The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of a Bioactive Pactamycin Analog Bound to the 30S Ribosomal Subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
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| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-05-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UUA K; 2E5L K; 5IT9 O; 1HNW K; 4LF4 K; 4DR5 K; 1HR0 K; 4JI0 K; 5A2Q O; 5LMU K; 4X62 K; 4AQY K; 3T1Y K; 4JI6 K; 4LF8 K; 4JI1 K; 1N33 K; 4JV5 K; 2UXD K; 4GKK K; 3JAM O; 1XNR K; 4CVN E; 2UXC K; 4X66 K; 1N36 K; 1IBK K; 4LF9 K; 4DR7 K; 2UUB K; 2HHH K; 4V19 S; 1HNX K; 4X65 K; 4DV4 K; 2ZM6 K; 4DUZ K; 5LL6 Z; 4DV0 K; 1XMQ K; 4JI4 K; 1XMO K; 4DR6 K; 4DV3 K; 1XNQ K; 4NXN K; 4X64 K; 3J81 O; 4GKJ K; 5LMN K; 4LF5 K; 4B3M K; 4YY3 K; 4DUY K; 4LFB K; 3T1H K; 1N32 K; 2F4V K; 4JI2 K; 4NXM K; 2UU9 K; 4JI5 K; 4B3S K; 2VQE K; 1I94 K; 5FLX O; 4B3R K; 1FJG K; 3J7Y P; 4DV6 K; 4DV1 K; 4LFA K; 1J5E K; 1HNZ K; 4DR1 K; 4LF7 K; 4DR2 K; 4KHP K; 4DR4 K; 4DV7 K; 1N34 K; 4B3T K; 4OX9 K; 3J7A P; 4LFC K; 5BR8 K; 5AJ3 K; 4DV5 K; 4K0K K; 4LF6 K; 4JI7 K; 4YHH K; 4CW7 B; 3OTO K; 2UXB K; 5IWA K; 2UUC K; 1IBM K; 4JI8 K; 4JYA K; 4DV2 K; 1IBL K; 4JI3 K; 2VQF K; 4DR3 K; 3J80 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 5AQQ A; 1GLE G; 2O8C B; 4FJJ A; 4F4K A; 3D2E B; 3NF9 A; 5AQU A; 3BP8 A; 4JNE A; 3TPQ A; 3OYG A; 5FPD A; 4I2P A; 5KRT A; 4DTS A; 1FW6 A; 4FJG A; 5EOY A; 4JRP A; 4L3Q A; 1REV A; 3QIO A; 3JAM O; 2YX6 A; 3U9Z A; 3VQ8 A; 2FSN A; 4FW1 A; 3HXM A; 4JS4 A; 3MED A; 5BRE A; 4BRN A; 1YJW N; 4ELU A; 5JLH A; 4V19 S; 3V9U A; 3KK2 A; 4ZTJ A; 3SLC A; 1EXQ A; 1BUP A; 4DG1 A; 3ZT2 A; 3I0S A; 1ZBI A; 3CJ1 A; 1TYQ A; 1YI2 N; 1ZYQ A; 1EWQ A; 3SAH A; 2ZE2 A; 3T1A A; 2WC9 A; 3C6H A; 2WFB A; 3WXL A; 3ZEU B; 3WNG A; 1JJ2 M; 1TK0 A; 1VHX A; 2D0C A; 1CXQ A; 2A5X A; 5BRH A; 3OBY A; 1L3U A; 1Q18 A; 3EL2 A; 3KZB A; 1NU0 A; 3AGK A; 4BC5 A; 1Y97 A; 4ICL A; 1LOT B; 2NNW