The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of a Bioactive Pactamycin Analog Bound to the 30S Ribosomal Subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
26
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| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-05-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X64 K; 4JI1 K; 4X65 K; 3J80 O; 4DV0 K; 1N36 K; 4LF6 K; 1XNQ K; 4CVN E; 3J7A P; 4JI7 K; 4JI2 K; 3J81 O; 2E5L K; 4B3M K; 4DV3 K; 2UUA K; 4OX9 K; 2UU9 K; 4DR5 K; 2HHH K; 2F4V K; 4JI8 K; 4JI6 K; 3JAM O; 2VQE K; 4LFB K; 4LFA K; 4DV1 K; 4B3R K; 4V19 S; 5LL6 Z; 4YY3 K; 4K0K K; 5IT9 O; 4JI4 K; 4DR1 K; 4DV7 K; 4LF8 K; 1I94 K; 4GKK K; 4DV5 K; 3OTO K; 3T1H K; 4LF5 K; 4DV2 K; 1XMQ K; 1J5E K; 4DUZ K; 1IBK K; 3J7Y P; 4B3S K; 4LFC K; 4JI0 K; 1HNW K; 4GKJ K; 2VQF K; 4AQY K; 4X66 K; 4DR3 K; 4JI3 K; 4YHH K; 4LF4 K; 5LMN K; 1N33 K; 2UXB K; 4NXM K; 1XNR K; 1HR0 K; 4DR2 K; 1IBL K; 2ZM6 K; 4JI5 K; 1N34 K; 1IBM K; 1HNX K; 4JYA K; 4LF7 K; 4X62 K; 4DR7 K; 1XMO K; 4DV6 K; 2UXC K; 4DUY K; 4DR4 K; 1FJG K; 4JV5 K; 5LMU K; 1HNZ K; 4KHP K; 5BR8 K; 4LF9 K; 1N32 K; 5AJ3 K; 4DR6 K; 4B3T K; 5A2Q O; 4DV4 K; 4NXN K; 2UXD K; 2UUB K; 4CW7 B; 5IWA K; 3T1Y K; 5FLX O; 2UUC K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3K58 A; 3QIC A; 2HHQ A; 1TYQ B; 3OBW A; 2O4I A; 2G8V A; 1XNQ K; 4FK0 A; 3VEZ A; 1NG9 A; 3IFR A; 4BE1 A; 1HUX A; 1IG9 A; 1EQY A; 1K8K A; 2BH1 A; 3TAQ A; 3DXK B; 1TAQ A; 4JI8 K; 1Z26 A; 3CCV N; 3LAK A; 1N5Y A; 3WQT A; 2O8D A; 1XHZ A; 3IMX A; 2P9N A; 1HYV A; 2Q97 A; 3KK7 A; 4JI4 K; 3I55 N; 2RPI A; 4F3T A; 2PYJ A; 3ZT1 A; 4CZE A; 4CF9 A; 4LF5 K; 1UA1 A; 3V4I A; 4EP5 A; 3H1Q A; 3C7N A; 4CHY A; 2IOC A; 4KH5 A; 4KAZ A; 1IBK K; 5JS1 A; 3ZEU A; 1TK8 A; 3EY1 A; 4BDZ A; 1HNW K; 3BZC A; 2BDP A; 3V9U A; 3AA2 A; 1NLV A; 1ESV A; 5BRF A; 4LF4 K; 5DMR A; 4FWK A; 2ZJQ L; 5AQR A; 5T7B A; 4N41 A; 4OJR A; 1X9W A; 3G6E N; 5AZJ A; 1ZBI A; 1TGO A; 3O3F A; 