4NYFA

Hiv integrase in complex with inhibitor
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
155
structure length
149
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSATVKAACDWAGIKQEPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Discovery of BI 224436, a Noncatalytic Site Integrase Inhibitor (NCINI) of HIV-1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4nyfA00
2OPPA 1VRTA 1NKEA 3PX4A 4CHOA 1XHXA 3RMDA 4C8MA 4DLGA 1Q9XA 2YKNA 3G0ZA 4I7FA 3QEWA 3ZSQA 1U49A 1NK9A 3OYMA 1S1TA 4DU4A 4AHSA 3PX0A 4DSFA 3OY9A 4N56A 3O4QA 3DLKA 3SNNA 1T7PA 4DTMA 2HHQA 3V1QA 4KHQA 4Y1DA 3CFOA 3JSMA 3SI6A 2XY7A 1VRUA 3LALA 3T1AA 4FCYA 4ID5A 4DTSA 4FJXA 3CM6A 4CE9A 2HHTA 3TANA 1D5AA 4Z4GA 1KFSA 3TARA 2P5GA 1WLJA 3MXJA 2HNZA 1WAJA 3OYHA 1O1WA 4JRPA 2P1JA 2YNGA 1JLFA 4BDYA 2X74A 1T8EA 2A1SA 1BCMA 2IS3A 3BGRA 3KKSA 3HM9A 4F2RA 4CJ4A 1YTUA 4DSEA 2ETJA 3QEIA 1DLOA 3ZT4A 4CJRA 3DLGA 2A1RA 3QETA 3KJVA 4DTXA 4O44A 4YFUA 4J2EA 5CYQA 5HBMA 1TKTA 3VQPA 3OS2A 3C6UA 1WAFA 3OYJA 3C94A 4EZ9A 3VQEA 2F96A 1BQMA 2D5RA 3V9SA 1CXQA 4FJGA 1IKYA 5HRRA 3VQAA 4DQRA 2HB5A 4MFBA 4DTRA 4RW4A 1MU2A 4FLVA 4C8KA 4F3TA 4FYDA 1KCFA 2AJQA 1WSEA 3I8DA 4ELVA 2Y1JA 4CF1A 4R5PA 4ELTA 3AVNA 3RRGA 4HVJA 5EU7A 1RT2A 1UA0A 1HMVA 1ZBFA 3M8QA 5CY4A 4W5OA 2WONA 4CJLA 4E7JA 1EXQA 4DF4A 2IAJA 3RMAA 1U45A 1LW2A 1XWLA 3EY1A 1NK5A 2B6AA 3ZSYA 2KZZA 3UIQA 4O55A 4FJNA 4CEFA 3HVRA 1F21A 4DG1A 4DFKA 1KLMA 1KSPA 1RBUA 4BDPA 4KHUA 5JS1A 1IKWA 3HXMA 5KGXA 1L3SA 3S9HA 4DQSA 3IS9A 4HUGA 5JS2A 1L3TA 4CHQA 3IG1A 3K5NA 3SPYA 3K2PA 4OGCA 4OKKA 3WNGA 5E41A 1Q8IA 4B9SA 4FM2A 4FK0A 3DRRA 3ZSRA 3EYZA 3AA5X 1NOYA 2YNFA 4CEQA 4CHNA 3MEGA 3HT3A 1C0TA 4CJEA 4W5TA 3TI0A 3HO1A 