A; 2RHK A; 1JLC A; 4KBO A; 5GIN A; 1NKC A; 2BGG A; 1GLJ O; 1V4T A; 3SMP A; 3RWU A; 3FGU A; 3EYZ A; 4OLB A; 3NH2 A; 4FWL A; 1OH8 A; 3BZC A; 1VSK A; 3SNN A; 3TAB A; 1UOC A; 5DMR A; 1DTQ A; 3N4P A; 4LSN A; 4FLV A; 4BE1 A; 3AVB A; 3C6T A; 1DGK N; 3ZSY A; 3K5N A; 1C1A A; 2O8C A; 2ETJ A; 3KTQ A; 4CE9 A; 2YHY A; 4A61 A; 4JLH A; 3ZET B; 1WOQ A; 3UKU B; 1BIU A; 3OTO K; 3QIN A; 1WAJ A; 1BDG A; 3Q7C A; 4KV8 A; 1OVQ A; 3FR0 A; 3HBT A; 5AR0 A; 1KC8 O; 2ASP A; 4FLT A; 4EZ6 A; 2HW3 A; 4JI8 K; 2HND A; 2HHU A; 4CHZ A; 1QS4 A; 5AQX A; 4FVU A; 3SUN A; 4JI3 K; 2NRT A; 1U49 A; 3ZSV A; 1BIZ A; 4BAC A; 3DYA A; 5AQI A; 4NLB A; 1O13 A; 3WNH A; 5AQP A; 4ZHR A; 4BDZ A; 3IKM A; 4M3W A; 1C0M A; 3TAN A; 5AQG A; 1ZBL A; 4YFU A; 3VA0 A; 4GMJ B; 4YNQ A; 3HK2 A; 4DQS A; 4DTP A; 3HJF A; 3O5B A; 2KKZ A; 3I8B A; 4C1N I; 1C0G A; 4DFP A; 2ZWH A; 4FWP A; 2ZD1 A; 1XUP O; 3ZSX A; 1J5O A; 1J6Z A; 4CFA A; 3THX B; 3H46 O; 3DI6 A; 5KPT A; 2FXU A; 4DR6 K; 4BRL A; 2VWJ A; 1VAZ A; 4CF2 A; 1Z25 A; 3ID8 A; 1J54 A; 3L4I A; 4H4M A; 4PQU A; 3E01 A; 4O55 A; 1H1V A; 2P9L B; 3AA3 A; 4A5A A; 3RR7 A; 4W5O A; 3TAE A; 1HKG A; 1ZC6 A; 4OKE A; 4CCH A; 3KLI A; 4KAZ A; 4CK1 A; 1BOT O; 3VEZ A; 2KZZ A; 4DHY A; 5EY4 A; 2ZJR L; 4N76 A; 3LM9 A; 5I9E B; 4CEE A; 3KLG A; 2GEM A; 2A1R A; 2PYJ A; 2FLO A; 3ZET A; 2CH5 A; 3RRG A; 4B9U A; 3UKU A; 4CES A; 4FJM A; 1RNH A; 3SAF A; 2O4I A; 1TAQ A; 3MX5 A; 1IH7 A; 3SZ2 A; 5CE3 A; 4I2Q A; 3RMC A; 3G71 N; 3SAG A; 2NUB A; 3NH0 A; 3THY A; 1Z6R A; 4EIA A; 3AO1 A; 3MCP A; 1RT4 A; 4M3R A; 3VET A; 2QWR A; 2IVP A; 4RW6 A; 1VQO N; 2E2N A; 3DM2 A; 4FWN A; 4CW7 B; 4PKG A; 4JN4 A; 4H0T B; 3OJS A; 3GL1 A; 1HLU A; 3C95 A; 1K9M O; 5J2M A; 2OYQ A; 4M7Y A; 4AHV A; 1HNV A; 4IFY A; 2E88 A; 2HHS A; 4A62 A; 3NDK A; 5AQM A; 3VA3 A; 3ULD A; 2E5L K; 3THX A; 4IDK A; 3PO5 A; 2F9W A; 5CR4 A; 2A40 A; 5A2Q O; 1WAF A; 3ALY A; 1Q9Y A; 4DLE A; 2QM1 A; 1ATS A; 1YJN N; 1NOY A; 2F9T A; 2P9L A; 1VQ6 N; 4J2D A; 