4O8KA

Crystal structure of type iii pantothenate kinase from burkholderia thailandensis, apo structure
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
GVCLLIDAGNSRIKWALADTGRHFVTSGAFEHADDTPDWSTLPAPRGAWISNVAGDAAAARIDALIDAHWPALPRTVVRACAAQCGVTNGYAEPARLGSDRWAGLIGAHAAFPGEHLLIATFGTATTLEALRADGRFTGGLIAPGWALMMRSLGMHTAQLPTVSIDAATSLLDELAANDAHAPFAIDTPHALSAGCLQAQAGLIERAWRDLEKAWKAPVRLVLSGGAADAIVRALTVPHTRHDTLVLTGLALIAHSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Type III pantothenate kinase from Burkholderia thailandensis, apo structure
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Burkholderia thailandensis
molecule keywords Type III pantothenate kinase
total genus 76
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2013-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03309 Pan_kinase Type III pantothenate kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4o8kA01
3.30.420.490 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4o8kA02
1U2VB 4H0OA 4BR4A 3MK6A 4BRGA 1S22A 1MWKA 2GUPA 5BPLA 3SK3A 1LOTB 5BREA 3C7NB 1KAYA 4QS9A 1QHAA 1Z05A 4WQ5C 1MDUB 1V4TA 1KAZA 4F9OA 5KPZA 1ATRA 3DXKA 4BQLA 3LDNA 4ISFA 4H03B 2YHWA 1DGKN 2IVNA 5AQHA 1NGAA 2QWQA 3BF1A 1E4GT 5AQJA 5KPTA 3ENHA 3B8AX 3CI5A 3SLCA 5EXWA 1GLDG 4AM6A 4IJNA 2GELA 5EOYA 4NO7A 3GL1A 2P9KA 3TPQA 5BRHA 2EWSA 3A5MC 4YDUA 5AQWA 3CJ9A 3VESA 3LDQA 4PL8A 1G99A 4ISGA 4H5RA 4IZ9A 1LCUA 1BUPA 5EX5A 4Y0WA 2AA4A 2Q97A 3VEYA 3R9PA 1R59O 2D0PA 3D2FA 1NGGA 3VGLA 3H6EA 3FZHA 4NB4A 2ITMA 4BRPA 3QFPA 2I7PA 3WXLA 5CE3A 1XC3A 4M7YA 4J8FA 2QWRA 2P9SA 5AZIA 2GWKA 1JCEA 5AQLA 5JMVA 3ATVA 4JD2A 1V4SA 4BC4A 3VEVA 3GBTA 4BR2A 4DQ8A 4BVPA 4FSVA 3KZBA 2NZTA 3DJCA 3L6QA 3DXMA 3VEXA 4CZIA 4CBXA 3I33A 3UE5A 1GLJO 2E1ZA 2D0OA 2UYTA 5JLFA 5JICA 2YHXA 1C0FA 2V51B 4FL9A 4H5TA 3QICA 1NGEA 1YVNA 4FWQA 3A5NC 3MCPA 3UKRA 2BTFA 1WOQA 3VEWA 5BR9A 3R8EA 4BG9A 5AQXA 4JHDA 3ULEA 1Z6RA 3SMPA 2ASOA 4B1UB 5AQUA 1KAXA 3CJ7A 3SMSA 1HX1A 1MWMA 2P9PB 2QWLA 3WQTA 4CZEA 2AP1A 2FF3B 2I7NA 5BPMA 5ELZA 4JNEA 3TU5A 4BRQA 1T6DA 3WEEA 4XEIA 1YAGA 4EHTA 3CQYA 1S3XA 3EKSA 1HJOA 4GY2B 3VEZA 1NBWA 3A5OC 