4WCEL

The crystal structure of the large ribosomal subunit of staphylococcus aureus
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
MISKIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insights into species-specific features of the ribosome from the pathogen Staphylococcus aureus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S rRNA
molecule tags Ribosome
total genus 20
structure length 110
sequence length 110
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wceL01
1YJ9N 4U67L 5GADP 3G6EN 4IO9L 1K73O 1Q86O 3CCJN 1VQ7N 3CMEN 5MLCQ 3J7ZO 3CCLN 3CCMN 3DLLL 1Q7YO 1VQ8N 1VQ9N 1VQ4N 1YI2N 4WCEL 5H1SQ 1VQPN 1VQKN 2QA4N 1N8RO 5GAHP 3G71N 1NJIO 1VQNN 1Q82O 3CMAN 4WFNL 1OVYA 3I56N 3CD6N 1ILYA 3CC4N 3CXCM 2ZJRL 5JVGL 1KQSM 5HL7L 1YIJN 1VQ6N 1QVFM 1S72N 5DM7L 1K8AO 1VQMN 3G4SN 3OW2M 3CCSN 1JJ2M 3CPWM 4IOAL 4WFAL 1YJWN 4WFBL 1KC8O 1VQ5N 1K9MO 3CCQN 2OTJN 2QEXN 1QVGM 1VQON 5DM6L 5GAEP 4UY8O 3CCRN 1M1KO 1VQLN 1YHQN 3CC7N 1M90O 5JVHL 3CF5L 4IOCL 1YITN 3CCUN 5GAGP 3CC2N 1Q81O 2ZJPL 3PIPL 2OTLN 3I55N 4WF9L 3PIOL 3CCVN 1KD1O 2ZJQL 1YJNN 1W2BM 3CCEN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NUBA 1J54A 4BRKA 2HHHK 3B6OA 4KTZA 5HLFA 3TABA 1HNZK 1ASWA 1O1WA 4QAGA 3L4IA 3J81O 2OZMA 2BTFA 3OHRA 4ZTFA 3E9LA 3F73A 4BVOA 1OH7A 3NHGA 1X1PA 5HRNA 3KD5E 4B3OA 4FXDA 4WCEL 3NBPA 1VRUA 4ICLA 4RW7A 2QI2A 1T8EA 1NNEA 4KHSA 3MXJA 4X66K 1KTQA 4HWIA 3U9ZA 1YVNA 3U3GA 2R7YA 2X78A 4HTLA 5DK5A 2PBDA 2F8TA 1JCGA 3CC4N 3CXCM 3SCXA 2RPIA 3KK3A 2E1ZA 4RG8A 1XQSC 5JMVA 1XMOK 3SMPA 4OKJA 4FZZA 3CJ9A 3T69A 4BRMA 3QESA 4DSLA 1QSLA 2HNYA 5ADXH 4CEDA 1YAGA 3SUQA 5FPNA 1K8KA 3L2UA 3WXKA 2P9IB 4R79A 4JKBA 4HUGA 4WQ5A 1RDCA 1YJWN 1LAVA 4BR0A 3HPHA 3S41A 4E19A 2A40A 5LY3A 4CZEA 3ATVA 3HXMA 3MX2A 4M3WA 1N36K 4FJHA 3ALYA 3FFIA 4DSFA 4DQ8A 1RTHA 4ILGB 2W6KA 1NOYA 2O8DB 4NCBA 1Y64A 2YNHA 3JSMA 1A5WA 3TPQA 2FBYA 3NFAA 3LP1A 5BRFA 4YNQA 2NRZA 3DOKA 3L2RA 5GIPA 1LOTB 1S5JA 1U48A 1RDBA 1SKRA 3IG1A 4FLXA 4H0OA 4C8KA 3QNOA 1L3VA 3VESA 2IC3A 1DKGD 4EZ6A 3K5OA 3WEEB 3AVAA 1FKPA 2IGIA 4I9QA 3A8YA 2Y1IA 1TL1A 3EYZA 1GLEG 1MU2A 1BDGA 4CIGA 4Y1CA 2EX3A 