The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
|
structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
26
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| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N33 K; 4DR2 K; 4B3S K; 4DV0 K; 1IBM K; 1I94 K; 1HNZ K; 4JI0 K; 1J5E K; 4KHP K; 4DUY K; 4JV5 K; 4JI5 K; 1XNR K; 2UXB K; 4DV6 K; 2VQF K; 1HR0 K; 3J80 O; 4LF5 K; 2E5L K; 1IBK K; 3T1H K; 5LL6 Z; 4X64 K; 2ZM6 K; 1N34 K; 4YY3 K; 4JI7 K; 1XNQ K; 4JI1 K; 4LF4 K; 4JI8 K; 4DR6 K; 4NXN K; 5LMN K; 4DR3 K; 4CVN E; 3J7A P; 5A2Q O; 4DV1 K; 4NXM K; 4AQY K; 2VQE K; 5FLX O; 1HNX K; 4LF8 K; 4JI3 K; 2HHH K; 4JYA K; 4DR1 K; 4B3R K; 4DV3 K; 2UXD K; 4LFC K; 4JI2 K; 5BR8 K; 4V19 S; 5IWA K; 4DR5 K; 2UXC K; 4OX9 K; 1XMO K; 4GKK K; 4DV5 K; 1N32 K; 4CW7 B; 3OTO K; 4DR4 K; 2F4V K; 4LF6 K; 2UU9 K; 2UUC K; 4K0K K; 5AJ3 K; 4DV7 K; 1IBL K; 3T1Y K; 4DR7 K; 4B3T K; 4YHH K; 4X65 K; 4X66 K; 4B3M K; 2UUB K; 1FJG K; 4X62 K; 1HNW K; 1N36 K; 4JI4 K; 4LF7 K; 4LFA K; 3J7Y P; 1XMQ K; 4LFB K; 4LF9 K; 5IT9 O; 2UUA K; 3JAM O; 4GKJ K; 4JI6 K; 4DV2 K; 4DV4 K; 3J81 O; 5LMU K; 4DUZ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IH7 A; 3H1Q A; 2B5J A; 2ZQB A; 1KLN A; 4PKH A; 3AAQ A; 5EX5 A; 4GV9 A; 4I7F A; 1EET A; 1NK4 A; 1I94 K; 3VQB A; 1U48 A; 1TUU A; 4YOW A; 4MDA A; 3DRS A; 3L2Q A; 3A5O C; 2E6M A; 3M5R A; 3WXK A; 4JEP A; 1HUX A; 5F1X A; 4PWD A; 2W41 A; 1QZ5 A; 3J8A A; 3VA0 A; 1N34 K; 4DFK A; 3QER A; 4LF4 K; 4XH5 A; 1NGE A; 1JLE A; 2NNW A; 3K2P A; 4CZL A; 2R7Y A; 5LMN K; 1A5X A; 2ZGY A; 2WOM A; 2P9P A; 2Q0U A; 1TKZ A; 3CPW M; 3VGM A; 3DWL A; 5FPM A; 3L4I A; 2JLE A; 1NGI A; 1WSH A; 3AO4 A; 1C0G A; 4ELV A; 2DY4 A; 1NGJ A; 1Q7Y O; 4LD0 A; 4FLY A; 2Q3S A; 2E2Q A; 3CD6 N; 3T1A A; 5BN8 A; 4H4M A; 3TAN A; 1WSF A; 2HBJ A; 2IIR A; 4BG8 A; 3I33 A; 4AHC A; 3MCA B; 3SBG A; 2O8F B; 4DFM A; 1VSJ A; 4DU4 A; 1ZBF A; 1KAX A; 3KLH A; 1CZA N; 3P4I A; 1Q86 O; 1QS4 