4OKKA

Crystal structure of rnase as from m tuberculosis in complex with ump
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
VRYFYDTEFIEDGHTIELISIGVVAEDGREYYAVSTEFDPERAGSWVRTHVLPKLPPPASQLWRSRQQIRLDLEEFLRIDGTDSIELWAWVGAYDHVALCQLWGPMTALPPTVPRFTRELRQLWEDRGCPRMPPRPRDVHDALVDARDQLRRFRLITSTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure and Function of RNase AS, a Polyadenylate-Specific Exoribonuclease Affecting Mycobacterial Virulence In Vivo
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3'-5' exoribonuclease Rv2179c/MT2234.1
molecule tags Hydrolase
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 52
structure length 160
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4okkA00
1ASWA 3F73A 5CZ2A 1RTDA 4AHTA 4WE1A 4IBNA 4M45A 3HYFA 3SPZA 3ALYA 4Z4EA 3C6UA 3K57A 1FKPA 2FBTA 3P83D 5C25A 1ASUA 4DTUA 1EXQA 4DTSA 2BANA 3OS1A 4KHYA 3LP0A 3VQ6A 3HVTA 2G8UA 2IDOA 2QXFA 3RRHA 1D5AA 4CJ4A 2XY6A 4HCCA 3WNFA 4FK4A 4AHSA 1SV5A 1B9DA 3TAFA 1NJYA 1W9HA 4KREA 2R7YA 4M3UA 2KTQA 4LD0A 3VQDA 4DU1A 4F4KA 1IG9A 3OJUA 4CEQA 1C0TA 3VQ8A 3V6DA 4FXDA 2E6LA 5DMRA 4M3YA 1BHLA 3ZSZA 3KLFA 1LW2A 4FW2A 3MEEA 3MXMA 1VSHA 1X1PA 2OPPA 3VQAA 3EY1A 4M3ZA 3SCXA 1CLQA 3ZT4A 4DTMA 1C6VA 3DYAA 3OJSA 1NKCA 4FYDA 3LP3A 4CGJA 4CESA 4CF9A 5KRTA 2BDPA 3TARA 1RT1A 3AVHA 4M3TA 2VWKA 3ZT0A 4NYFA 1WSEA 3K5LA 2OPRA 4AHRA 1YTAA 3TAQA 3AVNA 2IC3A 2HNYA 2YNHA 3KK3A 1K6YA 5HLFA 3LP2A 4MFBA 4IFYA 3VA0A 4BDYA 1WSHA 1S5JA 4CIGA 3I0RA 1Z26A 3TAPA 3M8PA 4E7KA 4AILC 4PY5A 4Z4FA 2GV9A 3VQQA 2HW3A 1NK5A 2OPSA 1NKBA 1HQUA 1HQEA 3F9KA 2W42A 3LZIA 4FJNA 4KI4A 4J2BA 3SQ2A 1SL2A 1T7PA 3QEVA 3EYZA 1X9MA 1T8EA 2HHTA 3AA4A 4DMNA 4JRPA 4YNQA 1J54A 2XRIA 4HHTA 3M8SA 2VG5A 1YT3A 4FLTA 3SQ4A 4O0JA 5CYQA 3AA5X 3NDKA 