4PA1A

Crystal structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
HMGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNFKRRGRIGGMAPYELLAQQESLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Viral protein
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 50
structure length 151
sequence length 151
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4pa1A00
4CHNA 1KVBA 4HUEA 1IO2A 1RCHA 3C6UA 4KO0A 3QEIA 2OPQA 1KSPA 3RRGA 4CECA 5HRPA 4DU3A 5EU7A 4CGIA 1D8YA 1UA1A 4CJUA 3K59A 3CM6A 3UIQA 4DSJA 1RT7A 4HCBA 3C6TA 1GOAA 3HPHA 3HPOA 4CGHA 3KLGA 4OKJA 3HL8A 1EKEA 2DFFA 1Q8IA 1VSDA 4RG8A 4CIEA 2XY8A 1RDAA 4W5RA 3OYLA 4DTSA 4DTNA 4EP4A 1CXUA 4CJRA 4DTOA 1RT4A 4BWJA 3LAMA 4CF0A 4DSFA 4CIFA 1Q9YA 4BDZA 4DFJA 5CYQA 3CM5A 4CESA 3LP3A 2QKBA 4M42A 4H8KA 3P5JA 4FLTA 4B9VA 4CEDA 5I3UA 2F8SA 4B8AB 1SUQA 4DF8A 3NH0A 2RN2A 4JRQA 3TAEA 3LZIA 1Y97A 4AHSA 1NKEA 3I8DA 2VWJA 1JLCA 4FW1A 2E6LA 3VQQA 3QNOA 2G8WA 4RW7A 3U3YA 3G0ZA 3LWMA 4DSKA 1VSJA 4BE0A 4B9TA 2FBXA 4OKKA 4RW6A 1VSMA 3AVGA 4W5TA 1KFSA 4Z4GA 2YNHA 4H4MA 3WNFA 3AA5X 4E89A 3KD5E 4CJTA 5FDLA 3AVCA 5CZ1A 5KTQA 2OA8A 1A5VA 2HNDA 4FJXA 3OY9A 2B5JA 2WOMA 3NF8A 4O55A 4LSLA 4CJKA 2HHSA 3BGRA 5FROA 3K58A 4DSEA 4DU4A 1BQMA 3NH1A 2RKIA 2E6MA 1VSHA 5K14A 4DFMA 1R0AA 4LSNA 2FBYA 3NE6A 1T7PA 3KK3A 1IH7A 4CF2A 2WONA 3PUFA 1Z25A 4Y1CA 2X78A 2F8TA 4QCLA 1WAJA 4LD0A 4FLYA 1T8EA 3AO1A 2IGIA 1NK7A 1FXXA 1ZBUA 2O4GA 4Y1DA 1L3TA 1HPZA 4CJFA 4DTJA 2YV0X 4CEFA 4KHNA 4K8ZA 3MXMA 3I0SA 2GUIA 4OPJA 3V81A 5HROA 1W9HA 4J2EA 4DTRA 3MXIA 3AVNA 1HJRA 3NF7A 4EZ9A 3JSMA 4FK4A 3HP6A 4FLUA 4ELUA 1NKBA 3KLEA 1DTQA 3MEEA 1GOCA 1VRUA 4FLZA 2HNYA 4M3UA 4DWIA 4CJ4A 2IAJA 1J5OA 3DYAA 