4MQ3 | Genus

Total Genus 43

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	43
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	MGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNKK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__934523553314569__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__934523553314569__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4MQ3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__934523553314569__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"934523553314569","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4MQ3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__934523553314569__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Viral protein
source organism	Feline immunodeficiency virus
publication title	Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Integrase
total genus	43
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2013-09-15

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4mq3A00

1HYVA 3SV3A 2XY6A 4B9NA 5HRRA 3CFOA 4DSFA 4M3WA 1Y97A 4O0IA 1YT3A 4N5SA 3QESA 4OKJA 3CFPA 4DFMA 4CJQA 4AHUA 3NH2A 5KRSA 3V6DA 1W9HA 1TL1A 3P83D 1JKHA 4MQ3A 4CERA 3SZ2A 1GOBA 4KFBA 1SUQA 4BE1A 2YNFA 1C6VA 3F73A 1TAQA 4EP4A 4BDZA 1B9DA 1YTUA 3HPGA 3OVNA 3DRSA 3C94A 4KRFA 4FZYA 2PYLA 4ELTA 1RBVA 2IC3A 3DI6A 3AVFA 4I9LA 3SQ4A 1LW0A 1VSDA 4O5BA 4CF1A 3QEPA 2Y1IA 1SKWA 1BCOA 2D0CA 3VQ6A 3MEDA 3QERA 5E41A 4CEAA 4JRPA 4DS4A 4N47A 4DQRA 1WNSA 2JGUA 4JLHA 4NYNA 1KRPA 4QAGA 4Z0UA 4Z4GA 1TL3A 4DMNA 2G8HA 2QKBA 3QEWA 4F3TA 3M8PA 4Y1DA 1NK0A 1NOYA 3QETA 3A2FA 3OYDA 4DQIA 4AHCA 1GOCA 1S5JA 3AVMA 3V1OA 1U04A 3P5JA 4E89A 3CG7A 2YHBA 3ZSYA 1S1UA 4PQUA 2XHBA 4KTZA 3DLBA 2DY4A 1K6YA 4CFAA 3HP6A 2FBVA 4KKOA 3AVKA 3SQ2A 3LAMA 3ITHA 2OPSA 4CIEA 4LY7A 3TANA 4ICLA 4MFBA 4DU4A 1REVA 1RT4A 4FJ9A 3HK2A 5SWMA 4Z4FA 3AVAA 3T3FA 2G8IA 3OJSA 1SKSA 1FKPA 2X74A 5HP1A 4OPJA 1RBRA 4CHPA 3P1GA 3K5LA 4DTJA 4ZTFA 4DSLA 4Q0BA 2Z1IA 3OYCA 3NF9A 4OGCA 1TGOA 4HHTA 1JL1A 4CHOA 1NK9A 4FJGA 4FJKA 1JXBA 4I7FA 2KZMA 2F96A 3CQ8A 4CK1A 2BANA 1RT6A 1RTDA 4CESA 4CFCA 4CEEA 1WSEA 3TABA 3SNNA 3S3OA 1XI1A 3DLRA 1IKWA 2B4JA 1HPZA 1Z26A 3QNNA 4B9SA 4EZ6A 1C0TA 3MXJA 4DLGA 3TI0A 3CFRA 4Z4EA 4CF8A 4ZTJA 1JLAA 3HO1A 1JLEA 2YNIA 4FLXA 4DSIA 4HCCA 