4OKJA

Crystal structure of rnase as from m tuberculosis
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
VRYFYDTEFIEDGHTIELISIGVVAEDGREYYAVSTEFDPERAGSWVRTHVLPKLPPPASQLWRSRQQIRLDLEEFLRIDGTDSIELWAWVGAYDHVALCQLWGPMTALPPTVPRFTRELRQLWEDRGCPRMPPRPRDVHDALVDARDQLRRFRLITSTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Structure and Function of RNase AS, a Polyadenylate-Specific Exoribonuclease Affecting Mycobacterial Virulence In Vivo
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3'-5' exoribonuclease Rv2179c/MT2234.1
total genus 50
structure length 160
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4okjA00
3A2FA 3VQAA 1RT2A 3LP1A 5C24A 4FJHA 4K8XA 4KO0A 1JLAA 4Z4FA 3CFRA 4CGDA 2YKNA 1SKWA 1NKBA 3OYCA 3CG7A 3AA4A 4EP5A 5J2NA 3AO5A 3RMAA 3OYHA 1C1BA 4BDPA 1HYSA 4CIFA 1L3VA 4UQGA 5HRNA 3V1RA 3RMBA 4CHNA 3NE6A 2ZE2A 3OYEA 4FLVA 3TAGA 1FXXA 4O5BA 4FW2A 2P5GA 2FBTA 1YTAA 4J2BA 1B9DA 3TAEA 3MXMA 4KKOA 1WSJA 4CESA 3IG1A 4LD0A 2VWKA 3L3UA 3VQEA 1RBTA 4DFKA 3S3NA 3KD5E 4M3WA 3K59A 2BDPA 4KAZA 2E4LA 4OJRA 1U04A 4IFYA 1TGOA 4CJQA 4ID5A 4FJJA 4CGFA 3BGRA 1JKHA 3DI6A 4IG0A 3ZSRA 1L3TA 1KLMA 4BE0A 2X6SA 4CJ5A 3NF8A 4M42A 3ZT4A 3OYLA 2PY5A 4OKKA 1J5OA 4FJGA 2A1SA 4DFJA 3V1QA 3QERA 3SPYA 2OPRA 4Q0BA 5J2QA 3DRPA 3LAKA 4MQ3A 4AHRA 3T1AA 1NJXA 3QIPA 3CFOA 4CK3A 3V81A 3HK2A 3ZCMA 3ZSVA 2X74A 3C94A 3NCIA 4DU3A 2PZSA 4CJ4A 4DSJA 3U6FA 4F2SA 1S5JA 2FC0A 4C8NA 2FBYA 3TAFA 1CLQA 3QEXA 1UWBA 1RTJA 2VG5A 4FLXA 2BE2A 4DTRA 5CZ2A 2HVIA 1A5WA 3V6DA 3IS9A 3ZT3A 3EZ5A 4JS4A 1T03A 4DLGA 4FJXA 1WN7A 1XHZA 3AVNA 4N56A 4RW9A 4CJRA 4DS4A 3QNOA 4B9SA 4CK2A 4IFVA 3T19A 1ZYQA 4E0DA 4XIUA 4FZZA 4CJVA 4E3SA 4B3OA 4Z4GA 2HHTA 3DYAA 2KZZA 1BISA 1C0UA 1W9HA 3WNEA 3QINA 1NK8A 1QSLA 