The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
26
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| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LFB K; 4DUZ K; 1FJG K; 2F4V K; 4X66 K; 4JYA K; 4DR6 K; 2UUA K; 2VQF K; 3T1H K; 1HNW K; 4B3T K; 1N33 K; 4YHH K; 4KHP K; 4DR4 K; 5LL6 Z; 1HNZ K; 4JI6 K; 4LF6 K; 3J81 O; 2E5L K; 4JI5 K; 4DUY K; 4GKJ K; 4LF4 K; 3JAM O; 1XMO K; 4CW7 B; 4LF5 K; 4DV3 K; 4LFA K; 4X65 K; 4AQY K; 1N36 K; 4JI4 K; 4JI1 K; 2VQE K; 4X64 K; 4JI0 K; 2UUB K; 1XNQ K; 1XNR K; 1N34 K; 4LFC K; 3J7A P; 5A2Q O; 3OTO K; 4V19 S; 1IBL K; 4JI7 K; 4JV5 K; 4GKK K; 4DR1 K; 4DV2 K; 2UUC K; 4NXN K; 4LF9 K; 4CVN E; 4DR3 K; 2ZM6 K; 4DV4 K; 2UXB K; 4DV1 K; 3J7Y P; 4X62 K; 1HNX K; 2UU9 K; 4LF8 K; 4YY3 K; 4OX9 K; 4DR2 K; 2UXD K; 5FLX O; 5IWA K; 4DV0 K; 1IBK K; 1J5E K; 4LF7 K; 4DR5 K; 4JI3 K; 3J80 O; 4B3R K; 4JI2 K; 4B3M K; 4DV5 K; 5BR8 K; 4B3S K; 1I94 K; 4NXM K; 4DV7 K; 4DR7 K; 2UXC K; 1XMQ K; 1HR0 K; 5IT9 O; 2HHH K; 1N32 K; 1IBM K; 4DV6 K; 5LMU K; 5AJ3 K; 5LMN K; 4K0K K; 3T1Y K; 4JI8 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CES A; 1HQE A; 1NWK A; 2X78 A; 1LWC A; 4FWK A; 4FPB A; 4FZY A; 1VK0 A; 2DFE A; 3OYK A; 4JEP A; 4PL8 A; 1XHX A; 5BR9 A; 4FLX A; 4M42 A; 4EIA A; 3PIP L; 4JKG A; 4CJS A; 3CMA N; 1N6Q A; 3A8Y A; 2OPS A; 1HUX A; 4KHP K; 3Q7B A; 2Z1G A; 3G4S N; 1BI4 B; 3QNN A; 3LDO A; 2ZE2 A; 5FPM A; 1KLN A; 3PY8 A; 5KPZ A; 1ZYQ A; 1VQ7 N; 4CW7 B; 3OYM A; 1D9D A; 3K2P A; 3LM2 A; 1REV A; 4FVM A; 3FFK B; 3SK3 A; 4I7F A; 2Q3S A; 3U4L A; 2D0C A; 1ATS A; 3V9X A; 1RIL A; 4JLH A; 4IXC A; 4HCB A; 1FW6 A; 2YI1 A; 2FBT A; 4LFC K; 5GAH P; 4WFB L; 1ASU A; 1NOY A; 5AQQ A; 4LY7 A; 1P8Z A; 1S9G A; 5E84 A; 1BI4 A; 5JVH L; 4DF4 A; 4BR7 A; 1VSF A; 3SMP A; 3HK2 A; 4CZK A; 3TAE A; 3ITH A; 4NLC A; 4BQL A; 3L2V A; 4DLE A; 5FPN A; 5C15 A; 3OY9 A; 2FF6 A; 4R5P A; 3H1V X; 3E66 A; 1YT3 A; 3PO4 A; 1VQ6 N; 1KRP A; 1ATR