4O5BA

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1h-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 40
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o5bA00
1O1WA 3SPYA 4CGFA 2HNDA 5I3UA 3RR7A 2O4GA 4B9SA 1RT3A 1VSJA 4EZ6A 1NK0A 1NOYA 4H4MA 4DSLA 1IKYA 2DFFA 2HVHA 3AVGA 3PUFA 4M3RA 2P1JA 4BE0A 4DQSA 1EXQA 4NYFA 1XI1A 4AHVA 4AHSA 3JYTA 4PA1A 4CIGA 2A1RA 5CY4A 4E1NA 1KCFA 4HVJA 1KLNA 1L3TA 4M41A 3QERA 1ITGA 1KSPA 4M45A 4C8KA 1JLBA 1ASVA 3LAKA 5C24A 4FLZA 4F4KA 4B3OA 2HHWA 2DTUA 1NOZA 2Z1JA 3CFRA 4FJLA 1HNIA 3MEDA 4DSJA 3DLGA 2HHSA 4DTRA 4CF0A 3OYIA 3L2VA 3PX0A 2IGIA 4IFYA 1NJYA 3E01A 4O0JA 1RCHA 1IO2A 1LAVA 1ZBLA 3RRGA 2FC0A 3DRRA 4E19A 1GOAA 4LH5A 1IG9A 3DOKA 3AA3A 3NE6A 3ZSVA 1UA1A 2F8TA 1S1WA 2RN2A 1KLMA 4CGHA 2FBVA 3AO1A 2JLEA 4LSLA 4MFBA 1JLCA 3NGIA 3OJUA 3V9XA 4E7LA 4E0DA 2OPQA 3VQ9A 4CJWA 4DS4A 4FCYA 1VRUA 4UQGA 4L8RB 4Z4HA 3F9KA 4Z4IA 3VQ5A 3NF8A 4CEEA 1TK5A 2XY6A 3HVTA 3HYFA 3L3UA 1JLFA 4AHUA 1Z26A 3TAFA 2G8WA 4KHQA 1DTQA 2XY8A 1RT2A 2YKNA 5HBMA 4CERA 3AV9A 3ZCMA 1IKWA 2YNHA 1S1XA 3LZJA 3OYMA 3ZSOA 5J2NA 2RF2A 3EY1A 3JSMA 3ALYA 4IFVA 1NJWA 3OYFA 3AO3A 4ID1A 4Z4CA 2VWJA 4FW2A 3SYZA 3ASMA 1Q8IA 1S9EA 2B6AA 2IC3A 4O4GA 1W0HA 4FLUA 1QTMA 3HO1A 3KK1A 1SKRA 1NK9A 4K8XA 3KKSA 2IAJA 4N41A 1JLGA 1GOBA 1TL1A 2PYJA 3S3OA 4W5RA 1RNHA 1GOCA 2YHBA 4C8MA 3KLFA 1HYSA 4NYNA 4FJIA 4XIUA 3OYEA 4LD0A 3ZSXA 3QEXA 4ZTFA 2HMIA 1RT7A 1WLJA 1BCMA 4CECA 1SKWA 1T7PA 2PZSA 3G10A 4CK3A 4BE1A 1KTQA 2BE2A 4OKEA 1QSYA 1ASWA 4E7IA 3AVLA 3DLKA 3O4NA 4IG3A 1S5JA 4ZHRA 3VQPA 3ZSWA 4R5PA 4J2EA 4C8OA 1CLQA 1A5WA 1KVAA 2OPSA 3V1OA 1WSGA 4FVMA 3AVBA 4BDYA 3SPZA 1B9DA 3MXJA 1X9SA 4RG8A 4IDKA 4QCLA 4FM0A 5D3GA 4FZXC 4DLEA 1S1TA 4FLTA 1SV5A 4AHRA 4CESA 4C8LA 3LP2A 4KRFA 1NJZA 2RPIA 5K14A 4GMJB 1KVBA 4O0IA 3C95A 2G8UA 3NAEA 4M3YA 2BGGA 1T05A 3THVA 2W42A 2BANA 3F73A 5KTQA 3K2PA 2G8FA 4M3ZA 3SQ1A 3DLEA 4KV8A 1J54A 3WNHA 3KK3A 4E1MA 4H4OA 4AILC 5T7BA 3S9HA 1RT6A 3KD1E 1BQMA 3IG1A 3LWLA 1LWFA 1RBSA 5JS1A 3O4QA 2D0CA 2QXFA 2RKIA 3DM2A 3VQ6A 3KLIA 4DTPA 4CJ3A 2OYQA 2HHVA 