3CQ8A 2XY7A 3AVMA 4DQQA 3HPGA 3MEDA 4CGIA 1D5AA 1HYZA 4N5SA 1JXBA 1SKSA 4B9NA 3P83D 4OLBA 1HYVA 3TWHA 2Z1GA 2IGIA 3LAMA 4E19A 5SZTA 4KPYA 4B9LA 4Y1DA 4ZHRA 3VQCA 1ZBUA 3LDSA 4FJ5A 1A5VA 2OYQA 4CFCA 4BWJA 4BACA 4FM0A 1YVUA 3SQ1A 4C8KA 1LWCA 3G10A 1ASVA 4O55A 4DLEA 3S3OA 4DTOA 2HHWA 3SUQA 1TV6A 3OJUA 4C8LA 4RW7A 2AJQA 2ZQBA 1SL0A 1VSDA 4I9LA 2FBXA 4M3XA 3O3HA 2KFZA 4QCLA 1Q8IA 3L2UA 4BE1A 3QESA 1RBVA 2YNIA 3OS2A 1SL2A 1RT3A 3HPOA 3EY1A 3SQ4A 2OPSA 3MECA 4DFPA 4DSKA 1RT6A 1LW2A 4JRQA 1J9AA 2IAJA 3HT3A 1L5UA 4I2PA 4J2DA 3F73A 1S1UA 3RRHA 3NF6A 1XI1A 3KTQA 5KRTA 4YNQA 1N5YA 5KGXA 4CGGA 3L2RA 5HLFA 1KLNA 3PX4A 4FJNA 4HTUA 4O0JA 1NKCA 4OKJA 1BIUA 4E1NA 4DTJA 2GBZA 3K2PA 3M8QA 4CF0A 3V9UA 1RT5A 3VQPA 1IG9A 3KK2A 2PYLA 3RRGA 2HHXA 5C25A 3HYFA 2D0CA 4F3OA 1C6VA 1B9FA 1RT4A 1WSGA 3AV9A 5JS2A 2HHVA 3TAPA 2XY6A 2QK9A 3D0PA 4H8KA 1RBUA 1HJRA 3I0SA 2YNGA 3L2QA 3ASMA 3DM2A 4IDKA 1D9DA 2I5JA 1KFDA 2JLEA 3TABA 1NJWA 4CHOA 3MEEA 4GMJB 1ASWA 2WONA 3F9KA 4PWDA 1VRUA 1JLCA 3LP2A 3VQBA 1WSFA 4CF2A 3AVCA 3KLGA 1JLQA 3O4QA 4J2EA 4EP4A 4CFBA 1JLFA 4DTNA 2KW4A 2QKKA 3TAQA 1VSKA 2D5RA 1VSJA 4DSFA 1D8YA 4NYNA 5HRPA 3NH2A 3CFPA 1XC9A 4F3TA 2OZMA 5I42A 4I7FA 3PX0A 4DFMA 4Z4EA 4B08A 4GW6A 3LZJA 2HNYA 4DQPA 4CJWA 3DLBA 4FVMA 3AVJA 4HHTA 4EZ9A 3IAYA 1U49A 3VQ4A 2EHGA 1RBRA 1JXEA 4BDYA 3HPHA 5DK5A 4DSIA 3SCXA 4HUGA 1WSEA 1S1TA 3L3VA 2YKMA 3L2WA 4FM2A 5SWMA 1VSHA 2G8VA 3U3YA 1BGXT 4DQSA 1TK0A 3ZT1A 2YV0X 1Z26A 1IKXA 1SUQA 3KLHA 4QOZB 3V4IA 3VQ7A 4DF4A 3ZSQA 1QTMA 1K6YA 3KKRA 1J53A 3SJJA 3VQDA 3LALA 1T05A 1VK0A 4ELUA 4FYDA 2RPIA 4DSLA 3KK1A 1VSIA 3O4NA 2O4GA 3QNNA 3NAEA 3MAQA 3VQ8A 3SPZA 2YHBA 2ATQA 4B8AB 3TI0A 3I0RA 1L3UA 2PYJA 4FZXC 1DTTA 4KHUA 3DRRA 1HNVA 1DTQA 1VSMA 3ZSZA 4F8RA 4KHQA 