4LD0A

T. thermophilus ruvc in complex with holliday junction substrate
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
166
structure length
158
Chain Sequence
MVVAGIDPGITHLGLGVVAVEGALKARLLHGEVVKTSPQEPAKERVGRIHARVLEVLHRFRPEAVAVQEQFFYRQNELAYKVGWALGAVLVAAFEAGVPVYAYGPMQVKQALAKEEVALMVRGILGLKEAPRPSHLADALAIALTHAFYARMGTAKPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of RuvC resolvase in complex with Holliday junction substrate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Thermus thermophilus
total genus 49
structure length 158
sequence length 166
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2013-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02075 RuvC Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ld0A00
5EU7A 2A1RA 4KTQA 3QIOA 4CEFA 1S5JA 4B9VA 3ZSRA 1HNVA 2HW3A 3SUPA 1EX4A 1KTQA 4W5RA 5I3UA 5HP1A 3BGRA 2OPPA 1NK9A 2HNYA 3LZJA 4KB0A 1JXEA 5HLFA 3WNFA 2W42A 3V9WA 3K5MA 2E6MA 3S9HA 3KLHA 1WLJA 1JLBA 3K5LA 4ELTA 1G15A 1JLAA 1IKYA 3IG1A 3U3YA 4Z4CA 4E1NA 4F2RA 1KFDA 4AH9A 3AVLA 3L3UA 3OYBA 4Q5VA 4ID1A 3SV3A 3HJFA 1JLFA 4DTMA 3MXMA 4DTUA 4M42A 5FRNA 2O4GA 3AA2A 4N76A 3LP1A 1SV5A 3DLHA 1VRTA 1FK9A 2P1JA 4HUEA 4Z4EA 1QS4A 3JSMA 3NH0A 2D0CA 4CIFA 3L2WA 3QNNA 5HROA 1UA1A 1QSYA 1NK7A 3QETA 1ZBIA 2G8IA 4O5BA 4KKOA 4KHSA 3CG7A 4DQPA 3OJUA 2YV0X 5CYQA 3NDKA 2QXFA 3HPHA 4Y1DA 4E7LA 4CF2A 1LW0A 2DFHA 5K14A 1Q9YA 3CM5A 4FM2A 4I9QA 1RDBA 4M3RA 3KK3A 4FM1A 3V9SA 2D5RA 3EY1A 1A5WA 3L3VA 3VQQA 5C24A 5E41A 3OJSA 1HNIA 4B9UA 4EZ9A 4LSLA 3ZSXA 4BACA 4DSLA 3M8QA 5DK5A 3VQ8A 4NCGA 2JLEA 4H8KA 4FM0A 3QEPA 1IKWA 3OYFA 1SKWA 2OA8A 1BHLA 3T3FA 3SUQA 4ZHRA 3AO4A 3LDSA 3F9KA 3MXIA 2YNFA 3AVIA 3OYHA 3SPYA 1TAUA 3RMCA 3VQ9A 2VG6A 4DTNA 3LP3A 2XY5A 3OYKA 1A5XA 1IKVA 4O0JA 