The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
28
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4K0K K; 4B3T K; 1XMQ K; 4V19 S; 1FJG K; 2E5L K; 1HNX K; 3J7Y P; 3JAM O; 3J7A P; 4DR1 K; 4JI1 K; 2F4V K; 5A2Q O; 2UXB K; 4X62 K; 5LMN K; 3OTO K; 3J81 O; 4LF7 K; 4DUY K; 1N34 K; 4DV1 K; 4LF8 K; 5FLX O; 1I94 K; 1HNZ K; 2UUA K; 2UXD K; 4LF9 K; 4DR4 K; 4LF5 K; 1N32 K; 4DV0 K; 4JI8 K; 4LFB K; 5LMU K; 4JI4 K; 1XNR K; 4B3M K; 5IT9 O; 4X64 K; 3J80 O; 4DV2 K; 4LFA K; 2VQF K; 4YY3 K; 4LF6 K; 4LF4 K; 4GKJ K; 4X65 K; 4AQY K; 2VQE K; 4DR2 K; 4B3S K; 3T1Y K; 1HNW K; 2UUC K; 5BR8 K; 4JI7 K; 4CW7 B; 2UU9 K; 1IBK K; 1IBL K; 4JI6 K; 4DUZ K; 5IWA K; 4DV3 K; 4LFC K; 4JI3 K; 4JI5 K; 2UXC K; 4OX9 K; 4CVN E; 1J5E K; 4GKK K; 4YHH K; 4JYA K; 3T1H K; 2HHH K; 5LL6 Z; 4DV5 K; 1XMO K; 1N33 K; 2ZM6 K; 4B3R K; 4JI0 K; 1IBM K; 4KHP K; 1N36 K; 4DV6 K; 4JI2 K; 5AJ3 K; 4NXN K; 4DR5 K; 4DR7 K; 4DR3 K; 4JV5 K; 4DV7 K; 4NXM K; 4DV4 K; 4DR6 K; 2UUB K; 1HR0 K; 1XNQ K; 4X66 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3G0Z A; 2HBK A; 1QQM A; 1A5V A; 2O8C B; 1KVA A; 1S6P A; 3ENB A; 4M3R A; 4CZH A; 4Z4C A; 4DFM A; 1XUP O; 4RTF D; 1WSF A; 3J7A P; 1GLA G; 3SBT A; 4DKW A; 4A5A A; 1SS6 A; 2GWJ A; 3VQA A; 4E19 A; 4LF7 K; 2ZWH A; 3CFP A; 5AFU A; 3L6Q A; 4FWN A; 3A0I X; 4B9M A; 1RGI A; 5DM6 L; 3QBX A; 1SL0 A; 3LP1 A; 3HM8 A; 2OPS A; 4B8A B; 4FWP A; 4FLW A; 2E88 A; 4JHD A; 4KAZ A; 3I56 N; 1WBB A; 1C0G A; 1BWF O; 4JKA A; 2NZT A; 3U6F A; 3HPO A; 3RSE B; 3G25 A; 4M3T A; 3QFP A; 5LY3 A; 4XIU A; 4BR2 A; 3SK3 A; 4KPY A; 4BR7 A; 2KHO A; 4CW7 B; 4O0J A; 4YFU A; 2DPN A; 5BRE A; 5CY4 A; 3DI6 A; 4JRP A; 3AVA A; 2QWO A; 2QEX N; 3WQU A; 5AFU H; 3VEZ A; 5AQI A; 5KPR A; 3GDQ A; 3P38 A; 4PL8 A; 3E9L A; 3H6E A; 3LM2 A; 3K9J A; 2CH6 A; 1JLA A; 2B6A A; 4DQQ A; 1LWF A; 4IFE A; 5KPZ A; 1S3X A; 3OJU A; 4I9Q A; 1WSI A; 1HUX A; 1BG3 A; 2HMP A; 3RTV A; 1ASW