1ASUA 1XWLA 3AVFA 3OVNA 4ID5A 3V1RA 3OYGA 3AVKA 2P1JA 3SCXA 3OYFA 4WE1A 3ZSRA 1JL1A 1U48A 1S6QA 1RTHA 4N47A 3LALA 4FJIA 2PZSA 2KZZA 4F8RA 2RPIA 1X9WA 4HVJA 4CJLA 1RDCA 2A1SA 3DRRA 3P1GA 3M8QA 3ULDA 4C8LA 3WNEA 3OYDA 3B6PA 4FJ7A 4QOZB 4KHQA 1VK0A 4C8KA 3V9ZA 3ZSZA 3NGIA 1S5JA 2B6AA 1B9FA 3C94A 3FFIA 3L3UA 3MECA 3NF6A 4CJ5A 3DLRA 3MAQA 4BACA 3SPZA 2PYLA 3H08A 2YNGA 1XHXA 1IG9A 4F3OA 1I39A 1I3AA 2VG5A 3QLHA 1SL1A 2DFHA 1QS4A 4IDKA 2P51A 4FZXC 4FLVA 1QTMA 4CF8A 4LH4A 3L2VA 4DU1A 2BDPA 1RBSA 1HYSA 1EP4A 2HHXA 1SKWA 2HVHA 3HSTB 4W5NA 1A5WA 1TK8A 4E7JA 4FJ5A 3OJUA 1Z26A 2Z1HA 2Q3SA 4ICLA 1G15A 4KTQA 3ZSYA 4FZZA 4FJNA 1RT1A 3O4NA 2E4LA 4XIUA 3WNHA 4BDPA 2KZMA 5JS1A 4CJQA 1VSLA 1L3VA 1B9DA 4B3OA 1NKCA 4KREA 1TKDA 1JLBA 3L8BA 1ZBLA 3TAMA 5E41A 1J9AA 4OPKA 4HUGA 1LV5A 4CHZA 3CFRA 3TR8A 4I2QA 1Q9XA 4IG0A 3NHGA 2FC0A 3SQ0A 4FJHA 1C1CA 1BI4B 4AILC 1HYVA 1W0HA 3U3GA 3RMDA 3QERA 4FJLA 5FRNA 4KHSA 4FJKA 3AO3A 1S1TA 3CYMA 4DFPA 3LP1A 3O3GA 1RT3A 4JS5A 1KVAA 1UOCA 4CEQA 3OS0A 4KI6A 4I9QA 5J1EA 4BE2A 3AVAA 1WAFA 2LSNA 4JLHA 4DTMA 4AHUA 4FW2A 2IDOA 5DK5A 3IAYA 1J54A 2GV9A 3RR8A 4O44A 4J2BA 1BHLA 4QAGA 4I2PA 3CFOA 1TL1A 3QINA 3ITHA 1RBUA 3QO9A 2HHVA 4ELTA 2OPPA 4PUOA 2NUBA 4CEAA 3NDKA 1WNSA 4DLGA 4C8NA 1KRPA 4CJ3A 1HNVA 1WSIA 1NK8A 2KFNA 4TSXA 3L3VA 1RDBA 3LPTA 1RTJA 2YKNA 5J2QA 4I9LA 3QESA 2JGUA 4NYFA 4B9UA 2BE2A 3SJJA 3HVRA 1JLEA 4DFKA 4IFVA 2XRIA 3SV4A 3VQ4A 4CFBA 4E0DA 3IG1A 3CQ8A 4KB1A 3MEGA 3LP0A 2XY6A 4KTZA 3MEDA 5KGXA 3VA0A 3TAGA 4KPYA 3L2UA 4PQUA 2HHQA 4ZTJA 4NCBA 1WSFA 3AVJA 4ZHRA 1HNIA 4M3WA 3ZT1A 1NK9A 1IKWA 1VRTA 1S1VA 2QXFA 3NFAA 5I42A 2KQ2A 3KKSA 4FYDA 1FKPA 1BL3A 4BDYA 2IS3A 1L3UA 4KB0A 3O3FA 1JXBA 4O4GA 4E1MA 