4OKJA

Crystal structure of rnase as from m tuberculosis
Total Genus 50

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
VRYFYDTEFIEDGHTIELISIGVVAEDGREYYAVSTEFDPERAGSWVRTHVLPKLPPPASQLWRSRQQIRLDLEEFLRIDGTDSIELWAWVGAYDHVALCQLWGPMTALPPTVPRFTRELRQLWEDRGCPRMPPRPRDVHDALVDARDQLRRFRLITSTD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS5 (86-89)S1 (2-11)TI1 (25-28)AH2 (66-77)AH3 (92-100)TIV1 (11-14)TIV2 (12-15)3H1 (40-42)S2 (16-25)AH5 (142-157)S3 (30-35)TI4 (60-63)S4 (63-64)TI2 (35-38)AH1 (45-51)3H2 (52-54)TI3 (57-60)3H3 (101-103)TI5 (78-81)AH4 (120-127)S6 (118-119)TIV3 (89-92)TI6 (110-113)TI7 (136-139)TIV4 (138-141)3H4 (106-108)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Structure and Function of RNase AS, a Polyadenylate-Specific Exoribonuclease Affecting Mycobacterial Virulence In Vivo
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3'-5' exoribonuclease Rv2179c/MT2234.1
total genus 50
structure length 160
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4okjA00
4BE1A 1RDBA 4BWMA 4CESA 3TI0A 4IFYA 3VN5A 1J5OA 2B6AA 3BDPA 4DSFA 1WSFA 1X9SA 3DLKA 3AVCA 1QSLA 4EZ9A 3VA0A 2O4GA 1LW2A 3OYEA 4DLGA 1NK7A 1HRHA 4RG8A 1WNSA 4CIFA 1WSJA 4LY7A 1UWBA 1EXQA 2PZSA 4B9UA 1BGXT 4CJWA 4EP4A 3SQ1A 3QLHA 3NDKA 3AVHA 4FM2A 4LD0A 4I2PA 3VQDA 3LZJA 3B6PA 3M8PA 1UA1A 3SUNA 3HSTB 1RTJA 1JLGA 4DWIA 4B8CA 5KRSA 3VQCA 1SL0A 2D0CA 1YT3A 2LSNA 4FXDA 1T03A 4J2BA 3HPOA 4CHZA 4HHTA 1JLQA 3OVNA 4KO0A 4FM0A 3AA2A 4L8RB 3K5NA 1S1VA 3TAGA 4N47A 2HB5A 4CFAA 1KVBA 3LZIA 4JRQA 1TL3A 1U45A 3HP9A 4F8RA 2G8IA 3AVFA 1IKYA 4O5BA 3ISNC 1TL1A 5CYQA 4Q5VA 3HM9A 1A5VA 3AV9A 4FLYA 2YHBA 1RTIA 3QETA 4CJSA 2KZMA 4KB0A 3KTQA 2HNYA 1S9GA 1TGOA 4CIEA 4HTUA 3LPTA 1WLJA 2IDOA 1RT3A 3DOKA 3DYAA 3TAMA 3VQ6A 3KLFA 4CFBA 3ZT0A 4H8KA 3SQ4A 3PX0A 2QXFA 2G8FA 3SUOA 