3RRHA 4HHTA 5DK5A 4CJVA 1EKEA 5HRPA 1R0AA 4J2BA 3OS0A 4JRPA 4HUGA 5CYQA 3QNNA 4DU4A 2ZQBA 4DTOA 1VSMA 3VQEA 3VA0A 3PY8A 1C6VA 4WE1A 4RW7A 1NK5A 5KRTA 3HJFA 4F2RA 4HUFA 3KLHA 2DFEA 4RW4A 3SI6A 4OPJA 1BIUA 1X9MA 3HSTB 1L3VA 4AHTA 4QOZB 2YHAA 5FROA 4CJKA 1SKSA 3OVNA 2E6MA 3SNNA 2HHTA 4CJSA 3OYNA 2OZMA 4BE2A 3V81A 4BACA 5SWMA 2XY5A 4J2AA 3SUPA 4B9VA 4YFUA 4BWMA 4FJ7A 1TV6A 3PX4A 2DFHA 3AVFA 5J2MA 3HK2A 3VQBA 4CGJA 4FJNA 4LH4A 1RT1A 5C42A 4BDZA 4DG1A 1Q9YA 4NCGA 3I8DA 1IKXA 3AVIA 3RMBA 2YKMA 4CJ5A 3AO5A 4CGDA 1WNSA 4M42A 3D0PA 1HQUA 2ATQA 4I7FA 5C25A 3OYGA 5KI6A 3L8BA 4DTNA 2EHGA 4CK1A 3KIOA 1RT5A 3VQCA 5FRNA 4DFKA 1LAWA 4CGGA 1LV5A 4F8RA 2KFZA 4I2QA 1FK9A 1QSLA 4KHYA 4DSKA 1I3AA 1U4BA 1ZYQA 3L2QA 3BDPA 4E7JA 2B4JA 3IAYA 1EX4A 3L2WA 2XY7A 3QINA 3PO4A 4CJPA 2KQ2A 2Z1GA 4OJRA 1MU2A 3OYJA 4FXDA 3TABA 1JLQA 4Y1CA 1NKEA 3AA4A 4N56A 1HNVA 1U04A 4DMNA 1S6PA 3DMJA 3T3FA 1YTAA 4Z4EA 3AA2A 3AVAA 4Q5VA 3V1RA 3ZT4A 4CHOA 4DQQA 3K5LA 1KRPA 4K8ZA 4KHUA 3AVJA 4JS5A 1Y97A 3AVHA 2X78A 4JS4A 1IH7A 1Q9XA 2G8HA 4FLWA 4E3SA 1UA0A 4DFMA 3L3VA 1C0TA 3QEPA 3IRXA 3VQ4A 2XHBA 3M8RA 2JGUA 2OPRA 4CGIA 4HTUA 4FJJA 3A2FA 2GUIA 3H08A 3SQ2A 4BDPA 4ELVA 2GV9A 4O44A 4PQUA 4RW6A 1BCOA 1SL1A 1NK7A 4CIFA 3LPTA 3P1GA 1A5VA 4FYDA 1WSFA 4E7KA 1BHLA 4FJXA 1RTJA 4OPKA 3HPGA 4LY7A 4EP5A 4DQRA 1QQCA 4Z4GA 1D9FA 1JL2A 4FM2A 4FLVA 4RW9A 2G8IA 3RR8A 3QIPA 2Y1JA 3ZT3A 3I0RA 1FXXA 4DS5A 1RT4A 3ISNC 3K57A 3MXIA 1WSIA 4FW1A 4C8NA 3ULDA 1N5YA 1J9AA 1K6YA 2P51A 4CFDA 3TAGA 4B8AB 3WNEA 4CHNA 3MAQA 3VQAA 4IBNA 3QO9A 2D5RA 4JRQA 2LSNA 4DU3A 1RTIA 4CFAA 3PO5A 1NKCA 1A5XA 1HPZA 1LW2A 1C0UA 3RTVA 4B08A 1RTHA 1LW0A 3QNOA 4CEZA 1NK8A 2O4IA 3L2RA 3LP0A 3M8SA 3EZ5A 4DLGA 4B9NA 1L5UA 2DY4A 1WN7A 4I9LA 1JL1A 4AHCA 4PUOA 1L3SA 1ZBIA 1HYVA 3VQ8A 4NCBA 4HCCA 2X74A 2OA8A 5HROA 3FFIA 3ZT1A 3LDSA 3HXMA 3NH2A 1LWCA 4DTUA 3AVNA 3CQ8A 1TAUA 3P5JA 2FBTA 4DTJA 1C1AA 3TANA 3DLBA 5J2PA 1B9FA 3LAMA 4CF1A 1C1BA 1F21A 3D45A 1SL0A 1D9DA 2F8SA 4CHQA 3PX6A 3LWMA 4DTSA 1ASUA 3ZSQA 5I42A 4NCAA 3IS9A 1FKPA 3TI0A 3RWUA 4RW8A 4KHWA 2Z1HA 2XO7A 1TL3A 