4WFNL

Crystal structure of the large ribosomal subunit (50s) of deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in l22 in complex with erythromycin
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Ribosomal Protein uL22 Modulates the Shape of the Protein Exit Tunnel.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2
molecule tags Ribosome
total genus 18
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wfnL01
2QA4N 4WFAL 1YHQN 3G4SN 1QVFM 3CCJN 2ZJRL 3G71N 3CF5L 1VQMN 3CCRN 3CCSN 1VQPN 1M90O 1KC8O 1K8AO 5HL7L 5GAHP 1YJ9N 3DLLL 4WCEL 1JJ2M 3I55N 1Q82O 1VQNN 1KQSM 3CD6N 3CC7N 1Q81O 3CCQN 1K9MO 2QEXN 2OTLN 1VQ9N 1M1KO 5GADP 1YJNN 5MLCQ 1N8RO 1KD1O 4IOAL 4IOCL 1Q7YO 1QVGM 4WFNL 3CC4N 3CCMN 1VQKN 1VQON 1VQ6N 3CXCM 3CCEN 4IO9L 1YJWN 3CMAN 1K73O 2OTJN 1VQ4N 5GAEP 3CPWM 3CCVN 4WF9L 2ZJQL 1NJIO 1Q86O 5JVHL 3CC2N 1S72N 1YIJN 3CCLN 3PIPL 5DM7L 5DM6L 3J7ZO 1ILYA 4UY8O 1VQLN 4WFBL 1VQ8N 5H1SQ 3CCUN 1W2BM 5JVGL 1YI2N 1YITN 1VQ7N 2ZJPL 5GAGP 1VQ5N 1OVYA 3I56N 3PIOL 3CMEN 3G6EN 4U67L 3OW2M
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MEEA 4JS4A 3ATUA 3AV9A 4B9SA 4BVPA 4OGCA 2IAJA 3NH2A 1XNRK 2P5GA 3GE1A 4YOVA 3P83D 3A5LC 1BL3A 4JN4A 2FBYA 4BRIA 5BN8A 1TK8A 4M3ZA 3AVJA 4H4OA 4HUEA 2P9IB 1JLEA 1IO2A 1U47A 1HNVA 1WSGA 4WCEL 1VSMA 2W42A 1N6QA 4KHWA 1TK5A 3QFPA 1N34K 2W41A 4K8XA 4BRKA 4LF8K 2JWLA 2ASMA 3WUHA 4QS8A 4F4KA 4B9VA 5CR4A 2FXUA 1Q81O 3H1VX 1RT5A 2FF6A 3O1BA 4DS5A 1ZBLA 3KZBA 4DU4A 2HHWA 2VCPA 4F9OA 2GTDA 1EX4A 3SQ1A 2QWQA 1VQON 4KH5A 3NMUA 1HUXA 4PKHA 3GDQA 3ZSOA 4KHNA 2Q1NA 2DY4A 1VRTA 3O4NA 2HBLA 3VOVA 1K73O 4NYNA 2OTJN 5FPNA 1WN7A 3E1YA 4JRQA 4JI2K 4JI4K 3FZMA 1JLBA 3HOTA 3RR7A 2E8AA 2OYQA 5M1OA 1VSEA 3SLCA 1NJIO 2EWSA 3WNHA 5JVHL 1LOTB 2A3ZA 3H45C 2AP1A 1YIJN 2P9SB 2O8EB 4DTNA 3OYLA 