2OZMA 3KD5E 1WSIA 2ZD1A 4F3OA 2RN2A 3LPUA 4IDKA 3NGZA 3K2PA 4DSEA 3HK2A 4DSIA 3L3VA 1IO2A 4FLXA 1RBRA 3NF6A 4E7HA 4DTRA 4DTOA 3SJJA 2A1SA 4CGDA 1SUQA 1S6QA 1LAWA 1VSIA 3QO9A 4CFCA 4E0DA 1WAJA 2FBYA 4E7KA 1JLFA 3ZSXA 3L2UA 2F8SA 3OY9A 3AVJA 1ITGA 1RTHA 1VSHA 3TANA 1RT6A 4KI4A 2WONA 1RTDA 4IKFA 5J2MA 3OJUA 5KRTA 1IG9A 4FJHA 2OPQA 4KKOA 4PY5A 3F73A 4W5RA 5DMRA 1EETA 4C8KA 3V1QA 2ZE2A 4DQSA 4DFKA 2YNIA 4E89A 4HUFA 1NOZA 4MFBA 4OLAA 4W5NA 3NH0A 2P1JA 2GBZA 3WNHA 3NHGA 1LV5A 4DFMA 4FZZA 1YTAA 5HRRA 3V9ZA 4BACA 1CXUA 3E01A 1I39A 4KTQA 2FBXA 1JKHA 2B5JA 1W9HA 2F8TA 3HVRA 4O55A 1C0UA 1UAXA 3OYCA 3LDSA 3QEVA 1U4BA 1U49A 4C8OA 1JLCA 1NK9A 3KD1E 3AVBA 3C94A 3OYHA 4KHQA 4CGHA 3VQEA 3HT3A 4RW4A 1KVAA 1C1CA 1NK0A 3V9SA 3NF8A 4FJ5A 4CJEA 1DTQA 4NCAA 4CHPA 3VA3A 1NOYA 4BE0A 4M3ZA 4RW8A 1LW0A 3ZT3A 4CJ5A 4O0JA 2DY4A 5E41A 5EU7A 3U6FA 1TK0A 1RDCA 4CECA 3PX6A 3MEDA 1TK8A 4O44A 4DSKA 1RCHA 4OPKA 4W5QA 4NCBA 2HHTA 1BQNA 1QSYA 1CXQA 3WNEA 4CF2A 3AA4A 2VG6A 3D45A 4IG0A 3PV8A 3PO4A 3O3FA 1NK4A 4Z4GA 3LALA 3S3OA 3LP1A 4CEQA 5CZ1A 1RBUA 1ZBFA 3V9XA 4DS4A 2HMIA 4CJLA 4O0IA 3C95A 1A5XA 3CG7A 3UIQA 4QCLA 5KTQA 3L3UA 4KTWA 4JRPA 4EP5A 1BIZA 3OYAA 3QIOA 3DRPA 2OPRA 4KHWA 3SV4A 3KK1A 3L2RA 4N56A 2ETJA 4OGEA 4C8NA 4LH5A 3VQ4A 3O3GA 2XHBA 4M42A 3A2FA 1W0HA 3OYDA 3MAQA 4C8LA 4MQ3A 5HROA 4DTSA 3KKRA 1VSMA 3BGRA 3P5JA 4H4MA 1SL1A 4I2QA 1EKEA 1Q9YA 2G8UA 1RT2A 3MXIA 4EZ6A 3DLEA 3RRHA 5KI6A 4OGCA 1ZBUA 5K14A 1LWFA 1D9FA 2O4IA 1QQCA 1KFSA 2Y1JA 3SZ2A 3NBPA 4CF0A 1T05A 4F2RA 1Y97A 2PY5A 5T7BA 2QK9A 1IKVA 4GMJB 2X74A 3O4NA 3LP3A 3FFIA 4RW6A 1X9MA 2XO7A 2I5JA 2BGGA 1TAUA 3S3MA 1BI4B 1X1PA 4DF4A 4DF8A 4DQIA 4J2DA 3V1OA 3HXMA 1YVUA 4ZHRA 3DMJA 3KLHA 4KAZA 1JXEA 4DG1A 5CY4A 1REVA 4J2EA 1HQEA 4PWDA 3VQ5A 3WNGA 3AVAA 2DFHA 3T1AA 2VG5A 4CJKA 3TAPA 4CERA 4B08A 2IC3A 3AVMA 