3NF6A 4CHNA 4FLYA 1VK0A 1KVBA 3AVLA 3OS2A 3VQCA 4FM1A 3JYTA 1ZYQA 1RBRA 1HYVA 3CFPA 4DTPA 3VQ7A 5J2NA 4DWIA 2D0BA 4O5BA 1EX4A 2HHWA 3RMDA 1TGOA 1RT7A 2F96A 3DLGA 3ITHA 4DQIA 5HRSA 2DFFA 4BE2A 4ELUA 3DOKA 2XO7A 4B9MA 4IKFA 1KLMA 2IAJA 3SQ1A 1SKSA 5SZTA 1LWFA 1YTUA 2HHXA 4HCBA 3L2RA 4KO0A 1NKEA 3SUPA 3QIPA 2B6AA 4O0IA 3OYJA 4N76A 3NF7A 4C8KA 4HTUA 3U3YA 2Z1IA 1C0UA 1CXUA 3B6OA 4CGIA 4C8NA 3ZCMA 4W5TA 4GMJB 4DFMA 4KHUA 1HMVA 2JGUA 1JL2A 3HP9A 1TKXA 1G15A 4KFBA 3ZT2A 3L2VA 5KRSA 2FBXA 3LDSA 4DTRA 3C94A 1Z25A 4FLWA 3TAGA 3LALA 4AHVA 1GOAA 2A1RA 4QOZB 1IKYA 4E7HA 5T7BA 1KSPA 3LPTA 3KK1A 2RKIA 3ZSWA 4IFVA 5KTQA 5J2PA 4F8RA 1BIZA 3QETA 2ZQBA 3V9XA 1CXQA 4BE0A 2FBYA 3VQBA 3MXJA 3S3OA 3ZT1A 3QEPA 2B5JA 1BI4A 3DLBA 1NJWA 2DTUA 1VSLA 4CJKA 2G8KA 4CEOA 1VSIA 2WONA 4CHYA 2I5JA 4F2SA 2X74A 3T3FA 4QAGA 1QTMA 1S1WA 1IKXA 3PY8A 3UIQA 4DS4A 2HNDA 4DSJA 3SYZA 4FM2A 4RW8A 5KI6A 3ZSVA 4CJUA 1QSLA 1KVAA 4DSEA 3LAMA 3EZ5A 1BCMA 2QKBA 4FZZA 2X6NA 1RT5A 3ZSOA 3O4QA 2NUBA 1WSIA 3NFAA 3SUOA 3V4IA 4FJKA 1T05A 1RDBA 1VSDA 4FJJA 3DRRA 2PY5A 4B9SA 3FFIA 1RTJA 3V9ZA 4DQQA 4CK3A 5CYMA 2YNIA 3T1AA 1WN7A 1WAFA 4W5QA 4DLEA 1X9SA 4Q0BA 4E0DA 3O3GA 1JL1A 4AHCA 4BE1A 2D0AA 4I9QA 4J2DA 3IRXA 3WNGA 4KV8A 4BDPA 3KD5E 3TAEA 3OVNA 2YNFA 1KFDA 3HXMA 1BGXT 3RMAA 1NJZA 3IAYA 3KKSA 4IG0A 4LSNA 4J2EA 3ULDA 3L8BA 2P5GA 2YKMA 3KLGA 3NHGA 4EP4A 1J53A 1RT6A 3H08A 3HM9A 3PV8A 4DSIA 4FJLA 1JKHA 5JS1A 5I3UA 2P1JA 2ATQA 1JLEA 4IG3A 4KI6A 1U45A 3VQ9A 5HBMA 4CEEA 3DM2A 1WNSA 1RT4A 4FK2A 3AO3A 4B8CA 4FJ8A 3MEGA 1LW0A 4F3OA 1IKWA 4M3XA 1SUQA 4N5SA 2E4LA 4DS5A 4CFBA 1BI4B 4Z4CA 1MU2A 2HB5A 2Y1IA 3AVAA 4N56A 2RN2A 4I2QA 3I8DA 1U04A 3C6TA 3PX6A 5HROA 2HMIA 2DY4A 4FCYA 4FJ9A 3HO1A 1BIUA 1GOBA 2IGIA 4C8MA 3KLIA 3RTVA 2HVIA 1Q9YA 3AO2A 