4FM2A 4EZ6A 4KTWA 1NJYA 2G8IA 3DLKA 4C8OA 3VQ9A 4F2SA 1JXEA 4GMJB 3DOKA 2G8FA 3JYTA 4Z4HA 4E7IA 3ZT4A 4M3XA 1CZBA 1QQCA 1WN7A 4H4OA 4OJRA 4KAZA 3HK2A 1KLNA 2VWKA 2RF2A 1XI1A 4Q0BA 3LWLA 1HRHA 4PY5A 4HCCA 1C0UA 4E7LA 3SUNA 4CHPA 4CHOA 4N41A 3KLIA 3CG7A 4B08A 2BGGA 2HHUA 2EHGA 4HTUA 2OPRA 3S3OA 3NGYA 2X6SA 4IBNA 3L2WA 3RMBA 1LAWA 2AJQA 5C25A 2XY5A 2EX3A 4CFCA 5HLFA 3AVLA 4Z0UA 3L2RA 1RT5A 1REVA 1L5UA 4N76A 4OGCA 5HBMA 3D45A 1RBRA 5HRNA 1J53A 4YFUA 2G8UA 5HRRA 4CFAA 3VQPA 1D9DA 3DLHA 2YNIA 4GVMA 2DY4A 3ZT0A 4B9LA 1TK0A 3DRSA 2G8KA 3T3FA 4B9MA 1YTUA 3DI6A 5KGWA 3F73A 4FM1A 2P5OA 1CZ9A 3LANA 4GW6A 3OS1A 3V9SA 2Y1JA 3OYMA 1ZBFA 5C42A 3SUOA 2A1RA 1EETA 3L2QA 2G8HA 2HMIA 4DLEA 3M8RA 1UA0A 3OYKA 2KTQA 3HVTA 4Z4EA 3HXMA 4CJVA 4DSLA 4E7HA 3K2PA 1WSHA 4PA1A 1TVRA 1KCFA 2FBTA 4FVMA 4CHYA 4B9NA 1IKXA 1U04A 1C6VA 2IC3A 4RW8A 4OGEA 4E1NA 1SL0A 1RTDA 1NK4A 3OYAA 1QE1A 2Z1JA 3KK1A 1RBTA 3TARA 1ZBIA 3V9UA 1TKXA 4ELVA 3HP9A 3VQAA 1T03A 2ZE2A 1F21A 3PO5A 3LDSA 2Y1IA 3OYCA 4DF4A 4FJ8A 4Z4FA 2G8VA 3DLGA 4NCGA 5CZ2A 3G10A 1N5YA 4CJPA 4DTUA 4O0IA 1JL2A 1TV6A 1CXQA 3SUPA 1XC9A 3RMAA 1NJXA 1C0MA 3NGZA 1NK5A 2D0BA 3C95A 1BIUA 1S1WA 4OLAA 1FK9A 3QNNA 3K5NA 2HNZA 4M3TA 4N56A 4J2DA 3DLBA 3V1OA 3HJFA 3EY1A 3DM2A 3VQ6A 4FLXA 1RDDA 3E01A 3SPYA 3AO5A 4KFBA 3NH2A 3VQ5A 3ZT2A 3OYBA 3F9KA 2YNFA 1TKZA 3VQEA 4M3ZA 2B4JA 3ISNC 1HMVA 4DTXA 1NK6A 4ID1A 3THVA 4J2AA 1WSJA 2R7YA 2XO7A 1X9SA 4CHQA 3PV8A 4JRPA 3SI6A 1HQUA 1YT3A 1WSGA 4DG1A 4B9SA 4W5OA 4DTPA 4M3YA 1SL2A 3DRPA 2VG7A 3K57A 4CGJA 3KD1E 3BDPA 3ZCMA 1C0TA 3KKRA 1QSYA 3O4QA 4RW4A 4DQPA 2O4IA 2P5GA 1YVUA 1DTTA 3AVBA 4CFDA 4CEZA 4DQRA 2OZMA 2X74A 3PX0A 1MU2A 1K6YA 1LWEA 4CIGA 3T1AA 1IKVA 1UWBA 