4WFBL

The crystal structure of the large ribosomal subunit of staphylococcus aureus in complex with bc-3205
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
MISKIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insights into species-specific features of the ribosome from the pathogen Staphylococcus aureus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S rRNA
total genus 16
structure length 110
sequence length 110
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wfbL01
5DM6L 1N8RO 1KD1O 3I55N 1VQON 5GAEP 1VQKN 3CMAN 5JVGL 3CPWM 2ZJPL 1Q81O 1YHQN 4UY8O 1Q86O 3OW2M 3CCRN 1S72N 3CC2N 1W2BM 1M1KO 4WFAL 2OTJN 2QA4N 1VQ9N 3CCMN 1M90O 4WF9L 1YJWN 3DLLL 4IOAL 1K9MO 1VQ4N 5HL7L 3CC4N 5GADP 3CCVN 3CF5L 3G6EN 3PIPL 1Q82O 1YI2N 2OTLN 1KQSM 5DM7L 3CMEN 3G4SN 1K73O 1K8AO 2ZJQL 1YJNN 3I56N 1VQ8N 3CXCM 1NJIO 5GAHP 3PIOL 3CCLN 1JJ2M 4IOCL 1VQ5N 3CCQN 1YJ9N 1VQNN 2ZJRL 5H1SQ 1KC8O 1VQMN 1OVYA 1ILYA 3J7ZO 4WFNL 3CC7N 1YITN 1Q7YO 1VQ7N 1QVFM 1QVGM 4U67L 3CCEN 5GAGP 2QEXN 3CCSN 1YIJN 1VQPN 5MLCQ 1VQLN 3CCJN 4WCEL 4WFBL 3CD6N 5JVHL 1VQ6N 3G71N 4IO9L 3CCUN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1X3MA 3T69A 4YOUA 1TL3A 4H0YB 4ZTJA 4M3YA 1KD1O 4H5NA 4BVOA 4WQ5C 1KLNA 3WXKA 3CJ9A 4B1VA 3NDKA 3MXMA 1SUQA 3EL2A 4ICLA 4KB0A 1NJXA 4PKHA 4JKDA 4FVUA 1Q81O 1JXBA 3AAPA 2HHHK 4N76A 2HOEA 1NKEA 2A42A 3QNNA 5AQWA 1FK9A 3L4QA 2ZGZA 3CCRN 3CM5A 1T6CA 4UQGA 2VQFK 1W2BM 1DTTA 2HB5A 4F3TA 2GELA 4E1JA 3Q7CA 3AARA 2QWRA 4DMNA 1ZYQA 4DTUA 3GOIA 1VK0A 1WAJA 4W5RA 3ZYYX 1VSIA 5GADP 4CD3A 3TI0A 1NK0A 4KTWA 4LC9B 1MWMA 2E2NA 5EY4A 4LH4A 2OTLN 5KGXA 4CD1A 4O5FA 3VTHA 2ASOA 1IV0A 3MN9A 4E7HA 3SAFA 1RDCA 4DTSA 3CJ1A 4CEZA 3QEWA 1HPMA 4IOCL 1RT2A 4NYFA 4AM6A 3LP1A 3VOVA 4DHYA 4E7LA 4B3SK 4JI6K 4RG8A 3AA2A 4DQSA 3SNNA 4FJ7A 4GV9A 2X74A 5SWMA 2A41A 3NMUA 4JI4K 2GWKA 1LWFA 2XY8A 3D0PA 4HHTA 4CJSA 4PHTX 1EWQA 3CCSN 