1S1VA 3RRGA 4CERA 1S1UA 3M8RA 4RW6A 5FDLA 2RF2A 3SV3A 1QHTA 1C1AA 3DLEA 4DF8A 1LV5A 1ZBLA 3CM5A 1NK4A 2JLEA 4E19A 4DQPA 4CF8A 2P5OA 1WAJA 1W0HA 4CEAA 5HRPA 4B3OA 3AVJA 2XHBA 4CJVA 2GUIA 3QEWA 2IS3A 4O55A 1BQMA 4Q5VA 3QEIA 4FJ5A 4K8ZA 1NOZA 4JS4A 4CK1A 3HL8A 1U49A 3PUFA 4F3TA 1JXBA 5C42A 3SJJA 4PWDA 4CJ5A 4KRFA 2KFNA 2YKNA 3ZSQA 1U48A 3QERA 1NK8A 2RPIA 4I2PA 3VN5A 3OYNA 4DSLA 4W5NA 3VQPA 4FK0A 4OGCA 2KZMA 3O3FA 1LWCA 5DK5A 4KPYA 4QCLA 3OYDA 4B9LA 3U6FA 5E41A 4IDKA 3RR8A 2G8FA 4NCGA 1TKZA 3RWUA 4CE9A 3V9WA 4XIUA 3NE6A 3AO5A 4CHPA 3K59A 1NK9A 4DSKA 3SNNA 3NBPA 1HNIA 1RCHA 3V1OA 3TANA 4KHWA 5FRNA 2O4IA 1HYZA 1L3SA 1Y97A 1DLOA 4M3RA 3O3HA 2HNZA 1L3UA 3SUQA 1VSKA 4ZTFA 4OLAA 1LAVA 4RW9A 3AVCA 4KHNA 3HPOA 2XY8A 2O4GA 4C8OA 4HVJA 3SUNA 4KAZA 1S9EA 3AVMA 3L2UA 4GVMA 1HPZA 3L3UA 4KB1A 1KTQA 2DFHA 3NF8A 2A1SA 4JRQA 4F2RA 4EZ9A 4CJLA 4NCBA 4JS5A 4RG8A 4EP5A 3NGYA 2Z1GA 1S6QA 4B9VA 4OGEA 1TK5A 4OKKA 2D5RA 3HT3A 4B9NA 4DTXA 3K5MA 3DRSA 3K5OA 3KTQA 2HHVA 2KZZA 1D9DA 1SKWA 4AH9A 3KLHA 3DLRA 4I7FA 4CHZA 4DTOA 1QQCA 2ETJA 3MXIA 2PZSA 3L3VA 2Y1JA 2QK9A 2ZD1A 3P5JA 1RBVA 4DLGA 1ZBHA 3OYCA 2VWJA 1VSJA 5CY4A 1FK9A 4CIEA 3MAQA 4FJIA 1JLQA 1BCOA 3LAKA 4KKOA 3QEXA 4FLXA 2KFZA 3E01A 4DQRA 4DF4A 1KRPA 1FKOA 3DLKA 3HSTB 3C95A 1RBTA 4LY7A 1JLGA 3NH1A 3OS0A 1TK8A 4DFKA 3PO4A 4OKEA 2ITGA 3A2FA 4E1MA 4JLHA 1D9FA 3L2WA 4FJHA 4CGFA 3QLHA 3T19A 4E1NA 4GW6A 3P1GA 4CJPA 3AA3A 3CG7A 3V1RA 1FXXA 1QS4A 4FJ7A 1C1CA 2YNGA 3I0SA 4ID1A 4HUEA 1NK7A 4KHSA 1WSJA 4DG1A 1HNVA 1GOCA 3HPGA 1A5XA 4H4MA 4DTJA 1B9FA 4Y1DA 5CZ1A 5SWMA 1EP4A 3OYKA 1Q9XA 3AO4A 4DFPA 2EX3A 3V9SA 1BISA 3OYEA 2LSNA 5FRMA 1S1TA 2KQ2A 4CJWA 4CJTA 2EHGA 2F8TA 1S6PA 4LH5A 4HUGA 3OY9A 1NK0A 3KIOA 3G10A 3L2QA 3QNNA 3IS9A 4CFAA 3TI0A 3V9UA 4Z0UA 4DFJA 