4LH4A

Dual inhibition of hiv-1 replication by integrase-ledgf allosteric inhibitors is predominant at post-integration stage during virus production rather than at integration
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
152
structure length
129
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Dual inhibition of HIV-1 replication by integrase-LEDGF allosteric inhibitors is predominant at the post-integration stage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 43
structure length 129
sequence length 152
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4lh4A00
4FJMA 3MAQA 3SV3A 5FROA 1TK8A 3VQ9A 2XY5A 4FJIA 1CZ9A 1KFDA 1KTQA 1JLCA 1S5JA 3DOKA 2E6LA 1TAUA 1WAJA 3AVAA 4G1QA 3ZT3A 1VSIA 1W9HA 1JLBA 3C6TA 4O55A 5E41A 4KRFA 3M8PA 1LW2A 3ZSRA 4Z4EA 4KB1A 4DFPA 1IO2A 3AVBA 4FXDA 3TABA 3MXIA 3T1AA 1HYZA 3NGYA 3SQ4A 1LAWA 3EYZA 4CCHA 3P1GA 4CJEA 4CK1A 3BDPA 3OYCA 4FM1A 4EZ6A 4CEBA 2RKIA 2VG5A 4M45A 3I8DA 1L3SA 4C8LA 3HVRA 4BDYA 4KI6A 1W0HA 1VSLA 5HBMA 4MFBA 4LD0A 1UA0A 3AO1A 1TKTA 2W42A 3O3FA 1UAXA 4PWDA 4FYDA 4DFKA 3AO5A 4E7LA 1T8EA 5FRMA 2Z1HA 4CGHA 1SL2A 1QS4A 3M8QA 1HYSA 2X6NA 1LAVA 3HVTA 3MXJA 2EHGA 4CERA 4CHYA 4HCBA 3LP0A 2HHXA 1UWBA 4J2EA 4PQUA 1SL0A 3SV4A 1ZYQA 4EZ9A 4FJLA 3C6UA 1BL3A 2YKMA 3NGZA 1NK0A 1RTDA 4FJHA 3T19A 4IBNA 5KI6A 3QIPA 1HJRA 2ETJA 2OPQA 3ZSXA 4CFAA 3V6DA 3RRHA 4UQGA 2A1SA 4KB0A 3MEEA 1XWLA 1VRTA 4OLAA 2XY7A 3NDKA 1L3UA 1RT4A 1JLQA 3VQAA 3WNEA 1WNSA 4BWMA 3DLGA 4W5RA 4XIUA 4CF9A 2I5JA 3DRSA 3S3MA 1U45A 1S1TA 2VWKA 3AA5X 1TVRA 1I39A 3KLFA 4OVLA 2P5OA 1ZBFA 4FW1A 3S3NA 1NK8A 4CHQA 5SWMA 3DLKA 2Y1JA 3PY8A 4CESA 4DMNA 3U6FA 4QOZB 4E19A 2R7YA 1FXXA 1SUQA 4FCYA 4CF0A 3LWLA 1XHZA 3G10A 1X1PA 1RBVA 3LPUA 1DLOA 