4NYNA

Crystal structure of rnase h1 from halophilic archaeon halobacterium salinarum nrc-1
Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
GGRVHAYFDGASRGNPGPAAVGWVLVSGDGGIVAEGGDTIGRATNNQAEYDALIAALEAAADFGFDDIELRGDSQLVEKQLTGAWDTNDPDLRRKRVRARELLTGFDDWSITHVPRATNERADALANEALDDA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S2 (83-92)TIV1 (80-83)TI1 (93-96)S3 (98-109)EMPTYS4 (133-138)S1 (69-78)AH1 (111-129)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Halobacterium
publication title Crystal structure of RNase H1 from halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1
rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 49
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2013-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4nynA00
1KLNA 3L3UA 3OYIA 1RBSA 1KFSA 1BI4B 1CXUA 4KRFA 2XHBA 3U3YA 4OLAA 1HJRA 4OGEA 1C1BA 2NUBA 5CZ1A 4RG8A 3O4QA 4HCCA 4CJSA 1HMVA 2ATQA 1TAQA 2E4LA 4E7JA 2E6LA 4FJ7A 4I2PA 4CESA 3D45A 4CEEA 3OYKA 4FYDA 3VQAA 4E89A 3PY8A 3ISNC 2IOCA 1BQMA 4LD0A 3VQ5A 4KKOA 4CHQA 1VSEA 3OYLA 3NH2A 1JLAA 3LZJA 5C24A 4H8KA 1IO2A 4JRPA 3KKSA 1WNSA 4IFYA 4OKJA 3ZSVA 4O0IA 3VA0A 5HRPA 3T3FA 5DK5A 4DS5A 4DQIA 1TK0A 4FJ9A 3ZT4A 1C0UA 3AVFA 4Q5VA 1KVBA 1NK8A 4DU4A 4FJ5A 1KTQA 2BDPA 1HYZA 3M8QA 2HMIA 3HYFA 1I39A 1SL1A 2FBYA 3AVAA 1GOBA 1IKVA 4O5BA 1NKEA 3IAYA 3TAGA 3KLIA 5KGWA 2XY7A 3OYJA 2DY4A 3TAMA 1C0MA 3TAQA 1CZBA 2R7YA 3HVTA 4Z4FA 2HNDA 1SKWA 3HSTB 3NBPA 1JL1A 1VSLA 4BE0A 1WSIA 4IKFA 1NJYA 2Q3SA 4KI6A 1BL3A 3LP0A 1HRHA 1SV5A 3C6UA 1KSPA 1ASVA 1DTTA 1YVUA 3OYCA 3SUNA 4ZTFA 2HHTA 4N56A 4M3XA 4LH4A 4CE9A 3AVKA 4FLVA 2P1JA 5DMRA 4ELVA 4I7FA 1A5WA 1S1UA 1S5JA 3MAQA 4DSEA 3RMCA 4DTOA 1TKTA 1QHTA 2A1SA 4J2EA 1XC9A 3SQ1A 2DTUA 1ITGA 5CZ2A 4ELUA 1SKSA 1Q8IA 