4NB4A 4FYDA 3CHWA 4CF0A 1VAZA 2P9SA 2O8EA 4CE9A 1D9FA 3WEEB 3LP1A 2PYJA 5DM6L 4B1VA 4C8OA 1RDWX 1NGJA 3WEEA 4M3YA 4Z4IA 2IDOA 5AQYA 3OYNA 4B8CA 5K14A 5AR0A 3W0LA 3ZCMA 2HW3A 1VQ7N 5FLXO 4FK2A 4DV6K 4KRFA 3P5JA 3NF8A 4IJAA 3S3MA 4BGBA 2P9PA 3VF4A 4CF8A 1SL0A 4I7FA 3VF6A 3ZSWA 1QSSA 3KVGA 2PBDA 4MDBA 2BDPA 4CJ7A 3NFAA 4B1UB 4H0XB 4DR2K 4CIFA 3RSEB 1QS4A 2HVHA 1JLCA 2G8IA 3V1RA 2NRTA 1NJYA 1GLJO 2QXLA 3MK6A 3QETA 2HHSA 3AARA 3VQ8A 3O08A 1QQMA 4WE1A 3I55N 4B3MK 1IG8A 1MWMA 4E89A 2A1RA 1D8YA 2FBVA 3ULEA 3QO9A 1GOCA 2XRIA 1ITGA 1N32K 4NO7A 1IH7A 4KI6A 4BVOA 3CJAA 3QINA 4GY2B 4BQZA 4G1QA 2VGNA 4CIGA 1ASVA 1TKXA 1TYQB 5MLCQ 4CEAA 1KXPA 4F2RA 4EIAA 3HI0A 1ATNA 3D2EB 4IO9L 1RILA 4BRAA 2Y1JA 4CGIA 1MU2A 4MQ3A 1VSDA 5F2RA 1ESVA 2Q0UA 4BRHA 4FOEA 4IFYA 3CM6A 2AA4A 3QFUA 4MO4A 1GOAA 1S1XA 3HM8A 1QQCA 4CK1A 3TSPA 5EX5A 5M1NA 4B9QA 4JHDB 5ADXH 3BP8A 2P9NA 4CZGA 3J7YP 4RW9A 4XH4A 1IBKK 3CFOA 5AQQA 3QEWA 4PUOA 4BWMA 4OKKA 1D4XA 4O4GA 3V9UA 3AVGA 4H0TB 4BRCA 3AA4A 3ZSQA 4CIEA 5AZJB 4KREA 4FLZA 1I39A 1TK0A 1OH7A 1ZYQA 5KI6A 2P51A 1W97L 1NGAA 4O44A 4FJ8A 2IVPA 5AZIB 1ZBSA 4DFPA 5AFUA 3ZX0A 1NK0A 4ISGA 4DTXA 1Q8IA 5AQNA 4CJSA 3LALA 3AVAA 4XIUA 4BC2A 4FWNA 1RDBA 1C0FA 4LY7A 3SQ4A 2QWMA 5CZ1A 4W5RA 4PL7A 2IIRA 1I94K 3EKSA 1NGBA 3PX4A 3AVCA 3WXKA 3SPYA 4ELTA 3LDOA 1Y64A 4BC4A 3O9TA 1SKSA 4NYFA 4F2SA 2E2OA 1RNHA 4CZEA 4CJ5A 5HRRA 4FO0A 3KHYA 2D0CA 2ITMA 3ZX2A 2VG7A 2CGKA 2ZGYA 1S1TA 1U4BA 5AQXA 2E6LA 5CHIA 4DSLA 1YJNN 1RBUA 2Q36A 4BREA 3TU5A 1D9DA 3AVBA 3L4QA 4CESA 2GWKA 4BRQA 1YJWN 2CH5A 5HLFA 1GLAG 4JKFA 3L4IA 3SYZA 2QTDA 3BGRA 3BY5A 3L2UA 4YY3K 3K0SA 5J2QA 3TAMA 2UU9K 3TI0A 3K57A 1R0AA 4C8NA 1BQNA 3VETA 3E66A 3FE1A 4IOXA 2OZSA 3HP6A 3QEIA 1QZ5A 2F4VK 2HNZA 3LDNA 4AM6A 3PIPL 2A5XA 3ASMA 3J7ZO 5KGWA 4WQ5A 4E7LA 3SJJA 4LF9K 1GLFO 2XY7A 