3V1RA 2KTQA 2HB5A 4CERA 3CFPA 1RDCA 3KLIA 4OKJA 4O0IA 3LWMA 3SV4A 4K8XA 1KLNA 1C0UA 1RT4A 1LWEA 4CHOA 1WNSA 5CYMA 3C6UA 3OY9A 1HYSA 2YHAA 1U4BA 2A1SA 3VQ4A 1LW2A 1X1PA 2XY8A 3TAGA 2DTUA 1NKBA 3U6FA 2HHWA 4I2PA 4Q0BA 1RNHA 1RT1A 1REVA 3H08A 1BGXT 3TANA 3PO5A 4QOZB 4OVLA 1XC9A 3NGIA 4CECA 1ASWA 3PUFA 4YNQA 3VA0A 2YNHA 3WNGA 4I7FA 2ZE2A 1KFSA 4LD0A 2HHSA 1FKPA 3WNEA 5FDLA 4HCCA 4CEDA 1IG9A 1RTDA 4E7IA 4F4KA 4PQUA 4PUOA 2X78A 2IAJA 3DLKA 1LWCA 4M3XA 4RW8A 2PYLA 4FJNA 4ID5A 4NYNA 4KHQA 1WSHA 3QNOA 3KK2A 4BE2A 3HPGA 3ZSVA 3OYJA 3VQCA 3QEIA 4B9SA 2OZSA 3MXJA 1VSEA 1X9MA 1XHZA 1HJRA 4DSKA 2HHQA 4AHRA 5HBMA 3HT3A 3AVBA 4KFBA 3PX6A 3IAYA 3KD1E 2FBXA 4GVMA 3L2RA 4HTUA 4BE1A 1WSEA 1J9AA 3AO1A 1KRPA 2PYJA 4DSIA 3ZT4A 4KO0A 3HM9A 4DTSA 2G8KA 4N41A 2EHGA 4Z4FA 2FBYA 4AHUA 4AHVA 3G0ZA 2F8TA 1HYZA 5CY4A 3ZT3A 1ASUA 1I39A 1CLQA 4FJ8A 1JXBA 1VSJA 1B92A 3NH2A 3C95A 4H4MA 3AVMA 4JRPA 4BE0A 3V6DA 3SQ0A 3OYGA 4PWDA 1L3VA 4RG8A 4DMNA 4MQ3A 4CJFA 2KFNA 4RW9A 4HCBA 2KW4A 4Z0UA 4FJKA 2Q3SA 4DQSA 4FJJA 1TAQA 3SI6A 1FKOA 3AVJA 3DOKA 4CEEA 1RDAA 3OYMA 4HUFA 2XY7A 3ASMA 3THVA 1YVUA 5KI6A 1RT6A 3NF7A 5C42A 4YFUA 4LY7A 1HYVA 1BIUA 2X6SA 3NGZA 3RRHA 2AJQA 1HQUA 1NJXA 4C8LA 1C1BA 3ALYA 3OYEA 4RW6A 2HVIA 4F2SA 4CJLA 2DFEA 3QESA 1DLOA 3A2FA 3DRRA 4FLZA 1Z25A 2B4JA 5KGXA 3IRXA 3TAPA 2B5JA 4G1QA 4WE1A 1C6VA 3PX4A 4RW4A 4CGIA 2HHVA 4TSXA 3OYLA 1YTUA 4PA1A 1TL3A 2YNIA 1L5UA 1U49A 3DLGA 3AA4A 3O3HA 4FJ5A 2OZMA 4FK0A 2Y1IA 1Z26A 1I3AA 2KZMA 3CYMA 5D3GA 1NJYA 3O3GA 3PY8A 1TVRA 3S3OA 4KREA 5JS2A 2BDPA 4CIEA 3VQPA 1RTHA 3T1AA 2G8UA 2PZSA 4NCAA 3P1GA 3ZT0A 2GBZA 4DU3A 3LWLA 1U45A 3AVGA 2D0AA 1JLGA 1S1UA 1C0TA 1D5AA 1RDDA 4Z4HA 1T05A 5CZ2A 5J2MA 3ZSQA 1BISA 4KTZA 3V1QA 3MAQA 1N5YA 4JLHA 1K6YA 1GOAA 1QSSA 1TGOA 1ZYQA 3K59A 