1RDCA 4FLZA 1N6QA 4H4MA 4N76A 4DTMA 3DYAA 3OYMA 3OS0A 3K5OA 1TKZA 1BISA 2KZZA 3AVLA 4RW8A 5KRTA 4FJIA 4PQUA 2BE2A 2YNHA 2HNYA 3ZSYA 3L2RA 3KLEA 4Y1CA 4F4KA 4CGDA 1Z26A 2YNFA 4KTQA 5HRSA 2PYJA 3HVRA 4DQQA 3S3MA 4OLBA 3NF7A 3ZT3A 1TVRA 3OS1A 4DTSA 4RW4A 3L2QA 4CGFA 1NKBA 2ZQBA 3G0ZA 3HXMA 3AVNA 4W5NA 3V1QA 3LAMA 4CJ5A 4CJUA 1RCHA 1LW2A 3PV8A 1TAUA 3B6PA 3RR8A 1S1TA 3S3OA 1HQUA 4CJKA 4B9VA 4M41A 3F9KA 1BI4A 2F8TA 1MU2A 1QSLA 3AO4A 2P5GA 4AHCA 4DLEA 2DFHA 4KTWA 3K5MA 1O1WA 4DFKA 1KFDA 3KLHA 1TK5A 1D9DA 2D0BA 1UAXA 1KLMA 1LWEA 4FK4A 1BCMA 1T05A 2OPSA 1S9EA 1NOYA 5K14A 3JSMA 2VG5A 3DOLA 4CFDA 4C8NA 2YKNA 3F73A 4KHUA 1J53A 2I5JA 2YNIA 4CEZA 3UIQA 3QETA 4AILC 1RTDA 1S1XA 4FVMA 3V1RA 2PY5A 1BQNA 3T19A 2RKIA 3ZSXA 4CECA 1VSIA 2IAJA 3EYZA 4N47A 3V6DA 3KK3A 1XWLA 1RT1A 1FK9A 1S6QA 2OPPA 1WAJA 4ELTA 1QSSA 3CM5A 2JGUA 2X6SA 3DRSA 3TR8A 3SYZA 4RW9A 1VSMA 4Z0UA 3QLHA 3VQCA 4CHYA 4BWJA 3QERA 1QTMA 4NYFA 4FLUA 3PO5A 4IBNA 3V9ZA 1JXEA 2Y1JA 1IKXA 3WNHA 3V9UA 3BDPA 4LH5A 3LWMA 4BDZA 4GW6A 4CGJA 2BANA 4EZ9A 3OYFA 3KJVA 2KFNA 1X9MA 3LAKA 3HP6A 4DLGA 3VQ7A 4M3UA 5EU7A 4F2RA 3VQ4A 4C8LA 2RF2A 4QCLA 3O4NA 3O3HA 2G8HA 5HRRA 3VQ6A 1U49A 1JLBA 2HB5A 3LANA 4DTPA 3DOKA 4OVLA 4PA1A 4CF2A 1L3SA 2P5OA 4E7LA 4FLXA 3QIOA 4FJJA 1VSKA 4BWMA 2IC3A 3A2FA 3P1GA 3MEDA 4OPKA 3OYGA 1SKRA 4FK2A 2B5JA 3KLFA 2OZSA 2GUIA 2B6AA 3RR7A 2Z1GA 3AO1A 4CEAA 3M8SA 1A5VA 2PZSA 4FJXA 1BHLA 3SI6A 2QK9A 3H08A 1QS4A 5FROA 3MXIA 1TGOA 3DLBA 4DQRA 5HLFA 4FJLA 1IH7A 4HCBA 4J2BA 4O44A 3QIPA 4ID5A 4Z4IA 4FM2A 3JYTA 3V9XA 4KHNA 3QNOA 2YV0X 3SUQA 5J2QA 1U47A 1LV5A 4M42A 2KQ2A 1X9SA 1WSGA 1WAFA 4FW2A 3ZSRA 1WSHA 2OYQA 3TABA 2HHUA 3L2UA 3NCIA 3OYEA 4FM0A 1NKCA 1C1AA 4DTRA 3HJFA 2X78A 3LPUA 3CG7A 4MFBA 4M3RA 4ZHRA 4CJRA 1S1WA 1U04A 3K5LA 1I3AA 1NK0A 