4OKKA

Crystal structure of rnase as from m tuberculosis in complex with ump
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
160
structure length
160
Chain Sequence
VRYFYDTEFIEDGHTIELISIGVVAEDGREYYAVSTEFDPERAGSWVRTHVLPKLPPPASQLWRSRQQIRLDLEEFLRIDGTDSIELWAWVGAYDHVALCQLWGPMTALPPTVPRFTRELRQLWEDRGCPRMPPRPRDVHDALVDARDQLRRFRLITSTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure and Function of RNase AS, a Polyadenylate-Specific Exoribonuclease Affecting Mycobacterial Virulence In Vivo
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Mycobacterium tuberculosis
molecule keywords 3'-5' exoribonuclease Rv2179c/MT2234.1
total genus 52
structure length 160
sequence length 160
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4okkA00
3QETA 2KZMA 3KLGA 3DLRA 3VQ6A 3SQ4A 1NK9A 1GOCA 4O0IA 2Y1IA 3S3NA 1NJYA 1X9MA 3ZSQA 5J2QA 1NK7A 4OGEA 1IKYA 4DFMA 4DFPA 1L5UA 3DI6A 3TABA 2KQ2A 4E3SA 1Q9XA 3NBPA 3LANA 4LSNA 3AVJA 2DY4A 4OKJA 3HO1A 4OKKA 4CF1A 1X9WA 4DFJA 3KTQA 4HCCA 3K58A 4CJWA 4B9MA 3TR8A 4KHWA 3A2FA 4CJVA 3NDKA 4C8MA 1RNHA 3AV9A 1DTQA 2D0CA 1IH7A 3T19A 4OPKA 3AVBA 4CFAA 2O4GA 3DOLA 4C8LA 2XHBA 4FJHA 4Z4EA 3QESA 3I0SA 4Z4CA 1UA0A 5HRSA 4I9QA 5KTQA 1ZBLA 2YKNA 3LZJA 1WSGA 5FDLA 4EZ9A 4ID5A 2VWJA 3T3FA 4KREA 1CZ9A 2D0AA 2X6NA 1U04A 3MEDA 1SL1A 1A5WA 2QK9A 5CYQA 4I2PA 3DOKA 3O3GA 2OPRA 4HUGA 2DFHA 1KFSA 1ASVA 3HT3A 4DQPA 4FJ5A 2IDOA 4CGFA 1VSFA 4E0DA 1S1VA 3VQ4A 3KLIA 1RTDA 2KW4A 3QNNA 3VQCA 4CK1A 3K57A 1D9DA 3ZSVA 4CFDA 4BWMA 1WN7A 3TAGA 4B9LA 2D0BA 3HXMA 1VSDA 4KHUA 4O4GA 1JL2A 3AVMA 2XY8A 2RKIA 4KTZA 3DLBA 4FK2A 1HQUA 4CIEA 3B6PA 4O0JA 3SQ2A 2KTQA 1N5YA 1JLAA 1U47A 1LAWA 1J53A 4QOZB 2OPPA 1NOZA 1VSMA 2HVHA 2HHVA 1J54A 3AVNA 1WSHA 3NH1A 4Z4GA 5KGXA 4AH9A 2G8FA 4DSJA 1WSIA 