4RW6A 2ATQA 3AVLA 3CFPA 1X1PA 3SZ2A 3DYAA 2XY6A 4K8XA 1LAWA 5HRNA 3NCIA 4BE0A 3SUOA 4CJ3A 3VA3A 1X9SA 4FLUA 3BDPA 4DU3A 4GMJB 4CFCA 3HPGA 4CJUA 4BE2A 2OPSA 1KVCA 1ITGA 5J2QA 3PO4A 2HHVA 2X6NA 3LPUA 4DTJA 1NK8A 1VSMA 3SUPA 3LP0A 4B8CA 3QNOA 1RNHA 4E19A 2FC0A 3VQ6A 4FLTA 1U47A 3V9ZA 2G8WA 4KAZA 5I42A 1GOCA 3ZT0A 4CJTA 1WSJA 2RPIA 1RT4A 3KD5E 1J5OA 1BI4B 3VQBA 4ZHRA 3ZT1A 4CEAA 2JGUA 3K57A 1NJYA 3TAGA 4FZYA 4AH9A 1LW0A 3NGIA 2HW3A 4CCHA 2G8UA 1RDDA 2I5JA 3DLEA 4LH4A 1GOAA 3SUNA 2FBYA 1YTAA 4M3ZA 3MXIA 4FZZA 1S1UA 3U3GA 3LDSA 4CJVA 1C0MA 3VQ8A 4Y1CA 2EHGA 4CHZA 2BDPA 3M8PA 3B6OA 2E6MA 4DS5A 4FZXC 1B9DA 3HPHA 3LZIA 1HNIA 3SV3A 3ZT2A 1VK0A 2X6SA 2B5JA 2YNIA 4AHCA 3KLEA 3K59A 3PY8A 1KLNA 3PUFA 1SKWA 3PX6A 2VG7A 4QOZB 3SUQA 4CJKA 1SKSA 3H08A 4KO0A 4ZTJA 4FJMA 4QCLA 4PQUA 3LP2A 2YV0X 1S5JA 3C6TA 3HVTA 3QESA 3ZSXA 1L3VA 3I0SA 1C6VA 4CEZA 2DY4A 2BANA 4B3OA 1HNVA 1HRHA 4M3YA 3K58A 3ULDA 3QERA 2HHXA 3ZCMA 3V1RA 1WSFA 4PY5A 4E1MA 3OS1A 3SV4A 3C95A 3OYFA 1RDBA 3FFIA 4NCGA 4O0JA 3QINA 4CEOA 4IDKA 4CFAA 4CEBA 5DK5A 2D0CA 2IC3A 2HNDA 3KKRA 3OYCA 1ZBUA 4I9LA 4TSXA 5C25A 1RBRA 3OYNA 1BISA 4HUFA 5HROA 1KRPA 1JLCA 3CYMA 1RT5A 3L2VA 4DFJA 3ZSVA 3OYIA 3NBPA 2HNYA 3THVA 3O4NA 4BWJA 3NH0A 2XHBA 2XY5A 4FJKA 3DLHA 1VSIA 4FLYA 2Z1IA 2DFHA 1RTIA 1D9FA 4FM1A 4CEDA 1EKEA 4CJFA 1RCHA 4DLEA 2OYQA 3I0RA 3ZSZA 2OPRA 1TK8A 4NCBA 1YVUA 1VSHA 4FLWA 5FDLA 5KI6A 3NDKA 4CIFA 3KTQA 4FJHA 3S3NA 3ASMA 3AV9A 4E89A 4L8RB 3DM2A 5J1EA 4HCBA 1N6QA 2VG5A 1Z26A 4Q0BA 4KKOA 1T03A 2VWKA 3AVGA 3QNNA 4CERA 1HYZA 1RTJA 2EX3A 1ASVA 1RILA 1W9HA 4OJRA 5CZ2A 4E3SA 3LWLA 1JKHA 2KW4A 3AO2A 2OPQA 4CHPA 4I9QA 3MECA 2YHAA 4GVMA 4BE1A 4H4MA 2KTQA 4CJPA 1CXUA 4F4KA 3K5LA 