2G8FA 1ZBUA 5CYQA 4DU3A 4HVJA 1RILA 1NJWA 4RW7A 3IS9A 5J2MA 4KHSA 3DLEA 3RRHA 2Z1IA 3TAPA 4M3YA 4J2AA 1U45A 1HYSA 1SL0A 4B3OA 3HPGA 4HHTA 4FLWA 3VQDA 4HUEA 1C0TA 3TAFA 3S9HA 3I8DA 1D9FA 4G1QA 3ZT2A 3VQQA 4O55A 4E1MA 2YHAA 3WNFA 3AA4A 4FLYA 1Z25A 1R0AA 3DLHA 2D5RA 3OYHA 4CEOA 4CEBA 1TK8A 4DTJA 4TSXA 1NJZA 2ETJA 1HNVA 3DLKA 3CYMA 4DSKA 4FJKA 2D0CA 3KLGA 4E7KA 3SUPA 4LSLA 4NCBA 3P83D 3VA3A 4B8CA 1RTHA 1JXBA 3SNNA 3VQEA 2YKMA 1LAVA 3TWHA 4ID1A 3K5NA 1L3VA 1S6PA 2G8WA 4FJMA 4CF1A 3OS2A 4M3WA 3NFAA 4I9LA 4CHOA 4YFUA 2W42A 3QEWA 1RDBA 3TANA 3ZSQA 4F3OA 3CFPA 4Z4EA 2EX3A 4FJHA 1VRTA 4FZZA 4KB0A 1Y97A 4DWIA 4GVMA 1UOCA 4KPYA 3HP9A 2WONA 2E6MA 4L8RB 3AO2A 3HPOA 3V9WA 3LZIA 3AV9A 1L3TA 4CF8A 1WSEA 4FZYA 3KD5E 1B9DA 1REVA 4DFMA 5C42A 2G8UA 4N5SA 1EXQA 1ZBIA 3NAEA 3NDKA 4Y1DA 3K57A 1G15A 4HUGA 4NYNA 3M8PA 5HP1A 1BGXT 3THVA 2DFEA 2FC0A 1NOZA 3B6OA 2Z1HA 3ULDA 5I3UA 5FRMA 1FXXA 1JL2A 2F96A 3CQ8A 5SWMA 4OKEA 3AO3A 5E41A 1S1VA 3QEXA 2D0AA 3AVMA 1TL3A 3LP2A 1J54A 4B8AB 2LSNA 5KGXA 4GMJB 3KK1A 3BGRA 4MQ3A 1KVAA 2Y1IA 3C94A 3S3NA 1TL1A 4ICLA 4CJVA 3SJJA 3L8BA 4FK0A 1C1CA 3AO5A 4KI4A 2PYLA 2QXFA 1EP4A 1YT3A 1BIUA 1WSJA 3VN5A 4B9UA 4AHUA 4CJ4A 5KTQA 1QE1A 1RBVA 1DTQA 4W5OA 3D0PA 3RWUA 1RT7A 4IG0A 1YTUA 3K2PA 2OZMA 3AVGA 1JLEA 4LSNA 2XY6A 4M3ZA 4DSFA 4F2SA 2G8IA 1A5XA 4KREA 3MEGA 1NK9A 4B9TA 4QOZB 4DFPA 3U6FA 3V81A 3PX6A 2KZMA 4CK2A 1ASWA 4DG1A 4CJQA 4E3SA 2B4JA 5J2NA 2XO7A 1ASUA 3SV3A 1RT5A 3DI6A 4EP4A 3SUOA 3CM6A 1IG9A 2X74A 3L2VA 2ZD1A 3AA3A 3ZSOA 4CJTA 4PWDA 4JRQA 3QEPA 4KFBA 4LY7A 3WNEA 3RMBA 4CIFA 1X1PA 4NCGA 3DLGA 4OJRA 4CHPA 3TARA 4DSJA 4CJPA 4FJGA 1U48A 1VRUA 4BE1A 4FLTA 1L5UA 1HYVA 1WLJA 4UQGA 5JS1A 3OYBA 5CYMA 1L3UA 3HO1A 4FCYA 1IKWA 3NF8A 4AHTA 3M8RA 2XRIA 3NHGA 1TKXA 4CFBA 4FJNA 3HPHA 3AVJA 