4MQ3A

The 1.1 angstrom structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 43

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
MGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNKK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH2 (126-135)EMPTYS3 (86-91)TI2 (81-84)S4 (114-117)TI3 (120-123)TI4 (121-124)TIV2 (122-125)TI1 (80-83)S1 (62-70)TIV1 (69-72)S2 (73-80)AH1 (96-109)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Viral protein
source organism Feline immunodeficiency virus
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-09-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4mq3A00
3AVMA 3L2WA 3HPGA 5CY4A 4KKOA 1BI4A 1RDAA 1I39A 4CEOA 4CJFA 3SUQA 1B9FA 4KRFA 4HVJA 4KB0A 1KFSA 1BGXT 1D9DA 3TWHA 4DTRA 1QE1A 2YHBA 1TV6A 1IH7A 3SCXA 1FKOA 1BQNA 4CJLA 4KREA 1QSLA 2DFEA 2FBTA 1HMVA 1WSEA 1JLCA 3LAMA 3NF6A 3OYCA 3OY9A 3V9UA 4E7IA 4DSEA 3TAQA 2X6SA 2VG5A 3HVRA 2JLEA 2XY5A 1NOYA 4NCAA 4FJ9A 3DI6A 3QINA 3L2RA 1TK0A 1ZYQA 3DLHA 4FJLA 1NKEA 3AVNA 4OPJA 3O3FA 3BGRA 1QSYA 4W5TA 4F2SA 3V9WA 4KTZA 1YTAA 4HTUA 4DFPA 2F96A 1IO2A 1BQMA 4B3OA 3C6UA 3QLHA 2RF2A 5CYMA 1WSHA 1CXUA 4LSLA 2YKNA 3QETA 2A1RA 4M45A 4FW2A 3WNGA 2Q3SA 1U45A 3ZSVA 4CEAA 3NH0A 5JS2A 1LV5A 4CJTA 3A2FA 3KK3A 3KLIA 5HRRA 1KRPA 4J2DA 3NCIA 4FLTA 4LY7A 3VQQA 3NH1A 3OYDA 3M8QA 4DQSA 2I5JA 4K8ZA 3AA4A 4CEFA 1LW2A 3L2QA 4TSXA 3RMAA 3MXMA 3HL8A 3S9HA 4AH9A 3HPHA 2E6LA 3QESA 3TI0A 3QEVA 5J1EA 1NJWA 4FJKA 5KRTA 4Z4GA 3M8SA 1UA1A 4OKKA 4OGEA 1VK0A 3RTVA 4DWIA 3K2PA 3M8PA 4CEEA 3THVA 3LP3A 4RG8A 2B4JA 4FK2A 3IRXA 5KGWA 1WAFA 3OYBA 3SQ4A 1RT5A 2D5RA 4OGCA 3NAEA 3SJJA 1BCOA 1ASUA 3DM2A 2GV9A 4CGDA 4FJNA 4KHYA 2KQ2A 2B6AA 5CYQA 4AHVA 1A5VA 1BCMA 3VQ4A 1T7PA 1RBTA 3DYAA 1J54A 