4O5BA

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1h-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 40
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o5bA00
1S1UA 1HJRA 5FDLA 1G15A 1D5AA 4EZ6A 2PYLA 3OYCA 1RDDA 4CGIA 4BE1A 4CK2A 3HVTA 4DSJA 1NK6A 4FK4A 3OVNA 1I3AA 2F96A 3WNFA 3NH0A 3PX4A 3AV9A 2DFEA 3DOKA 4CCHA 1NKBA 3ULDA 1QSSA 3NF9A 5E41A 3AVGA 4M3UA 4W5QA 1N6QA 4CJRA 4F8RA 1VSIA 2A1SA 1S9EA 3C95A 1F21A 1JLGA 3AVAA 3OYGA 3U6FA 4M3WA 2YNGA 4KRFA 1N5YA 1QSLA 4FCYA 4KHYA 2B6AA 2NUBA 3TWHA 1JLFA 1S1VA 3DLBA 3ZSVA 1TL3A 5C25A 3K59A 4GMJB 3EZ5A 3PO5A 4CJLA 4ZTFA 2GV9A 1ZBLA 4PA1A 3RR8A 4CIFA 4BE0A 1IG9A 1YTUA 3TI0A 4B9LA 3DRRA 3ZSZA 1NK4A 4E1MA 1ASVA 1NJXA 2QKKA 3ZT1A 4KHNA 3KD1E 4HCBA 3S3NA 5J2NA 3HO1A 1HNVA 3V81A 3RMDA 2F8SA 3CFPA 3P83D 3L2UA 3PX0A 4M42A 3AA5X 4AHUA 4KB1A 1WSJA 3KK2A 2P5OA 3ZT3A 4N76A 2P51A 5SWMA 1T8EA 5KGWA 4RW7A 4DS5A 4N41A 2D0CA 1KLNA 1S1WA 2IS3A 3DLHA 1BI4A 1RTDA 1RBTA 2R7YA 1SL2A 3DLRA 1I39A 1WNSA 4CF2A 3DOLA 1RBUA 4ID1A 4DS4A 1WAJA 3KLIA 1RT6A 1IKXA 1HQUA 4IG0A 1XC9A 4M3TA 2KFZA 5KI6A 5KTQA 1YT3A 2GUIA 2D5RA 5I42A 3EY1A 4KFBA 3SUNA 2D0AA 3CM6A 4KPYA 4W5RA 3M8PA 4FW1A 4M3RA 3OYBA 1SKSA 2HW3A 3LALA 3QNOA 4CHOA 4FJIA 2BGGA 4C8KA 3ALYA 3CFOA 3TAQA 4O0IA 1UAXA 1EXQA 4Y1DA 1TKDA 5K14A 4DSLA 3LZIA 3VQAA 4FK0A 1FXXA 3SZ2A 4LSNA 2O4IA 5KGXA 3DI6A 3DLGA 1FKOA 1X9WA 3PV8A 1JXBA 3S9HA 1CLQA 3THVA 4KHSA 2KTQA 1T7PA 3QIPA 1HPZA 1QE1A 3O4QA 3L2WA 3T19A 4YFUA 1T05A 2Z1JA 5CZ1A 3C94A 1NJZA 3V4IA 4CGGA 4W5NA 4DFPA 2FBVA 3OYAA 3V9UA 3NFAA 4N47A 3K57A 1TGOA 3F73A 3MAQA 3NAEA 2VWJA 3OYFA 1S1XA 5D3GA 1U47A 3SUQA 4HUFA 2JGUA 4IFVA 1BIUA 4WE1A 3U3GA 2G8WA 1VSHA 3L2RA 3F9KA 3NGIA 2E6LA 3KLHA 1K6YA 4DQSA 3TAPA 2XY5A 3AO4A 2IDOA 4Z4HA 3SUOA 3SQ0A 1UA0A 2YNIA 1D9DA 4F3OA 1C6VA 3SPZA 3JYTA 3VA3A 2ZD1A 1DTTA 2Z1IA 3K5OA 4DWIA 3LZJA 2Y1IA 1WLJA 3OYJA 4C8OA 4H4MA 1B9FA 4CJQA 4O44A 2HB5A 3I8DA 4M3ZA 1WSGA 2X74A 4CEEA 4CEAA 5DK5A 3QERA 1NJWA 4FJKA 4DTUA 3B6PA 4QCLA 4Z4IA 3K58A 4FXDA 4AHCA 5I3UA 4HCCA 1NKEA 1CXUA 5KRSA 3IRXA 1EX4A 3SJJA 2HHQA 