1BIZA 3ULDA 1VSHA 4FVMA 1TAUA 4OGCA 1IKWA 4H4MA 4BE0A 3M8PA 3VQDA 3B6OA 4CESA 4FW1A 1KVBA 2Y1JA 1I39A 3KIOA 2OZSA 4FJJA 4O55A 5HRPA 4DTXA 4ICLA 3V1QA 4CF8A 3SI6A 4FJ8A 2KZZA 1RT5A 1WAFA 3I0RA 4Z4FA 3AO2A 3MECA 3MEEA 1HYZA 3OYLA 3HPOA 2PZSA 4AHRA 2IAJA 5C24A 3SCXA 3LAKA 2HNYA 3QEXA 4F2SA 3NF7A 4FLYA 5CY4A 4CEAA 2FBYA 3LALA 5CZ2A 5SZTA 4FZZA 1WLJA 3DRSA 4OVLA 4B9SA 1JLEA 4FJIA 3K5OA 4B9TA 1TAQA 4CERA 3KK1A 4GVMA 3HJFA 3UIQA 2VG7A 3AA4A 3RMCA 1S6PA 2FBTA 4CEDA 4PY5A 1KCFA 1G15A 1REVA 4Z4IA 4JS5A 3LZIA 2BDPA 4JRQA 2BGGA 1L3VA 4KI4A 3G0ZA 4AHCA 3V9SA 3WNEA 2Z1GA 3KK2A 3S3MA 2ZD1A 4LH5A 4B3OA 5KGWA 3V81A 3RTVA 2A1RA 4MFBA 3KJVA 1U48A 4M3TA 2ZQBA 1HPZA 1NK4A 3PX4A 4N41A 4PQUA 4CJSA 2G8WA 4J2DA 1JXEA 3CYMA 3OYFA 4F2RA 1CZBA 3AVFA 4CJLA 4GW6A 3OY9A 1BGXT 1VSEA 4N76A 2HHWA 3OYKA 4KFBA 1Q8IA 5HROA 3LAMA 3K5LA 4JRPA 3V9UA 4CJ4A 3RR8A 4ELUA 3VA0A 3OS1A 2F96A 4DU3A 3M8QA 4Y1DA 1UOCA 4DTUA 4OJRA 4CF9A 3L2UA 3PUFA 4CJQA 4KV8A 4CHNA 3TAEA 1XHZA 1EETA 2QKKA 3PY8A 4FJKA 4W5TA 4O5BA 1VK0A 3VQ5A 3KD5E 2LSNA 2YNFA 4PUOA 3CFPA 1I3AA 1C6VA 3V9XA 1XHXA 1S5JA 2E6LA 4NYFA 1HQEA 3LP0A 4CK3A 1HRHA 4AHUA 3AVAA 4BDZA 2JGUA 1RT1A 3QIOA 4W5QA 4JS4A 2D5RA 2DFFA 1HMVA 3LPUA 3ZSXA 1JLGA 4CJ3A 1RBTA 2ZE2A 4DQQA 1U45A 1NJWA 4CJFA 4I7FA 4CHQA 4R5PA 1SUQA 4M45A 5KRSA 4NCBA 3VQ8A 1W9HA 2RF2A 4CGHA 3ZSYA 4FLZA 5J2PA 5E41A 4MQ3A 1ZBIA 1ITGA 1J5OA 4IBNA 2BE2A 4CHZA 3PO5A 4M42A 3DLGA 4HTUA 3C95A 4K8ZA 4DTOA 5HRRA 1VSIA 2HMIA 4KRFA 3ZT4A 4KB0A 5JS1A 1TKZA 2XO7A 3C94A 2WONA 4KHSA 3OYNA 4DTNA 4CJRA 3MXJA 3RMDA 2RN2A 4CEFA 3O3HA 2XY5A 1TK8A 1QTMA 4UQGA 3OYHA 1NJZA 3DLEA 1FK9A 4M3YA 4N56A 4W5OA 3THVA 1YTUA 3K2PA 1C1BA 4IDKA 3KLEA 4E7HA 4DTMA 5EU7A 1BIUA 2OPSA 4N5SA 3KK3A 3BGRA 3M8RA 5K14A 5HP1A 2KFNA 4Q5VA 4E19A 4F3TA 4J2BA 