4KTZA

Lactococcus phage 67 ruvc
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
MKKILAINFSTASKKGEGTGYAFRKDGQVYVGSIKAYNPKKTAWERTFDIVNAIKDIIDEFDLKGYHLAIETPIMGRNRKHSITLANCNGYFIGAIDGLVNGYTFIDNSKWCSYHLISGKREQRKEESLELLKATGLVDSNCKDDNIADAYNILTYCEHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mutants of phage bIL67 RuvC with enhanced Holliday junction binding selectivity and resolution symmetry.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Lactococcus phage bil67
molecule keywords RuvC endonuclease
total genus 57
structure length 160
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07066 DUF3882 Lactococcus phage M3 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ktzA00
4E7JA 3TANA 4FJNA 2YKNA 3E01A 3QEIA 4FXDA 3HL8A 4CECA 3QNNA 1QQCA 3OS0A 4DSFA 1IO2A 3KD5E 1WLJA 2DFEA 2QKKA 1VSHA 3SV3A 4KB0A 1K6YA 4CK3A 4M45A 5HRPA 2G8UA 2Y1IA 1QS4A 4CJVA 2HHVA 1JXEA 1VRUA 4CFAA 3JYTA 2Y1JA 3C6TA 4MFBA 4OKEA 3DLBA 4ELVA 4DS5A 2D0CA 1KCFA 1T8EA 4KRFA 3LWMA 1VSJA 3VA3A 4DSEA 1I39A 4FYDA 4KPYA 4PA1A 4AHRA 3PX4A 4FK2A 2W42A 1ASWA 3M8SA 1L3VA 5SWMA 1BIZA 3ITHA 3CFPA 3LPTA 4M3TA 1LWCA 3A2FA 3AVIA 3SPYA 3SQ0A 3KK2A 1HQUA 3QESA 3SCXA 1HYSA 4CEDA 1NK4A 1S9GA 4CHYA 4FJJA 3NAEA 4FZYA 3S3MA 3LP3A 2F96A 4LSNA 4DTPA 1TK5A 4E1NA 2HHSA 1X1PA 3RWUA 3IRXA 2VWKA 4CIEA 3OS1A 2YNHA 1NKCA 2HMIA 4AH9A 4G1QA 4CEQA 4CGFA 4FJLA 4OLAA 1X9MA 4J2EA 2HNYA 1RBTA 2OPSA 4CF1A 1NK7A 1LV5A 5I42A 3AVNA 2OZMA 1A5WA 1SKRA 1VSMA 1NKBA 1EP4A 4RW8A 4DFPA 4C8OA 4YFUA 4DTOA 3U6FA 3SQ1A 4B9LA 3QEPA 1VRTA 1EETA 2A1RA 4IG0A 2I5JA 4B8AB 1KRPA 4Z4CA 3MEEA 2FBYA 3WNEA 5KRTA 1VSIA 4M42A 3VQ6A 4Q5VA 3VQ5A 3IS9A 4E19A 1RTDA 4FW1A 1U4BA 2OYQA 1C0TA 4RW6A 4WE1A 3HXMA 3WNGA 1C0UA 1GOAA 4I7FA 1SL2A 3MECA 4DMNA 3DMJA 