The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
28
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NXM K; 4DUZ K; 1XMQ K; 4LF7 K; 2UUA K; 2UXB K; 4DR6 K; 5BR8 K; 4JI4 K; 1IBK K; 1HNZ K; 4JI8 K; 4DV7 K; 4DV2 K; 4B3M K; 2UXD K; 4DR5 K; 4LF8 K; 4B3R K; 1N32 K; 2UU9 K; 4K0K K; 3J81 O; 1FJG K; 4CW7 B; 3J7Y P; 1XNQ K; 4X66 K; 4JI5 K; 3J7A P; 3OTO K; 1N33 K; 4B3S K; 2UXC K; 4AQY K; 4GKK K; 4JI3 K; 4LF6 K; 1IBL K; 2E5L K; 4DV4 K; 4GKJ K; 4JI7 K; 4DR7 K; 4NXN K; 5IT9 O; 4OX9 K; 3T1H K; 2HHH K; 4LF9 K; 1HNW K; 4DV6 K; 4X64 K; 2UUB K; 4B3T K; 4JI2 K; 2UUC K; 4DR2 K; 2VQF K; 4DV5 K; 1N34 K; 1HR0 K; 4LFB K; 4LF5 K; 3J80 O; 4JI1 K; 4DV1 K; 5LL6 Z; 2F4V K; 1N36 K; 5IWA K; 4JYA K; 4DV3 K; 4LFA K; 4DR4 K; 4DR1 K; 4KHP K; 3T1Y K; 4JI6 K; 4LF4 K; 1IBM K; 1XMO K; 5LMN K; 4YHH K; 4X65 K; 2VQE K; 4DR3 K; 5AJ3 K; 4LFC K; 1XNR K; 5FLX O; 1I94 K; 2ZM6 K; 4JI0 K; 4CVN E; 4V19 S; 4YY3 K; 4DV0 K; 1HNX K; 4X62 K; 3JAM O; 4DUY K; 5LMU K; 4JV5 K; 5A2Q O; 1J5E K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KTQ A; 4BRL A; 4LSL A; 4BRG A; 2IIR A; 3HT3 A; 1DGK N; 4JKC A; 1UA1 A; 1LW2 A; 3THX B; 3OY9 A; 4DQ8 A; 1TYQ B; 4FWQ A; 5AQO A; 4DFJ A; 4JNE A; 3TAG A; 1RDD A; 1RTH A; 2R7Y A; 2GUP A; 2YJF A; 1Z26 A; 1SAZ A; 1TVR A; 1KD1 O; 1EX4 A; 4FJG A; 4KH4 A; 1RDA A; 4K0K K; 1YHQ N; 3ZX2 A; 2QWN A; 4ELT A; 4A61 A; 2WC9 A; 1MDU B; 4KV8 A; 3VTI A; 1IKY A; 2O8D B; 5F2R A; 1BDG A; 4JI5 K; 5HOO A; 4DCH A; 2FSN A; 1YI2 N; 1BG3 A; 2NRV A; 2D0P A; 2OPP A; 2X78 A; 1K8A O; 1V4S A; 4CEE A; 4JI3 K; 1NK0 A; 3ZSY A; 1D5A A; 1N5Y A; 4HCB A; 3PIP L; 3H1Q A; 4GKJ K; 1ASW A; 2CH6 A; 3NVK A; 4HHT A; 2HHH K; 3DLG A; 1VQ6 N; 3W3D A; 2X74 A; 2P9U B; 3MN9 A; 5C2F A; 1T3V A; 2VGN A; 1L3S A; 2F8S A; 3SAH A; 1LAW A; 3K5M A; 4KB0 A; 4H5N A; 5FRM A; 3VEN A; 4JLH A; 5HP1 A; 4CHP A; 3SJH A; 3GOI A; 5LL6 Z; 3B6O A; 1LOT B; 1L5U A; 1GLC G; 3UIQ A; 5KQ8 A; 