3DRRA 1D9FA 4H8KA 1SKWA 1Z26A 4DU1A 2YV0X 3KD1E 4DS5A 4DSLA 3ITHA 5J1EA 1BI4B 1KTQA 4CK2A 3VQPA 3ZT3A 3QLHA 4DU4A 3AO4A 5HBMA 3LWLA 1N6QA 3AVLA 1RT6A 3L3UA 2PYJA 4HUEA 2RPIA 2GV9A 4RG8A 1RDBA 3HPGA 1WSEA 3NGYA 3L2QA 4IG0A 3FFIA 4CJTA 3SUQA 1TK5A 2HHSA 3ALYA 4B9UA 3SZ2A 2F8TA 4DSEA 3SQ1A 3OYCA 3OYBA 2YHAA 4Y1CA 2HHQA 4DQSA 3OJSA 4IFYA 4CEZA 2YKMA 1CXUA 1LWFA 4CJUA 4FJLA 4M3UA 4M3XA 3P1GA 2DTUA 3OS0A 3M8SA 4DF4A 3ZCMA 4KAZA 4B9VA 2QXFA 2W42A 1RBVA 4QAGA 3SUPA 1RT7A 3OYGA 1Q9YA 2G8HA 1UA1A 4HCBA 1JKHA 3U3GA 5FRMA 1WSFA 3NF6A 2B6AA 2XRIA 4ELVA 4LY7A 3VQEA 1LWCA 4CE9A 4NCAA 1T05A 2A1SA 3TARA 1LWEA 1A5XA 4FXDA 3KKRA 2DFEA 2OPQA 3TWHA 2VG5A 4ELTA 4CJKA 2HNDA 1BCOA 3VA3A 2VWKA 4CGDA 4DSKA 3RR7A 2BANA 2OYQA 4DS4A 3RMBA 1TKTA 4B9NA 2IGIA 3TANA 3K5MA 3VQBA 1QHTA 1NKBA 1IKXA 1Z25A 1KLNA 1JLBA 1R0AA 4CIGA 2GBZA 3L2VA 3C6UA 3EYZA 4M3WA 3ZSWA 2XY7A 1QE1A 1RTHA 2HB5A 5T7BA 1RDDA 4FZXC 4DFKA 3U6FA 4BDPA 1S1UA 1ZBUA 3QO9A 5D3GA 4CFBA 1RTIA 1UAXA 2ITGA 2YNGA 3NAEA 3HVRA 3V4IA 1L3SA 3CM6A 3AO1A 1RBRA 3AVKA 3O4NA 1BCMA 1JLFA 1Y97A 3HSTB 1W0HA 1C1CA 4IFVA 2ETJA 1HNVA 1S1XA 1VRUA 3G10A 1XI1A 4CJEA 3VN5A 1C0MA 4CF2A 1NK6A 1F21A 2XY6A 4ZTJA 4FK0A 1L3TA 3HM9A 3SPYA 1FXXA 2X78A 2FC0A 3NF8A 1TVRA 4FJNA 5FROA 4AHVA 1HYVA 4IKFA 3SYZA 1VSKA 3ISNC 3QINA 1KVCA 3ZSZA 1X1PA 1VSJA 2FBXA 2I5JA 4B8CA 3PX0A 3S9HA 4NYNA 4FYDA 3OJUA 4J2EA 1TGOA 1C1AA 3RMAA 4DWIA 1RDAA 1S1WA 2IS3A 4M3RA 1B9DA 4M41A 3OYAA 4L8RB 3CFOA 4HUFA 1KFDA 3K5NA 3NGIA 5I3UA 3OS2A 3PV8A 1ZYQA 2YNIA 2YHBA 3D45A 1TK0A 4FZYA 4KHQA 3OYJA 3HK2A 4I9LA 3KKSA 3NE6A 3NHGA 1RT4A 3AA5X 1L3UA 3QNOA 2G8IA 3MXMA 1T7PA 4N47A 1HNIA 1S9EA 4E1NA 3E01A 1U49A 2QKBA 3CQ8A 4ID1A 4E1MA 4QCLA 3ASMA 1CLQA 2VG6A 3VQ9A 3DYAA 3HP6A 4FW2A 4FJMA 3I8DA 3IG1A 4CJPA 4RW6A 4DTJA 