The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
30
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UUB K; 4AQY K; 2HHH K; 4JV5 K; 4DV6 K; 2VQE K; 4DV5 K; 5BR8 K; 3T1H K; 1I94 K; 4LFA K; 4JI7 K; 4JI0 K; 4DV1 K; 1N33 K; 2UUC K; 4B3T K; 2UXB K; 2UXD K; 3J81 O; 3OTO K; 5LMU K; 1N36 K; 1IBM K; 1XMQ K; 4JI5 K; 4DV0 K; 4X65 K; 4GKK K; 4GKJ K; 4NXN K; 1IBK K; 1IBL K; 4DR4 K; 4X66 K; 4JI8 K; 5IT9 O; 4DUZ K; 2F4V K; 4V19 S; 3J7A P; 2ZM6 K; 2E5L K; 1XNQ K; 4DV2 K; 4DV3 K; 1HNX K; 4X64 K; 4DR3 K; 4YHH K; 4LF4 K; 4DR7 K; 1XMO K; 4OX9 K; 4LFC K; 4CW7 B; 5LL6 Z; 4LF9 K; 4LFB K; 1XNR K; 5FLX O; 1J5E K; 4LF6 K; 4LF7 K; 4X62 K; 1N32 K; 1FJG K; 4YY3 K; 4JI3 K; 4CVN E; 4DR5 K; 4DR6 K; 2UXC K; 2UUA K; 1HR0 K; 3J80 O; 4DV4 K; 4JI1 K; 4NXM K; 4KHP K; 4DR2 K; 4LF8 K; 3T1Y K; 4B3S K; 4JI2 K; 4JI6 K; 3JAM O; 4DUY K; 3J7Y P; 4JYA K; 1N34 K; 4K0K K; 4DR1 K; 4LF5 K; 5IWA K; 4JI4 K; 4DV7 K; 5LMN K; 2VQF K; 5A2Q O; 1HNW K; 4B3R K; 5AJ3 K; 1HNZ K; 2UU9 K; 4B3M K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BQL A; 1RBR A; 3ID8 A; 5C42 A; 2OYQ A; 2RPI A; 1KXP A; 3WEE B; 4LSL A; 5H1S Q; 2X78 A; 1S9E A; 4CJL A; 1M1K O; 1RDB A; 4FWS A; 2YHY A; 3OYG A; 4B8A B; 3ISN C; 1NKB A; 1CZA N; 4KBO A; 3E1Y A; 1SL1 A; 4NYF A; 1JCF A; 3OS1 A; 3LWL A; 3E01 A; 3CM6 A; 2W42 A; 4CJW A; 2UXD K; 1FXX A; 3ZX3 A; 4BRE A; 1IBM K; 4DV0 K; 4CES A; 4DQR A; 4DG1 A; 2G8F A; 2YNF A; 3ZX0 A; 3I0R A; 4DR4 K; 1FKP A; 2PAV A; 2LSN A; 3PV8 A; 4KV8 A; 4DLE A; 1NGJ A; 2OPR A; 3D0P A; 2ZM6 K; 4DV2 K; 4DHY A; 5CE3 A; 3KK2 A; 2KW4 A; 4BGA A; 2GWK A; 1UOC A; 4H4M A; 3D6R A; 2HF4 A; 5EVZ A; 4FXD A; 2OZS A; 4CK1 A; 3OYA A; 1EO1 A; 1LWE A; 3LPT A; 5CY4 A; 4H5V A; 3MDQ A; 4IOC L; 1GLA G; 3C7N A; 1HKG A; 3NMU A; 4LF7 K; 1OH5 A; 4K43 A; 4FW2 A; 4DQI A; 3AVF A; 3VEW A; 1S6Q A; 3CHW A; 1YTU A; 1QZ5 A; 3HO1 A; 2WUS A; 3VQD A; 4WFN L; 3V4I A; 2OZM A; 4ILG B; 3KK1 A; 4CZL A; 3SQ0 A; 2OA8 A; 4FK4 A; 4DQP A; 2O8F A; 1XC3 A; 4C1N I; 3OYK A; 1NGE A; 4DR2 K; 4CHO A; 1C0U A; 4U7B A; 4RWT A; 3CJ1 A; 1ZBI A; 2D1K A; 1ZBH A; 4Z4H A; 3DXK A; 2VWJ A; 1OH6 A; 4DUY