4OKK | Genus

Total Genus 52

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	52
sequence length	160
structure length	160
Chain Sequence	VRYFYDTEFIEDGHTIELISIGVVAEDGREYYAVSTEFDPERAGSWVRTHVLPKLPPPASQLWRSRQQIRLDLEEFLRIDGTDSIELWAWVGAYDHVALCQLWGPMTALPPTVPRFTRELRQLWEDRGCPRMPPRPRDVHDALVDARDQLRRFRLITSTD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__719736977996339__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__719736977996339__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4OKK/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__719736977996339__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"719736977996339","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4OKK/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__719736977996339__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Mycobacterium tuberculosis
publication title	Structure and Function of RNase AS, a Polyadenylate-Specific Exoribonuclease Affecting Mycobacterial Virulence In Vivo pubmed doi rcsb
molecule keywords	3'-5' exoribonuclease Rv2179c/MT2234.1
total genus	52
structure length	160
sequence length	160
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.1.13.-:
pdb deposition date	2014-01-22

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4okkA00

2HVIA 1GOBA 3MECA 3C6TA 4H4OA 3AVCA 1TK0A 4PY5A 4CJSA 1ZBFA 3SUQA 3MEEA 3QEXA 4W5QA 3LANA 4LH4A 3HL8A 4DU1A 2G8WA 3DRSA 4CEOA 5J1EA 2Z1HA 4LSNA 3DOLA 3PV8A 4CJUA 2A1RA 3DM2A 4CJ3A 4M3TA 4B9MA 1C1AA 3HPHA 1ITGA 3NH2A 5J2NA 4B9TA 1HNVA 4CEEA 3AA3A 3OJUA 4Y1CA 4DSFA 3ZSZA 4CHZA 1T05A 4FJMA 1HNIA 4AHCA 4Z4CA 4DS4A 3TAQA 1WSJA 3MXMA 2FC0A 3AA5X 1TK5A 3VQ5A 3BGRA 3LAKA 4CJ4A 3SQ2A 3QEVA 4FJKA 1I3AA 4CF9A 3NGIA 3TABA 1J5OA 1O1WA 3AO5A 1C6VA 4ZHRA 5KRSA 2OZSA 3QO9A 2I5JA 3S3NA 3C6UA 1CLQA 2IAJA 4B9UA 4DF8A 1KTQA 2D0AA 4PWDA 2B6AA 4AHSA 4E3SA 3QESA 