4CHYA 1BO5O 1EETA 4G9ZA 4FYDA 4JAXA 4YFUA 4K42A 5AQPA 3OYBA 3VQDA 1TYQB 1JL2A 3NGIA 2O8EA 2XY8A 2D0PA 3O9QA 4KREA 4AHRA 5M1QA 1BU6O 4CEQA 4WYBA 3NF6A 3ZETA 4J2EA 1VQNN 4M41A 4KH4A 1BISA 4IJAA 3G0ZA 1IH7A 2KTQA 4BY9C 5HROA 2P9PA 3K2PA 5CHIA 3CM6A 1YIJN 3V9UA 4JI0K 4FM1A 4B9VA 4LD0A 4AHCA 4BRPA 1GLDG 2P5OA 5IT9O 3R1XA 1S6QA 1IJJA 3J8AA 3QEPA 1OH8A 4DLEA 1KCFA 5M1FA 4PA1A 1RNHA 2JWKA 5FLXO 4WE1A 2NNWA 4WFBL 4OX9K 4CERA 2BUPA 3CJ1A 5I9EB 4DQSA 3AO2A 2O8CB 1HNXK 3H6EA 4CEEA 1UA0A 1HUXA 4JK9A 4PL7A 1RGIA 1JLGA 4NYFA 1XC9A 1WSFA 2E2QA 5CZ2A 4OO1J 3TSUA 3RRHA 3TTDA 3AO4A 1U2VB 4JK7A 4RCHA 3THWB 3VQ7A 4RW4A 3MN5A 5AZIB 1BHLA 1RDDA 3TANA 3VQ6A 3NGYA 4OGCA 4H03B 3CCVN 4ZTJA 4KO0A 2RKIA 4FWQA 3Q7CA 3SQ0A 1X3MA 3G25A 4Z4CA 4IO9L 1XNQK 4CEFA 1UAXA 2YHWA 3DLRA 4DUZK 4CJ4A 1D9FA 4GVMA 4JNEA 1S1TA 2HBJA 5JICA 3TSQA 4DLGA 3TU5A 4CJUA 4CVNE 4GKKK 3HOSA 3ZYYX 1WBBA 1LWCA 4GY2B 4FO0A 5FPDA 3BDPA 2HF4A 1ZBUA 3LDSA 1NK5A 1LV5A 3KLFA 3U9DA 3V9ZA 3P4IA 3H08A 2QWPA 4DV2K 2XY6A 2BDPA 5AQSA 4O4GA 3TSPA 4FL9A 1FW6A 3H1QA 3GL1A 3VGLA 1KFSA 2NRTA 2YHYA 3AY9A 4O0JA 3V6DA 1VQ6N 2KQ2A 4WQ4C 1FK9A 2VCPA 4A57A 4E7LA 4J8FA 1VQMN 4DS4A 4XEIA 4IG3A 3TWHA 4CZFA 4OPHA 2YJFA 3HP6A 5C24A 2YHAA 1SL1A 4CF0A 3NDKA 1QQOA 2JLEA 4Z4EA 1VSJA 3OYCA 4BRFA 1VQ5N 1K9MO 4IDHA 4OGEA 1DT9A 3T1YK 1HKBA 3O1WA 5GAEP 3WXLA 3ZT1A 3THXB 4H0PA 1GLJO 1MWMA 1BIZA 1F21A 3CC7N 3U8XA 4MLEA 2H3GX 3AVNA 4JI2K 5KTQA 3RMBA 4BR7A 1QQNA 1BQNA 3A5LC 2YNIA 1R0AA 3T7ZA 2HHUA 5AQUA 4FJKA 1C0FA 1LWFA 4BG8A 4BRQA 4NCAA 3I55N 3SUNA 4DR6K 1TAUA 2CH6A 4B9MA 4BRCA 5EXWA 1NGJA 2PY5A 3T3FA 3HP9A 4F2RA 5BPLA 2VG7A 4H5TA 3DMJA 2FLOA 3HK2A 3H1VX 4CJFA 4HHTA 3P5JA 2ZQBA 3TTFA 3RR8A 1KFDA 5CE3A 4W5TA 4B9LA 2P51A 1JLEA 4WQ4A 4JKGB 1S1VA 1X9WA 3VQEA 4C8NA 3V1OA 1C1AA 3TAEA 3OYGA 3WNHA 3PY8A 1EWRA 2HHWA 4BE2A 3V9XA 3MECA 5E84A 3AVLA 5J2NA 4NLCA 5KQDA 4BGBA 1V4TA 3GOIA 2P9UB 3K57A 3KJVA 2VG6A 1NG9A 3SPYA 1RT2A 4LF8K 4BWMA 1WLJA 4FWMA 4FLYA 1NKBA 3P38A 5JVGL 3L2VA 3AO3A 2G8WA 1ZBFA 3FGUA 4FSVA 3V81A 4KPYA 4FJLA 4FJNA 4CEZA 3SQ2A 5TKWA 4NXMK 4H5VA 3C7NB 2GEMA 1SKWA 1IBLK 1DTQA 4C8MA 1SS6A 3VEOA 1EKEA 5AQQA 3RSEA 