4O55A

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1h-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 45

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYO1 (91-93)TIV2 (115-118)TI2 (78-81)S1 (60-68)TI1 (57-60)TIV1 (67-70)S2 (71-78)S3 (83-89)3H1 (118-121)S4 (112-115)AH2 (124-128)3H2 (129-133)S5 (136-138)AH1 (94-106)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 45
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o55A00
4TSXA 4DSJA 2OPRA 1SKSA 1NK5A 4I9QA 1A5WA 1VSLA 3KKSA 1YT3A 5CZ1A 1SL0A 2BGGA 1NK6A 4B9NA 4AHUA 3H08A 4JLHA 2VWJA 4DU3A 3OYJA 2X6NA 1RDAA 4W5NA 2JLEA 1L3SA 3C6UA 4DTSA 4M45A 3JSMA 3ZSVA 4KTWA 1C6VA 4C8LA 4OJRA 4F8RA 1JXBA 3TAFA 1U48A 4CERA 1Q9YA 1QSLA 1JLBA 1WSJA 1ZBIA 1RT7A 5EU7A 2YNGA 1WSFA 4NCBA 3SUPA 1CLQA 5KGXA 4DTOA 1GOCA 3U6FA 4DSLA 4FJJA 2HHVA 4PY5A 2HMIA 1X1PA 3OYGA 4FYDA 2YV0X 2PYJA 3MECA 2QK9A 2HHTA 4PQUA 1VRTA 1RTDA 2Z1GA 3ZCMA 3OYIA 2E4LA 4DTRA 3U3YA 1K6YA 3SQ0A 4NYFA 4FK2A 1B92A 3AVLA 2JGUA 3OJUA 4RW9A 1A5VA 4JS4A 4FK0A 4K8ZA 1EX4A 1S5JA 1LAVA 4IFVA 2HNZA 1X9SA 1VSIA 1S9GA 3B6PA 1NOYA 4J2AA 3K5NA 1XC9A 3LP1A 3K5OA 3V9WA 3HL8A 4J2DA 4CESA 1TK0A 4CEQA 4I9LA 3KLHA 3I8DA 3V6DA 3NE6A 4CIEA 4W5QA 1VRUA 1VK0A 4FM1A 3KLGA 4QAGA 3RR7A 1IKVA 1N6QA 5KTQA 5JS1A 2KW4A 2XY7A 3F9KA 3A2FA 4CK2A 3KLEA 3VQ4A 3K57A 1YTUA 4EZ9A 4KKOA 4CFAA 3EZ5A 1NJZA 2D5RA 4CGJA 4DTPA 4OGEA 1J5OA 1DLOA 3QEWA 1KVBA 2HHUA 4CHOA 1XHXA 2OPQA 5CY4A 4CHZA 3HPOA 1LWFA 4CGIA 3CFPA 5D3GA 2ETJA 2BE2A 2NUBA 2B5JA 1HRHA 4Y1DA 2W42A 1UA1A 1U47A 3SI6A 3AO5A 1LW2A 1S1TA 3C95A 1JXEA 1JKHA 3I0SA 3M8PA 1U4BA 1WAJA 4J2EA 3E01A 2KZZA 4Q0BA 2EHGA 3L2WA 4FZYA 1HNVA 4CF2A 3OYFA 3RRGA 4CJKA 4DLEA 3OJSA 2QKKA 3ULDA 