1KXP A; 3O3F A; 1NBW A; 4B9M A; 3WNH A; 3VQQ A; 4WQ5 C; 1REV A; 1FKO A; 1LV5 A; 4BRC A; 1GOB A; 4FWS A; 1RDW X; 4DB3 A; 5LMN K; 4JHD B; 4DQS A; 5HRN A; 3T69 A; 5KGW A; 3O80 A; 5AQL A; 3EYZ A; 4YDU A; 3TSU A; 1Q9Y A; 2P9P A; 5AQQ A; 1Q7Y O; 4KH6 A; 1G15 A; 2OPR A; 3P38 A; 1JCF A; 2P9I B; 4X62 K; 4DLG A; 4GNI A; 4BRE A; 2A1S A; 4R5P A; 4IJN A; 2V51 B; 2E1Z A; 4I7F A; 3QIN A; 4B8C A; 3C7N B; 5AQU A; 3CFP A; 4B1V A; 3CQ8 A; 5AQX A; 2XHB A; 1M1K O; 1VQL N; 3LZJ A; 2YI1 A; 4IEI A; 4CJW A; 1ZC6 A; 1X3M A; 1C0M A; 1CZA N; 3E1Y A; 3UKR B; 3QES A; 4KHW A; 1WUA A; 4FJJ A; 3AVI A; 5CY4 A; 3DWL A; 3VQE A; 2PYL A; 3KZB A; 3D7E O; 5K14 A; 1YJ9 N; 3VQA A; 1MU2 A; 2VYP A; 1X3N A; 4B1Z A; 4DSF A; 1KLN A; 3KTQ A; 5HLF A; 2W6K A; 4CBX A; 3WNF A; 1MWM A; 3DJC A; 1EP4 A; 3QIC A; 4C8M A; 3K9J A; 3VF6 A; 3EZ5 A; 3ITH A; 2FLO A; 3DLE A; 4CEO A; 5C0Y A; 3EKS A; 4CF8 A; 3CPE A; 4R79 A; 4DR2 K; 5JIC A; 1L3U A; 3MN7 A; 3CFO A; 4CHN A; 3QIO A; 5AR0 A; 1W9H A; 4A62 A; 2GX9 A; 4CZK A; 1I3A A; 2YNG A; 4E89 A; 3ZSV A; 3QNN A; 3KLG A; 4Z4I A; 1HX1 A; 4F2R A; 4A5A A; 1C0U A; 1QS4 A; 3CME N; 2O8C B; 1C1C A; 1K8K B; 4CEZ A; 2O4G A; 4G1Q A; 3EY1 A; 4HUE A; 4DR1 K; 4WFA L; 3WNE A; 4EP4 A; 4FOE A; 2AA4 A; 1Y64 A; 4WQ5 A; 4FWL A; 4BY9 C; 4J2E A; 4FJ7 A; 3OYA A; 1D8Y A; 1RTD A; 3CJA A; 4DTU A; 2FBY A; 2KKZ A; 3M5R A; 3QFU A; 3NGZ A; 1VRT A; 1OH5 A; 1XNR K; 3H6E A; 4FZX C; 2QM1 A; 4CGH A; 1BGX T; 1E4F T; 3A5L C; 5F0X A; 3IAY A; 4V19 S; 2UYT A; 2IS3 A; 4ZTF A; 3DXM B; 4BVP A; 3TAF A; 3CCQ N; 4WCE L; 3DOL A; 1QQN A; 1O13 A; 1SQK A; 2DFH A; 2QKK A; 1VHX A; 3IG1 A; 1ZBL A; 1T03 A; 4O0J A; 1EO1 A; 3AO5 A; 3M1F A; 4FJ8 A; 3WUH A; 3G71 N; 3EL2 A; 3K5L A; 2HVI A; 2ASM A; 1D9D A; 1YIJ N; 5JS1 A; 3M8S A; 4JKA A; 2DPN A; 3U3G A; 4FLX A; 5AQI A; 2PYJ A; 4O0I A; 3SLC A; 3F73 A; 1IJJ A; 3QBX A; 1RT2 A; 2D0C A; 4Y1C A; 3AAQ A; 3AGR A; 3DLH A; 2XY8 A; 1BA0 A; 