4IG0A 3EYZA 1SL2A 2D0BA 3LALA 1U49A 3SJJA 2G8KA 2GBZA 2IS3A 5HRRA 4FJKA 2F96A 1RBUA 1TKZA 4FZYA 3NDKA 1QE1A 3AVKA 1CZBA 3DRSA 3NFAA 5KGXA 2ZD1A 2HHXA 2X6NA 4B8CA 1RDAA 4ELUA 1DTTA 1RILA 2D0AA 3TWHA 1L3UA 4FJ5A 4KB1A 2VG7A 4H8KA 2BDPA 5JS2A 3ZSYA 1JLAA 4M3TA 3OYKA 5J2QA 3BGRA 4N76A 2AJQA 4CHPA 3HPOA 2KTQA 2G8VA 3MEGA 4FLXA 1RTDA 4KB0A 4I9QA 1QHTA 5HP1A 4M3UA 3K5NA 4DTXA 1TK0A 1HQEA 4B9LA 3LP3A 2HW3A 3G0ZA 3HP9A 1VSFA 1Z25A 4J2DA 1VSDA 5KGWA 4O5BA 4CJLA 3QEIA 1YVUA 3TARA 3DI6A 4DTMA 2HHQA 5KRSA 3TR8A 3V9SA 4HUEA 2VG5A 3CFPA 4DFPA 4F3TA 1JLEA 3AA5X 4CFCA 3K58A 3PV8A 1NK4A 1TKTA 3NF9A 4FJ9A 4KI4A 3RMAA 1N6QA 2XRIA 3L2UA 3NCIA 4FK0A 2OPPA 4AH9A 4CK2A 4CEAA 2OZSA 1J53A 1RBTA 3VQQA 1VSHA 1BQNA 3C6TA 3QLHA 4N5SA 4ZTJA 2P5GA 3DOLA 3I0SA 1S6QA 4CJFA 4CF8A 3SQ4A 3VN5A 3S3MA 1HJRA 3V9ZA 4KHSA 1JXEA 4I2PA 3SCXA 1X1PA 4YNQA 4B9UA 1BL3A 1FKOA 1VSEA 3OS2A 3V1QA 1XWLA 2VWKA 2IOCA 4DQIA 1REVA 3TAPA 1KFSA 3DLHA 3T19A 2KW4A 3CM6A 4CEQA 2ITGA 4FJ8A 5FDLA 3HP6A 4E7HA 1D8YA 4OGEA 3NGZA 3KLGA 1IKVA 3K59A 2A1SA 3CG7A 3SZ2A 1CZ9A 2VG6A 3WNFA 1NJXA 1TKXA 4CEFA 3MEEA 4FZZA 4Z4FA 1VSLA 4CIEA 4OLAA 1BGXT 1DLOA 4CEDA 3O3FA 3SQ0A 3NH0A 4B9MA 1TVRA 2YNFA 4DF4A 1T03A 1VRTA 3T1AA 4DF8A 2ETJA 1TK8A 4BWJA 4EP4A 1CXQA 4HCBA 4O55A 5E41A 2QKKA 3NBPA 1KVCA 1VK0A 4KTWA 2ZE2A 1X9WA 3LANA 1TAQA 3WNGA 4KTQA 2YNGA 2B5JA 1WSEA 4OVLA 3QESA 3CM5A 1WSJA 5HRNA 4W5OA 3LZIA 3SV4A 4CJTA 3LPUA 3ZT0A 3U3GA 4ELTA 4GVMA 3K5MA 4DSEA 2Y1IA 1ZBFA 4KHNA 2QKBA 3OYBA 3OYAA 4FM1A 4CF9A 3TAEA 3ZT2A 3KJVA 4DU1A 1W9HA 1RDCA 3AO2A 3RMDA 3NF7A 3SV3A 3OYDA 1YTUA 4W5NA 4KFBA 4KKOA 3AO4A 3VA3A 4DSFA 3NGYA 4CJQA 3V6DA 3S3NA 1WAJA 3M8QA 4ICLA 4N47A 3OY9A 3OYHA 4OLBA 1JKHA 3NF6A 5SZTA 2E6LA 2E4LA 2Q3SA 3MECA 3NH1A 1XC9A 4DSIA 1I39A 1VSKA 3B6PA 3OS1A 4LSNA 1QSSA 3P83D 3QEWA 3QIOA 4KREA 2QK9A 5FRMA 3QEVA 3C94A 3VQ7A 3HVRA 4CFBA 5EU7A 4E89A 1C0MA 1EETA 2HHUA 2X6SA 4ID5A 4F2SA 4CJEA 2FBYA 1RDDA 1RBVA 3V9UA 3VQDA 1U48A 1XHXA 4B9TA 4W5TA 4KAZA 3OYLA 4CEBA 1U47A 2P5OA 4FJMA 4CEOA 3DYAA 4FK2A 3HT3A 1BISA 1SUQA 3ITHA 1KFDA 4MQ3A 2PY5A 