4KTZA

Lactococcus phage 67 ruvc
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
MKKILAINFSTASKKGEGTGYAFRKDGQVYVGSIKAYNPKKTAWERTFDIVNAIKDIIDEFDLKGYHLAIETPIMGRNRKHSITLANCNGYFIGAIDGLVNGYTFIDNSKWCSYHLISGKREQRKEESLELLKATGLVDSNCKDDNIADAYNILTYCEHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mutants of phage bIL67 RuvC with enhanced Holliday junction binding selectivity and resolution symmetry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RuvC endonuclease
molecule tags Hydrolase
source organism Lactococcus phage bil67
total genus 57
structure length 160
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07066 DUF3882 Lactococcus phage M3 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ktzA00
1S6QA 1TL3A 3SCXA 1EETA 3OYBA 1TAQA 1KVCA 4CHNA 4NCBA 3JSMA 2KQ2A 3VQQA 1BL3A 4OKKA 1NK9A 4NCGA 3L2WA 1NOZA 2Z1GA 4ID1A 4FLTA 2OZMA 2XRIA 3AO2A 4W5RA 1QSLA 4F2RA 1SKSA 1UWBA 1K6YA 2BDPA 4J2DA 3LANA 2QK9A 1ZBIA 1O1WA 3M8RA 2HNZA 3MEGA 4OGCA 1IH7A 2Q3SA 4LH4A 4CF1A 1HYSA 3DRSA 3F73A 5J2NA 3AVCA 3OYKA 3VQBA 3P1GA 3RWUA 4DTJA 5HRPA 4DTUA 3NH0A 3I8DA 4PUOA 4KTQA 1VSFA 3ALYA 4OKJA 3MAQA 1VSLA 3HVTA 2O4IA 1TKZA 2YV0X 3EY1A 3SUPA 1JLEA 1RILA 2HW3A 4DFMA 2G8HA 2KFNA 2AJQA 1DTQA 3OYAA 2IOCA 4NCAA 4DQIA 3JYTA 4Z4IA 4CEZA 1T8EA 4CCHA 2YNHA 4HCBA 4L8RB 3DLRA 3ZSQA 4RW8A 4QCLA 3AVIA 1S1VA 3TANA 4BWJA 1LV5A 1ASUA 4DTOA 3CYMA 3AVJA 3HP6A 4FJNA 4M3YA 4LY7A 1J5OA 3S3MA 2FBVA 3TR8A 2B5JA 4CHOA 1RDCA 3G10A 4HUGA 3NH1A 2WOMA 3QO9A 5J1EA 1RBRA 3K5OA 3QETA 3QEXA 3O4QA 1QSSA 1X9SA 2G8WA 4Q0BA 3MEDA 1NOYA 1WSJA 4E7JA 3H08A 4QOZB 1F21A 1S9GA 3VQEA 3PUFA 1HNVA 2Y1IA 3ZSRA 3KK3A 1WSEA 4CGFA 3SQ1A 3WNFA 2IGIA 3LPUA 4RW4A 4H8KA 1SL2A 3QEWA 1HJRA 2OA8A 3VQ7A 4CJKA 1C6VA 3IG1A 1SUQA 3HVRA 3QNNA 