A; 3HP9 A; 4CK2 A; 2GV9 A; 4IEI A; 3NH0 A; 4UQG A; 4JS5 A; 3LL3 A; 3DLB A; 3KWG A; 3VOV A; 4DV6 K; 1TK8 A; 4BE0 A; 4CJR A; 4KRF A; 5SWM A; 4E89 A; 1S1X A; 3U3G A; 2A3Z A; 2GTD A; 5AZJ A; 4DF4 A; 2VGM A; 5EOY A; 5ADX A; 3CC7 N; 3NH1 A; 3V9W A; 3NDK A; 3ZX3 A; 2IVN A; 3QBW A; 3PX0 A; 1IH7 A; 1RT3 A; 2D1K A; 4JNE A; 1ESV A; 3AAQ A; 1MWM A; 1FK9 A; 3L4Q A; 2VWK A; 3E66 A; 4DQS A; 1JCG A; 3U8X A; 4YOV A; 2W6K A; 3LDP A; 5BPM A; 3ZT1 A; 5LJV A; 4CEE A; 3CIP A; 4JKG B; 4DSK A; 4H5R A; 1YXQ A; 2YKM A; 5C2D A; 2ZE2 A; 5D3G A; 2OPQ A; 3ATU A; 4CF9 A; 3T3F A; 3THW A; 4OJR A; 5AR0 A; 2E2O A; 3WNE A; 1NM1 A; 3H46 O; 4LF5 K; 3VQ4 A; 3NVK A; 1Q7Y O; 3VEX A; 4XH5 A; 2E2N A; 4BC3 A; 4AH9 A; 1VSM A; 1VSE A; 3CC4 N; 3BDP A; 1D9D A; 4BRA A; 2E2P A; 4K8Z A; 4MO4 A; 4DSJ A; 2IGI A; 4A2A A; 2QTD A; 2QWR A; 4IG0 A; 4O4G A; 1YUW A; 3DLE A; 4DSE A; 3D2E B; 4KI4 A; 3W3D A; 3QEW A; 2OA8 A; 3ENO A; 4H0Y B; 4J2D A; 1NKB A; 4FZZ A; 2QWL A; 3MXI A; 3F9K A; 2UU9 K; 4CJE A; 1OKJ A; 1IV0 A; 2YCH A; 5AQG A; 2ATQ A; 1DLO A; 1GOC A; 1HYZ A; 2O8E A; 1VQ8 N; 1J53 A; 2XRI A; 3QO9 A; 1X9S A; 4CJW A; 4WCE L; 4GNI A; 4FWK A; 1X9J A; 2X78 A; 3M6G A; 4BDP A; 3CPW M; 2YJE A; 4RW9 A; 3CJA A; 4BR4 A; 1NK7 A; 5B8H A; 5C15 A; 4CK3 A; 3CXC M; 4B3R K; 4JN4 A; 3V81 A; 1IBM K; 4CJV A; 3DYA A; 4DLG A; 2PYL A; 4KHS A; 3HM9 A; 4CBW A; 4KFB A; 4FJG A; 2P9K A; 3RMA A; 4NCB A; 2EWS A; 3CHW A; 4AF1 A; 3CFO A; 1TL3 A; 3K2P A; 2P5G A; 1C1A A; 3SQ4 A; 4B9L A; 1BI4 A; 1A5W A; 5GAH P; 3VQ6 A; 3OA9 A; 3V4I A; 4JK9 A; 1NLV A; 3WQT A; 4IFY A; 3SCX A; 4J8F A; 4DFP A; 4EP4 A; 1NGA A; 5AQT A; 2KZZ A; 1Z6R A; 3VQB A; 3SPZ A; 4C8N A; 1B9D A; 3SJJ A; 4CF8 A; 1TKX A; 3M3Z A; 4DHY A; 3F5T A; 1D9F A; 4JRQ A; 1W9H A; 1OH8 A; 4CF0 A; 5KQD A; 3BZK A; 3O4N A; 1HYS A; 2HVI A; 4R5P A; 4DV1 K; 3AY9 A; 1MDU B; 4EIA A; 5C12 A; 4HWI A; 1CZA N; 1U48 A; 3DAW A; 1VQL N; 4DTN A; 2GEM A; 5AQJ A; 