4OJRA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic domain with gsk1264
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
150
structure length
131
Chain Sequence
PGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSATVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Allosteric Inhibition of Human Immunodeficiency Virus Integrase: LATE BLOCK DURING VIRAL REPLICATION AND ABNORMAL MULTIMERIZATION INVOLVING SPECIFIC PROTEIN DOMAINS.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Integrase
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 50
structure length 131
sequence length 150
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ojrA00
4HCBA 2HHXA 3V9WA 1RT4A 3QEPA 1GOAA 1BQNA 2QK9A 4I7FA 2G8UA 3BGRA 3DRPA 3DLGA 3OYBA 1I3AA 3OJUA 3VQEA 3WNHA 1UWBA 3S3NA 3L3UA 4B9VA 1QSLA 1FKPA 2A1SA 5FRNA 2KFNA 2HHUA 4F2SA 3ZSWA 2XY5A 1C1AA 3SYZA 5T7BA 1KFDA 1HRHA 2LSNA 3LAMA 5HRRA 4B8AB 1C0UA 4N56A 1TL3A 2BGGA 1JL2A 3SV4A 4CERA 4IFYA 1NK7A 3NF7A 4FJ5A 3RWUA 1T05A 1VRUA 4DTUA 2JLEA 2KZZA 2KZMA 4AHVA 4JS5A 3KJVA 2B6AA 3TABA 5I3UA 4CGHA 3DMJA 3VA0A 3ZT2A 4FLVA 4H8KA 1I39A 1TVRA 3VQQA 1BQMA 3SPYA 3SI6A 1X9WA 4CHZA 4F3OA 3K5MA 4Z4HA 3CFRA 5J2NA 4C8OA 3OYDA 1D8YA 1ZBHA 4RW6A 1S5JA 4OKJA 4DFKA 4QOZB 4W5NA 3THVA 1QHTA 1VSMA 4ID5A 4CFBA 4FLTA 1HNVA 2DFEA 2G8HA 4LD0A 2XO7A 3LP3A 4EP5A 1JXEA 3LP1A 3PX4A 1HQUA 4OGCA 1RT2A 1G15A 1N5YA 1KCFA 4FJ7A 4PUOA 3OYAA 3ZSRA 4CESA 4CHOA 3OYIA 2B5JA 3L2WA 3V4IA 2E4LA 4M3UA 1CXQA 3B6PA 1DTQA 1VSKA 3M8PA 4N5SA 2D5RA 4AHTA 2VG6A 1JLAA 3HK2A 1Q9YA 3DOKA 3HM9A 5HP1A 3TAGA 1T03A 4C8MA 4CGFA 3V9UA 1VSHA 4OPKA 2YNHA 4CK2A 3QNNA 4FJJA 4DTXA 5C24A 2VWJA 1VSFA 1ZBFA 4CHNA 4DQQA 4DMNA 4IKFA 4OKKA 3ZCMA 4CJLA 1B92A 1CZBA 1LAVA 4B8CA 