4FJGA 1S1TA 4K8XA 1JLAA 2HNDA 3HO1A 3F9KA 1L3UA 1KRPA 4HVJA 3CFRA 1U04A 1ASVA 4Z4IA 4CJUA 4Z0UA 4M3UA 4OVLA 1C0MA 2YNFA 2HHXA 4ELVA 2FC0A 3OYGA 4KV8A 4W5TA 1EX4A 2GUIA 4KB1A 4Z4HA 1R0AA 1IKXA 1FK9A 4DTMA 1ZBLA 4E3SA 1L3SA 4BDZA 5FRMA 4DSJA 2W42A 2EHGA 3M8QA 3CM5A 1A5WA 4J2AA 4HUEA 4GW6A 3AO5A 4N76A 1JXBA 3LWLA 4ELTA 3AO2A 3IRXA 3AO1A 1NJYA 1ASUA 4OPJA 1DLOA 3I0RA 5HRNA 3TARA 3AVIA 1NK5A 4FYDA 4KHSA 1B9DA 2OA8A 3ZT1A 5C25A 3L8BA 4HCBA 2KZZA 3IG1A 3ALYA 4DFJA 4R5PA 1ZBHA 1TK5A 2ZQBA 3MEGA 3TAFA 3B6OA 3ZSVA 2A1RA 5HBMA 2OZSA 1BL3A 3O4QA 2OYQA 1GOAA 2YKMA 4PQUA 3AA3A 2XY7A 4DS5A 4LSLA 4QAGA 1KLNA 3IAYA 1S1XA 2NUBA 1BCMA 3LP0A 5CYMA 3OS2A 4QOZB 4FJ9A 1VSFA 4CHQA 3O3HA 3JSMA 3EYZA 4M41A 1C6VA 3VQ7A 4N41A 4CF9A 1O1WA 4YNQA 1RT7A 4CEZA 3RMCA 3RMDA 3NH2A 4FJIA 4DQPA 4FLTA 4YFUA 1WSEA 4DSLA 4CJFA 4DU4A 4E19A 2Z1JA 3RTVA 1L3TA 1WAFA 2HHUA 1KFDA 1Q8IA 3JYTA 3LAKA 3ZSZA 4E7JA 5HRPA 2IAJA 3TWHA 4B9NA 4PUOA 3NCIA 4FJKA 3K58A 3SI6A 4DQRA 4E7LA 4F2SA 1JL1A 2YNHA 3U3GA 4M3WA 4KRFA 3RWUA 1YTUA 3VQPA 4M3TA 4IBNA 3D0PA 4AHRA 1NKCA 1LAVA 3LAMA 2IOCA 5J2NA 2Z1HA 3NE6A 3SV3A 3DLHA 4CGGA 1QHTA 5JS1A 1D5AA 1TKTA 3KLEA 3K59A 4B9TA 4H4OA 2VWKA 1VRTA 1S6PA 4FK0A 3DM2A 1HNVA 4CJTA 1HYZA 4DTXA 2G8KA 3PY8A 4Z4EA 2YV0X 3VQQA 2HHQA 3AVNA 2ITGA 1I3AA 1GOCA 5HP1A 4FLZA 3K57A 5HLFA 3QESA 1BHLA 4KTZA 3IS9A 1UOCA 3AO4A 3DRSA 2AJQA 4I9LA 3OYLA 1T8EA 1RT1A 1SKWA 4BE2A 4ID1A 2HHSA 3T19A 4FLUA 1KTQA 4CEAA 5D3GA 3L2WA 3K5OA 1ZBIA 3KK2A 3HPGA 1D8YA 1Z26A 3RMBA 1HYSA 2VG7A 4PA1A 3K5MA 4F4KA 4JS4A 4IG3A 3LWMA 3SYZA 1FXXA 2VWJA 4ICLA 3OYIA 2FBVA 3L2QA 1HPZA 3CYMA 3ASMA 2XY8A 3HYFA 2XY5A 1K6YA 2FBTA 2IGIA 3WNFA 3ZSRA 4BWJA 1RT4A 3DLBA 3OYMA 3QERA 1TAQA 1G15A 4KI6A 4GVMA 1VSKA 4AH9A 5C24A 2PYJA 1XHXA 5FDLA 2OPSA 4FZXC 4FJXA 3AVLA 5FROA 3KJVA 4FW1A 4CEOA 1XHZA 4BDPA 1BQMA 1BISA 