4LY7 | Genus

Total Genus 50

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	50
sequence length	153
structure length	153
Chain Sequence	MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYKQHEKTFSAGFHLTTNNRMELMAAIVALESLKQPCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAAIQRHTINWKWVKGHAGHPENERCDELARTAAESPTLEDVGYQP

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8556683606101076__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8556683606101076__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4LY7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8556683606101076__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8556683606101076","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4LY7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8556683606101076__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00729c58d5532c5c8edcc1/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00729c58d5532c5c8edcc1/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Unidentified
publication title	Thermodynamic system drift in protein evolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Ribonuclease H
total genus	50
structure length	153
sequence length	153
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-07-30

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4ly7A00

3C94A 2P5GA 1ASVA 3SPZA 2HNDA 3SUNA 4M3UA 4OLAA 3KKSA 4K8ZA 2HNZA 1NOZA 4HVJA 4RW7A 4B9UA 1TKDA 1VSIA 2EX3A 2B6AA 4E7IA 3QETA 3QERA 4E3SA 3TAMA 4C8LA 1ZYQA 3ZSWA 1RBSA 1RDCA 1RT2A 1I3AA 4KO0A 4KTZA 4CJVA 3TAQA 3S3MA 1D9FA 4M41A 4FLWA 4E1MA 1GOBA 4W5RA 4CHZA 3OYLA 3KJVA 1JLGA 4DF4A 2PYLA 1ZBHA 3CG7A 4J2EA 4FXDA 3QEWA 4KHUA 1CZBA 3NF8A 4DQQA 1VRUA 4FZXC 1O1WA 4IG0A 3NGZA 1RBRA 3VN5A 3V9UA 5I3UA 3DI6A 4CEDA 2O4IA 1UWBA 2HHUA 3MECA 2VG5A 4H8KA 3T19A 1QSYA 4KHWA 1ZBLA 1C1AA 3M8PA 1Q9XA 4DG1A 3TAFA 4FYDA 4O55A 3E01A 4FW2A 1U04A 4CFBA 3PV8A 3QEVA 4J2DA 4Z4IA 2HHXA 1TKXA 3LAMA 3MXJA 4TSXA 3FFIA 1NK6A 1C1CA 4B9MA 1UA0A 3WNHA 5KI6A 1N5YA 3AV9A 2VWKA 4CIEA 3RMDA 4AH9A 1WSHA 4B8AB 4DLGA 3NFAA 4AHUA 2P5OA 