1RDDA 1D8YA 1S6QA 4W5RA 1WAFA 3NHGA 3SUPA 4QOZB 3PX4A 1RT5A 3LPUA 1NKBA 4J2BA 3VQ5A 3VQ9A 3NE6A 2OZSA 1WN7A 4ELVA 1VRUA 3V9WA 1L3TA 3ZT2A 3HVRA 3EZ5A 2VWKA 2E6MA 2KFZA 3OYJA 4AH9A 4CJTA 3SQ0A 1YVUA 4EP5A 5HRPA 4RW8A 4CK2A 4FJXA 4RW7A 1JL2A 1WSFA 3KLFA 3HM9A 4M45A 4KB1A 4LSNA 2Z1JA 2HNYA 1Q9YA 1C1AA 2G8FA 1XHXA 4RW4A 4HUEA 4DSKA 1NK7A 1JLCA 1QHTA 1IH7A 1YTAA 5CZ1A 4CGHA 4N56A 1UA1A 4FM0A 3TAQA 1JLQA 1VSEA 1TK5A 2OA8A 2XY7A 3I8DA 4KHNA 3ULDA 4CGDA 3AVHA 3FFIA 3KLHA 4DU3A 4B9MA 3KJVA 1VSIA 3VN5A 2KFNA 2E6LA 1NK6A 4NCAA 2F8TA 3PUFA 4DFKA 1BISA 3MAQA 2HNDA 5J2MA 3LP3A 3NGIA 1RCHA 3AO2A 4OKEA 1J53A 2FBXA 2HHUA 4E7JA 3QINA 4O4GA 4JS4A 1JLFA 5J2QA 5HLFA 4E1MA 4CGIA 2IOCA 3PO4A 3OYKA 2R7YA 4DG1A 3ZT1A 3V4IA 1DTTA 1LAVA 1LWFA 3SQ1A 4BDPA 2GBZA 4LD0A 1A5VA 1TKDA 5D3GA 2EX3A 1VSJA 4CEQA 1CXQA 2YNGA 3AVCA 3VQ4A 3SUQA 4DWIA 5JS1A 1W0HA 5KI6A 4DTPA 3SPYA 4KV8A 4FJ8A 3TAMA 1KFSA 4PWDA 1LWEA 1B9FA 1WSGA 2VG5A 1LV5A 4NCGA 4FLWA 1D9FA 3IG1A 3ZSVA 3RTVA 3KK2A 4FLVA 3L2WA 3EY1A 2ZD1A 3V81A 1KSPA 4B8AB 4YFUA 4DS5A 3VQQA 1S9EA 4CFBA 4RG8A 3OYHA 1X9WA 1TK0A 3WNFA 4UQGA 2OZMA 3ZSRA 3O3FA 5HRSA 3BDPA 4NCBA 4CGJA 3RMBA 3KKRA 3L2VA 3PX6A 4BWJA 5CZ2A 3KIOA 1GOAA 1IG9A 4FXDA 1HYSA 3SI6A 1RT7A 2BE2A 4FJMA 3QEVA 1RBSA 1Q9XA 3ASMA 3RMDA 1BIZA 3UIQA 3EYZA 2FBYA 1X1PA 4CF0A 4HVJA 4E7IA 1T8EA 4N41A 4KHQA 2KTQA 2HHVA 4GVMA 4BE0A 1T03A 2VG6A 5FDLA 1FXXA 4FJ5A 3NDKA 1T05A 3L3VA 2QKKA 4E7LA 4M3ZA 4G1QA 4CHZA 4CF9A 3KLGA 3AA3A 2OPQA 1NJXA 2EHGA 1KVCA 4FJNA 2WOMA 4CFDA 3PO5A 2BGGA 2HHTA 4Q5VA 1VSKA 3DRPA 4ZHRA 1KFDA 1RT3A 2DTUA 4E19A 3O3GA 4C8NA 5I3UA 2OPPA 5FRMA 4CK3A 4BDYA 1ZBLA 4IG3A 1S1TA 1TKZA 4CF2A 3VQDA 3VQAA 4CGGA 1IKXA 4KREA 1G15A 1KVBA 1RTHA 4KTWA 3DLHA 5C25A 4DQPA 4FVMA 1TAUA 2YKNA 3QIOA 4AHVA 1SKRA 3KLEA 4J2EA 4KI4A 3QO9A 4FM1A 4BE2A 3SPZA 4KHSA 1XC9A 1C1BA 3K57A 1Z25A 3S9HA 1WAJA 2OPRA 4B08A 1MU2A 3WNEA 3SUOA 1U47A 1VSMA 2I5JA 2LSNA 4OVLA 4CEFA 3OYLA 4FJJA 1TVRA 5HBMA 3NH0A 1J9AA 2XO7A 4LSLA 3F9KA 1RNHA 4DU1A 2VWJA 1SL0A 1WSHA 2ETJA 5DMRA 4Z4CA 4CJ4A 2HW3A 3D0PA 1RTJA 4AHSA 4DFJA 1UAXA 2Q3SA 3KK1A 3DOLA 1L3SA 3OYFA 5KRTA 2YKMA 4C8MA 2DFHA 3V1RA 2D0BA 4DFPA 3QEXA 1BI4A 3L2RA 3ZCMA 4OLAA 1DTQA 2P5GA 4W5TA 2JLEA 1NJYA 1T7PA 3AO5A 4W5OA 1XWLA 1DLOA 4TSXA 3ZSWA 4QCLA 2GV9A 3DM2A 3JYTA 3WNGA 3PY8A 1CZ9A 1EKEA 