2NRHA 4KBOA 4O8KA 3MN9A 4WQ4C 3VF2A 5LJVA 4B1WB 4M7XA 1TYQB 2DPNA 1J6ZA 3I8BA 3MN6A 4IXCA 2YCHA 4BROA 1E4FT 4BRAA 3BP8A 3R6MA 3D7EO 3M3ZA 5FPDA 4H0YB 1X3NA 2QWPA 5AQMA 2QWNA 4CZLA 3FFKB 3CQXA 3CJCA 2OANA 5BN9A 4PKGA 4BRLA 2CGLA 3AY9A 3LM9A 3FR0A 2ZGZA 4B1VA 3A0IX 3ZEUA 5AQGA 2Q36A 4BC2A 1NGIA 1U6ZA 4FPAA 4FOEA 2VYPA 3JS6A 1NGHA 3HZ6A 3O1BA 4FWSA 3P4IA 3UB5A 4BRFA 5FPMA 4DCHA 1GLAG 2FXUA 2P9IA 3RSEA 3GE1A 2P9UB 3UKUB 3GG4A 4QS7A 1HUXA 3LDLA 4XH5A 4IWVA 4RWTA 5LY3A 5EVZA 3O8MA 2FLOA 5AZJB 5FPNA 2E88A 4O5FA 1NWKA 4A2AA 4CZKA 1XQSC 3H46O 4H0PA 3D2EA 1BU6O 1DEJA 1YUWA 4FWPA 4MLHA 1NGJA 4FWNA 5BPNA 3MDQA 1JCFA 3SJHA 3WT0A 4I6MB 1RFQA 4QS8A 4IO8A 2P9LA 5AQFA 2V52B 1KXPA 5AQPA 3IDHA 1QQOA 3IMXA 3WXIA 4EHUA 1H1VA 2E1YA 5LJWA 2Q2RA 3VGKA 1HPMA 3OHRA 5E26A 2F9TA 3AAPA 2CGKA 2P9NA 3LL3A 2ASPA 3GOIA 3H1QA 3H1VX 3DXKB 1NLVA 3VPZA 5AQZA 4BR9A 4JAXA 4B1ZA 3ZETA 2FSJA 3FZKA 4FWLA 1BG3A 1EQYA 4Z94A 1BO5O 4MO4A 2A40A 1ZXOA 4FOIA 5AQNA 4LC9B 2PBDA 4CZGA 3HSCA 1ESVA 3M1FA 2P9KB 2E20A 4WQ5A 4BC3A 5BN8A 3O5BA 5AQKA 3ENOA 3VEOA 2Q0RA 5AR0A 1RGIA 4B1YB 1X9JA 4CI6A 1SQKA 1K8KA 2WUSA 2HF3A 2HOEA 4ISEA 3HI0A 3D2FB 3EO3A 5JLHA 4GNIA 5AQQA 2E2PA 1YXQA 1P8ZA 2P9SB 4BGBA 2QM1A 1NMDA 4BR0A 4JD2B 3KHYA 3FE1A 4IJAA 1JCGA 4BRHA 4H5VA 1XUPO 3VF6A 4BG8A 3C0BA 2VWBA 4BRMA 3CJ1A 1HKBA 1QZ6A 3VGMA 3WUHA 5AQOA 5EY4A 2GEMA 5E84A 3ZX0A 1BWFO 3WXJA 3M6GA 3DXMB 3KVGA 3QFUA 2YHYA 4FWKA 1HLUA 1U2VA 3U9ZA 4CD1A 4B9QA 3BUZB 5F1XA 1BOTO 2Q1NA 4EFHA 2F9WA 3C7NA 4A2BA 3DWLA 1X3MA 3W3DA 3UKRB 4HTLA 4YDUC 4DHYA 4JHDB 3ULEB 3S41A 1GLLO 1WUAA 3MN5A 4EIAA 3IUCA 1SZ2A 4JN4A 2A41A 4BR5A 2NLXA 3QBXA 4EAHD 5KQDA 1ZC6A 3FGUA 4FWOA 3WEEB 3CIPA 3EL2A 2ZWHA 4BRNA 2HF4A 2BUPA 1BA0A 3FZFA 1NGCA 3U9DA 4BRIA 2Q0UA 3FLCO 4XH1A 1IJJA 5AQSA 1NGBA 3VERA 2D4WA 4M63C 5AFUA 3BF3A 3O4WA 3QBWA 1GLEG 2CH5A 5F0XA 4A62A 2IVPA 2W40A 2A5XA 1TUUA 2J4RA 4PKIA 2D1KA 3AAQA 3ID8A 3JXUA 4BR7A 3O6WA 1BA1A 3QMLA 3VENA 2V7YA 2VCPA 4WQ4A 5I9EB 3VETA 5KPRA 3ZEUB 1CZAN 3A8YA 3MMVA 3ZX2A 2A42A 3EZWA 2GTDA 5TKYA 5BRDA 1QZ5A 5KQ8A 1ATNA 4WYBA 3G25A 2ZGYA 3CERA 4H5WA 3HTVA 2P9IB 2W41A 2YI1A 5BRFA 3CJBA 1D4XA 