1JLQA 4KHSA 5EU7A 2XRIA 5CZ1A 4W5RA 1REVA 3HXMA 1XHZA 1IG9A 4EZ6A 4H4MA 1BISA 1VSFA 3VQAA 3SQ2A 1FXXA 2FBVA 2G8VA 4L8RB 4B9NA 2BANA 2P1JA 4RW9A 3S3NA 4EP5A 4Q5VA 1U48A 4W5OA 4FJHA 2HHVA 1NK5A 4B8CA 1JLGA 3P1GA 4KAZA 5C25A 1MU2A 1RTDA 4C8KA 4DG1A 1WN7A 1YVUA 3AA5X 3WNEA 2Z1IA 3ZCMA 3SPZA 1TL1A 3KD1E 2HVIA 1YT3A 1RTIA 1S1XA 4LD0A 3HM9A 5J2QA 3QEIA 2G8WA 1WNSA 2G8UA 1BI4B 1TGOA 2QKKA 4F3TA 1KLMA 3P83D 3T1AA 3ZT4A 2EX3A 2X6NA 3V9ZA 1TAUA 2GUIA 3AVKA 1B92A 1NKBA 3H08A 1S9EA 3QEPA 3SPYA 3HVTA 4DU3A 1WLJA 4CGFA 2WOMA 1XC9A 3ZT2A 3TAEA 1A5XA 1TKTA 3F73A 1LWCA 3PO4A 1UWBA 3AVJA 4PWDA 3V1QA 3SV4A 1L3VA 2OPQA 2IGIA 3OS2A 4FJIA 4CEQA 4XIUA 1ZBIA 3LAKA 5KRSA 4CHOA 1S1TA 4JS5A 1W0HA 4JS4A 4DF8A 2O4IA 4C8LA 3MEEA 3OYAA 3U3YA 1KFDA 2ATQA 2XY7A 1X9MA 4HCBA 2G8IA 4IG3A 4GVMA 4E7HA 3AO2A 4B9SA 3OS1A 1TKZA 3AO4A 5FRMA 3TAGA 4C8MA 4JRPA 4CHQA 1RTJA 4FZXC 5FDLA 2G8FA 1TKDA 3DRSA 3SUNA 3MXJA 1KSPA 1LWFA 3NH2A 4CE9A 2VWJA 1U47A 4K8XA 4KHWA 1NOZA 4E7LA 1L5UA 2HNDA 4ELTA 4DQRA 3LP1A 3DLGA 1NJYA 3K5LA 3DLRA 4Z4EA 2KZZA 4O0JA 1KVBA 2KFZA 4FLWA 4FZZA 1VSKA 3OYLA 3QNNA 3BDPA 4FJXA 1C0UA 3HT3A 1S1WA 4FLZA 3U6FA 4FM0A 1YTUA 4FZYA 2XO7A 3OYKA 3V9SA 4I2PA 3VQ9A 4CJQA 2XHBA 1HJRA 4M3YA 4Y1DA 3PY8A 2YNHA 3ZSXA 5I3UA 1NK9A 1QQCA 1HNIA 4CJKA 4DTNA 1RCHA 3VA3A 4N5SA 1I3AA 2R7YA 3DLKA 4BWMA 4CGHA 1BHLA 2G8HA 3AVFA 3ASMA 3RWUA 5DK5A 4IKFA 1JL2A 1QTMA 4ZHRA 3PO5A 1ZBHA 1NK6A 2DTUA 4FLVA 3ZSRA 3OS0A 1L3SA 4FLUA 1VSEA 3EYZA 1Q9XA 3CFRA 2DFFA 3NHGA 1NK0A 2PZSA 4N47A 4DFMA 3DRRA 4FXDA 2HMIA 4HUFA 1FK9A 3VQ5A 4DSIA 4AHCA 1NJXA 4PA1A 4CK1A 4DTPA 1NJZA 4FLXA 1CZBA 4FLYA 4KI4A 3D45A 3QO9A 3TAMA 3G10A 4E89A 1W9HA 2WONA 1EKEA 1S5JA 1HYSA 1JKHA 4CIGA 1Q9YA 2IOCA 4F2RA 2W42A 5HRPA 1SKSA 1JLEA 4CJ5A 3NF9A 