4CJWA 1S1UA 1KTQA 1W0HA 3VQEA 4FZZA 3AO3A 3OYGA 1FXXA 3SV4A 4DF8A 3THVA 4Z4IA 1CXQA 1TKTA 2FC0A 4ZTJA 3HT3A 3PX6A 3HPGA 4C8KA 4CFBA 1G15A 3LAMA 3PUFA 3KK1A 3NF8A 4DLEA 5JS1A 3LP0A 4OPKA 3NGIA 3SUPA 3MXIA 4OGCA 3RMDA 1UAXA 1RBSA 1WAFA 3DRSA 4HCCA 2X78A 4CGHA 3EZ5A 1TKZA 3KKSA 4ELTA 4OGEA 3DOLA 4KFBA 1HPZA 3P83D 3NF7A 4KTWA 1W9HA 3QETA 1IH7A 3AVCA 1UOCA 3ZT3A 3CM6A 4C8MA 3IG1A 3VQAA 1RDBA 2X74A 4QAGA 4GVMA 1WNSA 4KB1A 2G8FA 1F21A 4RW9A 3K57A 4O0IA 1TL1A 1NOYA 2DFHA 4ZTFA 4IKFA 3OVNA 4DU4A 3AA5X 4ID1A 4O4GA 4CJUA 4QCLA 4FK0A 2X6SA 1CZBA 1KLMA 1A5XA 2RPIA 4BACA 4BWJA 3HP9A 1IG9A 3L2QA 4KHWA 3RMCA 1CXUA 4H8KA 3KK3A 1HMVA 3CFOA 4CHQA 3EY1A 3EYZA 3QNOA 5I3UA 2KTQA 4E1MA 3V9WA 5FDLA 5E41A 3VQDA 2DY4A 4B9SA 4CHZA 2OPRA 2IC3A 4CHNA 2HHXA 3K5NA 4JRPA 4M3RA 1X9SA 4DFJA 2B6AA 1RT1A 2VG5A 5K14A 4O0JA 4CJQA 1QHTA 4JRQA 1KSPA 2HW3A 4HVJA 5KGXA 3KIOA 4CIGA 4CE9A 3TAEA 5HLFA 2VG6A 1R0AA 1IKVA 5EU7A 4FLTA 4CEEA 4FM2A 1WSFA 5KRSA 1JXBA 4CJ5A 1DTTA 1I3AA 4CEBA 1D9DA 4F2SA 4B8CA 3L2UA 1ZBUA 3SQ2A 3L2RA 2HHWA 3KLIA 4CJ3A 1JKHA 1B92A 3TAQA 3QEVA 2P5GA 1LAWA 3HO1A 4FW2A 1KVBA 3P5JA 1B9DA 3K5MA 4DTJA 5J2NA 4M3WA 1ZBIA 4N41A 1KVCA 1HRHA 4DFKA 4DFMA 4KI6A 4PQUA 3ZT4A 2WOMA 3SZ2A 5KI6A 3VA0A 3K5OA 4AILC 1Y97A 2G8IA 2OA8A 4H4OA 2YV0X 1RT3A 4ID5A 1Q9XA 1FKOA 2F8SA 3V81A 4B3OA 3NCIA 1Q8IA 5SZTA 3V9ZA 4O55A 4CJLA 4CHOA 1JL2A 3PV8A 4IG3A 3DOKA 5HRRA 3VQQA 3QERA 4B9UA 4DQIA 1TKDA 3SI6A 1JLAA 4RG8A 1WSIA 3AVLA 3O3GA 3S3NA 1DLOA 2ZD1A 1NJZA 2P5OA 4DQPA 4QOZB 3ZT1A 2B4JA 1HJRA 2ATQA 3CYMA 1SV5A 1YTUA 3AVFA 2HVIA 1RDDA 3V4IA 1RT2A 3TWHA 3JSMA 1CLQA 4M3UA 1JLGA 1J54A 4DQRA 3G0ZA 1KFDA 1YVUA 4DQSA 3LALA 3VQCA 4E7HA 2GBZA 3SYZA 4DU1A 2KQ2A 4DTSA 3QO9A 4B08A 4F8RA 4O5BA 4J2DA 4XIUA 3MXJA 2Z1JA 3DLEA 4DTXA 