The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
28
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5AJ3 K; 2E5L K; 4LF8 K; 4GKJ K; 4DR7 K; 4DR4 K; 4DV7 K; 4DR5 K; 4X66 K; 4LF7 K; 1I94 K; 4DV5 K; 4OX9 K; 1N36 K; 1HNX K; 4B3S K; 4DV0 K; 3J81 O; 3T1H K; 4GKK K; 3JAM O; 5IWA K; 4DV6 K; 1N33 K; 5A2Q O; 4LF5 K; 5IT9 O; 4JI8 K; 4JI2 K; 4DR2 K; 4B3T K; 1XMO K; 4V19 S; 4LFA K; 4DUZ K; 3T1Y K; 4JI7 K; 3J7A P; 4DR1 K; 1N32 K; 4X65 K; 4LF9 K; 5LMU K; 1XNQ K; 4JV5 K; 1IBL K; 1XMQ K; 4JI0 K; 4LFB K; 2UUB K; 2ZM6 K; 3J80 O; 5LMN K; 1XNR K; 2UXC K; 1HNW K; 1IBK K; 4YHH K; 2HHH K; 4JI6 K; 3OTO K; 4KHP K; 4X64 K; 4NXM K; 2UXD K; 3J7Y P; 4JI1 K; 4B3R K; 4DUY K; 2F4V K; 4K0K K; 1N34 K; 4YY3 K; 2UUC K; 4CVN E; 4JYA K; 4LF4 K; 4DV2 K; 5FLX O; 4CW7 B; 5LL6 Z; 2VQE K; 4JI4 K; 4NXN K; 4B3M K; 4X62 K; 4DV1 K; 4DV3 K; 4DV4 K; 1FJG K; 4JI3 K; 4DR6 K; 2UUA K; 4JI5 K; 1HR0 K; 4DR3 K; 2UU9 K; 2UXB K; 4AQY K; 4LFC K; 1J5E K; 1HNZ K; 5BR8 K; 1IBM K; 4LF6 K; 2VQF K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WSG A; 1Y64 A; 4JK8 A; 1BOT O; 3MN6 A; 3KIO A; 4DR5 K; 4FJ7 A; 3CJB A; 4O8K A; 3U8X A; 1Z05 A; 3HSC A; 4CEE A; 5HRN A; 1C1B A; 1S1V A; 3MEG A; 3OYE A; 3FFI A; 2I7N A; 5AQP A; 3VQ6 A; 1VQK N; 2BH1 A; 4HCC A; 1VQ4 N; 4CJ7 A; 4FJI A; 4BE2 A; 1QE1 A; 2YNF A; 1N33 K; 2CGJ A; 4JD2 B; 1J5O A; 3QDK A; 3VQ9 A; 2R7Y A; 4IOA L; 5LJW A; 1NG9 A; 3L3V A; 4CEC A; 2CGK A; 3I55 N; 1SKW A; 4H5N A; 4MLH A; 1BA1 A; 4BRE A; 3OS1 A; 5DM6 L; 5BRH A; 4KV8 A; 4DQS A; 4YOU A; 4JRQ A; 1KAX A; 1KSP A; 5LMN K; 3WXL A; 4KI6 A; 1BCM A; 1NGF A; 4IEE A; 3MWP A; 4B8A B; 3D0P A; 1VQL N; 3ZSY A; 3C6U A; 3CMA N; 1W2B M; 4IFE A; 4BVO A; 2OPS A; 1K73 O; 1C0T A; 4AM6 A; 3QIP A; 4CJS A; 4M3X A; 4KBO A; 3VF4 A; 3C6A A; 1N34 K; 2DPN A; 1S3X A; 3O1B A; 3ZT4 A; 1I3A A; 2GWK A; 2F7T A; 2YI1 A; 3TTC A; 3G71 N; 3KD5 E; 4AIL C; 3THX A; 2PYJ A; 2HST A; 1A5V