2DFEA 1IG9A 1S1VA 1TGOA 2GBZA 2LSNA 3OJUA 3TAFA 4DSLA 4DQPA 2KZMA 3LALA 4OKEA 4J2DA 4QCLA 4CHZA 4KV8A 2E4LA 2P51A 3KIOA 3OYBA 4BE2A 4DU1A 1A5WA 4CEEA 4FLWA 4CK3A 4CHOA 1HYVA 3OYAA 1Q8IA 4FJNA 1VSJA 3TAPA 4DTPA 1NOZA 1KLNA 3I0SA 2QKBA 1ZBUA 3P83D 1XC9A 1XHXA 3ZSYA 1U4BA 2FBTA 2FC0A 3B6OA 1B9DA 4NYNA 3NE6A 2OA8A 2HVHA 1FKPA 3WNGA 4AHVA 4M3YA 5JS1A 4YFUA 3AO4A 3K2PA 4RW7A 3C94A 3RMCA 4AHUA 3OYIA 4DLEA 3AVMA 4CJLA 3VQ4A 3JYTA 3AVJA 2D0CA 4GVMA 3MXMA 3OYEA 4CIGA 3SUPA 1HNIA 3NF6A 1BI4A 1IH7A 2RPIA 4DF8A 4CJRA 3AA4A 1VSDA 4M41A 3P5JA 1WSEA 3SUOA 1NK7A 1KSPA 3WNHA 3L2VA 4CJPA 3OYMA 3V1QA 1S6PA 3AO2A 4N41A 3K5NA 4DTXA 3RMDA 2WOMA 3DOLA 4AH9A 1LV5A 4B9SA 4L8RB 3I0RA 1DTQA 1YVUA 4CEFA 3NH1A 2PZSA 4JLHA 1RDDA 4FK4A 4OKKA 1D8YA 1S1UA 1TAQA 3ASMA 3PX0A 2OYQA 1NK4A 5T7BA 4I2QA 2BANA 4CJSA 3MEDA 4DQIA 4M3ZA 4Z4CA 1X9MA 2DTUA 1U49A 1T7PA 4IFVA 1BCMA 3E01A 3VQ6A 4CJWA 3SZ2A 3F73A 4FZYA 3NBPA 1C6VA 4H4MA 5C25A 2HNZA 4DSFA 1TK0A 1NKBA 5J1EA 3DLBA 3KLHA 4ZTFA 3DRPA 4DS5A 4I9QA 4NCAA 4HHTA 4E3SA 5FDLA 3KD5E 2EX3A 1ITGA 3L2UA 4FVMA 2VG7A 3QERA 1QSYA 1L3VA 4B3OA 5C24A 4CEZA 4M3XA 5EU7A 2HHUA 4Z4HA 2QK9A 4PY5A 4CJ5A 4CEAA 3ZSWA 3LP2A 3SJJA 1BCOA 2HHWA 4I7FA 4FK0A 4QAGA 3U3YA 4J2AA 2E6MA 5KGWA 2ZE2A 3OYJA 4RG8A 4DSIA 1NK5A 4I9LA 4FZXC 1D9FA 1DTTA 3SPYA 4LH4A 4B9MA 3DLEA 1O1WA 1RDBA 3HT3A 2XY6A 4FJ7A 4W5OA 2YHAA 1QE1A 3RR7A 2GV9A 3IRXA 3HM9A 2KTQA 2AJQA 3PV8A 3DM2A 2A1RA 1I3AA 1CLQA 4DLGA 4NYFA 3H08A 1RNHA 3NF7A 4DSEA 1MU2A 3PX6A 1RT3A 4B08A 3HJFA 1KLMA 1RILA 4DFJA 3RMAA 1L3TA 1FKOA 2XRIA 4EP4A 3SQ0A 4KI4A 3CM6A 4OGEA 5SZTA 2IC3A 3RR8A 2F8TA 3AO3A 5I3UA 3CM5A 1ZBHA 4FM0A 5C42A 2PY5A 3C95A 4CJUA 4DG1A 1SV5A 4M42A 3QETA 2F96A 2HHSA 3OY9A 3D0PA 4LH5A 1Z26A 3QINA 4KKOA 4TSXA 