4MQ3A

The 1.1 angstrom structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
MGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Viral protein
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-09-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4mq3A00
3TAMA 2HW3A 4CK3A 1LAWA 4E89A 2X78A 3RR7A 4B9MA 4PA1A 2IC3A 3V9XA 3DLKA 1NK0A 4CHZA 1F21A 3OYBA 1WSHA 3M8RA 4DLEA 3L3UA 3CQ8A 3PV8A 1ASWA 4CJWA 4FJ5A 4DQRA 3DLRA 5KRSA 1VRUA 1X9MA 1LWFA 2QKKA 2Z1IA 4I2PA 2D0BA 5C24A 1JLGA 1U4BA 1XHZA 3QETA 1EXQA 3VQQA 3C95A 3OS2A 1HPZA 3AVFA 4FJLA 3PUFA 4Y1CA 3SV3A 4KHNA 4RW9A 4CJ5A 3VN5A 3L2RA 2G8VA 2BGGA 4JRQA 4BDZA 1X9WA 5JS2A 3NBPA 3O3FA 4BE0A 2YHBA 4RW6A 4N56A 4FM0A 2X74A 4FLVA 4CJ3A 2BE2A 1C0UA 1WSFA 3T19A 4DFJA 4DMNA 3OYFA 1XI1A 3L2QA 4E1MA 4F2SA 4YFUA 1VK0A 3G10A 3VA3A 3TARA 1IH7A 1QS4A 2HNZA 1C1BA 4J2AA 3SQ4A 4AILC 1J9AA 1KCFA 2ZE2A 3NF8A 3MEEA 3TAPA 1BGXT 5JS1A 3PO4A 4KPYA 3OS0A 4JS5A 4OPKA 3DLGA 4O0IA 3SZ2A 3LP0A 3HVTA 3LZIA 5FRNA 3AVGA 1BCMA 4BWMA 4QAGA 4KRFA 5FDLA 4Z4HA 4O0JA 1C0MA 4FZXC 3U3GA 3AVKA 3V9WA 1NOZA 2Y1JA 3RRGA 4M3UA 1UOCA 4CGJA 1RBRA 2JLEA 2PZSA 3M8SA 4B9LA 1ZBHA 4DG1A 4ZHRA 4B9NA 1ASVA 1RDDA 4B9UA 2Z1HA 3OYJA 3O4NA 3OYCA 3AVLA 1U47A 4FJ7A 2BANA 1TGOA 2GBZA 3SJJA 2FBYA 3S9HA 4DF8A 3QEXA 3HM9A 2F8TA 2VWJA 1WLJA 2YKMA 4DTNA 3AVJA 3HO1A 4M45A 1TK0A 1BIUA 3LP2A 3HPOA 4IFVA 4O5BA 1MU2A 2WOMA 2YNFA 2XY6A 3NH1A 3DYAA 4NYFA 1SL1A 3OYKA 2RN2A 1BISA 3NAEA 3K2PA 3DRSA 4E3SA 1RCHA 1J53A 1WAFA 2A1SA 3LANA 4OKJA 3FFIA 4CJ4A 1UA0A 2HHVA 3KLEA 3IRXA 1VSMA 2YV0X 4DQSA 2OPSA 1L3SA 4DQPA 1U49A 3SPZA 4O44A 1VSDA 1S1XA 4BE1A 5I3UA 3TWHA 1HYSA 3KD1E 3O3HA 4F3OA 3NGZA 4KREA 3HL8A 3DLHA 3NF9A 3L2UA 1ZYQA 3IG1A 1JLAA 3ALYA 4FK4A 2G8IA 2HB5A 1XHXA 4CJPA 4FM2A 4M3YA 4CEZA 4HHTA 4FJXA 4ZTFA 1ITGA 3V9SA 2E4LA 4Z4CA 4CF2A 3KLGA 2IAJA 3QEIA 4N47A 4CJRA 1KLMA 2QXFA 3TI0A 2HHTA 4CFAA 3I0RA 5KRTA 3AA3A 4GW6A 4CCHA 4DTJA 4IG0A 3LWLA 3LPTA 1RBUA 3CYMA 4CESA 2IOCA 4FJNA 1YTUA 1ZBIA 1EKEA 2OZSA 4M3TA 2E6LA 3QIOA 2KFZA 3AVNA 3ZSVA 1Y97A 3AO2A 1S9GA 3ZT2A 4CK1A 2BDPA 1XWLA 4DFMA 4Z4IA 1C6VA 