5FDLA 5KI6A 3RTVA 5D3GA 4C8MA 4B08A 1D8YA 3AA2A 3NGYA 3KKRA 3ZSWA 4DU1A 4CEFA 1JLGA 3SPYA 3DRRA 3LPTA 4KAZA 2VG6A 5SZTA 1DLOA 2YHBA 1NK4A 1GOCA 1VSJA 4I2QA 3V1OA 3WNGA 4CHNA 4KB1A 2IS3A 1BIZA 2XY5A 4R5PA 2DFFA 4AHSA 4WE1A 4OPJA 3HT3A 4CJLA 4IDKA 3HL8A 4OGCA 4B9MA 4F8RA 4FJ8A 4N41A 1RDAA 4DTXA 3K59A 4Z4GA 4CK1A 4KV8A 1SUQA 1HNIA 3OJUA 3EY1A 3PX0A 4C8KA 3ALYA 4RW6A 3P5JA 3VQBA 3ZT0A 3TI0A 1D5AA 4DF8A 3QEIA 1N5YA 1XHXA 2QKBA 4E0DA 1LAWA 2HHSA 3MXJA 1CZ9A 4DF4A 2EHGA 1RTJA 3DMJA 1B9FA 4O4GA 5J2PA 3SQ4A 1RDDA 2F8SA 2BGGA 5CY4A 3OYAA 4CGGA 1RTIA 4J2DA 3DRPA 3OYNA 4BE2A 3NE6A 4CFCA 4CERA 4YNQA 3I0RA 5T7BA 1EETA 1NK5A 4AHRA 3CFOA 3PUFA 3RMAA 4EP5A 1VSFA 3KIOA 4DTNA 1IKYA 1EX4A 1ZBLA 2HHXA 1ZBFA 1S9GA 1SL2A 1TKDA 4CJEA 1JKHA 3LALA 4CGIA 2IDOA 2HVHA 4HTUA 3IRXA 1LWFA 1Q9XA 4B9SA 1RT4A 4KHWA 3OJSA 4IFVA 3VQPA 4DQPA 2JLEA 1EKEA 4M3TA 4B9NA 1Q9YA 2VWKA 4PY5A 4FM1A 3I0SA 3MECA 1RBTA 1W9HA 4E19A 1T03A 4AHVA 3NH0A 4KTZA 4JS5A 3SQ2A 5I42A 2YNGA 1CXQA 4W5TA 3MEEA 2ITGA 3AVBA 3T1AA 4CHZA 4CIGA 3ZSZA 5KRSA 1CLQA 4CGHA 3LWLA 1KRPA 4K8XA 1C6VA 2HHWA 1QSYA 1J9AA 3G10A 1T7PA 4DSLA 3V9SA 4F3TA 4PUOA 2FBVA 4CJWA 4DMNA 1VK0A 3NF6A 1B92A 4DQSA 4H4OA 3EZ5A 2HHVA 1QQCA 2XY8A 4JS4A 1ZYQA 4NCAA 1LWCA 3SV4A 5FRNA 2HVIA 1FKPA 2FBTA 3AVIA 3VQ9A 4E7IA 1K6YA 4CCHA 4C8OA 3L2WA 2O4IA 2HHQA 4M45A 4CJ3A 3AA5X 4KO0A 4CK3A 2Z1JA 3RRGA 2WOMA 1X9WA 4W5RA 3NGZA 1T8EA 4KHYA 1VSHA 3NF9A 2KW4A 3LP3A 2AJQA 4HUFA 1BCOA 1UA0A 3PX4A 1HQEA 1W0HA 4CIEA 2O4GA 3QESA 5HROA 4Z4HA 3L3VA 1NK6A 4CJFA 3OY9A 3RMDA 1KVCA 3PO4A 4EZ6A 3C95A 1NJXA 1RBRA 3KK2A 1F21A 1U4BA 1NK7A 4FXDA 2OPQA 4DTUA 4BACA 1TV6A 4CF0A 3V4IA 3QINA 1RBUA 4BDYA 5JS2A 3TAEA 1GOAA 1RT2A 1UA1A 3HM9A 1RNHA 3U3GA 1RT6A 1XHZA 2FBXA 3MXMA 4B9LA 2KTQA 1JLFA 4I9QA 1LW0A 1UWBA 2IGIA 