K; 3SUQ A; 3VPZ A; 1U2V A; 3OS0 A; 1J54 A; 4MFB A; 4FJJ A; 3VQE A; 3N4Q A; 3QEX A; 1X3M A; 3GOI A; 1SAZ A; 4JKH A; 1NJW A; 3LDP A; 4B3O A; 3DYA A; 3D2F B; 5SWM A; 2O8E A; 2YHX A; 1GOC A; 3AO3 A; 4L3Q A; 3M8S A; 1UA1 A; 3ENB A; 2XY5 A; 2HHH K; 3L2Q A; 1KLM A; 3MK6 A; 1Z25 A; 1VSK A; 5AQS A; 5CZ1 A; 1I94 K; 3P83 D; 4E7I A; 1VQP N; 4BRK A; 4G1Q A; 4ELU A; 4PKI A; 3FGU A; 3HSC A; 4KFB A; 1C0M A; 3L3U A; 5GAG P; 1RBT A; 4CHP A; 4DTO A; 4WQ4 C; 4EIA A; 1N36 K; 5KQD A; 3ALY A; 3VET A; 3M8Q A; 1HYS A; 1W7A A; 3RMC A; 2QWP A; 3RSE A; 1NGD A; 4DCH A; 3R1X A; 1NGG A; 4ILH A; 3KLF A; 3CFP A; 1HX1 A; 1RFQ A; 1SS6 A; 4CI6 A; 1VSD A; 4BY9 C; 4OO1 J; 4CJR A; 3C94 A; 3K9K A; 3SUN A; 4I6M A; 1WSF A; 3MN5 A; 4BC5 A; 3OYN A; 3AAR A; 4MO5 A; 5E26 A; 4N5S A; 3ENO A; 1FW6 A; 1B9D A; 1CZB A; 1RDU A; 3AVI A; 2Q3S A; 4BVP A; 5HLF A; 4J2D A; 3ZSR A; 4DSE A; 3KVG A; 1JLC A; 4WE1 A; 3OYF A; 3V9X A; 1TL3 A; 1NGC A; 5BPN A; 3O9Q A; 4PKH A; 2E88 A; 1RNH A; 1EQY A; 4ICL A; 3ULE B; 3KWG A; 5E84 A; 1CXQ A; 3VF2 A; 3NGZ A; 4Z4G A; 4A59 A; 3RWU A; 3DI6 A; 1G15 A; 4QS7 A; 4HTL A; 1WAJ A; 1KVC A; 3KD5 E; 5AQF A; 1TKZ A; 4JHD B; 5LY3 A; 2Y1I A; 3A2F A; 1YIT N; 1VQ6 N; 5F0X A; 3MN6 A; 1EP4 A; 1TV6 A; 3K5L A; 2Z1G A; 2R7Y A; 1BL3 A; 5DMR A; 3LAL A; 4B9L A; 2I7P A; 4AHC A; 4LF5 K; 2E4L A; 3E9P A; 3NH2 A; 1RT3 A; 4CGF A; 5TKY A; 4NYN A; 3VGK A; 4G9Z A; 1R59 O; 1CLQ A; 4NCA A; 3AVM A; 1JXB A; 2G8I A; 5HRN A; 1KAZ A; 3SUO A; 4JV5 K; 5KGW A; 4JEP A; 3WT0 A; 4HCB A; 4JK8 A; 4FJI A; 1LV5 A; 3THX A; 1K8K A; 1O1W A; 3RR8 A; 4ZTF A; 3NGI A; 5KPR A; 1NK0 A; 4B3T K; 3PSI A; 4HCC A; 1HYZ A; 2WTU A; 4FJK A; 3QFP A; 5FDL A; 3BZK A; 3BGR A; 5AQQ A; 3ZSO A; 2P9U A; 1GLC G; 3SK3 A; 4RW8 A; 4CJ4 A; 1TYQ B; 3ZEU B; 4WF9 L; 1KSP A; 3P5J A; 4OVL A; 1NWK A; 3WNF A; 1VSE A; 2FSJ A; 3PO5 A; 3O08 A; 3SQ1 A; 3LAM A; 1HJR A; 1LAW A; 4FK0 A; 2O8B A; 2CH6 A; 4ISE A; 1BA1 A; 2NRR A; 2VGN A; 2JGU A; 2W6L A; 3OBW A; 4XH5 A; 4JLH A; 1ASW A; 1RBV A; 4FPB A; 3S3M A; 4FWO A; 1IKW A; 3NF9 A; 4F9O A; 5CZ2 A; 1C0G A; 1SKS A; 2FLO A; 4FW1 A; 4FJN A; 1TAQ A; 4FZY A; 