4OPJA

Bh-rnaseh:tcda-dna complex
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Generating Crystallographic Models of DNA Dodecamers from Structures of RNase H:DNA Complexes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*(TCY)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
total genus 41
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2014-02-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4opjA00
4DLGA 4CJVA 1IKXA 1WLJA 3HPOA 1BI4A 3OYMA 2ZD1A 1ZYQA 1CXUA 3QEIA 4DLEA 4J2AA 4Z4EA 1LAWA 3CM5A 5DMRA 3OYEA 4CCHA 4CJ5A 2OYQA 4UQGA 3LAKA 4OVLA 3VQPA 4W5RA 3LP3A 3KKSA 1NJZA 3AA4A 3AVNA 3PUFA 1QHTA 2YV0X 4C8NA 3AA5X 1ZBLA 3A2FA 3L2VA 4CFAA 1YTAA 2XY8A 1I3AA 1U49A 4RW9A 4O0IA 1F21A 4Z0UA 3VQ7A 4OGEA 3LWLA 3ISNC 2YNFA 3AVCA 1ZBFA 3OYCA 3DRSA 5KGWA 3LP2A 3KJVA 3L2WA 3NE6A 4FZXC 3DI6A 3I8DA 3KK3A 1C1AA 3RMBA 3SUOA 1RTHA 4ZTFA 4DWIA 5C42A 3U6FA 4PUOA 3LP0A 3DLHA 1T03A 1BGXT 3O4NA 4Q0BA 4KHSA 1YT3A 4O4GA 4CF8A 1S1VA 1T7PA 4CEOA 4BE2A 3SUNA 2HMIA 4NYNA 1SL2A 3VA0A 4J2DA 2F8SA 1JLQA 4C8KA 1BQMA 3ALYA 4DQIA 1RBTA 1ASWA 1C0MA 4OKKA 1JKHA 1JLEA 1HRHA 3H08A 1TKTA 4GVMA 4KTZA 4AILC 5FRMA 2G8FA 4YFUA 4FYDA 3ZT0A 4CERA 4KRFA 4E1NA 4B9NA 3DLGA 1DLOA 3BGRA 5HBMA 5JS2A 4DS4A 4FJHA 4K8XA 4PA1A 4CESA 4FLYA 3ZCMA 3RMCA 1RBSA 3KLGA 4DTRA 5HLFA 4FJLA 1TL3A 3HM9A 4FJMA 4L8RB 4E3SA 3SV4A 1WSHA 5HRNA 1QQCA 4LSLA 3L2QA 2HVIA 5JS1A 1B9DA 4KV8A 1NJYA 3WNHA 3V1QA 3C95A 4N5SA 1L5UA 1YVUA 3QO9A 2E6LA 3D0PA 4B9SA 3FFIA 4IBNA 1HNIA 3WNFA 2FBTA 4RW8A 3KD5E 1NKEA 1S6PA 2X78A 1KCFA 1VSDA 4M3XA 1NOYA 4E19A 4BDZA 1KFDA 1VSLA 3LALA 1REVA 4CGJA 1CXQA 3OYHA 3VN5A 3OJSA 4HVJA 4DU1A 3NGZA 4CGIA 1LW0A 4CFCA 4M45A 3F73A 4DG1A 3QEPA 2G8UA 