A; 4NXN K; 1E3M A; 4OPJ A; 3HP9 A; 3D7E O; 5FPD A; 4L3Q A; 4TSX A; 2O4G A; 3QIO A; 3UKR A; 3CME N; 4N41 A; 2OTJ N; 3LWM A; 1GLL O; 1XWL A; 3NDK A; 3CCR N; 4FLV A; 4K42 A; 2O8F A; 2UU9 K; 3IMX A; 1RCH A; 3L4Q A; 3OHR A; 2G8H A; 5KRT A; 2F9T A; 3EZW A; 4DU4 A; 2FSJ A; 5BR8 K; 3THX B; 5AQQ A; 3SUQ A; 4CEA A; 4F2S A; 3AA2 A; 3OYH A; 3O9S A; 3SBT A; 1RNH A; 1NWK A; 3PIP L; 1ASW A; 2GUP A; 3C65 A; 1Y97 A; 4BRM A; 1UA1 A; 3LPU A; 1O1W A; 3E9O A; 4B9M A; 1RDD A; 3KK3 A; 4LY7 A; 4M7X A; 5HBM A; 3VEX A; 2HMI A; 3VQA A; 1BWF O; 3E01 A; 4Z4I A; 1TUU A; 2X6S A; 3TAR A; 4DSL A; 4LFA K; 3HT3 A; 1K6Y A; 4EZ9 A; 3ALY A; 1RT5 A; 1T03 A; 5HOO A; 1BO5 O; 3EL2 A; 2QKB A; 2D0P A; 2J4R A; 4H8K A; 4Z4G A; 1Q8I A; 3JS6 A; 3OYF A; 3PY8 A; 1VSK A; 1ASV A; 3AAQ A; 3NBP A; 2WFB A; 4EAH D; 1G99 A; 2P9P A; 1E4F T; 3O8M A; 3K5M A; 4DTS A; 3CM5 A; 1UAX A; 2UUB K; 3QFP A; 2YHB A; 3MN9 A; 3KK2 A; 3VGM A; 3FZK A; 1W0H A; 4QS8 A; 2Q0R A; 4KI4 A; 1VSJ A; 2FC0 A; 3O4W A; 2HHH K; 2FBT A; 3IUC A; 5J2N A; 1SZ2 A; 3SAH A; 1LAW A; 2F8S A; 4DQP A; 4BG8 A; 5FRO A; 3OYJ A; 3AAP A; 3K58 A; 3KLE A; 2HND A; 3DMJ A; 4MDB A; 4GNI A; 2P9P B; 3F9K A; 3V9Z A; 5GAD P; 2HMP A; 1IV0 A; 2HNZ A; 2IVN A; 5LL6 Z; 3SMS A; 4JAX A; 5E84 A; 4IZ9 A; 3WT0 A; 4WE1 A; 1BU6 O; 2ETJ A; 4BE1 A; 1TK8 A; 2P51 A; 1NJY A; 3SAG A; 4FW1 A; 3G0Z A; 4CK2 A; 4KH4 A; 1IO2 A; 1WSH A; 3OVN A; 1WSI A; 3MN7 A; 3TTD A; 2FBY A; 1S5J A; 3EKU A; 4BRO A; 4CJL A; 2X78 A; 4DU1 A; 4CEB A; 5M1F A; 5JS2 A; 3ZSZ A; 3A2F A; 3M3Z A; 4KH5 A; 1NK9 A; 4PA1 A; 4A62 A; 4JEP A; 1V4T A; 2Q31 A; 1TK5 A; 5HRP A; 4CJT A; 4K43 A; 2F96 A; 3NF7 A; 1I94 K; 1SL1 A; 3OYB A; 1YF5 L; 3SK3 A; 3LDP A; 3P83 D; 4DV0 K; 2ATQ A; 3ZSW A; 5ELZ A; 3ZT3 A; 4PY5 A; 2B6A A; 5C24 A; 3SV4 A; 1WLJ A; 2KLA A; 1P90 A; 3EO3 A; 2LSN A; 4GVE A; 4DS4 A; 4LF5 K; 4OO1 J; 3VET A; 3AO3 A; 2E88 A; 3PIO L; 1ZBS A; 1S22 A; 4BR2 A; 3RMD A; 3H46 O; 