4AHUA 3DOLA 3P5JA 2W42A 1X9WA 1U47A 3SUNA 1Y97A 4CJ3A 3QEPA 4RW6A 1KVBA 1HRHA 1KVAA 1EX4A 1ITGA 4CK1A 1I3AA 1CXUA 3QETA 4CHQA 3OYNA 4RW4A 1LAWA 4W5QA 3RTVA 1Q9YA 2OPPA 4RW8A 1CZBA 3AVKA 4KB0A 2EX3A 2X78A 1KCFA 4CJKA 5FROA 3L2VA 2P5OA 1X9MA 5CYMA 3ZT2A 1NKEA 4CEFA 3V9ZA 1J54A 2Q3SA 1ZBLA 4O44A 1U45A 3I8DA 1Z25A 3M8RA 3OVNA 2RF2A 2WOMA 3VQ9A 1NJYA 3ZSWA 2XO7A 3KLIA 3CYMA 3KLFA 3DMJA 1QS4A 2Y1JA 4M3TA 4Z4CA 4QAGA 4I9QA 1SL1A 3SUOA 4PQUA 4DG1A 5CYQA 4H4OA 5FDLA 5DMRA 3PV8A 4KV8A 2YNFA 3HP9A 4AH9A 4W5TA 3K5OA 4CERA 4HUEA 3ZSXA 2Z1HA 3AVIA 1XHXA 4C8MA 4CHYA 3PX6A 3V9WA 4FZYA 2O4IA 4PUOA 1TKZA 3O3FA 1ZBHA 1WNSA 3TAMA 3LWLA 1WSIA 3LP3A 2VWJA 3V9XA 2B6AA 3B6OA 3QO9A 4DMNA 4ELTA 3SYZA 4FLWA 1JLGA 2DFEA 4BDZA 2DY4A 1TVRA 4B9UA 3S3MA 3WNFA 3THVA 1BQNA 1C0TA 3WNGA 3OYGA 1REVA 1KFSA 3OYDA 3TARA 3U3GA 4FJ8A 3ISNC 4CJPA 2XHBA 4FCYA 3NGIA 1MU2A 3RWUA 4J2AA 4CEDA 2ETJA 1IKYA 4E7KA 1QSSA 4B9TA 3TANA 4K8ZA 4LH5A 3HL8A 4KRFA 2D0BA 3OYKA 1QSYA 3CM5A 3DLGA 4E89A 1I39A 4Z4IA 3ZSYA 1LWEA 1T7PA 1LWFA 2F8SA 4JRPA 4OKEA 4HUFA 3C6UA 4I2QA 1F21A 2KQ2A 4CF8A 2G8KA 4KREA 4FJ9A 3HM9A 3BDPA 3SNNA 1RTHA 3OYIA 2HB5A 2QXFA 3HP6A 4OPJA 5J2PA 4B9VA 4LY7A 4PY5A 4CJTA 5K14A 4FJLA 4CFDA 1GOCA 3NHGA 1TK5A 3G0ZA 3TR8A 4E1MA 5EU7A 4KI6A 5CY4A 1UA1A 3AO3A 1RNHA 4W5OA 1HNIA 3QEIA 1TKDA 1FKPA 2HHSA 2LSNA 1C0MA 2DFHA 2E6LA 4CEBA 4M3UA 4CJEA 4DF8A 4KHSA 4IBNA 2RN2A 4CJFA 4CJSA 4E7JA 3QIOA 4OPKA 3V9SA 4L8RB 3VQ5A 3KK3A 4HVJA 5FRMA 1QE1A 1VSEA 1TAQA 3SQ0A 3MXIA 3QLHA 4Y1CA 1FK9A 3K5LA 3SI6A 4CF9A 1NK6A 4CJLA 2G8FA 4AILC 1NK9A 3LZIA 4PA1A 4MFBA 4CHZA 4JLHA 3MXJA 2XRIA 3QEWA 3RMDA 4OGEA 4DQIA 4FK2A 3NDKA 1RBSA 3K58A 1BCOA 1LV5A 4NYFA 4DWIA 2DTUA 5KGWA 1NK4A 1W0HA 3AA5X 4ZTJA 2YNHA 3LANA 4DS5A 4CIEA 4ELVA 