3OYDA 1IH7A 4IFVA 1J5OA 3HYFA 3QLHA 3C94A 3BDPA 1ZBHA 3SPZA 2Z1GA 3QO9A 3E01A 2ZD1A 4KTWA 4KV8A 3VQ7A 3M8PA 5J2QA 4O4GA 3I0RA 4CGGA 3LP2A 4E7KA 3G10A 3ZSWA 4CESA 3SYZA 3AVAA 5J2NA 3V4IA 3SUOA 1X9WA 2JGUA 4CEBA 4CFBA 3O3FA 3CFRA 1WAFA 3QEWA 3PO4A 4L8RB 1GOBA 3RTVA 3SJJA 2F8SA 4W5TA 3AA5X 4DWIA 4CGDA 1WAJA 3AVKA 3DLRA 4FLWA 4KI4A 4HVJA 4PY5A 4J2AA 3ZCMA 1RT2A 3EYZA 2G8WA 1J53A 5J2PA 1QTMA 4CCHA 2DY4A 2OPRA 1VSFA 4KI6A 3L8BA 4E0DA 3HSTB 5CZ1A 4FLUA 1VK0A 4B8CA 1MU2A 1KCFA 1ZBLA 1TKDA 1T03A 3KKRA 1L3TA 2KFZA 3DMJA 2GV9A 5I42A 1T7PA 4CF1A 5KTQA 3OYAA 3KLFA 2YKMA 4DLEA 3AVFA 1RCHA 3FFIA 4IKFA 1YTAA 2FBTA 2QKBA 1IO2A 4KB1A 4CJEA 2BE2A 4E7JA 3DRPA 4CJ3A 4E1MA 4EZ6A 3ISNC 3NFAA 3B6OA 1KSPA 1S1VA 4FW2A 1TKZA 1JLEA 5KRTA 1LV5A 2NUBA 4CHYA 4Z4IA 4E19A 4FLTA 1BQMA 1TV6A 2X74A 4ZTFA 3TI0A 2OPQA 3MEGA 2Z1IA 4M41A 4IG0A 3V81A 2LSNA 1U47A 3NH1A 2QKKA 1RBVA 4BDPA 3HP9A 3O4QA 1TKXA 4CK1A 4C8KA 1LAWA 4B9TA 1Y97A 2ETJA 4KHNA 2ITGA 4FJLA 4XIUA 4DTPA 4M3UA 3OS1A 4CEZA 3K2PA 3HPOA 3KLGA 1S1XA 3RRGA 1JLQA 2HNDA 2HNZA 3OS2A 4K8ZA 2WOMA 4FLYA 1SL2A 4W5NA 4O44A 2YKNA 4DSFA 2IS3A 1RBSA 2Z1JA 3K5OA 3ZSYA 2PY5A 2IOCA 3KK1A 4DQIA 4DFKA 1HQEA 3DLBA 4KAZA 1BL3A 3KIOA 1EP4A 4DS4A 1S9EA 2HHXA 4KRFA 4CFCA 3ITHA 4B9LA 4DQRA 4FJ7A 3NF8A 4CF0A 3VQ6A 3TWHA 1HPZA 1HMVA 2OYQA 3RMBA 3QIPA 4CHQA 3DI6A 1X9SA 4DSJA 3I8DA 3OVNA 3SQ2A 3AVNA 1GOCA 1TKTA 4Z4GA 3M8SA 3DM2A 1TK0A 1JL2A 4OPJA 1ZBFA 4DU1A 2HHTA 4ELVA 4DTOA 2R7YA 1LAVA 1S6PA 1UOCA 3I0SA 4FJ9A 3P83D 1HRHA 1VSLA 1WSFA 3IS9A 4M3WA 4CJWA 5KRSA 3LP0A 1NK5A 4B8AB 3UIQA 1S9GA 2XO7A 4DQQA 3NF9A 4AILC 4ELUA 1WN7A 4DF4A 4OPKA 3D45A 1S6QA 4DFJA 1C1AA 4DF8A 1NJZA 4HUGA 4FXDA 3HL8A 1RTJA 4DLGA 1ASVA 3KKSA 4CGHA 1SKRA 3RWUA 1W9HA 4FJMA 3AV9A 1D8YA 1VRUA 4EP5A 4CJRA 1NKEA 3K5NA 1BIZA 