A; 4H8K A; 4M3T A; 4BRQ A; 3SQ0 A; 3TI0 A; 2P5O A; 3KKR A; 4M3Y A; 2QI2 A; 2Q2R A; 4I2P A; 1S1V A; 3KK1 A; 1VQM N; 2A3Z A; 4KTW A; 1E4G T; 4KRE A; 1X9W A; 1ZYQ A; 4BRL A; 1NWK A; 3FFI A; 4LF7 K; 4CI6 A; 3NH0 A; 4ISE A; 5HRS A; 3CCL N; 3CJ1 A; 1JCE A; 4H5V A; 4HUF A; 4FZX C; 3ATV A; 1W0H A; 4CJV A; 3DM2 A; 1FKO A; 4FJJ A; 4O4G A; 2PZS A; 1HKC A; 1X1P A; 1A5V A; 1C1A A; 1X9J A; 4KV8 A; 4DF4 A; 1QVF M; 2XY7 A; 1HJR A; 1YUW A; 3KLF A; 1XI1 A; 1RCH A; 4IFE A; 1S5J A; 4DV0 K; 4B3S K; 4KB1 A; 3OBY A; 3PIO L; 3DXM A; 3R8E A; 2HF3 A; 2NRW A; 5M1O A; 1U6Z A; 1YVU A; 3CC4 N; 2I7N A; 3MXI A; 1W7A A; 3AVB A; 1VQP N; 3AVL A; 3O9S A; 3L4Q A; 5AQI A; 4DS4 A; 4HCC A; 3HI0 A; 2BGG A; 3WT0 A; 4GW6 A; 4DHY A; 1UOC A; 3UE5 A; 1HMV A; 4WQ5 A; 3AVG A; 3MWT A; 3CCV N; 4BR7 A; 4X64 K; 5FDL A; 1YHQ N; 1MU2 A; 1RT5 A; 3HOS A; 4E7H A; 1W97 L; 4C8N A; 4M3W A; 4B9T A; 3MWP A; 1VK0 A; 4DR3 K; 5TKY A; 2KKZ A; 3QIC A; 1IG8 A; 4CGH A; 4CIF A; 5DMR A; 1RTH A; 3FZF A; 1GOB A; 2P9N A; 4FYD A; 2YHX A; 4JKB A; 4H4O A; 3E01 A; 1JLA A; 4BRN A; 4CJL A; 2W42 A; 4FWS A; 1SKS A; 4YOR A; 4BDP A; 3EN9 A; 4YFU A; 3T3F A; 3P38 A; 4FK2 A; 2EWS A; 2JGU A; 3O80 A; 3P31 A; 4YDU A; 3SAG A; 3K5O A; 4W5R A; 4AHT A; 4IJA A; 4A61 A; 1ZC6 A; 1IO2 A; 3CXC M; 4DV5 K; 1RDB A; 4QS7 A; 3ZEU B; 3ZT2 A; 3HPH A; 2OYQ A; 1VQN N; 5JVH L; 4KTQ A; 3LPT A; 3V4I A; 1C0T A; 1UWB A; 3WXM B; 3SAH A; 3JSM A; 1BIU A; 3TAM A; 3QIN A; 2F7T A; 3CJB A; 3DJC A; 4CJP A; 4YOT A; 2A41 A; 4F9O A; 4MO4 A; 1BUP A; 4BRK A; 3QFU A; 5ADX A; 4DTX A; 3G4S N; 4HVJ A; 3FLC O; 3EKS A; 2HBL A; 3T19 A; 4LFB K; 2WTU A; 1JLG A; 1KAZ A; 3UB5 A; 3RWU A; 3NH1 A; 5CE3 A; 3SQ1 A; 1KVA A; 4CJ3 A; 3V9U A; 4CBW A; 1N33 K; 1V4S A; 3PO4 A; 4ID1 A; 4WYB A; 3AO3 A; 3I0S A; 3KZB A; 5DM7 L; 4NLB A; 5BRE A; 4A5B A; 4HHT A; 4KRF A; 5AQX A; 4AF1 A; 4L3Q A; 4CBU A; 1SS6 A; 3SUP A; 2X6S A; 2D0P A; 4FWO A; 2A40 A; 4DTJ A; 3LAL A; 1CLQ A; 3N4Q