4PA1A

Crystal structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
HMGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNFKRRGRIGGMAPYELLAQQESLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Feline immunodeficiency virus
molecule keywords Integrase
total genus 50
structure length 151
sequence length 151
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4pa1A00
4CJUA 4AILC 4N5SA 4M3RA 1XC9A 4RW9A 2DFFA 1U04A 4E1MA 3MAQA 1YTAA 4M41A 3D0PA 3LALA 2G8VA 3SUQA 4OKEA 3AVCA 3TAEA 2QKKA 1S6QA 3LP2A 3KLEA 3PO5A 3AVJA 3ZT4A 1RDDA 4Z4FA 3AA2A 3SCXA 4E89A 1BI4B 1RT3A 3AVIA 1KFSA 1B9FA 4Z4IA 4OLBA 3RMCA 4DFKA 4E0DA 3M8PA 4CJLA 3OYJA 1RTJA 3SUOA 4PY5A 4DQIA 4DG1A 4F2SA 3SYZA 2X78A 3C95A 3QEPA 4W5QA 3RRHA 4GMJB 4YFUA 4DTXA 1A5XA 1QSYA 4ELUA 4J2BA 1J5OA 1JLQA 2XY5A 4CJPA 1VSEA 2YHAA 3P83D 1BCOA 3QNNA 4O55A 4CEBA 1VRTA 3QIPA 3LDSA 2P1JA 3QEVA 4DSLA 4K8ZA 1NJYA 1SL0A 2RN2A 2LSNA 2Z1HA 2IDOA 3VQ4A 4JRPA 3SUPA 3DLEA 4CJ4A 4EP4A 5DMRA 3VQQA 2OYQA 1HQEA 2IOCA 1N6QA 4CGIA 2XHBA 3ZT1A 1SL2A 3KD1E 3MECA 4CIEA 1KVBA 2FBVA 3RRGA 1S1VA 3OYCA 4DFJA 3IG1A 4DLEA 4KHNA 2HHSA 4LH5A 3OJUA 4Z4GA 3DLGA 1NK4A 4CHNA 1J53A 5J1EA 1KFDA 4KHWA 3LAKA 4DTUA 3VQ8A 2VG5A 3A2FA 3ULDA 4DQQA 3DLHA 2FC0A 4M3TA 3THVA 3TAPA 1RBTA 1TGOA 3ZSXA 3V1RA 1C6VA 3ZT0A 5KRTA 1HJRA 5EU7A 3ZT2A 2KFZA 4CEQA 3TABA 5JS2A 4HVJA 3ZSOA 5CYMA 5JS1A 1EKEA 4Q0BA 2Z1GA 4GVMA 5J2NA 1QE1A 2ZD1A 3B6PA 4KO0A 2OA8A 4I9QA 1KLMA 3DLRA 3NGYA 4ID1A 4FJKA 1KSPA 4B9LA 1XHZA 3DYAA 1Q9XA 1ZYQA 1LAWA 4B9VA 4HUFA 3D45A 4Z4EA 4H4OA 1ZBIA 3U3GA 2D0AA 2XRIA 3VA0A 3DM2A 3RTVA 4CJRA 3AVLA 1CZ9A 4KKOA 3HP6A 3VQ7A 3L8BA 4DU4A 2DY4A 1HNIA 2HHVA 4G1QA 4CE9A 4FK0A 4CERA 1TK5A 1RDCA 