4LH4A

Dual inhibition of hiv-1 replication by integrase-ledgf allosteric inhibitors is predominant at post-integration stage during virus production rather than at integration
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
152
structure length
129
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Dual inhibition of HIV-1 replication by integrase-LEDGF allosteric inhibitors is predominant at the post-integration stage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 43
structure length 129
sequence length 152
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4lh4A00
3P1GA 5CYQA 4CJEA 1LWFA 3OJSA 3SPYA 1C1BA 4NYFA 4OLBA 3RTVA 2PYLA 2FBXA 1I3AA 3LP1A 4HUFA 4CHOA 1RBRA 2JLEA 3DLGA 3M8QA 4WE1A 1L5UA 1JLAA 3QEWA 2XY7A 4E1MA 3EY1A 3RMCA 1A5WA 3VQCA 3LP3A 5K14A 4W5RA 4JLHA 2KZMA 4CEFA 3AA3A 3DI6A 3I0RA 3EYZA 3VQEA 5J2NA 1S1XA 4CEEA 1TKXA 3IAYA 1RTHA 3CQ8A 3TAQA 4E1NA 1QSLA 4OVLA 1VSEA 4KKOA 1ASWA 2ATQA 3F73A 4L8RB 2ZQBA 3OYLA 1UWBA 2KFNA 4FZZA 3S9HA 2Z1JA 1TL3A 3MECA 3SQ1A 2OZSA 3QEIA 1ITGA 1HYZA 3ITHA 4K8ZA 4E89A 3DOLA 3V9ZA 3QINA 1ZBFA 2I5JA 3AVFA 3WNEA 3OYNA 3HM9A 3V1OA 4FLZA 4DTOA 4B9MA 3DLRA 4AH9A 4CGGA 3WNFA 4E7KA 4Z4GA 3U3YA 3NGZA 2HMIA 4DTNA 3VQ8A 3AVMA 2W42A 2DY4A 3ZSYA 1YTAA 4M3TA 1FKOA 4BDYA 3HJFA 1IKVA 1LV5A 2FBTA 1TKZA 5HBMA 3T3FA 4OJRA 4CHNA 4QCLA 2HW3A 1VSMA 3AA2A 4DFKA 3SQ4A 1JXBA 4FLYA 4I9LA 1S1UA 3V9XA 4DQPA 1S6PA 1W0HA 3U6FA 2YKMA 1RBTA 4CGJA 1TK0A 4DSJA 2G8UA 4M3UA 4O55A 1VSFA 4FK0A 1TV6A 4FW2A 2ITGA 1CZBA 2FBVA 2A1RA 3AVAA 4O4GA 1BCOA 3DLEA 3VQQA 4W5OA 3CFPA 3V4IA 1S1TA 3AO4A 1TAQA 4O5BA 3RMDA 3JYTA 4DQQA 4TSXA 4CJLA 3NH1A 4CK1A 1RT5A 1T8EA 1SV5A 3C6TA 2GUIA 4DQSA 3VQDA 2G8KA 1SUQA 4B9VA 3K5OA 1VSJA 3ALYA 4B9UA 