4OPJA

Bh-rnaseh:tcda-dna complex
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Generating Crystallographic Models of DNA Dodecamers from Structures of RNase H:DNA Complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*(TCY)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 41
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2014-02-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4opjA00
3L2WA 1RTHA 1HYVA 2G8IA 4RW4A 4C8LA 3T19A 1JLBA 5CZ1A 5HRRA 2X6NA 3SPYA 4KTWA 2HNZA 3UIQA 4CE9A 3EYZA 1NJZA 2HNDA 3LAMA 4AHUA 5KI6A 1CXQA 2YKMA 4KTQA 3AVBA 1DTTA 2VWJA 2I5JA 1UOCA 3KK1A 4N76A 1IO2A 3M8SA 1NK8A 4W5TA 1TKXA 2JLEA 4ZTFA 4F4KA 4LD0A 2F8TA 3OYBA 1A5XA 4LY7A 3SQ4A 2P51A 1RT6A 4KV8A 1BHLA 3VQ7A 2HNYA 2ZE2A 3SUNA 4DTSA 2JGUA 1HQEA 4N47A 1FKOA 3DLGA 5KRSA 1K6YA 1KSPA 4KI4A 4CF2A 3WNFA 3PX4A 3K2PA 4JRPA 4OJRA 1RBVA 3EZ5A 4B9LA 4FJJA 3HPGA 1CXUA 1S1VA 3QERA 1LW0A 4ELUA 1WAFA 1L3TA 2BGGA 2E4LA 4E1NA 3O3HA 3KLEA 1XC9A 2Y1JA 3KKSA 4AHRA 3RRHA 1ZBUA 2O4GA 2YHAA 4AHTA 4WE1A 3HPOA 3L2VA 2IDOA 3D0PA 2GV9A 4BE1A 4Z4GA 3QEPA 4FJXA 4CEZA 3OYMA 3I8DA 3KD1E 4FZZA 3RR7A 4IDKA 4CF1A 5J2QA 3RR8A 4FJGA 3ASMA 1ZBIA 3NF8A 3AVAA 1NOZA 4CHYA 4DSEA 3G0ZA 4M3YA 4HCCA 4H4MA 4M3WA 2ZQBA 3KK2A 1SL0A 3HL8A 3JYTA 2OYQA 1S1UA 4HUEA 5FROA 3ZT4A 4PWDA 3KTQA 1RT2A 4FK4A 3L3VA 5CZ2A 1I39A 1NK0A 3AVFA 1RBRA 3LPUA 3WNHA 1NKEA 4DTPA 4JLHA 3AO5A 1NK6A 3VQDA 3OJSA 3DLBA 3RMCA 2HHTA 3P83D 4QCLA 1XWLA 3AVJA 3OVNA 4KO0A 4CGIA 1HQUA 4HVJA 1C0UA 4CK2A 4CHPA 1S9GA 2OPRA 4NYNA 3VQ8A 3LP2A 2X78A 3ZSWA 3VA3A 1B9DA 3AVMA 4BDYA 4OLAA 4LH4A 3PUFA 1CZ9A 3PV8A 3V4IA 1UA0A 3OYCA 3VQAA 4CFAA 5HROA 3TAPA 2RF2A 3B6OA 3NF9A 3SQ1A 1SV5A 1KLNA 4CCHA 4FLTA 