2G8VA 1TGOA 3QESA 1A5VA 3NGIA 4KB0A 3D0PA 4J2AA 1U04A 2ITGA 1VRUA 4CEQA 1SL0A 1UA0A 2GV9A 2JGUA 4OVLA 5FDLA 4Z4CA 2E4LA 2X78A 4DSJA 3K59A 4N41A 2IAJA 4KB1A 4Y1DA 3IAYA 1B9DA 5KTQA 3V9UA 1HNIA 4E0DA 4GVMA 3HPOA 2HHSA 3RRHA 4CF8A 3SZ2A 3LPTA 3QNOA 1ZBHA 1HYZA 2NUBA 3AO1A 5CYQA 4AHSA 1WSHA 5C42A 4FYDA 3OJUA 2B6AA 4KI6A 4Y1CA 3PY8A 1RBTA 2XY6A 4FM0A 4ZTFA 1JLGA 2BGGA 2F8SA 2DY4A 4CEBA 4CJQA 4CE9A 3KK1A 3NH2A 3SUNA 4B9TA 3HPGA 4F8RA 1VSMA 4N76A 3C95A 1X9WA 4CIFA 3RMAA 2QXFA 5KRTA 5SWMA 3SUQA 1U48A 3KD1E 5FRNA 3PX0A 3V9XA 1UA1A 2A1RA 3OYGA 4BDZA 1U4BA 1MU2A 1BI4A 5KGXA 3CG7A 3SV3A 4Z4EA 4E89A 4M41A 4E1MA 4RW6A 1JLCA 2WONA 1L5UA 1C0MA 3LDSA 3SQ2A 2YHAA 2XO7A 2KZMA 1S1XA 3NHGA 4BDYA 3B6OA 4FLXA 1LW0A 1NK0A 3DLHA 3TAGA 3QEPA 3LP0A 4Z4FA 4LSLA 4IG3A 3NGYA 3RMCA 3MEEA 2PZSA 1YTAA 1WSIA 4B9VA 1QTMA 3KKRA 1D9DA 1QSYA 1IKWA 2P1JA 5T7BA 3S3OA 2P5OA 3OJSA 1FKOA 4UQGA 3OYIA 1SKRA 3ASMA 1UAXA 2HHQA 2JLEA 4ELTA 2HNYA 4OGEA 2E6LA 1ZBUA 1U47A 1D9FA 3K5NA 4DTMA 3VQ5A 4F2SA 1FKPA 2D0BA 3E01A 1TL1A 1ITGA 4AHCA 1NK8A 4FJ7A 2HVIA 3DYAA 2X6SA 4O55A 1L3VA 3HP9A 4FJXA 3KK2A 4FZYA 1G15A 2X74A 4CGJA 2LSNA 1Q8IA 2DFFA 3G0ZA 4E7KA 4PY5A 4QAGA 4CHYA 4NYFA 2DTUA 1EX4A 1WAJA 1Q9XA 4BWMA 4IBNA 3HO1A 4EZ9A 1Z25A 1L3SA 3QIOA 2KW4A 3AA4A 5JS1A 2IC3A 3HT3A 1LWCA 3DM2A 3SV4A 1QS4A 4G1QA 1VK0A 3AVAA 3AA5X 4AHRA 4IFYA 1EKEA 2Z1HA 4FM1A 1REVA 4DU3A 1CZ9A 3KIOA 1Z26A 5HRRA 1J53A 1RCHA 4FW1A 4JLHA 3A2FA 4DQPA 4FJ9A 4C8MA 1IKVA 2OPPA 4CEDA 1A5XA 3AVBA 4CEOA 4CIEA 4DMNA 4JRPA 4LH5A 3AVFA 2PYLA 1TK8A 4M42A 3HPHA 4CECA 3TI0A 3V1OA 3AVLA 4CJWA 2FBTA 3ZSXA 4FLVA 4DF4A 1J54A 2HHUA 4GMJB 3VQ6A 4GW6A 4B9LA 4KPYA 3I0SA 2PY5A 2D0CA 3AO3A 3U3GA 1KVBA 5EU7A 1S1WA 3CFOA 1UOCA 3C94A 3IS9A 4KHNA 3RR8A 3KKSA 3O3GA 1BIUA 4CHZA 1D8YA 