2X78A 3OJSA 3VQAA 3ZT2A 3KLIA 3K5LA 4M3YA 3CM6A 1RNHA 4B8AB 4B9VA 2JGUA 3SNNA 2F96A 3C6UA 2HNZA 3ZSYA 3NF9A 1JL2A 1RDAA 3HP6A 4FJMA 4KHUA 1KLMA 1Z25A 2Z1GA 3ITHA 2KTQA 4AHSA 2R7YA 4FLWA 1QSSA 1TKZA 4CF8A 1CZBA 4NYNA 3NAEA 1UA0A 4CCHA 2YKNA 2E6LA 3G0ZA 1F21A 3OYJA 2X6SA 3OYKA 4CJVA 4ZTJA 3HVTA 4CJ3A 2Y1IA 4KREA 5I3UA 3I0SA 3ZSOA 2E4LA 4E1MA 1J53A 4CFDA 4DTNA 3QIPA 4CE9A 3QNNA 4AHVA 3QEPA 2WOMA 3AO3A 1SKSA 1NJXA 1QTMA 1N6QA 5C42A 2ATQA 4IFVA 4LSNA 5JS2A 3QEIA 2XRIA 4CJQA 4FVMA 3HPHA 3MECA 1ASWA 2D5RA 4ID5A 1NJWA 3NGYA 1HJRA 4FJ7A 2EX3A 3AA5X 3DLGA 1TKXA 5J1EA 4CHYA 1XI1A 4C8MA 4CK2A 1NK8A 3RRGA 3SPZA 1RDDA 4ZTFA 5DK5A 1SKRA 4KPYA 4RW9A 4E7IA 4DLEA 4JLHA 4NYFA 4DTUA 3QINA 2G8HA 2HHWA 5SZTA 4FW2A 1S5JA 3OS0A 2QKKA 2P5GA 2YNGA 3OYBA 4BDYA 1KSPA 3CQ8A 4FK2A 3MXMA 3QEWA 1QS4A 3C6TA 5CZ2A 4FK4A 2RKIA 1LWCA 2Z1IA 4AHTA 2E6MA 2IS3A 3PO5A 1RBTA 3SQ0A 4B3OA 2PYLA 3V1RA 3V6DA 4UQGA 2HHVA 1VSEA 3CFPA 4FM1A 1HQUA 1BI4A 3T3FA 2BANA 1L5UA 1KCFA 4LH4A 4OKKA 3VQBA 3ZSQA 1X9WA 3NH1A 5FRNA 3PX4A 4FJ8A 2HVHA 1SL2A 3S3NA 2X6NA 1TV6A 1CZ9A 4Y1CA 1QE1A 4DFPA 1TKDA 3MXJA 2P5OA 4K8ZA 4FJLA 4KFBA 2YHAA 4B9MA 1FKOA 1HMVA 1BCOA 1VSDA 3OYFA 5HRSA 1U47A 3ZSWA 1WSHA 3DOLA 1S1WA 4AHCA 3KK3A 2XY6A 4Y1DA 3DLRA 3MEEA 5KGXA 3LP2A 3V9UA 3EY1A 3SCXA 1NKEA 3NFAA 4KHYA 2KFZA 1C0TA 4RW7A 2BDPA 2KW4A 1J54A 4CJ4A 2G8VA 2Q3SA 3RR7A 4XIUA 4E1NA 3KKSA 4O4GA 2DFFA 1ZYQA 4FJNA 3ULDA 4CEDA 4HCCA 1B92A 2D0AA 3DI6A 2OPPA 2HW3A 1IH7A 1DTTA 3VQ9A 3M8SA 4CK1A 4I9QA 3NGIA 4FJJA 3HJFA 4CEBA 4F3TA 3SUQA 1TVRA 1WN7A 4FLVA 3V9WA 4FZYA 4Q0BA 2KFNA 4OKJA 3RMAA 3VQ8A 3SQ2A 4AHUA 4N5SA 3QEXA 4G1QA 3TAQA 4CGJA 3KIOA 1BIUA 1HYVA 2B4JA 4Z4CA 1KVCA 3AVGA 4CF1A 3TAEA 4DQQA 4DMNA 4CEEA 4CEFA 4FCYA 1T7PA 3OS1A 4KHNA 1VSLA 1RT5A 3THVA 5SWMA 1N5YA 3TR8A 4DTJA 2QKBA 1NKBA 1C1BA 3ZCMA 3U3YA 1RILA 