4O8KA

Crystal structure of type iii pantothenate kinase from burkholderia thailandensis, apo structure
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
GVCLLIDAGNSRIKWALADTGRHFVTSGAFEHADDTPDWSTLPAPRGAWISNVAGDAAAARIDALIDAHWPALPRTVVRACAAQCGVTNGYAEPARLGSDRWAGLIGAHAAFPGEHLLIATFGTATTLEALRADGRFTGGLIAPGWALMMRSLGMHTAQLPTVSIDAATSLLDELAANDAHAPFAIDTPHALSAGCLQAQAGLIERAWRDLEKAWKAPVRLVLSGGAADAIVRALTVPHTRHDTLVLTGLALIAHSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Burkholderia thailandensis
publication title Crystal structure of Type III pantothenate kinase from Burkholderia thailandensis, apo structure
rcsb
molecule keywords Type III pantothenate kinase
total genus 76
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2013-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03309 Pan_kinase Type III pantothenate kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4o8kA01
3.30.420.490 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4o8kA02
2AP1A 4DQ8A 3LM9A 3A5NC 4BQLA 5BN8A 4FSVA 3QFPA 3IMXA 4BRNA 2GTDA 3CJAA 2CGLA 5AQOA 3BEXA 2QWOA 5EY4A 3UKUA 1HKBA 2HOEA 4BREA 4C23A 4E1JA 4WQ5C 1X9JA 5AQJA 5KPTA 3FGUA 4WQ5A 3VF2A 4K43A 5EOYA 2YHWA 4CBXA 1GLCG 5KPRA 3GOIA 4JHDB 3KHYA 1Z05A 3CQXA 2J4RA 5AQSA 3A5LC 2HMPA 3U9DA 2F9TA 2P9IB 3VF4A 4M63C 4JAXA 4MLHA 3SMSA 3DXMA 3H3NO 3UKRB 5AQPA 3WT0A 2ZF5O 4M7YA 3AY9A 1TUYA 3WXLA 5JICA 4Y0WA 4CBWA 4B1VA 1KAZA 1QQMA 1LCUA 2QWPA 3A8YA 3CI5A 3D7EO 3QDKA 3WQTA 4BC3A 4Z94A 1BU6O 5BR9A 2E2PA 4BRKA 3BUZB 4FWRA 4H0VB 5AR0A 1JCEA 4A2AA 4K42A 2EWSA 1NGHA 5KQDA 1NGCA 3HI0A 4IXCA 4FWMA 1V4TA 1NGGA 4QS9A 4XH5A 3FZMA 3WUHA 1X3MA 4IO8A 2E2NA 3A5OC 3LDNA 1U2VB 5I9EB 2GUPA 1HKGA 2NRHA 3GDQA 2ZWHA 5AQUA 1QHAA 2IVNA 5FPDA 3BP8A 2V7ZA 2P9UA 3TU5A 5BRHA 2I7PA 3ATUA 2Q0RA 4BR0A 4BRLA 2V52B 2H3GX 3M6GA 5AFUA 1BA1A 2E2QA 1KAYA 1WUAA 1KXPA 2E20A 5E84A 5AQIA 4AM6A 4RWTA 1S22A 2FLOA 3VEZA 3FLCO 1HPMA 3B8AX 3UKUB 5F1XA 3H3OB 1GLFO 4BR5A 3QMLA 1BO5O 4L3QA 5AQKA 4BRMA 3BF1A 5AQRA 5FPMA 2FSJA 4B1YB 3WEEB 4EIAA 3S41A 1YXQA 3HBTA 4I6MA 1KAXA 1G99A 2NZTA 5FPEA 5BPNA 5KPZA 1E4FT 1NWKA 