4ID5 A; 2YCH A; 4YY3 K; 4E19 A; 1KAY A; 3QML A; 1NGB A; 3AVB A; 3QFU A; 2E2Q A; 5KTQ A; 5HOO A; 4W5N A; 3Q7C A; 3HPG A; 1EET A; 2VYP A; 3IRX A; 1NGF A; 3ZET B; 4O44 A; 1DT9 A; 4JN4 A; 4KI6 A; 2CH5 A; 1WSI A; 2Q97 A; 5BR9 A; 4I7F A; 2QTD A; 3OYJ A; 1BOT O; 2ZQB A; 4E1M A; 4JI4 K; 4CK2 A; 5IWA K; 2KFN A; 1DGK N; 3GL1 A; 3L3V A; 3O4N A; 3KK3 A; 3VTI A; 4FLY A; 5AQI A; 1VQ8 N; 2RKI A; 4FLW A; 5BPM A; 3G25 A; 2A1S A; 2A41 A; 4WQ4 A; 3QES A; 2P5G A; 2UUB K; 4H0V B; 3EO3 A; 4H8K A; 1O13 A; 4XH4 A; 1HKC A; 3KLH A; 3CI5 A; 1J53 A; 2F96 A; 1QHA A; 4OGE A; 3KTQ A; 2QKK A; 4CHY A; 1ASV A; 3ATV A; 3HVT A; 5BN8 A; 5JLH A; 1K9M O; 1RT5 A; 4LY7 A; 2ASO A; 3ZSQ A; 4A2A A; 2IOC A; 2EHG A; 3HT3 A; 3R3L A; 4CF8 A; 1IO2 A; 1N33 K; 4KHQ A; 3EN9 A; 5M1Q A; 3ULD A; 4HHT A; 3FFI A; 4FLT A; 1SUQ A; 5EY4 A; 1BU6 O; 1WNS A; 2NRT A; 2P9I A; 4CZM A; 4E7K A; 4CJE A; 3HRG A; 4DUZ K; 1TUY A; 1YVN A; 4E7J A; 4KRE A; 4CZK A; 4CHZ A; 3J7A P; 5HRR A; 2ZWH A; 3CG7 A; 3NGY A; 1TKD A; 4DSJ A; 3CJA A; 3AVC A; 2KHO A; 3J8A A; 2E8A A; 2A40 A; 3CPE A; 5F1X A; 1YJW N; 2KZM A; 3AY9 A; 4IZ9 A; 4DF8 A; 4IFE A; 2GEL A; 5JVH L; 5M1N A; 4JRQ A; 2OAN A; 1J5O A; 3VQB A; 2UYT A; 4CJF A; 1Q18 A; 3FZF A; 4F4K A; 4E7H A; 3TAG A; 3TAE A; 3CJ9 A; 4CGH A; 2UUA K; 3THW A; 1XUP O; 3CD6 N; 1DEJ A; 3VGL A; 3ZSW A; 3NFA A; 4WQ5 C; 1VQM N; 5AQZ A; 4K8X A; 4UY8 O; 4H5N A; 4R5P A; 3H46 O; 3VF4 A; 3CCL N; 3OYI A; 1ESV A; 4MQ3 A; 3CF5 L; 4BDY A; 3K0S A; 1S1X A; 3TTF A; 5A2Q O; 1VHX A; 2YJE A; 3TPQ A; 2HHT A; 4FWL A; 1LOT B; 1ZBL A; 3M5R A; 4RW9 A; 3CFO A; 4Y1C A; 2ZJR L; 3KLG A; 3DOK A; 2D0B A; 3AO5 A; 3DJC A; 4JD2 B; 2BGG A; 1W9H A; 2VG6 A; 2YJF A; 1JXE A; 3I55 N; 2JWL A; 5AQM A; 1DKG D; 1YAG A; 1T05 A; 2WBN A; 1KTQ A; 4AF1 A; 4E3S A; 3AO1 A; 1Q7Y O; 1GLE G; 3OYE A; 3VEV A; 4IKF A; 3W0L A; 1JL1 A; 4CIG A; 4CD3 A; 1XMQ K; 3BEX A; 2QWQ A; 1S1W A; 3L4Q A; 1RT4 A; 3QEI A; 3LPU A; 4NXN K; 4OGC A; 3MEG A; 5AZI A; 3QBX A; 1D4X A; 4DFK A; 4FLV A; 3NF7 A; 4FO0 A; 2NRW A; 4CF0 A; 1QSS A; 1KLN A; 1X1P A; 4CGI A; 2HOE A; 4CJ3 A; 3I8D A; 2E5L K; 4XIU A; 3KLI A; 3MMV A; 