4QAGA

Structure of a dihydroxycoumarin active-site inhibitor in complex with the rnase h domain of hiv-1 reverse transcriptase
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
LWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of a Dihydroxycoumarin Active-Site Inhibitor in Complex with the RNase H Domain of HIV-1 Reverse Transcriptase and Structure-Activity Analysis of Inhibitor Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 40
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4qagA00
1TK5A 4DQPA 4HCCA 2ZQBA 3K2PA 2ITGA 3MAQA 4HUGA 4BE1A 1BI4A 3OYMA 1RT3A 2Z1HA 3C6TA 5J2QA 4QCLA 3C95A 1KCFA 1VSIA 4CFAA 1HYZA 3TAGA 1KVAA 2ATQA 3AV9A 4DTNA 4B9NA 3G0ZA 1R0AA 3QNOA 4FJKA 1ZBFA 3AVAA 3HPGA 3OS1A 1RTIA 3D0PA 2VG5A 3QEXA 2IAJA 2Q3SA 4N47A 3NCIA 4CIEA 4W5TA 1XC9A 5HLFA 3HJFA 1LAVA 2B6AA 4C8OA 1TKDA 3ALYA 2KFNA 3F9KA 1JLFA 1S1UA 3LALA 3T19A 4AHTA 4FJXA 4AILC 2G8IA 2KZMA 1X9SA 4ICLA 1JLQA 3EY1A 4IG3A 1HJRA 3SPYA 3SPZA 4FJ7A 3F73A 2D0BA 2D0CA 1U47A 3AO5A 3UIQA 1JKHA 1TGOA 5KI6A 1U45A 4N56A 2HW3A 4CK3A 1VSLA 2NUBA 2HNDA 4LSNA 1NKBA 2HHXA 3MECA 2EHGA 1U04A 2IOCA 4E89A 3HP6A 2O4GA 1RDAA 2YHAA 3DRRA 4CJLA 4KB0A 1B9FA 1CZBA 4DS5A 3L2UA 4CJTA 4CJ5A 1RTHA 4CF0A 5FDLA 3HP9A 1BIUA 1S9EA 4CK1A 2B4JA 1CZ9A 4C8NA 3CM5A 4CJFA 3EYZA 2HMIA 4DTPA 1JLEA 2OZMA 3QIOA 1VSJA 3HPHA 3JYTA 3NGYA 2YKMA 3ZSOA 3ZT1A 4E3SA 3PO5A 3RR7A 4GW6A 3D45A 4HVJA 4DTUA 4ELUA 1RBVA 3V1QA 2HVHA 3TR8A 1BQNA 3JSMA 1QSLA 4EP4A 4FXDA 4F3OA 1WAFA 4FJLA 3PV8A 3AO4A 2FBYA 3EZ5A 2X6NA 4I9LA 4EP5A 4CJKA 1BCMA 3AVCA 4DTMA 3RMBA 2F8SA 3HVTA 1VSKA 1HQEA 4DTXA 3KTQA 2GBZA 4CF1A 1S1TA 4DWIA 2DY4A 1BHLA 4CJQA 4M3WA 3VQPA 1Z25A 4DSJA 1RNHA 2QKBA 1FKOA 2RKIA 4CEQA 4DLGA 1QE1A 