3AVHA 1KSPA 1KVAA 4KHYA 1G15A 3CM6A 2X74A 4FVMA 4CJFA 1FXXA 3MECA 4FJ7A 1VK0A 1W9HA 1RDDA 1BCOA 4B9TA 5CYQA 3PV8A 4DQQA 4H8KA 4BDYA 3MXMA 4RW6A 4CJRA 1VSMA 2P5OA 1UWBA 1J5OA 3AVLA 4Y1DA 3VQEA 1VSIA 2A1SA 1C0UA 4DTUA 1NK0A 3HPHA 2YNGA 2G8IA 4PQUA 1S1WA 3NGIA 2KTQA 3G10A 1Z25A 3EZ5A 2DY4A 1S9EA 3JSMA 4FLWA 4DQSA 3B6PA 4JLHA 4N47A 2FC0A 3BDPA 2ZQBA 2PY5A 1TAQA 3MXJA 1RTJA 4IG3A 4FLXA 1Q9XA 3KK2A 4OLAA 5J2MA 4CIEA 4E7KA 4DF4A 4FXDA 3AVIA 4K8ZA 2D5RA 1JLFA 4KB1A 4QCLA 1NKCA 1UOCA 4FZYA 5KRTA 1XWLA 1HYVA 2Y1IA 3S3NA 4F3TA 1UA0A 4PWDA 4CEEA 2KFNA 2GBZA 3LAMA 1SKSA 3CYMA 3HO1A 3THVA 3M8RA 5I42A 4CJUA 3V1OA 3V81A 1NK6A 3OS1A 4DF8A 3SQ4A 4NCBA 2X6SA 5FROA 3K59A 3L2UA 2BE2A 4GW6A 2BDPA 4FJKA 1ITGA 3PX4A 1KLMA 4E1MA 1N6QA 2XRIA 3NCIA 3DOKA 4KO0A 3LWMA 1U4BA 4C8OA 1BIUA 3KIOA 1YTUA 4FK0A 4HUEA 3SJJA 2ATQA 3TAPA 2IS3A 1RT2A 1RDAA 5SWMA 3LANA 3SZ2A 4LH5A 4FCYA 1QTMA 2Z1HA 3V9XA 3K5MA 3AV9A 4I9LA 3HVRA 4ID1A 3TABA 3VQDA 4KTQA 1S5JA 1FKPA 3ZSYA 4KREA 4I2PA 1XC9A 4CEBA 5HRRA 2IGIA 1D8YA 3NGYA 4KPYA 4CFBA 2ITGA 1UA1A 5C24A 1GOBA 4Y1CA 4ID5A 4M3UA 4GMJB 3HK2A 1RCHA 2VG5A 4B9LA 1BI4B 4ICLA 4OGCA 3LZJA 3QIOA 4KI4A 4Z4FA 4CHPA 2Z1IA 2BANA 2D0BA 2HNDA 1JLAA 4BWMA 3OYIA 2FBXA 3V9WA 4B9MA 2BGGA 4W5QA 1JL2A 4FJIA 3RTVA 4NCGA 3IG1A 3OYDA 1VSJA 4JS4A 3HPGA 4AHVA 4IKFA 1RDCA 3CG7A 3L3UA 3NFAA 2FBVA 2EX3A 1NKBA 4CHZA 3QNOA 2VWJA 2DFHA 2DFEA 3T1AA 1BL3A 1IKWA 3MAQA 3NF9A 3LZIA 1HQUA 1RBUA 4FLUA 2VWKA 1KLNA 2KW4A 5KRSA 3L8BA 2PYJA 3M8PA 1HNVA 2QKBA 1GOCA 1B9FA 4HUFA 4PY5A 4KI6A 2RN2A 3V4IA 5J2NA 3OS2A 3PO4A 2HHWA 2LSNA 3ZSOA 2HB5A 3NH1A 1TKZA 2OZSA 2HVHA 4KTWA 4DFMA 1SL0A 4E7LA 4W5NA 4CK2A 1EKEA 3RRHA 3SCXA 3VQQA 1D9FA 4DTOA 1GOAA 4W5OA 3HYFA 