The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
234
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structure length |
224
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Chain Sequence |
SEFLTVRLSSEQYSPIPWLVWSSSQQEVIASGELSDWQQLDDLKNYAEQRPIVVLVAASDVVLTEVDIPPGASRQFESMLPYLLEDEIAQDVDDLHFSVLAKENGKAQVCGVDRRWLQHMLDAFRAQGLDVKRVLPDSLALPLDDEGISAAQLGEQWLFRHSACQGSAVDDSWMPVYLNSVACFSSLPEQQAHWLSRPVEMTMALLSQGVADGKFSLLTGEFKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the full-length ATPase GspE from the Vibrio vulnificus type II secretion system in complex with the cytoplasmic domain of GspL.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Type II secretion system protein L
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| molecule tags |
Protein transport
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| source organism |
Vibrio vulnificus
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| total genus |
58
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| structure length |
224
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| sequence length |
234
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| chains with identical sequence |
Y, Z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-05-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5TKW A; 1YF5 L; 1W97 L; 4PHT X; 2BH1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3GE1 A; 5C24 A; 4CGJ A; 2P1J A; 4LH5 A; 4NO7 A; 4CJQ A; 4E3S A; 1QSL A; 1WBD A; 5AQJ A; 1QQM A; 1A5X A; 2HVI A; 5CYM A; 1YHQ N; 2YNG A; 2ZD1 A; 1V4S A; 4BRF A; 4YOW A; 5AZJ B; 2AJQ A; 2OPQ A; 5LY3 A; 4KB0 A; 3AVA A; 1CZA N; 5KTQ A; 3DRR A; 1L3S A; 3T1A A; 1QS4 A; 4JN4 A; 4BRD A; 1IBM K; 1N6Q A; 3TAN A; 3ID8 A; 2VGN A; 5T7B A; 1SAZ A; 4LY7 A; 4FK0 A; 2J4R A; 4DV3 K; 4LF9 K; 4JKF A; 3I0S A; 2ZF5 O; 3D7E O; 1U04 A; 1CLQ A; 4GV6 A; 2D0P A; 1HKB A; 2P9P A; 1S6P A; 4AIL C; 4IXC A; 3A5N C; 4CVN E; 2IC3 A; 4JKG A; 3HM9 A; 2GWK A; 3K2P A; 1NKE A; 4FJ7 A; 3SLC A; 4JI6 K; 3MXJ A; 4BR4 A; 4DWI A; 4PHT X; 4A57 A; 3S9H A; 2CH6 A; 1IG9 A; 3IAY A; 4ILJ A; 3OBW A; 4N76 A; 