3KK3A 4M3XA 4YNQA 3L2QA 3RRGA 4GW6A 1NJYA 5HRNA 4CEOA 1ZBUA 4HCBA 3SYZA 4Y1DA 2Z1HA 4FXDA 4CFBA 4M3ZA 1D5AA 1U47A 4IFVA 3OYGA 1RT4A 3CG7A 3V9SA 3AVBA 2DFFA 1NK6A 4NYNA 3VQ5A 4DTPA 3MEDA 4EP4A 3HXMA 4F2SA 2ETJA 4DS5A 1IO2A 1U04A 2YHBA 1NJWA 3LAMA 3TARA 4NCAA 1BIUA 1BQMA 3VQPA 2RF2A 1TK5A 2BGGA 2F8SA 3KD5E 3OYBA 1C0TA 1QE1A 1IG9A 2X6SA 1TKTA 4PQUA 2AJQA 1QHTA 3QIPA 1C6VA 2ZE2A 4FLUA 3O3GA 3QNOA 3M8PA 2GV9A 1KCFA 1SKWA 4LD0A 3O3HA 3TWHA 4BE0A 2BDPA 3NF8A 2BE2A 3KKRA 3DLKA 3I0SA 1JL2A 4H4MA 4CERA 5E41A 1WLJA 1JLGA 4RW4A 4FCYA 4AHSA 4KHNA 3ZT2A 3QEXA 4AHTA 1U49A 4IKFA 2HVHA 1BI4B 3LZIA 4CCHA 3IG1A 4DWIA 3RMAA 4QAGA 3DRSA 1IKXA 4JS5A 1JLCA 3OS2A 3MXIA 1U45A 5I42A 4FLXA 4KHUA 1VSDA 4Z4HA 4DSIA 1CZ9A 2OPRA 4IDKA 2RPIA 5KRTA 4DS4A 4GMJB 3QO9A 4CHYA 1LW2A 4E19A 4E7JA 3D45A 2XY6A 4LY7A 2G8VA 1S1WA 3FFIA 3HPHA 2G8FA 5HLFA 4C8NA 1C1CA 2OPQA 4ICLA 1J54A 4CEQA 4DF8A 1ZYQA 4FYDA 4OKKA 4B08A 4OKEA 4OPKA 2XHBA 1JLQA 3LAKA 3LZJA 1LWCA 3RRHA 2OPSA 4N76A 2F96A 3HVRA 4EZ6A 3QEVA 5D3GA 4CEBA 4R5PA 4H4OA 1SL1A 3B6PA 1X9MA 3NBPA 1G15A 2IOCA 4CHQA 3OYJA 4FJJA 1HQUA 1QSSA 3SUOA 1TL1A 1L3VA 1WSHA 3TAMA 4FM2A 4ZTFA 1Q9XA 4ELUA 3AO2A 4CJFA 3OYDA 3LWMA 2OPPA 2Y1JA 1NK0A 4KHQA 3AO1A 4CF1A 3AVGA 2IC3A 4CHZA 4CJKA 5SZTA 4FJMA 4LSNA 1VSHA 4Q0BA 4DTSA 3OYEA 2PZSA 2VWKA 3KTQA 2X78A 2P1JA 2OA8A 2OZMA 3KD1E 4XIUA 4FLWA 4KB1A 1WSGA 3O3FA 1FKPA 1U4BA 3IRXA 1RT3A 1LAVA 2VWJA 3C95A 5C25A 3OY9A 3OYCA 4M3YA 3V6DA 4CEDA 3PO4A 3AVLA 4DQRA 5KTQA 3SNNA 4IBNA 3DYAA 4OGEA 2DFHA 3DOKA 5DK5A 3PX6A 3NDKA 2R7YA 4DFPA 3B6OA 4I2QA 2KZZA 3HSTB 1YT3A 2G8HA 1NJZA 3VA0A 1SKSA 3ZSXA 2E6MA 1ASUA 3ZSOA 4DLEA 3SUQA 1XHZA 4FJIA 2HHUA 4DU1A 4Z4FA 2HNYA 1DTQA 5DMRA 3OS0A 4HVJA 4N47A 5C42A 4KAZA 3HPGA 4PY5A 1HJRA 