4O5BA

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1h-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 40
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o5bA00
4H4MA 1RDBA 5KI6A 1Z26A 4O0JA 5KRSA 1NK5A 1NJYA 3RRGA 3C6TA 3IRXA 3DRRA 4C8OA 2HNYA 3OYCA 1Q9YA 3QNNA 4LH5A 1L3UA 4DLGA 1QSLA 1CLQA 3L2UA 3QEPA 4AH9A 4OJRA 3PY8A 1BGXT 4B9UA 4CEDA 1WAFA 3VQEA 3F73A 2HNZA 4CFAA 4Q5VA 1T05A 2XY5A 1HMVA 4CGHA 3ZCMA 3JYTA 1TAQA 2X78A 4E7LA 2HHWA 3LDSA 4CFBA 4ZTJA 3CYMA 4AHSA 3FFIA 3NGYA 1WSFA 3SNNA 4CJVA 3VQDA 3C94A 4GW6A 3SQ0A 1SKWA 1QE1A 5HRRA 3KKSA 3KTQA 3DLKA 1VK0A 2QK9A 4FVMA 4AHRA 1C1BA 2IC3A 3VQCA 4CE9A 4YNQA 3NGIA 4DTPA 1NK6A 4CIGA 4QOZB 1XHXA 4HUEA 2XRIA 3V9XA 1ZBLA 3VA0A 2WOMA 3VQ8A 4CCHA 3AVKA 4DS4A 1DTTA 2HHXA 1KLNA 4KHUA 3MXJA 4E7JA 1FXXA 3VN5A 3NHGA 5HROA 3K2PA 2B4JA 2FBYA 3HJFA 1LWFA 4CEZA 1REVA 1J5OA 3AA5X 1G15A 4CEEA 2D0AA 3ZSRA 4CF2A 1Q9XA 4OKKA 1JLCA 3H08A 1DLOA 4AHTA 4CEBA 3T1AA 1LV5A 3LP0A 1RDAA 2OPSA 4FK2A 4CJQA 1RT2A 4KB0A 1WSIA 5HBMA 2NUBA 4GVMA 3ALYA 3P1GA 2Q3SA 4KFBA 1CXUA 1KFDA 1B92A 1S1WA 3S9HA 3HPGA 2GBZA 2FBVA 5T7BA 4DSEA 1BI4A 4CHQA 3V9WA 3VQ7A 3ZSZA 3S3NA 1A5XA 4CJRA 3KLEA 3TABA 4FYDA 4DTSA 2OPPA 4EP4A 4AHCA 4Q0BA 3RRHA 3QIPA 4DG1A 3AVAA 2Z1GA 2X6SA 4M45A 2ZQBA 1HNIA 2ETJA 3NGZA 1S6PA 5FRNA 4UQGA 4HCBA 4FXDA 4CJEA 1TKZA 3V1OA 2PYLA 1ZYQA 2RN2A 4FM2A 4FJGA 2HHVA 3PUFA 3PO4A 1EKEA 2QXFA 2YNHA 3AO1A 1SUQA 3B6PA 3SPYA 1BQMA 2ITGA 3QIOA 4IBNA 4QCLA 1HRHA 1EP4A 1LW0A 1RT5A 2EHGA 3L8BA 5SWMA 3SUOA 1JLBA 3DRPA 4B8AB 4YFUA 4C8KA 3CM5A 3SQ1A 1RTIA 2DFEA 2G8KA 2AJQA 1FKPA 4R5PA 3AO3A 3KK2A 1HQUA 3QEIA 4DTRA 4DFJA 5KRTA 2HHUA 3AVNA 4BWJA 5E41A 1ASWA 1C0UA 2X74A 4NYFA 2VG6A 5KTQA 3NDKA 5FRMA 3EY1A 1NJWA 4RW7A 1NK8A 4DSFA 5FDLA 1R0AA 4CEFA 4N41A 4W5NA 3ZSXA 3VQ6A 1RDDA 1WNSA 4BDPA 1JLFA 1RTDA 2HHTA 4DTMA 1K6YA 1VSMA 1YTUA 3KLIA 5DK5A 1S5JA 3HPHA 2VG7A 5JS2A 3OYEA 3RTVA 2Z1HA 1IKXA 4DTNA 4BACA 4DSJA 5EU7A 4XIUA 2Z1IA 5HRSA 1T8EA 4DSLA 1GOBA 3P5JA 3SQ2A 1KVCA 4NCAA 4HCCA 3KIOA 3SUNA 4PWDA 3AV9A 1RNHA 5CYMA 2VWJA 3SI6A 1U45A 4HVJA 