3KJVA 4FM1A 4KB1A 1LW2A 4CFBA 4OLBA 1NJYA 3O4NA 4DTJA 4CF0A 1WN7A 2YNIA 3AO4A 2IS3A 4CEAA 3O3FA 5DMRA 4HUFA 1JLFA 4B9NA 1KTQA 4B9UA 1RDAA 5E41A 4AHCA 3L8BA 1F21A 1QSYA 4W5QA 4EZ6A 5C42A 1DLOA 4AHSA 4CK1A 4IBNA 1T7PA 4I2QA 4OGCA 1L3UA 1S1XA 4RW9A 1S1TA 3T1AA 4CGHA 4DSJA 3QETA 3TR8A 4YFUA 1WSIA 4NCGA 3AO3A 1Q9YA 2PYLA 3MECA 4FLXA 1J54A 3SYZA 1SKWA 4PA1A 4M45A 3ZT1A 3TI0A 5HP1A 4CERA 1L5UA 4KHUA 1TK0A 3NH1A 4KHWA 5JS1A 1KFSA 4FJ9A 5K14A 3SUPA 4CEEA 5HRNA 1YTUA 1QE1A 4FLZA 3HPHA 4Q5VA 3RMDA 4E1MA 3OYIA 4PQUA 4DQRA 3K57A 3V1OA 4CFDA 4I9QA 4CJFA 4JS4A 4DFKA 4OKKA 3A2FA 4CEDA 1TV6A 2EX3A 3LAKA 4DFJA 3LALA 2IGIA 1TL3A 4BWJA 3NCIA 3VQQA 2Y1IA 4DSLA 4ELVA 3V9XA 2F8SA 2LSNA 3PY8A 2B4JA 3ISNC 3DM2A 4OKEA 1VK0A 5KRTA 1S9EA 1VRTA 4O4GA 2XO7A 3ZSQA 4FLWA 2FBTA 1GOBA 4FZYA 2DFEA 3TAEA 1NK9A 1KFDA 2IAJA 2OPPA 1C0MA 5CY4A 3OYLA 2XY7A 1RDDA 2YHBA 4FJIA 2YNGA 1NK7A 4Z0UA 3F9KA 1NK4A 2EHGA 4KAZA 4RW8A 2ITGA 1LAVA 3ZSZA 4CJ5A 1JL2A 4E19A 4HHTA 1BCMA 1QS4A 3KLFA 3TAFA 4J2EA 1JLGA 1HNVA 1T05A 3LPTA 3P1GA 3DMJA 3NBPA 3HP6A 3L2RA 1RDCA 3QNNA 1WAJA 3ZSVA 4ZTJA 4NCAA 1LAWA 2VG5A 3C6TA 2HHQA 4IG3A 3IG1A 1T8EA 4C8OA 4NCBA 4FW1A 4GMJB 3C94A 4DS5A 2E6MA 1J5OA 3QIOA 3NH0A 3DLRA 4FJMA 1HYSA 1BI4A 3DLEA 3MAQA 1U48A 4FW2A 2BANA 2BDPA 1EX4A 1VSLA 1LV5A 1WSHA 2RPIA 3D45A 4Z4HA 4FJ8A 3DRPA 3PX6A 3PO5A 1KCFA 2DFHA 4O5BA 5I42A 1NJXA 4J2AA 3RMBA 1RT7A 3DLHA 3ZT2A 4H4OA 4CGGA 5T7BA 3LWMA 3U3YA 3TABA 3CQ8A 3ULDA 4B8AB 3HYFA 1VSJA 3DRSA 4CK3A 1DTQA 1WNSA 4OPJA 1EETA 2FC0A 2O4IA 4ID1A 4KTZA 2WOMA 4CF9A 4CESA 4RG8A 2PYJA 1C0TA 4CJLA 4BE0A 1XHZA 1NOYA 3KIOA 4DSFA 4DTMA 2P1JA 5HRPA 4CGFA 1BI4B 1JXBA 2B5JA 3HT3A 2KW4A 1S1WA 4JS5A 1JXEA 3VQEA 4KHNA 3NHGA 2Q3SA 