4NCGA 3OYLA 4Z4CA 4Y1DA 3LANA 3PO4A 2RKIA 3NDKA 4DTJA 2FBXA 1SKWA 1ASVA 2HHUA 4FZYA 2KQ2A 3VQEA 2OPQA 1HNVA 3M8QA 2OPPA 4CJTA 3HK2A 1L3SA 1X1PA 3K59A 2VG6A 4F2RA 1VSFA 3H08A 2R7YA 4KI4A 3NH1A 3ZSQA 3S3NA 3LZJA 1RT7A 4LY7A 3CM6A 4CJFA 3V9WA 4CFCA 1T03A 1RILA 3ZSVA 1TVRA 2VG7A 3DRSA 3V9XA 4L8RB 2YKNA 4KREA 4RW6A 1LAVA 2W42A 1U45A 1NK6A 2O4IA 1WLJA 1RCHA 4O5BA 4DQSA 4DSFA 1JLAA 4FM1A 4KTWA 1BCMA 1J54A 3CG7A 2HNZA 3LP0A 4LH4A 4Z4HA 2PYJA 3K5LA 1RBUA 4E7LA 3O3FA 2Y1JA 3SQ4A 4BWJA 4B8AB 3DLBA 2Q3SA 5HLFA 3I0SA 3VQ9A 1C0MA 3JSMA 3K57A 3PUFA 4CEZA 3LWMA 4CEDA 1F21A 4I2QA 3HT3A 4B8CA 3QESA 4UQGA 4ZTFA 1GOAA 2F96A 3O3GA 1N5YA 1IKVA 2OPSA 3AVAA 3B6OA 3KIOA 4AHUA 2QXFA 3RMBA 2A1SA 2E6LA 5T7BA 4AHSA 3V6DA 3MXIA 4AH9A 2EX3A 3QERA 4KV8A 3T3FA 4CJVA 4NYNA 4DS5A 1ZBHA 2G8IA 4JRQA 3V9SA 1TKTA 4FVMA 3OYAA 1RT5A 3NCIA 1D8YA 1BQNA 1S5JA 3VQAA 2B4JA 1HRHA 4DFMA 3VQBA 1KLNA 4CGHA 3OS2A 2DFEA 3HPOA 3SV3A 4OJRA 2HHTA 4HUEA 4E3SA 1U47A 2B5JA 4HCCA 1LWFA 3E01A 4FJLA 1FKPA 3V9UA 1KCFA 4DF8A 3OYMA 4FZXC 1JXBA 3LPUA 3IRXA 2YHBA 3EYZA 4NCAA 3HJFA 5I3UA 1BL3A 1JLEA 2P5OA 3CFPA 3AVFA 2YNHA 1XI1A 1RBSA 4ZHRA 1ASUA 1DTQA 5FDLA 5HRRA 4ZTJA 2PZSA 3VA3A 4EZ6A 4QAGA 1VSDA 3P5JA 2I5JA 1TKDA 1QSSA 3AVNA 4DTRA 1QQCA 3QLHA 5SZTA 4C8OA 2A1RA 2IAJA 4C8LA 4FLXA 3QEWA 1NKBA 1VSJA 1G15A 4B9NA 4XIUA 1RBRA 4Y1CA 3VQ5A 4FJIA 2QK9A 4BDPA 1S9EA 4YNQA 3KKSA 3O4NA 2YV0X 4OGEA 3V1QA 1NJWA 2HMIA 2YNIA 3VQDA 4CFBA 2HNYA 1K6YA 3ZT3A 3OS1A 1TL1A 4DTOA 5HP1A 4J2DA 4N76A 1SL1A 4M3WA 1BGXT 4FLUA 1B92A 3NGZA 3OYKA 3PY8A 3P1GA 3L2RA 2Y1IA 2DFHA 1T8EA 1LWEA 4OLAA 4KHSA 1VSMA 3LAMA 3NFAA 1IH7A 4OKJA 3JYTA 4FZZA 4M3ZA 4IFYA 1VSIA 1EX4A 3OYIA 2XY6A 1NKEA 3TR8A 3F9KA 4CJKA 