1N6QA 4CJWA 2ZE2A 2W42A 5D3GA 1LW2A 3HXMA 4CFDA 1BIZA 4DFPA 1IG9A 4ICLA 3CFPA 4FJ7A 3KKRA 1HPZA 1QSSA 2G8HA 4O5BA 1TKDA 3L3UA 2JLEA 1CXQA 2D0CA 1NK9A 4KPYA 2Y1IA 2HHQA 3SUQA 4N76A 4H4OA 5I42A 4C8NA 4EZ6A 3PX0A 5KGXA 3DRSA 1U48A 3PV8A 3ZT0A 3BDPA 1BIUA 2KFNA 4E1NA 2XY8A 3DLHA 2FBTA 3RMDA 1S9GA 1VSIA 2G8IA 4N47A 1JXBA 4CGJA 4H8KA 1HYZA 4CK1A 1BQNA 2BGGA 4BDZA 3AVCA 3QEXA 3ITHA 1B9FA 1D5AA 1LWEA 4CHPA 4Z4FA 3RMCA 2DFFA 4MQ3A 4CIEA 4KKOA 1RBRA 3ZSOA 4M3YA 4BE2A 4F3OA 2KZMA 3S3MA 4RW8A 1UAXA 1NKEA 2HB5A 4Y1DA 2RF2A 1JLGA 1S6QA 2KFZA 1X9WA 3K59A 1S1VA 1XWLA 1RBTA 4I9LA 3SV4A 4KAZA 3LZJA 3NF7A 3CM6A 4IFVA 4W5QA 3RMBA 4FJNA 4Z4GA 4CFCA 4FM1A 3VQBA 2E6MA 4KHSA 2VWKA 1J54A 1C1AA 4GMJB 2IAJA 3I0SA 4OGEA 2IDOA 3DM2A 3NBPA 1QSYA 4N5SA 1S1XA 4IG0A 3EYZA 3NH2A 1DTQA 1GOCA 3WNHA 3DLBA 3VQAA 1RILA 2DTUA 1O1WA 4FM0A 3V9ZA 3K58A 2OA8A 2XY7A 1KSPA 2G8WA 2EX3A 3HP9A 3LP1A 1WSGA 3KLFA 4CJ5A 3AVBA 3LPUA 2F8SA 4M3UA 1UA1A 1S1TA 3LPTA 5SZTA 4I2QA 4F4KA 4L8RB 3DYAA 1U49A 4Z4IA 4E0DA 4Z4EA 1UOCA 4CJUA 2ZD1A 2BDPA 1NKBA 4DLEA 5HRPA 3QEVA 2G8VA 4J2AA 3KK1A 4E19A 3O3HA 1I3AA 3NAEA 1BHLA 1IKYA 4RW6A 3NF8A 5HRNA 1LAVA 4OKEA 1SKSA 4CIFA 3G0ZA 4FLZA 3TAEA 4DFMA 2YV0X 1FK9A 1RT6A 3QNOA 1T7PA 4DF4A 2P1JA 3AO5A 3WNFA 4FLTA 3VQQA 4KB1A 3KD1E 3ZT3A 4CECA 3D45A 4W5OA 3T19A 5C42A 3OYIA 4B9MA 3PX4A 3M8PA 2E4LA 3OYDA 3ZT4A 5J2PA 3V9UA 3V6DA 2A1RA 1KVBA 2YNIA 1X9MA 4B9LA 2Y1JA 3AVFA 4B9TA 1SV5A 4HHTA 5HLFA 3AVJA 4DTUA 4I9QA 2HMIA 3P83D 4CEOA 1C0TA 2GUIA 1EETA 2D0BA 2PZSA 2YNGA 4CF8A 2F96A 1IH7A 1RTHA 4FJMA 1F21A 2OZMA 4E7HA 1JKHA 3TAQA 4ELTA 1JL2A 2HVIA 3CFOA 3BGRA 1U04A 3DLRA 1QHTA 4DMNA 1TAUA 3OYHA 5DMRA 3S3OA 1VSEA 3MEEA 2XHBA 4JRPA 2DY4A 4DU1A 1YVUA 4PA1A 2IGIA 2A1SA 4CEAA 2OPQA 1JXEA 3LALA 3MEGA 4CJFA 3VA3A 2G8FA 1SL1A 3KD5E 4FJHA 3MEDA 4ELVA 4M42A 4JS4A 1C0MA 4M3XA 4IFYA 1VSFA 4DS5A 3DLEA 1L3TA 1TKXA 3IG1A 3U3GA 3OYAA 2RKIA 4FLXA 3RMAA 4LSNA 3E01A 4RG8A 2FBXA 3KJVA 3MXMA 4KHYA 3C6UA 1C6VA 1WSJA 1KLMA 1CZBA 3HT3A 5KGWA 3NE6A 4CJKA 3OS2A 4DFKA 2PYJA 4CGDA 3C95A 1TL1A 4Z4CA 3TAMA 1BCOA 4JS5A 1Q8IA 