3NGYA 1A5XA 3HP9A 3F73A 4DSFA 3QNNA 4EZ6A 4KHWA 3K5OA 1S1WA 1TAQA 3OYGA 3I8DA 1YVUA 1SKRA 3TAEA 1Q9YA 2ITGA 1BL3A 3TABA 1JLBA 3F9KA 1RDAA 3OJSA 4HTUA 2VG6A 1RT5A 4I2QA 4J2EA 1A5WA 2DTUA 4KHYA 4FJGA 3CM5A 1RTDA 4Z0UA 4ID5A 1YT3A 3O3GA 1VSKA 4W5NA 1HYZA 4FJ8A 4CJEA 2FBVA 2GV9A 3OYHA 3TAQA 3KK3A 1CXUA 1RDBA 3KD5E 4C8OA 3PO5A 1RT4A 2Z1JA 3L2WA 2XO7A 4FK2A 1X9SA 3EYZA 3AVIA 2RPIA 3ZSWA 3KK1A 3V9UA 4CE9A 4DSJA 2KTQA 1RDCA 4CEEA 3SCXA 1RT6A 2YNHA 1NK5A 4CK2A 1JKHA 3AVBA 3OYMA 2X6NA 3KLIA 3VQ4A 1FK9A 2XY8A 3ZSRA 3L3VA 4YNQA 3EZ5A 4FJIA 4EP4A 3M8PA 1DLOA 2FBTA 3AVAA 4CFDA 3NCIA 1C1CA 4E7LA 4CHOA 3S3NA 4JRPA 3CFPA 3VA0A 2XY5A 2HHWA 5CY4A 5C25A 4JS4A 4DTXA 3LP3A 2E6MA 3NGIA 5D3GA 1KFDA 3H08A 5SZTA 4NYNA 4H4OA 1LV5A 4HVJA 3RMAA 4CGFA 4LY7A 4CJKA 1KLNA 4FM1A 2X6SA 3QEWA 1LW2A 4DU1A 4CJSA 3S3MA 3AO1A 3RWUA 4B9VA 3QEPA 3AA4A 4KHSA 4CGGA 3SUNA 2PYLA 1SL0A 4DTMA 3VQDA 1KSPA 3ZSOA 3C94A 4AHTA 3K59A 2A1RA 1S1UA 1IKXA 3KLHA 4HUGA 3U3YA 1U48A 1N5YA 2KZMA 3P1GA 1NJYA 4AHCA 1GOAA 5HRRA 4CEQA 4KB0A 4FZZA 1HJRA 3VQ7A 1IKWA 3ZSXA 4CECA 4H4MA 1KVBA 2ATQA 3KK2A 1NKCA 4KKOA 3HK2A 3WNHA 1HQEA 1RBVA 4DFKA 3LPUA 3MXIA 1BQNA 4DSKA 4FJJA 1RNHA 4O55A 4E7IA 3BGRA 3K5MA 3P5JA 1LWEA 4Z4FA 2G8FA 1VSEA 2IDOA 5C42A 3DRRA 4CJVA 4C8MA 3WNFA 4KTQA 3V9ZA 4M3ZA 4DTUA 4DSEA 1NK9A 3SQ0A 4KTZA 4RW4A 1S1VA 2O4IA 4W5RA 5KGXA 1BIZA 4KHQA 4DWIA 4PQUA 2XY7A 3LWMA 1BQMA 5HROA 1J5OA 4J2BA 4UQGA 4CJLA 4W5QA 4F2RA 1I39A 3SUOA 3LP1A 3JSMA 4E0DA 3I0SA 1LWCA 4E7JA 3LDSA 4DTSA 4DTOA 2W42A 2YKNA 4B8CA 1JL2A 4CJFA 4FJ9A 4I7FA 4AHVA 1IG9A 2GUIA 4OLBA 3MECA 4DQQA 4FLUA 3KJVA 4AHUA 4DS5A 4LH5A 4CERA 1C0TA 1QQCA 1WNSA 5HRNA 1T05A 4KB1A 1UAXA 4BWJA 3NE6A 1Q9XA 5HP1A 3NF7A 4CHQA 1KVCA 4JLHA 1WSIA 3SYZA 2F8SA 3MEDA 3HXMA 2XRIA 1ZBUA 4F8RA 4N41A 5K14A 3ITHA 3OYLA 3VQBA 3KLFA 3ZCMA 3THVA 2Y1IA 2HHUA 1KFSA 1T7PA 4B9SA 1D5AA 2OZMA 2DFFA 2JGUA 4AH9A 2OPRA 4CJQA 3HYFA 3SQ2A 1L3UA 1S6QA 3ZT0A 1NJWA 2AJQA 2PY5A 1YTAA 5CZ2A 4F3TA 3SNNA 4LH4A 4CEOA 4FLWA 1X1PA 2EHGA 4MFBA 3NH2A 4RW7A 4KAZA 3V1OA 2VWKA 1RT7A 2RKIA 3CG7A 4OGEA 5HBMA 3OY9A 4DFPA 3DRPA 4NCAA 