1S6QA 3AVFA 4DF4A 3NH1A 3LPTA 3TAMA 3V1QA 4KKOA 4CFDA 4FLYA 4K8XA 3U3YA 3ZSQA 3HSTB 4MQ3A 3V1RA 3QEWA 4B9TA 2Y1JA 4FJMA 5J2PA 4M3XA 1HRHA 1RBRA 3DMJA 1KLMA 3OJUA 3S3MA 3DM2A 4CJ3A 5HROA 4FYDA 4DTXA 4JRQA 2OZSA 2G8KA 4FLVA 1JLEA 1A5XA 5CYQA 1QQCA 5FRMA 4PWDA 5DMRA 1EKEA 3AO2A 1Y97A 3BDPA 4H8KA 5HP1A 4FM0A 1B92A 4DTNA 3EYZA 1RT1A 4DSEA 4KO0A 1BQMA 4HUEA 2FBTA 2RN2A 2HNYA 5HRPA 2VWKA 4KHQA 3T3FA 2ZE2A 1L3VA 4OGEA 4DU1A 1RBVA 3VQDA 3OS1A 3C6TA 4Z4CA 1L5UA 2D0BA 3OYKA 2HHUA 4HUGA 1VSMA 4PQUA 1WSFA 3OYIA 4FM2A 1IKYA 2YNHA 1HYSA 4LH5A 4B3OA 2HHTA 4BWMA 3K5LA 1SKWA 3ZSRA 3TAFA 2XO7A 4Y1CA 3AVNA 3OYMA 1JKHA 3NF6A 3O3FA 3OY9A 1KVCA 3RRHA 2G8HA 4B9SA 1TAUA 3VQBA 1U04A 3VQPA 3NDKA 2DFHA 3WNGA 1C1BA 2Z1GA 4EP4A 2IC3A 4FLZA 1RTHA 1TKTA 4MFBA 1TK0A 1REVA 4LH4A 1J9AA 4E7LA 1QTMA 1VSDA 2XHBA 1Q9XA 3PO4A 4K8ZA 4J2DA 1RCHA 4RW9A 4B8AB 2VG5A 1JLQA 5HRSA 3HPHA 4B9NA 4FJNA 4FJ8A 3AO3A 3HM9A 2PZSA 4FVMA 3TANA 1S9GA 4AILC 2P1JA 2KZMA 4TSXA 4AHTA 2X6NA 5FRNA 4RW8A 2YV0X 3OYHA 4CECA 3TARA 3NGYA 1L3TA 1VK0A 1ASUA 3ZSWA 1ZBHA 1RTIA 1KFDA 3VQ9A 4ELTA 1BQNA 3HK2A 3M8SA 3WNEA 4FLTA 3CM5A 3HVRA 1HNIA 1RBSA 1W0HA 4DU3A 3VQCA 2JLEA 3NCIA 1QSYA 2X78A 1ZBIA 3LWMA 4OKKA 2YNFA 4M41A 1D9FA 4NCAA 3AVBA 2ITGA 3IAYA 3QESA 2XRIA 1LWFA 1LWCA 1GOCA 4F4KA 3SNNA 2YHAA 3VA0A 1IKWA 4DSIA 1VSFA 3CQ8A 4CHZA 3VQEA 3P5JA 3OYDA 4BDYA 2FBYA 3QETA 2OYQA 1IH7A 4C8LA 2X6SA 2BANA 3AA3A 3RRGA 2OPQA 4OKJA 3O3GA 4FZXC 4KREA 3M8RA 3VQQA 4CGFA 3HP6A 1VSKA 3L2QA 3K5MA 3L3UA 1NK8A 1TK5A 4F2RA 4FJJA 3MEGA 5HLFA 3OYLA 1ZYQA 4O0JA 2LSNA 1Z26A 2KZZA 3SUPA 3KLEA 1MU2A 4Z4FA 4CHQA 3VQ8A 4KHWA 2Z1HA 3LAMA 2IGIA 4CF8A 4IFYA 4OKEA 2OPRA 3ZSXA 1U4BA 4DFKA 3V9XA 4L8RB 4DSFA 2WONA 4DTMA 3MECA 3RWUA 1J54A 1Q8IA 3HXMA 1RT4A 4HHTA 3QEPA 1XHZA 4FJ5A 4FJXA 3KJVA 1VRTA 3K5NA 3SYZA 3QNNA 3QIOA 4DMNA 4GVMA 4AHSA 4CESA 3RMCA 4Z0UA 5CYMA 4CERA 1C1CA 1ZBFA 5T7BA 4DSKA 2FBXA 3NGZA 1X1PA 4E7KA 3NHGA 3A2FA 3ASMA 4NYNA 4CEBA 4BDPA 3KKRA 4CE9A 4J2AA 3AVIA 3TAEA 5HBMA 4OLBA 3MXMA 4JS4A 3QO9A 4PUOA 3AVMA 1HMVA 1JL1A 1BGXT 3B6OA 1S1TA 2HHWA 4ID5A 3AVCA 