4PY5A 4NYNA 2OPSA 4CF2A 3S3NA 1J5OA 4W5QA 1ITGA 1WAJA 5JS2A 4XIUA 4BE1A 2G8HA 2HHTA 2GUIA 1VSDA 1Z25A 4FLUA 1SL0A 4KFBA 2HVIA 3ISNC 1RDDA 2ATQA 4FM2A 2BGGA 3TAGA 2IOCA 2FBYA 3OYGA 2F8SA 1TV6A 5J2QA 1BQNA 3QESA 3HJFA 2NUBA 4QAGA 4DTMA 2VG7A 2OZSA 2HNYA 3KKRA 3ZT0A 4OVLA 1NK0A 3KK3A 5J2NA 2EHGA 4I2PA 3AVHA 3VQDA 3UIQA 3TAEA 4E1NA 1Y97A 4CEZA 3LZIA 1YTUA 1RT1A 4RW9A 3TWHA 4DWIA 3G0ZA 2XY8A 1KSPA 1HYZA 1NJYA 2FBTA 1U48A 1X9SA 3LANA 3SNNA 1UAXA 4PQUA 1VK0A 3AA3A 2G8UA 3VQ8A 1EKEA 4RG8A 3QNOA 3RMAA 4RW4A 3MXIA 3JSMA 3AVNA 1TAUA 3CFRA 3BDPA 4KHSA 4NYFA 2ZD1A 3HP9A 5HBMA 2XHBA 4I9QA 3SJJA 1KFSA 1HJRA 4DSJA 1XHXA 3ZSYA 4JRQA 3U6FA 1HMVA 1ASUA 2R7YA 3LP3A 2X6SA 3DRSA 3LZJA 4E7JA 5I42A 4DTRA 4EZ9A 1YTAA 3ZT1A 5HRNA 4E7KA 1S9GA 4BWJA 2XY6A 3DLHA 1SL2A 4F8RA 1R0AA 4B3OA 4C8MA 2QKBA 3C6UA 2IC3A 4O5BA 1RT7A 3TAPA 4AHTA 3NH1A 4KV8A 3L3UA 4DQIA 4CFDA 4DF8A 3RTVA 4EP5A 4OPKA 4B9TA 4FLTA 2Z1JA 2JGUA 2VG6A 3AA2A 3V81A 2G8VA 3TI0A 4Y1DA 2HHVA 2XO7A 3VQQA 5HROA 3ASMA 4PUOA 3F9KA 4ID5A 3OVNA 5C25A 1JXEA 4C8OA 3AVCA 4CJPA 4J2BA 3U3GA 2F8TA 2QXFA 3V6DA 1EETA 4CF0A 5K14A 1JLBA 1TK5A 1JLFA 1L5UA 4N5SA 3L3VA 4FJIA 1VSEA 3MEGA 3L2QA 2RF2A 5KGXA 3ZSXA 2KZZA 3RRGA 1JLQA 1CXQA 2YV0X 1VSKA 1XC9A 4M3XA 1EXQA 3SYZA 3PY8A 4DTXA 1XI1A 2HHWA 4HHTA 4B9NA 1L3SA 3P1GA 1RDBA 3LP1A 3ZT3A 1TGOA 4LH5A 3ZSVA 4HUEA 3WNGA 3M8RA 4J2AA 4CHOA 1NJZA 3NBPA 4NCGA 3ZSRA 1ZBFA 2ZQBA 4MQ3A 3HP6A 1U47A 4EZ6A 4CEOA 1IKVA 1C0MA 4IFYA 1KLNA 1UOCA 1W9HA 4F2SA 3LP2A 4GW6A 4DTJA 1X9WA 3K5LA 3MEEA 1JKHA 1RTDA 3PUFA 3DMJA 3IAYA 3EZ5A 4W5TA 1KCFA 4LD0A 2OPRA 5FDLA 1NK5A 4CGJA 2RKIA 3B6PA 3AO2A 4CGFA 4ZHRA 3AO4A 4M42A 1KVCA 1U49A 3NH2A 5J1EA 2DFEA 2YKMA 1G15A 1D5AA 3NH0A 3LAKA 1YT3A 3OYBA 1S1VA 3DRPA 1SL1A 4Z4GA 4I7FA 3HT3A 1A5WA 4KKOA 4CEQA 4R5PA 4CEEA 3M8SA 3SUQA 4YFUA 1FXXA 1BQMA 1QS4A 2IS3A 1IG9A 4DS5A 2DFHA 1TAQA 4CK2A 3OYNA 1RBUA 1Q9YA 1T8EA 4QOZB 2G8IA 2YKNA 4CJKA 1WSIA 1ZBUA 1BCMA 3OYMA 1DLOA 4CJ3A 1RDAA 3KD5E 3O3HA 1WSEA 2P51A 1NJWA 3NAEA 4ELTA 3TANA 3K5NA 3V4IA 2PZSA 1L3VA 1RILA 1HNIA 4M3ZA 4W5OA 4BE2A 3SPYA 1HQEA 1RCHA 4K8XA 2YNIA 4ZTJA 3NHGA 3HVTA 