3ZT2A 4DTOA 3ZSVA 3RMBA 1D9DA 3K57A 4BE1A 3HP6A 4FLVA 2O4IA 3QEWA 4BACA 4CF8A 3HSTB 3KTQA 3NFAA 1KRPA 3ISNC 1RT6A 1RT5A 3OYFA 1ZBLA 4OJRA 1TL3A 1SL1A 3O4QA 4CJQA 4C8OA 4PUOA 1C0UA 1VSMA 4ICLA 2NUBA 1VSKA 3CFOA 3TAEA 2FBVA 2FBXA 5CY4A 3LPTA 4KO0A 3SNNA 4ELTA 3AV9A 4ELVA 4CHPA 3TWHA 3VN5A 4DQSA 4CGJA 2YNHA 3QESA 3TAMA 2P1JA 5HROA 4M3UA 1KVCA 3QNNA 1TKZA 4H8KA 3KK2A 3EY1A 4E7HA 4BE0A 4DTSA 2G8VA 4OPKA 4KHYA 1S1XA 3DI6A 4FJKA 1NK6A 2VG6A 1IKVA 3HYFA 4ZHRA 4FZZA 3V9ZA 3SUNA 3LZJA 1RCHA 3NF8A 4FLXA 4M3WA 4CJ3A 3HPGA 2B5JA 3ZSQA 3VQQA 3NH0A 5K14A 5KGXA 3CQ8A 4HTUA 4B9TA 5I42A 3NCIA 1FK9A 4CGDA 3A2FA 1HMVA 1BQMA 3DYAA 3HK2A 1IKXA 4CEDA 3ZSOA 2YNGA 2DFFA 3NF9A 2B4JA 4JRPA 3IG1A 3ZT0A 3JSMA 1CZBA 1D5AA 1RT7A 4CF2A 4HUEA 4DSJA 5J2MA 3S3OA 3RTVA 5HRRA 3KKRA 5HP1A 1KCFA 3ZCMA 4C8NA 4J2BA 1G15A 4DFMA 1KFSA 3RRGA 3HO1A 4K8ZA 4ID1A 1BQNA 3THVA 1C0TA 3V9SA 4DU4A 2KZZA 2DFHA 2YNFA 3S9HA 2ITGA 1T03A 4KPYA 1U48A 2O4GA 5CZ1A 3DRRA 3ZT4A 3HPOA 3OYLA 1RBUA 4N47A 1NKEA 1QSSA 4E0DA 4M3TA 3QEPA 4MQ3A 4GW6A 4K8XA 2G8KA 5DK5A 3AA2A 1A5VA 1C1CA 1S9GA 3HL8A 4RW8A 1TKXA 1SKSA 3DLRA 3LAKA 5JS2A 2HW3A 1CXUA 3LP3A 3U3GA 1UOCA 1EXQA 2XHBA 2G8FA 3L8BA 1QQCA 2YKNA 3CYMA 3KK1A 4CF1A 1NKCA 1QTMA 3OYHA 2Y1IA 1TK5A 4B8CA 2IGIA 2D5RA 3AA3A 5HRNA 4CIFA 4HUGA 4Y1DA 1Y97A 2IDOA 4CJKA 2OZMA 1VK0A 2BGGA 2DY4A 1IKWA 3AVCA 1NJZA 3FFIA 4IDKA 3CFRA 2HHQA 3K5MA 3V9XA 4FJ5A 4CECA 3VQ5A 1BIUA 1YT3A 2HNDA 3OJSA 2F8SA 4DU3A 4CEQA 4DTNA 3LWMA 3OS0A 3ULDA 4KHNA 2HHTA 2XY8A 1J53A 1WAFA 3WNFA 5KRTA 1WLJA 4ID5A 1HRHA 1VRUA 3EZ5A 5HLFA 2HNYA 3TARA 3PUFA 1WSGA 1B92A 4CFDA 4GMJB 1NOYA 3SI6A 2D0AA 3OYNA 5D3GA 2FBYA 1JLGA 1S1WA 3OVNA 3NH2A 2RF2A 3K58A 4W5TA 4B9VA 4B9LA 4FJ9A 4Z4GA 3SPZA 1VSEA 4NCGA 2B6AA 1NJXA 