4OKJA

Crystal structure of rnase as from m tuberculosis
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
VRYFYDTEFIEDGHTIELISIGVVAEDGREYYAVSTEFDPERAGSWVRTHVLPKLPPPASQLWRSRQQIRLDLEEFLRIDGTDSIELWAWVGAYDHVALCQLWGPMTALPPTVPRFTRELRQLWEDRGCPRMPPRPRDVHDALVDARDQLRRFRLITSTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Structure and Function of RNase AS, a Polyadenylate-Specific Exoribonuclease Affecting Mycobacterial Virulence In Vivo
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3'-5' exoribonuclease Rv2179c/MT2234.1
total genus 50
structure length 160
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4okjA00
4FLXA 4W5NA 4CIEA 3SJJA 3K58A 1SL1A 3F73A 3DRPA 3DOKA 4E7JA 4FJHA 1L3SA 2RPIA 1X9MA 4M3WA 2F8TA 5J2PA 2XY8A 1T03A 4J2AA 1HPZA 1R0AA 4DQPA 1HYSA 2Q3SA 4LSNA 3NH1A 1SKSA 3RR7A 1ASUA 4KHWA 4GMJB 2P1JA 4Z4FA 4LD0A 1RBUA 1WLJA 2YHAA 3ASMA 3NGYA 4IG3A 3T19A 3VQ7A 4BDYA 2XHBA 1JLAA 3VA3A 1XI1A 2G8VA 1TK0A 2E6MA 1JL2A 4DSKA 3WNHA 3CFOA 2E6LA 4FZYA 2ZQBA 3AA4A 3AO5A 1BQNA 1KVAA 3AVMA 4LY7A 2QKBA 4PA1A 1W9HA 1BHLA 1C0UA 2OPSA 2Z1HA 5FRNA 4I2PA 3RR8A 1YT3A 4KREA 3VQ6A 4BE1A 3LAKA 4CF2A 5J2QA 3PV8A 1NK6A 3PY8A 2YNIA 1NKCA 1C0MA 3NH0A 2D5RA 1SV5A 4DSFA 4KPYA 3TI0A 4EZ9A 4HCCA 1RDBA 3WNFA 1TKXA 1S1UA 3AVGA 4CK3A 3LPUA 1NK4A 3K5LA 3AVFA 1U4BA 4C8NA 3NF8A 1GOAA 3EYZA 1ZBIA 1CZ9A 3QNNA 3OS0A 4ID1A 1BL3A 3DI6A 3NF6A 4HVJA 4KFBA 1FK9A 3THVA 1EKEA 3CM6A 4UQGA 4CECA 1LWFA 4FJ8A 4H4MA 1DLOA 2ZD1A 4CHYA 3PX0A 3NGIA 4O4GA 2QKKA 5HRRA 5C24A 4M3XA 1J53A 3AA3A 4I7FA 2D0BA 3MXJA 1J9AA 3ZT0A 4CJFA 1IKWA 4W5OA 1NOYA 2HHUA 2KZZA 4CF8A 1YVUA 4DF8A 4AHSA 1QQCA 3AVHA 2A1RA 1JKHA 4FJ7A 3SZ2A 3C6UA 4YNQA 3O3HA 2FBTA 1D8YA 4TSXA 1X9SA 4M3RA 4AHTA 2KW4A 3QIOA 4DWIA 1KSPA 2RKIA 3ALYA 3F9KA 1HYVA 1TKTA 2DFFA 4CGIA 1WSFA 4CF9A 4DLGA 