1HJRA 4CGGA 4OLBA 1RDAA 1VSFA 1VRUA 4CJQA 4FM0A 3SV4A 3ZSYA 1D8YA 5D3GA 4W5OA 3BDPA 3K2PA 3SZ2A 3PX4A 1J5OA 1XI1A 4LH4A 2XY5A 1O1WA 3CM6A 4O44A 4E7JA 3SQ0A 5HRNA 2OA8A 3ZSXA 3DRPA 3HJFA 1B92A 2AJQA 5HRRA 3WNEA 4KTZA 4E7IA 1ZBIA 4B8AB 2E6MA 4CGHA 4FLUA 4CEZA 4K8XA 4M3WA 1IO2A 1X9WA 4CJSA 1L3VA 1RDCA 1JLAA 4N47A 4E7LA 1SKRA 3ISNC 3KKRA 4FW1A 4OPKA 4CK2A 3DOLA 1YVUA 4AHUA 2HHQA 2FC0A 2PYLA 2ZE2A 3K58A 4Z4HA 1N5YA 4CEDA 4M41A 3DMJA 1RNHA 4W5RA 2BGGA 4ZHRA 3K5NA 4LSLA 3HVRA 2Z1HA 1ITGA 1CZ9A 1I39A 2XY7A 5K14A 4KHQA 3MECA 4BWJA 4FZXC 3SI6A 4FJGA 1IH7A 1UOCA 3WNHA 1KLNA 3NGZA 5I42A 2OZMA 1TKTA 4NCAA 4FLZA 4DU3A 2OZSA 2YV0X 4R5PA 1VRTA 3AVGA 4Y1CA 5KGXA 2VG7A 4BACA 1JLFA 5J2QA 1RDDA 1TAQA 1R0AA 1UA0A 4FVMA 2HHUA 4Z4GA 3NH0A 4CGDA 2GBZA 3OYBA 2WOMA 4KB0A 1QSSA 3LPUA 1XC9A 1XHXA 1TK0A 1SL0A 2G8WA 3KD1E 3AV9A 1Q8IA 1L3TA 1IKVA 1LAWA 4E3SA 3LANA 4CCHA 3DI6A 1UAXA 2KW4A 2FBVA 4CF2A 1LWEA 4H4OA 1JXEA 3D45A 1RILA 1A5VA 1RT3A 1ASVA 1S9GA 4G1QA 3OYMA 3CFRA 2QKKA 4FJMA 4OKJA 4CF0A 3LP1A 2OPQA 1KCFA 1S1XA 4FJXA 4M42A 2HVHA 3IG1A 1REVA 3NAEA 5C24A 4KTWA 1EKEA 3D0PA 4CJ3A 1T03A 5JS2A 1WLJA 1QE1A 1BQNA 4C8LA 3BGRA 4ELVA 4L8RB 3KJVA 2B4JA 4H8KA 1KFSA 2DFEA 4J2AA 4ELTA 3PO5A 1RTHA 1C1BA 3MEDA 2G8IA 4NYNA 4ID5A 3PX0A 1TL1A 1TVRA 3VQ4A 3AVBA 2YHAA 3AVKA 4CHOA 4BDZA 4FZYA 3RR7A 2IOCA 4MQ3A 3U3GA 4CECA 3OYIA 3TAMA 3QO9A 3HPHA 3LWMA 1HYSA 3CFOA 4PA1A 3OYFA 1UA1A 3TWHA 1XHZA 3OYLA 1JLCA 3QINA 1HRHA 1KVCA 1RT2A 5KGWA 3OYHA 4ZTJA 3VQ5A 3AVIA 4CJEA 5J2MA 2P51A 4CHQA 2F8SA 1ZBUA 4CFDA 4I9LA 3AVFA 3NH2A 3OYGA 3B6PA 4OJRA 4E89A 3KK2A 1ZBFA 3RMBA 3M8QA 4FLVA 4DSFA 3S3NA 1TV6A 5J1EA 4O4GA 4RW7A 2G8HA 1JLBA 3AA2A 4B9UA 1F21A 3O4NA 4CEFA 3QIOA 4B9TA 1BL3A 1XWLA 4RW4A 3KLEA 1WSGA 3V81A 2Q3SA 4OPJA 1DTTA 3QESA 