4DMNA 4C8NA 3TAFA 2DY4A 5FROA 3SZ2A 1G15A 4CJWA 3AO5A 3KKSA 3PV8A 3SQ1A 3O3GA 4KHUA 4HHTA 2Z1HA 3NF7A 3VQ8A 3V6DA 3LP0A 4J2AA 4NYFA 3AVAA 4O55A 1KTQA 4FM1A 4F4KA 4CK2A 4IFYA 2KFNA 3SV3A 3NGIA 1LW0A 1TVRA 2HB5A 4KTWA 2E4LA 4CK3A 3VQEA 2HVHA 1RNHA 3EY1A 1EP4A 3NDKA 3AVLA 4CFDA 2YNIA 3IG1A 4FCYA 1XI1A 3RR7A 3VQ7A 4CJUA 3AVCA 1BIUA 2IAJA 4DS4A 4CJ3A 2ITGA 3CYMA 1VSDA 4FW1A 4CHZA 4ELUA 4CF0A 1EETA 4HUEA 4J2EA 3DRPA 1GOAA 5J2NA 2P51A 4KB1A 3NF8A 1EXQA 1S9GA 3NBPA 3L3VA 4N56A 1NK8A 3HO1A 4I2QA 3HK2A 4OKEA 3AVBA 4AHUA 5J2MA 3QNOA 4M3ZA 1C0TA 1ZBLA 2ZQBA 4CIEA 4E3SA 1GOCA 4CFCA 3OYEA 2VG6A 4BE0A 4DLGA 3QIPA 3C6TA 4ZTJA 1SKWA 4B9VA 4E1NA 4CFAA 4CERA 3SUOA 3KTQA 1X9SA 3I8DA 3CQ8A 1FKPA 1TK8A 3TABA 4M3TA 3KKRA 1RILA 3SI6A 4CCHA 2RN2A 3ZSQA 2OZSA 5HRNA 1ZBFA 1DTTA 3ZSWA 1RT4A 3MEDA 4CHYA 4CIFA 4KHNA 4KHQA 3AA3A 4KFBA 2KZMA 1RBRA 4M42A 4CF9A 1RT3A 3RMCA 1KLNA 4FK0A 2XY8A 1KCFA 2YV0X 3IS9A 5SWMA 4YFUA 4FJ8A 4AILC 1LAVA 2HHTA 3HYFA 4KO0A 5KTQA 4FJJA 2FBXA 3RR8A 3KK1A 4DQQA 4B9LA 4CF2A 5FRNA 2HHQA 3ALYA 2HNZA 3I0SA 3B6OA 1ITGA 2OPPA 4QOZB 1O1WA 4DU1A 3U3GA 3MECA 3CFOA 1TKXA 3S3OA 1U4BA 4H4OA 1HNVA 3HSTB 2GBZA 2AJQA 3KLHA 1XWLA 4BE2A 5C24A 4DTSA 3DLEA 5CZ2A 4H8KA 5I42A 4WE1A 2HHXA 4GMJB 1RT6A 1R0AA 4HUGA 4KPYA 3S3MA 4LSNA 1RDDA 4CGJA 3AVGA 4IG0A 4B9UA 3OYGA 2FC0A 1IKXA 3DMJA 1NK4A 4IFVA 3KLGA 3O3HA 1IKYA 1LWEA 1TAQA 5DMRA 4AHRA 4DFKA 1CZ9A 2P5OA 3NGYA 3OYJA 3M8RA 3P5JA 4FVMA 5KI6A 1RDBA 3TR8A 4CJVA 1VSMA 3VQ6A 4Z4HA 3VN5A 1A5WA 4JRQA 4NCBA 2NUBA 2YHAA 4W5NA 4R5PA 5J2PA 3L2UA 1EX4A 3OYNA 3SUPA 4EZ9A 1SKRA 1K6YA 2HHSA 1SUQA 4IBNA 4HCCA 4C8OA 1RT2A 3KJVA 4KI6A 3LWLA 4F8RA 5D3GA 3I0RA 2BGGA 2OYQA 1VRTA 1JLBA 5HRSA 4RW7A 4ZTFA 3E01A 3PUFA 1S1VA 1TL3A 4NCGA 1VSLA 4CJRA 4FM2A 