A; 3D2F B; 5JS1 A; 1YT3 A; 3WNH A; 4CJ5 A; 1RT3 A; 4K42 A; 2CGJ A; 3WXL A; 1DLO A; 2J4R A; 3PIP L; 4CZM A; 3RMB A; 2KW4 A; 3RR8 A; 1NMN A; 3DLE A; 4CZF A; 3OYJ A; 1HX1 A; 5DM6 L; 2E1Y A; 3E1Y A; 2NZT A; 2HHS A; 4DCH A; 3G25 A; 4E19 A; 2X78 A; 3SZ2 A; 2ZGZ A; 1TAU A; 3E66 A; 4DSJ A; 4B3O A; 3MX5 A; 3IUC A; 3CCU N; 3WNG A; 2RE2 A; 4K8Z A; 3IKM A; 1VSL A; 3O9T A; 2P9P B; 3VQD A; 1JLF A; 3HM8 A; 3BF1 A; 5AQS A; 2FBV A; 4BR0 A; 3CCE N; 3ALY A; 5KQD A; 4E7I A; 3R3L A; 4DV3 K; 3O3F A; 3RVC A; 3AA4 A; 3NE6 A; 4WE1 A; 1K9M O; 3SYZ A; 4OO1 J; 5GIP A; 5CYQ A; 5FRO A; 3KIO A; 2GEM A; 1IG9 A; 4CFD A; 3AY9 A; 1NK0 A; 4HCB A; 2FXU A; 1RTJ A; 3A5M C; 4CF8 A; 3CHW A; 3VPZ A; 3VQP A; 3WEE A; 4FCY A; 2XY6 A; 3HBT A; 3NF6 A; 4DR7 K; 4B3T K; 2CGK A; 1TKT A; 3VMF B; 3WQT A; 1TK8 A; 1YIT N; 4CF1 A; 1HNW K; 3MXM A; 5BPL A; 1U04 A; 1ATN A; 3OW2 M; 1DGK N; 2Q0R A; 4HUE A; 2D4W A; 4R5P A; 1GLC G; 4CHP A; 2WON A; 2P9I A; 1NJZ A; 3U3Y A; 4LF9 K; 4CD1 A; 4A2B A; 4ILJ A; 3K57 A; 3SNN A; 2HHV A; 4A57 A; 3MMV A; 1T03 A; 5HP1 A; 4GKJ K; 3KWI A; 3ENB A; 4RW7 A; 4L8R B; 5SWM A; 4JN4 A; 4JLH A; 1G15 A; 4FL9 A; 1EQY A; 1VSH A; 3CG7 A; 3LL3 A; 1WAJ A; 2VGM A; 1IKX A; 4OLB A; 4FOE A; 1IKY A; 2FSN A; 4CEO A; 1SQK A; 3QBW A; 3S41 A; 3H08 A; 3KJV A; 3OYM A; 1UA0 A; 3AA5 X; 5J1E A; 4DKW A; 4NO7 A; 3VEY A; 2VWJ A; 4DV6 K; 3DXM B; 5D3G A; 3QIO A; 3K5N A; 3AA2 A; 1TGO A; 2E5L K; 4XEI A; 4CE9 A; 1KFS A; 1O1W A; 4CZI A; 4CEE A; 2HBK A; 4IFY A; 1Z05 A; 3VF2 A; 3VET A; 1QTM A; 4CJT A; 2FBX A; 1JLB A; 3VF4 A; 3C0B A; 1QQO A; 4KBO A; 4J8F A; 3CQ8 A; 3LDS A; 2V7Z A; 3RSE A; 3I55 N; 1ILY A; 4RCH A; 2CH6 A; 4E1J A; 3WQU A; 2CH5 A; 4MFB A; 4DV1 K; 3ENH A; 3V1O A; 3MEE A; 3QML A; 4NYN A; 1FW6 A; 4CFA A; 2WUS A; 4QAG A; 4Y1C A; 2P9N B; 3EE9 A; 1WLJ A; 2X6N A; 3QEX A; 4RG8 A; 3K5L A; 5EXW A; 4GVE A; 2FSK A; 3SV4 A; 2XRI A; 4OX9 K; 5C42 A; 3U3G A; 3MN7 A; 3NGY A; 4ILH A; 4AHU A; 2QWO