3A5M C; 2VWJ A; 4HUE A; 3G25 A; 3OYD A; 3THX A; 4JEP A; 4FWP A; 3AO3 A; 1T6D A; 3G4S N; 4H4M A; 2OTJ N; 4DG1 A; 4FJK A; 4KH4 A; 3K59 A; 4KI4 A; 2GEL A; 1Z05 A; 2XY7 A; 3THY B; 5BN8 A; 2FXU A; 4ILH A; 4CGD A; 1D9D A; 1GLA G; 1LWE A; 3O80 A; 5FPD A; 5F2R A; 4OLB A; 3WNE A; 3KK2 A; 2E8A A; 1HNV A; 3KLF A; 2XRI A; 4IG0 A; 1VQO N; 4IBN A; 4GY2 B; 3MMV A; 3HJF A; 1NOY A; 4WQ5 C; 1SS6 A; 3VQE A; 4U7B A; 4BRA A; 4CGJ A; 3UIQ A; 2IDO A; 4IKF A; 3BGR A; 1N36 K; 3CF5 L; 1J5O A; 1ZBL A; 4CFC A; 2PFU A; 2ZQB A; 3PIO L; 3PX0 A; 4FZZ A; 4QS8 A; 4FZX C; 3BF3 A; 2O8C A; 2P9P A; 1HYZ A; 1LW2 A; 3ZSQ A; 4IWV A; 2F4V K; 1NOZ A; 1YHQ N; 4HCB A; 4FLZ A; 3CC4 N; 2WOM A; 1RDD A; 2KHO A; 2O8B A; 5LL6 Z; 2CGL A; 3HK2 A; 4JKH A; 3DRS A; 4I6M B; 3PV8 A; 5J2Q A; 4O0J A; 1A5W A; 4WQ4 C; 5BPL A; 4OPK A; 1D8Y A; 5AQW A; 1NK4 A; 1U2V B; 3V1R A; 2YKN A; 4EAH D; 1GLF O; 1N8R O; 3QIO A; 3KWG A; 5FPM A; 1B9D A; 4ZTF A; 4LFC K; 2E4L A; 3C6H A; 3LDQ A; 2D1K A; 1WSI A; 4B9V A; 1C0T A; 1N33 K; 2UXB K; 4CJ3 A; 4DFK A; 2QK9 A; 1T05 A; 3S9H A; 1YXQ A; 4FXD A; 3M6G A; 4J8F A; 2O4G A; 1VQ6 N; 4CJ4 A; 3P5J A; 3M8P A; 3DXM A; 2A3Z A; 4DTJ A; 1RBU A; 3VET A; 1NMD A; 1DT9 A; 2LSN A; 3LDO A; 4KPY A; 3VF6 A; 5GIP A; 2IVO A; 2QA4 N; 3DMJ A; 1QQO A; 4N56 A; 2HHV A; 4DV6 K; 4CJU A; 4Z4C A; 4Z4G A; 4PKI A; 2G8I A; 1Z6R A; 1YTA A; 4L3Q A; 1U04 A; 4DFM A; 3SUQ A; 3D2F A; 1YJW N; 1T03 A; 4FJI A; 1J53 A; 2DFE A; 3V1Q A; 4I9Q A; 2UUB K; 3H3O B; 4B8A B; 5KTQ A; 5GAD P; 3L4I A; 1NK6 A; 3V9W A; 2UUC K; 3TWH A; 1BI4 A; 1WB9 A; 2RN2 A; 2B4J A; 3T1A A; 3R8E A; 4Q0B A; 2VG7 A; 1KCF A; 1NK5 A; 2DFH A; 2WTU A; 2Z1H A; 4FLX A; 1NJX A; 1YIJ N; 5JVG L; 1G99 A; 2Z1I A; 2A1R A; 1GLE G; 2E20 A; 2A40 A; 1WLJ A; 3AVH A; 3A5N C; 5BPM A; 4DR5 K; 3F9K A; 5SWM A; 3TAM A; 3M8S A; 4BGB A; 4BC2 A; 2G8W A; 3NH2 A; 3MXM A; 1L5U A; 1C0M A; 3CC2 N; 3AO5 A; 3DLL L; 2GWK A; 3O3G A; 4BRN A; 4JRQ A; 4BWJ A; 4CJP A; 4JKD A; 1ASW A; 4ID1 A; 