4PUOA 1UA0A 1QSSA 4BE1A 3VQDA 3V9XA 4KTQA 3C94A 5HROA 4N76A 3LPTA 4DQIA 3K57A 2HHWA 2VWKA 1VSJA 1U49A 4CGIA 1C1AA 4CEZA 4JLHA 3LANA 1B9DA 3WNHA 4B08A 4Z0UA 3OYMA 3OJUA 5C42A 1HYVA 4CESA 3KK2A 1C1CA 3LDSA 2OZMA 1X1PA 4DSLA 1JXEA 1S1UA 1C6VA 1VRUA 4E0DA 2HW3A 4OPKA 4W5QA 1D8YA 3PX4A 2VG7A 3MAQA 5HP1A 1Q8IA 4BDZA 4YNQA 3K59A 3AO1A 3K5MA 3TAPA 2YKMA 2PYLA 2LSNA 4CEDA 1QS4A 1UOCA 4E7JA 3HJFA 4OJRA 3V1OA 4LH5A 5K14A 2P5GA 3SYZA 3OYFA 3AA2A 3AVHA 4M3UA 1WSJA 4BDYA 3HP9A 1DTQA 1F21A 4DTOA 4CF8A 3ZT0A 3ZSZA 3F9KA 2D0BA 3O4NA 4CHNA 3L2VA 5E41A 2OPRA 3EZ5A 2ZE2A 2PY5A 3B6PA 4OLAA 3ZT3A 3OVNA 4PQUA 4IDKA 4M3RA 4AHTA 4N41A 4KV8A 4I9LA 1RBVA 2RPIA 4M41A 3RMBA 1BL3A 4NYNA 3DOLA 3HPOA 4OKJA 3K5OA 1S6PA 1J9AA 2JGUA 1RBUA 3VQBA 4MQ3A 4OLBA 2A1SA 2HNYA 3FFIA 3NFAA 4DTJA 4DU4A 1TK5A 4J2BA 1SL2A 4LH4A 4EP4A 3G0ZA 3AV9A 2KW4A 4Y1CA 3V4IA 4CEBA 3OJSA 3LZIA 1JL1A 3TANA 4BWJA 1HRHA 2BE2A 1J53A 1T05A 2HHUA 3LPUA 4DLEA 3MXIA 1J5OA 4PY5A 1HPZA 2ZD1A 3T19A 5KGXA 1XHXA 4MFBA 2F8SA 2E6MA 1VSHA 3CM6A 1ZBUA 5T7BA 3NGZA 4DQPA 1BIZA 1U04A 1C1BA 1HYZA 1JXBA 2D0AA 3T3FA 1WSGA 3L3UA 1NKCA 1L3UA 1ASVA 4M3WA 4ID1A 4B8AB 2BDPA 2QXFA 3ISNC 3ULDA 4QAGA 1N6QA 1WAJA 1Z26A 4CECA 1N5YA 3VQPA 3NE6A 4DSJA 4Z4IA 4Z4FA 1S6QA 1KVAA 2KTQA 4FYDA 4CJ4A 2B5JA 3ZSOA 4CHPA 3AVIA 3MEGA 1X9WA 3RRGA 1ASWA 1Z25A 3JYTA 1D9FA 2OPSA 4DSFA 1L3TA 3PX0A 5SZTA 1NK7A 1IKVA 4B9MA 4M3XA 1RT7A 2X78A 4O44A 4O0IA 1HQUA 1C0MA 3VA0A 1CXQA 2YNGA 4O4GA 3CM5A 2QKBA 4RW6A 1GOBA 1UAXA 3JSMA 4FJ7A 3QIOA 1SV5A 1KVCA 2IS3A 3PX6A 4FK4A 3ZSYA 2IDOA 2F8TA 3LALA 3K58A 3WNFA 2G8KA 4DTMA 4DSKA 1JLFA 3QEXA 4BACA 3KLFA 1VSIA 4CJPA 1RDCA 1RBSA 1WSFA 1LAWA 2FBYA 2Z1JA 5HLFA 1RTHA 3QERA 1WSIA 3V1RA 3D0PA 5HBMA 4CFBA 4CF1A 3O4QA 2DFHA 4O5BA 4UQGA 3LWMA 