4QS8A 4RTFD 5BRFA 5AQXA 4FOEA 2YCHA 3DXMB 3VGLA 3P4IA 3LDOA 2GELA 4H0XB 5KQ8A 3MK6A 4FL9A 2W40A 5JLHA 5LY3A 4DB3A 2GEMA 2PBDA 2KHOA 2IIRA 3LM2A 1IG8A 3SLCA 3ZETA 2W41A 3ZX2A 1HX1A 5AQLA 2P9KA 3VESA 3U4LA 1BWFO 4BR7A 1LOTB 4O8KA 3VF6A 3WQUA 4A61A 3FZHA 2FXUA 4GY2B 4CZEA 4EFHA 1SAZA 1CZAN 3OHRA 4BRIA 1NGJA 4B1WB 3A0IX 3CHWA 2YJFA 2VWBA 1T6CA 3LDQA 4CZJA 2D0OA 3A5MC 2YI1A 5AQNA 2E2OA 1MWKA 4HTLA 5EX5A 3GG4A 3SK3A 3SMPA 2HF3A 4BRAA 2YHYA 4BR2A 2V51B 4K41A 5AQVA 4FPBA 4BG9A 4CI6A 5F0XA 3WEEA 1RGIA 4J8FA 2P9UB 1TUUA 5E26A 5AQWA 5BPLA 1MWMA 2P9LA 3R9PA 3C7NA 4FWLA 2QWNA 4BG8A 2D4WA 2E1YA 3MCPA 4IJAA 1IJJA 5AFUH 2F9WA 3ENHA 5AQGA 2CGKA 2GWKA 5BPMA 3ZEUB 3KZBA 3ULEA 1QQNA 3QBWA 2FSKA 4I6MB 3DWLA 4PL7A 2Q0UA 1RFQA 3C0BA 4A62A 4FWQA 5AQHA 3L6QA 4CD1A 4BRGA 1YUWA 3HSCA 5EVZA 4GNIA 1BUPA 3RSEA 2FSNA 3VEWA 4BGAA 4XH4A 2D1KA 4RCHA 4CJ7A 4CZLA 3HM8A 1NGIA 1D4XA 3EKUA 1GLJO 4K25A 4DCHA 3H6EA 2ASMA 2QXLA 1ESVA 1NGDA 1QZ5A 3ZETB 4FWKA 3W0LA 4BRFA 4IZ9A 1T6DA 2P9KB 3UE5A 3FE1A 5AZIA 5BREA 3VENA 4CZIA 4AM7A 1DEJA 3CIPA 2QWMA 2I7NA 4CBUA 3L4IA 3ATVA 1SQKA 3FR0A 4A2BA 3MN9A 2A40A 2BUPA 2CH5A 4JN4A 4ISGA 3FZLA 3EKSA 1NGBA 4ISFA 1YAGA 4FWPA 4WQ4C 4WQ4A 2Q31A 5AQZA 3ZEUA 1GLAG 2BTFA 4BRDA 2YHXA 2A3ZA 1HLUA 2VYPA 3VPZA 4B1XB 4H03B 5JMVA 4BC4A 3VEVA 2P9LB 4O5FA 5LJWA 1XUPO 3C7NB 4PKHA 3EZWA 4B1UB 4H0OA 2UYTA 4XEIA 3D2FA 4BQZA 1XQSC 2P9PA 2Q97A 3QFUA 1S3XA 3LDLA 4MO5A 5ADXA 4PL8A 1TYQA 3AAPA 2QWRA 2VCPA 3I8BA 2A5XA 3ULEB 3VETA 4CZFA 1ATNA 1NGFA 1JCFA 3U9ZA 4H0TB 1Q18A 4HWIA 1R59O 1V4SA 1U6ZA 3O80A 3JXUA 3RSEB 4H5VA 4CZHA 4EAHD 1SZ2A 4H0PA 4NB4A 1GLEG 3VEOA 1E4GT 2D0PA 4BR4A 1HUXA 1HJOA 3FFKB 3W3DA 4EHTA 1NGEA 2P9NA 2QWLA 4BRHA 2Q1NA 3CJCA 5AQYA 1DKGD 1EQYA 5AZIB 3MN5A 2ZGZA 4BGBA 1Z6RA 1X3NA 4BVPA 5AQFA 4YDUC 3R8EA 5AQTA 3UB5A 4B1ZA 3MN6A 1BA0A 4YDUA 2A6AA 2NLXA 3M3ZA 4PKIA 2ASOA 4BRQA 3H45C 3GE1A 3MDQA 4XH1A 4IJNA 4CZGA 5JLFA 3KVGA 5LJVA 1BOTO 2QW9A 4FPAA 4F9OA 3DXKA 4FOIA 3CERA 4BRCA 2YJEA 5B8HA 4KBOA 3VGMA 3ID8A 3MMVA 1ZXOA 1QZ6A 3TPQA 3CJ7A 3MN7A 2Q36A 1GLLO 3U8XA 3VERA 5AZJA 1GLDG 3G25A 3L0QA 2ZGYA 2E1ZA 3IDHA 