3L6QA 4FLXA 4B9QA 3O9TA 4BVPA 2JWLA 3RVCA 2KLAA 3C7NB 4MFBA 4LFCK 3F5TA 3WNEA 1BO5O 3LL3A 4H0XB 5M1NA 2Y1IA 2XHBA 2G8VA 5SZTA 4KV8A 4CHPA 3CI5A 1RILA 1SKWA 1W7AA 4IJNA 1LW0A 2A40A 1DLOA 1CZ9A 1W97L 4DU1A 1J6ZA 4H5TA 1Q9XA 3KTQA 3ALYA 2IIRA 1LOTB 4AHUA 1F21A 4KTZA 3I55N 2IDOA 1VQON 2P51A 1TUYA 4CBXA 1X9SA 4DV5K 4JS5A 3O3FA 3O1BA 3SAHA 3THWA 5IT9O 3HSTB 3ZT0A 3FE1A 2G8WA 3ENHA 1U04A 1L3TA 2HBJA 3R6MA 4I2PA 2HHWA 4BG9A 4BDPA 4DFPA 5BPLA 2PAVA 3V81A 2E4LA 4C1NI 3V4IA 4FJ8A 3RSEA 2NNWA 4Z4FA 1RBVA 1K9MO 1TVRA 1N34K 3IDHA 4BRAA 4CZJA 3DRSA 2F7TA 1Q82O 1XHZA 4CESA 4O0JA 5EU7A 2IC3A 3DYAA 4JI1K 4CHZA 4AHTA 1J9AA 1ZC6A 3OS2A 4GW6A 1IBKK 2HVIA 1TYQB 3U3GA 4BG8A 1SL2A 4QS7A 4CEEA 4FJHA 3AO3A 5HP1A 2Q1NA 3SV3A 5BR9A 3LM9A 3UKUA 1IKWA 4LSNA 3OBWA 3GG4A 4F2SA 2X6SA 1JXEA 1EQYA 4BGBA 3M8RA 4DSJA 4A2AA 5C2DA 4N41A 5CY4A 1QQNA 1IG9A 5T7BA 5J2PA 3CFRA 2HW3A 2A3ZA 3SJJA 2A6AA 3ULEA 5HRRA 1T03A 3WXJA 4JKGA 3CD6N 3H45C 4BE2A 1Z6RA 4N56A 3ZSZA 1QHAA 4JI7K 1WUAA 3QMLA 1H1VA 3MWTA 1XNRK 4NXMK 1N8RO 1SAZA 4DV7K 3R9PA 4KPYA 4DUZK 3O80A 3SAGA 4M3WA 1CZBA 4OPJA 3U4LA 4EP5A 4FYDA 4BRLA 3FFKB 4OO1J 5HBMA 1L3VA 1EO1A 5GIPA 3DWLA 1T8EA 4KI6A 3TTFA 2OCEA 1E3MA 3AO2A 4CGFA 1HQUA 3V1QA 2Q31A 3F9KA 3NFAA 4JI3K 4G1QA 3VQ6A 1ATNA 3L2VA 4AF1A 3OYNA 1LAVA 2RPIA 1L3UA 3VEYA 4FJIA 3UKRB 3FZHA 2YHAA 3HSCA 3VEOA 3G6EN 1HR0K 1QE1A 3KK1A 4DB3A 3SJHA 4DV3K 1Q8IA 1SL0A 5I3UA 3SQ4A 1GLEG 2FSJA 2KQ2A 4F8RA 1DKGD 2HHTA 1NU0A 4EHTA 1NJZA 1VSEA 4HUFA 3OTOK 4QOZB 1ATRA 2HSTA 1VAZA 5LL6Z 4DU4A 3IMXA 4HCBA 5AQLA 4E0DA 2GBZA 1JJ2M 3C94A 1ASVA 2F9WA 1YJ9N 1WSIA 4Z4CA 2YI1A 4YY3K 4E7KA 3THVA 4GNIA 1VSJA 3SMSA 3SUNA 3IG1A 3T1YK 4BR9A 4W5OA 1NJYA 4CZGA 1OVYA 1ILYA 4H0TB 2VCPA 4F4KA 4DCHA 4KHUA 3ZSQA 2DPNA 4DTMA 2HVHA 3ZT1A 3V9UA 2A1SA 2B6AA 4BC5A 2Q97A 1A5VA 1V4SA 3WXIA 2G8UA 4ILGB 4OX9K 5HRSA 5EVZA 5C25A 5KRTA 4NYNA 4DV0K 3P1GA 3UIQA 3V9WA 4FJGA 5FRNA 