3KLGA 4DTPA 1VSJA 4W5OA 1VRUA 4DU3A 3V4IA 3L2VA 3HL8A 1B9FA 1S1UA 4OLBA 2DTUA 1GOBA 2BE2A 3AVKA 3CFOA 2P51A 3ZT4A 3SPYA 1VK0A 3LANA 4JS5A 1L3VA 4B9SA 2RPIA 3PUFA 4M3XA 4Z4FA 4CK3A 4CJRA 1XC9A 2DFEA 5J2QA 1S9EA 4M45A 4DU1A 5J2PA 5I42A 4OKEA 3QNOA 4HUGA 3TABA 3H08A 1Q9XA 3P83D 1HNIA 4ELUA 3M8RA 1XWLA 4NCGA 1LWEA 2D0BA 5KGWA 3DRRA 3OYNA 3SUPA 3I8DA 4CGFA 1MU2A 2JLEA 1EP4A 4CIGA 3RR8A 4CHNA 4I7FA 1D9DA 1CLQA 4WE1A 3V81A 1JLBA 1RBVA 4M3RA 4CHOA 4B9LA 1WSGA 2GV9A 1RBSA 2HVIA 1JLEA 1SV5A 3G10A 1FKPA 2KQ2A 4TSXA 1NK6A 2RF2A 2G8WA 4AILC 4CGIA 1C1AA 3EZ5A 1J9AA 1IKWA 4OJRA 1NJZA 1U48A 3NF7A 4CJPA 3P1GA 3S9HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UKRA 4BWMA 4BE1A 4CESA 1NGFA 5C10A 1J5OA 2YHWA 2O8DB 4DSFA 4EZ9A 3AVCA 3VA0A 2O4GA 5I9EB 4RG8A 1EXQA 2PZSA 4B9UA 1BGXT 1OH6A 3AVHA 4LD0A 3LZJA 3SUNA 3HSTB 5EOYA 4CZFA 2D0CA 4JI0K 2LSNA 1K8KB 3CCVN 4HHTA 3K5NA 4JRQA 1KVBA 3THYB 4WQ5C 1IKYA 4B3RK 1T6DA 4BQZA 1TL1A 1YJNN 3AV9A 5GADP 1JCGA 3CC4N 3QETA 2KZMA 4IO9L 3JAMO 4CIEA 2IDOA 3VQ6A 5GAHP 4CFBA 4MDAA 3PX0A 3SUOA 3CC2N 3KD5E 2RN2A 3NGZA 3K0SA 4DSEA 1OKJA 3L3VA 1HKCA 4I6MA 1SUQA 1LAWA 4CFCA 1WAJA 4BGAA 2WBNA 3L2UA 3OY9A 1ITGA 4IDHA 1RTHA 1VSHA 4B1YB 4RCHA 2P9SA 2WONA 3SMPA 3TTCA 3C0BA 5KRTA 3F73A 5DMRA 1EETA 4DFKA 5EX5A 4FWPA 1LV5A 3TTFA 4WFNL 5HRRA 4BACA 3VF6A 4O55A 1UAXA 4C8OA 3KD1E 1NK9A 3OYHA 3FZLA 3HT3A 1KVAA 1NK0A 3V9SA 4GKJK 4FJ5A 4CHPA 1NOYA 5A2QO 4RW8A 3O9SA 4CJ5A 1D4XA 1RDCA 4CECA 3ENBA 4OPKA 4LFCK 2HHTA 5M1QA 1BQNA 3T69A 1QSYA 1VQPN 4DR3K 4DB3A 1G99A 3HM8A 1RBUA 1HR0K 4DS4A 1EWRA 1A5XA 3IKMA 5KTQA 3ULEB 3OYAA 2OPRA 3KK1A 4N56A 4OGEA 4C8NA 3CJBA 3A2FA 3MAQA 1WBDA 3KKRA 4PKGA 4H4MA 2W6LA 3MXIA 4J8FA 3O80A 5KI6A 4BRLA 1ZBUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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