3VA0A 1YT3A 4KV8A 1KFSA 4I2PA 3QNNA 4E1MA 4O4GA 1TK8A 4KB1A 2BE2A 3HL8A 3KIOA 4M45A 3O3GA 3OYBA 2W42A 3KD5E 4HCBA 2RF2A 1RDDA 4E7LA 4ELTA 1JL1A 3O4QA 1SL2A 2XRIA 4BDYA 1I39A 3OYNA 4DTSA 1T8EA 4DSIA 3NF6A 4IFVA 3ZSXA 4OPJA 1HMVA 3TAEA 1VSDA 3NH2A 3MEEA 1QQCA 4CHOA 4ZTFA 1Q9XA 3KLIA 3IRXA 2P5GA 3BDPA 3VQ7A 2HB5A 2G8FA 4FK2A 3B6OA 3OJUA 4JRQA 4BDZA 3U6FA 3SQ2A 4OGCA 3MXIA 1TL3A 4CJSA 1WSFA 1NK6A 2F96A 5C42A 2KZZA 4PA1A 1SUQA 5J1EA 3QIPA 4FLXA 5KGXA 3PX6A 2IDOA 4Z4GA 3OS2A 4W5QA 3NH1A 1KSPA 4FZXC 4DQQA 1SKRA 4CJUA 4XIUA 3KK1A 1RBSA 4OKJA 1IKXA 5KGWA 4R5PA 2IC3A 3V81A 4FZYA 3PUFA 1S6QA 3S3OA 3AA5X 3ZT3A 3AVGA 4FW1A 2Z1JA 4IFYA 5T7BA 3SI6A 3TAPA 1LWEA 3VQEA 1NJWA 4O0IA 4KHSA 3O3FA 1NK0A 3SZ2A 2DFEA 3AO1A 4F3TA 3P5JA 1IO2A 2A1SA 3A2FA 4KFBA 3ZSRA 1C6VA 4CHQA 3NDKA 1LWFA 5CY4A 2IGIA 3C94A 3ZSWA 4ZHRA 1RILA 1HNVA 1B92A 3DLKA 1X9WA 3HO1A 3NBPA 1XI1A 4DTOA 3KLEA 1HRHA 1T03A 4KREA 3L2VA 1DTTA 3OYFA 3V9XA 5E41A 4CF2A 4Z4FA 3VQBA 4B9UA 4CHPA 3AVFA 1UAXA 3NF7A 2OPQA 4ID5A 3NFAA 3NHGA 4HTUA 4DSEA 4B9LA 1JL2A 3VQCA 2EX3A 3I8DA 4FM1A 3PX0A 1UA1A 5D3GA 3AO2A 4K8XA 1TK0A 3K57A 2OPRA 4FZZA 4BWJA 2PZSA 3OVNA 4IDKA 3TI0A 5KRSA 1BISA 5FRMA 4DTJA 2E4LA 1J54A 1MU2A 1QTMA 3G10A 4DQRA 3SUNA 3TAQA 4OKKA 4MFBA 4CEFA 1SL1A 4O44A 3IAYA 4FJ5A 4B9TA 4FJ9A 2P51A 1A5XA 3LPTA 4L8RB 2VWJA 1SKSA 4DSKA 3P1GA 3CFRA 4FJMA 3RWUA 1ZBIA 4B9SA 3L8BA 4Z4HA 1GOAA 1Q8IA 3RTVA 1BIZA 3U3GA 1U48A 4IG0A 3QEVA 1T05A 2XY7A 1D8YA 1XWLA 3HM9A 1DTQA 1VSEA 1VSMA 4AHVA 4DG1A 5KRTA 4FK0A 4PWDA 3DLHA 1QSYA 3VQ5A 4M3TA 4BE0A 5HROA 2GV9A 2Z1GA 3SJJA 1WLJA 1L5UA 3OS0A 2X6SA 5HRNA 4KO0A 3V9SA 4LSLA 4DSLA 2LSNA 3LANA 1NK4A 4KTQA 4CEOA 4PQUA 1KTQA 5CZ2A 1WAJA 4O5BA 4CFCA 1HPZA 1C0UA 3ITHA 4F2RA 