4FLYA 1SV5A 3HXMA 3EYZA 4DTMA 5J2MA 1BQMA 3KKSA 1HMVA 2GV9A 1S6PA 4OGCA 5T7BA 4JS5A 3ULDA 2HHQA 3E01A 2BANA 4CE9A 4FLUA 3DLHA 4B9MA 1X1PA 4KTWA 2B5JA 4NCGA 5HRSA 1L3SA 3ZT0A 2HHUA 1KSPA 3JYTA 3OYFA 4CEOA 3QEVA 2XY5A 3OYJA 4R5PA 3RR8A 2KTQA 1O1WA 1EP4A 4KI4A 1RCHA 1CXQA 3NH1A 3SQ2A 1R0AA 4E7LA 3MEGA 2Z1IA 3DLKA 1BHLA 1NK5A 4WE1A 2BGGA 5C42A 1G15A 4AHSA 4FXDA 4Z0UA 2VG7A 4O4GA 4M41A 3OYBA 4CEEA 3VQQA 3HVRA 1FKOA 3C95A 1YT3A 3L8BA 1WAJA 3ALYA 3OS1A 4NCBA 3VA3A 3VN5A 2G8UA 3PUFA 1EXQA 4CGJA 4DTSA 4FJ7A 3O3GA 3AO4A 3SZ2A 2IOCA 4CCHA 4W5RA 3C6TA 3NGYA 4FM1A 1NK7A 3NF7A 3HJFA 3SV3A 2IC3A 4CF1A 4DTUA 4M3ZA 2G8IA 4KHWA 4N41A 4G1QA 2G8HA 4E7IA 2NUBA 4LSLA 5HP1A 4F4KA 2FBVA 1RILA 1NK0A 2OPQA 1S1VA 4Q5VA 3SUPA 4FLZA 2QKBA 2KZMA 3M8PA 3K57A 3DLRA 1KTQA 5I3UA 3NF9A 1TL3A 3RMCA 4GVMA 2X6NA 1RDAA 1TL1A 5JS1A 4CEAA 1NOYA 1QHTA 3DLEA 3KIOA 1RDBA 3WNHA 1HQEA 3AVHA 5KTQA 3AO2A 4ID1A 1RDDA 4DU1A 4NCAA 2HVHA 5J1EA 1NJZA 2OA8A 4OVLA 1SKRA 4CECA 1JLEA 4DSEA 2KFNA 3DRSA 4RG8A 3AA3A 4ZTFA 1U4BA 2HW3A 4BWMA 4CGHA 4CEQA 1C1AA 4FJIA 2F8TA 3HVTA 1IO2A 4M3YA 4CFAA 1WAFA 1RTDA 3AVGA 1Q9XA 2HMIA 1RT1A 3AA2A 1UOCA 3FFIA 4YFUA 4DTPA 5D3GA 4FLTA 3DOKA 1JLBA 3P1GA 4B8CA 2Z1JA 3AVFA 3LP0A 2ITGA 3PO4A 1T8EA 4CEZA 1X9SA 1BI4A 3PO5A 5FRNA 1WSHA 1TKTA 5HROA 4LH4A 1N6QA 3LPUA 3AVBA 3IRXA 4FJKA 1VRTA 4CHPA 4HCBA 2HNDA 3HSTB 4IG3A 1BL3A 1CZ9A 3ITHA 3OJSA 1WLJA 3RR7A 1DLOA 4OLAA 4KHYA 1XWLA 3VQ6A 2YHAA 1GOAA 4FK4A 2P51A 2IDOA 4DU4A 3NGZA 3OY9A 4N47A 2IS3A 1LAVA 3T3FA 4C8OA 1VSLA 5HBMA 3K5NA 4KTQA 4N76A 4EZ6A 4IKFA 1LW0A 2F96A 2Y1IA 4LSNA 4DQRA 3HO1A 4W5NA 4Z4HA 3H08A 5KI6A 1JL2A 1EKEA 4KTZA 3OS0A 2OZSA 1ASUA 1S6QA 2R7YA 2D0AA 2G8WA 3LWMA 4HCCA 1KVCA 4AHVA 3OYAA 3NH0A 1ZBIA 1S1XA 4AHTA 3PY8A 4AHCA 