1BCOA 1SL0A 3KTQA 2YNFA 1NJZA 4KHSA 3ASMA 3LWMA 2Q3SA 3S9HA 3SQ1A 3JYTA 4AHSA 3V1QA 1MU2A 3HPHA 4NCAA 4AH9A 1B9FA 3O3FA 2RKIA 4CEBA 1RNHA 1A5WA 4FW2A 4CJPA 5JS1A 1HMVA 4C8NA 3SUQA 1LAWA 3M8QA 1QQCA 4Y1DA 3SUOA 5D3GA 2WOMA 1HNIA 3VQAA 1CZ9A 3ZT4A 1LW0A 5J1EA 1T8EA 4IG3A 3DOLA 4PY5A 2F8SA 1BHLA 1NK4A 1RT3A 2E6MA 3AVJA 5KGXA 4I9LA 1T7PA 3RMBA 2ITGA 3IG1A 5K14A 4JRQA 3MXIA 3LPTA 3QEXA 3TAMA 5HRPA 4YNQA 2Z1JA 2O4IA 3ZSYA 4O44A 4DF4A 3C6TA 2HMIA 3A2FA 2YKMA 2D0AA 1KTQA 3IRXA 3NH0A 1TL1A 4HUFA 3OYGA 4FJMA 1YTUA 4Z4GA 1WSIA 3AVAA 3AVBA 3DYAA 4E1MA 3F9KA 4CGIA 4FJ8A 3PO5A 1BIUA 1WSHA 4BWJA 3ZSVA 4I2QA 1C1CA 2HNDA 5HROA 3ALYA 3P83D 4CFAA 1HYSA 1U48A 3VQ4A 3VQ5A 4CGGA 3AO2A 4B9LA 3T1AA 3SJJA 3PO4A 2KFZA 4B9TA 5CYMA 4JS4A 5EU7A 4NYNA 1K6YA 1VSJA 3AVFA 5DMRA 1D9DA 1U49A 3MXJA 3OS0A 4LSLA 4EP4A 1JLFA 3TANA 2HVIA 3NH1A 2YHAA 1NK0A 4DSLA 4CJWA 4FJNA 1Y97A 4KRFA 1IH7A 2XRIA 1XWLA 4LH5A 3TAFA 4FJHA 1UA1A 3TAEA 3NGYA 4WE1A 3C95A 4KHWA 1SL2A 4KFBA 3SUNA 4E19A 4TSXA 4O0JA 4IBNA 3NCIA 2IGIA 4Q5VA 4CJUA 3ISNC 4CIFA 4E7IA 3K58A 4DTRA 3QEIA 2Z1HA 3MEEA 4FVMA 4KV8A 2XY8A 3L2UA 4DU4A 1TK5A 3NF6A 3MEGA 3TI0A 3G0ZA 4HCCA 2HHVA 4FJGA 2G8VA 3QINA 3HT3A 3QLHA 1KVAA 3K5OA 1SUQA 3MECA 3LALA 4FLUA 1WAFA 1VSDA 3NFAA 4CEFA 3HL8A 1RBSA 5J2PA 2HVHA 3CQ8A 2P1JA 3RRHA 3L8BA 1SL1A 4K8XA 3PV8A 2X74A 3PUFA 4CF8A 2HHSA 3OYJA 1NOZA 3AA2A 3ZT1A 4CEOA 3OYNA 1ASVA 3WNFA 1D5AA 3VQ8A 2YNIA 3LP0A 3QEWA 1BIZA 1J53A 3ULDA 4KB1A 2ZD1A 1RTHA 3M8RA 1WAJA 2ZQBA 2Y1IA 2OZSA 3IS9A 2IS3A 3MXMA 2G8WA 4OLAA 1GOBA 4DQSA 1SKRA 1NKCA 1QSSA 3RTVA 4O55A 1S9EA 4E1NA 4DS4A 2QXFA 4I2PA 5C42A 4CF2A 3HPOA 5J2QA 3HJFA 4FYDA 1TAUA 3C94A 2B4JA 3AVKA 4OVLA 4CFCA 1BL3A 3CYMA 1A5VA 4DTNA 1BISA 1BI4B 1S1VA 5FDLA 1XI1A 4N47A 3AO3A 3EYZA 1RDCA 