4FO0A 3D2EA 3D2FB 1K8KA 4EHUA 2OANA 1ATSA 3DAWA 1HKCA 2P9PB 4H5NA 1TYQB 4DHYA 2CH6A 3QBXA 3JS6A 4WYBA 5ADXH 1MDUB 5BRDA 5AQMA 3EO3A 4H0YB 1NM1A 2V7YA 2A42A 3H1QA 1NBWA 3CETA 5CE3A 1ATRA 2P9SA 3LL3A 3ZX0A 2GWJA 4JD2A 3FZFA 4NO7A 5AQQA 4FWSA 1BDGA 1JCGA 3ENOA 1QQOA 4H5WA 4FWNA 3H1VX 4CD3A 3I33A 2P9NB 1T44A 3CJBA 2FF3B 3F9MA 3O4WA 5FPNA 4CZKA 1NLVA 1NGAA 2IVPA 3GBTA 4IWVA 2E8AA 3CQYA 4H5RA 4H5TA 1Y64A 2A41A 4BC5A 1J6ZA 1XC3A 3QICA 2PAVA 3AAQA 2E88A 3IFRA 3VEXA 3WXKA 4BC2A 2HF4A 3GL1A 3BF3A 1YVNA 4JHDA 4BROA 2ASPA 5TKYA 3DXKB 2AA4A 2P9IA 3CJ9A 3DJCA 3FZKA 1C0FA 3HZ6A 3ZX3A 4B9QA 3UKRA 1C0GA 2FF6A 1GLBG 2CGJA 3O1BA 5EXWA 4QS7A 1BG3A 3O8MA 4BVOA 2QM1A 3IUCA 4LC9B 1DGKN 2DPNA 3CJ1A 3VGKA 4BR9A 3WXJA 5AZJB 3LDPA 3VEYA 2QWQA 1MA9B 3D2EB 1K8KB 3VOVA 3O08A 3QB0A 3WXIA 2WUSA 4MLEA 3M1FA 4CZMA 3SJHA 1ZC6A 1RDWX 3O6WA 4MO4A 1OKJA 1H1VA 3R6MA 3J8AA 1WOQA 3EL2A 3HTVA 3AARA 5ELZA 2P9SB 1ZBSA 3EN9A 3O1WA 1P8ZA 4FWOA 2Q2RA 2IVOA 4JD2B 5F2RA 1U2VA 2ITMA 4PKGA 1NMDA 4M7XA 3O5BA 4ISEA 5BN9A 4BRPA 4JNEA 3H46O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4G1QA 4JKAA 5J2NA 4KRFA 3CQ8A 4DQ8A 4CK3A 1YJWN 2GTDA 3CJAA 4OPAA 4M3WA 3EEQA 3PIOL 5CZ2A 3UKUA 1HKBA 1XHZA 1CLQA 3ZSZA 4WQ5C 3FGUA 4WQ5A 4JI8K 4CBXA 1LWCA 4KH4A 3PX6A 2E5LK 5AQSA 4CHPA 4E0DA 3A5LC 3MCAB 2HMPA 2F9TA 2GBZA 4JAXA 3UKRB 2QKBA 5AQPA 2ZF5O 4M7YA 3AY9A 2QK9A 1L3VA 4O5BA 1Q82O 3OW2M 4C1NK 3NDKA 3A8YA 4FJMA 5C10A 3ZSYA 4ELUA 3SQ4A 3AGKA 1S1TA 4FWRA 4DTSA 1JCEA 2EWSA 3P1GA 3LP0A 4HCBA 3QIPA 1NGHA 3HJFA 1YIJN 4GKJK 1NGCA 1TVRA 1WSHA 1KRPA 2WFBA 4IFVA 4ILJA 2HHSA 1UA0A 1HYSA 4IO8A 3OJUA 4B3RK 5I9EB 4CW7B 4IDKA 3HL8A 1HKGA 2NRHA 3GDQA 5KTQA 1QHAA 2YNIA 1VSLA 5J1EA 2V7ZA 2P9UA 3TU5A 1WAFA 2I7PA 1S1WA 1L5UA 2YKMA 2V52B 2VG7A 2H3GX 2HNYA 3KLEA 1BQNA 1KAYA 3S3NA 5C24A 2E20A 5E84A 4LD0A 2OTLN 4FJXA 3FLCO 4QAGA 1HPMA 5F1XA 3OYJA 1U49A 3E9LA 3SBGA 4Q0BA 3QMLA 1Y97A 1EX4A 2W6LA 3WEEB 4EIAA 3S41A 1VSEA 1Q7YO 3ZLJA 3E9OA 3CCEN 3VQ6A 5BPNA 4E7KA 1NKBA 3PO5A 2IS3A 2A1SA 4DR3K 5BRFA 4FW1A 4FOEA 3HK2A 3VGLA 4CF8A 2ZJQL 2P51A 4FK2A 4DUYK 1FJGK 1OH5A 2W40A 3BZKA 