4R5PA 3SUNA 3AVKA 1C0UA 1WSIA 3ASMA 4DSEA 2B6AA 2D0CA 1T7PA 4FW1A 2ETJA 1YT3A 4CJEA 4FJMA 3MEGA 4M45A 3NE6A 4DLGA 4DFPA 4CHZA 3NH2A 1S1TA 1YVUA 3S3MA 1NKCA 1D5AA 1IO2A 5FROA 3VQ6A 2XO7A 4B9TA 4N47A 4HTUA 4KB0A 3WNHA 2ITGA 3RWUA 3PX0A 2KW4A 3HPGA 1JLCA 1VSKA 4K8XA 5HRPA 1GOBA 4DQPA 3ZCMA 1RTDA 1IKXA 1WNSA 4ICLA 4PQUA 3RMAA 4CJWA 1RDBA 4FLZA 3AO2A 3CYMA 1TL3A 3C94A 1JLGA 5SWMA 1NK0A 4KB1A 3K5MA 3SQ1A 1RT4A 4C8MA 3OYNA 2EHGA 3ZSRA 2O4GA 4CJ3A 3WNEA 4KHQA 1TK0A 2HHWA 3QINA 4FJ8A 3LP3A 2P51A 4CK2A 2BE2A 1QS4A 4WE1A 1RTIA 4ID5A 3CM5A 3L3UA 3VQPA 2D0BA 1WAFA 3MXMA 1BQMA 3SJJA 3ZSYA 1NK5A 3KD5E 1ITGA 4FJJA 4FK2A 3OYBA 1R0AA 4QCLA 3BGRA 4CGDA 5KRSA 1TAUA 2G8WA 4DMNA 1UOCA 3QETA 1NOYA 2IS3A 1WSEA 1ZBUA 1RTHA 1O1WA 3K58A 3HL8A 2F8SA 2VWKA 1CXQA 4FLWA 2IGIA 3C6TA 3PX6A 2ATQA 3TAQA 4FJHA 3ALYA 4DTPA 3C6UA 3TARA 3HP9A 3U3YA 2Z1IA 1Z26A 3SQ0A 2AJQA 4C8KA 1EP4A 4BWMA 2FBTA 1BIUA 1VSLA 4DTMA 3SQ2A 3AA3A 1JLFA 1TKZA 5J2QA 1IG9A 2OZSA 4M42A 3NF9A 4KHUA 3TANA 4FJNA 1SV5A 4EP5A 3QIOA 5C42A 4CK3A 3NF7A 5HRSA 1KVAA 3NH0A 3OJSA 3HVTA 4HHTA 1WSJA 1BI4A 1C0TA 1Q9YA 4AHVA 1HQUA 4AHCA 3K5OA 3BDPA 4B3OA 4IBNA 2HVHA 3AVHA 4CHPA 3T19A 3TAFA 4NCBA 2KTQA 3VN5A 4LSNA 3HM9A 4FLTA 2PYLA 1S1WA 3ISNC 1NJZA 1REVA 1RBVA 5J2MA 4AHTA 2ZQBA 4B08A 3DOLA 4EZ9A 1QSLA 1NK7A 4JS5A 4DSKA 4DSJA 4O4GA 4CGGA 4PUOA 2BDPA 2GBZA 1IKWA 2G8HA 4ELVA 4FJ9A 3V1OA 1RT1A 3KLFA 2F8TA 1JKHA 4BACA 4OKKA 3OY9A 4DTSA 1CLQA 3SPYA 4OPKA 2WOMA 3LZIA 4IG3A 3S3OA 4DWIA 1ASWA 3RR7A 4FXDA 4DU3A 2BANA 3OYFA 3V4IA 1HYVA 5CZ2A 4KTQA 4QOZB 1W0HA 2KZMA 1JXEA 1W9HA 4W5OA 1UA0A 5D3GA 1U4BA 4E7KA 1X9MA 5CY4A 1BHLA 3TI0A 4E7IA 3KLIA 3UIQA 3ITHA 1NOZA 3QO9A 3KK2A 2OZMA 1JLBA 3I0RA 1VSHA 