A; 3PX6 A; 1YVN A; 5FLX O; 2ZQB A; 1JKH A; 3KLI A; 3P38 A; 3MWP A; 3CD6 N; 3KWI A; 3QEX A; 4WFN L; 3CM6 A; 1RT5 A; 4CBW A; 2YHX A; 5HRS A; 3NGI A; 3WT0 A; 4JI2 K; 2QWQ A; 4N76 A; 1I94 K; 1B9F A; 4CD1 A; 3S41 A; 4F4K A; 3SNN A; 4K41 A; 3TTC A; 3CI5 A; 3TWH A; 4H0T B; 5EOY A; 3M5R A; 4FWL A; 2FSN A; 2EHG A; 3CME N; 1WBB A; 2P9I B; 1YXQ A; 1TUY A; 1BUP A; 3NF9 A; 2P9P A; 2P9S B; 3H6E A; 4YOU A; 2HHV A; 4BWM A; 1FKO A; 3ZX0 A; 2FXU A; 3M8S A; 1YTU A; 2ZJR L; 2VQF K; 3VQB A; 3C6U A; 5AQG A; 3SJH A; 5LL6 Z; 3U3G A; 3KLE A; 1NKB A; 2F8S A; 1RDA A; 5C42 A; 1DTT A; 3ZT0 A; 2P9I A; 4CHO A; 5AQI A; 3QFP A; 1ZXO A; 3AVA A; 5GAE P; 2P9S A; 1YUW A; 3U6F A; 4AM7 A; 2QTD A; 1A5X A; 4HTU A; 3M8Q A; 3LP1 A; 3SQ4 A; 3ZX2 A; 4CJP A; 3AVM A; 1TUU A; 3I0S A; 1XQS C; 1X9J A; 3LDQ A; 1BG3 A; 1QHA A; 3VQ6 A; 5KQD A; 2NRT A; 3W3D A; 1P90 A; 2YNF A; 1T6C A; 4KKO A; 4AHS A; 2BDP A; 4K42 A; 4CGI A; 1S6P A; 4JKF A; 3ZCM A; 5FDL A; 1VQN N; 1LAV A; 1CXU A; 3TI0 A; 4YOT A; 3VQQ A; 1KFS A; 3VQ7 A; 1JL2 A; 1RT2 A; 1QZ6 A; 3O3F A; 3EL2 A; 4LD0 A; 2JLE A; 1NGD A; 3SQ2 A; 1Y97 A; 4WQ5 C; 4BVP A; 5IWA K; 4J2E A; 4IOC L; 3GG4 A; 1M90 O; 3MX2 A; 3FFI A; 3VEY A; 3KK1 A; 4RW4 A; 3CXC M; 3W0L A; 4HTL A; 3L3U A; 3WEE A; 4DSK A; 3GDQ A; 4HUE A; 3BZC A; 5BR8 K; 3I8D A; 4Z4I A; 3PLA A; 3NVM A; 5EY4 A; 3CHW A; 5FPD A; 1BCO A; 3OYF A; 2UXC K; 1OVY A; 3M1F A; 3P5J A; 3NGY A; 1Q82 O; 2P9N B; 4CJT A; 4DU1 A; 3KTQ A; 3CCV N; 3R6M A; 3JS6 A; 3BDP A; 2YJF A; 4PA1 A; 1S5J A; 3OYB A; 4H0O A; 2ZJQ L; 4BRN A; 1NK7 A; 3VQD A; 4FWO A; 4BDP A; 4I6M B; 4JYA K; 1NMD A; 1KC8 O; 4CCH A; 3I33 A; 1NGB A; 3T1H K; 2VWK A; 3ULE B; 2YX6 A; 3V9U A; 4IWV A; 1KAZ A; 3G6E N; 1YIJ N; 1QZ5 A; 3MWT A; 4JI6 K; 2OTL N; 2P9N A; 1EP4 A; 3ZT3 A; 5I3U A; 3NAE A; 3DLL L; 4CJW A; 3AA5 X; 3PX4 A; 3FZK A; 4N41 A; 3NF8 A; 4B1X B; 4LF5 K; 1U6Z A; 4CHN A; 1E4F T; 4DF8 A; 4I6M A; 4AHC A; 4DSF A; 3NBP A; 