5HROA 3DLKA 1FK9A 3SYZA 1YVUA 1TK5A 4DSKA 3LP2A 4I7FA 3KLEA 2P5GA 2DFHA 1RDBA 4LD0A 4B9NA 3LP3A 1S9EA 4BDPA 4R5PA 3V81A 5CZ2A 2KFZA 4FM2A 4DSEA 3U3YA 1ASWA 3L2QA 2Y1JA 4M3XA 1S1UA 4KO0A 1XC9A 1U45A 1QHTA 2HB5A 5SZTA 1XHZA 2G8FA 1VSJA 1NK5A 4FJJA 1A5WA 1RT6A 2B4JA 1TAUA 2DFEA 3MXIA 3OYLA 3RTVA 4CHQA 1T7PA 2ETJA 4OJRA 1TKTA 1L3TA 1BCMA 4Q5VA 4CGIA 4CHPA 2YNIA 4B9SA 3TARA 4KFBA 3MXMA 1RT5A 5K14A 4CEAA 3OS2A 4ZHRA 3KJVA 3V4IA 3SPYA 3AO5A 3K2PA 4EP5A 2XY5A 3RRGA 3ZT4A 4KHUA 1C1AA 1EXQA 3PO4A 1IG9A 1BIZA 3LALA 1C1CA 3V1RA 3BGRA 4CJLA 2RF2A 3ZT1A 2YNGA 5DK5A 4CF0A 3RMBA 1NJZA 3V9WA 3WNEA 4I2PA 3V9SA 3DRRA 4CJRA 3AA3A 4C8NA 3KLHA 1XWLA 3V9ZA 3U6FA 4PWDA 4FJMA 4YNQA 3PX4A 1TVRA 4JRQA 1RBSA 2RKIA 3KTQA 1T05A 2OPQA 4E3SA 1T03A 3ZSWA 1LAVA 4FW2A 3AA2A 4AILC 3V6DA 1YTUA 3ZSOA 5E41A 3VN5A 1ZBFA 3ZT3A 4KHQA 4CFBA 1N5YA 4DQRA 2OPSA 4CJPA 1JL1A 3PO5A 2A1SA 2G8IA 1JL2A 4O5BA 1BQMA 4DLEA 4DS5A 2YHBA 1TK0A 4ELVA 2HHVA 1JXEA 5D3GA 4FK2A 2RPIA 5KRSA 4FJLA 4KHYA 1C0UA 3MXJA 1I39A 3WNGA 3O3FA 3DRPA 4DFKA 4CF2A 4IKFA 2X6NA 2W42A 2P51A 4FXDA 1VSDA 4AHVA 2EHGA 3NF6A 3RR7A 4W5NA 4KAZA 3AVKA 3VQCA 3CQ8A 1RBUA 1LWEA 2IDOA 1VRTA 1NK7A 4CEEA 4H4OA 1BI4B 4M3ZA 1NKBA 1FXXA 3LZIA 4C8LA 1JLBA 1RDDA 4J2EA 3UIQA 3SUOA 2PYJA 3THVA 4FJ8A 1GOCA 4RW9A 3QERA 1RNHA 4CJVA 4BE1A 3DOKA 4DFJA 1U49A 4HCCA 4I9QA 3K5LA 4CFCA 1W0HA 4DF8A 5I3UA 4FZZA 1HPZA 4C8KA 3NAEA 1NJXA 2IS3A 3AVNA 4F4KA 4M3TA 1RBVA 3B6PA 2GUIA 4CIGA 3LWMA 1W9HA 3IRXA 4FJ5A 4OLAA 1CXUA 3ISNC 4KTWA 5FRMA 3SJJA 2OYQA 4BACA 2XHBA 4FCYA 3DLGA 4J2BA 1C1BA 1R0AA 4FZXC 3QIPA 4O0JA 4I2QA 4E7HA 2YKNA 4I9LA 3OYEA 2HVHA 4O4GA 4HUEA 1HMVA 1YT3A 4DTXA 3AVMA 1BCOA 1JKHA 4E1NA 3OYHA 3AV9A 3QLHA 2YNFA 3VQ4A 3WNHA 4CJSA 1RDAA 1XHXA 2ZD1A 3OS0A 3L8BA 4FJKA 2ZQBA 3RMDA 