 1C1CA 3THVA 1RDCA 5EU7A 3KD5E 3MEEA 3U3GA 1BHLA 4F2RA 2QKKA 2G8WA 1RTDA 4Z4GA 4CJLA 4DMNA 1U4BA 4HUFA 3E01A 2IDOA 4J2DA 1FKPA 3MEGA 3ITHA 3LANA 3BGRA 3VQEA 4EP4A 3NH2A 4CK2A 1NJZA 1RDBA 4B8AB 4Z4IA 3WNFA 1LV5A 3F9KA 3AVHA 3VQQA 1YT3A 3DLEA 3HL8A 4C8NA 3LP0A 2O4IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1E3MA 3T7ZA 2HVHA 4BQZA 1JJ2M 2QEXN 1TK5A 4CGDA 4A62A 1S1WA 2P9PB 3KK3A 2UU9K 2F9WA 2F9TA 4DKWA 4BRCA 5EXWA 4FWMA 1ZBUA 5C10A 4A2AA 3EE9A 3VPZA 4B1XB 1XNRK 4AM6A 4MDBA 2QK9A 2D4WA 2YV0X 1IBMK 2HSTA 1VQMN 4N41A 4ILHA 4DTPA 4JI8K 1JLBA 3PV8A 1M1KO 4CFCA 3SQ4A 3V9ZA 1T3VA 3AVBA 3I33A 4LFCK 4DV1K 4JI4K 3SAFA 5M1OA 3SV4A 3MMVA 4CEFA 3SI6A 3VEZA 3AV9A 5AQHA 3VQ6A 4E89A 3DI6A 3HPGA 4FJHA 4OX9K 3CD6N 2X6SA 3KLEA 4LFBK 1VSDA 5HRNA 1K6YA 2P9NB 2O8FB 1ATNA 2FBVA 1VSLA 3MN5A 2P9SA 1VQLN 2F7TA 1KLMA 1QVFM 4FLXA 4O44A 3V6DA 2I7NA 4KHWA 4CF1A 4FYDA 4F2SA 3IMXA 3J80O 1Q86O 4MFBA 3BUZB 4DV2K 3DRPA 4Y1DA 3SAGA 1OH6A 3TAMA 1NJWA 1LWCA 4B3RK 4CK3A 4ZTJA 4CJVA 3NH1A 3OY9A 2HVIA 4CJSA 3HPOA 2NUBA 1DGKN 4KTQA 1BA1A 3MWTA 5ELZA 1RBUA 4W5OA 1Z26A 2ZGZA 3H1VX 5FRNA 1FJGK 1E4GT 2KZMA 4CIEA 3VOVA 1IH7A 4Z4FA 1KVBA 2Y1JA 2ZE2A 3E66A 3LP1A 4DSJA 1DKGD 2ASOA 2P5OA 4A2BA 3K9KA 1RBSA 2A1SA 4FLUA 3R3LA 4FXDA 4E7LA 1BU6O 4HTUA 4IEIA 4CIGA 4CHPA 4PL7A 2R7YA 1SUQA 5LY3A 4EP5A 3RMCA 1QTMA 1RILA 4B1VA 4FWRA 1O1WA 3OYHA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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