1BWFO 2HNZA 3MEEA 2KZZA 1G15A 1N32K 4FOEA 3Q7BA 3KLGA 5F1XA 4KH4A 5M1PA 4DR2K 3LDNA 3LALA 3PSFA 4C23A 4HTLA 4DSIA 1VQKN 2I7PA 2KKZA 4YOTA 5KPZA 4DTNA 2CGKA 3L0QA 1C1CA 1YHQN 5F2RA 4KRFA 1XUPO 4PL8A 2KHOA 4PWDA 3T7ZA 2AA4A 3AGRA 4B3OA 4CCHA 4IO8A 4IKFA 4H4MA 3K5LA 2YHXA 3PY8A 4BRMA 2A1RA 3LZIA 3QETA 3ZX3A 3HPGA 3VEXA 3NGZA 2FLOA 4GKKK 3PUFA 3NF9A 3G4SN 3HPHA 1S5JA 4JAXA 4B08A 1ZBFA 4DTOA 3VTIA 1NKCA 4R5PA 3CFPA 2HNYA 3G25A 4CF9A 3ASMA 3U3YA 1U2VA 3ID6A 3J8AA 2QW9A 1MU2A 3ENOA 4LD0A 3VGMA 1G99A 1NGHA 4GKJK 3D2EB 3QBWA 3S3NA 1HKCA 5TKWA 4DLGA 1RTJA 1C0TA 4JD2B 3RSEB 4X66K 5FPEA 1HPZA 3OY9A 2ASMA 3K57A 4M45A 1N6QA 4MDAA 4CZFA 1NOZA 3SMPA 2UUAK 1CZAN 1W9HA 5AQYA 3ZSOA 4WCEL 4IEIA 5JMVA 2QKBA 5BRFA 3DRRA 2G8IA 5AQOA 5AQZA 3JXUA 3TAGA 3MN5A 1KTQA 3LDPA 1SQKA 4DKWA 4YHHK 1S9GA 2PY5A 1NGEA 4B1YB 3ZLJA 3SK3A 5CE3A 5BREA 2NRWA 2CGLA 4YOXA 4Z4HA 4FW1A 3MWPA 3QO9A 2P5OA 1NGJA 1QSYA 3UKUB 1S6QA 2BH1A 2XY5A 1HNXK 4H5WA 2UUCK 3D6RA 3QLHA 4A5AA 4CZIA 1MDUB 4UY8O 3TSUA 4O8UA 2I5JA 3OYBA 2ITMA 3CCMN 1TAUA 2QWNA 2CH5A 4DR5K 4NB4A 3KD1E 5HL7L 2FC0A 4CF0A 1WSGA 4AQYK 4KBOA 3CIPA 2E1ZA 3PIPL 2R7YA 4FLWA 4FOIA 4FJXA 1SL1A 4PY5A 5DM7L 4RCHA 3ZEUA 1K73O 4A59A 5AQHA 1NG9A 1XNQK 4AHVA 2ZJQL 3O4QA 4CJ5A 1ASWA 1NK6A 3IUCA 3WXLA 5JS2A 4FJNA 5A2QO 3CXCM 2O4GA 3EY1A 1HNWK 2O8FA 4OPAA 1VSMA 4KAZA 4K42A 5KPTA 3MXIA 4N5SA 4WFNL 2YKMA 4AHSA 1S1WA 1EP4A 2Z1GA 5FRMA 1TK0A 3OJUA 1QVFM 5GIOA 5GAGP 3IAYA 3S3OA 3NH0A 3ZSWA 2E2QA 3LDQA 3UB5A 3AVBA 3E1YA 5AQTA 2X6NA 4FPAA 3HP9A 2FSNA 4DFKA 4B9TA 3BP8A 3P38A 3OHRA 1SZ2A 1U48A 1QS4A 3EN9A 3KWIA 1HKBA 4JHDB 1UA1A 4IBNA 2NRVA 3V9SA 1QTMA 5C12A 3NGYA 1X1PA 1C0MA 3HM8A 1QSSA 1TUUA 1S1TA 1TK5A 4IEEA 3CM6A 1DT9A 3BZKA 3SPZA 1IBMK 2D4WA 4AH9A 4J2AA 5AJ3K 2F8SA 2P9LA 4JK7A 3LAKA 3LANA 3ZCMA 3HVRA 5AZIA 4BE1A 4CGGA 3DXKA 3CC2N 2QXFA 1GLLO 4CI6A 3DXMA 2BDPA 4XH4A 4LF5K 3V9XA 3HM9A 4CEBA 4B3MK 4B1ZA 