1EETA 5SZTA 5FDLA 2XHBA 2IDOA 1TGOA 3P1GA 4CK1A 3MXIA 4KHNA 1NJWA 2IOCA 3DLRA 1LV5A 3OYAA 3LDSA 4RW4A 1RBRA 4DMNA 3QETA 1QSYA 1J53A 2R7YA 1LWCA 4N56A 3OYBA 1C1CA 4CIFA 1JLCA 3B6OA 1NJXA 4CIGA 3AVJA 3VQ5A 1C0TA 3NBPA 1D5AA 1TVRA 3PX6A 3AVBA 2HHVA 3ZT1A 3RMAA 4M3RA 3OYLA 2E4LA 1QS4A 4CHNA 1B92A 2KQ2A 4E7IA 3DYAA 1SL1A 3K5NA 4OLBA 2G8VA 2XO7A 4B8CA 4G1QA 4FLTA 4R5PA 1ZBIA 1W0HA 1RT1A 3ZSZA 3QEVA 4H4OA 3OYJA 3V6DA 4CF2A 3RR7A 3VQCA 4N41A 1RTIA 3K57A 3DLEA 4DTXA 4O44A 4DSKA 4FJ9A 1SUQA 2B4JA 1JLGA 3SPZA 4IFYA 3TAMA 4OPKA 4BACA 4DTNA 1KTQA 4M3WA 1A5WA 1J9AA 1VSFA 1EXQA 4MQ3A 4NCAA 2HW3A 4EZ6A 3DRRA 2Z1JA 4AHUA 1L3VA 4CGDA 4B08A 2HHUA 3PO5A 3QINA 3ZSWA 3K5OA 1KRPA 2KFZA 3L3VA 3IAYA 1K6YA 1TL1A 2HHSA 4KFBA 4AH9A 4CEZA 1C1BA 2JLEA 4F8RA 2RPIA 4KKOA 2P51A 3I0RA 2JGUA 4O5BA 3QIPA 3O3GA 3OYGA 4CF0A 1U04A 3QLHA 4DTJA 3IS9A 3DRPA 3CQ8A 5K14A 3PX0A 1S1UA 4J2BA 3O4QA 2EHGA 4W5TA 3AO3A 4F2SA 4QAGA 4CGFA 3SPYA 5KI6A 3C94A 5DK5A 4I2QA 1RNHA 4CGHA 4RG8A 4DFKA 4OJRA 4F2RA 3SQ2A 1BISA 1SV5A 3AVMA 3V9UA 2I5JA 2YKMA 4OPJA 2IC3A 2XY7A 3IRXA 4DTMA 1RT7A 5J2PA 3TAEA 2QXFA 3OJUA 1X9MA 2KZZA 5KTQA 1NOZA 3TI0A 3KLEA 4CJPA 1VSHA 4NYFA 3AO4A 3HVTA 3HL8A 4LY7A 4CJQA 1VRTA 3O3HA 3C6UA 2DFFA 1WSEA 1C6VA 2O4GA 3NF7A 4DFPA 4OKJA 3VQAA 3NDKA 1U48A 4KHWA 4M42A 2Q3SA 1JLBA 4O0JA 4E89A 3HXMA 4DQPA 3ASMA 2F96A 3KLIA 3LPUA 4FM1A 3VQ9A 4FM2A 4HCBA 4FJ8A 4CF9A 1QSLA 1FKOA 4J2EA 1J54A 3V9ZA 3KK1A 1TK5A 4KHQA 3CFRA 1TV6A 4Z4CA 3SUPA 5CY4A 3TAQA 2NUBA 4TSXA 4CK3A 2OZMA 3U3GA 1WSFA 2OA8A 4ELVA 1IO2A 2D0CA 3DOLA 4CJEA 5J1EA 1TK8A 1N5YA 1SKRA 1HPZA 4Z4HA 3ZT3A 4CHYA 4CEAA 3ITHA 3SQ1A 3ZT2A 1QSSA 2OPPA 1WSJA 1HMVA 1BIZA 4DTSA 1Y97A 3VQ4A 2OPQA 4RW7A 1ZBHA 1D9DA 3M8QA 