3KTQA 3HO1A 1WAJA 2D0AA 1RT4A 2G8KA 4FZXC 2G8WA 1XC9A 4CFBA 2P5OA 3U3GA 5HBMA 4FLYA 1RT1A 4BDZA 1WSGA 5CY4A 4OGEA 3L3UA 1UA0A 4PY5A 1RT7A 3I0RA 3KIOA 4CIGA 1RTDA 4W5TA 3NGZA 1B92A 3TABA 3ULDA 3L2UA 3QEIA 3SI6A 1HQUA 5SWMA 4DTJA 1WSJA 3HYFA 4K8ZA 3SNNA 1NJZA 4B9NA 4J2EA 2BDPA 3M8PA 4O0IA 1NOZA 2R7YA 2XY5A 1WAFA 2ITGA 3MEEA 3QNOA 4DQIA 4QAGA 4CHQA 1KRPA 1TAQA 1RBRA 4FJGA 2HHVA 5KGXA 4J2BA 4KKOA 4Z4HA 3AO3A 2KFZA 3LP0A 4CE9A 5J2NA 4ELUA 2YV0X 3CFPA 3QEWA 4RG8A 3OYLA 2G8IA 2FBVA 3AVKA 1T8EA 3QLHA 2HHXA 3PUFA 4OGCA 5CYMA 4B8CA 3K57A 1S5JA 4CERA 4OJRA 4OLAA 2P5GA 1TK8A 1Y97A 2WONA 3O3GA 2GBZA 3AO4A 4DMNA 1L5UA 1KFDA 4KI4A 3CQ8A 5HP1A 2PY5A 4KB0A 5I3UA 4Q0BA 4FK4A 1BISA 4M3YA 4FJJA 1HRHA 1EP4A 2D0CA 4Q5VA 4NCBA 3ZSYA 3SPYA 1UOCA 4DTSA 4B3OA 4FYDA 1RDAA 3VQ4A 3RMBA 2BGGA 3DOLA 4Y1CA 3SUNA 2GUIA 3VQAA 3VN5A 3OYGA 1UA1A 4O5BA 2IAJA 4OKKA 4IG0A 3LANA 5CYQA 3DLBA 4DQQA 5C42A 2XY7A 4CJKA 4I2QA 3TR8A 3ZSZA 2XO7A 1QSLA 1VSJA 2KFNA 3AA5X 4BE0A 2OPRA 3OJSA 4CJ5A 4Z4CA 3TANA 1XHZA 3M8QA 3VQ9A 1D9FA 3RRGA 2XY6A 3DLRA 3HK2A 2X6SA 4FW2A 4F8RA 2LSNA 2ATQA 5KRTA 1GOCA 3LWLA 4HHTA 1S6PA 3I0SA 1A5WA 3ZSOA 4CGGA 2OA8A 1WSEA 4OVLA 4BACA 4DTXA 2Z1IA 3ZT4A 3KD1E 4MQ3A 4CJSA 4OPKA 3SPZA 4FLTA 2ZE2A 5EU7A 3ZSVA 3AVLA 4BWMA 3FFIA 1FKOA 2EHGA 1Q9XA 2Y1JA 4DSJA 2HHQA 1TL1A 5KI6A 4F3OA 2E4LA 1ASVA 3JSMA 1DTQA 3M8SA 3U3YA 4B9VA 3OYNA 4AHUA 3QEVA 3SUPA 3P1GA 2ETJA 4XIUA 4KI6A 1NK8A 4DTRA 2YNGA 3TAEA 4FLZA 3RMAA 3S3MA 4KRFA 1Z25A 1BI4A 4FJXA 2F96A 3PX6A 4C8MA 4CEAA 4FM1A 1ITGA 4JRQA 4FM2A 2B5JA 3B6PA 4E1NA 1S1VA 2DFHA 3HVRA 3V9XA 1KVCA 3ZSWA 1NJWA 3NF9A 2G8FA 4QOZB 2VG5A 5HRSA 3TARA 1JLEA 3OYKA 1KVBA 3AVCA 3LWMA 4FJ5A 1MU2A 1EETA 3CFRA 1S9EA 4ZTJA 3RWUA 5T7BA 1VSKA 1F21A 4CEBA 1L3TA 4DSEA 3C95A 4LH4A 4O0JA 4Z0UA 1K6YA 1SKRA 1ZBFA 1SUQA 2PZSA 1RCHA 4FK2A 