4DSKA 3OYDA 4DSIA 3FFIA 4RW6A 3VQPA 4CJ4A 3QESA 2X74A 3HSTB 1Z26A 4CJTA 1RCHA 1RBSA 3ZT3A 4W5RA 4JRQA 4FXDA 1D5AA 3OYJA 4CHNA 4DTXA 3AA4A 3CFOA 3TAGA 3KK3A 1RTJA 1RBTA 4GVMA 3ZT0A 3K5LA 1RTDA 4KRFA 4LSLA 1NKBA 3DYAA 5J1EA 2G8HA 4DTUA 4QOZB 4CJEA 4W5NA 4CECA 1D8YA 3OS0A 2KQ2A 1IKWA 3LP3A 3VQ5A 3AA3A 3O3GA 1I3AA 2VG7A 3DI6A 3M8RA 2XY6A 2AJQA 3ZSOA 2DTUA 1B9FA 1JLEA 3C95A 1JL1A 1XHXA 1W9HA 4RW7A 4TSXA 3NDKA 4FLYA 4O55A 1VSDA 1VSHA 2HHXA 3NF7A 2QK9A 3ALYA 4FM0A 1IKVA 2P5GA 2FBYA 4QAGA 5KGWA 3AVKA 1C1CA 2D5RA 5KGXA 4UQGA 3SPZA 4Z4FA 2KFNA 1BQMA 3OYAA 3DOLA 1J9AA 4CJWA 3V1RA 5KTQA 1MU2A 1C1AA 4DFPA 5D3GA 2KZMA 1BISA 1U04A 1HYZA 1X9MA 3ZSYA 3V1QA 3AA2A 3BDPA 1VRUA 1KLMA 4CEOA 4CIEA 3VQCA 4CJPA 3SI6A 3S3OA 1N6QA 4BDPA 4M3XA 3JSMA 1TK5A 1KVBA 4FVMA 1FXXA 3DRRA 4M3UA 1SUQA 3NGIA 3SUOA 2OZMA 4KPYA 3NF6A 4F3TA 1JKHA 1FK9A 3B6PA 3M8QA 3WNEA 4Z4EA 2HHUA 1ZYQA 4CIGA 2ZD1A 1R0AA 1HJRA 4FZXC 2KZZA 4CJKA 3HM9A 1IKYA 3SV4A 3AVCA 2FBXA 3V9WA 3QEWA 2A1RA 1NKCA 5J2MA 1C6VA 3LP0A 4Y1DA 1RT3A 4KREA 1HNIA 1TL1A 2HVHA 4DFMA 4CJ3A 3KLHA 2HB5A 3TAMA 4DU3A 4KHSA 1WSGA 1QTMA 4KHYA 1JLAA 4N56A 3OYKA 3CFRA 3C6UA 3NGZA 4E7LA 4XIUA 4M41A 4FM2A 4DQSA 1X9WA 4FJHA 4C8KA 4OVLA 4ELTA 1SL2A 1KRPA 4F3OA 5C24A 3QIPA 1TKDA 1CZBA 2R7YA 4FYDA 3NAEA 4IKFA 2D0BA 1UAXA 1VSFA 1T03A 3KLGA 4DTRA 1TKZA 3QNOA 4O44A 1RT4A 4DU1A 4Z4IA 3QLHA 4I7FA 4K8XA 2ETJA 3I0SA 3OYHA 4KHQA 4CEQA 4CGDA 3O4QA 3M8PA 3VA0A 3LDSA 1S5JA 2QXFA 3VQBA 4FJ7A 1NK5A 3K59A 1ITGA 2E6LA 5HBMA 3MEDA 1IH7A 4DWIA 1C1BA 2OPSA 4DTOA 2F96A 4HTUA 3KD5E 1VSEA 2RN2A 3HXMA 1O1WA 2PZSA 4KB0A 3LANA 3VN5A 5EU7A 2YV0X 4Q0BA 3DLKA 3HK2A 3VQ4A 3TANA 5FRNA 3CM6A 2Z1IA 4CF8A 1NJWA 4I9LA 2YKNA 2W42A 3WNGA 1SKRA 