4AIL C; 1L3T A; 1W0H A; 3O9R A; 4DV0 K; 1KD1 O; 4JI8 K; 1X9M A; 2V7Z A; 1VHX A; 5HRR A; 4FWM A; 2O8B B; 3KTQ A; 4BGA A; 2IVP A; 5BRD A; 3TR8 A; 2VQF K; 2P9U B; 3V6D A; 1TK0 A; 2I5J A; 2YNF A; 1NBW A; 3T1A A; 3VA0 A; 4B1Y B; 4WFN L; 4NCG A; 2Q0U A; 3CC2 N; 4ISE A; 2Q3S A; 3O9T A; 3S3O A; 2NRZ A; 4FW1 A; 2QXF A; 3LAN A; 1SKW A; 1NGF A; 4DS4 A; 3LP0 A; 3ITH A; 5IWA K; 1NNE A; 2FBY A; 3UKU A; 2UXC K; 3VEN A; 1T8E A; 4CVN E; 4Z0U A; 3HPH A; 4B1Z A; 3D6R A; 3I8D A; 4LD0 A; 4DS5 A; 4ZTF A; 1QVG M; 3ID6 A; 4DTR A; 2NRH A; 3KLH A; 1KAY A; 2ETJ A; 3LDS A; 1S1W A; 3VER A; 3OS0 A; 4PA1 A; 4K25 A; 4FLV A; 1RTD A; 3OBW A; 3PIP L; 2NRW A; 4DV7 K; 4CJ5 A; 1U04 A; 4HTU A; 1KC8 O; 5J1E A; 4B9Q A; 1S1V A; 1HR0 K; 3WEE B; 2E20 A; 4CD3 A; 2BAN A; 4FJL A; 3CJ9 A; 1U2V B; 1XMQ K; 5FPM A; 3H3N O; 1NK4 A; 3TAE A; 1J54 A; 4DTM A; 1JCF A; 3KKS A; 2ZF5 O; 2P9N A; 3T19 A; 1HPM A; 3CME N; 4GV6 A; 1FXX A; 1X3M A; 2QWN A; 3ZYY X; 3LDL A; 4BE1 A; 4X62 K; 3RR7 A; 2OTJ N; 1KAZ A; 4M7X A; 1N34 K; 5CR4 A; 1NGI A; 3D45 A; 1I94 K; 2DFF A; 4CZL A; 4IWV A; 2HHX A; 1X3N A; 3JYT A; 3V1O A; 4HCC A; 4FJX A; 1S9E A; 3B6O A; 3O8M A; 2A41 A; 2VWJ A; 3MMV A; 4CBX A; 4CHY A; 1NGD A; 4KH4 A; 2VQE K; 5BR9 A; 2X74 A; 1NGB A; 4OPH A; 2UUC K; 4JHD B; 4CJQ A; 4DCH A; 2I7P A; 2JGU A; 3D2E A; 5CZ2 A; 1NGJ A; 5JLF A; 1KRP A; 3HYF A; 1EXQ A; 3CET A; 3VTH A; 2A1R A; 1OVQ A; 1NGE A; 4H0O A; 3ZSZ A; 1C0F A; 1QHT A; 4DSI A; 1DKG D; 4FWL A; 3THY A; 5J2P A; 4CEF A; 2E1Z A; 5LJW A; 4KTQ A; 4BR0 A; 4A57 A; 1TAQ A; 1I39 A; 5ELZ A; 2QKK A; 4A62 A; 4BC2 A; 2OZS A; 3AO5 A; 3AO1 A; 4XH1 A; 4DV5 K; 3P31 A; 4C23 A; 5BN9 A; 1N33 K; 1IO2 A; 3HVR A; 4FZX C; 3R9P A; 4KHP K; 5GIP A; 3SMP A; 2G8U A; 3QNO A; 4OLA A; 4O55 A; 4GVM A; 3OYM A; 4ELU A; 1P8Z A; 4IG3 A; 3OY9 A; 3ZT4 A; 1IKX A; 3L3U A; 3KLF A; 4FJH A; 1HLU A; 4FPA A; 1S1T A; 1QS4 A; 1YVN A; 4K0K K; 3MN6 A; 4CEO A; 5AQQ A; 