3VQCA 3TAPA 4DTMA 3SQ4A 4HUEA 2DTUA 2Y1IA 4KHNA 1BQMA 1BI4B 4CJRA 4RW7A 1N6QA 4KTWA 1EX4A 2HHSA 1HNIA 3QO9A 4AHCA 1VSLA 3CM5A 4M45A 3NCIA 4DSLA 4NYFA 4EZ6A 1VRTA 4NCAA 3SQ0A 2HNYA 1JLFA 1WNSA 4E0DA 3RMCA 4DQSA 1S1TA 1BIZA 3LPTA 2VG7A 4JRPA 5KRSA 3H08A 4E3SA 3S3NA 3NBPA 5J2MA 3AV9A 4E1MA 4CGHA 2G8HA 5E41A 3TAQA 5K14A 4KTQA 3HP9A 3MEDA 1UAXA 4B8AB 2HMIA 1TV6A 4R5PA 1NK7A 1W0HA 3V9UA 3DM2A 3IG1A 4FZZA 3U6FA 3LP3A 3VQQA 1GOBA 2YKMA 3KLFA 4CJPA 3I8DA 3C6TA 1RT5A 1C6VA 1NK9A 3L3VA 4G1QA 2DFEA 3HPHA 4FLUA 4DF4A 1CXQA 3V4IA 1SKWA 2BANA 3AA2A 1JXEA 4W5RA 5DMRA 2VWJA 4DLEA 1NK0A 4O55A 4CFCA 1LV5A 4C8LA 1S6QA 4M3UA 3KK2A 3LZIA 2IS3A 1C1BA 4CEOA 4ZTFA 1RT2A 1RBTA 4F3TA 1YTUA 4KHSA 2VWKA 4RW6A 3SQ2A 3LDSA 1X9WA 3PO4A 1L3UA 4IDKA 3HPOA 4HUGA 2IDOA 3BDPA 2GV9A 3DLGA 3IS9A 4Z4EA 3OY9A 1QS4A 5FRMA 4HUFA 4FJNA 3DRRA 4FJKA 4NCGA 4GVMA 2X74A 3KKSA 4CEDA 3OYAA 3KLEA 3MEGA 3QEXA 1REVA 1VK0A 1RBSA 4RW8A 4CJQA 4I9QA 4KV8A 4Z4IA 3JYTA 3IAYA 4KO0A 3OVNA 3AVJA 1Q9YA 3OYFA 3L2QA 3QINA 3NH2A 1LWCA 5KTQA 3HM9A 2OPQA 4NYNA 1IO2A 4H4OA 1HNVA 1JXBA 4YFUA 1JLQA 2HB5A 3OYIA 3ZSRA 1LAVA 4CFAA 3OYCA 5D3GA 3KLIA 1ZYQA 4F2RA 1HQEA 1T7PA 3MECA 4IFYA 4B9LA 2FC0A 1G15A 3LALA 4N47A 4OKEA 2AJQA 4N5SA 5HROA 1WSIA 4Y1DA 3CG7A 2QXFA 4FJLA 2RN2A 4KHUA 1ASWA 2I5JA 4CHOA 4KHYA 3OS1A 4FVMA 2Z1GA 1RDCA 4BE2A 5SZTA 1LWEA 2B4JA 3PX4A 4PQUA 3NDKA 3KKRA 3L2WA 1TKZA 1RBVA 4E7LA 4CF1A 4CK2A 1S1XA 1D5AA 3HJFA 2RF2A 3BGRA 4RW4A 3M8RA 5HRNA 3LZJA 4CEQA 4JS4A 2QK9A 3EZ5A 2VG6A 1TKDA 4DFMA 4CJ4A 4KTZA 1WN7A 1RDDA 3HXMA 1VRUA 1NJXA 4B9MA 3K5NA 4EP5A 4PUOA 4AHVA 4BDPA 3ZSQA 1J5OA 3KK1A 3OYDA 3ZSXA 4DFJA 1BIUA 4CFDA 4FM0A 1RT3A 3C94A 4E7HA 4CCHA 3DLEA 3KLGA 1FXXA 2BE2A 4JS5A 3QERA 4CEEA 1VSHA 4CJLA 4KHQA 4LH5A 1HJRA 2HNDA 1TL3A 4CJ3A 3T3FA 2OYQA 1S1WA 3NE6A 1C1AA 3QIPA 4FLWA 