2O4GA 1A5WA 4Y1CA 2XY5A 3NGZA 3CM5A 1N5YA 4CEBA 3NF8A 1RDCA 3TWHA 3M8SA 4KI6A 5J2NA 4ELUA 2HHQA 2X6SA 4LH5A 4YNQA 1LAWA 3AV9A 5KTQA 2KQ2A 1U45A 4JRQA 4CIFA 2RN2A 4BWMA 3T1AA 3O4NA 4CJKA 4C8OA 5CYMA 4M42A 1TV6A 1QSSA 3RR8A 1QE1A 3O3HA 1J5OA 3HPOA 4FJHA 3OYGA 3VQBA 3V9XA 1RT2A 3QIPA 1RT1A 4FW2A 5DK5A 2G8KA 2IAJA 2P5OA 1QQCA 3ZSOA 4DTSA 4M3YA 1CZBA 4FLYA 3L8BA 2XRIA 3K58A 3LP2A 3S3MA 2RPIA 3S3NA 3OYBA 3V9UA 3RWUA 2B5JA 2O4IA 3LWMA 1F21A 4FLTA 5FRNA 1JXEA 1S6PA 2IS3A 3NFAA 3NGYA 3LZJA 4JS5A 4E7HA 2RF2A 2G8VA 1VSLA 2AJQA 2Y1JA 1WLJA 3HJFA 3TAPA 1WSJA 3DRRA 3NH1A 4CJEA 4AHRA 1UOCA 3L2UA 1VSHA 3ZT4A 3HT3A 3OS0A 3DYAA 4F3OA 4PA1A 4KO0A 2HHXA 1ZBFA 3TAEA 1KLMA 2ATQA 4CJ5A 3MEGA 3RMAA 1L3UA 4NYFA 3AO4A 3G10A 3H08A 4XIUA 1NOZA 4KHUA 4FW1A 3RRGA 4F4KA 4OGEA 4E7KA 4FK4A 1HJRA 3TAFA 3AVJA 3IS9A 3LAKA 2KW4A 4DF8A 3MXIA 4KHYA 4BACA 2DFEA 1BQMA 1RDAA 3G0ZA 4FLUA 4I2PA 3OYNA 4ID1A 4OLBA 3SV4A 3MEEA 5HRNA 2IGIA 3ZT3A 4H4MA 4KHWA 3KTQA 5SZTA 4KTQA 1C0MA 4CEDA 3PV8A 1HNIA 3NAEA 4HUFA 1ASVA 1NK4A 4HCBA 1EX4A 4FCYA 3AA5X 2QK9A 1HMVA 1UWBA 3O4QA 3KK3A 3SCXA 1BCMA 4H8KA 3AVBA 4J2AA 3DOKA 3JSMA 3LDSA 1NK8A 3OS1A 4B9LA 4IFYA 2YHAA 3NF6A 4LH4A 3U6FA 1NJWA 3PX0A 1TKTA 4C8LA 1S1XA 5CYQA 3K5MA 1U4BA 4CEZA 1X9MA 2D5RA 3HL8A 3D45A 2WONA 4O55A 1VK0A 3VQPA 4DTRA 1RILA 4I9QA 4Z4IA 1EP4A 3LP0A 2P51A 5CY4A 3LANA 1JLBA 3TARA 2X6NA 1C1CA 4H4OA 1ASUA 3M8RA 3K59A 4J2DA 3U3GA 3ALYA 4B3OA 3SUNA 4FZXC 1IKVA 4DTMA 2YNHA 3LWLA 2HHWA 4CE9A 4CECA 1BQNA 4CGFA 3LP1A 1ZBHA 4M3XA 1ASWA 1LWCA 3I0RA 1BHLA 4ID5A 3DLGA 1HQUA 2OYQA 3VQ7A 2B6AA 2HVHA 3VA0A 3AA2A 3OY9A 1KTQA 4CJSA 2XY8A 4IG0A 4DSEA 4DTOA 4M41A 1X9SA 2BDPA 1SV5A 1RTIA 3HYFA 4O0JA 4FZZA 4FLZA 1HNVA 4PY5A 1TKXA 3AVGA 3KLIA 2GUIA 3CM6A 4HTUA 3T19A 5J2PA 2A1RA 2Z1HA 3OJUA 2HMIA 2ZQBA 1KVAA 1VRTA 4GW6A 5J1EA 3NCIA 1J54A 3L3UA 4CJRA 3CYMA 2HVIA 1S1WA 2D0AA 1SL2A 1WSIA 3IRXA 4IDKA 3V9SA 5C42A 3ZT0A 4W5QA 3K5OA 3RMCA 3M8QA 3OYEA 2E4LA 1C0UA 3C6TA 1ZYQA 4CJUA 2PY5A 4F2RA 4CHYA 4F8RA 3C95A 1N6QA 3DLEA 3HSTB 2G8UA 2FBTA 4KPYA 1LW2A 1Q8IA 1NJZA 4CCHA 4M3TA 3K2PA 3IAYA 5K14A 5HROA 1KLNA 1HQEA 3DLKA 4I2QA 3B6PA 3OYIA 3KD1E 4EZ9A 3SJJA 3WNHA 4N76A 1ZBIA 3ZSZA 3U3YA 4HUGA 1IKYA 5KGXA 4CJVA 4FM2A 3KKSA 1BIUA 3QNOA 1EETA 4M3RA 4DSJA 2HHSA 3QEIA 1L5UA 1UA0A 1CLQA 1KCFA 3HP9A 4RW9A 3AO1A 