1U4BA 3OJUA 4OKJA 4CIFA 1ASVA 3TARA 1BL3A 3IS9A 3MXIA 1Q9XA 3AV9A 2HHVA 3K5NA 2A1SA 1UA1A 4B3OA 2G8WA 1UWBA 3SV3A 4K8ZA 4G1QA 3AVLA 1RTIA 4B8CA 1EXQA 4HUGA 3ITHA 4CEFA 3OYNA 1BCOA 4EP5A 5FDLA 2GBZA 4J2DA 5DK5A 4HCBA 1IG9A 1KVCA 2KFZA 2KTQA 4E7JA 3KKRA 5J2NA 3ZSRA 5C25A 4NYFA 2XHBA 3F73A 4CEBA 1HMVA 3AVHA 4ID5A 3PO4A 1W0HA 1SKSA 4FK0A 4M3ZA 3LZIA 3QEXA 4KKOA 3V6DA 4B9SA 3VQ9A 4FJKA 4DLEA 1BIZA 1TAQA 1U45A 1JLQA 3TAQA 3IRXA 4FJLA 5HLFA 2DY4A 1RT5A 5HRSA 2ATQA 1IKXA 2Z1JA 3SCXA 1N5YA 4B9VA 1YTAA 1Z25A 5SWMA 2VWKA 4DLGA 1S6QA 3OYFA 2P5OA 4B9TA 3HO1A 1TGOA 4CJUA 5J2PA 3SNNA 1LWCA 3L3UA 3NGYA 3QEIA 3CG7A 1YVUA 4KFBA 2X6SA 2XRIA 4B08A 2G8UA 4M3RA 3BGRA 1TKTA 3NH2A 1A5WA 1GOAA 3AA5X 4H8KA 4GW6A 1WSJA 1J53A 3CYMA 4FLUA 4E0DA 3DOKA 1VSMA 3EY1A 4DG1A 5JS2A 2WONA 2Z1GA 4EP4A 4N5SA 3SQ0A 1D9FA 3LZJA 1QSLA 4DQIA 4FJ5A 4CJQA 2G8KA 3RTVA 4Y1CA 1QQCA 4AH9A 3S9HA 3V9ZA 4C8MA 1A5VA 3P5JA 4OGEA 4CJVA 2IOCA 3MEGA 4DS4A 3NE6A 3ZCMA 2XY5A 4F8RA 4BACA 1QSSA 3E01A 1Q8IA 3OYGA 1REVA 5CYMA 3OS2A 3T3FA 4DF4A 3OS1A 3PX0A 4J2BA 1ZBHA 3G10A 3AO1A 4MFBA 3U3GA 4F2SA 1RBUA 3OYEA 2YNFA 3AO2A 2G8FA 4AHVA 4CJRA 4BE2A 5I3UA 3K5MA 4DQQA 4LSNA 1ASWA 4O0IA 1ZBLA 1G15A 3RWUA 3CM5A 2G8VA 4M42A 1WLJA 4CFCA 2RKIA 3AVNA 2HVIA 3MXJA 4LH5A 3SUQA 1LWFA 3K58A 2D0CA 3K5OA 3AVIA 1EKEA 4DTNA 3THVA 4FJNA 5CYQA 4MQ3A 3MEEA 2D0AA 3SZ2A 2Z1HA 4CHZA 3S3NA 4IFVA 1X1PA 3H08A 1XI1A 4C8NA 3MXMA 1U47A 3I0RA 2GUIA 1B92A 1ASUA 1VSIA 3AVGA 3V9UA 4CHOA 1YT3A 1U49A 4DQPA 4L8RB 2YNHA 1RT1A 1GOCA 2IC3A 3QEVA 4IG0A 3S3MA 1L3VA 4DU4A 4EZ9A 4CJSA 4AILC 1WSFA 2BE2A 4E89A 4W5OA 4E7IA 3NFAA 3QO9A 3V9SA 1RILA 3HVTA 3HP9A 2OZSA 4PY5A 1QHTA 2QKBA 1S6PA 4E7HA 4I2PA 2XY8A 4DMNA 3HVRA 