1HQEA 4I7FA 4DMNA 3OYKA 2BANA 1WSJA 2B6AA 4F3TA 5CYMA 4C8MA 3AA4A 1T03A 1O1WA 1UOCA 4B9NA 2DFEA 4DU4A 4J2EA 1YTUA 3TAFA 1VRUA 3AVIA 3DMJA 4CJSA 4QOZB 3MXJA 3ZSZA 4F8RA 1WSFA 1U48A 1NJXA 3ZT3A 3ZT4A 1SL0A 4ELTA 1Q9YA 2PY5A 2EHGA 3C6UA 2LSNA 4HCCA 3K59A 1HNVA 4FJ9A 2HHWA 1EXQA 3CM5A 4I2PA 1FK9A 4CK2A 3KLFA 4UQGA 3S3NA 1FXXA 3V9WA 2F8TA 1VK0A 3MEEA 4OGCA 1D9DA 1RDCA 3G0ZA 3KKSA 4IFYA 1KRPA 3HK2A 1N5YA 1LAWA 4CFAA 3M8SA 4ELVA 3K5MA 4CF8A 2QK9A 3AA5X 2XO7A 1QS4A 4LH4A 3LALA 5J2PA 3O4NA 5CZ2A 1RDAA 4KTWA 3NCIA 3V1RA 1KLMA 1CLQA 4EZ9A 2B4JA 4YFUA 3CFOA 4DF4A 1EP4A 3SCXA 3AVNA 1JXEA 4BDZA 4CFDA 3SQ2A 1NOYA 4DTMA 3AO3A 3TANA 2HHVA 4I9QA 4ID1A 4MFBA 4AHVA 3NF7A 1IKYA 3AO5A 4CGIA 1BISA 4CJWA 3TAGA 1K6YA 1J9AA 2HHTA 1S5JA 3ZSVA 1JLFA 4M3WA 4CJRA 3KLHA 4O0JA 3SV3A 1VSKA 1B92A 5J2QA 4Z4EA 1ZBHA 1JKHA 1GOCA 3SQ0A 2G8IA 1NKEA 1VSIA 5SWMA 3KJVA 2D0CA 3L2UA 1EKEA 3VQ4A 3V81A 3AVHA 5KGWA 3DRPA 3V9UA 4KHSA 4KREA 4NCBA 1J53A 1RILA 3TR8A 4KRFA 3CYMA 4AILC 4ID5A 4KTQA 3K5NA 2Y1IA 4CEZA 4CJ4A 4OKJA 3KLEA 4CEAA 4FJKA 3MEGA 1QQCA 2XY5A 3SUPA 4DU3A 1BCMA 4M41A 3S3MA 1SL2A 3EZ5A 1JLBA 4RW6A 2JGUA 4Z0UA 4KPYA 4CFCA 2P51A 1Q8IA 3WNGA 1HMVA 2QXFA 3RR8A 4KHYA 1WAJA 3VQ7A 3RR7A 3DLHA 3ASMA 3QERA 1ZBLA 4FJLA 1WN7A 1RBUA 3SV4A 3H08A 5EU7A 3VN5A 3KLGA 4E3SA 2D0AA 4AHCA 3LDSA 3VQ6A 4FJ7A 4NCGA 3I8DA 1A5VA 4E7IA 4KI6A 2NUBA 2ZD1A 1REVA 2IS3A 2X74A 5FDLA 3NH2A 2YV0X 3ULDA 4GVMA 4ZHRA 1BGXT 4PA1A 1EETA 5HRRA 2WONA 5T7BA 3PX0A 3L2VA 3P5JA 4Q5VA 3CM6A 4G1QA 2Z1IA 4KV8A 5HRPA 4HUGA 1NK8A 3VQBA 4FZYA 1KTQA 1KFDA 1BL3A 1WAFA 3PV8A 3VA3A 4DTJA 2HVIA 4CF9A 5J1EA 3JSMA 3NE6A 2Q3SA 1NK7A 3PX4A 1QSYA 1NKCA 4B9LA 3NGYA 1BIZA 3CFRA 2HHQA 1JLEA 2VG6A 2XRIA 1ZBIA 5KGXA 4FM0A 3L3VA 1TKDA 2QKBA 2DTUA 