A; 2GUI A; 2P9K A; 2D0C A; 4E1M A; 1NJY A; 1LW2 A; 4DV7 K; 2VWB A; 3QO9 A; 2NUB A; 3ZT4 A; 3OYF A; 1K73 O; 2VYP A; 3AVM A; 3EL2 A; 2O8D A; 1SAZ A; 2VG7 A; 1IV0 A; 4EAH D; 3CFR A; 4LFA K; 3V1R A; 4EP4 A; 5FPE A; 3KLI A; 4CEZ A; 4W5Q A; 4H0Y B; 3IAY A; 1G99 A; 4CK2 A; 4O0J A; 3VEO A; 1SKW A; 4H0P A; 3DLB A; 3IDH A; 1R0A A; 2CGL A; 4JRQ A; 3R1X A; 1WSE A; 1RBR A; 4CJ7 A; 4CZK A; 2HB5 A; 3GDQ A; 4JRP A; 1Q81 O; 3G71 N; 3QNO A; 3THY A; 3AO5 A; 1HNZ K; 4XH1 A; 2YJE A; 4RW9 A; 3OS0 A; 4FLT A; 3FE1 A; 2PYL A; 3ASM A; 4O8U A; 1GLB G; 4OPA A; 2E1Z A; 3QNN A; 3BP8 A; 5EU7 A; 3ISN C; 1RT4 A; 4LF5 K; 5C2D A; 4GNI A; 3GL1 A; 4DQ8 A; 1IBK K; 2NLX A; 3IFR A; 4FM1 A; 3R6M A; 2GV9 A; 1S22 A; 1VQ5 N; 4IOA L; 4WFA L; 3VA3 A; 4OGC A; 1RT7 A; 3VF6 A; 4DSE A; 4BVO A; 4RW4 A; 1H1V A; 2QM1 A; 3M8R A; 3PV8 A; 1M90 O; 4ZHR A; 4KKO A; 4DQR A; 1B9D A; 4EFH A; 4DSL A; 5AQT A; 5JLF A; 2XHB A; 4B1U B; 1FK9 A; 1HRH A; 5CZ2 A; 2HBM A; 4CJF A; 1KFD A; 4FJX A; 3F9M A; 3ZSY A; 4BC5 A; 1NGF A; 2BTF A; 4DTP A; 1B92 A; 4DR1 K; 3PX0 A; 4W5T A; 1QQM A; 4V19 S; 4FWN A; 4DSI A; 4QS9 A; 3D7E O; 4O8K A; 2HNZ A; 3OVN A; 1CXQ A; 4FM0 A; 1NGH A; 5AZJ A; 4IG3 A; 2KLA A; 4K0K K; 4ISF A; 4EHU A; 4IBN A; 2Y1J A; 1RDW X; 4H0O A; 4X65 K; 2QWL A; 4M7X A; 4AM7 A; 3P39 A; 4CZG A; 4KHN A; 2QWR A; 4FWL A; 4JK8 A; 4KTZ A; 3TU5 A; 3ITH A; 1WBD A; 4BRH A; 1XHZ A; 4BRG A; 2XY5 A; 2QWM A; 3IRX A; 1OH8 A; 5AQM A; 5AQG A; 1RTD A; 3QEI A; 3M6G A; 1BI4 B; 2UUA K; 3UKR A; 2E2P A; 4DS5 A; 2P9I B; 5LMU K; 4KH6 A; 3THW A; 4H0V B; 3GG4 A; 1VAZ A; 4DFP A; 3SV3 A; 3SJJ A; 3F9K A; 4H03 B; 4OPH A; 3KHY A; 3CJ9 A; 1KD1 O; 3SPZ A; 4IEI A; 1L3S A; 4F4K A; 3AVC A; 4C8O A; 2DFH A; 5AQZ A; 2P51 A; 2OPP A; 1GOA A; 3TAB A; 3HT3 A; 3AO2 A; 3KLG A; 3T1H K; 1VQ9 N; 4PKG A; 4CFC A; 4KAZ A; 3PX6 A; 1XUP O; 4JKF A; 2RF2 A; 3HP6 A; 1ITG A; 2NRH A; 3V81 A; 2QW9 A; 1ZBH A; 3GE1 A; 1KRP A; 4B9Q A; 4CJE A; 1T6C A; 