1U47A 4CIFA 3TABA 4CFCA 3LZJA 4KTQA 2BE2A 4ICLA 3LWLA 5HP1A 4DQSA 1NJXA 1CZBA 1VSMA 1NK6A 1UWBA 1U4BA 4B08A 1RTIA 1SL1A 5EU7A 1EETA 4Z4IA 1I3AA 3SPYA 2G8VA 2OYQA 4DU4A 2X78A 1L5UA 1C0MA 3CQ8A 3S3MA 3THVA 3AO1A 3OYAA 4DTNA 2X6SA 2Z1JA 4N41A 2HHSA 4CJRA 1DTQA 1RBSA 1TKDA 4HUFA 1N6QA 3CYMA 4UQGA 2PYJA 1J9AA 4YFUA 3TR8A 4CF1A 1VSEA 4BWMA 3V1QA 3HK2A 3NCIA 1QSYA 4TSXA 1A5WA 3JSMA 3QNOA 1NOYA 3DLHA 4PUOA 3S9HA 1WSFA 3ASMA 4OVLA 3NF9A 3RMCA 1TL3A 3HP6A 5FROA 2YHBA 3VQEA 3VA3A 4CEBA 3G0ZA 4CJFA 4EZ6A 2VG6A 1RBUA 3ZSRA 2D0CA 3NGIA 4PQUA 1TAUA 3ZT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RTDA 2IVNA 3ALYA 5EOYA 5JVGL 1U2VA 2FBTA 5TKYA 5LJWA 5C25A 4B1ZA 2QW9A 3OS1A 4KHYA 3E9PA 4CJ4A 2BH1A 2O8BA 1B9DA 1NJYA 1W9HA 2KTQA 4F4KA 3OJUA 4FXDA 5DMRA 2V51B 3O1WA 3ZSZA 3MN7A 4IEIA 1X1PA 3VQAA 4M3ZA 5DM6L 4WFAL 3IKMA 1C6VA 2JWKA 4CF9A 2YHYA 3AVHA 2QWNA 3ZT0A 1WSEA 1M1KO 2HHHK 1YTAA 3P4IA 2YNHA 4BRCA 1MWKA 3KK3A 4CJ7A 1HPMA 3LP2A 5AQVA 3E1YA 3AGRA 1Z26A 3U9ZA 1ATNA 3ATVA 5BRHA 4E7KA 4JYAK 4PY5A 1NKBA 3SAHA 1SL2A 1T7PA 2KKZA 3QB0A 1X9MA 5BN9A 3I33A 4DMNA 3O4WA 2IVPA 4FLYA 3AA5X 3OS2A 3VQCA 1HYVA 5J2NA 4A5AA 2HHWA 1JCEA 2DFFA 2W6LA 1KLMA 3CQYA 3O08A 4OPHA 2P9LA 3NVKA 4BR4A 4N76A 3WXKA 4HTUA 1T44A 5FPNA 3ZCMA 1NMNA 4W5TA 4KHUA 1IG8A 4KFBA 1G15A 3L2VA 3THWA 2NRVA 3C94A 3WXJA 4BGBA 3TAGA 5A2QO 1IBMK 4FWSA 1KSPA 2RKIA 2P9UB 4IFVA 4ISFA 4BC3A 3P39A 2FBYA 1QQMA 3ZT1A 3QEPA 2E2OA 3RVCA 3DLBA 4IO9L 1VSLA 4CJKA 4CEOA 2WONA 2HF3A 3RSEB 4CHYA 1S3XA 1HKCA 4F2SA 2X74A 3T3FA 3UIQA 1IKXA 3CERA 4FM2A 3ZSVA 4BR2A 4DSEA 3LAMA 2ZF5O 4FZZA 3CIPA 5AFUA 3N4QA 3ZSOA 3O4QA 5ADXA 2NUBA 4B1XB 3V4IA 5AQKA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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