3RSEB 4BQZA 1GLBG 3EKUA 4CZJA 2FF6A 3F9MA 3LDPA 4K25A 4FWMA 2H3GX 3VOVA 2QXLA 3VF4A 3EN9A 3O08A 2QWOA 2PAVA 3BEXA 1T6CA 3U8XA 5ADXA 4FPBA 3O80A 3LM2A 3D2EB 4H0VB 4CD3A 2HMPA 4K41A 4C23A 2P9PA 2ASMA 3FZLA 3O1WA 5FPEA 3AARA 4RTFD 3J8AA 2E2OA 2E2QA 1GLCG 1ZBSA 1NGFA 2P9LB 3A5LC 3HBTA 4H5NA 3HM8A 4BGAA 2FSKA 3CETA 5AQRA 3MN7A 2KHOA 3QDKA 3WQUA 1GLFO 4B1XB 4FWRA 5AFUH 1ATSA 4HWIA 4RCHA 4BRDA 4H0XB 3W0LA 1HKCA 5AQTA 3U4LA 3H45C 3ZX3A 2P9NB 4FO0A 2A6AA 1TYQA 4A61A 5AQYA 5AZIB 4BC5A 1C0GA 2CH6A 4PKHA 1DKGD 4XH4A 1OKJA 1NGDA 4E1JA 4BRKA 4CZMA 4MO5A 3ZETB 4BRCA 1BDGA 3DAWA 2A3ZA 2YJFA 4CBWA 2Q31A 2E8AA 3L4IA 1TUYA 3H3NO 1NM1A 2QW9A 4BVOA 1HKGA 4CBUA 1QQNA 5AQIA 4K42A 1T44A 4CZFA 4AM7A 4CJ7A 1K8KB 2V7ZA 2QWMA 1SAZA 2CGJA 4CZHA 2P9UA 2FSNA 2IIRA 3CHWA 3CJAA 3UKUA 2ZF5O 1MA9B 3FZMA 5ADXH 5F2RA 4DB3A 5AZJA 3GDQA 4L3QA 1Q18A 2GWJA 3WXKA 3QB0A 1RDWX 2IVOA 3L0QA 2E2NA 4H0TB 3IFRA 4I6MA 5AQVA 4BREA 1IG8A 3H3OB 3ATUA 5B8HA 2YJEA 3LDOA 4PL7A 4MLEA 1Y64A 1QQMA 4K43A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CFAA 4H4MA 2BANA 1UA0A 5M1QA 3VQQA 4F4KA 3NE6A 2DY4A 2UUBK 5LL6Z 1IBKK 1T3VA 2WC9A 1RT1A 3SK3A 5BREA 1IG9A 4Y1DA 1QHAA 4WQ5C 4F9OA 4YORA 3AVNA 3DOKA 4BQLA 3LDNA 5CHIA 1VQMN 2HMIA 3AVJA 2O8FA 3AA3A 2VQFK 3B6PA 4R79A 4KH5A 5KPTA 3V9UA 3CI5A 1GLDG 3MX5A 2FBXA 1RDDA 3NFAA 1DTTA 4NO7A 3SYZA 3ZT4A 4HVJA 5AQWA 3VESA 3LDQA 5KGXA 3KK2A 4WF9L 1LCUA 3HL8A 1S1WA 4M3TA 3R9PA 3OA9A 4DQIA 1YI2N 2RE2A 2WONA 4BE2A 4HCCA 3WXLA 5CE3A 3ZSXA 4J8FA 1W0HA 2E5LK 1NJZA 4B9MA 3OYIA 4LF7K 4E7LA 1S6PA 4DQ8A 1C1BA 2F8TA 2NZTA 1XHZA 4JKBA 4DLGA 1Z25A 1NKCA 3RMDA 1GLJO 4KHNA 2XHBA 3JAMO 3EZ5A 2YHXA 1RTJA 4AHCA 3DOLA 4OLAA 4ILJA 1YVNA 1S6QA 3A5NC 3VEWA 4DF8A 4CCHA 4DTJA 2G8IA 4JHDA 3SMPA 2ASOA 4B1UB 3HJFA 3PX6A 1HX1A 2HB5A 2P9PB 2BE2A 3WQTA 4HHTA 1X1PA 4WFBL 1JLGA 2OPQA 4CF1A 3PLAA 4BDZA 4B3TK 3EKSA 3DI6A 4GY2B 1JLBA 1OH8A 4Z0UA 1B9DA 3MN9A 3VF2A 1HRHA 3B6OA 1RBTA 4B1WB 4IXCA 3I8BA 3CQ8A 2YCHA 4BROA 1Q82O 4CJEA 3S3NA 1C1AA 4H0YB 1ZBFA 4Z4CA 2G8WA 4KTZA 3FR0A 4KPYA 3S3MA 3ZEUA 2DFHA 5SZTA 1XMQK 1NGIA 4AILC 1LW0A 5CZ2A 3ZSOA 3HZ6A 1VAZA 1HQUA 4FWSA 4C8LA 5FPMA 