4LH4A 4DF8A 3QERA 3NFAA 5I42A 4K8XA 3MXIA 2Q3SA 3AVHA 2B4JA 1EKEA 1IG9A 3AO3A 3NF9A 4I2QA 4B8AB 4FK4A 5SWMA 4ZHRA 1RTJA 5C42A 3L2RA 1NK8A 4KHYA 1RT3A 3HPHA 1SL2A 3QEIA 3V1OA 5HRNA 4OPJA 3QEPA 1XC9A 3BDPA 2WOMA 3ZSRA 3OYIA 3IRXA 3VQQA 3O4QA 3OYDA 4CHYA 3VQAA 1C0UA 5DMRA 1KVAA 4CGGA 4BDYA 1ASWA 2Z1JA 1QSYA 4CFCA 2G8KA 2IOCA 4KI6A 1RILA 1WAJA 5KRTA 2EHGA 3CM5A 4FM1A 2P5GA 4BWJA 3NH2A 1EP4A 3OVNA 3P83D 4YNQA 4KB1A 2X6SA 2OA8A 4FJ9A 4OLBA 3L8BA 1LAVA 2P1JA 3WNFA 3MAQA 2JLEA 3MEGA 3TAPA 1YT3A 5HLFA 2KFZA 2Z1HA 4KO0A 3V6DA 3V1RA 2B5JA 4J2AA 4BE1A 4DLEA 3WNHA 1LW0A 4AHSA 1NK5A 4CECA 2OZMA 2EX3A 4E7JA 4DQRA 1J9AA 3CG7A 5CZ1A 3SV3A 2HHUA 5CYMA 3LDSA 4FJXA 3ZT0A 2HW3A 3ZT1A 3AO5A 4WE1A 3O3FA 3HVTA 2AJQA 4DQIA 4JLHA 3QEWA 4F3OA 3TAMA 1SKSA 4DSIA 1X9SA 2F8SA 4C8NA 3L2WA 4CEEA 3ZSOA 3EY1A 4DTPA 4CIFA 4KTWA 1TKXA 4E89A 1ZBFA 1T03A 1KRPA 3PO4A 1D5AA 1FKPA 1RT2A 4KKOA 3TI0A 2HHXA 3KLFA 4B08A 2R7YA 4LSLA 4EZ6A 2HVIA 3LP2A 3SJJA 1NJXA 4OLAA 1S6QA 1VSLA 1TL3A 3QIPA 4W5RA 4DLGA 3P5JA 4CHPA 4RW7A 1BI4A 3AA3A 3LPTA 5J2NA 1D8YA 1C0TA 4KHNA 1BQNA 4F8RA 1GOAA 3LP3A 4CCHA 3S3OA 4H4OA 1NK0A 4PWDA 1B9FA 1UWBA 1HJRA 4E7KA 1EX4A 3K59A 4CEBA 1ASUA 1YTAA 3V9ZA 3WNGA 1QS4A 3H08A 3OYMA 4KPYA 2P51A 3SQ0A 1EXQA 1RCHA 4YFUA 1TL1A 4CEQA 1RBUA 1QSSA 3RWUA 4PA1A 1U4BA 4NCGA 5DK5A 4Z0UA 3JSMA 2E4LA 4IG3A 1K6YA 1SV5A 4FCYA 1IO2A 3C6TA 1WNSA 3TAQA 1NKCA 4GMJB 4CJ5A 1O1WA 3AVIA 3PX6A 1JLQA 2G8UA 4CGIA 4FLWA 5FRNA 3F73A 3IAYA 1YVUA 3RRHA 3ZT2A 1NKEA 4FLTA 1WSJA 4EP4A 3DMJA 3SNNA 3SPZA 4FLVA 2YNHA 1DTTA 3HP9A 4XIUA 2PYLA 5KI6A 2E6MA 4KTQA 1CXQA 3DRPA 3DM2A 1DLOA 3AVCA 4FM2A 3HL8A 3NH0A 2PY5A 4Z4HA 4BE2A 1KLMA 4DTSA 3D0PA 1TKDA 4RW8A 4E7LA 1QSLA 3LP1A 3DLKA 4FJGA 1XWLA 3AA2A 1S9GA 1JXBA 3DLHA 4O44A 4FJ7A 1RBSA 4FM0A 1FKOA 1JLCA 