2G8UA 4B9TA 1DTQA 2HNYA 4BDPA 5FROA 3K5NA 4CEDA 3PY8A 3RRHA 4HCBA 3VQ5A 3QEVA 1R0AA 1JXBA 4CIEA 3DLEA 2YNGA 3QIPA 3QINA 4CEBA 3QESA 4OGCA 1O1WA 3PX4A 1EETA 5CYQA 5SWMA 3TAGA 3M8QA 3T1AA 1BI4B 1D9FA 3D0PA 1TAUA 1IO2A 4CGDA 3SQ1A 4Y1DA 5J2PA 1TL3A 2XHBA 4FZYA 4B3OA 1BCOA 3JYTA 2B6AA 3VQ8A 4KTWA 3V81A 2VG5A 1CXQA 3EY1A 4E7HA 4FLYA 3ZT4A 2I5JA 4KO0A 4E19A 1SV5A 3ISNC 3HT3A 1QTMA 3DI6A 5CYMA 4B08A 4FYDA 3C6TA 3K57A 2P5OA 4EP5A 1TKZA 3RR8A 1SKWA 1JL1A 4N5SA 3DOKA 1L5UA 4HUEA 1QSYA 1KVAA 4FCYA 4CIGA 1U04A 4AHRA 3V6DA 1G15A 4C8KA 2P1JA 4C8LA 3O4QA 1C1AA 1WSEA 1WAJA 3V1RA 3ZSZA 5J2MA 1RBSA 4OLAA 3KIOA 1VSLA 1KTQA 5HLFA 1D8YA 2B5JA 2F96A 3C6UA 3ASMA 4C8NA 1K6YA 1WSGA 4AHSA 4W5OA 1REVA 1RT1A 4KV8A 4CHPA 3OYAA 4Q0BA 5J2QA 4K8ZA 2ETJA 1FXXA 2OPQA 3LAMA 4CEFA 4CF9A 4BACA 3OVNA 1HMVA 1GOBA 3D45A 3QO9A 1KRPA 4GMJB 1ASUA 1HYVA 3E01A 4F4KA 2EX3A 3PX6A 1U45A 3CM6A 1BI4A 3G0ZA 2P5GA 1VRTA 4KI6A 4QOZB 1VSJA 3B6OA 3T3FA 1W0HA 2OPPA 1VSFA 3PX0A 1NKBA 3RMCA 3TR8A 3S3OA 3OYIA 1N6QA 1RT3A 1FKOA 3SUQA 3CFRA 2RF2A 3HVRA 2KZZA 3SV4A 2Z1GA 2ZQBA 1EX4A 4PUOA 2QKBA 1S5JA 4IG3A 4E7KA 1JLFA 1NJZA 3OYNA 3CFOA 4ELVA 1Z25A 2G8HA 1QSLA 3TAFA 1J54A 2FC0A 1UA1A 3DLBA 2DY4A 1S1TA 4H8KA 4NCBA 2HHXA 3HPGA 1RTJA 1VSIA 3VQPA 4DSLA 1FKPA 2KW4A 4I9LA 3VQ9A 2R7YA 1CLQA 3VQ6A 3WNEA 4BE2A 1SKSA 2ZD1A 3OYEA 1NK4A 4Q5VA 1JLQA 1DTTA 3A2FA 4LSNA 2HNDA 5I42A 4IKFA 4J2DA 4LD0A 1QHTA 1JLCA 3V4IA 1CZBA 1RTIA 3MXJA 2YHAA 1VSHA 4FLTA 3QERA 2HHSA 1WN7A 4XIUA 2Q3SA 1QE1A 4CFBA 4PY5A 1RTHA 1TK8A 5KGWA 3B6PA 5J1EA 3AA2A 1LAVA 1EP4A 4CJTA 3BDPA 3TANA 2O4GA 1W9HA 1ZBFA 4KI4A 4CF1A 4IDKA 4TSXA 5HRPA 2IGIA 3K5LA 1NK8A 4FXDA 3LZJA 2QK9A 2HHQA 3AO4A 2IS3A 3NFAA 4G1QA 3VQEA 3NH0A 5T7BA 4HUFA 1I3AA 2DFHA 2DFEA 3L8BA 4ELUA 1NKEA 2PYJA 3ULDA 1QSSA 3WNGA 1HNVA 4R5PA 4DS4A 4EZ9A 3ZSYA 4RW8A 1S9EA 3DM2A 5DMRA 2B4JA 4CHYA 2VG7A 4M3WA 4OKKA 5KTQA 5EU7A 3ZT3A 4FK0A 1NK7A 4QCLA 2D0CA 4IBNA 1TV6A 4PWDA 4OVLA 2KQ2A 3U6FA 5FRMA 4Z4EA 4O4GA 5CZ1A 2NUBA 3HSTB 1B9DA 3RMDA 2HVHA 1T8EA 2KFNA 3SPYA 4OJRA 4FLZA 4DSIA 4CF0A 1S6PA 4DU3A 3V1QA 3OS1A 3DMJA 4DLGA 3AVMA 4CGHA 