4IOCL 4B9SA 3O3HA 5M1KA 1TVRA 2HNZA 1ILYA 4FW2A 4H4OA 4NYFA 4HUGA 4QS7A 3LDLA 4XH5A 1VQ6N 5EVZA 4YNQA 2O4IA 1WSGA 2FLOA 2E88A 1EWRA 2NRTA 4FLWA 1BIZA 4FXDA 5GIOA 3SNNA 1J5OA 5BPNA 3L2QA 3MDQA 1JCFA 3TI0A 1JJ2M 4CGGA 2OCEA 5AQFA 1BI4B 1KXPA 4DQPA 3ZSZA 3IMXA 4CIGA 4DKWA 3RR7A 2E1YA 3SUOA 5LJWA 3TR8A 4DV4K 1TAUA 4M3YA 4IBNA 2A1RA 1GOBA 3AO3A 1HNXK 3GOIA 4K8ZA 4FVUA 2GUIA 3K57A 4W5OA 3E66A 3ZT0A 5HP1A 2FSJA 4OPKA 1N36K 4FWLA 1EQYA 4MFBA 1TL3A 2A40A 1ZXOA 4FZZA 3TTDA 4LC9B 1RDCA 4CZGA 4JI8K 1EKEA 1ESVA 3ZSWA 5AQKA 3ENOA 3D0PA 4KB0A 2Q0RA 4JI4K 4EZ6A 4B1YB 1VQ9N 1X9JA 5KRSA 3ULDA 4B3OA 1SQKA 1Y97A 4CJVA 2WTUA 4FJNA 3HYFA 4ISEA 1VSFA 3EO3A 4DLEA 1VSMA 5J2PA 3AVHA 3NF6A 4CJ3A 4ILGB 4CEFA 2OZSA 3KLEA 1YF5L 3OS1A 3OYJA 4X66K 4KO0A 3K5OA 4BGBA 4AHVA 2QM1A 3BDPA 4CEDA 4CK2A 4BR0A 4JD2B 3NAEA 3FE1A 4JI1K 1JCGA 4B9NA 1XUPO 4BG8A 3QLHA 4CERA 3CMEN 2GEMA 5HRSA 3VQ6A 3P31A 4IEIA 1O13A 3QNNA 2PZSA 3ID6A 1IV0A 3SPZA 4PA1A 4W5QA 5F1XA 2EX3A 1BOTO 3C7NA 3DWLA 1P90A 4DSLA 1J9AA 1X3MA 3AVKA 1NK5A 3MXMA 3C94A 3WNFA 4EIAA 4DTMA 2X6SA 3QBXA 3AV9A 4DR4K 3SJJA 5KQDA 1I94K 3CIPA 2RKIA 2ZWHA 4BRNA 1RBVA 1NNEA 4OGEA 1BA0A 1NGCA 1BQMA 1RT2A 5HROA 3FLCO 1YTAA 1NK9A 5HRPA 3C6UA 1RT6A 3P38A 3J80O 3KK1A 1YJNN 2CH5A 5F0XA 1FKPA 3OYCA 2D1KA 4WE1A 4BR7A 4EP4A 5J2NA 3CCUN 3QMLA 3CPEA 1KLNA 2F8SA 1CZAN 1S1VA 1K9MO 3A8YA 3ZX2A 2QXFA 5BRDA 4DQSA 4WYBA 2B6AA 3VQAA 3G25A 4LF8K 4H5WA 3VMFB 3G4SN 2XY5A 3PX4A 3M8PA 4AH9A 4CZJA 3LDPA 2HNYA 3NGYA 3G10A 2XY8A 4KHYA 2VG7A 2ZM6K 3VF4A 4B9VA 3AVLA 3O08A 1WSEA 2QWOA 2PAVA 5ADXA 3DLGA 5IWAK 1YJ9N 3D2EB 1YIJN 1RTHA 2HMPA 1REVA 2NRWA 3AARA 2O8DA 3J8AA 4DFKA 4CEEA 2P9LB 4Z4GA 1VK0A 3HBTA 2O8BB 4OKEA 4BGAA 5AQRA 3WQUA 4KAZA 4DR1K 4B1XB 1VSJA 4OGCA 3SUPA 4DUZK 4F3TA 3ZX3A 2P9NB 1EWQA 2O8CA 4FO0A 3OBYA 4A61A 4IEEA 4KKOA 5HOOA 4YOUA 1C0GA 2CH6A 4FJLA 1EETA 1GOAA 3CCQN 2HHTA 1NGDA 3M8SA 4BRKA 4CGHA 1QQCA 4GW6A 4B08A 4CF2A 3TAQA 3ALYA 3DAWA 2HVHA 1KTQA 3C6AA 2PY5A 4CBUA 3H3NO 1NM1A 1EP4A 2Z1HA 3OY9A 1ITGA 4WFNL 2NRVA 4CGFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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