3HOT A; 2OZS A; 3ZSO A; 4GMJ B; 5JLF A; 1W2B M; 1BO5 O; 1NGG A; 4DTX A; 1RDW X; 4DUY K; 3V1Q A; 2P9U B; 3GOI A; 3UIQ A; 3NVM A; 5M1P A; 2FSN A; 2E1Z A; 1UWB A; 2RE2 A; 2E1Y A; 3CM5 A; 5KRS A; 3L2R A; 1BA1 A; 4BDZ A; 2ZJP L; 4HTU A; 3MX2 A; 4OLB A; 5FLX O; 4CZH A; 4BVO A; 3OYM A; 4B3S K; 5JIC A; 4PY5 A; 1ATS A; 1WSH A; 1DT9 A; 1ASU A; 4M7X A; 1HRH A; 4DF8 A; 4BRL A; 1RDA A; 1ZBL A; 2FF6 A; 5LMU K; 3O1B A; 4PKH A; 4FJH A; 1NGA A; 4FLV A; 4ELU A; 4WQ4 A; 3OYK A; 2OPS A; 5FPM A; 2QI2 A; 3OA9 A; 1L5U A; 2G8I A; 3RSE B; 1EWQ A; 1IG8 A; 3WNH A; 2F4V K; 5M1Q A; 1TL3 A; 1KAX A; 1Q86 O; 4OPJ A; 4K25 A; 3AA5 X; 2PAV A; 3P4I A; 4PKI A; 1UA0 A; 1EO1 A; 4Z4G A; 3M8Q A; 4IJN A; 3WXL A; 3AO2 A; 3QNN A; 5AQK A; 2ZWH A; 4QAG A; 1X9W A; 3I0R A; 3S3M A; 2A3Z A; 2P9I B; 3DLK A; 4B1U B; 5AQX A; 3ITH A; 2PBD A; 2CGK A; 1EKE A; 1EX4 A; 3KLI A; 4RG8 A; 3THY B; 1BQM A; 1OVQ A; 3HTV A; 3OYF A; 2KKZ A; 2YKM A; 3TI0 A; 4M3U A; 3AVI A; 2V52 B; 1VQ9 N; 1T03 A; 1C6V A; 3R1X A; 5AFU H; 3SPY A; 3E01 A; 3DLR A; 4GNI A; 3TPQ A; 5BR9 A; 3VET A; 1EXQ A; 4FM0 A; 4DFP A; 3L4I A; 4HCC A; 4EP4 A; 4ILH A; 2ZGY A; 2HMP A; 4LSN A; 5E41 A; 1IBK K; 1N8R O; 3D2E B; 3AA3 A; 3NCI A; 3ZYY X; 2ZQB A; 3LZJ A; 3EKU A; 5I3U A; 4LF8 K; 4DF4 A; 1GLJ O; 5DM7 L; 4OGE A; 4LF7 K; 3HPG A; 1JLQ A; 4OGC A; 4KFB A; 1GLF O; 1TL1 A; 3E9O A; 1JLG A; 1NK8 A; 1H1V A; 3MEC A; 3LAL A; 4O5B A; 3HO1 A; 4MFB A; 1SUQ A; 4CHQ A; 4IO8 A; 2DFE A; 4Q0B A; 1HUX A; 4BRQ A; 4DR6 K; 3B6P A; 2DFH A; 2A6A A; 5JLH A; 3ZCM A; 5FPN A; 1V4T A; 1NK7 A; 2E2O A; 3CCU N; 1HPZ A; 1VSH A; 3JS6 A; 1IO2 A; 4F2R A; 3QEV A; 3CJ7 A; 1LW2 A; 3VF2 A; 3VEO A; 3SQ1 A; 2HHU A; 3AVM A; 3AVN A; 1SQK A; 4WCE L; 1J5O A; 4CEO A; 1E3M A; 1HR0 K; 3SI6 A; 1Z25 A; 4E0D A; 2D4W A; 1KRP A; 3ZSR A; 2D5R A; 4DUZ K; 3MN6 A; 3SMP A; 1K8K B; 3PUF A; 3ZET B; 4BR9 A; 3KLE A; 5AQU A; 1ATN A; 2O8C A; 1YTA A; 3HZ6 A; 5HRR A; 3LL3 A; 3O80 A; 4E19 A; 2YNI A; 3EKS A; 3HYF A; 1XNR K; 3K57 A; 3AAQ A; 4M42 A; 5HL7 L; 4DG1 A; 3L4Q A; 3LAM A; 4LF5 K; 1LV5 A; 1VSI A; 3OYC A; 4F3T A; 1S1X A; 1SL2 A; 1RTJ A; 4DLG A; 4H0O A; 2GTD A; 2EWS A; 4IFE A; 3ZT4 A; 2ASP