2HMIA 3IAYA 4CGIA 1RT2A 3IS9A 4RG8A 2G8WA 4GVMA 1HNIA 4OKEA 3AVCA 1IKVA 3LALA 3ZT1A 1L3VA 3P83D 4MQ3A 2OA8A 3ZSQA 3KTQA 1JXEA 4DTRA 1Z26A 4IFYA 4Z4GA 2G8KA 3AO3A 1LW0A 4M3XA 4E1NA 4ZTJA 1NK6A 1TVRA 3AV9A 4CIFA 4FJKA 2HVIA 1CZ9A 1D9DA 3HPHA 4L8RB 4KFBA 1NOYA 4ID1A 3DOLA 1B92A 3QLHA 1BHLA 4FW2A 3NDKA 5HRSA 1B9FA 3VQAA 4DU4A 1HRHA 4K8XA 4FLXA 4N76A 4CJUA 3SUPA 1JLEA 4OPJA 3OJUA 2OYQA 4CHNA 1GOCA 3NHGA 2D5RA 3KKSA 3SI6A 3L2VA 4CEAA 3AA5X 4BDYA 3MXMA 1HQUA 3OYDA 3HP6A 4M3RA 1WSJA 1UWBA 4W5TA 4CF8A 5E41A 3MAQA 3VQCA 2FBXA 1TK5A 1RBTA 4I9QA 3K58A 1TL1A 3AVHA 4FJMA 2P51A 3LAKA 4ICLA 3AO5A 1SL2A 4M42A 1SUQA 2YNIA 2LSNA 4FVMA 4M41A 1IKYA 4LSLA 4DTPA 4DQIA 1TKTA 3KKRA 4NCGA 4KHUA 1TKXA 1T03A 1TKDA 1Q8IA 4DF4A 4FW1A 3QNOA 5KI6A 1NJXA 2WONA 3NF6A 1RILA 5DK5A 4WE1A 4B8AB 3HJFA 3UIQA 4ELTA 2D0AA 3RTVA 3RMBA 4FJHA 4CFCA 1A5VA 1ZBLA 4HCCA 1L3TA 1XC9A 3MEGA 5J2NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q7YO 5BPMA 1KAZA 3RR7A 5AQGA 4DV2K 1QVGM 3OYBA 2NLXA 1WSHA 2F7TA 3L3UA 3VTIA 3WXKA 3PV8A 3WT0A 1SS6A 2QKKA 5AZIB 3EL2A 3VENA 3EN9A 3UKUB 4A5AA 1KAXA 3QFUA 4JHDB 3SK3A 1X9WA 4JI6K 2UXBK 3O3FA 4DR6K 4RW6A 4N56A 1GLFO 1C0UA 1WSFA 1XI1A 4H0OA 4DMNA 5FPEA 4BQZA 1YJWN 3SQ4A 1ZC6A 3MEEA 5JS1A 3PO4A 3PSFA 4JS5A 2EWSA 1P8ZA 4ISFA 1GLBG 5FRNA 1C0FA 3AVGA 4BWMA 1C0MA 3FZKA 3I33A 1NOZA 4B3RK 5BPNA 1DGKN 2Z1HA 3OYCA 5AZIA 1TGOA 2FBYA 3HM9A 3D7EO 4FWRA 5FPMA 1YUWA 2ZF5O 3UKUA 1VQ4N 3AVJA 4JHDA 3LP2A 1MU2A 2WOMA 2YNFA 1SL1A 3DRSA 1UA0A 4OKJA 2HHVA 3OA9A 2YV0X 2OPSA 3ID8A 4O44A 1S1XA 2CGKA 4BE1A 5I3UA 3CJAA 4H0VB 3O3HA 3J81O 4F3OA 4KREA 3HL8A 1HR0K 3DLHA 5EXWA 1YXQA 3AY9A 1ZYQA 4B1WB 3ALYA 1U2VB 4CJPA 4FM2A 4BRKA 4FJXA 1Q82O 5AQQA 1ITGA 3V9SA 4Z4CA 3KLGA 2IAJA 1KLMA 3P39A 5LMUK 2QXFA 1GLAG 5KRTA 4DTJA 3LWLA 3LPTA 3CYMA 4CESA 5I9EB 1YTUA 3CERA 1ZBIA 3ZLJA 2VGNA 4CK1A 1XWLA 1XUPO 3HP9A 1EO1A 3OYGA 1YVUA 4NO7A 1BL3A 3TABA 4O8UA 4GVEA 4J2EA 1A5WA 2DTUA 4FJGA 3CM5A 1RTDA 2VQEK 4BVPA 4IEIA 2V7ZA 2E2QA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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