4GW6A 3L8BA 4ID5A 4ELVA 3RMDA 3KLEA 4DS5A 2O4GA 2ETJA 2X74A 3ITHA 4FJ5A 2IC3A 4Q0BA 2D0CA 3DLBA 3SQ0A 2RKIA 3UIQA 1QHTA 3V81A 4DTXA 4E19A 3OYHA 2Y1IA 4Z4CA 4B9TA 3HP6A 4I7FA 1SL0A 1IKWA 3AO3A 3KD5E 3C95A 4AHSA 3K5NA 2Y1JA 3TARA 4FJGA 2QK9A 4F3OA 1DLOA 1HQEA 5JS1A 4RW4A 1Y97A 3LP2A 3QEWA 4QCLA 3CFPA 3RRHA 4FJMA 4BDPA 2EHGA 3DOKA 1SL1A 3OYIA 3SNNA 1T8EA 4I9QA 4OVLA 4RW8A 4E1MA 3LZJA 4ICLA 4DTUA 2XY6A 3ZT1A 2YNFA 2Z1GA 3CG7A 1CLQA 1JLAA 4G1QA 3VQCA 4CGGA 4E7KA 1D5AA 4DF4A 1T03A 4DFJA 2OA8A 3IAYA 2PYJA 1RT1A 4CJEA 3KIOA 4CJSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OVQA 4CEOA 4CJFA 3SUQA 4O5FA 4HVJA 1D9DA 4DTRA 1TV6A 2FF6A 1BQNA 3FFKB 4KREA 1JCFA 2DFEA 2HMIA 4B9SA 3V9UA 4E7IA 3LDOA 4O8UA 2V51B 1MDUB 2XY5A 3FGUA 1DT9A 3HVRA 4WQ4A 1NOYA 3L2RA 4MO4A 3VF2A 4YOYA 4FJLA 3O3FA 4JHDB 4IEIA 4X66K 2O8DA 4DFPA 1VQ8N 3A5NC 4B3OA 1YXQA 3QLHA 4LSLA 2YKNA 4YHHK 1U45A 3ZSVA 1LV5A 3KK3A 3KLIA 2PBDA 3ULEB 4FLTA 4LY7A 2QWMA 2JWLA 4DQSA 4K8ZA 3L2QA 3HL8A 3S9HA 1ATSA 1MWMA 3HPHA 5AQUA 2HBJA 3P4IA 2IIRA 4OKKA 4CVNE 3H1QA 1WAFA 3OYBA 1U2VA 3SQ4A 1BCOA 1ASUA 1TYQB 2GV9A 5JVGL 4FJNA 2NZTA 5CYQA 3I8BA 1BCMA 1ZC6A 1JLQA 5EU7A 3HXMA 5LJVA 1IG9A 4EZ6A 1FXXA 4EHTA 2P1JA 3H1VX 1U48A 4W5OA 2HHVA 3MK6A 3P1GA 4KAZA 1RTDA 3P38A 4BC2A 1WN7A 3AA5X 3SPZA 3LM9A 1TL1A 2HVIA 1GLEG 3RSEA 4ILHA 2G8WA 1BI4B 2P9PB 3P83D 3T1AA 3V9ZA 1TAUA 5B8HA 3AVKA 3H08A 4LFAK 3PO4A 1N34K 4A5BA 3GBTA 3AVJA 4PWDA 2NRVA 1BWFO 2Q36A 2ZJPL 2IGIA 4XIUA 1NMDA 1OH7A 1W0HA 2O4IA 3MEEA 1KFDA 3A8YA 3K9KA 4HCBA 2G8IA 3A5LC 4E7HA 2QI2A 2QTDA 4JI4K 4HWIA 3A5OC 3MXJA 4DQ8A 2CH6A 4PL7A 4K8XA 5AQOA 2E1YA 3ENHA 1NJYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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