4FJH A; 4K25 A; 2F7T A; 3D2E B; 1J5E K; 1JXB A; 3CMA N; 3A8Y A; 4JK9 A; 3SPZ A; 1WUA A; 5HLF A; 4E0D A; 3JS6 A; 3DYA A; 2D0B A; 1ZBH A; 4DSI A; 3OYG A; 1JLF A; 2GX9 A; 1VAZ A; 4JI0 K; 4DHY A; 1KLN A; 2KTQ A; 4LC9 B; 4NYN A; 1FKP A; 2OAN A; 3CJ7 A; 5DM7 L; 1SL1 A; 5TKY A; 2E6L A; 4RW4 A; 1XNR K; 1CXU A; 1VK0 A; 1HR0 K; 1JLC A; 3O9R A; 3VQC A; 4J2E A; 2NRR A; 1U49 A; 4IOX A; 4OO1 J; 3OS0 A; 4DU4 A; 3OS1 A; 4BRD A; 1WBB A; 3NF9 A; 3A5O C; 4CZM A; 4FOE A; 5AFU A; 3RMB A; 1VSJ A; 5BPN A; 4CZJ A; 4ISE A; 1RTJ A; 2E2O A; 4DU3 A; 3ITH A; 2G8K A; 4ISF A; 1ATR A; 1G15 A; 2UYT A; 4KO0 A; 4N47 A; 3QEP A; 1I3A A; 3DRP A; 4YOT A; 2YJE A; 4DR6 K; 1KLM A; 3VA3 A; 1JL1 A; 4H0P A; 4ELV A; 4M7Y A; 2QTD A; 3THV A; 5CHI A; 4W5O A; 5C10 A; 3CME N; 4CJ7 A; 3ENH A; 3HI0 A; 2YJF A; 1TAU A; 1OH8 A; 3HPH A; 4X65 K; 2ZF5 O; 3U4L A; 4H03 B; 4LF6 K; 3MWT A; 1T7P A; 1KFD A; 1K8K B; 3VF2 A; 3M8Q A; 4DQ8 A; 2HHS A; 1BQM A; 3ATV A; 3UKU B; 4EHT A; 2QWN A; 4I2Q A; 4AM6 A; 4YNQ A; 3L0Q A; 5HRN A; 3THY A; 2YHX A; 1W0H A; 4KTQ A; 1S22 A; 3FGU A; 4C8M A; 1QSS A; 3LZJ A; 3OYJ A; 3HBT A; 4K8Z A; 3WQU A; 5JMV A; 4LSN A; 4CK3 A; 3QET A; 5AQP A; 4DTU A; 2AA4 A; 3AO4 A; 3GOI A; 3QNO A; 5KGX A; 3CQY A; 3J7Y P; 3SV4 A; 1WAF A; 2KW4 A; 4KRF A; 1RT5 A; 3BDP A; 4KFB A; 4GMJ B; 3RWU A; 1RT7 A; 3JYT A; 1ZBF A; 4JKA A; 1EX4 A; 3K2P A; 2FBT A; 1NGH A; 3R1X A; 1HNI A; 4MDA A; 3KJV A; 3DM2 A; 2YHW A; 3RMA A; 1EP4 A; 3J7Z O; 3CPW M; 4JKC A; 3BF1 A; 4IFV A; 2R7Y A; 4BRM A; 3L3U A; 3E66 A; 4I6M A; 4OKJ A; 4FPA A; 4C8O A; 1EO1 A; 4FSV A; 2Q36 A; 3VGL A; 3HZ6 A; 3TSQ A; 1BOT O; 4DQQ A; 3MCP A; 5FRO A; 4QAG A; 1U2V A; 2D0A A; 3H46 O; 4CF1 A; 3LAL A; 3LWM A; 4A5B A; 3NFA A; 4CF2 A; 5EU7 A; 4BE0 A; 3ISN C; 4AHT A; 3O5B A; 1GLD G; 4DUY K; 2E6M A; 3HPG A; 3MXJ A; 1LAW A; 1XHX A; 3ZSR A; 4A57 A; 4M3T A; 1DKG D; 4KHP K; 3ZSV A; 2A6A A; 4WE1 A; 3HO1 A; 1QZ5 A; 1NKE A; 4CJE A; 2HVI A; 4K41 A; 4DV4 K; 3KD5 E; 1S1U