5JLHA 4OVLA 2IOCA 1IH7A 1S9EA 2KHOA 2IIRA 1IG8A 3THWB 2W41A 5AQLA 5DM6L 3VESA 3OYKA 3VTHA 2EHGA 1EO1A 1DTQA 4ELTA 1CXQA 4KB0A 1VQPN 4CHYA 3FZHA 3V1RA 4EFHA 3NHGA 3OHRA 4F3OA 4RG8A 4BRIA 2ATQA 1NGJA 4CVNE 3SUNA 3O4QA 2VWBA 3LDQA 2D0OA 3AVMA 4DF8A 2YI1A 5AQNA 2E2OA 4HTLA 1A5WA 2YKNA 3SK3A 3SMPA 3G4SN 4BRAA 4K41A 5AQVA 4FPBA 5C0YA 4MFBA 2BANA 1MWMA 2NNWA 4CEDA 1RBTA 1NK5A 3R9PA 4FWLA 2QWNA 3VMFB 4DFPA 1ZBUA 4GKKK 4BWJA 3QNOA 2O8EB 4YORA 5AQGA 3KZBA 3ULEA 3K5MA 3EE8A 3QBWA 4JKGB 4M3XA 2X74A 4J2AA 1X9SA 2Q0UA 3QEIA 4A62A 4FJGA 4CD1A 1MU2A 4B9SA 2RHKA 4LSNA 1YUWA 1W9HA 2XRIA 1BUPA 3VEWA 4DR4K 4YOXA 4KKOA 3KK1A 3M5RA 4BWMA 5J2QA 4IOAL 1GLJO 3LALA 1R0AA 4DS4A 3CMAN 4CE9A 1VSDA 3VA3A 2JWLA 1VSIA 5AZIA 5BREA 1KC8O 1VQMN 4RW8A 4B3SK 1DEJA 3CIPA 3CC2N 4JS5A 1S6PA 1VRTA 2FC0A 3L4IA 1YI2N 1GOBA 5KRSA 3VQ8A 4JI7K 1C1CA 1NGBA 2F8SA 1YAGA 2ZD1A 3OYFA 1KLMA 3T69A 3HXMA 3ZEUA 1ZYQA 3U3GA 3OVNA 2VYPA 1KVCA 3VPZA 4HTUA 4O5FA 4K8XA 3C7NB 4PKHA 2X78A 4DV7K 3V9UA 4PHTX 4HVJA 4FZZA 2W6KA 1EWQA 2P9PA 4LH4A 4UQGA 2IGIA 1XMQK 1KCFA 1TYQA 4J2DA 3I8BA 4Y1CA 4CZFA 2P5OA 2YHBA 1ATNA 4MQ3A 3D6RA 3U9ZA 4H0TB 3OS0A 3T1HK 1RT1A 1YVUA 3PY8A 1C6VA 3RSEB 4EAHD 3L2QA 3VEOA 3QO9A 2D0PA 4IOCL 1HJOA 4M3RA 4HUGA 3FFKB 3W3DA 2I5JA 4IBNA 2Q1NA 5HROA 4LF5K 2B5JA 1K6YA 3V1OA 3MN5A 2ZGZA 4DLGA 4BVPA 1BA0A 3TANA 3RRGA 4GW6A 4PKIA 1YTAA 4JKEA 4BRQA 3GE1A 2P5GA 3E01A 1VQNN 3AA2A 3ALYA 3KVGA 4DV6K 3HOTA 5LJVA 3MAQA 1BHLA 4A5BA 1ZBHA 3HPHA 4FOIA 4OLAA 4O44A 1K8AO 3VQCA 3KWIA 1CZBA 3PX0A 3MEGA 1W7AA 3LPTA 2HBKA 2B4JA 3CCMN 4FLZA 5AZJA 1TAUA 1X9WA 4JYAK 4DS5A 1EP4A 4JRPA 4KTZA 4H8KA 4DHYA 4WCEL 3SPYA 3QBXA 5ADXH 3AVGA 4H0YB 4HHTA 4KH6A 3NF6A 5CE3A 4FK4A 3WXMB 2O8CB 5AQQA 1JLAA 4CEAA 2WBNA 3OYHA 3I8DA 2WTUA 1D5AA 3CJBA 4CJUA 3RMAA 4CZKA 3TSQA 1TKXA 3WNEA 2KKZA 4YHHK 3HVRA 4JKBA 5JS1A 3GBTA 3O9TA 2E8AA 4IO9L 1S72N 2OPRA 1J6ZA 4QOZB 1KFDA 3AGRA 1TK0A 2R7YA 3WXKA 3KK3A 4C8OA 2KZZA 4B3TK 4FM2A 5GIOA 2XY5A 3BF3A 1CXUA 3AVJA 3RRHA 2OZMA 3O9SA 2W42A 3UKRA 4NYNA 5EXWA 4FJNA 3CG7A 4DMNA 1BQMA 2F8TA 3IUCA 4F2SA 3R3LA 4BR9A 3HYFA 3RWUA 5HRNA 4ICLA 