4M3UA 4Z0UA 5FRNA 1FKPA 1TKTA 2DFFA 3V6DA 3LDSA 1ZYQA 4DLEA 3K5NA 3AVIA 4GVMA 3NGZA 3MXJA 4Q5VA 1ITGA 1RDCA 1Y97A 3AA3A 3V1OA 4DFJA 1WSEA 1NKCA 1J9AA 1CXQA 3OYDA 3DOLA 1U49A 3K5LA 2HNYA 3K59A 3T3FA 4F2SA 4FJNA 1S1VA 3E01A 4CEDA 2YNGA 2HHVA 1L3SA 1TAQA 2WONA 4LH5A 1RT7A 1VRUA 1VK0A 4CJPA 3P83D 3TABA 3RMAA 1EX4A 3MEGA 1SV5A 5HP1A 3RRGA 4CGGA 3CQ8A 4C8LA 3LWLA 3DM2A 4LD0A 3AVHA 4YFUA 3DLBA 3S3MA 3HXMA 3LZJA 1C1BA 3VQ8A 4N41A 4NCAA 4PUOA 3T1AA 1LW0A 2YV0X 4C8KA 4FW2A 3O3HA 1VSHA 3OYLA 4CJRA 3KK2A 4DU3A 2JGUA 3SYZA 4O0JA 3MXMA 1SL0A 1RT4A 1RBRA 1NJZA 2YKNA 2KQ2A 2XHBA 1RCHA 4FLVA 4FVMA 1LV5A 2RN2A 1XHZA 2A1RA 5SZTA 1C0TA 4Y1CA 3SV4A 3VN5A 1NOYA 3AVJA 3L2WA 4HUFA 3DOKA 1WSJA 3LAKA 1O1WA 3SQ0A 1NKEA 4CFDA 1ZBUA 2XY8A 3AVLA 1HQUA 2HVIA 1LW2A 3ZT4A 4CJVA 2FBVA 1J5OA 1ASWA 4OVLA 4J2DA 1BL3A 5CYMA 4B9MA 4I9QA 3O4NA 4KHQA 3QLHA 1YTUA 4QAGA 2PYJA 1DLOA 3LAMA 4FCYA 1U4BA 1Q9YA 2ZD1A 3NH0A 4ID1A 3B6PA 4JRPA 3CFOA 3HYFA 3AA4A 5EU7A 4CE9A 2PYLA 3LP3A 2X74A 4CHNA 3ZSVA 2G8VA 4UQGA 1ASUA 4KTWA 1JXBA 2QKKA 1TKXA 1B9DA 3VQDA 4CF9A 4FM0A 3L3UA 4DQSA 2D0AA 1BCOA 4CFBA 3OYJA 5JS2A 3HSTB 3KLFA 3K58A 4DFKA 3MEDA 4CGFA 3PY8A 2QK9A 3U3YA 2HHWA 4NCGA 2KW4A 4JS5A 4QOZB 3LPUA 3QO9A 2DFHA 3NF8A 2OPSA 1YVUA 5HRRA 4EZ6A 1X1PA 3AO3A 4OKEA 3ZT0A 4K8ZA 1S6PA 4DFMA 2VG6A 1BQMA 1KLMA 1ASVA 1EP4A 4FK4A 5DMRA 3HK2A 3VQQA 4F8RA 1S9GA 4NYFA 4Q0BA 4KI6A 4W5RA 3OJSA 3HPOA 2XY6A 4Y1DA 1JLCA 2ZE2A 2G8UA 1L3UA 1C1AA 3KKRA 1KVCA 3OYAA 4E7KA 4FLYA 4H4OA 4CESA 4CGDA 4E7HA 4DF4A 3LZIA 1CXUA 4E0DA 1Z26A 4PY5A 1REVA 4CEEA 4RW4A 2PY5A 2JLEA 3LP2A 3L2QA 1L3VA 3DLRA 3KLGA 1J53A 4LY7A 2GUIA 1QS4A 3KLHA 3SCXA 4I2QA 3SNNA 1WSHA 1LWCA 2E6LA 4KKOA 3M8QA 1A5VA 4H4MA 4G1QA 1S5JA 4E19A 4E7IA 