4HHTA 4BE0A 3NE6A 2GBZA 1LAWA 3M8QA 4CFDA 1RT2A 4HVJA 3CM5A 5J2QA 3HJFA 4ID5A 2VG7A 4DSLA 4E19A 2VG6A 1RTIA 1TKDA 2HNDA 1WSGA 3NBPA 2ATQA 1BQNA 1QQCA 3K5MA 3K57A 3SPZA 1D5AA 5KGWA 2KZZA 4DU1A 3L3VA 2EX3A 4ICLA 4AHTA 5C24A 4DG1A 1RT7A 2HHWA 3T19A 1NJWA 3M8PA 4CJ5A 3QEVA 1IO2A 4E7IA 3DOLA 4JS4A 1WLJA 4DQQA 1KSPA 4OLBA 2YKMA 4B9MA 3LAMA 1WAFA 3P5JA 5KI6A 1KCFA 4DSIA 3C6UA 4IDKA 3NGZA 2R7YA 2XY8A 3VQAA 1RT3A 2BE2A 4B08A 2VWKA 4MQ3A 3PV8A 4IG0A 4W5TA 1GOBA 1VSHA 4Z4GA 3ZCMA 3NFAA 3DLEA 4DTPA 3OYMA 3TAEA 4IFVA 3AVGA 4LSNA 4XIUA 5I42A 3ZT2A 3VQ9A 2I5JA 4CK1A 1RT1A 4CEFA 4CJFA 1KLNA 4KHWA 1RTHA 1VSEA 3ITHA 4DS4A 4KV8A 3KLFA 4OPKA 1BISA 4CGDA 1VSKA 4K8ZA 4AH9A 3HSTB 1HYVA 3HM9A 4DLGA 3TAFA 3DMJA 4JS5A 4K8XA 3HK2A 2KTQA 4TSXA 3NCIA 1SV5A 3D45A 4BE2A 3OS1A 5HLFA 1Y97A 3BDPA 4DWIA 3CM6A 2F8TA 1WN7A 4HTUA 5HP1A 1SL1A 4FLYA 2BANA 2OPRA 3QINA 1QE1A 1NJYA 4Z0UA 4O44A 3LAKA 4F3TA 1TV6A 2O4GA 4DTSA 3M8SA 4WE1A 4B3OA 3TWHA 3T3FA 1CZBA 1RTDA 3SNNA 4B9UA 4KKOA 4DQSA 4CFAA 4Z4HA 3OY9A 1L3UA 5HBMA 1TKXA 1DLOA 5C25A 1IKYA 1ZBLA 4PQUA 5FROA 3S3NA 2D5RA 3VA0A 4KREA 4KRFA 1KFSA 2G8UA 3OVNA 1BGXT 4CERA 3ZSZA 3TAPA 3LP1A 1WNSA 4DFPA 3SI6A 4FK0A 4CGHA 4CK2A 4M3RA 3L2VA 2VWJA 3OYJA 1BHLA 3LWLA 3VQ8A 1S1TA 2HMIA 2OZSA 3LZJA 4RW7A 3VQDA 3V1QA 3TABA 4ZTJA 3T1AA 4FLZA 4CJTA 4DTNA 1EP4A 3PX6A 1LWFA 4FLWA 3NF9A 5JS2A 4DU4A 3I0RA 4B8CA 3ZSVA 4YFUA 3DLBA 3HL8A 1ASVA 1NKCA 1Q9YA 3EYZA 4AHUA 3ULDA 1S5JA 2G8KA 1HRHA 3CFRA 2Z1JA 4EP4A 4NYNA 3O4NA 5J2MA 3OYDA 5CYMA 3L2UA 4DTRA 3L3UA 2VG5A 3F9KA 4KTZA 4OPJA 1KVAA 1J9AA 1JLQA 1RTJA 3DI6A 5DMRA 3L2RA 4H4MA 4CK3A 1CXQA 4O0IA 3P83D 3QEIA 2F96A 2HHXA 5HRNA 1I3AA 1VSIA 5HRSA 2RN2A 4PA1A 4F3OA 5CZ1A 4CJ4A 3SQ0A 1NK4A 3TAQA 4CJUA 1JLFA 4B8AB 3KD5E 3HXMA 1IKXA 3MECA 3ZT0A 