4OLAA 4IFYA 2PZSA 4CEDA 2B4JA 4DWIA 1VSIA 4CFDA 3VQ6A 1TKDA 3OYCA 3S3MA 4AH9A 3AVJA 1ASWA 1U48A 3H08A 3TAGA 3QNOA 1EETA 2OPSA 3DLHA 2KFZA 4KTQA 3L2RA 3ZSRA 4DQIA 1VSFA 4W5OA 4DU4A 1VSMA 4CHYA 4QAGA 3C94A 3P1GA 2X74A 4M41A 3NAEA 4BE2A 4FM0A 3JSMA 3LZJA 3PUFA 2Z1JA 1L3UA 4M3RA 2ATQA 4YNQA 1LWCA 1Q9XA 4JLHA 2VG6A 1YTUA 3QIOA 4FW2A 5KGWA 2ETJA 2F8SA 3DLRA 3LWLA 1CXUA 1FKPA 3HPGA 4AILC 3WNGA 4KFBA 1X9MA 3EY1A 1JLBA 4FZYA 2QK9A 4KRFA 4BDZA 1VSKA 4DFKA 2FBTA 2P51A 1BI4A 4RW6A 3WNFA 3RMBA 2BGGA 3CQ8A 4GW6A 3FFIA 3AVLA 1QSYA 2OPPA 1WNSA 1JLAA 3ZSXA 4QOZB 1RT2A 4OKKA 1EX4A 3V9WA 2BDPA 4KO0A 1ZBUA 4W5RA 3SQ0A 1WSEA 3SYZA 3AVNA 1BQMA 3WNHA 3LWMA 3QETA 1JL1A 3HT3A 1HQEA 1QQCA 1RTDA 3K58A 1KLNA 3UIQA 3AO2A 3VQAA 4N5SA 4B3OA 1BQNA 1UOCA 1QE1A 5HP1A 4E19A 3S3OA 1SUQA 3QEIA 2G8UA 2PYLA 4DLGA 1IO2A 1L3VA 3L2WA 4I9QA 4HTUA 4CCHA 4FJ8A 1MU2A 5DK5A 1FKOA 4FXDA 3EYZA 4Z4FA 4E89A 2JLEA 4DTUA 1YTAA 2HNZA 5FRNA 4BACA 3S9HA 4B08A 3P83D 4N56A 4CHPA 4FJ5A 3DRRA 1TK8A 2GBZA 5C42A 5JS1A 4OGEA 1A5WA 3TAMA 3D0PA 3OYJA 1D9DA 1A5VA 2OPRA 1ZBIA 4HUEA 1UWBA 4NCBA 3AVMA 4KI4A 4B9SA 4KB0A 1RDAA 3OY9A 2W42A 1NKBA 2VWJA 4FJGA 3QEPA 3HSTB 3A2FA 1LWEA 4C8NA 4YFUA 1RBUA 3TAFA 1VRTA 3DI6A 4GMJB 1NJYA 1S1WA 4KHWA 4H4MA 1W0HA 2WOMA 4FLVA 2OA8A 3OYMA 1D8YA 2YNFA 2P5GA 1YT3A 3K59A 4ICLA 4KI6A 4DTOA 3SNNA 4CJKA 4FK0A 3RRHA 4IFVA 3VQPA 1TAQA 1QS4A 4NCGA 4EZ6A 4FYDA 2NUBA 3KLHA 4B9LA 1LAVA 1Z25A 1NOZA 4M3XA 1BI4B 2KFNA 4AHUA 4KKOA 3SUPA 2FBVA 2XO7A 3THVA 1LAWA 3QNNA 4KHNA 2HB5A 2HVHA 1RBVA 2OYQA 2RF2A 3NF6A 3OVNA 3NF8A 1T03A 3OYFA 2LSNA 3PX6A 4ELUA 3M8QA 3SV3A 1GOCA 2OPQA 4HVJA 4OPKA 3VA3A 4FZZA 1YVUA 3NDKA 4CF2A 4DF4A 3E01A 3KIOA 1NJWA 4C8LA 4IKFA 2ZE2A 3HJFA 3D45A 4DTXA 3KKRA 3CYMA 5T7BA 4DFMA 1SKSA 3CFPA 4DS5A 1HQUA 5JS2A 2YNGA 1JLCA 3VQDA 1QHTA 4EP5A 4ELVA 4CIEA 3IS9A 3V1OA 3KLEA 4FJNA 3TARA 2YNIA 4LSLA 1TGOA 1HJRA 2IGIA 3OYIA 1WN7A 4CGIA 