3ZT2A 4I7FA 4OKJA 1NOZA 4AHTA 4CEEA 2KFZA 3AO4A 1VSMA 3QEIA 3SNNA 1C1BA 1S1VA 3KK1A 1UAXA 4O0JA 3ZT1A 4FJNA 5CYMA 4W5RA 3CQ8A 5FRNA 2FBXA 3AA2A 3NF6A 2WOMA 3RR8A 4AHVA 3K5MA 3AVCA 2YKNA 3ZSWA 3LAKA 2OZMA 4O44A 1ZYQA 1BI4A 4EP5A 1HQUA 3EYZA 3DLBA 5FRMA 4CJSA 1RBTA 4CGHA 3DM2A 4BDYA 1QSSA 4IDKA 3V9SA 3LPUA 3PO4A 3NGIA 4KAZA 2E6LA 4KHQA 3WNGA 1KFSA 1RILA 3O4NA 3K5LA 2EX3A 2X78A 4CGGA 1TV6A 3JYTA 1G15A 2IGIA 2ZE2A 1L3UA 3T1AA 3LZJA 3TANA 2FC0A 3L2UA 2HVIA 3DLKA 4FJGA 3NF9A 3MAQA 4F3OA 2O4GA 3T19A 3DMJA 4DS5A 4JRQA 3OYCA 2ITGA 4KHUA 4FLZA 1WSHA 3SQ4A 1S6QA 1EP4A 2YNHA 2X74A 2Q3SA 3O3GA 1NKEA 3VQ9A 1RDBA 4Z4CA 4M3ZA 5KRSA 5I3UA 4KB0A 4BE1A 4DQIA 3DOLA 1Z25A 4DSKA 3VQDA 4CF9A 4W5OA 4HUEA 2D0BA 3PUFA 3SUOA 3LZIA 1FKPA 2RN2A 4B9UA 4DQPA 3VQ7A 2HNDA 3FFIA 2F96A 3NAEA 2OPPA 3NFAA 4FCYA 1TK5A 2OA8A 3AO2A 4F2SA 5T7BA 4LH5A 5KI6A 1ASUA 1NKBA 4FJ8A 4FJIA 3HJFA 1NJXA 3KD1E 1SKWA 3RRHA 3HSTB 4DWIA 1CXUA 4O4GA 2RPIA 3VQCA 4KTQA 4CIFA 1RT1A 4CJTA 3ZSOA 4RG8A 1HYZA 5HRNA 3K2PA 3M8QA 4EZ6A 3OS0A 5SZTA 3DYAA 3TWHA 3M8SA 3VQ8A 2B4JA 5K14A 3AVAA 4YFUA 1RNHA 3VA0A 3HPGA 4CEDA 3AA3A 4FLXA 2VWKA 1RDDA 3CM6A 4CJEA 3SQ1A 2IOCA 3VQAA 1HNIA 3HT3A 2G8IA 3LDSA 4KHYA 1GOBA 4E1NA 4IBNA 1TL3A 1UOCA 2X6SA 4CFCA 3QNNA 3V1OA 1MU2A 3S3OA 1RDCA 2XHBA 3VQQA 3KK3A 1BCOA 3SUNA 1RT4A 1RTHA 3OYNA 4DFMA 1RT2A 4AHRA 2O4IA 4G1QA 3VQBA 3NCIA 4ID1A 1RT5A 4HTUA 3NBPA 1KTQA 3LP0A 3QLHA 1TK8A 4B9SA 1J53A 1DTQA 3HXMA 1BCMA 4E19A 5CYQA 3SV4A 4CF1A 1LV5A 4FZXC 1LAWA 5JS2A 4E1MA 4LSLA 1VSJA 4E7KA 3LP3A 2VG5A 1L5UA 1EXQA 2FBTA 3HM9A 1SKRA 3HK2A 3MEGA 4DSEA 3TAEA 1ZBLA 4C8KA 3DI6A 2HB5A 2HNYA 4DF4A 1FKOA 3I0RA 3NF7A 2PY5A 5J2PA 1QQCA 4Z4EA 1SL1A 4PA1A 4H4MA 1L3VA 4K8XA 1VSKA 4DSFA 