1EXQA 1NKEA 4IOAL 4E7JA 3FR0A 2W6LA 1W7AA 2PYLA 3DLEA 1KVBA 4LFAK 3LM2A 3LWMA 4GKJK 3KKSA 4KAZA 5JS1A 3DLGA 4A2BA 1YVUA 2HNZA 2OTJN 3B6PA 2QEXN 4FLVA 2BE2A 3DLKA 2VGNA 2QKBA 2E1YA 4DU4A 3MXMA 3I8BA 2GTDA 3KK2A 2OANA 2NRRA 3V9SA 1WN7A 1Q18A 3SZ2A 4KB0A 5C42A 2XHBA 3J80O 3CC2N 2PZSA 1W0HA 1WAJA 3ZCMA 1HQEA 5E26A 3MDQA 5EOYA 3VMFB 4I6MB 2NRXA 4BR9A 1T05A 1XHXA 1HR0K 1RTDA 1KVCA 4CFDA 4AHTA 1D9DA 1TGOA 4FWNA 3CCJN 3SV4A 1NK7A 5D3GA 3VENA 3WXMB 2D0CA 4DR4K 5KGXA 3CJCA 4O8KA 2GELA 4ELVA 1VQ8N 5AQFA 1Q9YA 4M3UA 3GG4A 4FW2A 1KAZA 2BANA 2UYTA 3M8QA 4DTNA 4L8RB 2IS3A 2G8FA 4NCGA 4AHVA 4DR1K 1SL2A 1DGKN 1JKHA 4JKFA 3O3HA 3V1RA 4CJKA 3HM8A 5GAHP 2XRIA 1BA1A 4CIFA 4FJ5A 4MDBA 1HYSA 3IFRA 3WQUA 3VF6A 2DFEA 3THVA 2QWOA 5JLFA 3DAWA 1TK0A 2B4JA 3LDLA 3WXIA 1BWFO 5IWAK 4CHPA 2I7PA 1CZ9A 3THYB 1RBRA 2IAJA 2O4GA 2ZGYA 3CFOA 1HJOA 3H46O 3TR8A 2W41A 4JI3K 3M8SA 3VA0A 4CK3A 5KRSA 2P9KB 3H3OB 2A41A 3Q7BA 4DHYA 4FM2A 4ISFA 3PUFA 3ZLJA 4QOZB 5CYQA 4BE1A 4B9TA 1HJRA 1VSHA 2A3ZA 4K8ZA 3C6UA 1NK4A 1RT7A 2HHQA 2V7ZA 1KAXA 4A5AA 1VSMA 4EZ9A 3HL8A 1NGGA 1EP4A 3AVGA 3IKMA 4CZJA 3IMXA 4FK4A 1L3SA 5C12A 3DRSA 2P9SA 1TK8A 4YOTA 4N47A 5BN9A 5LJWA 3PSIA 3TAGA 2KFNA 4KHUA 3A2FA 3C94A 3DYAA 1YXQA 4I7FA 4CZKA 1IKWA 1HNWK 4V19S 3O4WA 4IFYA 3AVHA 1NJWA 3DXKB 3CCEN 3VQBA 4BC4A 2E5LK 1JCEA 5AZJB 4IZ9A 4DTUA 3QIPA 3N4PA 3AVIA 5EVZA 4CK1A 1RT6A 1VSFA 3DOLA 3KLGA 2W40A 3MEDA 2Z1IA 2QXFA 4BR4A 2E2PA 3ID8A 1VQKN 3AA5X 4JD2A 1N8RO 1QTMA 4EAHD 4EP5A 1N5YA 2YI1A 3HSTB 1XC3A 2ZE2A 4PWDA 5AR0A 4FJJA 3H3NO 4AHUA 3RTVA 3ITHA 3CD6N 4PKIA 3PLAA 1NOZA 3QETA 4CGFA 5AFUA 4M42A 3E9OA 4CZHA 2P9LA 3D2EA 3QLHA 4LFBK 4YDUC 1BCOA 1QVFM 1K6YA 3A5OC 3CI5A 4H0XB 4DV4K 3QO9A 3OYJA 4QCLA 4KHYA 4IEIA 2ZM6K 4CF2A 1HPMA 4OJRA 4M3XA 5AQMA 2FBVA 1JL1A 3IS9A 4JKCA 1HRHA 4JI7K 3MCPA 4W5NA 2F8SA 3BZCA 5HRRA 1WSIA 3NH2A 3G10A 3OYHA 1W97L 2HHVA 1ASVA 3SJHA 4DSEA 4GV3A 2RN2A 3CCRN 1RFQA 1M90O 1FJGK 3P39A 1K8KB 3QEXA 2FC0A 3JS6A 2YJEA 4CFAA 4PHTX 3WNFA 2G8UA 4MO4A 1TUYA 4B3RK 1NGEA 1Q81O 2FSKA 4HCBA 4B1YB 2FF6A 3FLCO 3ULEB 4Y0WA 4JHDA 4WF9L 1IBMK 3LL3A 1X9MA 4FWOA 3KTQA 1KD1O 4FCYA 3QEIA 2HHXA 