4BWJA 1BIUA 2YNHA 3G10A 3ZSVA 3JYTA 2XHBA 4DTNA 1T7PA 4KTZA 4N76A 3O3HA 1U49A 4F4KA 2HHWA 3V6DA 3RR7A 4KPYA 1VSEA 1JL2A 3VQ8A 1IKYA 3VA0A 1SL1A 5HRSA 4C8MA 3HVRA 4LH5A 2QKBA 3C95A 3MXJA 3LZIA 5CZ2A 3RMAA 1SL2A 1BIZA 4KV8A 4F3TA 1RBTA 3I0RA 4CJQA 1TL1A 4JRQA 3ZT3A 4H8KA 2DFHA 1N6QA 3EZ5A 3QEWA 3SPZA 4DFJA 3MEDA 2KQ2A 4J2AA 1C0MA 1UAXA 4DMNA 1TKZA 3IG1A 4RG8A 2ZQBA 4CGDA 1UA0A 1GOAA 1KSPA 3RRGA 3ZSOA 5CYMA 1D9FA 3MAQA 4O55A 1S5JA 4KAZA 1B9FA 2DTUA 3NH0A 1KVCA 3QIPA 4OKEA 4KB1A 3L3UA 4W5TA 1L5UA 3V1QA 4PUOA 1K6YA 4E1NA 1D5AA 2E4LA 2IOCA 4CIFA 3OYHA 3O3FA 4BWMA 3OJSA 4MFBA 2FBXA 2HMIA 3ZT4A 1VSLA 3ITHA 1NJZA 5J2QA 2GUIA 4OGCA 4DTRA 1BL3A 4OJRA 4IBNA 4JS5A 3V9UA 3TAEA 1NKEA 2GV9A 4J2EA 4DTPA 4E7KA 3KLGA 1KCFA 4Y1DA 1ASUA 3LP2A 4JRPA 1SKRA 2HHVA 1CXQA 3PO5A 5C25A 4FJLA 3U3YA 4C8KA 4CHQA 1S1TA 4AHRA 4ZTFA 2PY5A 3OYAA 3NE6A 3RMCA 4Z4HA 1RBSA 2Q3SA 2RN2A 3L2UA 3RTVA 3F73A 3QINA 4O44A 3ULDA 1J53A 1WAJA 5K14A 5KI6A 3ZT2A 4CJ5A 3AO1A 4GVMA 4FLZA 3SQ4A 2WONA 5HLFA 3PO4A 4FJIA 1S1XA 3V4IA 4C8OA 5C24A 1X9WA 2KZZA 1VK0A 2O4IA 4CF0A 3NGZA 2XY5A 3SUOA 3PX0A 2HW3A 1DTQA 1R0AA 2XY6A 4CJWA 4Z4EA 4FLXA 4CEAA 3LPTA 1FK9A 1RTHA 3L2QA 3MXIA 1WSFA 2IC3A 2KTQA 3CM6A 4FM1A 1XI1A 1NK4A 2F96A 1KRPA 4FZXC 1ZBLA 1L3TA 3HXMA 1NK9A 1REVA 3U3GA 2RKIA 1HYZA 2E6MA 1RDBA 1Q8IA 1KVAA 3AVKA 4CJTA 4FCYA 3SCXA 3K5OA 2X6NA 4CJFA 3VN5A 4F2RA 4DTSA 4FK2A 1C0TA 3DLBA 4KHQA 2DFEA 2HHXA 1DTTA 1RT3A 3DLKA 4CGHA 5FRMA 1NK8A 3IAYA 4N41A 1DLOA 2KZMA 4W5NA 2QXFA 1HRHA 3K5MA 1WSHA 1KFSA 3ZCMA 4O0JA 4DSKA 4CE9A 1SL0A 4I7FA 2Z1GA 3LP0A 4KTWA 1XWLA 3VQ9A 4DSLA 5CY4A 4PQUA 1QTMA 3QERA 4M3ZA 4CJLA 1RCHA 4CECA 2Y1IA 3VQBA 4E0DA 4HCCA 3CM5A 3HPOA 4DFPA 1HPZA 1LW0A 3F9KA 5EU7A 1KVBA 3CG7A 3SQ1A 4CK1A 1NKCA 1RBRA 5FDLA 2QKKA 4K8XA 4M3WA 1BISA 2AJQA 3K57A 5KTQA 3M8RA 4O4GA 4FLUA 3VQ4A 4BDYA 3G0ZA 3K2PA 4I9LA 2R7YA 1RNHA 4I2QA 1CZ9A 2X78A 4CF8A 1IG9A 3LP3A 