3KLE A; 4H5V A; 1DLO A; 4DWI A; 5BN8 A; 4CEB A; 1VSJ A; 2NRT A; 2QWO A; 1RT7 A; 4EAH D; 5ELZ A; 2UXC K; 1DTQ A; 3MN6 A; 3IS9 A; 1WLJ A; 2E6L A; 3ZT2 A; 1TL3 A; 4DU4 A; 4MDB A; 3WQU A; 3DXK B; 4PWD A; 3NH0 A; 4KHQ A; 4FWP A; 2G8I A; 4FCY A; 5I9E B; 4DR7 K; 2QW9 A; 3EN9 A; 4MLE A; 3L6Q A; 5HRS A; 2VG6 A; 4XH1 A; 4B08 A; 4F4K A; 1NKB A; 1TK5 A; 3THY A; 1YJN N; 5M1O A; 1KVB A; 2DFE A; 1CZ9 A; 2E2N A; 3CI5 A; 3ZT1 A; 2QEX N; 1GLL O; 2I5J A; 4CGI A; 2HHQ A; 5H1S Q; 4BE1 A; 5HBM A; 2F4V K; 4EZ9 A; 2CGK A; 3PUF A; 4C1N I; 1LWC A; 3TAB A; 1ASV A; 3RR8 A; 2Q0R A; 4FLZ A; 2RE2 A; 4CZG A; 3LPU A; 1DKG D; 2CGL A; 4CZJ A; 3LZI A; 4AM6 A; 1BCM A; 4O5F A; 1CXU A; 3SBT A; 4A5B A; 2QWM A; 4CHY A; 4YOW A; 4O8K A; 4KTZ A; 3OJU A; 1YXQ A; 4CJ4 A; 3JSM A; 2D0B A; 3WXM B; 3D2E B; 1JXB A; 5AQN A; 2KFN A; 4JKG B; 1QVF M; 3M8R A; 4U7B A; 2W42 A; 4J8F A; 2OCE A; 1WSG A; 3DMJ A; 3LP1 A; 2BE2 A; 5JVG L; 1HNV A; 3FZL A; 3P31 A; 3SCX A; 4KB1 A; 1LW0 A; 3FZM A; 1BIS A; 3U3Y A; 3VES A; 1HPM A; 1HNI A; 3V1O A; 4DLE A; 2ASO A; 5CR4 A; 2FSJ A; 3RSE A; 4M63 C; 1Q8I A; 2Z1I A; 3ZET B; 1GLA G; 4BRM A; 1XI1 A; 1FJG K; 1NWK A; 1QHT A; 4CGF A; 2HND A; 4FW2 A; 3J7Y P; 4ILG B; 1B92 A; 1GLF O; 3J7A P; 1OH8 A; 1ATS A; 4K25 A; 2NNW A; 3VMF B; 5E84 A; 3VQ9 A; 2B4J A; 1VQ5 N; 4YFU A; 1JCG A; 1NGF A; 3OYI A; 4DTM A; 3G10 A; 3VEV A; 4CZL A; 3EZW A; 1NJY A; 2A42 A; 3TAQ A; 4DV4 K; 3CCV N; 3RR7 A; 4JK9 A; 1NK7 A; 3N4Q A; 3S3M A; 4CCH A; 5CYQ A; 3DRR A; 1SZ2 A; 3T7Z A; 4MO5 A; 4KHS A; 4LFB K; 4ZTJ A; 4CHO A; 3HSC A; 4NCB A; 3O4N A; 3I0S A; 1Z25 A; 3ZSX A; 2XY5 A; 2P9S B; 1WAJ A; 1N36 K; 3V9Z A; 3TI0 A; 5M1F A; 1RBS A; 4JKD A; 4W5O A; 4FYD A; 3MEE A; 4XEI A; 1SL2 A; 1VQN N; 3CM5 A; 3BF3 A; 5FPN A; 4GV6 A; 3D2F B; 3HBT A; 3LL3 A; 2IC3 A; 2P51 A; 1ITG A; 1NGJ A; 3CG7 A; 4GV9 A; 2GV9 A; 5GAD P; 4AHV A; 4DF8 A; 1WAF A; 3L4I A; 2ZJQ L; 1B9F A; 2NRW A; 4Z4E A; 