1LW0A 3O4QA 5DK5A 3F73A 3DI6A 1L3VA 2HW3A 3KLHA 1CXUA 4CHQA 1I3AA 1FKOA 3NHGA 3DOKA 3L2VA 4KTZA 3RMDA 4HCBA 4JS4A 3HO1A 1KVCA 1FK9A 4KAZA 5C24A 1S6PA 3AO5A 4F3OA 1NK8A 4CJSA 4W5RA 4MFBA 1A5VA 3KJVA 4E1NA 1D9FA 4DSIA 4M3UA 2NUBA 3AA4A 4RG8A 5E41A 4F4KA 4FLVA 4CCHA 5FRNA 1L3TA 5C25A 5HRNA 4AHRA 3L2WA 4BDZA 3AO4A 4LSLA 3ZSZA 3OYEA 1J9AA 2G8FA 3CQ8A 3K2PA 5J2PA 4FYDA 3AO3A 1WSGA 1U49A 2HNDA 1DLOA 4H8KA 4OPJA 2XY7A 1XWLA 4Q5VA 1BISA 2YKMA 4FJGA 4H4MA 5K14A 4I9LA 4CEEA 3AO1A 2X74A 3L3VA 2WONA 4CHOA 3HYFA 4CGJA 3QNOA 4F8RA 1B9DA 1RT2A 4DU1A 2YNFA 4FW2A 4W5NA 1S1XA 2RF2A 3WNGA 4CF9A 1DTTA 1RNHA 3PV8A 1X9WA 1GOCA 2KZZA 5HROA 1ZBFA 2XY8A 1UAXA 2KFNA 1SUQA 4O0IA 4C8NA 4KRFA 1RT6A 3K5NA 2X6SA 1IKYA 3NF8A 4CF2A 1HYZA 3HXMA 1NK9A 1TK8A 2E6MA 3AVGA 4CEFA 4KFBA 5KGWA 4CESA 3OYHA 1T05A 3VQCA 5KGXA 3T1AA 4FJ5A 4Z0UA 1QTMA 4IFVA 4B9UA 1HYSA 3NGIA 2FBYA 2GV9A 1Y97A 1NJXA 2YNGA 3U6FA 5I42A 3TAGA 2ZE2A 4NYFA 4CEAA 4IDKA 5KTQA 2GUIA 3M8SA 4CIGA 3L2QA 1L3UA 3IS9A 3LP1A 1WSFA 1WSHA 4O44A 4BE1A 1U48A 4M3XA 4J2EA 4IG0A 3OVNA 1C1BA 3HSTB 2VWJA 3KTQA 3KKRA 2G8KA 2E4LA 2IC3A 5CZ1A 4O0JA 1XHXA 3ZSWA 4GW6A 3HVRA 4FM0A 4CK1A 4BE0A 3SPZA 1QHTA 2G8UA 4FJ7A 3MXJA 4RW4A 2HHQA 1SKRA 1LV5A 2P5GA 2X6NA 1VK0A 4KI6A 4E7HA 1FXXA 1LW2A 5CYQA 4CGFA 1TAQA 2JLEA 3DMJA 4CF1A 4I7FA 1C1CA 2JGUA 4CFDA 4E7JA 1WAJA 3O3HA 1HPZA 4N41A 1TKXA 1CZBA 4CECA 3QEIA 3AVBA 4DS4A 2Z1JA 3TAMA 5HBMA 1KTQA 4FJXA 1C1AA 4FM2A 2RPIA 3SZ2A 3AV9A 4MQ3A 4F3TA 4CIFA 4BE2A 4PA1A 4HUGA 3V81A 3DRPA 3MEDA 4JLHA 4ELTA 1YTUA 1TV6A 3S9HA 4I2PA 3M8RA 1EETA 1BIZA 4CEOA 4FCYA 4RW8A 4B9SA 4J2AA 4CHYA 4W5TA 3EY1A 3OYGA 3KLGA 4BDYA 3IAYA 4KPYA 4E19A 3I8DA 3SNNA 3CFOA 1A5WA 3LPTA 4CJ5A 4B9MA 