3P1GA 4RG8A 1JLQA 3KD1E 5FRMA 3HK2A 2GUIA 2RF2A 3NAEA 1ZYQA 3D45A 2VG6A 4RW9A 4CF0A 3OYGA 3V9UA 4E0DA 1TKZA 3LAMA 2QKKA 3KLHA 3ALYA 2HMIA 2LSNA 4NYFA 4M41A 1JL1A 1A5VA 1S6QA 2PYJA 3RMBA 4FJLA 2Z1JA 4FK4A 3TAPA 3V81A 3V1OA 1BIUA 4HHTA 1FKOA 3L3VA 2G8FA 1RDCA 2NUBA 3AVHA 5KRTA 1RT1A 1RDAA 4LD0A 1YT3A 4M3TA 3LP3A 3NE6A 3NGZA 3RWUA 4CGFA 3CG7A 2XRIA 5HLFA 1BL3A 2OZSA 3HPOA 3AO1A 3WNFA 3OYKA 3SQ1A 1QTMA 4LSNA 1VSJA 5CZ1A 3ZT3A 4UQGA 3V4IA 1QHTA 4KB1A 4E7KA 1JLBA 4DTOA 4KRFA 3DRSA 4FM0A 3ISNC 1D8YA 4CF8A 3KLGA 3TWHA 4KPYA 4M3XA 4B08A 4AHUA 1JXEA 1TL1A 3LP1A 3QO9A 3K5OA 1VSDA 1SKRA 1CLQA 2FBXA 1EETA 3P83D 3NF8A 2PZSA 1KVBA 3A2FA 1QSLA 1BI4A 3DI6A 1BCOA 3AO5A 4N5SA 4DQIA 1JLEA 4ID1A 2KQ2A 4KHYA 4IBNA 4E7LA 3S3OA 4KFBA 3DMJA 4CIGA 1S1VA 1UWBA 1JXBA 3NF7A 3AVCA 3M8RA 3JYTA 3AVIA 5C42A 3CQ8A 3AVKA 5KTQA 3OJSA 3TAEA 4JLHA 5FROA 4KREA 3QIPA 4CESA 3SJJA 4DSKA 1SL2A 4B9VA 1LWCA 4G1QA 3OYLA 2Y1IA 1S9EA 1ZBHA 4Z0UA 4CFBA 4M3UA 2G8IA 3IAYA 1KFDA 2Z1GA 3KK3A 3M8SA 1IG9A 4B9UA 3QEPA 2PYLA 1RT6A 1DTTA 3OJUA 5J2MA 2YNHA 4LY7A 1TK0A 1J54A 3AVAA 5T7BA 3MEEA 4LH5A 4CJ5A 4E7HA 2HHWA 1ASWA 3OYDA 3OYBA 2X78A 2W42A 4OLAA 3E01A 4DTUA 4W5NA 3AA2A 3OVNA 2FBTA 4IFYA 3VQ9A 2G8HA 2DFFA 2IOCA 3LAKA 3NFAA 1WN7A 3OYAA 3WNHA 4IFVA 1W0HA 3SPZA 1RTHA 1KVAA 4ZTFA 1C1AA 4J2DA 2QKBA 4CEEA 1WNSA 1TAQA 3VQQA 1ZBLA 1IH7A 2ZQBA 1S1XA 1K6YA 3CM5A 2R7YA 4AILC 2OA8A 1EX4A 4CK1A 3HP6A 3EZ5A 1X9MA 1NKBA 4F8RA 1NKCA 2RKIA 4C8OA 3SYZA 5HP1A 4DTNA 4Z4CA 3ZSWA 3O3FA 3K5MA 1REVA 4CK2A 1FKPA 4W5RA 2O4GA 3AVMA 4ICLA 3QLHA 1NJXA 3V9XA 5J2PA 1A5XA 3TAFA 4N47A 3SCXA 1JLAA 2G8KA 4CJWA 2PY5A 4HUEA 1B92A 1TKDA 1VSFA 2XY8A 4FW1A 1WSGA 4AHTA 3T3FA 4OPJA 1S6PA 4FJ9A 4OVLA 