2G8FA 4ELVA 1JLEA 1HYVA 4KV8A 1Q8IA 3LAMA 1LWCA 3ZSRA 1BIZA 2QXFA 4GVMA 4EP4A 1S1UA 1QSYA 3ZSZA 3O3HA 4W5TA 3HPHA 5J2NA 3TAPA 2Y1IA 1S9EA 3EY1A 4DFKA 3SPZA 4GW6A 2BDPA 4RW4A 3V1QA 4CJ4A 4KHNA 1TKXA 2D0CA 2YNIA 3AA5X 3NH1A 3RTVA 4DTNA 5SWMA 3OYAA 3SUQA 1RBSA 3B6OA 2FBVA 4CE9A 2XY6A 4F2RA 4OLAA 3G10A 4DTJA 1HPZA 4FLVA 3P1GA 2ZD1A 3VA3A 3SJJA 1O1WA 1QHTA 1D8YA 4DSIA 4CCHA 4L8RB 2GV9A 3LWMA 3LWLA 2BANA 4DS4A 3OS1A 4AH9A 2A1RA 3QINA 1D5AA 1U04A 3RMDA 3MXMA 1NK7A 3RWUA 1D9FA 3DRPA 3IAYA 3TARA 3ISNC 2XRIA 3ZSXA 3D0PA 1BL3A 4DTUA 3HP6A 3TAQA 4CEBA 4M3YA 3NH0A 1ZBUA 2P5OA 4CFDA 1JLGA 3HVTA 1A5XA 5KGWA 4CEFA 3WNHA 4WE1A 4CJVA 1KLMA 1CXQA 3CFRA 2ZQBA 4B9VA 1BQNA 3DRSA 4DMNA 5HROA 1CZBA 4CJ3A 3QESA 5HRRA 2XY5A 3OYMA 1NKCA 4FW1A 1W9HA 3ITHA 4OPKA 3TI0A 4DU4A 1F21A 5J1EA 2G8HA 1TL1A 5HLFA 1JLCA 2KZMA 3V81A 4Z0UA 1B9FA 3SV3A 5KRTA 4F4KA 4FM0A 4HUGA 1BGXT 4DF8A 3VN5A 2P1JA 2HHQA 1LWEA 3L2VA 3T3FA 2AJQA 2FBYA 3ZT4A 1RT6A 2G8WA 4CK1A 3NGZA 2E6MA 3C94A 3DLRA 1TAQA 4N5SA 3CFOA 3ZT0A 1I3AA 4KTZA 5CZ2A 4ZHRA 4E7IA 3PO5A 1ITGA 1XWLA 4BDZA 1EKEA 3AVJA 3PX0A 3KIOA 2DY4A 4B8AB 4I2QA 3NH2A 3O3FA 3LALA 1XI1A 4KREA 3ASMA 4I2PA 4AILC 4OKKA 1T03A 4FJLA 4KHWA 1JL1A 2D0AA 3RMCA 3KKRA 3AA4A 1C1AA 2KFNA 4KI6A 4Z4FA 4E7LA 4CHYA 1KLNA 3QNOA 1JL2A 4B9LA 4CJRA 1BHLA 3VQPA 3QERA 4ELTA 4DQQA 4FK4A 1T7PA 4PWDA 1WN7A 2Z1JA 3QETA 2IDOA 3VQ5A 3L3UA 4FVMA 4CEOA 5C24A 3V9UA 1EETA 1FK9A 4ID5A 2P51A 4H8KA 4CFBA 1NJWA 1UWBA 4CJ5A 4MQ3A 3TAGA 1KVAA 3SQ2A 3AVHA 1BIUA 1HJRA 2Z1IA 4N56A 3ALYA 1I39A 1KVCA 2GUIA 3SPYA 2DFFA 4M42A 5J2MA 3OVNA 4GMJB 3SYZA 4CGDA 1KRPA 4M3TA 3KK2A 3AO3A 3MXIA 2KTQA 3NHGA 4CHNA 1RBVA 3RMAA 2GBZA 3IRXA 3MEEA 4KO0A 3HVRA 3S3NA 3DOKA 4RW6A 4ZTFA 