A; 3C6U A; 3V81 A; 3OS2 A; 1Y64 A; 4B08 A; 5FLX O; 5E41 A; 4OKE A; 3RMC A; 4BY9 C; 4FJN A; 1GOA A; 2GV9 A; 3J7A P; 1U47 A; 1IKV A; 2O8C B; 2ZGZ A; 1RTI A; 1Q81 O; 5JLH A; 4DSF A; 3VQQ A; 4IJA A; 1UA0 A; 2CH6 A; 3K57 A; 3C0B A; 4K43 A; 1Q9Y A; 4LFB K; 4TSX A; 3RSE B; 2I7N A; 1O13 A; 3CFP A; 2ETJ A; 4DR1 K; 2OTL N; 4YOY A; 3L6Q A; 3SV3 A; 1P90 A; 1KAZ A; 3FZM A; 1GLB G; 4DV2 K; 4LH4 A; 1I39 A; 3AVB A; 3AVC A; 2QXL A; 4F8R A; 1A5X A; 4FWQ A; 4RCH A; 3ZSX A; 4RG8 A; 4BVP A; 3QEW A; 4CBX A; 1LCU A; 3AV9 A; 3CPE A; 3U3G A; 2PZS A; 1HKC A; 4YOV A; 1JCF A; 4H0O A; 3ZX2 A; 4F2S A; 1Q8I A; 4BG8 A; 4O5B A; 3KKR A; 3DXM B; 2Q0U A; 3MEE A; 1GLL O; 3VQP A; 5JS2 A; 4EZ6 A; 4E1M A; 3TAR A; 4WYB A; 4M3U A; 1H1V A; 5I9E B; 3WEE A; 3VQ5 A; 5LJV A; 3D2E A; 1XMO K; 2QKK A; 3ZT2 A; 1GOC A; 1T6C A; 4HUG A; 1BL3 A; 4J2A A; 2YHB A; 3ENB A; 1X9M A; 1X3N A; 1YUW A; 1X9J A; 4JD2 B; 4CZK A; 5CYM A; 4GV3 A; 4JV5 K; 4M63 C; 3EZW A; 4FJ7 A; 2FF3 B; 3CJ1 A; 1SQK A; 3ULE A; 1YVN A; 3AVI A; 1JLG A; 4UQG A; 1V4S A; 1NGA A; 5AQJ A; 4F4K A; 3O9T A; 3QML A; 4BDP A; 1ZXO A; 3WNH A; 3NAE A; 2QWO A; 4CEF A; 3ZSO A; 2QW9 A; 3VOV A; 3A2F A; 1OVQ A; 4E7J A; 3VA0 A; 4DTX A; 2B5J A; 3RMD A; 1SAZ A; 5JIC A; 1E4G T; 4WFA L; 2HW3 A; 1VQ9 N; 4O4G A; 2IIR A; 3CCJ N; 2YCH A; 2XO7 A; 4FZY A; 3FZF A; 3G71 N; 4YDU A; 4CHZ A; 3OJU A; 5ADX H; 1NKB A; 3AVJ A; 1HQU A; 4V19 S; 3H3N O; 3E1Y A; 2HHX A; 3TR8 A; 4LSL A; 4EHU A; 4AF1 A; 4KV8 A; 3SJJ A; 4DV7 K; 3ZET B; 2ASM A; 3PX6 A; 1W9H A; 3MEC A; 3L2W A; 4FLT A; 3O4W A; 3CI5 A; 3EYZ A; 3SPY A; 1K8A O; 4FLU A; 2P1J A; 1KD1 O; 2D0C A; 4B9M A; 1JLE A; 3LDL A; 4B3S K; 4I9L A; 1UAX A; 4GKJ K; 4B9Q A; 3SMP A; 2Q1N A; 3WXJ A; 3UKU A; 3L4Q A; 4BDY A; 4KHS A; 4NCG A; 1VSL A; 1NBW A; 3MAQ A; 2DTU A; 1HRH A; 3DI6 A; 1WSF A; 4GNI A; 5EXW A; 3ENO A; 4HTU A; 3AA4 A; 3VEN A; 2ZE2 A; 3ZYY X; 4CER A; 3OHR A; 1P8Z A; 3EZ5 A; 1K9M O; 1IBL K; 4E7H A; 3OY9 A; 3WT0 A; 1VQ5 N; 1S1X