4N56A 4I2QA 4KTWA 3SQ1A 4CF9A 1L3UA 2YHBA 1T03A 5JS1A 4FJ9A 4CEZA 2YKMA 1HQEA 2QK9A 4CJUA 3OYEA 3DLEA 3DLKA 4LD0A 1TAQA 1WN7A 2ATQA 2W42A 4FJGA 1R0AA 3KD5E 1WSHA 3OS0A 3HJFA 3UIQA 1NK9A 4PY5A 1BISA 3KK3A 3VQ4A 2HVIA 4B8CA 4FLWA 5J2QA 4CEDA 4DFMA 3PX6A 3KK1A 4IDKA 4KI4A 2BDPA 4BACA 2YKNA 3T1AA 3ISNC 1TVRA 3ZT2A 4C8MA 1EETA 2OZMA 2WOMA 2DY4A 1ITGA 2DTUA 4CGDA 3PUFA 1RILA 1RDBA 1RT3A 4I7FA 2HNZA 4RW6A 4O4GA 1GOAA 4DLGA 1KFSA 1SKRA 4OGCA 1Z25A 5CY4A 1ZBUA 4AHVA 4CJFA 4J2EA 4E7HA 3P1GA 4AHRA 3RMBA 2G8FA 2RPIA 4BE2A 1BI4B 3HP9A 1TL1A 3G10A 4CJEA 1LW2A 3MXIA 4KAZA 4O5BA 4CHNA 4IG3A 4R5PA 1KTQA 1LAVA 4E19A 3DYAA 3SI6A 4DQQA 2B4JA 1GOBA 4DTJA 1U49A 1TK8A 3ZSYA 1SL1A 5C42A 3M8QA 1JXEA 1LAWA 1IKVA 3DRPA 3QLHA 1TKXA 4XIUA 3RTVA 1XI1A 3NF7A 4NCGA 1UOCA 3ZT4A 3MXJA 1XWLA 3RMAA 3V9ZA 4DQPA 2QKBA 4OPKA 4B9UA 1DLOA 2BE2A 5HRRA 1QHTA 4CJ4A 4OPJA 3ZSOA 1HYZA 4CIEA 4DTOA 1EP4A 1KVAA 2EX3A 3LP2A 1VSEA 2HNDA 3TR8A 4DF8A 3LANA 1WAFA 1SV5A 5J1EA 4Z4EA 3AO1A 2E6MA 1RDCA 4O55A 1NOYA 1VSJA 2VG7A 2F8TA 4N5SA 2VG6A 1KVBA 4JLHA 3FFIA 3ITHA 4E7IA 5KRTA 1UWBA 1IO2A 1A5WA 2OPPA 1BCOA 4CK1A 1NK0A 1C0TA 3TAGA 1JLBA 4F2SA 4YNQA 3SV3A 2G8VA 4M3YA 3VQ6A 1RT7A 4W5OA 1NK5A 4GW6A 1L3SA 1FK9A 2FC0A 3DRSA 4Q5VA 2PYJA 4BDZA 3MEEA 4CJTA 2IOCA 4IKFA 1B9DA 2KQ2A 1KRPA 2HHVA 1O1WA 5FROA 1W9HA 4AH9A 4CF0A 1S6PA 1U48A 1C0MA 3VQ7A 1NOZA 3D0PA 4CGHA 5CZ2A 4OLAA 4CF1A 2I5JA 3TABA 3S3OA 3AVLA 4CJWA 2E4LA 4KTQA 2ZQBA 3KKSA 4ZTJA 3NH2A 1RDAA 4CJSA 1QS4A 1JLCA 3NF8A 3HL8A 4CGJA 3SPYA 4HTUA 4DQIA 4DTSA 2HHXA 4DTPA 3AO5A 1A5VA 2PY5A 3VN5A 2B5JA 1XHXA 4ZHRA 2O4GA 4C8NA 3HYFA 4CHYA 3L2VA 3LWLA 1CXQA 4DTRA 3QEXA 2RKIA 3QEVA 1NJYA 1TKZA 3HPGA 4ELUA 3MEDA 4JS5A 3E01A 1HYVA 1RNHA 1S5JA 3G0ZA 1WSIA 3L3VA 4CFAA 1NK7A 3IS9A 4EZ9A 3LP0A 3L8BA 1FKPA 1SUQA 4DQRA 3SCXA 4LSLA 3CYMA 4ICLA 3HPOA 4CEFA 3SV4A 2EHGA 4KV8A 2DFFA 3O4NA 5JS2A 4B08A 3KLGA 2XY6A 4CJPA 2XY7A 5SZTA 4FM1A 4KB0A 1RT5A 3OS2A 2OA8A 3AVHA 1YVUA 4F3TA 4FLUA 4UQGA 3LDSA 1LW0A 3BGRA 2ETJA 3AA2A 3QINA 1KCFA 2RF2A 1WSEA 4KTZA 1VRUA 4OVLA 3V9SA 3LP1A 3V6DA 1J53A 