1ASUA 2G8VA 2O4IA 2HVIA 3RTVA 3SQ2A 3QIOA 4KB0A 1LWEA 2JLEA 1BIZA 2Z1HA 1RBVA 5KGWA 3KLFA 1XC9A 1N5YA 4FJIA 3NH1A 1QSYA 4J2AA 2DTUA 1HPZA 4CGGA 2ZD1A 1C1CA 4FXDA 3DOKA 1LV5A 2YHBA 2P5OA 4HCCA 2IGIA 4CJSA 3NHGA 3LANA 4JRQA 5C24A 1Q9YA 4M42A 4OPKA 1VSEA 3G10A 4B8AB 3AA4A 5HRPA 3RMCA 3HYFA 1SV5A 1LWFA 3VQ4A 4CF9A 4FJ5A 4FJ7A 1RT7A 1U04A 1TVRA 1B9FA 4CIEA 3CFRA 4I2PA 3HJFA 2QK9A 1QQCA 4DS4A 3TAQA 1NK4A 3DLBA 2WOMA 3L3UA 2F8SA 3NF9A 4Z4EA 3O3GA 4KV8A 3VQ5A 4BWMA 1TAUA 3F73A 1XHZA 3TR8A 3RR7A 1IKVA 4KTZA 1VSLA 1NOZA 1SL1A 1FXXA 1TV6A 4CFDA 2D0BA 3AO4A 2BE2A 4CF2A 4B9NA 4AHVA 4DSLA 2F8TA 2P51A 1UA1A 1CZ9A 1HYSA 1UOCA 4YNQA 3U6FA 1TKXA 3DOLA 4DF8A 3KIOA 3L2QA 1LAVA 1WSHA 1NJZA 3SQ4A 3KLIA 4B9TA 4EP5A 4FK2A 4CGDA 1I3AA 4Z4HA 4NYNA 4CGIA 1U48A 1T05A 1QE1A 3D0PA 4O5BA 1WSIA 3S3MA 4KHSA 1BQNA 1GOBA 1RT3A 4M3RA 4CGHA 4KI6A 2HHSA 4CGJA 3U3YA 4H4OA 3L8BA 4ELUA 4DU1A 2KFZA 4OKEA 2XO7A 2ZE2A 4PA1A 4K8ZA 3HL8A 2YKMA 2BGGA 4FW2A 3SQ0A 4KHWA 4I2QA 3LWMA 3F9KA 1G15A 4O0IA 1R0AA 3AVFA 4QAGA 2QXFA 1C1BA 3AO3A 4EP4A 5J2NA 1FK9A 5SZTA 3VQCA 1ZBIA 1HQUA 2FBVA 3T19A 1TK5A 1KTQA 3AVBA 3NH2A 4OGEA 4DFPA 3VQDA 1NK0A 4PWDA 2RN2A 4DWIA 4DQQA 5KRSA 4N76A 4N41A 1SL0A 4BACA 3MEDA 4IG0A 3OS0A 4FLXA 4DMNA 1UAXA 2OZMA 1VSKA 3DRPA 4E7IA 4IKFA 4M45A 4KHNA 4JS5A 2KZMA 3V9WA 3AA3A 4WE1A 4XIUA 3V6DA 3TABA 4C8LA 4RW8A 4F3OA 4FJJA 3MXMA 5CYMA 3WNEA 1TL3A 1DTQA 1A5WA 2GBZA 3HSTB 4GW6A 2E4LA 1NK6A 2IDOA 1X9WA 2Q3SA 1RTDA 1QSSA 4KTWA 3PO5A 5I3UA 4Z4IA 2HHUA 4DSIA 4NCAA 4M3WA 1D9DA 3L2UA 1BHLA 4CJQA 5DMRA 1U4BA 2ITGA 1BGXT 4LSLA 3ITHA 1CZBA 4CECA 3VN5A 1QS4A 5K14A 4W5QA 1J53A 2GV9A 3L2RA 1XI1A 1NJWA 4AHRA 4DQPA 4CK3A 5D3GA 5SWMA 1SUQA 1EP4A 1L5UA 3VQ7A 4Q5VA 