3QEWA 3ULDA 1WSGA 4B8AB 4CGJA 4FJHA 1ZBHA 1BI4B 1XHXA 4B3OA 1EKEA 4JS4A 1YTAA 4RW6A 1IKYA 3AVNA 4DU1A 3V1RA 4FLTA 3LP1A 3VA3A 1TAUA 3K5OA 2O4IA 3I0RA 3CFPA 4RW8A 5I42A 4J2AA 3PO4A 1VSFA 2P1JA 3DYAA 2YNIA 1FXXA 1QSSA 4IKFA 4KI4A 4FYDA 1UWBA 4ZTJA 2KFZA 3PX4A 2BANA 1TV6A 3V9WA 2G8WA 3KKSA 5HRSA 2Y1IA 4OGEA 4OLBA 1RT1A 1TVRA 4M3RA 4N5SA 4HUEA 3L2RA 3KK3A 2HHUA 4AHSA 4OPKA 3QETA 4J2EA 3QEIA 1HYSA 4TSXA 4AH9A 3NE6A 4W5NA 1ZBLA 4AHCA 2BGGA 4CIGA 4GMJB 3NF9A 3VQ4A 1C1CA 3AVKA 4M3ZA 4FM2A 2AJQA 4RW9A 3OYKA 5KTQA 4KHWA 3DLEA 3DRSA 4MQ3A 4CEAA 4FLZA 3V9UA 3ZCMA 4DF8A 1RBTA 1N6QA 1RT2A 3TAFA 1JLBA 3AVMA 5C24A 2YNHA 3M8SA 5J2NA 2Y1JA 2IS3A 1UA0A 4DU4A 5HBMA 4CK2A 3H08A 2RPIA 4KTZA 4BE2A 3VQ6A 3OYIA 4RW7A 2B5JA 4ELVA 2I5JA 3TAMA 1K6YA 3I0SA 3M8RA 4E1NA 4HHTA 4KHNA 4I7FA 3OYGA 2FBXA 5HRPA 4FLUA 1IG9A 3ZSQA 4LH4A 2KTQA 1T7PA 3QESA 4KAZA 3KJVA 4KRFA 1NK7A 2FC0A 3NAEA 5C25A 1GOCA 4CCHA 2WOMA 4CJ3A 2ETJA 1EETA 3DI6A 3V9ZA 4CGHA 1NK5A 3OY9A 4BACA 3AVBA 1JLAA 1HYVA 2D5RA 4CGIA 1NK8A 2G8HA 2XO7A 2VWKA 1W9HA 3WNGA 3SV3A 1NJYA 4CF8A 2G8KA 4AHRA 4EZ9A 3C6UA 3DRPA 5CYQA 5DK5A 4Z4CA 3TARA 1KRPA 4KPYA 5JS1A 2P5OA 1RBUA 2Z1IA 4CHYA 3LP0A 2F8TA 1GOBA 2VG7A 1RDBA 3VQ9A 4NCBA 2HHQA 4RG8A 4FJJA 3LWMA 1NOZA 5K14A 3OYEA 3RMCA 2HHSA 1D9DA 2BDPA 3ASMA 3BGRA 4NYNA 4CJ4A 3SUPA 3CG7A 3KD1E 4FJ8A 2YHBA 1C0MA 1FK9A 4W5OA 3CM6A 1JLGA 4WE1A 3IS9A 4J2BA 4CJEA 4Z4IA 1G15A 1UOCA 3FFIA 4CERA 4CEZA 4H8KA 5SWMA 4YNQA 3RRHA 5I3UA 1S1XA 3OYCA 3DMJA 1KLNA 1A5WA 3DLGA 2DTUA 1LAWA 3ZSYA 1NJXA 4M3XA 3HVRA 3TWHA 2R7YA 3THVA 4B08A 2X78A 2FBTA 2OPPA 3CYMA 1EXQA 4IBNA 4OJRA 1D5AA 4AHUA 4CHZA 3V4IA 1SKWA 4BWMA 1W0HA 3K5MA 3HT3A 1IKVA 4DSFA 3S9HA 4CECA 4JLHA 4OLAA 3SQ1A 4C8MA 1RTJA 2YNFA 3SUQA 