1WLJA 2PYJA 2P9PA 4GVEA 5CYMA 3DLGA 3ENBA 3TPQA 4OVLA 4PUOA 5ADXA 4CFBA 4B9SA 4FWRA 4H8KA 2OZMA 3MN7A 3HJFA 2P9NA 3RRGA 1D8YA 2VWJA 3D2FA 4PL7A 1BIZA 1GLCG 4CZMA 1UA0A 1C0UA 1WOQA 2QWQA 1VQ8N 2GUPA 3H3NO 4IDKA 3V1RA 4AHCA 2ZE2A 4OGEA 1J5OA 3C6HA 1B92A 3TSPA 3A0IX 1N5YA 3GL1A 4FJLA 3ATVA 1BUPA 2CH6A 2ZJRL 1UAXA 3W0LA 1Y64A 2UUBK 1HKGA 5LMUK 3CHWA 1MA9B 4CJUA 3ZT3A 3BF1A 1Z25A 3QB0A 3DLEA 3I0RA 5ADXH 1RBSA 4E3SA 3CETA 3PX4A 3NE6A 4DSKA 1QVGM 1EXQA 3R3LA 4BRKA 4WQ4A 3O3GA 5EX5A 4CFAA 1HMVA 4LY7A 3QNOA 3AVLA 4H03B 1HYZA 2H3GX 4MQ3A 3AVIA 4DSFA 2O8CA 3SQ2A 1RGIA 4O44A 4YOYA 4DS4A 4DR1K 4OLBA 1KXPA 1RTDA 2ATQA 3AVNA 3EE8A 2GTDA 3VQQA 2DFFA 1TKDA 2FBVA 2ZD1A 4MDBA 4YDUC 3LM2A 1QHTA 3NHGA 2OPSA 1UWBA 2OPPA 4DS5A 5AQRA 4M7XA 2NRZA 1SKSA 3TAQA 3QIPA 4FPBA 1KAXA 4BRNA 2VG7A 3O9UA 4BRPA 4C8MA 5FLXO 4I2QA 4CJRA 3MDQA 1VSLA 3DLHA 4FZZA 3D45A 1BCMA 1O1WA 4EZ9A 5C24A 4BR5A 2HBKA 4KHYA 4JKCA 1TL1A 3QEIA 3A5MC 1KVBA 1JKHA 3PLAA 1X9JA 2Q0RA 5AQFA 4DTPA 5J2QA 1WSHA 4CW7B 3SV4A 2D0CA 4FJMA 4TSXA 3BUZB 4DR7K 4BREA 2A5XA 4G9ZA 2NUBA 3DRPA 4BDYA 2D0PA 3RMAA 1VQNN 3TABA 4IZ9A 2YX6A 3HTVA 2P9UA 5H1SQ 4M3TA 1I3AA 1KC8O 1VQMN 2OANA 3HI0A 3KIOA 5KTQA 3L3UA 2I7NA 3K9JA 1YITN 5C0YA 1YAGA 4AHRA 4DTJA 2QXLA 2WBNA 1VQ7N 1XC9A 4CJLA 4R79A 4U67L 3HYFA 3WNGA 3A2FA 3VPZA 3DMJA 4K41A 4FW2A 3VQ8A 1RDWX 1VQLN 4ELVA 4CEDA 1ASUA 3MEDA 1D9DA 1VQ6N 2VG6A 3G71N 3ZEUB 4B1WB 1OH6A 4BE0A 1LWEA 3CQYA 4BR4A 3H1VX 4ISEA 3KLIA 5DM6L 1K8KA 1WSEA 2O8FB 3F2KA 4FWPA 3AVGA 1YVNA 3AVFA 3S3MA 2ZJPL 3KLEA 4LH5A 3VMFB 3KHYA 1S72N 4FJ5A 2KFZA 1IKXA 3VA0A 3E9PA 4LF7K 2F8TA 3L2WA 5J2MA 1J5EK 3ZT2A 2RHKA 2NRHA 4YORA 2VYPA 5AZJA 2WOMA 4Y1CA 1XMQK 4Z4IA 2O8EB 4A62A 4BRCA 1BA1A 3M8QA 3DLLL 4DQRA 1NOYA 4M63C 1HNIA 1L3SA 4FJKA 2QK9A 3OYFA 4ZHRA 1KFDA 3DOLA 3F9MA 3VEWA 1ZXOA 3AVAA 2O8BB 3PX0A 1RT3A 1IKYA 1OH5A 4RW8A 4K43A 2O8DA 4B9VA 4B3RK 4DQQA 1I39A 5HLFA 