1QSS A; 3CM6 A; 2RF2 A; 3OYJ A; 3AVI A; 3TAG A; 2DPN A; 1C0F A; 4CEF A; 4K42 A; 4I7F A; 1HQE A; 2VG7 A; 4JKD A; 3CMA N; 4JKG B; 2PY5 A; 4NCG A; 4M45 A; 2GTD A; 2F8T A; 3AO5 A; 4IG0 A; 3ZSW A; 2QXL A; 1XNQ K; 1NJX A; 2O8E B; 2XY5 A; 4N56 A; 2D0O A; 1U04 A; 4EZ9 A; 5K14 A; 4J8F A; 3WEE B; 1QQC A; 4AM6 A; 4UQG A; 1U45 A; 2Z1J A; 3ZSQ A; 3D6R A; 3CI5 A; 3DAW A; 5JVG L; 4DTM A; 4BRM A; 3L8B A; 3C0B A; 3A5L C; 4IEI A; 1JCG A; 4NXM K; 2VYP A; 4PKH A; 4DTO A; 2DFE A; 3SV3 A; 1VQ9 N; 3E9P A; 3TR8 A; 2W6K A; 4OGE A; 5FRN A; 2XY8 A; 1BGX T; 4DS5 A; 4MFB A; 3H6E A; 4KI6 A; 2IDO A; 3VN5 A; 3TAR A; 2WBN A; 1NJY A; 3JXU A; 2OZS A; 5AQO A; 4DSK A; 3VMF B; 2IS3 A; 3AA2 A; 3TTD A; 4AHT A; 4DTR A; 4IOA L; 4XH4 A; 3LZJ A; 5FPM A; 4DSE A; 1VSF A; 5AJ3 K; 4H5V A; 4LF6 K; 4LH5 A; 2V7Y A; 1ESV A; 1ITG A; 2UUC K; 1CZA N; 1JLE A; 5TKY A; 3T3F A; 3SI6 A; 1RT6 A; 3SJH A; 4PWD A; 1N5Y A; 3H1V X; 2YJE A; 3KKR A; 3HZ6 A; 1GLL O; 4BE2 A; 1A5X A; 4GVM A; 3LL3 A; 4JKG A; 3TU5 A; 2ASM A; 4CK2 A; 4I6M A; 4Q5V A; 3QNO A; 4KHN A; 4B1W B; 3CJ9 A; 2KLA A; 4E3S A; 4DQR A; 2P5G A; 2O8E A; 3K57 A; 1B9F A; 5J2N A; 1HNI A; 3WNE A; 4H8K A; 1D8Y A; 5FRM A; 3WEE A; 1BL3 A; 4CVN E; 3MDQ A; 1N36 K; 3BY5 A; 3K9K A; 4GV6 A; 3HPH A; 3T69 A; 1WSH A; 3DLH A; 1Q86 O; 1EX4 A; 2E2P A; 4MQ3 A; 5HRN A; 1YJ9 N; 4JI4 K; 4X64 K; 4XH5 A; 3LDS A; 4CGJ A; 1WUA A; 1X9M A; 5JS1 A; 4LF5 K; 2VGM A; 3FZK A; 3ZSZ A; 5EVZ A; 4Y1D A; 4ISG A; 4B8C A; 1TK5 A; 5KQD A; 1ATN A; 4BRE A; 3SPZ A; 3GG4 A; 3HT3 A; 2BUP A; 3HVR A; 4K8Z A; 1HYS A; 4KRE A; 1P90 A; 1NK8 A; 1W0H A; 4JRQ A; 2Q97 A; 1D5A A; 1CXU A; 3CPW M; 1ILY A; 4CJT A; 4CK3 A; 3QFP A; 4M3X A; 2CH6 A; 3WT0 A; 2P9I B; 3PIP L; 1YTA A; 4JKF A; 1RT5 A; 1KSP A; 4ILG B; 5C12 A; 4HTU A; 3V9Z A; 3J8A A; 4DR4 K; 2E1Y A; 3TSU A; 1KQS M; 3AAP A; 1S1V A; 1QHA A; 4YOT A; 4B1U B; 3WQT A; 4AF1 A; 2A1S A; 2G8I A; 4DQP A; 1GOC A; 5BR8 K; 3AVL A; 1LWF A; 3HL8 A; 1NGF A; 1S9G A; 2P9N