2D0BA 3OYBA 3DLEA 4CGJA 1BCOA 1IKXA 4CFCA 4B9VA 4B8AB 4CGFA 4DLEA 1XHXA 4ZTJA 4AHVA 3U6FA 2D0CA 2P5OA 4CEZA 1HYSA 1SKWA 1BCMA 5CZ1A 3AVGA 4KHUA 1FXXA 2HNDA 4FW1A 3ZSYA 4CEBA 1TKTA 4R5PA 5HROA 4DTMA 3ZSWA 4M3YA 1WAFA 3RMDA 5HRRA 4MQ3A 1UA1A 3SUNA 4E1MA 1JKHA 2D5RA 2OZMA 4OPJA 3CFOA 1BGXT 1JLQA 4Z0UA 3V1RA 1T8EA 3AVAA 4NCAA 4ID5A 4KHSA 2ZD1A 1JLEA 2FBYA 3KLFA 1XHZA 4Z4IA 3NF9A 4B8CA 3SI6A 4CJPA 4OLBA 1RTJA 2P1JA 2B5JA 3AO4A 5CYQA 4CEFA 1U47A 1X1PA 1NK5A 1EKEA 4QCLA 1TAUA 4J2BA 1EXQA 4AHTA 3NH1A 3PX4A 2XY8A 2IDOA 3V9ZA 2YHBA 4RW9A 4CHOA 4B9NA 4FLTA 2E6LA 2ITGA 4CK3A 5I42A 4BDPA 1HMVA 3DYAA 2YV0X 1TVRA 4N47A 3ZSQA 3NHGA 2G8HA 2DFFA 4DSIA 3WNEA 3TR8A 1S1UA 2HNYA 1BHLA 3I8DA 4HUFA 3NBPA 4FK4A 3ALYA 3OYGA 3VQCA 4M45A 4E7JA 3RR8A 2KW4A 4XIUA 4CESA 4K8ZA 1JLFA 3DMJA 3PY8A 4LD0A 4Q0BA 3LAMA 1ASVA 3TAPA 3AVIA 4O5BA 4FJXA 2YKMA 3LPUA 2G8KA 1VRUA 4CF1A 1X9SA 4CGGA 4Z4GA 4DQRA 3ZT0A 1A5XA 4OKJA 3O3GA 1S6PA 1JXBA 3ISNC 3CFRA 1XC9A 1F21A 1HYVA 4Q5VA 4FM2A 5HRNA 2O4GA 3MEGA 4DTJA 4JS4A 4CK2A 2X6SA 3OYLA 3AV9A 4CJVA 3AVFA 1LV5A 4M3UA 3AA4A 3L3VA 3P5JA 4DU3A 3AO3A 3HO1A 2Z1IA 4TSXA 4WE1A 4FVMA 4BE1A 2BE2A 5J2PA 1NK7A 3V81A 3HP9A 4HUGA 1JXEA 5I3UA 1J9AA 1SV5A 4DQPA 1TKXA 4EP4A 3M8PA 5HBMA 5E41A 3OYDA 3K5LA 3KLIA 4DG1A 3KD5E 2HHSA 1U4BA 1U04A 1VSJA 3ASMA 4F3OA 3HP6A 2YHAA 3T19A 3OYEA 3SJJA 4RW8A 3KK2A 4L8RB 2PYJA 2VWKA 4FJ9A 4O0IA 4DQQA 3DLGA 3KD1E 3NGYA 5SZTA 1B92A 1TL3A 3LP1A 3KK1A 4PA1A 4NYFA 3SV4A 3DOKA 1S9EA 1IKVA 1Q9YA 4HHTA 3T3FA 4E7HA 3V9XA 3BDPA 3NFAA 4J2DA 1WSIA 3NF7A 3OYNA 3HVTA 2EX3A 2EHGA 1WLJA 4CEQA 1NOYA 4F8RA 4CFAA 4CFBA 3K5NA 2Y1JA 4FLYA 1S1VA 4DSEA 3VQEA 1W9HA 2JGUA 4E7IA 2HHUA 1LWFA 3M8SA 3AA2A 1KFDA 5KGXA 4M42A 5D3GA 3AVBA 3LDSA 3SZ2A 4G1QA 1IH7A 5DMRA 1Y97A 1JLGA 1LW2A 1QSLA 3AVHA 4E7LA 4FJ7A 3TI0A 2HHQA 2G8FA 4HCBA 1KLMA 1NK0A 4IG0A 4CJEA 3VQ7A 1RDDA 3L8BA 1NK6A 3VQQA 3B6OA 2G8IA 3LALA 3O4NA 