3LPTA 3L2WA 3AVJA 4E1NA 4B9MA 3MAQA 4DSJA 3KK1A 2KFNA 1J9AA 2E6LA 1JL2A 4PUOA 2DFEA 1HYVA 3TAMA 3NF6A 4MQ3A 3RRHA 1NK7A 4KI4A 4HTUA 4DFMA 4RW7A 2B4JA 1HQEA 4BDZA 4DTPA 4FLZA 1IO2A 2VWJA 3KK2A 3LZJA 4KTQA 4EZ6A 3IRXA 4OLBA 1S1WA 3P5JA 1Z25A 3ZSOA 3HP9A 1RBTA 3O3HA 3VA0A 1L3UA 4F2SA 5HRSA 4J2BA 4FJ8A 4IG3A 4C8NA 4JS4A 3RR8A 3B6PA 5FRNA 4OKJA 4O4GA 1RBSA 2HVHA 3DLRA 4B9LA 1C0UA 3OYEA 3PV8A 1IKXA 1Y97A 1S9GA 2D0AA 1JLGA 4CHYA 4FVMA 4H8KA 3QEVA 1HJRA 3NGYA 1TGOA 4Z4FA 3QEXA 1I39A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KWIA 4CHOA 1XHXA 4M63C 1VAZA 2OCEA 3G0ZA 1SQKA 3O9RA 4BR9A 3LDOA 4JKGB 4AHSA 4DSFA 1QVFM 3SNNA 3JSMA 2XY7A 4FCYA 1R59O 3THXB 3ZETA 2GX9A 3CJBA 4JAXA 1OH6A 1KFSA 2GUPA 3MXJA 3VESA 3OBWA 4GY2B 1T8EA 1BCMA 3FE1A 4F2RA 5JLHA 1YTUA 4FWKA 3QEIA 2NLXA 4YFUA 5HBMA 3OS2A 3VQEA 3THWB 4FJGA 1IKYA 3VQAA 2HB5A 4F3TA 2PAVA 4ELVA 2QM1A 3AVNA 5FPEA 3M8QA 4JK9A 3EY1A 1NK5A 4FJNA 4CEFA 1F21A 1IBMK 1KSPA 1RBUA 3A5MC 2HF3A 5KGXA 3IS9A 4H5VA 5LL6Z 1L3TA 5AQRA 3K2PA 5E41A 3AA5X 1NOYA 4K43A 4CHNA 3HT3A 3TI0A 5AQLA 3SZ2A 3LDLA 3SUOA 2IVOA 2F9WA 2OPSA 1ITGA 3PO4A 4DTJA 3HZ6A 3SUPA 1NK8A 2QEXN 3QNOA 1JJ2M 2FC0A 3TTFA 4JI3K 4H0TB 3VQ6A 3ID6A 4KAZA 4CJTA 1J5OA 5M1PA 2JGUA 4AH9A 3WEEB 4AM7A 1RDDA 2I5JA 3SUNA 1YTAA 3KK7A 4L3QA 3MCPA 4B1ZA 5BR8K 2BDPA 2E6MA 2AA4A 1NGFA 2YHWA 3SV3A 1VK0A 2X6SA 4GVEA 2YNIA 3KLEA 3K59A 1XUPO 1KLNA 1HX1A 3PX6A 3D2FA 2VG7A 3N4PA 1XC3A 3SUQA 4CJKA 1VQ5N 3H08A 1K8KA 4FJMA 4QCLA 4PQUA 3HVTA 4H5WA 2AP1A 4BRNA 1L3VA 2F7TA 2QA4N 3ULDA 1WSFA 3WXMB 4KH6A 2VQEK 5AQHA 4NCGA 1YUWA 4CEBA 3OYCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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