1MU2A 1I39A 2D5RA 2QKBA 1SKSA 3G10A 2PY5A 1S9GA 3HPHA 4N56A 3SI6A 4PWDA 2DTUA 5KI6A 4RW7A 1KRPA 1S1UA 5FRMA 2OPRA 3NF6A 3OS0A 3OYDA 4OGCA 3QEXA 4OVLA 4CF0A 3NBPA 1JL1A 1RDAA 4DQRA 3SV4A 4KHYA 2BGGA 3EZ5A 4IKFA 3AA5X 1EXQA 1JL2A 3TWHA 4DF4A 3L2UA 3KK1A 4CJQA 2HVIA 4M3YA 1D9DA 3DRRA 4CFAA 4CF8A 4TSXA 2HB5A 3MEEA 4FLYA 1UA1A 3FFIA 3PX4A 3WNFA 3G0ZA 3NAEA 1ZBLA 1WN7A 3CFRA 1UWBA 3AVMA 2HHXA 3KK3A 3LWLA 1X9SA 1LWCA 3RR8A 4DTNA 1L5UA 3DLKA 1Q8IA 4LD0A 3V9ZA 4FK4A 1HMVA 1Z25A 1VRUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IJJA 3CC4N 4N5SA 4JI0K 2DFFA 4E1MA 2YHWA 3LALA 3AVCA 3TAEA 2QKKA 1S6QA 3LP2A 3PO5A 3SMPA 4EHUA 3AA2A 4Z4IA 4OLBA 4BRDA 3RMCA 4PY5A 1RTJA 4H0XB 4DQIA 3M1FA 4W5QA 1Q81O 2Q97A 4DTXA 3CCMN 4ELUA 3CJAA 4ISGA 2XY5A 3P83D 4MLEA 4JD2A 4O55A 1SL0A 2QWMA 4BRQA 3VQ4A 1FJGK 3WEEB 3SUPA 1HX1A 3J7ZO 2OYQA 1SL2A 5H1SQ 4CIEA 3RRGA 1S1VA 4JK7A 2F7TA 4B3SK 3IG1A 2HHSA 4BRFA 2E88A 3OJUA 1NGBA 1J53A 5J1EA 3O8MA 5EOYA 1NGJA 3A2FA 3VQ8A 4M3TA 2FC0A 1RBTA 5EVZA 4JI6K 4LF4K 1C6VA 1OH6A 5BN9A 3ZYYX 3IKMA 2Z1GA 1QE1A 2OCEA 2ZD1A 3B8AX 1EWRA 4KO0A 2OA8A 1ILYA 1XHZA 3D45A 1ZBIA 3U3GA 4EHTA 3DM2A 3HP6A 3TU5A 2YJFA 2FLOA 4BRGA 4CERA 3FFKB 1TK5A 2HF4A 1BUPA 3DXKB 3CQXA 2KQ2A 2OPPA 1SQKA 1X1PA 4F2RA 2R7YA 3VEXA 3NH1A 3CM6A 4LF5K 1IBLK 1TVRA 4FSVA 3DRSA 4RW6A 1KAZA 2O4IA 1GLAG 4O5BA 3O5BA 3VENA 4FVUA 4FM1A 4KTWA 1BCMA 5KPRA 3TTDA 5LJVA 4JN4A 4DV6K 2E5LK 4E7LA 4B8AB 1J6ZA 5HLFA 2CH5A 3VQ9A 1HNWK 4JKGA 3JSMA 3W0LA 3LWMA 5BREA 3SK3A 4OPAA 3FR0A 5M1KA 3RSEB 3AVAA 4JI4K 3B6OA 3J81O 4AHUA 5T7BA 3O08A 3V6DA 2BTFA 4WFBL 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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