5DK5 A; 3S41 A; 2IVP A; 3CCU N; 3PLA A; 3HPG A; 1S1T A; 3CCS N; 1XC9 A; 1HRH A; 4HTL A; 4DTJ A; 3VMF B; 1XNQ K; 1IBL K; 1XMQ K; 2HVI A; 4JKA A; 3VQP A; 1IG8 A; 3MK6 A; 5LY3 A; 1NK5 A; 3P38 A; 5AQH A; 4Z4F A; 1JLB A; 4CJV A; 4CZK A; 3WXI A; 1WSF A; 4KTW A; 4RW6 A; 4WQ5 C; 5AZJ A; 4CD3 A; 1BA0 A; 5MLC Q; 4BRC A; 2F4V K; 2E2N A; 3QIC A; 1QHT A; 2PZS A; 4I7F A; 1JL1 A; 4IJN A; 4A61 A; 4LF4 K; 3RSE B; 2DFE A; 4JI4 K; 1A5X A; 3VGK A; 2W42 A; 4E7I A; 4H0T B; 1GOB A; 3HO1 A; 2ASP A; 2E20 A; 4JI3 K; 1NGG A; 1TKX A; 1T05 A; 4IEI A; 3VQD A; 4BRK A; 3NCI A; 1W7A A; 3O3F A; 2Q2R A; 1S6Q A; 3C94 A; 4AQY K; 4I9L A; 1ATN A; 4FOE A; 1NGH A; 4BAC A; 4BE0 A; 4HUE A; 3LM2 A; 3TSP A; 4B9Q A; 3QBW A; 4MFB A; 2P9U A; 1U6Z A; 3CER A; 1DEJ A; 4BR0 A; 5BN8 A; 1G15 A; 4FZZ A; 1FKP A; 1BGX T; 3LWL A; 1HNX K; 3T19 A; 4G1Q A; 4JKB A; 1VQP N; 4FVM A; 4MO4 A; 5GAH P; 2W41 A; 4FJX A; 5AQU A; 5AZI A; 1VSE A; 3LP3 A; 3CF5 L; 2WBN A; 1B92 A; 2HHQ A; 2O8E A; 3LP2 A; 3SJH A; 2XHB A; 1QZ6 A; 4B3T K; 2G8I A; 3SQ4 A; 1QQM A; 2ZJR L; 3HVT A; 3CHW A; 2D1K A; 3AVN A; 2P9U B; 4FWQ A; 3T69 A; 2ITG A; 3QEX A; 1CXU A; 3TAG A; 3O6W A; 3ZX3 A; 5C12 A; 3TAQ A; 4GVM A; 2YV0 X; 2UYT A; 4CHN A; 1GLE G; 4E7J A; 1QQO A; 4DFP A; 4FLU A; 2YHX A; 1YVU A; 3BUZ B; 2Q0U A; 1Q9Y A; 4H4M A; 3AGR A; 2O8E B; 1C0U A; 1RT4 A; 4YHH K; 4AHT A; 2HHU A; 1JLC A; 1BCO A; 2WTU A; 3PX0 A; 2AP1 A; 4NXM K; 1L3V A; 3U9Z A; 4CHP A; 3GOI A; 2O8B A; 2NUB A; 1TYQ B; 4IDH A; 2GV9 A; 4A59 A; 3CC4 N; 3LAN A; 2V7Z A; 5E26 A; 1WB9 A; 3KVG A; 3SPY A; 2HHX A; 1K9M O; 2HHW A; 3AVG A; 3LM9 A; 2HF4 A; 1IKW A; 3ZX2 A; 2QWL A; 4KH6 A; 3VTH A; 4E1J A; 3G6E N; 1OH5 A; 4FXD A; 1YXQ A; 1ZYQ A; 4ELV A; 5AQN A; 2G8V A; 4N76 A; 4JK9 A; 5HRO A; 2AJQ A; 1KVA A; 1NGI A; 3VA3 A; 3SUP A; 3ZSR A; 5FPM A; 3KD1 E; 2XY6 A; 2VQF K; 1EX4 A; 3I56 N; 4ZTJ A; 4UQG A; 1VQ5 N; 2QWN A; 3V4I A; 1WBD A; 3TR8 A; 4OKE A; 