4CHQA 4BDZA 1FKPA 2HW3A 2PY5A 3U6FA 1EP4A 1RDBA 3CFPA 1JLCA 1WSEA 1L3SA 4F2RA 1X9SA 3OY9A 3VQ6A 4BWMA 4M3TA 1KVAA 2B6AA 1HRHA 3TWHA 4YNQA 4ZHRA 2HMIA 3LWLA 4IFYA 2OA8A 2NUBA 4CGJA 3IAYA 1BQNA 3V81A 2DFFA 3RMAA 1ZBFA 4FLVA 1D9DA 4E7KA 4ICLA 4KI6A 2HHSA 2HHWA 1VSKA 4R5PA 1Y97A 4Z4CA 4OPKA 4E3SA 3SJJA 1CLQA 3KLIA 1TVRA 2VG6A 2QKKA 5FRMA 4B9MA 3LP1A 3L2QA 3ZSXA 1BIUA 1TK8A 4N41A 1RNHA 3HJFA 1BGXT 2OPQA 4DF8A 1LWEA 5SZTA 4FCYA 3QINA 3RRGA 2FBVA 4FK2A 1TAUA 1SL1A 1HPZA 4O0JA 3L2UA 4PUOA 3SQ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJ7A 4FWKA 1SQKA 2G8IA 2VYPA 3O6WA 3T19A 3HM8A 5CZ1A 3A8YA 3SPYA 2W41A 3UIQA 3LAMA 4X62K 4AHUA 2YKMA 4KTQA 3AVBA 2JWKA 3KK1A 4W5TA 3BZKA 1TKXA 4FOEA 1TYQA 4LD0A 3SBGA 2VQEK 3WQTA 4IO9L 3VQ7A 2ZE2A 2A42A 3R3LA 4DTSA 4PKIA 1HQEA 2O8DA 3WNFA 3K2PA 4JRPA 5MLCQ 3LL3A 3QERA 1LW0A 5JICA 4FWMA 1L3TA 3HZ6A 2D0PA 2E4LA 4E1NA 3RSEA 5ELZA 2WUSA 4AHRA 1ZBUA 2O4GA 2YHAA 4AHTA 4WE1A 2IDOA 4FJXA 3RR7A 4CF1A 2IVNA 3G0ZA 4M3YA 4HCCA 1SL0A 1QZ6A 3ULEB 4PWDA 5E84A 1XNRK 5CZ2A 3LPUA 1NKEA 3AO5A 3RMCA 3DXKA 4CD1A 4HVJA 4CK2A 5KPRA 5AQQA 3WEEA 3LP2A 1B9DA 3AVMA 2QWOA 4LH4A 3PV8A 1UA0A 2GELA 4FLTA 2O8CA 2UXBK 3FZMA 4CFBA 2OTLN 2YNIA 4BR0A 2A41A 5DMRA 4B9NA 1JLFA 1RDAA 5E41A 4AHCA 1QSYA 5C42A 5HL7L 2YHWA 3G25A 1HJOA 3OBWA 3QICA 1S1XA 3ATVA 3T1AA 1IJJA 3R6MA 2QWQA 3B8AX 2ZWHA 4KHWA 4AM7A 2O8FA 5JS1A 4CEEA 1BOTO 3WT0A 4Q5VA 3RMDA 3SAHA 2HBLA 3V1OA 4CFDA 4CJFA 1BO5O 1YI2N 4DFKA 3A2FA 1E4FT 4H5TA 4ELVA 2P9LA 3LM9A 1EWQA 3V9XA 4DV3K 1VK0A 4CI6A 4O4GA 2FLOA 2FBTA 1GOBA 3MK6A 2IAJA 4GVEA 1RDDA 2W6LA 4JHDA 2Q2RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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