4IG0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3QEP A;  1DKG D;  4MDB A;  5AZI B;  4KHW A;  1Z6R A;  3J7Y P;  5K14 A;  5AQF A;  4YDU C;  5HBM A;  5AQT A;  4B1Z A;  1VQ6 N;  4YDU A;  1KVB A;  4DU1 A;  2NLX A;  3MXI A;  1ASU A;  1RT5 A;  4F2R A;  1NG9 A;  1ILY A;  1UWB A;  4O55 A;  4CZG A;  2HND A;  5JS2 A;  3IS9 A;  1IBM K;  1J9A A;  2YJE A;  3VGM A;  4DWI A;  2HBJ A;  1VQ5 N;  3MMV A;  1ZXO A;  4ILH A;  1NJY A;  1HNW K;  1VSJ A;  2Q36 A;  4AHC A;  3VER A;  4E7H A;  1GLD G;  3V81 A;  2ZGY A;  3IDH A;  4FJK A;  4FO0 A;  1VAZ A;  3D2E A;  4EHU A;  4N41 A;  1ATS A;  1FXX A;  1RCH A;  2P9P B;  4KH5 A;  4H5N A;  1TYQ B;  1ITG A;  4E1N A;  3PV8 A;  1MDU B;  5GAG P;  3OJS A;  3F9K A;  2HNZ A;  3ULD A;  1NM1 A;  1NBW A;  1QS4 A;  3CET A;  4Z4H A;  1KQS M;  4JKD A;  2P9S A;  3QEW A;  5HRS A;  4B8C A;  3MX5 A;  1YT3 A;  3LAK A;  4JD2 A;  4NO7 A;  3SCX A;  1JLF A;  4FWS A;  2O8F A;  3KKS A;  4JV5 K;  1QQO A;  4CD3 A;  3FFI A;  2OPS A;  2VGM A;  3DLB A;  1T44 A;  1B9D A;  2FF3 B;  5FRN A;  1T8E A;  1XI1 A;  5FPN A;  4KB1 A;  4FW2 A;  3G10 A;  4H5T A;  2VQE K;  4PQU A;  5FDL A;  2XY7 A;  1HRH A;  1KSP A;  1RBR A;  4X62 K;  3P38 A;  1P90 A;  4RW9 A;  1RDD A;  4JKF A;  3LP2 A;  4BC2 A;  5EU7 A;  4B9V A;  1F21 A;  3GL1 A;  2RN2 A;  3BZC A;  4JHD A;  4XIU A;  4BRO A;  2ASP A;  2O8B B;  5TKY A;  3DJC A;  1C0F A;  3DRR A;  4F8R A;  4CJQ A;  2FF6 A;  1GLB G;  2CGJ A;  4FJ8 A;  3DOL A;  4JI4 K;  3LWL A;  3V9S A;  2QM1 A;  2D0A A;  4JK8 A;  1DGK N;  3NF7 A;  2DPN A;  4W5T A;  4KV8 A;  1YJ9 N;  1XWL A;  4JI1 K;  3KD5 E;  1C1A A;  5IWA K;  5AZJ B;  1X1P A;  2IC3 A;  1HMV A;  3OYD A;  1SL2 A;  3O08 A;  3QB0 A;  3WXI A;  1JKH A;  2DFF A;  2WUS A;  5M1F A;  4CZM A;  1JL2 A;  1ZC6 A;  4MO4 A;  2XO7 A;  3M8Q A;  1H1V A;  3K9K A;  3R6M A;  1BL3 A;  1WOQ A;  4DFM A;  3AAR A;  3AA5 X;  3O1W A;  1P8Z A;  2Q2R A;  4FJH A;  4M3U A;  3HT3 A;  2ITM A;  2HVH A;  4KHN A;  4NCG A;  5BN9 A;  4A59 A;  4JNE A;  4JI5 K;  3VA0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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