1QSSA 3DLHA 1KLMA 4FJ9A 4HTUA 3QETA 4E7IA 3A2FA 3B6OA 1TK5A 3HP6A 1QTMA 2P51A 4L8RB 4OPJA 2OPPA 3NF7A 2IC3A 3ZCMA 3V1RA 4W5QA 4DTUA 3V6DA 1N5YA 2HHWA 1HYZA 1VSIA 2YNFA 1WSHA 2HW3A 1U04A 4ICLA 3OS2A 4CK1A 4E89A 1J54A 4DG1A 4MFBA 3V1OA 1NKBA 2HVIA 4CEZA 4FXDA 1CLQA 3DLKA 1FKPA 2HVHA 1I3AA 5J1EA 3OJUA 1ZBUA 3OYMA 4E7KA 4B08A 3SUQA 3TAMA 3SCXA 4DS4A 3PO5A 1KLNA 3P5JA 1TAUA 3V9ZA 1VSDA 4ELVA 3K5OA 5I42A 5CZ2A 4EP4A 2HHTA 4CGDA 1VSEA 3V9SA 2YNHA 4CGFA 4WE1A 1XHXA 4CESA 5JS2A 4JLHA 1VSFA 1A5VA 2O4IA 4K8XA 1HMVA 3AVAA 3OYHA 3HL8A 1LW0A 3V81A 3AVBA 3DMJA 2IGIA 4CJEA 3VQ5A 3AO1A 4CIFA 2OZMA 3ISNC 1CZBA 1VSMA 4I9LA 4CJWA 4N76A 1KTQA 3HT3A 4DFKA 1JLGA 3HPGA 3AVIA 3WNEA 4FJMA 4QCLA 4BWJA 4M42A 1SL0A 1JLBA 3O4QA 5KGWA 3NAEA 4ELTA 1LAWA 1IH7A 3ITHA 2FBYA 3LP1A 3G10A 3VQPA 1ZBLA 3SYZA 3D45A 4GW6A 3TWHA 5HLFA 4CJVA 4C8OA 4E19A 3E01A 4HCBA 5HRPA 2NUBA 3RRHA 1Z26A 2YHBA 4DU1A 4B9SA 1BCOA 4DSIA 4CF0A 1IKXA 4J2DA 4KAZA 2F8SA 4IBNA 1BGXT 3SUOA 1UWBA 3LP2A 3AO2A 1C0TA 4ZHRA 4OKJA 4KB1A 2X6NA 3LAMA 3OYJA 3L2VA 2WOMA 2O4GA 3RTVA 1NJYA 3V1QA 2G8UA 3ZT1A 4AHRA 4B9TA 1EXQA 2KTQA 3NHGA 1RTJA 4DU4A 4DTOA 3SQ1A 1U47A 5FDLA 1YTAA 3VQDA 4DU3A 1KCFA 1C1CA 1JLCA 4FK0A 1QHTA 4CEFA 3SV3A 3ZT2A 4M41A 4IFVA 1RILA 4FCYA 3UIQA 2FBXA 1RTHA 1L3VA 1IKVA 1B9DA 1S9GA 2PYLA 1BCMA 3IRXA 3L2RA 4LSLA 1LW2A 1X1PA 3KK3A 4DTNA 1JL1A 2EX3A 3G0ZA 2B6AA 4M3TA 1CXUA 1D9DA 2YKNA 1RNHA 2JGUA 3MAQA 4FW1A 3MXIA 1I39A 5DK5A 4O44A 2KQ2A 3ZT3A 3D0PA 3HVTA 1SL2A 3KLHA 4FJIA 2DY4A 1XWLA 4ID5A 3K59A 4FLVA 2HNZA 1ZBHA 4F4KA 1DTTA 3AVNA 3T1AA 1U49A 1QE1A 4C8KA 2XRIA 1RT6A 4CJTA 2X78A 4DFPA 3O3FA 2W42A 1O1WA 4DS5A 3MXMA 3DYAA 3K5MA 3TAFA 3NFAA 1T05A 4AH9A 4CJUA 5CZ1A 4Z4GA 1Q8IA 3P83D 2IOCA 1QSYA 2PYJA 4M3ZA 3CYMA 3QESA 1B9FA 1A5XA 3HSTB 3OYBA 4CHZA 3QEPA 3L8BA 3KD5E 1NK5A 1RTIA 4DQRA 