2ZQBA 4G1QA 5J2NA 5CYMA 4N5SA 3AO4A 4DS5A 1U47A 1L3SA 3SUQA 4FZYA 4FLWA 1UAXA 4CGGA 1JLGA 3DLEA 1WLJA 4KHWA 4FJJA 4NCAA 1S1XA 4Z4CA 4DS4A 1U49A 4O5BA 3HT3A 1FKOA 4CCHA 1ZYQA 2VG6A 4L8RB 4MFBA 4RW9A 3HPGA 4CJWA 4Z4IA 3PX6A 4M45A 4CERA 4O0JA 4DQIA 1TGOA 3TAPA 2JLEA 3RWUA 3OJSA 4MQ3A 2PYJA 3U6FA 3QEXA 1KTQA 3LP2A 3P83D 4F4KA 3IRXA 4AHVA 1XHZA 1D9FA 1S6PA 4FJMA 4K8XA 3D0PA 4HHTA 2Z1IA 1B92A 2GBZA 1VSIA 4FK0A 3ZSQA 3KLFA 4KKOA 2YKMA 4M3RA 3EYZA 1U4BA 3VQ7A 1S9EA 1VSFA 2OPSA 5C24A 3SQ2A 1ZBHA 5CY4A 3M8SA 4F3TA 4CE9A 2XHBA 4FJGA 1LW0A 4I7FA 1KLMA 1S1UA 5T7BA 4KRFA 3AA3A 3AVIA 3PY8A 1KFDA 1TK5A 4B8CA 4CF1A 4CJEA 3V4IA 4PWDA 3AA2A 3OYHA 3QEWA 1QSSA 1HQEA 4Q5VA 5KRTA 4E19A 4EP5A 4FCYA 4DQQA 3OYJA 1U45A 4KHUA 4IFYA 1JLAA 3AV9A 4OVLA 3SNNA 1QSLA 2D5RA 2ITGA 1JLQA 4IKFA 3AA4A 1S9GA 4FK2A 2HHTA 1RBVA 1RILA 1VSKA 1X1PA 4CK1A 3LZJA 3DOLA 3KK2A 1BISA 3ZSXA 3HO1A 4IG3A 3T19A 4CEOA 1ASWA 2ZD1A 3OS2A 1DLOA 2YHBA 1RNHA 3S9HA 1WSEA 1CLQA 1EXQA 3SQ1A 1RT2A 1JLFA 2IOCA 4CF9A 3K5MA 5JS2A 4UQGA 2DFEA 4AHCA 3KTQA 3V6DA 3M8PA 1KVCA 2KFZA 1SKRA 1EX4A 1A5XA 3OYEA 1GOBA 3V9WA 3QETA 2OZSA 2HW3A 3QEPA 1TAUA 2YHAA 2FBVA 2Z1GA 1O1WA 3AVHA 2I5JA 3MXJA 1SV5A 5KI6A 3NF9A 3VQDA 3KIOA 4CJSA 3NAEA 3SQ4A 3ZSOA 3NBPA 3TWHA 3SYZA 3VN5A 4OKEA 5J2PA 3PO4A 1BCMA 4KHYA 1YTAA 3TI0A 1ASVA 4C8MA 4DQSA 4NYNA 3LAKA 2HVIA 4KI4A 3S3NA 2DTUA 4YNQA 3TANA 2D0CA 3KLHA 3VQCA 1ITGA 2XY7A 5D3GA 5HP1A 5FRMA 3KJVA 4DMNA 3VQBA 1LW2A 4LY7A 5J2MA 3V1QA 2HB5A 3CFPA 1QHTA 3QIOA 3SV3A 1NJWA 1BQNA 3VA3A 1TAQA 3RRHA 3QEVA 4BE1A 1LWFA 3AVMA 1C1BA 4BWMA 1RT6A 3I0RA 3AO2A 1BGXT 3WNGA 4HUFA 3TAQA 2ETJA 1BCOA 1IKYA 3HYFA 3NCIA 1LWCA 1NOZA 4LH5A 4CEBA 1JKHA 3EZ5A 3V9XA 3TABA 3VQ8A 