3DLEA 2VWKA 4IDKA 4CJ4A 2G8FA 4LH5A 4E3SA 3NE6A 3SCXA 1B9DA 1ITGA 2VG7A 3SZ2A 1NK0A 1S1TA 2XRIA 4GW6A 4IFYA 4JRQA 4OLAA 2YHBA 3TABA 1YT3A 4CEAA 1VSMA 1T8EA 3RMDA 4FZZA 1TK8A 1L3UA 1RBRA 3AO2A 3LAKA 5C25A 3S3MA 4LH4A 1XHXA 3HXMA 4HHTA 4NCBA 4M45A 4CK2A 4M3TA 2P5GA 1EKEA 4DG1A 1NK4A 1RT3A 3VA3A 4KHYA 3S3NA 1C0MA 1A5VA 1KVAA 1CXUA 4FCYA 3NF6A 1XWLA 4FK2A 3KTQA 4B08A 1U04A 3DRSA 3VQDA 3QEXA 3DOLA 4BDYA 1KLMA 3WNHA 4DFMA 4QCLA 2G8VA 4CFAA 4FZXC 2KQ2A 2YNGA 4OLBA 3OYCA 4FVMA 4NYFA 1NOYA 3V9XA 3NHGA 3K58A 4N47A 1L3SA 4OGCA 4BWMA 3TR8A 4CGJA 1VSHA 2IDOA 1TK5A 2Z1HA 3NBPA 1JL1A 1D9FA 2RF2A 3ZSOA 4CEOA 4DU4A 1N6QA 1IKXA 3AO5A 4FJIA 4E89A 1U48A 3OYIA 3VN5A 3ZT2A 3SNNA 4FZYA 1DTQA 1RT5A 4DS5A 1BI4B 4LSNA 2B6AA 1TL1A 3K57A 2E6LA 3DYAA 3LAMA 1SL0A 4J2DA 3ZT1A 2P5OA 3P5JA 5SZTA 3O4NA 1UA0A 3CQ8A 3B6PA 3JYTA 1FXXA 3TAMA 2I5JA 4OGEA 4AHTA 4W5OA 1KVCA 3EZ5A 1QE1A 2XY6A 2QK9A 1WSIA 4M3ZA 3LPUA 3VQEA 3MEDA 3PX0A 4C8MA 2X6NA 1SKSA 5SWMA 3LZIA 1QSLA 1Q8IA 4ICLA 4CE9A 1WSJA 4R5PA 4KHWA 1NK6A 1RILA 3C6TA 2G8HA 4CJVA 2F96A 3LALA 3V9UA 4CEQA 4N56A 2HMIA 4CJUA 4CHNA 4C8OA 1CZBA 4CJSA 4I2QA 4N5SA 3KD5E 4F3OA 5KGWA 3HK2A 1UWBA 1LWFA 4DTXA 1QQCA 3SQ1A 2D0BA 3ZSZA 1R0AA 4CK3A 4B3OA 3MEEA 3VQBA 3SQ4A 4FK4A 4GMJB 4CGFA 4CIGA 3L2UA 1JKHA 4M3YA 2DFFA 4OKEA 4B9MA 2VG5A 3RMAA 3SUNA 1RTIA 1DTTA 4Y1CA 2OPSA 3U3GA 2GUIA 1VSDA 3LANA 1EETA 2WONA 1UAXA 5HRRA 3OS0A 3QINA 1C1CA 4FLXA 4F8RA 2ZQBA 4QAGA 4CJQA 4FJXA 4OJRA 2Y1JA 4FLVA 4DTRA 4CF8A 4O55A 1NOZA 5T7BA 4CJPA 2XHBA 1Q9XA 4KHUA 3M8RA 2P51A 2KZZA 5HRPA 3AVCA 2RKIA 3TAEA 3HVTA 3AO3A 4E7HA 2BGGA 4EP4A 4CJTA 1JLCA 1SUQA 4C8NA 1O1WA 4RW7A 1RBTA 4I9LA 3QERA 3AVHA 1BQNA 1J54A 2IC3A 1BI4A 2IGIA 1NKCA 4J2BA 4FYDA 1RT7A 1CXQA 4FW1A 4H4OA 1SL1A 1VSIA 1EXQA 5FRMA 4JS5A 4OKKA 