3M6G A; 3A8Y A; 4IO8 A; 5H1S Q; 5K14 A; 4BRL A; 3TAP A; 4HHT A; 4HCB A; 3CD6 N; 5IWA K; 3PSI A; 4K25 A; 2QWQ A; 1ATR A; 2IGI A; 5JLH A; 4CBU A; 3ID6 A; 2VCP A; 1M1K O; 1QTM A; 1RT3 A; 1KRP A; 1XMO K; 3VEZ A; 3OS0 A; 3DLE A; 4ILJ A; 2G8F A; 3S3M A; 4H03 B; 3UKU A; 4KKO A; 1NGA A; 1T6C A; 2V7Y A; 4W5Q A; 3P39 A; 5J2Q A; 4BC3 A; 1NGJ A; 4CZE A; 3AA5 X; 3AVH A; 3MX5 A; 2VGM A; 1IBK K; 3TTF A; 4KTQ A; 4CJQ A; 1DLO A; 1U4B A; 4JI6 K; 3QB0 A; 2YNI A; 5AR0 A; 2CH6 A; 5TKW A; 3HJF A; 1KTQ A; 1S9G A; 2DFF A; 2D5R A; 4IFV A; 1ATS A; 5JS1 A; 2NNW A; 3H08 A; 4AHC A; 3ULE B; 4DUY K; 3UKU B; 2A42 A; 1UA0 A; 3VQ8 A; 3WQU A; 3EYZ A; 5GAG P; 4IWV A; 4QCL A; 2ITM A; 2G8U A; 1SV5 A; 1D9F A; 4FWS A; 3ENO A; 2KZZ A; 3FZL A; 1K8K A; 2CGL A; 1YUW A; 4FSV A; 3QBX A; 1BI4 B; 2YJF A; 2VG7 A; 4CZM A; 4B08 A; 3DXM A; 1JLE A; 3G10 A; 3LP1 A; 1RFQ A; 2E2O A; 4CF1 A; 4CF8 A; 3HOS A; 4KHS A; 1YVN A; 3UE5 A; 2HF3 A; 3F5T A; 3HZ6 A; 3U9D A; 1RTD A; 4AHS A; 1HNI A; 3B8A X; 1JLF A; 4WQ4 A; 3RMA A; 2DY4 A; 3CFO A; 3CC2 N; 1XHZ A; 3OA9 A; 3THV A; 4WF9 L; 4RW7 A; 2BE2 A; 4YOT A; 4FJ8 A; 5AJ3 K; 4DWI A; 2Q1N A; 4DR4 K; 3SAF A; 3HL8 A; 4DV7 K; 3HM8 A; 3DLR A; 3DXM B; 3LDQ A; 5AQX A; 4DV5 K; 2W6K A; 4JKG A; 3EZ5 A; 3NF8 A; 4CGH A; 1HLU A; 4ILH A; 3DLL L; 1Z26 A; 2NRH A; 3DYA A; 1YTU A; 3JAM O; 3VN5 A; 2QWM A; 3QER A; 5M1N A; 4JD2 A; 2GEM A; 3M8Q A; 3W0L A; 1LAV A; 4A2B A; 2QA4 N; 3DLG A; 3VF6 A; 1W97 L; 5FPN A; 5BRD A; 4NCB A; 4YDU A; 3VQ7 A; 1RTH A; 2W6L A; 2D0A A; 5C42 A; 5LMU K; 3O5B A; 4JKG B; 5EXW A; 1KLM A; 1BIZ A; 3CJC A; 1J6Z A; 4CIE A; 5AQG A; 1VK0 A; 1RTI A; 4CZL A; 2B4J A; 5AQW A; 4I6M B; 4CFB A; 1CLQ A; 1RDB A; 5CE3 A; 3QES A; 4DFK A; 4PHT X; 2Z1H A; 5EX5 A; 1R0A A; 2OZS A; 2JGU A; 1T8E A; 2ZF5 O; 4B9V A; 4WQ4 C; 4DSF A; 4W5O A; 2QKK A; 4H0X B; 1Q18 A; 4K0K K; 1BHL A; 1OH7 A; 2DFH A; 4NCG A; 4CVN E; 4M3Z A; 4CJW A; 5C15 A; 1QS4 A; 