4QS9 A; 3WEE A; 4RW7 A; 2D0A A; 4IO8 A; 4I9Q A; 3VGM A; 2IS3 A; 4FWM A; 4PL8 A; 3SV4 A; 1XC9 A; 1LW2 A; 2IVO A; 2VGM A; 4GW6 A; 3GBT A; 1TL1 A; 4CD1 A; 5J1E A; 1NGH A; 2YKM A; 4FM0 A; 4M3Y A; 4U67 L; 4BRA A; 1RDA A; 4LF6 K; 1Q81 O; 3ITH A; 5E41 A; 5C12 A; 4EHU A; 3MXM A; 2QXL A; 1C0F A; 3H3O B; 4CVN E; 3OHR A; 4W5R A; 1QVF M; 4OKJ A; 4O5B A; 3QIN A; 1N6Q A; 3DXM B; 4B1X B; 1IKY A; 1NOZ A; 2F7T A; 3QET A; 4KHN A; 3S3O A; 1XI1 A; 4RG8 A; 2NZT A; 3LM9 A; 4BWJ A; 5ADX A; 5JLF A; 3P31 A; 4OKE A; 3CM5 A; 2ZF5 O; 1LWF A; 3VEO A; 3LDN A; 1FK9 A; 3ID6 A; 2Z1I A; 1VQ4 N; 1NJI O; 3G4S N; 5LMN K; 2VQF K; 4Z0U A; 4M3R A; 2G8W A; 3H1V X; 5HBM A; 2X74 A; 3HOT A; 3M8R A; 2KFZ A; 3AVH A; 4M3U A; 4CEC A; 3RMA A; 1HNZ K; 4DR5 K; 1VAZ A; 4JKG B; 2KZZ A; 3O1W A; 4FK2 A; 1HJO A; 1UAX A; 1QQO A; 5M1P A; 1W2B M; 4FJX A; 3ZT0 A; 4J2B A; 1SZ2 A; 3VQQ A; 4QOZ B; 4FJH A; 1VK0 A; 1L3S A; 2P9K A; 2O4G A; 4A62 A; 4N41 A; 4C23 A; 2NRX A; 2NNW A; 4H0X B; 4W5Q A; 4HUG A; 2YX6 A; 4GV9 A; 1GOB A; 5LMU K; 4FJG A; 5BPL A; 3MXJ A; 5FPD A; 2VCP A; 4BRH A; 5AZJ B; 4CEA A; 1MWM A; 4CFD A; 4DQS A; 3SBT A; 3C6H A; 1XWL A; 3D2F A; 3IMX A; 3QEW A; 3ZX2 A; 3CCR N; 1NK9 A; 1SL2 A; 3G0Z A; 2AA4 A; 4E7L A; 4CK3 A; 3FLC O; 4H0T B; 3QNO A; 3HZ6 A; 3M6G A; 4CEZ A; 3LP2 A; 3WNE A; 1YVU A; 4FWK A; 4YHH K; 2Q31 A; 1E4G T; 3VF6 A; 4WQ5 A; 2BTF A; 1U6Z A; 5GAE P; 4E1N A; 3NF6 A; 4CFB A; 1IV0 A; 3KWI A; 5KPZ A; 4AH9 A; 2A1R A; 2HHX A; 5AR0 A; 1FJG K; 4FOE A; 2O4I A; 3VA0 A; 2D0P A; 2NRZ A; 1NMN A; 3HXM A; 3CMA N; 4DR6 K; 4FYD A; 1HPM A; 4RCH A; 2AJQ A; 3C6U A; 2DFF A; 2HBJ A; 3O6W A; 1JJ2 M; 4EAH D; 4DSF A; 1QQM A; 2Z1H A; 3OYL A; 5BRF A; 3DRR A; 1QSL A; 1R0A A; 5M1F A; 3AAQ A; 3GG4 A; 3ZSV A; 4BQZ A; 2ETJ A; 2G8V A; 3PY8 A; 1BIS A; 1KCF A; 1H1V A; 3SV3 A; 1C6V A; 4CJS A; 3RMB A; 4PHT X; 4IFV A; 4H5T A; 2IIR A; 1TUU A; 4GMJ B; 1ZBU A; 3OJS A; 4KB1 A; 5EXW A; 3WXL A; 3BP8 A; 1YT3 A; 2QWM A; 5MLC Q; 3NDK A; 3V1O A; 4E1J A; 3ULE A; 2QEX N; 3QIO A; 2A3Z A; 1Q86 O; 2YHW A; 1KFD A; 3SPY A; 3JYT A; 1DLO A; 1P8Z A; 4YDU C; 1GLF O; 1XHX A; 5JIC A; 1VRU A; 