A; 4O0I A; 5AFU A; 1EET A; 1LWC A; 4UQG A; 3BZK A; 1A5W A; 2OCE A; 1LW0 A; 1D9D A; 3M8R A; 3VGL A; 4HTL A; 5HRN A; 1SKW A; 3C6U A; 3EN9 A; 4CEB A; 3JAM O; 1SL0 A; 1WBB A; 2QK9 A; 4CW7 B; 4IBN A; 2BGG A; 4CHZ A; 4BAC A; 4B9V A; 4DSJ A; 4DR7 K; 3AVL A; 1Q8I A; 1RBU A; 3NVK A; 3HRG A; 4JD2 B; 2F9W A; 4H5V A; 5AQO A; 3F2K A; 1IKW A; 3ATU A; 4CBU A; 5C15 A; 2VWJ A; 2NNW A; 2P9U A; 3RRG A; 3MEE A; 4H5W A; 4WFB L; 1EWR A; 1VSM A; 4DU1 A; 3TAQ A; 3CC2 N; 3AO4 A; 1HNW K; 2A5X A; 1T7P A; 1IKV A; 4DMN A; 4CF8 A; 4BE2 A; 2UXD K; 3VEV A; 4A59 A; 1VQP N; 1VSE A; 1QSY A; 4NCG A; 4FCY A; 3EO3 A; 3VES A; 1RDD A; 4FJJ A; 3M6G A; 4ISG A; 2OTJ N; 1DTQ A; 4CJF A; 5E26 A; 5MLC Q; 3KKS A; 4LF6 K; 3CJA A; 4LFC K; 4C8M A; 3HM8 A; 3LAN A; 4YY3 K; 3EZ5 A; 4H5R A; 2F7T A; 2BH1 A; 3WXI A; 2P9N B; 3R3L A; 3RSE A; 1ZC6 A; 3CFO A; 3LM9 A; 4CJU A; 4B8A B; 3T19 A; 1Q18 A; 1N5Y A; 2IVP A; 4YOR A; 3MWT A; 3THX B; 4DR5 K; 4CEC A; 5AR0 A; 2NRR A; 5BR8 K; 5KQ8 A; 1QVF M; 4B8C A; 4NLB A; 3GG4 A; 3D2F B; 3KJV A; 1XHX A; 4CF9 A; 3HP6 A; 3SQ4 A; 4CER A; 4LC9 B; 4BQZ A; 3TAB A; 4A62 A; 3QIO A; 4CEZ A; 1T6C A; 4OKJ A; 2YKN A; 4CGH A; 2P9I A; 4DS4 A; 1RBS A; 3R6M A; 4RW8 A; 2UXC K; 2HVH A; 3KD5 E; 3SAF A; 4H0V B; 4LD0 A; 4DV0 K; 4DV6 K; 1X9S A; 3IG1 A; 3HJF A; 4CHN A; 4JI1 K; 3Q7C A; 2GBZ A; 3C7N A; 3O4N A; 3OYD A; 5J2P A; 1TAQ A; 2IDO A; 3ATV A; 4A2A A; 1RDB A; 3TAR A; 2P9P B; 4K42 A; 4RW9 A; 4K8X A; 4JKG B; 4JS4 A; 3I8D A; 2WFB A; 2E20 A; 4K41 A; 3PV8 A; 2Q3S A; 5CZ2 A; 4AH9 A; 4FO0 A; 3DLG A; 4M3R A; 4KHW A; 3D2E A; 4WF9 L; 1RCH A; 3IKM A; 1LAW A; 1HYV A; 4N56 A; 1RDC A; 1FKP A; 3QEX A; 1Q7Y O; 2E4L A; 4HUG A; 1TKT A; 3U3G A; 1FXX A; 1BI4 B; 5DK5 A; 2IAJ A; 3UKU B; 3VEX A; 2YHX A; 3QEW A; 4DFJ A; 1N34 K; 3RMC A; 3DLL L; 2QW9 A; 1K9M O; 4JI2 K; 3MAQ A; 4FVU A; 4J2E A; 3IFR A; 3E66 A; 5CHI A; 4BRC A; 3U4L A; 4NYN A; 1IH7 A; 2VQE K; 1BUP A; 3SBT A; 1NLV A; 3MEG A; 3EE8 A; 3ULD A; 2RF2 A; 3VEY A; 3OW2 M; 4B9S A; 3SBG A; 4DHY A; 4FJM A; 3T3F A; 5FRN A; 3VQ4 A; 1YF5 L; 3PX0 A; 1JLF A; 2Z1I A; 2V7Y A; 4IEE A; 2B5J A; 2GEL A; 3V9S A; 4IOC L; 1K8K A; 1X1P A; 2O4I A; 4Y0W A; 3G71 