4F2SA 4RW9A 3O4NA 3V9WA 3KJVA 4N56A 4B9UA 4IKFA 2A1SA 5JS1A 3RMDA 3VQ8A 1NKEA 3EY1A 1TVRA 4CHNA 1U45A 4N41A 1IG9A 4AILC 3VA0A 3S9HA 4OLBA 1KFSA 1IKYA 3WNGA 4PWDA 4CHPA 2JLEA 3VQBA 1TGOA 2Z1JA 3DRSA 4H8KA 4CGJA 4DTPA 1U48A 2OZSA 5C25A 5FROA 2KZMA 3K2PA 3TAGA 3S3OA 3SV4A 3VQEA 3OYEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SL1A 3DRPA 1L3SA 2QWNA 2E2PA 2NRZA 3O5BA 2A6AA 2F8TA 1T03A 5ADXH 4Z4FA 4BC4A 4IG3A 3J7YP 4BDYA 1XI1A 3VA3A 2G8VA 5HL7L 2E6MA 4DSKA 4QS8A 2E6LA 4FZYA 3H1VX 1BQNA 2QKBA 1W9HA 1C0UA 4FWSA 2A3ZA 2Z1HA 4I2PA 3GE1A 1YT3A 3M1FA 2EWSA 3PV8A 4DV4K 4DSFA 1SV5A 2QWMA 4EZ9A 1NGIA 3ID8A 2E2QA 4LF7K 3R1XA 3AVGA 3MN9A 3LPUA 3K5LA 4JKGA 4C8NA 1GOAA 3EO3A 3OS0A 4ID1A 3E9PA 2HMPA 4RCHA 3C65A 1EWQA 3CM6A 4UQGA 4H4MA 4CHYA 2W6LA 5E84A 2QKKA 2FF6A 3AA3A 4LF4K 3MXJA 1DT9A 3IFRA 2DPNA 2Q0RA 4CF8A 1QQCA 2A1RA 2YX6A 4FJ7A 4TSXA 3QIOA 4DWIA 4OX9K 3E9OA 4DLGA 4FZXC 1XC9A 1LCUA 4CFBA 2P5OA 2HF3A 4JKGB 2VCPA 4FLYA 1RT1A 5CY4A 1UA0A 5TKYA 4CIGA 2OTLN 4J8FA 3A5LC 4JKEA 4FWQA 3FZHA 4DTJA 1WSJA 1NJZA 3MEEA 1KRPA 1TAQA 1RBRA 2KFZA 3AO3A 4CZKA 1JCFA 4JN4A 1VQ4N 4RG8A 2G8IA 2FBVA 2HHXA 2RE2A 4OGCA 5LMUK 2GUPA 4JKFA 3KVGA 2P5GA 1XNQK 2NLXA 2GBZA 3O80A 4DMNA 3AGRA 2F7TA 3HZ6A 4KI4A 2PY5A 3GDQA 1Q7YO 2O8FA 3EEQA 3HOTA 4FJJA 3D2EA 1HRHA 4NCBA 3CIPA 3ZSYA 2P9UA 4DTSA 3SUNA 2GUIA 3VN5A 2IAJA 4OKKA 4O8KA 1TUUA 2A42A 4BC2A 3DLBA 4DQQA 3T7ZA 1KC8O 1QSLA 5TKWA 2Q1NA 4BE0A 4RTFD 3TANA 3RRGA 2XY6A 3DLRA 1OH6A 2HHHK 3HK2A 2X6SA 2VQFK 4FW2A 4X65K 1Q82O 2LSNA 2ATQA 1GOCA 1A5WA 3KD1E 4LFAK 4MQ3A 4FLTA 2UUAK 2O8FB 1MDUB 1FKOA 5KI6A 2QEXN 1DTQA 3M8SA 4YOXA 4B9VA 3OYNA 3CPWM 1NK8A 2ZJRL 4BRKA 3K9JA 4C8MA 3WQTA 2B5JA 3CCQN 3V9XA 1X3NA 3NF9A 1K9MO 1N34K 3R8EA 3TARA 1KVBA 3AVCA 2QWQA 1D4XA 3TSUA 1L3TA 2D4WA 1YAGA 3C95A 5GIPA 5FPDA 1K6YA 1ZBFA 