4Q0BA 3L3VA 4W5NA 1BQMA 1SKRA 3T1AA 4G1QA 3TAFA 1S1TA 4FLXA 2HHTA 2Z1IA 4DSFA 4F4KA 4M3ZA 1MU2A 4CEOA 4RW4A 2O4IA 4CF0A 4E7IA 3CFRA 4OKEA 1NOYA 1LV5A 1KSPA 1RDCA 4DTRA 3SV4A 1SL0A 4HHTA 2X74A 3U3YA 1ZBHA 3NGZA 4RW9A 3LWMA 3QEVA 2P5OA 4C8OA 1IKVA 3HYFA 4CGJA 4FLUA 1T8EA 3SUNA 3OYEA 4TSXA 1A5VA 4HVJA 4BACA 5J2MA 3EZ5A 4EP5A 2NUBA 4DMNA 3SUOA 4LD0A 1JL1A 2FBVA 3IS9A 1VRTA 5JS2A 5C25A 1B92A 2HNZA 1QQCA 2GUIA 1GOBA 3KLHA 1BHLA 3VQ7A 4CHOA 4DG1A 4AHTA 1TV6A 3V9WA 4AILC 4C8KA 3AVGA 1LW2A 2ATQA 3JYTA 1BISA 2G8VA 3NCIA 1BL3A 4ZTFA 2IC3A 1HYSA 3F9KA 3RRGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KLGA 3KK7A 3VQ6A 3SQ4A 1X9MA 4BRDA 3ZSQA 1EWQA 1IKYA 3A8YA 1JJ2M 1Q9XA 2YCHA 2DY4A 1TUYA 1X9WA 4HWIA 4CJWA 4JKBA 4BR2A 4KHWA 4JI2K 3NDKA 1IBKK 3TSUA 3L0QA 1DTQA 5GIPA 2D0CA 3T19A 4DR3K 3VESA 2O4GA 4Z4EA 3QESA 3ULEB 5KTQA 2YKNA 4H5RA 4EZ9A 4KREA 2W6LA 1YITN 4ISGA 1IV0A 3DOKA 3QFUA 4HUGA 1KFSA 4CJ7A 1NGEA 4CW7B 1VSFA 3BZCA 1S1VA 1BU6O 5AZIB 5BRFA 2F9TA 4K41A 4FL9A 1V4SA 4O4GA 3AVMA 1VQ6N 5LL6Z 3S41A 5EVZA 3B6PA 4B1UB 4DUZK 3SQ2A 1X3MA 1LAWA 1NOZA 4RTFD 2HVHA 1WSHA 3UKRB 3TTFA 1ZC6A 4H4MA 4FWOA 3J80O 3M8PA 3B6OA 4FW1A 3F9MA 3VEYA 3WEEA 3SI6A 3AO2A 5EXWA 3HPOA 3LAKA 2HNYA 1YUWA 3T69A 5CY4A 1VAZA 5E84A 5SZTA 4FZZA 1VQ9N 4DR1K 1WLJA 3DRSA 4OVLA 4B9SA 1NGCA 4B9TA 1TAQA 3KK1A 2F7TA 3DWLA 4GVMA 4AQYK 3WXKA 1KCFA 1G15A 3L6QA 4JS5A 4B9QA 4EHTA 2BGGA 1L3VA 4DV7K 4AHCA 2ZD1A 5KGWA 3PX4A 4J2DA 3OYFA 3CYMA 4IJNA 4YDUC 4CJLA 4B3RK 1XNQK 3PIOL 4PL7A 3N4PA 4WQ5C 1HKCA 3V9UA 4CJ4A 4Z94A 3OS1A 2F96A 4Y1DA 4IFEA 3J81O 5AQIA 4EHUA 3CIPA 3TAEA 4YOWA 2GWKA 1VQON 3VQ5A 2NRWA 4JKCA 2QW9A 3LP0A 3THWB 3AVAA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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