4H0T B; 1L3T A; 4F2S A; 2P9U A; 1WSG A; 3CER A; 3ZX2 A; 1BGX T; 1WN7 A; 3FZM A; 2VQE K; 2E6L A; 3O3H A; 5LJW A; 3QFP A; 3RSE B; 3L2R A; 1NGD A; 2GX9 A; 2HHH K; 3EZW A; 1WSI A; 1OKJ A; 3O08 A; 4CZJ A; 3TPQ A; 4JAX A; 3SQ4 A; 1L3U A; 1JL2 A; 4YOY A; 1SUQ A; 2HHX A; 2FBT A; 1E4F T; 3NVM A; 3SUQ A; 1QHA A; 2NRV A; 3SUN A; 3I8B A; 4JKA A; 1N32 K; 3CI5 A; 3VN5 A; 1VQ8 N; 2GUP A; 3RMA A; 5BRF A; 1S1W A; 4FJL A; 1D9D A; 2D1K A; 2RKI A; 4YHH K; 1ASU A; 2P9S A; 4PA1 A; 3OS2 A; 2BE2 A; 2P9K B; 3SJH A; 3MCP A; 4FLU A; 1KQS M; 3SMS A; 2GTD A; 1YTU A; 3ZLJ A; 1LWF A; 1U45 A; 4BAC A; 4G9Z A; 3VQ6 A; 4CK3 A; 4JKE A; 2O8D B; 3K9K A; 4CJK A; 3F73 A; 4PY5 A; 1GLF O; 4KHW A; 1TVR A; 4CCH A; 2QKB A; 1BO5 O; 4MLE A; 4A62 A; 5E26 A; 2ATQ A; 4M45 A; 2G8V A; 2YX6 A; 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4Q0B A; 1ASW A; 5BRD A; 2NRR A; 3OYN A; 4DQQ A; 3VQ7 A; 4A59 A; 3LZJ A; 2OZM A; 1DT9 A; 4KFB A; 4B1X B; 3L2U A; 4CJU A; 1NM1 A; 3NF9 A; 3UKR B; 3VEX A; 3IS9 A; 3ZET A; 2IVP A; 4YNQ A; 2PYJ A; 1XNR K; 1S6Q A; 3THW B; 4UQG A; 1HKB A; 3FZK A; 5I9E B; 4B1Z A; 3VEW A; 1Q8I A; 3KD1 E; 3DRP A; 3FGU A; 1ZBS A; 4JHD B; 2ZM6 K; 2YKM A; 4Y0W A; 3VER A; 3CME N; 4KHU A; 4JS4 A; 3QET A; 3G0Z A; 1J5O A; 3OJU A; 4BC2 A; 1T8E A; 1Y64 A; 4BG9 A; 3J7A P; 5A2Q O; 5AQW A; 2A1S A; 3D2E A; 5FRN A; 4GV6 A; 3LP2 A; 5GAH P; 5AQL A; 2P9U B; 3WXI A; 1XC3 A; 4AM6 A; 1WBB A; 1EP4 A; 1QSY A; 2DTU A; 2W6L A; 1JLC A; 3BUZ B; 1EO1 A; 1VSI A; 1HPM A; 1RNH A; 2UXC K; 3IG1 A; 1TKD A; 1Q9Y A; 2VWK A; 4HTU A; 4EP5 A; 4DU3 A; 4Q5V A; 3E9O A; 1MWK A; 3MXJ A; 3ZT1 A; 1YIJ N; 4ELT A; 4FWK A; 1RBT A; 4AHR A; 3V1Q A; 4F3T A; 3VOV A; 5KPT A; 3VQ9 A; 4CED A; 1K8A O; 5J2N A; 1C1B A; 2B4J A; 3VQE A; 1FJG K; 3OYE A; 4X62 K; 3S3M A; 4XIU A; 3AVA A; 1BOT O; 4FK4 A; 3SI6 A; 4KHS A; 3O9R A; 2X74 A; 4DG1 A; 1WAF A; 3QEW A; 3WUH A; 1BHL A; 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