4FK2A 1RCHA 3CCUN 4EHUA 3Q7CA 4DTMA 3I56N 1VQ5N 1N6QA 4KTWA 4XH5A 2HHSA 2E5LK 4AHCA 1VSLA 5AQIA 4M45A 2HNYA 1JLFA 3PLAA 4DQSA 4E3SA 1BIZA 2VG7A 4JRPA 3S3NA 1GLBG 1CZAN 2P9LA 2G8HA 2KZZA 3MEDA 5BR8K 4R5PA 4YDUC 3VERA 4JHDA 2CGJA 4F9OA 5F1XA 3LP3A 3CCVN 4A2AA 4CJPA 4B1YB 3HSCA 1CXQA 2BANA 2FSJA 3AA2A 2VWJA 1LV5A 4JI1K 4CFCA 4DR1K 1YITN 4M3UA 2Q0UA 4R79A 1RBTA 1YTUA 5AQOA 1X9WA 3PO4A 1V4SA 4IDKA 2IDOA 1VAZA 4DV1K 2P9LB 3DRRA 4GVMA 3TSPA 3KLEA 3QEXA 1FW6A 1VK0A 4CD3A 4CJQA 3G71N 4Z4IA 3MX2A 1Q9YA 3VEYA 1K8KA 3AGKA 2OPQA 4YOYA 1JLQA 4BRFA 3KLIA 5F2RA 4B9LA 2AJQA 4N47A 4C1NI 4KHPK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SL1 A;  3DRP A;  1L3S A;  2QWN A;  2E2P A;  2NRZ A;  3O5B A;  2A6A A;  2F8T A;  1T03 A;  5ADX H;  4Z4F A;  4BC4 A;  4IG3 A;  3J7Y P;  4BDY A;  1XI1 A;  3VA3 A;  2G8V A;  5HL7 L;  2E6M A;  4DSK A;  4QS8 A;  2E6L A;  4FZY A;  3H1V X;  1BQN A;  2QKB A;  1W9H A;  1C0U A;  4FWS A;  2A3Z A;  2Z1H A;  4I2P A;  3GE1 A;  1YT3 A;  3M1F A;  2EWS A;  3PV8 A;  4DV4 K;  4DSF A;  1SV5 A;  2QWM A;  4EZ9 A;  1NGI A;  3ID8 A;  2E2Q A;  4LF7 K;  3R1X A;  3AVG A;  3MN9 A;  3LPU A;  3K5L A;  4JKG A;  4C8N A;  1GOA A;  3EO3 A;  3OS0 A;  4ID1 A;  3E9P A;  2HMP A;  4RCH A;  3C65 A;  1EWQ A;  3CM6 A;  4UQG A;  4H4M A;  4CHY A;  2W6L A;  5E84 A;  2QKK A;  2FF6 A;  3AA3 A;  4LF4 K;  3MXJ A;  1DT9 A;  3IFR A;  2DPN A;  2Q0R A;  4CF8 A;  1QQC A;  2A1R A;  2YX6 A;  4FJ7 A;  4TSX A;  3QIO A;  4DWI A;  4OX9 K;  3E9O A;  4DLG A;  4FZX C;  1XC9 A;  1LCU A;  4CFB A;  2P5O A;  2HF3 A;  4JKG B;  2VCP A;  4FLY A;  1RT1 A;  5CY4 A;  1UA0 A;  5TKY A;  4CIG A;  2OTL N;  4J8F A;  3A5L C;  4JKE A;  4FWQ A;  3FZH A;  4DTJ A;  1WSJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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