3HM9A 4CK2A 2HHWA 4W5QA 3B6OA 4KV8A 1VSEA 4JS4A 3QIPA 5KRSA 3RTVA 3RMCA 1NK0A 2OYQA 4AHRA 3S3MA 2PY5A 1N6QA 1SKSA 3ZSVA 1LAVA 4CEEA 4FJ9A 3DMJA 3LPUA 4FXDA 3O3HA 1X9MA 3ZSWA 2KW4A 1TL3A 4E7KA 5SWMA 3K5LA 3SZ2A 5SZTA 3OYNA 4FM0A 4CGFA 3ASMA 4M41A 2F96A 2BANA 1BI4A 4AH9A 1NOYA 2QK9A 4F2RA 1NJZA 1C1AA 4R5PA 3A2FA 1HYZA 2W42A 3OYIA 4AHTA 5HRSA 1T05A 4E3SA 2QKKA 4CGDA 2X6NA 3RR7A 4ZTFA 3K5OA 4CK3A 3ZT3A 1D5AA 2ATQA 2D0AA 1BIZA 5DMRA 4DSIA 3TAFA 4OLBA 3PX4A 1RTIA 3ALYA 1TKTA 3IS9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HUEA 4OPHA 3CCLN 4G9ZA 4DU3A 2O8EA 3O6WA 4B3RK 3K59A 3R9PA 3C6TA 3HPHA 3U4LA 4CGHA 3HL8A 1VSDA 4W5RA 2WBNA 3ENBA 4GKJK 4BWJA 3CJBA 4CF0A 5CYQA 4CZIA 1H1VA 3P5JA 2RN2A 3O5BA 4BVPA 1Y97A 3L0QA 3K9KA 2VWJA 1JLCA 2G8WA 3I8BA 3G0ZA 1YVNA 3C0BA 1XMQK 2D1KA 1HKGA 4RW6A 1KFSA 3O9SA 4IO8A 2YNHA 3AA5X 4AM7A 3EZWA 3LDNA 3MCAB 3CMAN 2HNDA 2GX9A 3BF3A 3LDQA 2B5JA 4O55A 2OANA 3DXKB 2VCPA 1HKCA 1T6CA 5K14A 1CZAN 3IFRA 4PHTX 1R0AA 3KK3A 3A5NC 1BU6O 1IH7A 2WONA 4Y1CA 1EQYA 3KK7A 1T8EA 3MXMA 4J2EA 3CIPA 3VTHA 4ELUA 4JHDB 4YY3K 5AJ3K 3IDHA 3DYAA 1XWLA 4ID5A 4R79A 3FZLA 2AA4A 4WE1A 1JL1A 3WXJA 2NRHA 5IWAK 4BRHA 4PKHA 3VGKA 4DR4K 4F8RA 5BRHA 2RPIA 4WQ4A 4BG9A 4WFNL 3P1GA 3M8QA 4C8LA 4KHQA 4FWPA 3ZSZA 3NF6A 1B9FA 3MAQA 1XHXA 4F3OA 2VG5A 3ULEA 2DFHA 4FZXC 4JD2A 4FLVA 4CF8A 5AQZA 4M63C 3ZX3A 4BRKA 1HYSA 2ASMA 4XH1A 3TSPA 3ENOA 4OPAA 4C23A 3CCEN 4V19S 1Z26A 3CF5L 1G15A 4KTQA 4FZZA 2KZMA 2E4LA 4B3TK 4KREA 1TKDA 1JLBA 2O8BB 2QWNA 5BRFA 5M1PA 4WYBA 4FJHA 1NLVA 2QWMA 4JI6K 1W0HA 3GOIA 3U3GA 4JKAA 5EX5A 3ZX2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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