4OKKA 1IG8A 1HNIA 4IFEA 2RE2A 1DEJA 4PL8A 3VEXA 4YOXA 1C0TA 3DM2A 3K59A 1NMDA 4YDUA 1VQ4N 2X6SA 3RMDA 3ZEUA 2GUIA 1WOQA 1KRPA 4CF9A 3QINA 3JXUA 4Z0UA 5J1EA 4FLUA 4K41A 4B9UA 3O9RA 1L5UA 4EIAA 1HKGA 2QW9A 4IDKA 5BPNA 3L4QA 4IJNA 4CECA 5I42A 1RT5A 2WFBA 1IV0A 1YT3A 1SL0A 3ULDA 4C1NI 4HUEA 1XUPO 4B8CA 2O8EB 3WXJA 3AV9A 3SAGA 1HPZA 4C8OA 1HKCA 1QHAA 3P31A 4FPBA 4Z4IA 3U4LA 4DSKA 3ZETB 5ADXA 3B8AX 3S3NA 2D0AA 2FSNA 2ZF5O 3I0RA 2HBMA 1BQMA 1IKVA 4DTXA 5KPRA 2P9PB 3OJSA 4RW6A 2NZTA 1J5OA 1TL3A 2Z1JA 3EE9A 4LY7A 4BROA 5EY4A 2FBTA 1Q9XA 1XNRK 2Z1GA 4IOCL 3BY5A 3CYMA 3NAEA 1CZBA 3CCUN 5GAGP 3EZWA 3BUZB 3HBTA 3W3DA 1RTJA 1TKDA 3QIOA 3LP0A 4KTQA 1YUWA 1N34K 4JI1K 4B08A 3DXMA 3PIPL 4DCHA 4B1ZA 3EL2A 2UUAK 1MDUB 2A5XA 5LJVA 4K25A 2YCHA 4XH5A 3ZX0A 3FE1A 2VQEK 4U67L 2UXDK 5M1KA 3L8BA 4JRPA 4A61A 4N5SA 4O5FA 2KKZA 1Q7YO 3GDQA 4PKHA 3D7EO 2ITGA 2Q97A 2ATQA 1YI2N 1S9GA 4DUYK 3MX5A 2PFUA 4FOEA 3SI6A 2VG5A 3LM9A 2D0OA 3C95A 4FJ9A 3QEVA 3LANA 3K9KA 3M1FA 4BR2A 2RHKA 5KPZA 3ZX3A 3I56N 4CF8A 4OVLA 3CFRA 4FPAA 3AA2A 3LZIA 1S3XA 1J5EK 2UUCK 4DV7K 4M7YA 4XIUA 3T1HK 3V1QA 2WOMA 4FLWA 1NLVA 4FWLA 4BRIA 4DSJA 2ETJA 1JJ2M 2YHBA 2DFHA 4KTWA 2LSNA 1KLMA 4B1VA 4ILHA 4CJSA 4M3TA 3L6QA 2GWKA 4CHQA 3MEEA 3OYEA 5LL6Z 1P90A 2ITMA 3QICA 2VYPA 3LAMA 2J4RA 1VQON 1IG9A 3NH0A 4OKEA 1SV5A 5JS2A 2EWSA 3HI0A 4F2SA 2F9WA 3KWGA 4KB1A 2GV9A 2HW3A 4Z4FA 3V4IA 4M7XA 3OYAA 1ZBSA 4B9QA 3AAPA 4FWRA 2ZJPL 4ISGA 3F2KA 3WNEA 4CI6A 4CJWA 3AVJA 1ZXOA 1OH6A 3MK6A 2QWMA 4LH4A 3UKUA 3S3OA 4LF6K 4M3YA 1NJZA 1CXUA 1JLAA 2XO7A 3DRRA 3ZSYA 3NMUA 4DU3A 4XH4A 4YORA 4KI6A 3HT3A 1NGDA 3O1BA 5FDLA 4H0YB 3WUHA 4E7KA 4M3RA 3CMEN 3OS2A 2Z1HA 3OS0A 4B9SA 1SAZA 4F4KA 3AA4A 4IXCA 5AQWA 3RVCA 4E89A 3SYZA 2CH5A 5CY4A 1ESVA 5HP1A 3OYFA 5AQLA 5ELZA 2WONA 3I0SA 3CPEA 3L3UA 4H4MA 4CHNA 1C6VA 1QSYA 3AVKA 5F1XA 5HBMA 1WSGA 2PAVA 4FWSA 5EX5A 4DQPA 4KFBA 5HL7L 2ZD1A 1N32K 1O13A 2D0BA 5AQVA 1JLCA 5DM7L 5BPMA 3K5LA 3OYIA 4DV3K 4UQGA 4LFCK 4JI5K 4GVEA 4BRAA 4W5RA 2P9NA 3CQ8A 5KI6A 4Q0BA 2O8BA 3O5BA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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