1ITGA 1C0MA 1IKXA 2ZE2A 2O4GA 2QXFA 3P1GA 3LZIA 3S3OA 1L3UA 1B9FA 2YNFA 1SKWA 1KFSA 4CEAA 4BE0A 3PY8A 4EZ9A 3ZSWA 3NFAA 5T7BA 4HUFA 2IDOA 1HYVA 4LH4A 4I9QA 4FLZA 1UA0A 1TAQA 4N5SA 4B9VA 4HCBA 4KHSA 4PWDA 1C1BA 3KLHA 3KTQA 4E3SA 2EX3A 1Z25A 4KHQA 4W5QA 2P1JA 3C95A 4GMJB 4IBNA 3OYHA 3OYMA 1BQNA 4KAZA 1BIUA 3NH1A 1NJXA 3B6OA 4JLHA 4O44A 2BGGA 4J2AA 1JLEA 1U04A 4KTZA 5KGWA 3OYDA 3NHGA 3L3UA 4JS5A 4FM1A 2PYJA 1NJWA 2X6NA 4LH5A 1JLQA 3SUOA 2XO7A 4FJHA 2EHGA 3SQ4A 4M3XA 1NOZA 4CGIA 3NH0A 4CGGA 1XC9A 3WNFA 3NF6A 3DLHA 3DYAA 3I0SA 1WSEA 3H08A 1RTIA 2FBTA 4OJRA 4CF2A 2R7YA 4EP4A 3ULDA 3HVRA 5J2PA 3QEXA 4AHVA 3SUQA 1WAJA 3AVGA 4W5TA 2YHAA 3SJJA 4F2RA 3UIQA 3SUNA 4KTQA 1C1AA 2RN2A 2E4LA 3VQ7A 3NH2A 1T7PA 2HB5A 4CF8A 1IKYA 1TV6A 4CIFA 3HK2A 4MQ3A 3QINA 4CESA 4CGDA 3RTVA 4E7IA 1XHXA 2XY5A 3TAGA 3MEGA 1JLBA 2HNDA 1RT5A 5C24A 4E0DA 2E6LA 4FLUA 3NGYA 4I2QA 5J1EA 3L2VA 2QKBA 4DTUA 4EP5A 2OPPA 2G8HA 4W5RA 1C1CA 3ZCMA 5CZ1A 5C42A 1VSLA 2IS3A 3HVTA 4CK2A 4FLXA 3CFRA 4NCAA 1QSSA 2KZZA 3V9SA 5HP1A 4CFDA 1TKXA 2P51A 4IFVA 4C8NA 3V1RA 3OYKA 2OZSA 3NBPA 1U45A 3DI6A 1FK9A 1NKEA 3HSTB 4I9LA 4K8XA 4ICLA 2PZSA 2HHUA 3TAPA 3NDKA 1QSYA 4UQGA 3VN5A 3DLKA 3B6PA 4DU3A 4FM0A 1RT6A 3AO4A 3AVHA 4CJFA 3SNNA 2VG7A 1Q9YA 4M3YA 4N47A 4KHYA 4Z4GA 3HPHA 4LSLA 5CYQA 3AO2A 1QSLA 5D3GA 4DQQA 4DSLA 1REVA 1GOBA 5CZ2A 4NYFA 4AHCA 3G10A 4Q0BA 3TI0A 2JGUA 1LAVA 1N5YA 3HP6A 1N6QA 4FJ5A 1KVAA 3AVBA 2IOCA 4DLGA 3AA4A 1ASUA 3AA2A 3OS2A 4DF4A 2RKIA 4DSKA 1IKWA 3T19A 1RBUA 3VQ4A 3OY9A 1BQMA 1XHZA 1NJYA 4LY7A 5J2QA 3ZSZA 3NF9A 4CGJA 3TR8A 4KHNA 4DTRA 5J2MA 4OKJA 4KO0A 1U47A 3O3FA 2DFFA 4YNQA 4BDPA 4KREA 1NK8A 2XRIA 3DM2A 5FRMA 3HM9A 4B9TA 1RDCA 2RF2A 1S6PA 1DTQA 2XHBA 3CM5A 1ASVA 1J5OA 2D0BA 2Z1GA 3BGRA 4R5PA 1SL1A 3V1QA 3IAYA 