3ZSYA 1A5WA 4B08A 4CF0A 4OPJA 4C8LA 3VQPA 2LSNA 2IS3A 3V1QA 4CHYA 4F3TA 4K8ZA 4DQQA 3K5OA 3QO9A 3SJJA 3F9KA 1RBSA 3AA2A 3K57A 2YKMA 3QETA 2HHSA 3HP6A 2E6LA 3MECA 1SL2A 3O4NA 4DSKA 2WONA 1EXQA 4W5TA 2R7YA 1NK4A 4B9VA 4FK0A 4F8RA 3KLHA 4DTOA 4N56A 3QLHA 4FJXA 3OYGA 2O4GA 3HSTB 3CQ8A 4MFBA 1VSDA 4O0IA 3OYMA 1W0HA 1ASVA 3K5NA 3ZSWA 4KI6A 4OVLA 1ZBUA 1RBVA 4M3RA 3ZT2A 3HPOA 3SZ2A 5J2NA 3PO5A 2OYQA 4JRQA 3HO1A 1NOZA 1VRTA 3LAMA 3QESA 1VSKA 4DTXA 4FJIA 4AHVA 1WAJA 4LD0A 1J9AA 4BDYA 1JLEA 2KQ2A 3ULDA 2KTQA 3HYFA 1JL1A 1SL0A 3LWMA 4CJ3A 3PX6A 3AA4A 4J2EA 3WNEA 1HYVA 3AVMA 1RT1A 1IKVA 1QQCA 3DLGA 3TARA 1Y97A 3VQ5A 3O3FA 4RW4A 4NYNA 4OPKA 3SQ4A 1KRPA 2KW4A 3OJUA 1NK7A 3ZT1A 4CGGA 4ZHRA 4KRFA 1BL3A 3DOKA 3ZSQA 5I3UA 1ZBFA 3HM9A 2GV9A 2YHBA 2KZZA 1JLAA 1ZBIA 3AVLA 3OY9A 3V9SA 3WNGA 1RT4A 3L3VA 4E7KA 4DSIA 3AVIA 1YTAA 4IKFA 2YNFA 1GOAA 1VRUA 4IG3A 4CHZA 4CERA 4CESA 3O4QA 1CZ9A 3AVHA 3TR8A 3OYBA 4ZTFA 4KV8A 2O4IA 4F2SA 4J2DA 4FJ8A 1RT3A 1MU2A 2F8TA 5C25A 1KTQA 3OVNA 3M8QA 4Z0UA 4CHNA 4ELUA 2P5OA 3L2WA 2Z1JA 3RR8A 1WLJA 4G1QA 4CK2A 4KHNA 4Y1CA 3ASMA 4PUOA 3A2FA 4KO0A 1NKCA 3AO2A 3OYNA 3TAFA 4M3WA 5K14A 3OJSA 5CZ1A 4FK4A 1ZBHA 3K5MA 1NJZA 1HQEA 4B9NA 2D5RA 3RR7A 4J2BA 4KI4A 3NCIA 3TWHA 1RBUA 4M41A 2P51A 1IO2A 4OKJA 4FW2A 3TAGA 3NH1A 1NK0A 4FLWA 1C1CA 1RTJA 4CJPA 4KHQA 3SUPA 1FKOA 4HUFA 4DQIA 4DWIA 2HNDA 1RDCA 3M8SA 3MXIA 4KHWA 3NF6A 3NF9A 1L3SA 4WE1A 4E7IA 4HTUA 3U6FA 4DU3A 2OZSA 2OPRA 4AHUA 4CJLA 3ISNC 3DI6A 1RT7A 1XHZA 4FW1A 4W5RA 3OYJA 3M8RA 4FLUA 4BE0A 3D0PA 4E1MA 1VSHA 3LANA 1NOYA 3L2RA 3DOLA 4CGFA 1KCFA 1UWBA 1BI4B 1Z25A 4CJTA 4FJ5A 3ZSVA 3I0RA 1TKTA 4CF9A 1S1UA 4E89A 3AA3A 4O4GA 4F2RA 4LH4A 3AVGA 3JSMA 3CFRA 1TK0A 4NCBA 4PQUA 1S9EA 4CEQA 1TL3A 3SPZA 3TI0A 1D9FA 1W9HA 1X1PA 4CJSA 3LAKA 4DF8A 1L5UA 5JS1A 5CZ2A 2QKBA 3KLGA 1HYSA 3DMJA 1B9DA 1SKRA 1L3VA 4K8XA 3NFAA 1N5YA 4DTJA 1TV6A 2DFHA 1JLQA 3EZ5A 2B6AA 4NCGA 4CGIA 1X9SA 4TSXA 2IOCA 5FROA 4KREA 4I7FA 4C8MA 1HNVA 3L2QA 3LP3A 5CYQA 4IDKA 3THVA 4B9SA 3HK2A 3OYFA 3OS0A 3QINA 4CJ4A 5J1EA 4OLAA 4M3ZA 2G8UA 4FJJA 1WN7A 