4JS5A 3AA2A 2Y1JA 3TR8A 2O4IA 4I7FA 4KAZA 1KVBA 4FK4A 1IKVA 1HYSA 2HHXA 3MEDA 1IH7A 4CEDA 4F4KA 4BE1A 4M3YA 3HJFA 2YHBA 1QE1A 4B9UA 4CJSA 3OYNA 1U45A 4CEQA 3EYZA 3K58A 1SKWA 3UIQA 2G8WA 3DLKA 4HCCA 4CECA 4ELUA 1RT6A 3WNEA 4E7HA 4FJXA 4Z4IA 4EZ9A 5I3UA 4AHTA 3JYTA 1FK9A 2FBYA 3WNGA 1NK8A 2G8HA 1X9WA 2PYLA 3OS0A 4CJ4A 1JXBA 1CZ9A 5J2QA 3RR8A 4FJ5A 1BCMA 3AVGA 3G0ZA 3K2PA 4JRPA 2VG7A 4M3TA 4FW1A 3S9HA 5D3GA 1JL1A 1HJRA 1LWEA 3O3FA 4I9QA 1RILA 5E41A 4C8LA 2OPRA 3V9SA 3DM2A 3L2RA 2HHQA 3AVFA 3P83D 3NAEA 3TANA 1NK9A 1CLQA 4E7JA 1WNSA 3TARA 2YKNA 4LH4A 3NH0A 4CF1A 3F9KA 4FW2A 3NH2A 2G8KA 3T19A 4DSIA 4FJNA 1IKYA 3OVNA 5HP1A 2YHAA 4HHTA 4AHCA 2E6MA 3C6TA 3LP1A 4CJLA 1U47A 4FJJA 4FJGA 3T3FA 5CZ1A 4DQRA 2XY5A 3AA3A 4DSLA 4DSEA 4B3OA 3MEGA 4DU4A 3HSTB 2A1RA 3RWUA 4CJTA 3QERA 2DTUA 1ASUA 3NF6A 1VSEA 1T05A 4CE9A 4CJKA 4ZTJA 1VRUA 1S9GA 3QEWA 3OY9A 5HROA 3KTQA 1XHZA 3SV3A 1WSGA 2W42A 3S3MA 4OKEA 5T7BA 4DS5A 1S1XA 4DU3A 1RT4A 1A5VA 4FLZA 1CZBA 1VSKA 4FLVA 1UAXA 4DSFA 3HT3A 3DMJA 2ETJA 3KLHA 4DFJA 1DTQA 3AVAA 1KVCA 4JRQA 4F3OA 4KB0A 3QNNA 1HYZA 2QKKA 3D45A 4CGGA 4FK2A 4M3ZA 5FRNA 4IDKA 1IG9A 4CJWA 2Z1GA 2PZSA 4DTPA 1Q8IA 3RMDA 3S3OA 4MFBA 3KD1E 1ZBUA 1EP4A 2IAJA 2X6NA 1LW2A 1HQEA 3CFOA 4B9VA 1LWFA 1NK7A 3KLFA 4CJ3A 2VG6A 1RDBA 1TKXA 3CFPA 1A5XA 1WSIA 3TAFA 4DSJA 2HNYA 5CYMA 3VQ8A 3ZSXA 4ELTA 1TAUA 4AHSA 1X1PA 1RTDA 1RT5A 1RBVA 2HNZA 1TK0A 1TKDA 4M41A 1XI1A 2F8TA 4HUGA 2GUIA 4AHRA 2OPSA 3AO2A 4C8MA 3DLBA 4O55A 1XHXA 2RKIA 1T8EA 3AVKA 5CZ2A 4EP5A 5C25A 4XIUA 4BE0A 2P5GA 3VQ6A 4KHUA 1JXEA 3RRGA 3NF8A 4WE1A 2WOMA 2RF2A 1MU2A 3HP9A 3ZSVA 4B8AB 2B5JA 4CEFA 3LPTA 3OYKA 1RT3A 3VA3A 5HRSA 4LSNA 5EU7A 1X9SA 3KKRA 2XY6A 1WN7A 3QEXA 3TAGA 