1UWBA 4K8ZA 3AO5A 1S1XA 3DRRA 4HUGA 2PY5A 2BANA 3AV9A 4F3TA 3T1AA 4FLVA 4Z4FA 1VSDA 2F8TA 3DLRA 1S1TA 3OJSA 3ZSRA 2BE2A 1RCHA 3SPZA 3LP1A 1LWEA 4KHUA 3ALYA 2JLEA 1J9AA 1S1VA 4FJMA 3HPOA 3RR7A 2GUIA 3QLHA 4Z0UA 4NYNA 4ELUA 1KLNA 1QTMA 4IDKA 3PX0A 1A5VA 2D0AA 2Z1IA 3DLGA 3VQPA 2YNIA 1NK5A 4N76A 3ZSQA 4HUEA 4B9MA 1SL0A 1XWLA 1WSHA 2E6MA 3LPUA 2XY8A 4DSIA 3K5LA 3O4QA 4GW6A 5HBMA 3RRHA 3T3FA 3RMAA 3K59A 4FZXC 4J2BA 3MEDA 4E89A 3KLFA 4N56A 1JL1A 3OYJA 4FJIA 3CG7A 4FJ9A 3PO4A 3ZSYA 3MXMA 3AVKA 4NCGA 4C8LA 3AVMA 4W5NA 3LANA 1LWFA 1RNHA 4OPJA 2HNZA 3C94A 1D5AA 3KLEA 4EZ6A 4CJ4A 1TGOA 3ZSOA 3RMBA 1JLCA 3LWLA 4JS4A 3CQ8A 3C6UA 3V9UA 3D0PA 4DS4A 3PO5A 5CYMA 4FK4A 4FJXA 2HHTA 4PUOA 2WONA 4L8RB 5HRSA 2YNGA 4KI4A 3DRPA 5HRNA 1U49A 2IAJA 3TAMA 1TK0A 1MU2A 1TL3A 2KFZA 2FBXA 3TAFA 1VSKA 3U3GA 2YKMA 4DSJA 3ASMA 1ZBFA 3L3VA 5HROA 4HHTA 4CEOA 4OVLA 1T03A 3TARA 2Q3SA 3ZT0A 3OYLA 4FCYA 4FJ7A 4Y1DA 4CCHA 1LW2A 1BI4B 4RW4A 3S9HA 4CJKA 3O3HA 3AVAA 1BGXT 4M41A 2ZQBA 2D5RA 4F4KA 1X9WA 4CFCA 1J53A 3RR8A 4M3ZA 3V1OA 4AHUA 3QIPA 1EKEA 4AHSA 4CJRA 1U48A 4B9NA 1T05A 3O4NA 3HYFA 4HTUA 1NK0A 1SKSA 1FKPA 2B5JA 4CERA 4NCBA 3I0RA 3AO1A 4CK1A 2XY7A 2OPQA 3KLGA 3OYNA 2A1SA 1S5JA 1BCMA 5KTQA 3VQBA 4W5OA 3KD1E 3AA3A 4E7LA 3ZSVA 3BDPA 3NE6A 1HNIA 1S6QA 3LDSA 2VWJA 2AJQA 5DMRA 4FJGA 1BI4A 4FJKA 3L2WA 3D45A 4CHPA 1O1WA 2GV9A 3LAKA 1D8YA 4H4MA 4AHTA 4BE1A 1WSJA 4Z4EA 3TABA 1UA1A 2DTUA 4E7KA 1L3TA 1L5UA 4CEFA 3WNHA 1HNVA 2NUBA 3FFIA 1RT7A 3QIOA 4KV8A 4DWIA 3OYAA 5FRNA 1L3SA 3ZSXA 2KZMA 3F73A 3OYCA 5CY4A 3VQ8A 1EX4A 1VSFA 4CJTA 1RBRA 1D9FA 2IGIA 1ZBLA 3MAQA 3VQ9A 3U3YA 2FBVA 4TSXA 3OYIA 3OYBA 1HQEA 1BISA 5C25A 3M8RA 2PYLA 4DTNA 1GOCA 2LSNA 4IFYA 3LZJA 1TVRA 2G8WA 1BCOA 3AVJA 2BDPA 1BL3A 3I8DA 1NK9A 4CF9A 1EXQA 