2G8WA 4RW7A 4E0DA 3O4QA 3LWLA 4CIGA 3PY8A 3KIOA 3ZSWA 2VG5A 3OYIA 5J2MA 5HROA 3PO5A 1S6QA 4OLAA 1RT7A 1RBVA 4CE9A 4HHTA 1SKRA 4C8KA 2KTQA 2HNDA 1RTJA 1D9FA 1KSPA 2KQ2A 4RW9A 5CY4A 3ZSQA 4BACA 4CHPA 1W9HA 2WOMA 4FJGA 3A2FA 2IDOA 3LP0A 1L3TA 1KVBA 1HNIA 3V1QA 4FJNA 1I39A 4FJ8A 1HRHA 1RTDA 5FRMA 1XI1A 3HVTA 4HUEA 4FK4A 4BWJA 1B9DA 2KW4A 3AVKA 2YNIA 3VQAA 3ZCMA 1C1AA 4CK3A 4E7HA 2D0BA 4AHRA 1C0MA 1WSIA 4DFMA 4J2DA 4B8CA 3SI6A 1C0UA 4O44A 3F9KA 3T1AA 4DFJA 3TABA 5HP1A 4CJVA 1RDBA 4Y1CA 1WSEA 4MQ3A 4DLGA 2QKKA 1UAXA 1RBSA 3K2PA 4B8AB 2YNGA 1TGOA 2X6NA 1UA0A 1XC9A 2FC0A 2YHAA 4CIFA 5C24A 2A1SA 1X9WA 4KHWA 3TAEA 3RWUA 1RT6A 3HT3A 1Y97A 3G10A 4CGFA 3SUNA 4CIEA 3OJUA 3QLHA 5FRNA 2P5OA 1J5OA 3E01A 4M45A 2P5GA 3T19A 3L2WA 3BDPA 1YVUA 5CZ1A 2VG7A 4PWDA 3HL8A 4E7LA 1N6QA 3TAPA 1TAUA 5JS1A 4LH5A 4F3OA 3HO1A 3ISNC 3QETA 4F4KA 4RW8A 4M3RA 2IAJA 3K5LA 3ZSRA 4N5SA 4HTUA 1GOBA 4EP5A 2YNFA 4BWMA 3OYFA 1X1PA 4F2RA 3HYFA 1HPZA 4J2AA 1KVCA 1X9SA 4M42A 2FBYA 2E4LA 1TK8A 3QESA 1L3SA 1RNHA 3LPUA 3OVNA 3PUFA 4LSLA 1LWEA 3ZT0A 4CF0A 3KK1A 1S1VA 4FM1A 1NK4A 4CESA 3IS9A 1TVRA 1DTTA 1JL1A 3DRRA 3SZ2A 2RN2A 4FW1A 4IG3A 1L3UA 3M8RA 1IH7A 2O4IA 4DTXA 4W5TA 4B3OA 1RTIA 1A5XA 3OYHA 4JS4A 3THVA 4B9TA 1Z25A 4DQIA 4FJXA 2HHXA 2B5JA 4W5NA 3UIQA 2HB5A 3L3UA 3NF9A 1EX4A 4FLTA 1T05A 4CF2A 4Z4IA 1HYSA 1GOAA 4FLVA 5FROA 4N56A 3VQ9A 4PUOA 4CGDA 4FJHA 2KFZA 2O4GA 5KRSA 3P83D 3QNNA 1BI4A 3NF6A 2HNZA 1VSLA 4CECA 2D5RA 3HP6A 4J2BA 4CJ3A 3NFAA 1S9EA 3L2RA 1R0AA 1QTMA 3AVJA 3BGRA 4CJQA 1BHLA 4CJ5A 3MAQA 4DTUA 4K8XA 2Z1GA 3K58A 5I3UA 1RDDA 4FK2A 4KTZA 1HYVA 1NOZA 2HHSA 4FVMA 4BDPA 3MXMA 1KVAA 1CXQA 2GBZA 4C8OA 3HP9A 4KO0A 4DSEA 1KFSA 1S9GA 4BE1A 3OS1A 3DM2A 1CXUA 4Z4CA 4CGHA 5HRSA 3TI0A 4JRPA 4C8LA 