2IDOA 1SKSA 3V9ZA 1NK6A 1J5OA 5KRSA 1ASWA 2PYLA 2HHTA 2DTUA 3AVNA 3P5JA 4RW9A 4CJVA 3ZSOA 5CYQA 3ITHA 3VQCA 3ZSZA 3I8DA 3MEDA 3HXMA 1WSJA 3F73A 1S6PA 3QNOA 4CEDA 4CK1A 2G8KA 1XHXA 1S1TA 2F96A 3HP9A 2HNYA 4OGEA 3EZ5A 4DF8A 3SQ4A 2OPQA 1RBTA 2IOCA 2P5GA 2OZMA 1JKHA 3NH2A 3FFIA 4FM2A 4FZXC 4KKOA 4ZTFA 4DS5A 1QSYA 1J54A 1WSEA 3AVCA 4FM0A 1LV5A 4ELTA 3OVNA 4KI4A 3NDKA 1KVBA 1TV6A 4KTWA 4M3RA 1TK0A 2FC0A 1TKZA 3NGZA 3KLFA 3I0SA 3HVRA 4IDKA 4FJIA 2XY6A 1IO2A 4J2BA 4GMJB 4KPYA 4FW1A 1HYZA 1JLQA 1VK0A 4ICLA 4DQIA 1TKXA 4CK3A 4KTQA 1Z26A 1X9MA 3RRGA 1GOCA 1UAXA 3V9XA 3RR8A 3D45A 1TGOA 5CY4A 3AO5A 1X1PA 1RT1A 4CF1A 3VQ6A 1KSPA 1VRTA 3QO9A 2QKBA 4BACA 1ZBIA 3VA3A 3PX0A 3AV9A 2O4GA 2KW4A 5SZTA 3SPZA 2XHBA 3KIOA 4ID1A 3TR8A 1L3TA 4FLWA 4FJLA 3DLEA 1RBUA 2FBVA 3AVGA 4OPJA 3M8SA 1NJWA 4GW6A 2DY4A 3K59A 4CEEA 4CJ5A 3HP6A 1EXQA 3SCXA 1IKXA 3AVHA 4H4MA 3KLEA 1L3SA 2AJQA 1S6QA 4CHPA 2VWKA 1NJYA 2OA8A 4DG1A 1EX4A 2A1RA 3LZJA 4K8ZA 1KFSA 3DLRA 4F8RA 3BDPA 2HW3A 3LDSA 1EETA 1UA0A 3HO1A 3NF9A 3KD1E 2ATQA 1ZBUA 1KLNA 2OPRA 3HPGA 1CXUA 3NE6A 4KI6A 3OYHA 3OYFA 4CF9A 3O3HA 3QETA 3AVMA 3S3MA 3ZT0A 4FM1A 1KRPA 3DRRA 3OYCA 1REVA 4HUEA 4DFMA 2OYQA 3RR7A 4ELVA 4B9MA 3G10A 1BI4A 3KK3A 4BDYA 2HB5A 3PX6A 1D9FA 1RILA 3VN5A 1WNSA 4M3TA 1JL1A 3T19A 3L2QA 3CFPA 4BWMA 4E7HA 4DSIA 4FZZA 3KKSA 4Z4CA 1EKEA 1TAQA 5CZ1A 3LWLA 4O4GA 3DM2A 4IG0A 4KO0A 5JS2A 1N6QA 1Q9XA 1VSEA 2RF2A 4AHRA 4AILC 2G8FA 2FBYA 4RW7A 1J9AA 4I9QA 3SUPA 3K2PA 3NAEA 2R7YA 1NOYA 3TARA 4FZYA 4FJXA 3QIOA 3VQ7A 4KHNA 2GV9A 4RG8A 3AA5X 1X9SA 4EZ6A 4CJEA 3AVLA 3WNEA 2E6LA 4B9SA 4CIGA 5KI6A 3C6UA 1YVUA 4DSJA 4AHUA 4B3OA 2NUBA 2DFFA 5C25A 2BDPA 3K57A 2ETJA 5KRTA 4GVMA 1WN7A 4XIUA 3OS1A 5HLFA 3AA4A 1WLJA 4W5OA 3AA3A 4IFVA 3NHGA 3LP2A 4HTUA 4E7JA 