3VQ9 A; 3VGM A; 4V19 S; 4ELT A; 3M8P A; 4FJM A; 4DQ8 A; 3I8B A; 5AZJ B; 1VSK A; 2E6M A; 3L3V A; 4BDZ A; 2HBM A; 4CES A; 1FKP A; 3KVG A; 3TAP A; 3QNN A; 3EZW A; 3KD5 E; 4L3Q A; 4H5T A; 4BQZ A; 4JAX A; 5FLX O; 3ZX0 A; 4FJ5 A; 1BUP A; 5F2R A; 4BC5 A; 1RT5 A; 1RTI A; 4CZF A; 3QIO A; 1JLF A; 4JKE A; 3FFI A; 1ATR A; 5CZ1 A; 4G9Z A; 5HOO A; 4B3M K; 2E1Y A; 3L2Q A; 5BRF A; 3THW B; 4LFA K; 3DLH A; 1VRT A; 5AQL A; 1YIT N; 1VQ4 N; 4BRP A; 4FJ8 A; 2W40 A; 3O08 A; 4FJJ A; 2V7Y A; 4J2E A; 3K5M A; 4CFA A; 3KK7 A; 2IAJ A; 3M5R A; 4BDY A; 4EZ9 A; 3MDQ A; 5GAE P; 4DLE A; 4I7F A; 4BRO A; 1IBK K; 1QSY A; 2G8V A; 1R59 O; 4CHZ A; 4JI3 K; 4LY7 A; 2P5O A; 3R6M A; 3SV4 A; 4AHS A; 1YJN N; 1NU0 A; 1JL2 A; 3AVI A; 3S3M A; 4DTJ A; 4GKK K; 4FWS A; 2ASO A; 3DOK A; 2O8E B; 3D2F A; 1JLG A; 3DLG A; 1CZ9 A; 4WQ5 C; 1WB9 A; 4BRL A; 1HQU A; 1W7A A; 2Q97 A; 3HK2 A; 2HF3 A; 3LPT A; 4NXN K; 3SBG A; 2P9S A; 4NO7 A; 4HVJ A; 1NJW A; 1RDC A; 1JLB A; 4FJ7 A; 4BC4 A; 3CQX A; 2YHW A; 1QE1 A; 3WNH A; 4DR6 K; 3VQC A; 3MXJ A; 2G8K A; 1DTT A; 3VMF B; 1E4G T; 4DQI A; 4KRE A; 3CFR A; 2P9K B; 5EU7 A; 1TVR A; 4Z4G A; 4MFB A; 1GLB G; 4BRQ A; 1OVY A; 1RBU A; 4DMN A; 1BI4 B; 1WN7 A; 3PO4 A; 4YOX A; 4B9S A; 1X1P A; 3KHY A; 4DWI A; 4LH4 A; 4H8K A; 1VK0 A; 3DXK A; 1UA1 A; 4CGJ A; 3NE6 A; 1JXE A; 4LF9 K; 4DR4 K; 3TSP A; 4FK2 A; 3TSQ A; 1U6Z A; 2ZJP L; 1N6Q A; 1HNI A; 1KVC A; 5AQF A; 4LFB K; 4F2S A; 3VGK A; 4CJS A; 1B9F A; 2X6N A; 1S22 A; 4X64 K; 1XC9 A; 5J2N A; 3VF6 A; 2NRV A; 3I33 A; 3DJC A; 4MO5 A; 1B92 A; 5AQV A; 1Q9Y A; 4GKJ K; 3ATV A; 5JS2 A; 3GE1 A; 3OYG A; 1YJW N; 4ID1 A; 4Z94 A; 2P9P A; 4JKH A; 4JLH A; 4A59 A; 1TKT A; 1VQK N; 4EFH A; 2AJQ A; 1RBS A; 1RT1 A; 2P51 A; 4YOY A; 5BN8 A; 5H1S Q; 4PHT X; 3OW2 M; 1K9M O; 1ASV A; 4JKF A; 3LDQ A; 1BQM A; 4CBU A; 3ASM A; 5FPE A; 3IAY A; 2P9L A; 3IRX A; 4JD2 A; 2A1S A; 4EHT A; 1FW6 A; 3L4I A; 1HJO A; 1RBV A; 3UKU B; 