N; 4FW1 A; 1YUW A; 4C1N K; 1MWK A; 3QES A; 1TKD A; 2HBK A; 2X78 A; 1KSP A; 3H3N O; 3ZLJ A; 3WEE B; 1Y64 A; 3C6T A; 1YJW N; 2NRZ A; 3H1V X; 4B08 A; 4DQP A; 1YJN N; 3U8X A; 3WXJ A; 1KLM A; 1S3X A; 2QWQ A; 4Z4C A; 5H1S Q; 4I9L A; 5AQW A; 3CFR A; 3AA2 A; 3JSM A; 3UE5 A; 3PY8 A; 1NNE A; 3NFA A; 1KFD A; 2A42 A; 3P1G A; 4PL8 A; 3MN9 A; 3SQ2 A; 3V9W A; 3G0Z A; 3E9L A; 4NXM K; 4V19 S; 2DPN A; 4C23 A; 1X3N A; 1Q82 O; 3WNE A; 4DTS A; 4O8K A; 1DTT A; 1I3A A; 1YT3 A; 2QWM A; 3HSC A; 1VQ4 N; 4B3O A; 3G4S N; 5BN9 A; 3AGR A; 3SYZ A; 4JHD B; 3CF5 L; 4I6M B; 4BE0 A; 3V6D A; 1RTD A; 4B9M A; 1Y97 A; 3CJC A; 4JD2 A; 1JCE A; 1WSG A; 4A5B A; 4HCB A; 1HPM A; 3K5N A; 4KPY A; 4BC5 A; 3MMV A; 2WOM A; 2IOC A; 4FWP A; 5BRE A; 3KWI A; 4KKO A; 3TU5 A; 4WQ5 A; 1MU2 A; 4FJI A; 5HBM A; 1BWF O; 4JS5 A; 1NK6 A; 1NJY A; 2F8T A; 4BE1 A; 3W3D A; 3V1O A; 3O9T A; 3VOV A; 1QQC A; 4CGF A; 1ATR A; 3D6R A; 3L3V A; 4QCL A; 2QWP A; 4YOV A; 1WSE A; 2I7N A; 4BG9 A; 3OS2 A; 1VK0 A; 3FR0 A; 2ATQ A; 2EHG A; 3DXM B; 4CEE A; 2P9N A; 3RVC A; 1YJ9 N; 3T1Y K; 1NGB A; 4IJA A; 4FJ8 A; 3KLG A; 1B92 A; 2HBL A; 2YNH A; 3LAK A; 1D5A A; 3I55 N; 1JL2 A; 1S1U A; 3O8M A; 3THX A; 1U47 A; 4J8F A; 1KFS A; 4JRP A; 1WNS A; 4B9L A; 3CCJ N; 4CCH A; 3SZ2 A; 5IWA K; 4JLH A; 3OS0 A; 2IGI A; 3QB0 A; 1E4F T; 3D2F A; 4HUE A; 1CZ9 A; 1LCU A; 3VER A; 3PIP L; 2IIR A; 4O55 A; 3H08 A; 4A5A A; 3CFP A; 1XI1 A; 2HHV A; 2ZGZ A; 3CPE A; 4FLZ A; 4E7I A; 2O8C B; 1NK0 A; 3DJC A; 4C8L A; 2Q36 A; 1KD1 O; 5AQH A; 2YHA A; 2FF3 B; 1RTH A; 3V9U A; 3AO5 A; 2HB5 A; 3J8A A; 3DLH A; 1VQN N; 2CGL A; 3EYZ A; 4KAZ A; 3U6F A; 3P38 A; 3TAM A; 2E2N A; 2ASO A; 3ZT3 A; 4FOI A; 3QIN A; 4RTF D; 3NE6 A; 1NKB A; 3VQE A; 2QXL A; 3C95 A; 3VN5 A; 4XH4 A; 4FK2 A; 2O8B B; 2PFU A; 3CCQ N; 1KVA A; 1KCF A; 1HKC A; 5AQQ A; 3B6O A; 3ASM A; 3C6H A; 4FWO A; 1D8Y A; 3CQX A; 2F96 A; 5JMV A; 4QS7 A; 4JRQ A; 3VQ9 A; 5C42 A; 4FPA A; 5J2Q A; 4HWI A; 1VQM N; 2OPP A; 3DWL A; 2E88 A; 5KGX A; 1IJJ A; 3S3N A; 5BRD A; 3LM2 A; 1BI4 A; 3QET A; 3F9K A; 3UKU A; 1Q9X A; 1QZ6 A; 2YJE A; 3O3G A; 3QIP A; 4W5O A; 4FLT A; 5AQR A; 3WQT A; 4O4G A; 3A8Y A; 3CIP A; 4L8R B; 