4N56 A; 3VEY A; 2A5X A; 4E1J A; 3AVF A; 1XC9 A; 2Z1J A; 1IG9 A; 3AA4 A; 2F96 A; 1BQN A; 1J5E K; 1S1T A; 2F7T A; 4ISF A; 2HMP A; 2QWL A; 3O08 A; 2G8V A; 4OLB A; 1YVN A; 1VRU A; 4JI8 K; 1RT6 A; 3FLC O; 3MED A; 1YF5 L; 2YHW A; 4A2A A; 4IG0 A; 4PKH A; 2QWP A; 1BCO A; 4AF1 A; 1HYS A; 1TV6 A; 3HYF A; 5AQF A; 3RMA A; 2PFU A; 4E7J A; 1W0H A; 3VQB A; 1N32 K; 2UU9 K; 4E19 A; 1CLQ A; 2FF6 A; 1NGB A; 3DLL L; 4BR9 A; 5KTQ A; 5E41 A; 2Q97 A; 1X9M A; 2FSK A; 3VF4 A; 3E9L A; 1F21 A; 5AQK A; 1YTA A; 2ZQB A; 3ID8 A; 3T3F A; 3CF5 L; 2G8W A; 1P90 A; 2E2P A; 3CC2 N; 4EP5 A; 4M3Z A; 3OW2 M; 4ID5 A; 5ADX A; 1WSF A; 2ZWH A; 4GW6 A; 1RIL A; 4QS8 A; 3GL1 A; 1T8E A; 4CZE A; 5SZT A; 3O9T A; 5TKW A; 3OYE A; 4AHR A; 4LF9 K; 3DRP A; 2VG5 A; 3LAM A; 5KRT A; 4DTP A; 3K59 A; 3OJS A; 2HF4 A; 2QXL A; 4OO1 J; 4M42 A; 3FZF A; 1JLA A; 4M3R A; 3PX4 A; 1XUP O; 2KHO A; 4IZ9 A; 3MWP A; 4CZM A; 4CEQ A; 4QS7 A; 1JXE A; 4JYA K; 5J2P A; 4K41 A; 3I55 N; 3VQ4 A; 2HHT A; 3J8A A; 4NCG A; 3R8E A; 2YNI A; 3T1A A; 2YCH A; 4Y1D A; 2VQE K; 3VQ6 A; 1WBB A; 2V7Y A; 4XH4 A; 1RDB A; 1KC8 O; 4KI4 A; 5FLX O; 4O55 A; 1NK9 A; 1XC3 A; 3WXI A; 2PBD A; 4FM2 A; 4FJX A; 1BIU A; 5J2M A; 3V1R A; 3VOV A; 4H5W A; 4YOX A; 1JJ2 M; 4EFH A; 2J4R A; 1W7A A; 1X9S A; 3FE1 A; 3NCI A; 4OGE A; 4DSJ A; 1TKX A; 4FPB A; 3AVA A; 4DR6 K; 1S1X A; 4MFB A; 1IBK K; 4BG8 A; 2OTJ N; 1WNS A; 3AA5 X; 5T7B A; 4NB4 A; 1QE1 A; 3C6A A; 1U2V B; 2NLX A; 1J54 A; 5BRD A; 2JWK A; 3A5M C; 4JAX A; 5KPT A; 2P9L B; 4ELV A; 1RBR A; 1NM1 A; 3RRH A; 2H3G X; 4FVM A; 1TKT A; 2KZZ A; 5AZJ A; 3OYC A; 3O9R A; 5CHI A; 3CPW M; 1NOY A; 1ILY A; 1BIZ A; 5F1X A; 3K57 A; 5HL7 L; 4GKK K; 3R9P A; 4BE0 A; 4KHU A; 1ZXO A; 1G99 A; 1LCU A; 3LM9 A; 1W97 L; 3O8M A; 3ZEU A; 3H45 C; 4N5S A; 1T44 A; 3EKU A; 2PZS A; 2VGM A; 2BDP A; 3VA0 A; 4JN4 A; 5AQJ A; 1HR0 K; 3MCP A; 1TKZ A; 4BRQ A; 4YOR A; 2HBM A; 3WXL A; 2QKB A; 1TK8 A; 1X9J A; 