4BDZA 4CEOA 2G8UA 4OPJA 4IKFA 1RDCA 3V1RA 2BE2A 3SYZA 4DF4A 1JLEA 2IAJA 3V9UA 3V4IA 2G8IA 1EP4A 4M3RA 3D45A 3O3HA 4E7JA 3LDSA 4FJJA 3NHGA 4FLYA 3V81A 2QXFA 3QLHA 3DMJA 5HRPA 3ZT1A 2YHBA 3VQCA 5DMRA 4O0IA 1SKRA 1VSHA 2OPSA 3HP9A 2Q3SA 4CHNA 1J5OA 3MEGA 4F2RA 4B8AB 4F2SA 2Z1GA 4DQQA 4F3OA 2G8WA 3QO9A 4IG3A 4O44A 4B9UA 2P5GA 1WSJA 1LW0A 1C0MA 1EKEA 1RT1A 2IS3A 3O4NA 4HCCA 1KVAA 4NCBA 1LWFA 1RTHA 4AILC 2ATQA 3KLGA 4B9NA 4CFCA 3AVLA 3OYGA 1IKYA 2VWJA 3QEXA 5CYQA 1X9WA 4RW4A 5FRNA 4KHQA 2KFZA 2GUIA 4W5NA 4I2PA 3F9KA 4DTMA 1REVA 3O3GA 3NGIA 2YNIA 1YTAA 3SUQA 3ALYA 4F8RA 3AVHA 1RTJA 1JL2A 1VSFA 2PYJA 3VQBA 3QNOA 4E1NA 4FLTA 3VA0A 1Z25A 4AHTA 4CJ4A 4KFBA 3AVGA 4AHCA 4W5QA 1S9EA 4C8MA 3L2RA 1JKHA 3K5LA 1RBSA 1C1BA 1TKDA 3T3FA 1QSLA 1YTUA 4ZTJA 3VQ8A 3M8SA 2Z1IA 4Q5VA 1JLFA 4FJ8A 4FK2A 4E7IA 5J2QA 1L5UA 3VQPA 4DTJA 4F3TA 4FW2A 1ASUA 4YNQA 4EP5A 4E7KA 4FJXA 4WE1A 1WSIA 2HB5A 4DTRA 4Z4IA 1X9SA 1HQEA 2OPPA 3CG7A 1WSHA 3KJVA 5HRSA 4FM2A 4Q0BA 4CGGA 1BIZA 4DQRA 1WSFA 1RTIA 3LZIA 3CFPA 2HVIA 2X74A 1HPZA 1C1AA 4C8KA 3PO5A 3AVFA 3IAYA 1WN7A 2X6SA 3LAMA 4IG0A 4E89A 4OLBA 3KKSA 1JXEA 3K59A 4RW9A 5CYMA 4JRQA 3DLHA 3QIOA 4BWJA 1BHLA 1U04A 1BISA 4KHWA 4CK2A 1RBTA 3G0ZA 3M8RA 3LP1A 3MECA 4CGIA 1A5XA 3AVIA 1HQUA 4N5SA 1B9FA 1CXQA 4Z4FA 4HUFA 1Q9YA 1RT2A 4LY7A 1GOBA 3VQDA 4AHRA 1EX4A 3QEIA 4BDPA 1GOCA 2KW4A 4CFBA 4FLUA 2G8HA 3L3UA 4DTUA 3SQ1A 2BDPA 4KHUA 2Z1JA 1KVBA 2KQ2A 1SKWA 3HPHA 4FJGA 3SQ2A 3VQEA 2IOCA 3ITHA 4E1MA 4KHSA 3KD1E 4CJFA 4CJTA 3KLEA 4N76A 2HMIA 4N56A 4OGCA 4RW6A 3OS1A 1EETA 5J2PA 1F21A 4DWIA 4FLZA 2KFNA 1S6QA 3NAEA 1K6YA 3IS9A 3OYKA 3TANA 1N6QA 3L3VA 1RBRA 2ZD1A 4OKJA 1JXBA 4CIEA 5CZ2A 1TL1A 2XO7A 4DSKA 3ZSZA 4JS4A 1BGXT 3TI0A 4KTQA 2RN2A 1BI4B 3AVKA 3TR8A 