4DSEA 1CZ9A 3KLEA 4DTJA 4B9NA 3NAEA 2FC0A 4DFPA 2RN2A 5FROA 3QEVA 1NJWA 1W0HA 3L2QA 3VQAA 2HVHA 3RR7A 5HRSA 1WSGA 3ULDA 1QHTA 1XI1A 2HHUA 3NGYA 3PV8A 3KJVA 3TAFA 3V9ZA 4BDZA 1KVBA 1NK8A 1B9FA 3D0PA 4MFBA 4CJ5A 3CFOA 2EX3A 4BWJA 4FJGA 3V1OA 3TARA 3HO1A 3LPTA 4CHPA 3F73A 4JS4A 1BCMA 4ZTJA 4J2EA 4CHZA 4IG3A 4CJKA 1ZBUA 3AA3A 4CF9A 1VSKA 2BANA 3HVRA 4FJHA 4AHSA 5HRNA 1RBUA 4IBNA 5J1EA 1D9DA 4UQGA 2ATQA 5JS1A 3HP6A 3TAQA 3VQ5A 3T19A 3CM6A 5DMRA 3MECA 1S1WA 4CFDA 2VWJA 2O4IA 3OYNA 4W5QA 1BCOA 1F21A 4AHCA 3NCIA 4KPYA 2E4LA 3L2VA 2RPIA 3RR8A 4F3TA 2FBVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V51B 3SUPA 2D0OA 5HP1A 3BGRA 2ZM6K 2FSNA 1JXEA 3E66A 2ASOA 3HI0A 2W42A 3V9WA 2WFBA 3J80O 3KLHA 1JLBA 4JHDB 3IG1A 1NG9A 1BO5O 2H3GX 1KFDA 4EHTA 3AVLA 3L3UA 1DKGD 3D2FB 4DTMA 3MXMA 4M42A 3S41A 4N76A 3O4WA 1XC3A 1VRTA 1FK9A 3P31A 4Z4EA 1QS4A 2OTLN 1Q82O 2D0CA 1U2VA 1NGCA 1ZBIA 4KHSA 3CG7A 1S72N 4K25A 2QXFA 2VQFK 4I9QA 1RDBA 4FWLA 5GIPA 2D5RA 3AAPA 3TTCA 1A5WA 5JLHA 1I94K 2P9PB 4B9UA 5TKYA 3G6EN 3M8QA 3M3ZA 1J6ZA 4NCGA 4H8KA 1IKWA 1SKWA 2FLOA 1BHLA 3T3FA 1KAYA 4ZHRA 1S3XA 1TUUA 4H5RA 1TAUA 2XY5A 3CJAA 1A5XA 3V1RA 4BQZA 2HB5A 2KTQA 4OKJA 3KLIA 3SV4A 1LWEA 4CHOA 3WXLA 1ATNA 2YHAA 2A1SA 3VQ4A 3TAGA 1QZ5A 1FW6A 4BR5A 4Q0BA 3ATVA 1NGAA 4YNQA 4DV4K 4B1UB 4NLCA 3VA0A 2YNHA 3VETA 3WNGA 2O8DA 4BY9C 2F9TA 4C1NI 4KH5A 4CEDA 4E7IA 2X78A 1ESVA 1LWCA 4FJNA 3BF1A 3SAHA 4B9SA 4A5BA 5AQQA 1XHZA 1HJRA 4DSKA 1VQ7N 3F5TA 1XNRK 4KFBA 1IBKK 4HTUA 1GLDG 4BE1A 4CZJA 3L0QA 3CCQN 1J9AA 3AO1A 3ZT4A 3AGKA 4N41A 2FBYA 4AHVA 2F8TA 5I9EB 4FPAA 5HL7L 2W6KA 4ILHA 4JRPA 3KVGA 4BE0A 3QMLA 2JWKA 5KPRA 4DMNA 4CJFA 2NRHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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