A; 1HNX K; 5HRS A; 4GVE A; 1S1W A; 2A1S A; 2P9I A; 4BVO A; 3NF7 A; 5AQL A; 3R3L A; 1DTQ A; 1C0F A; 4FJX A; 2F8T A; 3R6M A; 4FWN A; 4FCY A; 2HNY A; 1OH7 A; 4GW6 A; 1VRU A; 3OYF A; 3VF4 A; 3SAF A; 3VPZ A; 3AGK A; 4DCH A; 5BR8 K; 3LP2 A; 2NUB A; 1HLU A; 1HKG A; 4FWM A; 3IUC A; 4FJ5 A; 4CD1 A; 2RF2 A; 1TKT A; 3F9M A; 3O9U A; 4ICL A; 3T1Y K; 3UE5 A; 4CE9 A; 2J4R A; 4RW9 A; 2ZGY A; 3OA9 A; 1EXQ A; 1O1W A; 2BGG A; 1BIS A; 2E2Q A; 4DLE A; 4IOA L; 1YJ9 N; 2HF3 A; 3VQA A; 3AVN A; 5C25 A; 1HPM A; 5M1Q A; 2YI1 A; 1Y97 A; 3K9K A; 4CEC A; 1QZ6 A; 4DV3 K; 2JWK A; 4ZHR A; 4RW8 A; 4IO8 A; 2GWJ A; 4PL7 A; 4HTL A; 3CQX A; 2ASO A; 3N4Q A; 3ID6 A; 1NMN A; 1XI1 A; 4A2A A; 4KI6 A; 5GAH P; 4B9U A; 1DTT A; 3CQ8 A; 3EL2 A; 4CK1 A; 5ELZ A; 4CIE A; 4CHO A; 3CFO A; 1CZ9 A; 5I3U A; 5KPT A; 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4MDB A; 4ELU A; 2QWM A; 2Y1I A; 3V9Z A; 4FJ9 A; 3OYH A; 1C1B A; 1XMQ K; 4BRQ A; 1BQN A; 5JLF A; 3KD1 E; 2FSK A; 4DTS A; 4IJN A; 4YFU A; 2VQF K; 3O9Q A; 3C6A A; 5DM6 L; 4CES A; 3ZT4 A; 4JLH A; 1C0U A; 1S1V A; 3CCM N; 2NZT A; 2HB5 A; 2D5R A; 2YNH A; 4M45 A; 3HTV A; 1WSG A; 4U67 L; 3P1G A; 4XH4 A; 3VQB A; 3HPO A; 3WEE B; 3VQ9 A; 5BRH A; 3T69 A; 4CJR A; 1L3V A; 4IEI A; 3SQ0 A; 3MCA B; 5JVH L; 1K73 O; 4CZL A; 4FPB A; 4OPJ A; 3ZET A; 1VQL N; 3AA3 A; 1REV A; 4MO5 A; 3TAF A; 3SI6 A; 4HWI A; 1W2B M; 2IC3 A; 5LJW A; 4BG9 A; 1TKD A; 3ATU A; 3ULE B; 2JLE A; 4AHU A; 2FBX A; 3AO1 A; 2HBJ A; 2W41 A; 4LF9 K; 1N32 K; 3ZSZ A; 1JXE A; 4M41 A; 1KVA A; 3HVR A; 5E84 A; 4BC5 A; 2XY8 A; 1BWF O; 2FF6 A; 4UY8 O; 2ITM A; 4LFA K; 3NDK A; 4AHR A; 3J80 O; 3CM5 A; 4O44 A; 4KTZ A; 3PLA A; 3CM6 A; 3ZSY A; 1V4T A; 1E4F T; 3LP0 A; 4A5A A; 3AVM A; 3ULD A; 3LP3 A; 1SKS A; 4JKG A; 1JLQ A; 2X6N A; 4DTR A; 1S6Q A; 5I42 A; 3QBX A; 5CZ1 A; 1VRT A; 3TSP A; 2VGM A; 1NGI A; 1QQM A; 2VG6 A; 2HHH K; 4FW2 A; 2Z1J A; 3LP1 A; 1RBR A; 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