1NKBA 4KI4A 4CJUA 1BQNA 1RT1A 3SPZA 1DLOA 4DSFA 4DTRA 4AHUA 1XWLA 1D8YA 4ZTJA 2XY8A 1UA1A 2YKNA 5JS2A 1NK5A 3ZT1A 4FZXC 4FJ5A 1MU2A 4JRQA 4O0IA 1IKWA 1WNSA 1ASVA 3QEPA 1F21A 4CJTA 4KB0A 4DSLA 3DLBA 3HPOA 3LPTA 4BE2A 3KLIA 1VRTA 3NAEA 1NK9A 4KFBA 3L8BA 1B9FA 4RG8A 3K57A 3RMBA 3KK2A 1Z26A 3D0PA 3QIOA 1XHXA 4IG0A 1RT2A 4DG1A 2EX3A 3C94A 4OPJA 3WNHA 2IGIA 4DSKA 4H8KA 2OYQA 3NH0A 3LP2A 5KI6A 3OYAA 4N41A 4W5QA 3LANA 3NGIA 1LW0A 2E6LA 3AVCA 3U3GA 2PYJA 4CJPA 3AV9A 2YNHA 3NHGA 3S3OA 3OYMA 2RKIA 3SJJA 4B9SA 1KLNA 1RCHA 1T7PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ATRA 5CYQA 3VEOA 4CJEA 4IO8A 1C1BA 3RTVA 1NLVA 2F7TA 3ULEB 4CHOA 4BRHA 3DLGA 3KWIA 1JLAA 2ZGZA 3GL1A 4JKFA 3EY1A 5LMUK 1OH5A 2KLAA 1BWFO 4LF7K 2KZMA 3DI6A 3P38A 2BUPA 5B8HA 1NMNA 3D2EA 3SMPA 1S1XA 3IAYA 3CQ8A 3VOVA 4L8RB 4FZZA 2Z1JA 3MECA 3QDKA 3ITHA 4FLZA 2NRHA 3WNEA 4H5RA 4AH9A 4E7KA 4DTNA 3VQ8A 5GAHP 4RWTA 4BDYA 3HM8A 4MO4A 4DQ8A 1VSMA 3AA2A 3AGKA 3SQ4A 2IIRA 3V9XA 1K8AO 1S6PA 2P9PB 3T7ZA 1RBTA 1TK0A 5JLHA 3VEVA 1TV6A 3E9LA 1CZBA 3AVAA 3WXKA 1S1TA 4JKGA 3AO4A 1NM1A 3RMDA 1BO5O 2G8KA 3VQDA 1SUQA 2A40A 4BQLA 1RFQA 3KK3A 4E1JA 1HUXA 4YNQA 3RRGA 4GW6A 1NJYA 5HRNA 3TSUA 1D5AA 1U47A 3CG7A 1NGEA 4EP4A 4F2SA 2ETJA 1IO2A 1M1KO 1QQNA 3TARA 1NJWA 2F8SA 1IG9A 4PQUA 1QHTA 5BRHA 3O3GA 3QNOA 2GV9A 3TWHA 2F9WA 4BVPA 2H3GX 2P9NB 3HBTA 4KHNA 3ZT2A 1U49A 4IKFA 4LF5K 3LZIA 4JK9A 3IG1A 3ENHA 4FPAA 4DV6K 4DWIA 3H3OB 3DRSA 4JS5A 1JLCA 3LDLA 4IDHA 4Z4HA 4DSIA 1CZ9A 1OVQA 2AP1A 4IDKA 5KRTA 4DS4A 4GMJB 3HOSA 2UYTA 1K73O 4O5FA 1LW2A 3A5OC 4E19A 4CHYA 4E7JA 1S1WA 3HPHA 3A5NC 2G8FA 5HLFA 1C1CA 4ICLA 1J54A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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