1GOCA 3DLKA 1RBTA 2VWJA 1W0HA 4FM1A 4DTNA 4FW1A 2A1SA 1SKSA 3KK1A 3I8DA 2E6LA 4Z4CA 1S1WA 4CJLA 3OYCA 3DRRA 2YNGA 3VQEA 4O44A 4CHQA 4IFVA 3WNEA 2OA8A 2G8KA 4CK3A 3DLEA 3VQCA 3ZT2A 3L2VA 3CFPA 3VQ4A 4HTUA 1U4BA 4DQRA 1RT6A 4FJNA 1YVUA 1S5JA 1BCOA 3I0RA 4I2QA 1C0TA 4E89A 4DSEA 1S1TA 3CM6A 3S3OA 4M3WA 3K58A 3IG1A 2XY5A 4FJJA 2OZMA 3RR8A 1LAVA 5CZ2A 4F4KA 1RTIA 3OYEA 5D3GA 1HPZA 3NE6A 4HUFA 2ITGA 1S1XA 3VQ9A 4LSNA 4Z4HA 3OYKA 1J53A 4Q0BA 4DTOA 3IRXA 3QINA 3V9WA 3K2PA 4DQSA 1WLJA 2X6NA 1JL1A 3SZ2A 4DFMA 1TL3A 2BANA 4WE1A 1HNVA 4E7HA 1EP4A 3AVJA 2D5RA 4YNQA 3ALYA 4M3TA 1NK9A 4O4GA 1C6VA 5E41A 1RNHA 3AVLA 1BL3A 4B9LA 4Z0UA 4FJ8A 1LWCA 4CGDA 3SQ1A 3C95A 1NJXA 4L8RB 4IDKA 4KTWA 4CJ4A 1SV5A 5CYQA 4CGHA 3O4NA 4F2RA 3CQ8A 4O0JA 1TL1A 3DOLA 1QHTA 4NCAA 1HYSA 1RBVA 4N56A 3OYIA 3RRHA 1K6YA 3NF6A 3WNFA 1SKRA 4KREA 1TK8A 3V1QA 2DTUA 1QTMA 1VSJA 3HPGA 1UA1A 1B9DA 3HVRA 4FJXA 2HVHA 3HK2A 1REVA 4KI6A 4FJLA 4CIGA 3OS0A 2KZMA 5DK5A 1DTTA 4N41A 2HW3A 1ASWA 3HYFA 3SUOA 1KVBA 1RT4A 4B9SA 1VSMA 4DS4A 4DSKA 1CZ9A 1JL2A 4CEFA 4CERA 3IS9A 4LH4A 3SQ4A 3RMBA 3V9XA 5J2MA 5HLFA 2RPIA 3KLGA 3KD1E 3LPTA 4IG3A 3T1AA 3M8QA 4CJFA 4IBNA 4M3YA 2Z1HA 3HM9A 4CHYA 1L3TA 4JS5A 1HQUA 3VA0A 4FJGA 2D0AA 5CYMA 5DMRA 3LPUA 1CLQA 4DFPA 3EYZA 1HYVA 1T03A 3OYJA 4FM0A 1VRTA 2Q3SA 3VQPA 4KHQA 4DTSA 1BIUA 4CJ5A 3SQ2A 2ETJA 1KLMA 3LDSA 5HRSA 2W42A 3QEPA 3SQ0A 2F96A 3MEDA 4OKEA 1VSFA 1IO2A 5HRPA 3V9ZA 1MU2A 4JS4A 4DU4A 1D9DA 3K5OA 3QO9A 1FKOA 1TKZA 4HUGA 3T3FA 2KW4A 4H4MA 4FJ9A 4JLHA 1C1BA 4G1QA 2YNFA 1LW0A 3ZT4A 4CEBA 3O4QA 4FJ5A 3DLBA 5C24A 3LALA 4KAZA 3DLRA 3QEIA 1SKWA 2G8FA 3DYAA 2Y1IA 3KTQA 4FJKA 1F21A 2B4JA 1KTQA 3QIPA 4CF9A 1XWLA 4KB1A 2KFNA 3QIOA 3L8BA 3P5JA 3OYDA 1WAFA 2KQ2A 1JLEA 3PX4A 1TKTA 5KTQA 3KK2A 4KRFA 4E0DA 4CECA 4FK4A 3HL8A 3ITHA 1IH7A 2HMIA 4RW8A 1LWFA 4DFKA 1TK0A 4H4OA 4CE9A 3LP0A 3OYAA 2DY4A 1LV5A 3S9HA 1BISA 1WN7A 4Q5VA 1CXUA 5FROA 4B8CA 3QNNA 1N6QA 1L3UA 4OKJA 2IDOA 2ZE2A 4ELVA 3ZCMA 2QKKA 1WNSA 3NF9A 3HPHA 4FLXA 2JLEA 2HHSA 4OPJA 4OGEA 4LSLA 4QCLA 3OS1A 1QSLA 4EP4A 4CJQA 3HPOA 3OS2A 1RT5A 3TARA 3C6TA 3DM2A 4KHNA 2I5JA 2RN2A 