4H4MA 3K5LA 3ULDA 3SNNA 3VQBA 4IFVA 3MEEA 5HRPA 4BDPA 2YNIA 1WAJA 1NK4A 2WONA 3EY1A 4E0DA 1L3UA 1BQNA 2ZE2A 4FM0A 4FZZA 4Z4GA 4QOZB 2YNHA 3AO5A 2HHTA 1R0AA 3V1RA 1KFSA 2P1JA 4LD0A 3NHGA 1Z26A 2D0AA 3P5JA 3TWHA 3SI6A 3AO1A 1S6QA 3SUQA 3U3YA 4YNQA 3HP6A 1ASVA 2GV9A 4ZHRA 1L3TA 4EP4A 2AJQA 1WAFA 3ZSRA 3E01A 4CFDA 1DTTA 2QK9A 1BHLA 1LAVA 3ZSQA 1I39A 3SYZA 3QESA 4BWJA 1NK5A 1L3SA 2B6AA 4CHQA 4HTUA 1S1TA 3SQ0A 1EX4A 5KGXA 4N76A 4Q5VA 3I0SA 3OYFA 3ZT4A 3M8SA 2KZMA 3PY8A 4IG0A 1Q9YA 4CHOA 1O1WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJVA 1IKXA 1WLJA 3HPOA 4JKHA 2HSTA 3QEIA 4Z4EA 1LAWA 4CCHA 4UQGA 3VQPA 2W41A 3FZKA 4W5RA 3KKSA 2RHKA 1QHTA 3AA5X 4CBUA 5EOYA 1HX1A 4RW9A 5M1OA 3VQ7A 3VESA 1XUPO 1JJ2M 1ZBFA 2BTFA 3LP2A 1EO1A 3L2WA 3NE6A 3E66A 3DI6A 4ZTFA 3RMBA 3PLAA 4DWIA 2RE2A 2HBLA 3LP0A 4DB3A 1QVGM 2V7YA 3EO3A 1DKGD 3BY5A 1T03A 3AARA 1T7PA 4BE2A 3O8MA 5AQQA 2HOEA 2VQEK 4DQIA 3TTFA 3CC4N 3N4QA 5GIOA 1JCGA 1JLEA 3H08A 5FRMA 2G8FA 4JAXA 1D4XA 4K8XA 4PA1A 3ZCMA 4CZMA 3CJ9A 4DTRA 4FJMA 1TL3A 3CCQN 2HBMA 3R8EA 4E3SA 3UKUA 4LSLA 3L2QA 5JS1A 3LDNA 3BP8A 3C95A 4A5AA 1YVUA 5AQPA 3D0PA 1VQ9N 3FFIA 3KD5E 1S6PA 5AQZA 2X78A 3FLCO 2ZF5O 3NVKA 2QI2A 4E19A 1KFDA 3LALA 5AQWA 1REVA 4YY3K 1GLAG 3VN5A 4HVJA 3H45C 3OJSA 1VAZA 4DU1A 4IWVA 4CFCA 3F73A 2A3ZA 3QEPA 3JS6A 5KPRA 1KSPA 1VQLN 4BC2A 1G15A 1FXXA 2IVOA 3D2EB 4BC3A 3MECA 3DJCA 2Q36A 3CD6N 3ZX3A 3S41A 4DV0K 4AF1A 4BR7A 3VPZA 2F7TA 3TTCA 1J5OA 3AVLA 4YOTA 2EWSA 1VSIA 2A1SA 2YX6A 3G25A 4H03B 3MWTA 1N8RO 2G8IA 3NGIA 2KTQA 3G10A 4BGAA 1Z25A 3EZ5A 1S9EA 1P90A 3JSMA 4MO5A 4JLHA 2DPNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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