5KRSA 1HPZA 1QQCA 1KRPA 1BIZA 1S1WA 2P1JA 2RKIA 1HQUA 3D45A 1A5XA 1S9EA 3NBPA 3KJVA 2HNZA 1TKXA 5E41A 4KB1A 2A1RA 2DFFA 1UAXA 1IH7A 1BI4B 3ZSOA 1GOBA 2XY8A 3UIQA 4FK0A 4TSXA 3KLEA 2E6MA 1TK8A 3VA0A 3M8SA 4DTXA 3SV4A 2VG6A 5CZ1A 1UA0A 4F2RA 2GUIA 3KD1E 3V1OA 1RT7A 1D9FA 3JSMA 1JL1A 1VSFA 1BCMA 1NOZA 3AVLA 4E7HA 4FJMA 4KFBA 2B4JA 1EETA 1B92A 3K5MA 3B6PA 4FW1A 1RDCA 3AO1A 1TAUA 3AVAA 1U48A 3NFAA 3CM6A 4KHNA 1ZBFA 1YTUA 1IKVA 1IKWA 1C1CA 2ZD1A 4ICLA 5HRRA 4M3RA 4M45A 1RTIA 4H4MA 4BE2A 3S9HA 2JGUA 3LPTA 4CIGA 4O0IA 1S9GA 3OYMA 4CJUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A2FA 3HBTA 4EAHD 4FWQA 3KWGA 4FJHA 4K8XA 5JMVA 1NKBA 3OYCA 4BDPA 4IOXA 5HRNA 3TTFA 4ISEA 2BH1A 3FFKB 4BROA 4J2BA 4FWSA 2HBLA 1ATNA 4KKOA 1VQON 2CGLA 3VQEA 1RBTA 5AQXA 2BDPA 3C6HA 4LFBK 4IFYA 1TGOA 2AA4A 1BWFO 5BPLA 4FJJA 2VCPA 1KLMA 1D4XA 2PY5A 4OKKA 2E1YA 1GLCG 3QERA 2OPRA 5J2QA 4B1XB 3IUCA 2QM1A 3ZSVA 2X74A 5AQLA 4CJ4A 4F2SA 1S5JA 5GIOA 1FW6A 2V52B 3KZBA 2WFBA 3EZ5A 3L4IA 4FJXA 3DXMA 4CK2A 2E5LK 4E0DA 4XIUA 4E3SA 4DR3K 1C0UA 1JXBA 4R79A 4E19A 1K73O 5SZTA 4JEPA 4ZHRA 2QWOA 1ZBUA 4YOYA 4V19S 2OYQA 5C12A 4BWJA 2P9KA 3UKRB 4FM0A 3THXB 3SQ1A 3O9TA 1OKJA 1EWQA 4RW7A 1VSDA 4I9LA 3CF5L 3O3HA 1Q82O 3QMLA 5AR0A 1RBVA 4CD3A 3F2KA 2GTDA 4DFPA 1RT6A 4JRQA 2W40A 2IAJA 3DXKA 1S72N 2O8EA 4I2PA 1XI1A 3PIPL 4YNQA 4O5FA 4DR4K 4CGGA 3L2RA 4O0JA 4JKAA 4E1NA 4CZGA 1LCUA 2GBZA 3M8QA 4ILGB 3HYFA 2OTLN 2UUCK 1C6VA 4X64K 3AV9A 2QK9A 3D0PA 4H8KA 2JWLA 3L2QA 3DM2A 3CPWM 4B3MK 2I5JA 3VTIA 3D6RA 1N36K 4JKCA 3L0QA 3FR0A 4GMJB 1S22A 1VRUA 4BRIA 4J2EA 4CFBA 4A5BA 3LDQA 4F3TA 5I42A 4I7FA 4BQZA 1DGKN 4GW6A 4DQPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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