3PY8A 1ASWA 1S6PA 3K58A 3MEDA 1UA0A 2YNFA 1IKXA 5C42A 4DLGA 4E0DA 4R5PA 3P5JA 5C25A 3OYEA 3KJVA 1Q9XA 2QKBA 2ATQA 1S1WA 1REVA 2I5JA 4RW8A 3MXJA 4OKEA 4AHSA 2R7YA 3V1RA 5J2QA 1IKYA 4DTXA 1ZBFA 3NF8A 5FROA 1XHZA 2LSNA 4KHSA 1BISA 4CJQA 4CEZA 1SUQA 3S3MA 2G8KA 4KB1A 4LD0A 3AVIA 4CF0A 4OGCA 1S1XA 1TKDA 3HYFA 4IFYA 1SL2A 1TKTA 5DK5A 1ASVA 3KLFA 3SZ2A 4KRFA 1RT3A 4B9TA 4FLTA 3AO1A 1C0TA 4CHQA 1X9WA 1B9DA 1X9MA 3AVFA 4N41A 1RBRA 4DFPA 3L3VA 3WNEA 3M8RA 4Z4GA 1L3TA 3AVGA 4M41A 4CJUA 3VQEA 3L2RA 3AVNA 4BDPA 3PX4A 4DFJA 3LP2A 2B6AA 4JS5A 1J54A 4BACA 4HCBA 3QO9A 4DQRA 3UIQA 1YVUA 1WNSA 4AHCA 1IG9A 4M3XA 1GOAA 1TVRA 3V9XA 1Y97A 4E3SA 4N76A 2HHXA 1QE1A 2DFHA 2IC3A 3QIOA 2OZSA 1NK8A 2YHAA 4OPJA 3V9ZA 4J2BA 3KLIA 4FW2A 4H4OA 2HVHA 2PZSA 1T8EA 4B8CA 3DLGA 2Z1HA 4CJLA 4HVJA 4CJFA 4FXDA 4FLUA 4OLBA 2IS3A 1DTTA 3L2QA 2YKMA 3KD5E 4CGFA 4UQGA 4JRPA 3ZSYA 1WAFA 1CZ9A 3HO1A 1IH7A 1C0UA 1YTAA 1HYSA 4C8MA 2XY8A 1HQEA 3CM5A 1SV5A 3CYMA 4KFBA 4YNQA 1C0MA 4QCLA 1TGOA 3K59A 4FJKA 1RBUA 1VSEA 4ICLA 4F3TA 3OY9A 2YHBA 2VG7A 1BI4B 4C8OA 2HW3A 1NJYA 1N5YA 1KCFA 4RW7A 3SCXA 4FJ5A 1ZBHA 1HMVA 4B08A 1VSDA 3AV9A 3BGRA 4CF8A 5HP1A 2RF2A 1KFDA 1VSFA 1FXXA 3OS2A 4FLYA 1VSHA 1JLFA 1IO2A 1RTIA 1QTMA 3BDPA 4IKFA 1J9AA 3OYDA 4LSNA 1IKWA 4BE2A 2F8SA 2DTUA 3PV8A 3OYLA 4KI4A 2G8VA 1KSPA 4IG0A 3ZSQA 3V4IA 4XIUA 3AVMA 4ELUA 4FJXA 4PUOA 2HHSA 2KQ2A 1WSGA 3LPTA 4DTMA 1TKZA 1T05A 1JLAA 3S9HA 1LW0A 3O4QA 3QEXA 4O0IA 4Q5VA 4CHPA 3OYKA 3OYHA 1TAUA 4E7HA 5I42A 3P83D 3OYBA 2WONA 1U49A 3IS9A 1NK9A 4O55A 4B3OA 4NYNA 3NGYA 1QS4A 1W0HA 4LH4A 3U3GA 5HRSA 4E7JA 3DRRA 2IAJA 3VQ6A 4FZZA 3PX6A 4DG1A 4FJ9A 1NK0A 4FJ7A 4NCAA 4HHTA 4CECA 4Y1CA 2G8UA 4CEAA 2OYQA 3AVKA 3IG1A 4C8NA 2XO7A 