4M3XA 2YKNA 4KB0A 1XC9A 1QTMA 4DLEA 3NBPA 3PY8A 1RDDA 4PWDA 1HQEA 5SWMA 4OKEA 3KK2A 2HNZA 3KD5E 2YHBA 2ZE2A 2KTQA 1WSGA 5DK5A 3OS2A 1RBRA 1Q8IA 3VQDA 5FRMA 2EHGA 1W0HA 3HYFA 1C0MA 1C0TA 5FROA 1SV5A 4BDZA 1NK5A 4QCLA 4DFJA 4CJQA 1XHZA 4KHQA 5J2MA 1ITGA 3UIQA 2VG7A 3LZIA 5HRSA 4PA1A 3DLBA 1QS4A 3OY9A 4Y1CA 1FKOA 4F4KA 4J2AA 2IC3A 4FLZA 3OYKA 4CJRA 2HHQA 4NCBA 3SQ2A 3HSTB 1RCHA 1FXXA 3VQBA 1IKYA 4UQGA 4J2EA 1JLCA 1S1XA 4KHUA 4ZTJA 4E7LA 1TK8A 4QAGA 4JLHA 4CCHA 4CGJA 1RTIA 2Z1GA 1IG9A 1YTAA 3L2VA 3AO1A 4BE1A 2XY7A 3SV3A 3KLGA 3CM5A 1JLGA 3RMAA 1RTDA 2P5OA 4FK2A 1UOCA 2QKKA 4DWIA 4W5QA 3IAYA 3H08A 2W42A 1C1BA 1L3UA 4OLBA 2OPSA 1U47A 4DTSA 4DLGA 4E3SA 4DTOA 3U6FA 3SQ0A 1RT7A 2WONA 4CGDA 1BGXT 1FK9A 2BE2A 3QEVA 3JSMA 4L8RB 2D0BA 2X6NA 2JGUA 5HBMA 2Z1IA 5KTQA 1EP4A 4FLXA 4FXDA 4YFUA 1L3VA 2YNGA 1RTJA 3V1OA 3P1GA 3QERA 1HPZA 4ELUA 2G8IA 1B9DA 1L5UA 3V9SA 2PYJA 4F2RA 4M42A 1KVCA 3O4NA 2KQ2A 4Z0UA 3O3GA 1TKDA 2VG5A 3HVTA 1TKTA 1NK8A 4RW4A 2YV0X 4KAZA 3T3FA 4FJKA 1RT5A 4CHQA 4NCGA 5I42A 1S9GA 2PZSA 3TAPA 4CJKA 4KREA 1KLMA 3WNGA 1RDAA 4OJRA 4LSNA 3B6OA 4NYFA 1A5XA 1F21A 1VSIA 2I5JA 1DTTA 1RDBA 4DQRA 1HYVA 4DU3A 4Z4EA 4DSFA 1O1WA 3LPUA 3ZSXA 4DTJA 4O0IA 4CJTA 2D0CA 3V6DA 3K5LA 4FLYA 4EZ9A 3LANA 5HRNA 1C6VA 2RPIA 1VSLA 1NK9A 4N76A 4M3WA 3MAQA 5KGWA 4CEQA 1Z25A 4Z4FA 4E7KA 3LAKA 2DFHA 4CE9A 4KHYA 3S3OA 4FK0A 4JRPA 3KKRA 1W9HA 2BANA 3AO4A 4FJ9A 4M3YA 1CLQA 3KK1A 4H4OA 4HHTA 4M41A 1JXBA 4O5BA 1RBVA 4M45A 1ZYQA 4N41A 4C8LA 1JLBA 3DRSA 4BE2A 4KTZA 2X6SA 5E41A 1U45A 3CM6A 4CF0A 1LW2A 3TWHA 3CG7A 4PQUA 3EY1A 3I0RA 1WSFA 4C8KA 3K5NA 3AVIA 3OYLA 1RT6A 4CHYA 1HJRA 3QESA 1ZBLA 2F8TA 3SZ2A 1JLEA 4CEZA 3DLKA 4CECA 2GUIA 3QIPA 4E89A 2X78A 2FBTA 2EX3A 4G1QA 3U3GA 4CEAA 4CIEA 3OYMA 1SKWA 