2PYJA 1U49A 4CHQA 3HXMA 5JS2A 4CJPA 5T7BA 5KGWA 1D9DA 4DTUA 3TAGA 1ITGA 4FJLA 1RBUA 4AHTA 2Z1GA 3LALA 3VA3A 3MECA 4OPKA 4L8RB 1R0AA 3ZSXA 4F2SA 2X78A 3AVLA 1ZBUA 3ISNC 1IO2A 3NBPA 3VQ8A 3SYZA 4GMJB 2HB5A 1NKCA 3DMJA 4CEOA 4CJLA 1A5XA 4E3SA 1SL1A 4B8CA 4K8XA 3C6UA 1S1VA 3K5NA 1EXQA 3AVIA 4FJ7A 3QLHA 2ZE2A 2F8SA 1B92A 3VQEA 4E1NA 5C24A 1U48A 2P1JA 1QSLA 1TK8A 2DFFA 4IFVA 3AA4A 1BGXT 4B9VA 1L3VA 4KB0A 1BI4B 3ZSQA 1O1WA 2PZSA 4DTNA 4FK2A 4WE1A 4DLEA 2IDOA 1VSFA 3V9ZA 3AO3A 1JLGA 1FK9A 1FKOA 1QTMA 3TR8A 3OYMA 3NF7A 3E01A 4M3UA 1QSYA 4AILC 3BGRA 4W5NA 4CJ3A 1CXUA 3VQCA 4RW6A 4E0DA 2NUBA 1I3AA 2KZZA 4IKFA 2A1SA 4R5PA 4CJWA 2VG7A 1D5AA 4DQSA 4FJIA 4IBNA 3B6OA 3HPHA 4OJRA 3MXMA 4C8KA 4K8ZA 1XHZA 1S9GA 2RKIA 1RDBA 3AVNA 4OKKA 3KD5E 1I39A 1RBTA 3RRHA 2G8WA 4FK0A 3I0SA 4CJFA 1HYZA 2FC0A 3OYAA 4DTXA 1HRHA 4Z4HA 4B9UA 4FYDA 4KAZA 3RR7A 4CHNA 4PUOA 2ITGA 2QXFA 5I42A 3LZIA 4CIGA 5FROA 5EU7A 3V1QA 4DF4A 4B9TA 3THVA 4DQQA 3OS2A 1NK5A 1QS4A 2HNZA 3L2QA 1BL3A 2YV0X 4O44A 2W42A 3LPTA 3HVTA 1NKEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HYV A;  3SV3 A;  3DAW A;  3QES A;  4AHU A;  3V6D A;  1W9H A;  1HUX A;  1JKH A;  1TAQ A;  4XH5 A;  4BDZ A;  4LF6 K;  1YTU A;  2HF4 A;  1RBV A;  3A5L C;  2D0C A;  3VQ6 A;  3MED A;  3E1Y A;  5E41 A;  1K8A O;  4WYB A;  4DS4 A;  4JLH A;  2QWR A;  1QHA A;  3FGU A;  2QKB A;  2QWQ A;  2AP1 A;  1NOY A;  3VTH A;  1LOT B;  3VF4 A;  3T1Y K;  4DQI A;  1GOC A;  1S5J A;  4GV9 A;  3V1O A;  1U04 A;  3ZLJ A;  1OH8 A;  2DY4 A;  2XHB A;  1DT9 A;  4CFA A;  4YOX A;  4KKO A;  3MN7 A;  3LM2 A;  3SQ2 A;  5GAE P;  3CHW A;  4CIE A;  4BG8 A;  4ICL A;  5AJ3 K;  1REV A;  3Q7C A;  4JI4 K;  3T3F A;  1HR0 K;  1FKP A;  5HP1 A;  4OPJ A;  2Z1I A;  3CCL N;  4HHT A;  4CHO A;  1HKC A;  4FJK A;  4FJG A;  1JXB A;  4LF4 K;  2ASM A;  4JKH A;  4CEE A;  3HRG A;  2I7N A;  5MLC Q;  1C0T A;  4DLG A;  1ZXO A;  2ZWH A;  5HL7 L;  2I7P A;  3TTD A;  2YNI A;  3DLL L;  4JD2 A;  1N33 K;  2UXB K;  1WAF A;  3SUP A;  4QOZ B;  4J2B A;  3ZT2 A;  3EZ5 A;  4PKH A;  3ENH A;  4YOV A;  4EP5 A;  4RW8 A;  5AQG A;  4KB1 A;  4OPH A;  2HNY A;  5LMU K;  1VQ7 N; 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4MQ3A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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