2RPIA 3T1AA 4ELTA 3KJVA 2VG5A 2IS3A 1RT1A 3NCIA 1U45A 3QLHA 4RW4A 1RDCA 4KHYA 1G15A 3HM9A 4NYNA 4F2SA 5J2MA 2YKNA 5KRTA 4KREA 1J54A 1C0UA 1C1CA 1ZBHA 1I39A 3ZT1A 4CIGA 4UQGA 3V9SA 4CJRA 2XRIA 2HHTA 3OS0A 1C1BA 2BANA 3KK3A 1S9GA 3TWHA 3SPYA 4CHNA 3OS1A 4DSJA 4BE0A 3HK2A 1RT7A 4RW7A 4CERA 3OS2A 1TV6A 1RT4A 1IKWA 2VG7A 3DRPA 3OYKA 3B6PA 3KKSA 1NJXA 3HYFA 1RILA 4DQSA 1L3SA 4EZ9A 4FJHA 1QSSA 3IRXA 1RTIA 1N5YA 2G8VA 3KTQA 1CZBA 4I2PA 4IDKA 5HRPA 1B9DA 1RT6A 1Z26A 1S6QA 3O4QA 3I0SA 5SWMA 3L2VA 4FLWA 2A1SA 4IG3A 2XY7A 3RWUA 4ID1A 3TANA 1VSDA 2F8TA 1VSHA 1EP4A 5FROA 1RT5A 2DY4A 4OVLA 1WSGA 1ZYQA 4FJJA 4LY7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EE8 A;  4H4O A;  3C6T A;  5AQF A;  3SUQ A;  2P9K B;  1ATS A;  4ILJ A;  2GWJ A;  3M3Z A;  3BZK A;  3DOL A;  4CJ7 A;  4M3T A;  4B9M A;  1C1A A;  2NRX A;  3DWL A;  5J2N A;  2UUA K;  1HNV A;  3OJU A;  4Y1C A;  4BY9 C;  1V4T A;  3DAW A;  3L0Q A;  4CHZ A;  4Z4C A;  3TAQ A;  1WSJ A;  1TK5 A;  1D4X A;  3LAK A;  2KZZ A;  4FJK A;  4CF9 A;  2OTJ N;  3TAB A;  1J5O A;  5AQM A;  3R9P A;  3QO9 A;  2W6K A;  2NRR A;  1CLQ A;  4FWR A;  3L4Q A;  4MO5 A;  4PWD A;  2P9L B;  4JYA K;  2HBL A;  3VEZ A;  4E3S A;  4OLA A;  1NGA A;  1O13 A;  2B4J A;  4DWI A;  1XMQ K;  4AH9 A;  2YHW A;  3ZEU A;  2IVP A;  2OPS A;  3U9Z A;  3L6Q A;  3L2R A;  2P9N A;  4DQI A;  3F5T A;  4W5O A;  4EFH A;  2CGK A;  4QAG A;  2QWN A;  3NAE A;  3JSM A;  3LZJ A;  3F2K A;  2Z1J A;  2A40 A;  1LWC A;  2VG6 A;  5KGW A;  1NU0 A;  5ELZ A;  3D6R A;  1CXU A;  4BVP A;  1FKP A;  4AIL C;  1X9M A;  4FZY A;  2QK9 A;  2VQE K;  1VSK A;  3B8A X;  3SK3 A;  2FBT A;  4CZE A;  5AQR A;  3RMB A;  1WNS A;  3ZSX A;  3CCQ N;  4QOZ B;  1RT2 A;  4JI1 K;  4JKH A;  1EX4 A; 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4OKKA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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