3RMD A; 5FPD A; 1TGO A; 1ASW A; 3HVR A; 5M1O A; 5JVG L; 3AO3 A; 3P83 D; 3T69 A; 1BL3 A; 3ALY A; 3IDH A; 4BRO A; 4AQY K; 1NJI O; 4AM7 A; 1OH6 A; 4OLA A; 5JS1 A; 4DTM A; 2FBT A; 3VPZ A; 4CHO A; 4O5F A; 3FZM A; 2HF4 A; 4TSX A; 5CYQ A; 2HNY A; 4EZ9 A; 4E1N A; 3RWU A; 3CMA N; 2UU9 K; 3EEQ A; 3CJB A; 3VA0 A; 3P5J A; 3OYB A; 2X74 A; 4BC3 A; 2Q97 A; 1SKR A; 3SUO A; 2P5O A; 5J1E A; 4E89 A; 4CJW A; 2CH5 A; 5BPM A; 4CGG A; 3FZL A; 3E9P A; 4DCH A; 3KWG A; 5M1N A; 5HRS A; 4O0J A; 4CK3 A; 3WEE A; 3ZSY A; 2O8D B; 1ILY A; 4CF1 A; 2NRT A; 5EOY A; 4L3Q A; 3LWM A; 1S9E A; 3FZK A; 1S6Q A; 3K9K A; 4IG0 A; 1YXQ A; 4FZY A; 2V51 B; 4CEQ A; 2FBV A; 4DU4 A; 5KPZ A; 5HRO A; 4H5N A; 3C7N B; 1U49 A; 1T05 A; 3EL2 A; 3HP9 A; 2ZJQ L; 4PKG A; 5HP1 A; 3D0P A; 2YHW A; 4JK8 A; 4FWK A; 4EHU A; 2G8U A; 5AQL A; 1BDG A; 1J6Z A; 3THW A; 3G25 A; 4JHD A; 4I6M A; 3EZW A; 4ID5 A; 3L2Q A; 5ELZ A; 3O9R A; 5J2N A; 3A0I X; 3CER A; 4YDU A; 3IUC A; 4PL7 A; 1NJZ A; 3KK1 A; 5EU7 A; 4Z0U A; 2I5J A; 5LL6 Z; 2BUP A; 4JI7 K; 1JXB A; 4LFB K; 4H4M A; 2QKB A; 1SV5 A; 5M1K A; 2FSJ A; 3J7A P; 2WTU A; 3L8B A; 1FKO A; 2QA4 N; 4CJE A; 1RT3 A; 5IT9 O; 5EY4 A; 1Z6R A; 4CEA A; 5K14 A; 4CBX A; 3CD6 N; 2D1K A; 4GV3 A; 4KRF A; 3RMB A; 3MCA B; 3B8A X; 3DXM A; 2XO7 A; 4B9U A; 4UY8 O; 3TAG A; 4FWL A; 4WE1 A; 3KTQ A; 4MDB A; 3V9Z A; 3G6E N; 1QZ5 A; 3HI0 A; 4FL9 A; 3BDP A; 1K73 O; 3SAH A; 5DM6 L; 1YVN A; 1NJW A; 4FJN A; 3OS1 A; 3MN5 A; 3VQQ A; 4OVL A; 1WAF A; 1YIJ N; 3CCL N; 3LP2 A; 4CIG A; 2G8W A; 3KD1 E; 1EP4 A; 3FLC O; 3QEI A; 5C12 A; 3LPT A; 4CJS A; 2O8F A; 4M7Y A; 3OJS A; 3RMA A; 4C8N A; 3HT3 A; 1BOT O; 1UA1 A; 1ZBS A; 2WC9 A; 1JL1 A; 4JI8 K; 1SZ2 A; 3AVK A; 4DTP A; 4JI5 K; 3PX4 A; 5C0Y A; 4YOT A; 1RDU A; 2GWJ A; 4E1M A; 5F1X A; 4QS9 A; 3NBP A; 2E5L K; 4Z4E A; 1VHX A; 3V1R A; 3LP1 A; 4PWD A; 4BG8 A; 2X6S A; 4ILG B; 1NM1 A; 1MA9 B; 1JCF A; 4NB4 A; 1UAX A; 2NZT A; 3AVG A; 4EAH D; 2KZM A; 4H5T A; 3CCV N; 3ZX0 A; 1VQL N; 3CC4 N; 4CZF A; 2O8B A; 1RT2 A; 2XHB A; 2DY4 A; 2JWL A; 5EXW A; 3C94 A; 1SKS A; 4BRH A; 3JXU A; 4Z94 A; 3BZC A; 2HMI A; 4R5P A; 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