2IVO A; 5CHI A; 3NH1 A; 3SUQ A; 1XNR K; 2ZWH A; 1NK9 A; 1S3X A; 3E9P A; 3R8E A; 3SAG A; 1TAQ A; 3ZSX A; 1HYZ A; 4CJE A; 4JN4 A; 1F21 A; 4MLE A; 5AQU A; 5BRE A; 4JI7 K; 1IG9 A; 1DGK N; 3VA0 A; 1HMV A; 1E4G T; 1QSS A; 4A61 A; 4CF9 A; 2A1S A; 4NXN K; 2OAN A; 5ELZ A; 1K8K B; 4LF9 K; 1VSE A; 4ISE A; 4RG8 A; 4FLT A; 3TAQ A; 3DLG A; 3LZJ A; 2F96 A; 4YOY A; 4KTZ A; 1IKY A; 2VWB A; 4FWP A; 3BF1 A; 3CQX A; 1IO2 A; 2V51 B; 5KGX A; 4FJX A; 2Y1I A; 4K43 A; 3SQ1 A; 1Y64 A; 3IFR A; 2HNY A; 5GIP A; 4HVJ A; 2W41 A; 3LPU A; 5ADX H; 2YV0 X; 5DK5 A; 3GE1 A; 1ZBF A; 3HM8 A; 4CHY A; 1T8E A; 3ENH A; 3VEO A; 4BE1 A; 2D0P A; 4JHD B; 3VEZ A; 3O8M A; 2E8A A; 3BGR A; 1WSI A; 3WUH A; 2P9U B; 5GAG P; 1YAG A; 1IV0 A; 4BRL A; 5EU7 A; 2A6A A; 2F9W A; 4B9M A; 5C12 A; 1TL3 A; 3D7E O; 2YKM A; 5AQX A; 3IRX A; 3TAM A; 5C2D A; 3P4I A; 3N4P A; 2YHY A; 3C6A A; 3P83 D; 1FJG K; 2YNI A; 4IKF A; 4PUO A; 4KHY A; 1J9A A; 4B8A B; 2Z1I A; 1ITG A; 2UUA K; 2R7Y A; 1X9W A; 3VF2 A; 5F0X A; 4KHU A; 2O8D B; 1X1P A; 1EX4 A; 3D2E A; 1WSE A; 4M7Y A; 3OYJ A; 3IAY A; 2GTD A; 2ASP A; 4FK0 A; 4CF1 A; 3JSM A; 1GLD G; 2E6L A; 2P9U A; 3ZYY X; 4LF4 K; 1NGJ A; 3MXI A; 3DWL A; 1J6Z A; 1KVC A; 3KLH A; 5C10 A; 2P5O A; 4H4O A; 3AA4 A; 2EX3 A; 2IGI A; 3OA9 A; 5LY3 A; 4FJ7 A; 2O8D A; 4OVL A; 1TK8 A; 2QEX N; 2HMP A; 3HVT A; 4BRH A; 5AZI B; 2OPR A; 1VSH A; 5M1K A; 3CPW M; 1EQY A; 4DS4 A; 5SWM A; 1S1V A; 3B8A X; 3EY1 A; 1YHQ N; 4PKH A; 3QFU A; 4B9U A; 4OGC A; 2W40 A; 4NB4 A; 1QQM A; 3CJ7 A; 1R0A A; 3A2F A; 3NDK A; 1HJR A; 3CCQ N; 1FKP A; 3CCU N; 4NCA A; 1TAU A; 3CG7 A; 3K5L A; 5HLF A; 1K9M O; 4XH5 A; 3E1Y A; 2EWS A; 4EHT A; 2KLA A; 5JLF A; 1Q18 A; 3LL3 A; 2HND A; 2A40 A; 2UXB K; 1Z26 A; 4A57 A; 4BR5 A; 1C0M A; 4DTX A; 3L2U A; 3HST B; 4CI6 A; 4JRQ A; 4FLV A; 4FJH A; 3V6D A; 1QHT A; 4IEI A; 4HHT A; 4O5F A; 4CGH A; 3L2R A; 1OH8 A; 3CCR N; 1GOC A; 1JXB A; 3PO5 A; 3L2Q A; 4OKJ A; 3NH0 A; 3UE5 