3NAE A; 4KHU A; 3QML A; 3DRS A; 4CFA A; 3KZB A; 3CQY A; 4IOX A; 3MMV A; 2ZJQ L; 3QET A; 4B9U A; 5M1O A; 2VWJ A; 4AF1 A; 4C8K A; 5T7B A; 1U49 A; 5JVG L; 2D0O A; 3M8S A; 2QK9 A; 1TVR A; 3RMC A; 3O9T A; 1ESV A; 1EQY A; 2HOE A; 1N8R O; 4BDP A; 4C1N K; 4MDA A; 3WNF A; 3V1R A; 3D6R A; 3BF3 A; 1OKJ A; 2D4W A; 4FLX A; 3K5O A; 5C10 A; 2KFN A; 2VG5 A; 1LWE A; 4W5T A; 1N36 K; 2QWO A; 4JS4 A; 3J81 O; 5AFU H; 3DOL A; 4LD0 A; 3AA4 A; 3L2V A; 4J8F A; 3CCJ N; 1MWM A; 2V52 B; 4CZG A; 4EHU A; 5FRN A; 2P9I B; 2HHV A; 2NRX A; 3PO4 A; 1NKE A; 2B5J A; 2YHY A; 4XH4 A; 4CJR A; 4JI7 K; 1HX1 A; 5JIC A; 4WFN L; 1N32 K; 3AO1 A; 4H5V A; 4XH5 A; 3V9W A; 4ID1 A; 4FW2 A; 4WFA L; 3RRH A; 1YAG A; 3KLG A; 3CQX A; 3NH2 A; 3ATU A; 3J7Z O; 2YHA A; 4CGF A; 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4BRD A; 3R3L A; 3HK2 A; 1TAU A; 1RDA A; 5KI6 A; 4FM2 A; 3TAE A; 4C8L A; 1EXQ A; 4HWI A; 1FW6 A; 1NJX A; 3M5R A; 3WQT A; 1TKD A; 1RDU A; 3CG7 A; 3QEW A; 2RKI A; 3T3F A; 1RBS A; 4B1X B; 4KB1 A; 4O0J A; 1JLA A; 2Z1J A; 3V9X A; 5ADX H; 1RDW X; 3TWH A; 1D8Y A; 3H3N O; 3CFP A; 2FF3 B; 2OPR A; 1VSM A; 4CHQ A; 3BEX A; 4ISG A; 2PFU A; 5KQ8 A; 3P5J A; 4CGJ A; 1S72 N; 1KQS M; 3CET A; 3O4N A; 1HKC A; 3WXJ A; 3RSE A; 5HL7 L; 1C0F A; 3OS2 A; 1HKB A; 4CW7 B; 3ZT0 A; 3I0R A; 1YJ9 N; 4DFM A; 3C0B A; 4ELT A; 4X62 K; 4EP4 A; 3P1G A; 3WXM B; 1VQO N; 1XI1 A; 3CM6 A; 3CPE A; 4O8U A; 1HJO A; 1NK6 A; 4EIA A; 5CR4 A; 4JI5 K; 1RGI A; 4GW6 A; 1QHA A; 1C0M A; 3SUN A; 2UXB K; 3A5N C; 1Q82 O; 3EKS A; 4CI6 A; 3OYM A; 1YIJ N; 1OVY A; 4RW4 A; 4OLA A; 3SJJ A; 4F3O A; 1IKV A; 3LZI A; 3MXJ A; 3VA0 A; 3O9R A; 2E6L A; 5JMV A; 4X66 K; 4LF7 K; 3THY B; 3OJS A; 3OYC A; 1LCU A; 4DSJ A; 4DSK A; 2G8W A; 1NGD A; 2XRI A; 3FZM A; 3H1V X; 1XUP O; 4A57 A; 4O44 A; 4FZY A; 4OKJ A; 3CJ1 A; 4F2R A; 4FLZ A; 3NE6 A; 3NH1 A; 4FLW A; 1GLA G; 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