A; 3EN9 A; 3VQ5 A; 4H5R A; 1WSF A; 3VEN A; 4WF9 L; 2ATQ A; 2XRI A; 4DV2 K; 4QAG A; 4XIU A; 1NLV A; 3CFR A; 1LW0 A; 1JCE A; 1WSI A; 3HOT A; 4GV3 A; 3OYF A; 4FJ7 A; 3UB5 A; 4LF4 K; 2VG6 A; 3HST B; 4BY9 C; 4JI0 K; 3L0Q A; 4JI6 K; 4A59 A; 3VQ7 A; 1N33 K; 3P83 D; 1VQN N; 3P38 A; 3NVM A; 3ZX3 A; 2I7N A; 4H0O A; 3ITH A; 4CF0 A; 1LCU A; 4C8N A; 3CD6 N; 1U47 A; 3U8X A; 1UWB A; 5FDL A; 4BE0 A; 1HNX K; 4DSL A; 3NCI A; 1TKX A; 3LP3 A; 3V9X A; 1KRP A; 1NK0 A; 4CJ3 A; 3IMX A; 3QEW A; 3PX4 A; 3OYD A; 1RT2 A; 1SAZ A; 2PAV A; 3AVH A; 3NH1 A; 4CEA A; 3CCU N; 3LP2 A; 1VSM A; 3VQD A; 1TKT A; 4FYD A; 3ZYY X; 4CF9 A; 3CFP A; 1HYZ A; 1Z26 A; 3WQU A; 1S5J A; 4PUO A; 1RBR A; 3GE1 A; 1JCF A; 5KGW A; 4DWI A; 3PSI A; 3G10 A; 1LAW A; 1HQU A; 4B9T A; 5FLX O; 3O8M A; 1RDA A; 3QEP A; 4Y1C A; 4E0D A; 4H5N A; 2HHT A; 3F2K A; 3A5O C; 4BRG A; 3OYE A; 5BN9 A; 3WXM B; 4HCB A; 4JKA A; 3CG7 A; 1TVR A; 3MN7 A; 4JKB A; 3UE5 A; 5HRS A; 1FXX A; 2D5R A; 4DTN A; 4EHT A; 2YKN A; 5BPM A; 4H4O A; 4ISF A; 4AHR A; 1T7P A; 1I39 A; 3O9U A; 3CCJ N; 1RDC A; 2CGL A; 1TYQ B; 5IWA K; 3CQY A; 1VRU A; 1XQS C; 3L2R A; 4ZTF A; 1MU2 A; 2G8H A; 3SUQ A; 4K25 A; 2GWK A; 2BH1 A; 3DLR A; 3HP9 A; 4Y0W A; 4WE1 A; 3VQ9 A; 1NGH A; 1VSD A; 2RN2 A; 4AH9 A; 1NJW A; 4KHU A; 3OYK A; 5AFU H; 1NK6 A; 2GUP A; 1HPM A; 2KHO A; 1P8Z A; 4LF8 K; 3OS0 A; 4EHU A; 4A57 A; 3PO4 A; 1KFD A; 2JLE A; 3V1R A; 1QSY A; 3VQE A; 2P9U A; 4H0Y B; 1HJO A; 4FM2 A; 1ZBH A; 4O4G A; 1NGC A; 4CJS A; 4BR0 A; 1SKS A; 4BC3 A; 2ZM6 K; 4O44 A; 1RDW X; 3C7N B; 3CJA A; 3A5N C; 3PLA A; 1XWL A; 5KQ8 A; 3M8R A; 2QWL A; 3LM2 A; 4RW7 A; 1CLQ A; 4BGA A; 1VSJ A; 4BC2 A; 4AHS A; 1BA1 A; 3CPE A; 3O3F A; 1WBB A; 4KHQ A; 5LJW A; 1U4B A; 1VQ8 N; 4FK2 A; 2Z1H A; 2O4G A; 1QE1 A; 4DSJ A; 4BQZ A; 1L3V A; 4YY3 K; 4H5T A; 4BRK A; 2D1K A; 3RVC A; 4DUY K; 1JLB A; 4ISE A; 4M3T A; 3MMV A; 3QIP A; 5LY3 A; 5BRD A; 1DTT A; 1SS6 A; 1T44 A; 3CET A; 2OPR A; 2NLX A; 2AP1 A; 4IWV A; 3C6U