2HHWA 1NJXA 2IAJA 4ZHRA 3D0PA 3E01A 3ZT3A 1LWFA 3U3YA 3RMCA 4DQPA 3V81A 1LWCA 4B9UA 4W5RA 4DSEA 4AHCA 4B9NA 4DFPA 4FK4A 2FBXA 1S1WA 4MQ3A 4CJ4A 3OJSA 4CFDA 3VQ9A 4RW8A 1NKEA 4DU1A 4CJ3A 4HVJA 1NKBA 4Z4IA 1U4BA 3RMDA 3SNNA 3DI6A 3DLHA 4M3ZA 4Q0BA 3CFOA 1QE1A 3OYEA 4R5PA 4DTMA 2GBZA 2OPPA 4W5TA 2RN2A 4BE0A 4HUGA 1BCMA 4LH4A 4FCYA 4CJSA 1IKWA 3KLIA 4LY7A 1DLOA 4B08A 3V1RA 4BDPA 1S1UA 4DSKA 1YT3A 4CJFA 3NF8A 1R0AA 4DTPA 2Y1JA 3TAQA 4J2DA 4F3TA 3VQPA 3ZSQA 1ASUA 3KLHA 3L2RA 5CZ2A 4E0DA 3NGIA 3O4QA 1LWEA 3L3VA 2PY5A 2P51A 4MFBA 1IKVA 1U04A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HHXA 3ENBA 4I7FA 3DRPA 4LFCK 3VQEA 3WNHA 3S3NA 5F0XA 2YHXA 1FKPA 4CD1A 2A1SA 2HHUA 4YORA 4F2SA 1LCUA 2XY5A 4B8AB 1HRHA 2LSNA 4BQZA 1K9MO 1TL3A 2BGGA 4X66K 4JKCA 4CERA 1NK7A 1T05A 4DTUA 1BUPA 2IVPA 3KJVA 4CGHA 3DMJA 1LOTB 5AQJA 3SPYA 2E1YA 4F3OA 3CFRA 5J2NA 1S5JA 4EAHD 3THVA 4ID5A 1HNVA 2G8HA 2A41A 3MN6A 1G99A 3CETA 2QA4N 3ZSRA 4KBOA 4CHOA 3MK6A 2E4LA 3BZCA 3SBGA 1DTQA 3B6PA 5AFUA 3SAHA 2D5RA 5H1SQ 1GLAG 4YDUA 4CGFA 2VQFK 2YNHA 4FJJA 1NGEA 4DQ8A 2VWJA 1ZBFA 4XH1A 1H1VA 1U2VB 2O8BB 3ASMA 4BQLA 3M6GA 3S9HA 4NCAA 3V1QA 3HPHA 4AH9A 3O3FA 1HMVA 1XNRK 5AQPA 1QQCA 3FZMA 5D3GA 3S41A 1CZ9A 2Q36A 1RT3A 2E6MA 1T7PA 3LM2A 3LPTA 3TAMA 1BG3A 2YKMA 2D1KA 4XH4A 3RVCA 5BN8A 5AQWA 4HUFA 3QFPA 1YTUA 1QZ5A 2WBNA 4YOWA 5HROA 3KHYA 4CFAA 1HYSA 3DXMA 3VQ4A 3PO4A 4B9TA 4JS4A 5EU7A 4JI5K 3OS0A 3O9RA 3MWPA 1JLFA 3TANA 2NRWA 2HVIA 1NK0A 4FJNA 3ULEB 3CMEN 4FJHA 2ZJRL 4WE1A 2YJEA 1P90A 3SUNA 4H0VB 4O0JA 4IBNA 2IGIA 2UXBK 4CIFA 3CJ1A 3WXKA 4LF7K 4LC9B 3QEIA 3MEEA 1U2VA 4DU4A 1S22A 2O8BA 3HT3A 1SUQA 3L4QA 1O13A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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