4CF1A 4DQSA 4E3SA 5J2QA 1T03A 4PY5A 3SCXA 2XO7A 1TGOA 4LY7A 3TAPA 3LWLA 1J53A 4I2PA 1LWCA 1QS4A 4KTZA 4EP5A 3MAQA 4BWMA 3K5LA 4BE1A 3RWUA 1IKWA 4CHOA 3V1RA 4FZZA 1YT3A 3OS1A 1D9DA 2I5JA 2X6NA 3G10A 1HJRA 1RCHA 1NJXA 4FLYA 1TVRA 4FJLA 2HVHA 4FLVA 2B5JA 3B6OA 3O3GA 1XI1A 4DQRA 2HW3A 1BCMA 4JLHA 3OYKA 1KVAA 3VQ4A 1D8YA 4FCYA 4EZ9A 4M3TA 2YHAA 3OYLA 1U47A 4RW9A 4HUGA 3KK3A 3TANA 1VSJA 1ASUA 3QEWA 3U3YA 4OLBA 4OGCA 2RPIA 4KTQA 3QERA 4FJKA 2YKNA 3V4IA 1BISA 3IS9A 1UA0A 3UIQA 3LP2A 4ID1A 3LZIA 1U4BA 1XC9A 2ATQA 4B3OA 5C24A 3SV3A 2QKKA 4FJ9A 2BE2A 3HL8A 4O44A 3T3FA 1QTMA 4DU4A 3HVRA 4ID5A 4O55A 4B8CA 3VQ9A 3NH0A 1TK8A 3IAYA 5HP1A 1WSHA 1EX4A 4KTWA 3AO4A 5J2MA 1LAWA 2XY6A 1VSLA 1A5VA 2VG5A 2BANA 3CG7A 3SYZA 4AILC 3V81A 1TK5A 3HVTA 2P5GA 1KFSA 4DQPA 5CY4A 3L2VA 1ITGA 2FC0A 1I39A 2JGUA 4QAGA 4FZXC 1WSEA 3I8DA 2PY5A 4FZYA 4LSLA 4CK3A 4Z4HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDBA 5KI6A 1Z26A 5KRSA 4RWTA 1NK5A 3RRGA 4LF6K 1NMDA 2OANA 2HNYA 4FWSA 1WOQA 2ZWHA 1XMOK 1CLQA 4AH9A 3JS6A 4OJRA 3PY8A 4FPAA 3F73A 2XY5A 4CGHA 1TAQA 5GIOA 5JVHL 4E7LA 2HHWA 3LDSA 4ZTJA 4AHSA 1U6ZA 3VQDA 1SKWA 3JAMO 4FVMA 1C1BA 4G9ZA 1MWKA 2XRIA 4H5RA 4MDAA 3V9XA 2P9PB 2WOMA 1HNXK 3EO3A 1HLUA 2HHXA 5FPMA 1FXXA 3D2EB 2B4JA 1LWFA 3QICA 1HKBA 1J5OA 2O8BB 1FJGK 1Q82O 4OKKA 2Q1NA 2P9LB 4AHTA 3N4PA 3T1AA 1RDAA 3E9LA 2NUBA 3ALYA 2Q3SA 4BGAA 1B92A 1S1WA 4HWIA 1WB9A 4DCHA 5JMVA 1E4FT 4X66K 1BI4A 3V9WA 1RDWX 1VQ7N 3S3NA 3KLEA 1RFQA 3RRHA 4JK8A 4JI5K 3H1QA 1HJOA 1S6PA 1S22A 4UQGA 4CJEA 3V1OA 2PYLA 2RN2A 1SUQA 3DXMB 3QIOA 2I7PA 4I6MB 4U67L 3DRPA 4K42A 4B8AB 5KPZA 1N36K 3CM5A 3SQ1A 1RTIA 2G8KA 1IBLK 1YHQN 3AO3A 3KK2A 5KRTA 4WFAL 2IVNA 2VG6A 5KTQA 5FRMA 4LFCK 3EY1A 3BZCA 5FDLA 3C7NB 3ZSXA 2JWLA 4IXCA 2VG7A 5JS2A 4H5TA 4BACA 1T8EA 1GOBA 1KVCA 3SUNA 4JI6K 2QTDA 3QFPA 4QS7A 3A5NC 3CFPA 3JXUA 1QSSA 3L3UA 2HBKA 2JLEA 3CMAN 1ATSA 4N76A 4C8NA 1NGDA 1V4SA 2XY8A 3DLHA 2FBTA 1BDGA 3VGKA 1YUWA 1BQNA 3D6RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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