A; 4CJE A; 1R0A A; 2V52 B; 2V51 B; 4JKH A; 4U7B A; 3SQ4 A; 2IIR A; 5J2Q A; 4IOX A; 2KFZ A; 4KH5 A; 2QEX N; 4ILH A; 4FO0 A; 3W3D A; 4CGI A; 2IVN A; 2I5J A; 4CJQ A; 3V81 A; 2QA4 N; 4OVL A; 2VGN A; 1QHT A; 3KLF A; 1YTU A; 2OPP A; 3KWI A; 3M8Q A; 3VES A; 4N5S A; 3QFU A; 3ZLJ A; 3H1Q A; 4NYF A; 3MXM A; 1HRH A; 4K8X A; 5D3G A; 2VWK A; 3BZK A; 1NGD A; 4MDA A; 1NNE A; 1NG9 A; 2ZJP L; 4YHH K; 3ZSO A; 1S1U A; 1Q9X A; 5C15 A; 4E1M A; 3O9R A; 4PL7 A; 3EZ5 A; 1K8K B; 3AAR A; 3NMU A; 4DFM A; 1OH6 A; 1BO5 O; 4FM1 A; 3O1W A; 3LDO A; 4K43 A; 3E9L A; 4XEI A; 2OPQ A; 4UY8 O; 1V4S A; 2VCP A; 4BVP A; 2EX3 A; 3R1X A; 1X3M A; 3ATU A; 3C7N A; 3CQ8 A; 4DR5 K; 4Z4I A; 3U6F A; 1A5V A; 4PKI A; 3P5J A; 1EQY A; 1NK5 A; 3TAP A; 2I7P A; 1TAU A; 2QTD A; 3PX0 A; 4WFA L; 4GKK K; 5AQW A; 3FZF A; 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5B8H A; 1GLD G; 1XHX A; 3VGL A; 1U2V A; 3D0P A; 2R7Y A; 1EP4 A; 3WXJ A; 2ZJQ L; 3O08 A; 4C1N K; 2W6L A; 1VQ7 N; 1IV0 A; 1JLF A; 3WUH A; 4R5P A; 3KVG A; 1LAV A; 3DLK A; 1QZ6 A; 3SUO A; 2GX9 A; 3JS6 A; 3M8P A; 4BRD A; 3P4I A; 4MDB A; 3VF6 A; 3LDP A; 3AO3 A; 1DEJ A; 2QWM A; 4DFJ A; 4CFD A; 1B9D A; 5LL6 Z; 1NMD A; 1XMO K; 4E89 A; 4CHQ A; 1C0T A; 2BDP A; 2ITM A; 3HYF A; 2EWS A; 3QO9 A; 3M8S A; 1VQ4 N; 1R59 O; 3DLB A; 3ID6 A; 4BRI A; 3QER A; 4CGF A; 3VQ6 A; 3K5M A; 4CJV A; 4B9L A; 2J4R A; 4BRP A; 2G8V A; 3WXK A; 4IO8 A; 4OKJ A; 4Z4C A; 3ULE B; 2F4V K; 3G25 A; 5J2P A; 5ADX H; 3S41 A; 5HRP A; 4I6M B; 3GOI A; 2NRX A; 2OZM A; 4JI5 K; 1JL2 A; 4CGG A; 4B3S K; 3CFO A; 3GDQ A; 1TKZ A; 2OCE A; 3R9P A; 1GLC G; 4FLY A; 3RRH A; 4DV1 K; 3UKR A; 2KQ2 A; 3LWL A; 3VF4 A; 2HHV A; 2Y1I A; 1HNZ K; 5EX5 A; 2RKI A; 4H0X B; 5AZI A; 5GAD P; 3PX6 A; 1HKC A; 2NZT A; 4M63 C; 4MO4 A; 3IDH A; 3CCS N; 1YVN A; 3EKS A; 3HP6 A; 4L8R B; 4J2A A; 2OAN A; 5E84 A; 3BF1 A; 1S72 N; 4DV5 K; 1TL3 A; 3AVA A; 4JI7 K; 3AY9 A; 4CZM A; 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