A; 4NYF A; 1RDD A; 4QCL A; 4CK2 A; 3WXI A; 2QXF A; 3NH2 A; 4YDU A; 3GOI A; 3ENO A; 2OZM A; 5F1X A; 2Z1J A; 3NMU A; 1W2B M; 1U4B A; 4DV6 K; 1HX1 A; 5JVG L; 3WNH A; 3WXJ A; 4OGE A; 4JI8 K; 3HPG A; 3WQT A; 4DU4 A; 3VET A; 1X3M A; 4HUG A; 3FR0 A; 4C8L A; 2X6S A; 1VHX A; 3VA3 A; 3NGZ A; 2KTQ A; 2Q1N A; 5LJV A; 1S72 N; 5GIO A; 3HI0 A; 3HTV A; 5SZT A; 3CQ8 A; 4B9Q A; 1TKD A; 1N33 K; 1KSP A; 3VTH A; 2AJQ A; 3A5O C; 3ZT4 A; 4NCB A; 3LWL A; 5JS2 A; 3OS2 A; 4ZTJ A; 3HM9 A; 1CZB A; 2KKZ A; 4OPA A; 4H5W A; 1BQM A; 2OA8 A; 3JXU A; 1ATN A; 2AA4 A; 1WN7 A; 4M3W A; 2G8F A; 3DLR A; 2UUB K; 4AF1 A; 5AQZ A; 4FJN A; 1BL3 A; 3SCX A; 3ULD A; 2FBY A; 1O1W A; 3K59 A; 4CEQ A; 5CYQ A; 1EO1 A; 5GIN A; 3O4W A; 1D4X A; 2A5X A; 2G8H A; 3LDP A; 4U7B A; 4FJI A; 4GKK K; 4GV6 A; 4DR1 K; 3QEW A; 5M1Q A; 5CYM A; 2Z1H A; 3MEG A; 5FPE A; 2QK9 A; 1A5W A; 4KTW A; 1LV5 A; 3HRG A; 4YNQ A; 3VF6 A; 5CR4 A; 4BRO A; 1CLQ A; 4ILG B; 1EXQ A; 5M1F A; 2QWP A; 4ELV A; 3QIO A; 2FBV A; 3C6T A; 1VQP N; 2HBM A; 3DRP A; 4A5A A; 1UOC A; 4B3R K; 4C8N A; 4DV5 K; 3LWM A; 3THX A; 3RMB A; 1NJW A; 2NUB A; 4EZ6 A; 2G8I A; 1KTQ A; 3PSF A; 3ZSY A; 4AIL C; 2QI2 A; 4ICL A; 1QSY A; 4W5N A; 2HHS A; 3CC2 N; 3AO5 A; 4OLB A; 3A5L C; 2WFB A; 4Z4H A; 5JS1 A; 5HOO A; 3DYA A; 4YFU A; 1CZA N; 1RCH A; 4BGB A; 4DSJ A; 3EZW A; 5M1P A; 3D6R A; 2QKB A; 2BTF A; 2Q31 A; 4AM6 A; 2VG5 A; 4ISG A; 4DR6 K; 1QE1 A; 4A5B A; 1NG9 A; 2X74 A; 1HNW K; 2XY5 A; 1A5V A; 3SJJ A; 1BWF O; 4C1N K; 4YHH K; 3RR7 A; 1NBW A; 4OLA A; 3WQU A; 1ASW A; 1QVF M; 3EZ5 A; 1VQO N; 4FJ5 A; 2QKK A; 4CZI A; 5AQV A; 1ILY A; 3JYT A; 3UIQ A; 3MCA B; 3C95 A; 4PL7 A; 4B9N A; 4AQY K; 1NGA A; 4MLH A; 4BC4 A; 5KQ8 A; 4H5V A; 1T7P A; 3RMD A; 1VSM A; 4BRQ A; 3RRH A; 3EN9 A; 4FYD A; 4DQ8 A; 3CJC A; 3MXM A; 3ENB A; 4BC2 A; 3FZL A; 4DQQ A; 5K14 A; 3QER A; 1J53 A; 1CZ9 A; 5CY4 A; 1KAY A; 5HBM A; 4AHV A; 4BRA A; 4CJ7 A; 3O08 A; 3TSQ A; 3IS9 A; 