2PYLA 4F4KA 1J54A 3KLIA 4O0JA 3AVNA 3B6PA 1NK9A 4Y1CA 1R0AA 4LSNA 3OS2A 3KK3A 3SCXA 1LWEA 2OPRA 4AHSA 3K5OA 3RWUA 1NJWA 4KAZA 4IFYA 4R5PA 2X78A 4JS5A 3TAQA 4ELUA 1LWCA 3V9WA 2OZSA 2ZQBA 1JLAA 4O4GA 5J2NA 3TAGA 1QHTA 4Z0UA 1NJYA 3UIQA 3L2QA 3VA3A 1J9AA 3OYDA 2JLEA 1XI1A 2JGUA 4KREA 2D0BA 5KRSA 3BGRA 3L2WA 1ASWA 1T05A 4O5BA 4CGFA 1U47A 2HHVA 4PA1A 4CE9A 1Q9XA 4CJVA 4HVJA 3QEVA 3VQ7A 1N5YA 1ASVA 3PX4A 4DS4A 2QKKA 4LSLA 5KTQA 1GOAA 2WONA 2YV0X 3V1OA 4H4OA 1RDAA 3HXMA 1TV6A 1UA1A 1JL1A 3PO4A 1HNVA 1ZBIA 3LANA 4KTZA 4KTWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJMA 4FJIA 1CZ9A 1KFDA 1KTQA 1JLCA 2ZGYA 4KRFA 4KB1A 3CCQN 1IO2A 4X62K 3T1AA 3BDPA 2CGKA 4FM1A 2RKIA 4NXNK 3I8DA 4C8LA 3TSQA 1VSLA 3O80A 4DFKA 3PSIA 4JK8A 4A2AA 1T8EA 1HLUA 2Z1HA 1HYSA 3G25A 2NLXA 3GOIA 2HHXA 2NRWA 4PQUA 1EWQA 3EKSA 4EZ9A 4BRAA 4FJLA 1GLCG 3I8BA 1M1KO 4JI6K 4XH4A 4PKHA 4CFAA 4UQGA 3SK3A 2A40A 1Z05A 3VQAA 1U45A 3CCEN 4A61A 1WBDA 4YORA 4OVLA 4BRMA 1W7AA 3NMUA 3ZETB 4DMNA 2R7YA 1SUQA 3UKUB 4CF0A 1XHZA 4O8KA 1DLOA 1TGOA 3TAFA 4DSLA 1YJ9N 4J2DA 3IUCA 4CHZA 1QVGM 4BE2A 1T44A 4JNEA 4JYAK 1HYVA 4CZHA 3TAPA 3WXKA 2UXBK 3WQTA 3CI5A 1O13A 3NE6A 4B1ZA 3R6MA 5JS1A 1VQ4N 4AHUA 1EWRA 3AVMA 3VQ4A 4CJLA 3ZEUB 3D6RA 3OYEA 3B8AX 3FR0A 1IH7A 4JAXA 4M41A 2NRHA 4BG8A 3L2VA 1S6PA 3AO2A 4N41A 4AH9A 3E9PA 3I0RA 1YVUA 4KHPK 4JLHA 2E2QA 4FK4A 4OKKA 5BN8A 1S1UA 1TAQA 3N4PA 3VENA 1NK4A 4DQIA 4M3ZA 4Z4CA 3O6WA 2DTUA 3ZYYX 1BCMA 1W2BM 3VQ6A 3NBPA 4H4MA 1NLVA 5EVZA 2HBJA 3DRPA 4NCAA 5AQZA 3M5RA 4OPAA 2EX3A 1ITGA 3L2UA 1IG8A 3QERA 1L3VA 4M3XA 4CEZA 4Z4HA 4EAHD 3AARA 4CEAA 2YX6A 1XNQK 4I7FA 3VGMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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