4FLUA 4FJIA 4FK4A 1HQEA 3KLIA 4CJ3A 4ELUA 1KTQA 1C0TA 4C8OA 1LW2A 4CJEA 3OYCA 3AVHA 4OKEA 4N5SA 4CGGA 1ZYQA 2D0AA 4E7LA 2XY7A 3NF8A 2ZE2A 1NK6A 5CY4A 4KI4A 1B9FA 1RT4A 1SKWA 4N56A 2QKKA 4EZ6A 4FJHA 2FBYA 4W5QA 3S9HA 4W5OA 3C6TA 4M3WA 4M3UA 3TAMA 3AO4A 3NDKA 2FBXA 3CFPA 3VA3A 4CF9A 5J2PA 1KRPA 4FVMA 4KHSA 2Z1IA 3HYFA 3O3HA 1JLAA 1HQUA 2QKBA 3VQPA 4RG8A 3SQ4A 1B92A 1X1PA 4CESA 2E6MA 4MFBA 3FFIA 3NF7A 1KFDA 1NKEA 4HUFA 3KLGA 3K58A 1XI1A 3EZ5A 1X9MA 4FJGA 1JXBA 3OYNA 1DTTA 2FC0A 4N47A 1N6QA 1CLQA 2HHTA 1WSFA 3ZSYA 4M45A 1KLMA 1S6PA 1GOAA 3OYFA 4DSFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HKCA 4BRLA 3JSMA 2BH1A 5JVHL 1K8KA 1NOZA 2OZMA 1YIJN 4F2RA 2E88A 3CJ9A 1UWBA 1SKSA 4J2DA 3LANA 1IH7A 2Q3SA 3THYB 4CF1A 3CETA 3WXIA 3P1GA 4IO9L 3QICA 1Q7YO 4KTQA 1VSFA 2YHWA 3S41A 2YV0X 2OTJN 4K43A 1K8AO 3OA9A 4FOEA 2AJQA 1G99A 2IOCA 4B1UB 1ATRA 4JI4K 2YNHA 3PSFA 3WEEB 3MN5A 3R6MA 1WBDA 4C23A 1J5OA 2PBDA 1RBRA 1TYQB 3QB0A 2O8BB 3P4IA 3MEDA 1NOYA 3VF6A 4QOZB 2Y1IA 4CI6A 4DB3A 3WNFA 3SQ1A 3CC4N 4H8KA 3M5RA 2OA8A 3F5TA 1OKJA 2D4WA 2G8VA 4DV0K 2Q0RA 2ZM6K 4KB0A 3D0PA 1VQ5N 4YOXA 2GV9A 2JGUA 4OVLA 5FDLA 2X78A 4Y1DA 3FLCO 3MN9A 4E0DA 2E2PA 3RRHA 2QTDA 5IT9O 2WTUA 4FWSA 3AO1A 3OJUA 2QWLA 4KI6A 3T1YK 3PY8A 2F8SA 4CJQA 3SAHA 4B9TA 3HPGA 4BVPA 1VSMA 3CCLN 5KRTA 3SUQA 4FWLA 1EO1A 5TKYA 4BDZA 3KWIA 1BI4A 5KGXA 3CG7A 1WBBA 4E89A 1KD1O 4JD2B 4E1MA 4B1XB 1RFQA 3LDSA 1WB9A 3SQ2A 2YHAA 1S1XA 3NHGA 4BDYA 2Q2RA 1LW0A 1K73O 4BRMA 4M7XA 3ENOA 3TAGA 4M63C 2IVNA 4LSLA 3MEEA 1WSIA 5AQFA 3CQYA 2O8CA 2YCHA 1HKGA 3S3OA 2P1JA 1FKOA 1BU6O 4ISFA 2HNYA 1ZBUA 3K5NA 4FOIA 2D0BA 3E01A 5GAHP 4MO5A 1RDUA 2HVIA 3DYAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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