2P9P B; 3VMF B; 5ADX H; 1WSE A; 3MX5 A; 4DV1 K; 5AFU A; 2PBD A; 1Q9X A; 4BRI A; 3R8E A; 3G6E N; 1OH8 A; 1IKX A; 4HUF A; 5HL7 L; 1HLU A; 1QS4 A; 2P9N B; 1VQO N; 3CCE N; 4EFH A; 3WNH A; 4X65 K; 3K5N A; 1W97 L; 3FZH A; 1RBU A; 3H6E A; 4O0I A; 3D2E B; 3OW2 M; 4BG9 A; 3PSF A; 5AQW A; 2P9S A; 4X64 K; 1X9S A; 3RTV A; 3MCA B; 4MO4 A; 3M8P A; 2DFE A; 3R9P A; 4BDZ A; 2IC3 A; 2HHU A; 3WXJ A; 3UKR A; 1K6Y A; 1JL2 A; 1QQN A; 4QAG A; 2FSN A; 2PYJ A; 4BC4 A; 2P1J A; 1HR0 K; 3L6Q A; 4H0P A; 4CZF A; 4M3T A; 3UE5 A; 1ILY A; 1TYQ A; 3ZEU A; 4PA1 A; 3EEQ A; 1HPZ A; 1ATR A; 4IXC A; 3TI0 A; 3A0I X; 3O4W A; 3QO9 A; 2HF3 A; 4AM6 A; 1WBD A; 4KTZ A; 1U45 A; 1S9G A; 5C24 A; 5AQJ A; 3IAY A; 1JCG A; 3V9U A; 4GV6 A; 3AA3 A; 3EYZ A; 2FBV A; 2D0O A; 4OLA A; 4BR4 A; 4DTU A; 4K8Z A; 4BRF A; 3SUP A; 3SBG A; 3FZM A; 1ZXO A; 4H0O A; 3T7Z A; 2HBM A; 2ASP A; 2HND A; 1J9A A; 4I2Q A; 1T7P A; 1CZ9 A; 4HUE A; 3RMD A; 3VQ9 A; 4XEI A; 4CF2 A; 4Z4C A; 3ZET A; 3O9T A; 1C1C A; 5CHI A; 5K14 A; 1QZ6 A; 4KH6 A; 4F2S A; 4FJ7 A; 2FBT A; 4K25 A; 4CBU A; 3U3Y A; 3UB5 A; 4LH5 A; 1RDC A; 5CYQ A; 3VQ6 A; 5HRO A; 1I39 A; 2B4J A; 1HQU A; 3H3N O; 3HST B; 3WXK A; 3JSM A; 5TKW A; 4FVM A; 1U48 A; 2IVP A; 4M41 A; 4O8U A; 1IJJ A; 3J7Z O; 1GLL O; 3HI0 A; 5DM6 L; 1QHT A; 3AVN A; 4O8K A; 4ELT A; 3C65 A; 3O3H A; 4W5T A; 3LP3 A; 3L2V A; 4B8C A; 5LJW A; 3KHY A; 4ISG A; 1DTQ A; 2QWL A; 4LFB K; 3HYF A; 2HB5 A; 5AFU H; 4FZZ A; 1Y97 A; 3OYH A; 1WBB A; 4Z4E A; 2BAN A; 1NGI A; 4NO7 A; 4OPJ A; 2AP1 A; 3RSE B; 1TGO A; 3T3F A; 4NXM K; 3ZT3 A; 4FVU A; 4B1V A; 5J2P A; 4C8M A; 4OLB A; 1YXQ A; 4DTJ A; 2HNY A; 1RBS A; 2IGI A; 4ZHR A; 4B9V A; 4KTW A; 4A2B A; 2EX3 A; 3QBW A; 4K0K K; 5FRN A; 3DRS A; 3I8B A; 4FJ8 A; 5C25 A; 1B9F A; 1NM1 A; 1HNW K; 2P51 A; 3TTD A; 4HWI A; 4B9M A; 2J4R A; 4DQQ A; 4CEO A; 3RRG A; 1JLE A; 2QXF A; 1BQM A; 5JS2 A; 2VQE K; 3CCQ N; 1BUP A; 1RGI A; 2BE2 A; 3EZW A; 2E1Y A; 3LZJ A; 3LL3 A; 3A5O C; 3CET A; 3O9U A; 3B8A X; 3UKU B; 3PIO L; 3V9W A; 1JLQ A; 3QER A; 3WXM B; 4B9Q A; 4L8R B; 4O5F A; 2UXB K; 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