4YOT A; 1T6D A; 4HTL A; 1VSF A; 4DV3 K; 1X9W A; 2ZE2 A; 4J2D A; 1S1V A; 1T7P A; 4DR4 K; 4FW1 A; 3KWG A; 5AFU H; 2O8B B; 4LF4 K; 3GG4 A; 1NGA A; 4IO8 A; 3TU5 A; 1NNE A; 4ILJ A; 4BC4 A; 5BPN A; 4IWV A; 3NAE A; 3U8X A; 2A40 A; 2CGJ A; 4KPY A; 1SL1 A; 2O8E A; 4FJM A; 1NK4 A; 3OYJ A; 3I8D A; 2KW4 A; 1U04 A; 1Z6R A; 1HQE A; 4A59 A; 2NRH A; 3TWH A; 2VWK A; 1H1V A; 2OPS A; 4OPJ A; 4CJS A; 2WFB A; 2EWS A; 1TGO A; 4CK2 A; 1JLE A; 3BZC A; 3QBW A; 3CJC A; 3TTF A; 2HBL A; 3OYK A; 3SNN A; 4B3M K; 2RN2 A; 2HB5 A; 3AVG A; 3DRS A; 4AHT A; 2P9P B; 2VG7 A; 2G8F A; 4ZHR A; 1UA0 A; 3O9Q A; 2RF2 A; 4FLV A; 2Z1G A; 4BC2 A; 3CCJ N; 4DSI A; 5FDL A; 4LD0 A; 2W6L A; 3KK7 A; 1TUY A; 4KAZ A; 2HVH A; 4X66 K; 1KTQ A; 3ULD A; 3AVM A; 1BO5 O; 3RMD A; 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5JVH L; 4E3S A; 1VQ4 N; 3CJ9 A; 3BZK A; 4RW6 A; 3H3O B; 4CJE A; 3OYL A; 4LH5 A; 1KFS A; 1U45 A; 5KPZ A; 1JLC A; 1QSS A; 4WE1 A; 3AY9 A; 1X1P A; 4HCC A; 3QER A; 3LWL A; 4UY8 O; 3IUC A; 3T1H K; 1E3M A; 3P1G A; 3BUZ B; 4JI2 K; 3NVM A; 5C42 A; 3L2R A; 1BI4 A; 2BAN A; 4O5B A; 1U47 A; 3QEI A; 4WQ4 C; 2WOM A; 3M8P A; 1NU0 A; 2YHA A; 3A2F A; 3J80 O; 4JRP A; 3CCM N; 1JLB A; 4C8O A; 4CFC A; 1CXQ A; 1O1W A; 3DLB A; 3ZCM A; 2F8T A; 3PO4 A; 1Q86 O; 3HP6 A; 4H5R A; 4QCL A; 1GOC A; 4J2B A; 5EY4 A; 1IV0 A; 3CQX A; 3KKR A; 3THW A; 2QTD A; 5EVZ A; 1UAX A; 4C8N A; 3THY B; 2GUI A; 4Q5V A; 2LSN A; 4YOU A; 4N41 A; 1Q9X A; 4G9Z A; 4GMJ B; 3KWI A; 1GLJ O; 4FWO A; 3OYG A; 3VQ7 A; 2JGU A; 3DXK A; 4BE2 A; 2YNF A; 2OZS A; 1JKH A; 3VEZ A; 1HQU A; 1HNX K; 3IDH A; 3TAR A; 4DUY K; 3SQ1 A; 3VF2 A; 2IVP A; 1Q81 O; 3OYN A; 3NHG A; 5A2Q O; 2YHB A; 3C6H A; 3CCL N; 1NMN A; 3CMA N; 3VEO A; 3I0R A; 1A5W A; 4JI4 K; 3F5T A; 4IOC L; 2V52 B; 2A6A A; 4Y0W A; 1WSJ A; 1RBV A; 3WNG A; 2G8K A; 5AQP A; 2P5O A; 4PL8 A; 3K5N A; 1K6Y A; 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