5JS1A 3CJBA 4KKOA 5AQIA 3WNHA 3MMVA 3MN6A 3OYIA 2P9KA 4ILJA 5AQSA 3LPUA 5GAHP 1OH7A 3RMCA 1VRTA 4H0VB 2Z1IA 3DXKB 1NGCA 3VGKA 4OPHA 1RDBA 4FLUA 1HLUA 3DXMB 3ITHA 3OYGA 1RBTA 3J7ZO 5KPRA 2FXUA 3K0SA 3ZSXA 4CJEA 5LJWA 3HOTA 4JI5K 4E1MA 2O4IA 3RRHA 4MO4A 2QWLA 3A5LC 2UXDK 3ZETA 2Q2RA 1S9EA 4CIEA 3AY9A 2YNIA 1T6DA 1I94K 4N47A 3B6PA 2P9NB 1FJGK 3O3HA 1TKXA 3IKMA 3D2FB 3NH2A 3THYA 2WFBA 2GV9A 3MCPA 2YHBA 4WYBA 4ISFA 1RBUA 3OYMA 1OH8A 1ZBSA 3BEXA 2RKIA 3VERA 2Q36A 4RW6A 3V9ZA 1RT5A 1KAYA 3WQTA 3TANA 2Q0UA 2GEMA 5C42A 4XH1A 4CJPA 3AO4A 3NCIA 4J2DA 3ISNC 1BG3A 3VQPA 5I9EB 2Z1HA 2NRRA 4X62K 3AA5X 3N4QA 2E5LK 4GY2B 1NGAA 1NNEA 2BE2A 3VESA 2NLXA 1CXUA 1U6ZA 4QAGA 5KQDA 4PKGA 4KREA 4H5VA 2VGMA 5E41A 2QA4N 3C0BA 4FVMA 3VQEA 2F4VK 3QERA 4DWIA 1U47A 4NLCA 1E4GT 3CC4N 4CFDA 1R59O 3CF5L 4EAHD 1BGXT 2O8CB 4X65K 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 4OLA A;  2P9S B;  2YJF A;  4FLZ A;  2RE2 A;  1DTQ A;  1N36 K;  3RR8 A;  3OYE A;  1HYV A;  4KHN A;  4EIA A;  3KD5 E;  3E9O A;  1GLD G;  4IWV A;  2ZWH A;  1KFS A;  4DR4 K;  4CER A;  3SUO A;  1Q18 A;  1E4F T;  2HBL A;  2HF3 A;  1S1X A;  4MLE A;  3OYL A;  4FJ9 A;  4KO0 A;  4CJW A;  3AAQ A;  4FLY A;  3QIN A;  4KTQ A;  3EYZ A;  1W0H A;  4Z0U A;  1WB9 A;  1D5A A;  1X9W A;  4CEO A;  2O8E A;  3A5N C;  1Y97 A;  3O8M A;  1RT7 A;  2GX9 A;  3NVM A;  1HJO A;  4FWQ A;  2IGI A;  2ZQB A;  3P4I A;  3VQ7 A;  5HOO A;  4M3Z A;  3CJA A;  2FSK A;  4BRF A;  2V7Z A;  4B9U A;  2O8B A;  2IOC A;  4OKK A;  3M5R A;  3QDK A;  5JLF A;  1ZBL A;  4I9L A;  4CHQ A;  4CGJ A;  3TAR A;  4FM0 A;  3WXM B;  3QEX A;  1NBW A;  2X78 A;  1JL1 A;  3BF3 A;  3MK6 A;  3AV9 A;  2E6M A;  3OYC A;  3HT3 A;  1K6Y A;  3UKR A;  1TK8 A;  4FK2 A;  1OKJ A;  1TGO A;  3G0Z A;  2P1J A;  3OYK A;  1A5X A;  1L5U A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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