1BI4A 4QAGA 1RDBA 1G15A 3KTQA 4DFJA 1ZBUA 4FJGA 4TSXA 4KO0A 5CYMA 2HB5A 3ZSRA 2EX3A 4CJ4A 3TAMA 3V9WA 1T8EA 3ZSZA 2IDOA 1NK6A 4Q0BA 4PWDA 2KZMA 1NKBA 2KFNA 1S9GA 1HYZA 2WONA 4KTZA 4CE9A 1TKDA 1D5AA 1S1UA 4PY5A 1HRHA 4FJHA 1UWBA 1S1VA 2NUBA 3V4IA 5CZ2A 4EZ9A 3UIQA 4KI6A 4FLYA 1UAXA 1WSHA 2Z1IA 4JLHA 3M8PA 1QS4A 2WOMA 3CFOA 3KKRA 4OGCA 4CCHA 3DLRA 3O3GA 4M3XA 3U6FA 4DQPA 3KLEA 4OKKA 1RBRA 3LP1A 1ZBHA 1CXUA 4FK4A 4KPYA 3CYMA 1YT3A 3B6OA 4W5QA 1WAFA 4Z0UA 1TGOA 4M3WA 3U3YA 3SUQA 3O3HA 2FBXA 3C6UA 3KK2A 4CJUA 3KD5E 2HVIA 3HL8A 1UOCA 3AVCA 4DWIA 3K5OA 4Y1DA 3OJSA 1JXBA 2HNZA 5HRSA 1LWEA 3TAQA 1U45A 2KZZA 5HLFA 1EP4A 1HMVA 2HNYA 5J1EA 4IKFA 2R7YA 2PYLA 5CZ1A 3DRPA 4F3OA 1J5OA 1BI4B 4CHYA 3AVMA 4CF2A 1XHZA 2I5JA 1C1CA 4OKJA 5DMRA 3HM9A 3NHGA 4GW6A 1B92A 1BIZA 4CJRA 3OYCA 3RMCA 3MXMA 2YV0X 3QETA 4CHZA 2YNIA 3SUNA 4G1QA 1VSIA 3HPHA 3SUOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1O1WA 2YHYA 4CGFA 1KC8O 3RR7A 3FZMA 3WXLA 4IOXA 2BH1A 1VSJA 1NK0A 4JK8A 2FF3B 3L0QA 5AQVA 2HVHA 2P9PB 3CCJN 3N4PA 2O8DB 4MO4A 4CIGA 3J7AP 4EHUA 1JLBA 5C24A 2HHWA 2VYPA 4WF9L 5AQIA 5AZJB 4CZJA 4YOWA 3DLGA 3LM9A 4DTRA 4CF0A 3OYIA 1NJYA 1KAXA 4O0JA 1LAVA 1KD1O 3DRRA 4E19A 4LH5A 3NE6A 1OKJA 3QICA 1RDWX 1KLMA 4CGHA 2FBVA 2JLEA 4CJWA 2VQEK 3U4LA 1JCFA 4WCEL 3I55N 5AQUA 3VQ5A 4CEEA 1K8KB 3HYFA 4AHUA 1Z26A 1K9MO 1DTQA 5AQRA 3AV9A 2OTJN 3SAFA 3H6EA 4BR0A 2QWRA 2P9LA 4BR2A 3AO3A 4Z4CA 4CBUA 4M7XA 1YF5L 4K8XA 3KKSA 1QZ6A 5AQKA 4H03B 1JLGA 1TL1A 2PYJA 4W5RA 1GOCA 3KLFA 1HYSA 3M5RA 3CC7N 4IEIA 4LD0A 3AGKA 5LL6Z 1WLJA 4R79A 1T7PA 5AQPA 3G10A 2ZJPL 4JI6K 2BE2A 5EY4A 3DLKA 4BRNA 1RFQA 4K25A 4R5PA 4C8OA 1KVAA 1HKGA 2OPSA 4QS7A 4BDYA 4H5TA 3SPZA 3MXJA 4QCLA 5GAGP 2QM1A 5D3GA 4FZXC 4DLEA 3L4QA 1NJZA 2RPIA 4O0IA 3B8AX 3R8EA 2WC9A 3F73A 4LF7K 4JI2K 3IG1A 1LWFA 3O4QA 2D0CA 2RKIA 3VQ6A 2OYQA 5DK5A 4CJVA 5HRPA 1FJGK 1GLJO 3OS0A 4JRPA 1H1VA 4DTOA 2ZGZA 3DJCA 2DTUA 3Q7CA 4WE1A 2GELA 4HUFA 3CCVN 4PKGA 3SI6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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