4PL7 A; 3ZX2 A; 2Z1H A; 3C6U A; 2NUB A; 3NFA A; 1TUU A; 5E41 A; 3P83 D; 3OYD A; 2R7Y A; 4IJN A; 5M1O A; 3HT3 A; 5KPT A; 4CZK A; 3OS2 A; 3AA3 A; 4NXM K; 4OVL A; 2O8D B; 2ASP A; 1NJZ A; 2OAN A; 4O5F A; 1M1K O; 1IG9 A; 2XY7 A; 5DMR A; 4M63 C; 3JAM O; 3CCL N; 3BGR A; 3AVH A; 2ZQB A; 2F4V K; 3MEC A; 5A2Q O; 3ZEU A; 5BPL A; 5J2M A; 3CCJ N; 4RWT A; 3CM5 A; 4DUY K; 4DB3 A; 3ZT2 A; 4KHW A; 1YI2 N; 3NMU A; 4N41 A; 3KK3 A; 2PAV A; 2P9N B; 1VSL A; 4KV8 A; 1VQO N; 1T6C A; 4MLH A; 2QM1 A; 3RRH A; 3J80 O; 1LWC A; 5FDL A; 5F0X A; 4H4M A; 5AQK A; 3FLC O; 4DTX A; 1A5X A; 4C8K A; 1SQK A; 1BHL A; 5HP1 A; 1T44 A; 5FPN A; 4B3S K; 2KFN A; 4NYN A; 5I3U A; 4CZE A; 1GLE G; 4WE1 A; 3DLL L; 1NG9 A; 4PKG A; 1M90 O; 1GLF O; 2RKI A; 4FL9 A; 3THX B; 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3OYK A; 3T1Y K; 3VN5 A; 5GAD P; 2Z1I A; 3O3G A; 4CJ4 A; 4K43 A; 3M1F A; 3SYZ A; 4BRM A; 3SAG A; 4B9T A; 4PQU A; 1SKR A; 4JI5 K; 5JMV A; 4CHP A; 2ZJQ L; 1WLJ A; 3ULD A; 4QS8 A; 3VQ5 A; 2VWB A; 3TSU A; 4DF8 A; 4CJF A; 4YHH K; 4Y0W A; 2YHA A; 2YV0 X; 1EWQ A; 1BGX T; 3MWP A; 1YHQ N; 1JXB A; 3CER A; 1QTM A; 1RCH A; 3ALY A; 4RW8 A; 2YNG A; 3K9K A; 2B4J A; 2CH5 A; 3OYC A; 4OPA A; 2CGJ A; 4I2P A; 4MDA A; 3KD1 E; 3F9M A; 3R3L A; 3TAF A; 4IBN A; 2D0B A; 3QET A; 4BWJ A; 4OKK A; 2HOE A; 3OYH A; 1D4X A; 3NF6 A; 1VQ5 N; 3E1Y A; 3D2F B; 4E1M A; 2BE2 A; 3SQ1 A; 3KK1 A; 2JWL A; 2O4G A; 3S41 A; 2XY6 A; 3TI0 A; 3EZ5 A; 1QQC A; 1EWR A; 2P9S B; 3DRP A; 2QWM A; 2O8D A; 1Q18 A; 1REV A; 4DTS A; 1WSG A; 2IOC A; 3LAM A; 3W0L A; 4DR1 K; 3GL1 A; 4JI1 K; 4RW6 A; 3O9S A; 1HKG A; 4FLZ A; 4FJI A; 2FSJ A; 2UXB K; 1KLN A; 2YNI A; 1S5J A; 3PX6 A; 5DM7 L; 4GV3 A; 1ZXO A; 5JS1 A; 3S3N A; 4FWO A; 1NMN A; 3IDH A; 2HF4 A; 1BIS A; 4BRG A; 2UXD K; 3LWL A; 1S9G A; 4IZ9 A; 2D0O A; 1KLM A; 1TKZ A; 2RHK A; 2NRR A; 4IOX A; 1KXP A; 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