2HBJ A; 1RNH A; 4DSL A; 1LAW A; 4IOX A; 4DTM A; 1LOT B; 1RDB A; 5CE3 A; 1HNX K; 1TKX A; 4O0I A; 2NLX A; 4BE0 A; 2VG7 A; 3SV3 A; 4OKE A; 1QSL A; 3TAF A; 3MN7 A; 2WTU A; 2QWR A; 4BE2 A; 1Q86 O; 5JIC A; 3AO4 A; 1ZBL A; 4WQ5 A; 1GLL O; 4FW1 A; 1BOT O; 4IZ9 A; 4DWI A; 4Z94 A; 2IVP A; 4B9S A; 1EET A; 4CEO A; 2HHX A; 5BN9 A; 1TKZ A; 1VSL A; 4CZM A; 1S22 A; 2RHK A; 2HHH K; 4IFE A; 3SV4 A; 2G8K A; 4K0K K; 3SPZ A; 3MEE A; 4CHQ A; 1TGO A; 1L3S A; 4LFB K; 2YNH A; 2CH6 A; 4DUZ K; 2WC9 A; 3V1Q A; 3F2K A; 4XEI A; 1BIS A; 4CHP A; 1S1U A; 2F7T A; 3QIN A; 4Z4F A; 3KKR A; 3NF7 A; 5AQK A; 3KLF A; 2O8F B; 1NGG A; 1EKE A; 2J4R A; 1JLE A; 4L8R B; 4YOR A; 4E1J A; 1HNZ K; 3RSE B; 5AQH A; 5KTQ A; 2P9L B; 1JJ2 M; 3J81 O; 2E5L K; 4BRC A; 3I0R A; 3CER A; 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4CF8 A; 2W6L A; 1BA1 A; 3ZSW A; 4KHW A; 3K9K A; 4H0V B; 5ADX A; 1O13 A; 3CCE N; 4RTF D; 3VMF B; 1CXQ A; 3SBG A; 4DV3 K; 1SKS A; 4LFA K; 4CEF A; 1JLC A; 1SAZ A; 2VG6 A; 3B6P A; 2VQE K; 5TKY A; 4Q0B A; 4FWN A; 4CFA A; 2E2O A; 1RBR A; 3G0Z A; 1K73 O; 5BRH A; 2DFF A; 3UKR B; 4CZJ A; 4IO9 L; 3F9K A; 2HMI A; 1XC3 A; 3IKM A; 1HYS A; 2KW4 A; 4DTR A; 1IBL K; 3AGR A; 2XRI A; 3C6H A; 2D5R A; 4OJR A; 2DTU A; 4ISF A; 3QEV A; 4FM2 A; 2ATQ A; 3VEN A; 4DS5 A; 4Y0W A; 3D2F B; 4EZ9 A; 4DFK A; 1N8R O; 5MLC Q; 5C0Y A; 2V7Y A; 2OPQ A; 3ZEU B; 3ULE A; 3BZK A; 1QQN A; 2ZGY A; 2O8C B; 3UKR A; 1NJZ A; 3VOV A; 5HRN A; 1QQC A; 3WXL A; 3HBT A; 1J5E K; 1L3U A; 4OPJ A; 2PZS A; 4DTU A; 3H3O B; 4OPK A; 1U2V B; 4JI3 K; 3TSP A; 4DTP A; 1D5A A; 3L3V A; 2AP1 A; 4PWD A; 3O9S A; 3U9D A; 4WQ4 A; 4RW9 A; 2GEM A; 2HHT A; 3D2F A; 1YJN N; 2HBL A; 3KK3 A; 1GOB A; 1RTH A; 4FZZ A; 4BC3 A; 3ZT2 A; 4CEE A; 3O1B A; 4E7I A; 3ZT1 A; 3RMC A; 1HPZ A; 4GVE A; 4E19 A; 1XWL A; 3ZEU A; 3HOT A; 1WSH A; 4HWI A; 3ZLJ A; 2O8C A; 4IO8 A; 4Q5V A; 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