3CFOA 4FCYA 5SWMA 1NK8A 4FZYA 2FC0A 3AA5X 1BIZA 4LY7A 4BDPA 4F3TA 4KTQA 3RWUA 4CGGA 4CJRA 4AILC 2B5JA 4F3OA 4O0IA 2E4LA 2Z1IA 3G10A 1SUQA 2A1RA 3KLEA 1WSGA 3L2RA 5CZ1A 4FLYA 4DFJA 3QEXA 1WSFA 3DLGA 4Y1CA 5KRSA 3HXMA 3OYFA 3U3YA 1U45A 5J2PA 1JLAA 4FVMA 4CK1A 1QE1A 4HCCA 3VQ6A 1C0UA 3VA3A 3P83D 4DU3A 4OGCA 3KLIA 3O3FA 2BE2A 2OPPA 3VQ7A 4B08A 4MFBA 3AO1A 4CEAA 4DQPA 4I9LA 3K57A 3TR8A 1BHLA 4JRPA 5SZTA 2OPQA 2YHAA 3OY9A 3NCIA 4GVMA 3THVA 1Q8IA 4FJMA 3D45A 4FLZA 3AVGA 2G8WA 1JLCA 1FKPA 3AVIA 3MAQA 1NOYA 1BI4A 3AVMA 3TABA 3F73A 3AO3A 4CGIA 3OJUA 1VSHA 3K59A 4ICLA 3RMCA 3SCXA 2PYJA 3NGYA 1J54A 3JYTA 1QSSA 1FK9A 3ZSOA 3PO5A 4CF8A 3RR7A 2XRIA 1Z26A 3V1RA 5HRRA 5KGWA 3AVKA 2PY5A 3O3GA 4KI4A 4OLBA 2Y1JA 1IKYA 4BACA 4E7LA 4KPYA 4Z4EA 4CF1A 4CHPA 2D0BA 2XY7A 1BGXT 4B9VA 1S6PA 2Z1GA 2YHBA 1JXBA 1NKBA 5HP1A 4N76A 3MXMA 3K5MA 4FZZA 3ZSZA 3AA4A 3NDKA 5EU7A 4DMNA 3SI6A 1RTHA 4AHCA 3LWMA 4NCBA 4C8KA 1NK7A 1VSLA 3ZSQA 4CJTA 4KB0A 3V9SA 3H08A 4GMJB 4RW6A 1GOAA 1A5XA 2YNHA 1TVRA 4BDZA 1LAWA 1S6QA 1NKEA 5JS1A 4HCBA 2IAJA 1B9FA 3VQAA 4DTUA 1DTQA 4OKKA 4CCHA 4DLEA 4FK2A 3V1OA 2OYQA 4FLVA 4W5NA 4CJWA 1RT3A 3HSTB 1BI4B 1RTJA 1KRPA 4AHVA 3AVFA 4BE0A 3BGRA 1ZBIA 2WONA 5KRTA 2X74A 5T7BA 3PO4A 4M45A 4FJ7A 2KFZA 3KLHA 4DU1A 1S9EA 1IKWA 2FBXA 4KHYA 2AJQA 4DTPA 4OJRA 1EX4A 2BDPA 4FJHA 1KFDA 5FRNA 1LWEA 1LW2A 2FBVA 2X78A 2KTQA 4AHSA 4ELUA 4PWDA 3L2WA 2O4GA 3HO1A 1A5VA 4CFAA 3VQBA 2D0CA 1XHZA 3EY1A 3CM5A 4CFCA 2DFFA 4N47A 1HRHA 2WOMA 1T05A 5FRMA 1J9AA 2LSNA 4C8NA 4CJEA 3ULDA 3A2FA 4IKFA 3DOKA 3I0SA 3LWLA 3AO5A 3VQ5A 3NF7A 3SV3A 5CY4A 3OYHA 4BDYA 3OJSA 3CYMA 1NKCA 1QQCA 3D0PA 4DSFA 4DSLA 4M3RA 2QK9A 5C42A 2HB5A 4BWMA 3AVBA 4Z4FA 1X1PA 2GV9A 1NK4A 4PA1A 1X9MA 4DSIA 1B92A 4CJSA 3NGIA 3SV4A 1I39A 1IKXA 1KVAA 2IGIA 3PX6A 3SUPA 1D8YA 4FK0A 4ZTFA 2E6MA 4CESA 3QLHA 4UQGA 3PX0A 4ID1A 3AVAA 1WSJA 1T7PA 4AHRA 3KIOA 3L2UA 1S1UA 3B6OA 2HHQA 4CJUA 2GBZA 4CIFA 4E19A 4CHNA 3KLFA 2P1JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4LY7A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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