3O3FA 2G8VA 2VWJA 4DS4A 3C6TA 1XI1A 2G8KA 3O3GA 4OKKA 2ZE2A 2A1RA 4FW1A 2OPRA 3QEVA 4CEDA 3ZCMA 3ASMA 4BDPA 3SZ2A 3SQ0A 2RPIA 3OVNA 5C25A 2KFZA 1HPZA 2HNZA 1KCFA 2GV9A 4O0JA 1J5OA 1ZBHA 3SPZA 3AVCA 4K8ZA 4Q0BA 3OYDA 3IG1A 4ZTJA 3DM2A 4CEQA 2RN2A 3DLRA 3HK2A 2VG7A 3E01A 5J1EA 1VSDA 2P51A 3QO9A 1JLQA 1YTAA 3AVHA 4AH9A 1JLCA 4CFAA 4CF9A 3ZT1A 3LP1A 1FKOA 5HRNA 4DFJA 1WSFA 3KD1E 4QAGA 3NGIA 4KHQA 4DSIA 4XIUA 4W5QA 3QNNA 2QKKA 4FZXC 2GBZA 4E7HA 3K58A 4JLHA 5HBMA 3KTQA 1RT3A 2HW3A 3FFIA 2OA8A 2X6NA 4E1NA 4IG3A 1WN7A 4Z4CA 3CFRA 3NH1A 3LDSA 3SCXA 3VQ8A 3ITHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HKBA 3OYIA 4JKAA 1OH8A 3U3YA 1HJRA 2A6AA 2NUBA 2PBDA 3BY5A 4I2PA 4BRHA 3EE9A 4CESA 4A5BA 3CERA 2YJEA 4E89A 4DV1K 3PY8A 3ULEA 1BQMA 4LD0A 4KKOA 1VSEA 3D6RA 5AQOA 3NH2A 4JRPA 5C24A 3KKSA 4IFYA 5DK5A 1C0UA 4BRFA 4I6MA 1KTQA 5AZIA 3ID6A 5ADXH 3C6AA 3HYFA 4PL7A 1I39A 4O5FA 5AQSA 2NRVA 3G71N 4GV3A 4O5BA 2DY4A 2FF3B 1CZBA 4Z4FA 1SKWA 4IKFA 4KI6A 1BL3A 3DXMA 1SV5A 4J8FA 3N4QA 4N56A 3K9KA 1A5WA 2P9PA 3MAQA 1EWQA 1NGFA 2V51B 4MLHA 2DTUA 1NJIO 4CVNE 3EO3A 4N76A 4JKGB 1HX1A 3OYMA 2KZZA 3H3OB 2NZTA 3VF4A 4DQ8A 3WXIA 3L2RA 4BVPA 3KLEA 4F4KA 3TTFA 1Z26A 3HVRA 4OLBA 2NRHA 3RSEB 1JCGA 3Q7CA 5AZJB 3G0ZA 2QWQA 5IWAK 4W5NA 4JK9A 1TAUA 3B6PA 1S1TA 3S3OA 1HQUA 3MDQA 1BI4A 1OVYA 4KTWA 2BH1A 3QFPA 3ZEUA 4DV2K 1KLMA 1LWEA 1OKJA 3O08A 1T05A 2OPSA 3QB0A 5K14A 3JSMA 3DOLA 4CFDA 2CGKA 1RTDA 1S1XA 4FVMA 3UKUA 3ATVA 3KK3A 4GY2B 1LOTB 1QSSA 2YCHA 2X6SA 1KXPA 4RW9A 3VQCA 4CHYA 3NVKA 4JKHA 4BR5A 1NWKA 2YJFA 4FWNA 1TYQA 4JD2A 3H6EA 5BPNA 2BANA 4M3UA 1N32K 4WFBL 4CZMA 3DOKA 4CF2A 1N8RO 3BF1A 3WXMB 2D0OA 4FLXA 3QIOA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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