3H08A 1BIZA 1U45A 1RT2A 4CEQA 4DG1A 4E3SA 3LPUA 4I2PA 4CIGA 2P5GA 1BHLA 4W5TA 1CZ9A 3AA4A 4M45A 3O3HA 4B9VA 3KLFA 4FW2A 3D45A 4RG8A 3SQ4A 1Q9YA 2G8UA 4IBNA 5EU7A 4NCBA 3NBPA 4Q0BA 4CFBA 1YTAA 4FJ7A 4KHUA 3VQ5A 3KTQA 4FJLA 3ZT0A 1DTQA 4FJHA 3AVJA 3CG7A 2GBZA 4CJVA 4DU4A 3OJSA 2A1RA 1SL0A 2OPSA 4I9QA 2Q3SA 1UA1A 2HVHA 5J2MA 4Z4GA 4CFCA 4H4OA 4FZYA 3RR7A 4KI6A 1C0UA 3I0SA 4CHPA 4LY7A 4E89A 3WNHA 1BL3A 1CZBA 4I9LA 4RW4A 4FK2A 4HVJA 1BCMA 3LAKA 1TV6A 4CK3A 3JSMA 4E7JA 4E0DA 4JRPA 2HMIA 4B9MA 1LWEA 4OJRA 3QEIA 3V1OA 4QAGA 1RTJA 2G8IA 4G1QA 2XY8A 1D8YA 4QOZB 4ELVA 1J5OA 4FZZA 1LV5A 4DLEA 4FLXA 2IAJA 4CJ5A 2HHSA 3C6UA 5HRNA 2KFNA 3KIOA 3PY8A 4EP5A 4E1NA 2QXFA 4CJKA 1X9MA 3ZCMA 4CEOA 4J2BA 1C1AA 1VSLA 1KSPA 3CFRA 1JL2A 3K2PA 3NE6A 3LP3A 1ASWA 3HT3A 1X9SA 4BWJA 1NKCA 3SQ2A 3AVKA 2KW4A 3I0RA 4DFJA 1JLAA 4NYFA 5C24A 3V9WA 3IG1A 2AJQA 3OYNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1I94K 3PLAA 4NB4A 1RDDA 4BE1A 3CQYA 5AZIA 4FK4A 1NM1A 3CC2N 2DFEA 1HJOA 1NKBA 3E9OA 3AVGA 4M3UA 4OPHA 4FVUA 4H0YB 2A1SA 1F21A 2HF3A 4KRFA 3DLLL 3TSQA 4KHYA 1YI2N 1NGBA 5M1KA 3K59A 4GMJB 3EZ5A 4CIFA 1IG9A 3WXMB 2KHOA 5J2NA 1HNVA 5M1PA 3CFPA 4YOUA 4IJAA 3P83D 3L2UA 3PX0A 1YIJN 4BY9C 2P5OA 4N76A 1VHXA 5SWMA 4IOAL 1T8EA 1KLNA 1S1WA 2IS3A 3R3LA 1RBTA 2R7YA 1SL2A 3CETA 1WNSA 4ID1A 1Q86O 4MLEA 3KLIA 4BC3A 1YT3A 2GUIA 1ILYA 3EY1A 2D0PA 3A5LC 3SUNA 3ULEB 4KPYA 4RCHA 2FSJA 3M8PA 4FW1A 4DV1K 3QNOA 5M1FA 4JAXA 4MDAA 2QWNA 2A6AA 2NZTA 4Y1DA 5K14A 4DSLA 5IWAK 2D1KA 4FK0A 4CW7B 1FXXA 4LFCK 3DLGA 1K8KB 3FR0A 1JXBA 3MWPA 3S9HA 3KHYA 3WT0A 4V19S 4LF6K 2QWRA 4W5NA 4N47A 4JI7K 1TGOA 3MAQA 5C15A 5AQIA 1U47A 3SUQA 4HUFA 2FSNA 1BUPA 4BC5A 2A41A 3KLHA 2Q1NA 4IJNA 1C6VA 3VA3A 4DWIA 2ZGYA 3LZJA 3OYJA 5AQXA 4C1NI 2NLXA 5EX5A 1WSGA 1YF5L 3QERA 4QCLA 4Z4IA 3K58A 4AHCA 3NMUA 3FLCO 5F0XA 4BR2A 5KRSA 1EX4A 1JCFA 5AQPA 4BRCA 1QZ6A 3TAMA 3V1QA 1TUUA 3U3YA 4ISGA 3ZSQA 4FJMA 3RSEA 3QEWA 5J2PA 2W41A 3M6GA 5CR4A 1TUYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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