4BWMA 1S1WA 4F3OA 1JLFA 1ZBHA 4OLBA 3QEWA 1BHLA 3OJUA 4DG1A 4BDYA 3L8BA 3V9XA 2YHBA 1TK8A 3OYFA 2Z1HA 3KKRA 4CJSA 1RILA 1RT4A 3M8QA 3F9KA 3M8PA 4FLWA 2KFNA 4PY5A 2HVHA 2QK9A 5FROA 1WSGA 3ZT2A 3LP2A 3K58A 1RTHA 2ITGA 1CZ9A 4FLYA 4I2PA 5DK5A 1WN7A 1VK0A 1VSEA 1RTJA 4Z4HA 1TAUA 5JS2A 1ZYQA 2ETJA 1XI1A 3KJVA 4RW7A 1NK6A 2G8VA 3NGZA 4DTMA 1YT3A 4KKOA 3RRGA 2G8KA 3ISNC 1Z26A 2KW4A 3OYEA 1RDAA 4FJ8A 3HJFA 4Y1CA 1LW0A 2O4IA 4CF0A 4ZHRA 2HHQA 1YTAA 1S9EA 4CJEA 3K2PA 4BDZA 2XY6A 1RBVA 1C6VA 4FVMA 4LD0A 4OKKA 4CJPA 4BE2A 4CEZA 3V6DA 1SUQA 1HYZA 1QE1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJNA 3CPEA 4H0XB 3R9PA 3WXKA 4DV0K 3OS0A 4DKWA 1K6YA 4CK3A 1YVNA 1NGAA 4M45A 1WB9A 2G8UA 4WYBA 4B1WB 4OX9K 2Y1JA 3C6TA 3C65A 4OKEA 4ELVA 4DS5A 2D0CA 1KCFA 4CZMA 2FSJA 5AQLA 1YITN 4DUYK 4PA1A 3O9SA 4FK2A 2W42A 5BN8A 5SWMA 1BIZA 1HPMA 4JKDA 4M3TA 2HF4A 5FPEA 4AM7A 4DR4K 3NAEA 3S3MA 4IDHA 1ZC6A 5MLCQ 1TK5A 3RWUA 4GV3A 4AH9A 4CGFA 2NRZA 4DR2K 4J2EA 4IOCL 1SKRA 5C2FA 1O13A 4FWQA 3U6FA 3SQ1A 2RHKA 1KRPA 4JKEA 3ULEA 5KRTA 1RTDA 3VQ5A 1XNRK 1NGHA 1C0TA 3HXMA 4PKGA 1GOAA 1W0HA 1E4GT 3AO3A 3OYGA 3IUCA 4DF8A 2P9SB 3HPGA 3VESA 4C8KA 1WBDA 5JS1A 1VQLN 2YX6A 2NRVA 3THWA 3CD6N 3ATVA 1UAXA 3UKRB 3R1XA 4OGEA 1HPZA 4X66K 1W9HA 3ZT3A 4C8MA 1RDBA 4FPAA 4GVMA 4F9OA 4A5BA 4WFAL 1NOYA 1TL1A 4JI4K 4IKFA 4ID1A 2A40A 2P9SA 2HBLA 4BWJA 3HP9A 1IG9A 3RMCA 3KK3A 3CFOA 3UKRA 1J6ZA 3V9WA 5FDLA 3U9ZA 4B9SA 2IC3A 5TKYA 4M3RA 2B6AA 3IDHA 1QHTA 3CJBA 4HVJA 3TAEA 4CIGA 5EU7A 4M7YA 1JXBA 1BU6O 1DTTA 1I3AA 4CEBA 4B8CA 3SAFA 2UUBK 3J80O 1ZBUA 3L2RA 2HHWA 1JKHA 3MN6A 3QEVA 2E2OA 2P9KB 4FSVA 3ZT4A 3CCUN 3SZ2A 4AILC 4O8UA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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