2E6MA 1IKWA 3OYHA 4DQIA 1KFDA 4DS4A 4M3YA 4O55A 4FLWA 3SQ4A 4DMNA 4KHYA 4CEBA 3TANA 5J2MA 1S1WA 5J2PA 3ZT2A 1HNIA 2QXFA 3S3NA 3AA2A 1BGXT 1N5YA 1L3TA 1TL1A 3M8PA 1JXEA 4E7JA 1NK9A 4BDPA 3IG1A 3QEPA 2XY5A 1IH7A 4M41A 3WNHA 3VQAA 1QHTA 4M42A 4B8CA 1CLQA 1TKZA 3ZSZA 4B9VA 4FJGA 4N76A 2OZSA 3WNFA 4KHUA 3SUOA 3L3VA 3ISNC 1WSIA 2HNZA 1KVBA 4DTRA 1D9FA 4FJIA 3WNEA 3RR8A 3QINA 2HHTA 1WN7A 3RMDA 2OA8A 4CIFA 3NGIA 4CJWA 1X9MA 2OYQA 4DFPA 4F4KA 1RTDA 1I3AA 4Z4EA 5CZ1A 1RT5A 1F21A 5FROA 3QERA 1WNSA 1VRTA 1RT6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HCCA 3K2PA 2ITGA 3MAQA 1RT3A 2Z1HA 3L6QA 3TAGA 2ATQA 3AV9A 4DB3A 3G0ZA 4FJKA 5MLCQ 5JVHL 1NGAA 3S41A 5GAEP 3NCIA 4BY9C 5HLFA 2ZF5O 3HJFA 3C6AA 4DR2K 1TKDA 2G8IA 2QWNA 1S1UA 4FJXA 3Q7CA 2O8BB 1ATSA 4FJ7A 1U47A 2D0BA 1JKHA 1TGOA 5KI6A 1X3MA 4H5VA 2HNDA 3BP8A 1NKBA 1NU0A 2NRWA 3EEQA 3HP6A 4YOWA 2YHAA 3DRRA 1XMOK 3QMLA 2O8EB 2YX6A 3L2UA 1RTHA 5FDLA 1BIUA 2F7TA 4C8NA 4DTPA 1JLEA 4CW7B 1VSJA 1OH5A 4JI0K 3DWLA 3WQTA 4B1WB 3ZT1A 3RR7A 5FPDA 3J7AP 1RBVA 4EHTA 1BQNA 5AQMA 4EP4A 1HR0K 4FXDA 2X6NA 4RCHA 2NRXA 4CJKA 3HVTA 4DTXA 4CF1A 1S1TA 1Z25A 4DSJA 1VQ8N 1VHXA 3VA0A 4KV8A 3QNNA 4KB1A 3CIPA 4M63C 1RDDA 3LL3A 3VF4A 3QBXA 4DTSA 1T8EA 4AF1A 5ADXH 1HMVA 5GAHP 3MCPA 2P5GA 2HB5A 4RWTA 3OJUA 2Q0RA 3SQ2A 1YUWA 1WBDA 4FWNA 4JI7K 2F96A 3ZX2A 1N32K 4FZXC 1NGGA 1K9MO 1RBSA 4OKJA 5KGWA 4MLEA 1HKBA 5CHIA 1S6QA 2NRTA 3AA5X 1NNEA 3AVGA 4FW1A 4IFYA 5T7BA 3TAPA 3SI6A 1NJWA 4KHSA 3SZ2A 2DFEA 1IO2A 4CHQA 1ATNA 5AQFA 3ZSWA 4ZHRA 1Z05A 1X9WA 3KHYA 4AM6A 3RSEA 4DTOA 1K8KA 4Z4FA 3IFRA 5AZJA 4B9UA 4CHPA 4U7BA 2OPQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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