3L8BA 3QEPA 4M3UA 2A1SA 4HUFA 3CG7A 4IG3A 5FDLA 2OPSA 3ZT3A 4DQSA 2RKIA 1NK4A 3HP9A 4Z4HA 1R0AA 4FLWA 3TABA 3LANA 1C1CA 4NCGA 4M3WA 3TAMA 4CIGA 4B9MA 3THVA 1WSIA 2VG6A 3C6TA 4BE0A 1JLQA 2F8TA 1WSEA 3DLEA 4KPYA 1Z26A 1RTJA 4E89A 1RCHA 4CJWA 3KTQA 2HHWA 4DU1A 1D9DA 4OVLA 2DFEA 3QEVA 4CK3A 3DLHA 3QIPA 4BWMA 5HRPA 4HCCA 2P5GA 5DMRA 4N47A 4ZTJA 3F73A 4CJPA 4FJHA 4O5BA 4MFBA 1U45A 3RMBA 4FJMA 4FM2A 2PYLA 1BQMA 3G0ZA 3D45A 4LY7A 3NDKA 3WNFA 5E41A 3TR8A 4QOZB 5HBMA 4Z4IA 3AVBA 2Y1JA 1WLJA 4BWJA 4M3RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QW9A 2OPRA 1SKSA 1NK5A 3MMVA 1A5WA 1SL0A 2BGGA 1NK6A 4B9NA 4AHUA 4CJ7A 2VWJA 2NNWA 4JK8A 4CZIA 1L3SA 3ZLJA 3THYB 1U48A 4CERA 4LF9K 2QA4N 1ZBIA 3ZEUA 3B8AX 2YNGA 1WSFA 2A41A 1CLQA 3SUPA 3RSEA 1N8RO 4DSLA 2GELA 2UU9K 2W41A 2PYJA 1Y64A 5B8HA 4QS8A 2HHTA 3VESA 3SQ0A 3LDLA 4FOEA 4KI4A 4FK2A 3AVLA 4FK0A 4H03B 4BGBA 1A5VA 1GLEG 2HNZA 1P90A 3CC2N 3HL8A 3U9DA 5F0XA 3CJBA 4CEQA 1MWKA 3NE6A 3UKRA 4O5FA 1H1VA 4KBOA 3K57A 4EZ9A 4KKOA 4CGJA 4BREA 4JK9A 1KVBA 2HHUA 4FWKA 3G71N 5LJVA 3HPOA 3E9PA 4CGIA 3CFPA 4B3MK 4X64K 3O1BA 1HRHA 1NGIA 4CBXA 1U47A 2AA4A 3TPQA 1JKHA 1KQSM 1NMDA 3VOVA 3VENA 3JAMO 4HWIA 1XMQK 1S72N 2QKKA 3VEZA 2ASPA 4I7FA 4H5VA 2KFZA 5ELZA 3AO4A 1IJJA 1VSMA 3KK1A 5AFUA 4W5RA 5FRNA 2ZJRL 2I7PA 5ADXA 4O44A 4A5BA 1ZYQA 4EP5A 3DLBA 2WTUA 4H0OA 4CGHA 3DM2A 4BDYA 3VGMA 5M1NA 5M1KA 5EXWA 4BRKA 2W6KA 5AQFA 1Q86O 2E6LA 3BF1A 4WYBA 5AQMA 3BF3A 2Q0RA 5EOYA 3T1AA 5AZIB 4CZFA 3NF9A 1NGGA 2P9PA 3DXMB 3MAQA 4DS5A 3C6AA 4RCHA 4JRQA 3VTHA 4B3RK 4FO0A 4FLZA 2E2PA 4IO8A 1EP4A 5BR8K 3K0SA 1NKEA 4M3ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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