5KPZA 2UYTA 4DQRA 3AGKA 4DV5K 4Y0WA 4BROA 3MXJA 2NUBA 3UE5A 3AA3A 5EOYA 4CJLA 4E3SA 1S5JA 2QK9A 3LWLA 4DTSA 2I7PA 4BDZA 1L5UA 3RVCA 1SS6A 4B08A 3VMFB 3ALYA 4WFAL 5BR9A 4O0IA 3SAFA 3NVKA 1NJZA 2ATQA 3NF6A 4KHQA 4EFHA 4HCCA 4A62A 3TARA 3CCSN 2YHWA 1K8AO 3ZX3A 3RMDA 1UOCA 3A5OC 3VGKA 3A2FA 1EKEA 2P9LB 2OPQA 1LWEA 1JCFA 3AO2A 4CFAA 3EE9A 1JXBA 1XUPO 2KKZA 4F3TA 5ELZA 3B8AX 5KRSA 4FLUA 4B9UA 3VPZA 1KLNA 4FJMA 3QESA 3LAKA 3QDKA 3O4WA 3FFKB 1X3NA 1U49A 3ZSZA 3EZ5A 5AQMA 3LDLA 4FWPA 3ENHA 4JKAA 2BTFA 1X9WA 4DV4K 2O8CB 4GKKK 2RN2A 1GLCG 4DR1K 4RG8A 1N36K 3EKUA 3ZT2A 2HNYA 4M63C 3PV8A 4JD2B 4H5NA 4E1JA 3KTQA 4GW6A 3VTIA 3SNNA 3DAWA 4CJQA 5AQTA 3LDPA 2Q2RA 1P90A 1NOZA 2OZMA 4OPKA 2G8UA 4CHYA 5M1KA 3HOSA 5C42A 1BU6O 4CEBA 1XHXA 4FW2A 3TTDA 2E5LK 3MX2A 4N76A 3H6EA 4FL9A 4B1XB 1RBSA 4B3OA 2D0PA 3VEYA 1F21A 5IWAK 4CW7B 1ILYA 4KTQA 4Z4CA 2AJQA 2CGJA 3MEDA 4IEIA 1BQMA 1EETA 3ZEUB 3NHGA 3RRGA 4JI3K 2PZSA 3NBPA 1NOYA 3BEXA 3MN6A 3HXMA 4X65K 4CK2A 1MDUB 4BR4A 4DMNA 2NRRA 3AGRA 2F7TA 3O9UA 4U67L 4OKEA 3O9RA 4X62K 4DF8A 3B6PA 1QVFM 1K8KB 1XI1A 5C12A 2KTQA 5IT9O 3SBGA 4PHTX 3EY1A 1TAQA 3A5NC 1K8KA 4KFBA 4ELUA 2X6NA 1DKGD 1KRPA 3G25A 4OPHA 3UKUB 4X64K 1U2VB 4LF7K 3OS0A 1RDCA 4ELVA 1NGHA 3A5MC 4M42A 3SCXA 1NKCA 4BY9C 3OS2A 3QNOA 3RMAA 2QM1A 4M7YA 1V4TA 4KPYA 3AO4A 1KVBA 2A40A 3QB0A 4FVMA 1WB9A 4CZIA 2FSKA 1Y97A 3VQBA 4DSKA 4ILGB 2FSNA 4CCHA 1KCFA 2GEMA 4QCLA 2WC9A 1BISA 1Q7YO 3PX6A 3HPGA 2IGIA 4BRPA 3ZYYX 3OYIA 1VQKN 2UXDK 3CXCM 4V19S 1HPZA 1LCUA 4EZ6A 1WOQA 4KAZA 3HL8A 3UB5A 2O8BB 3AA2A 4CI6A 4DQIA 4FJNA 5AJ3K 4FM1A 1JLGA 4JKEA 3LANA 3JAMO 2PY5A 3M6GA 2OA8A 1NGGA 3AO5A 3EN9A 2F8TA 2OPSA 3RMBA 5AQUA 1S3XA 3GG4A 3K5LA 2ETJA 2Q97A 1U6ZA 4DTOA 3EE8A 1JCEA 1WSEA 5DM7L 3C65A 5C2DA 2EX3A 3T7ZA 4DQPA 4NLBA 3MX5A 4JV5K 2NRXA 2YNGA 2D0BA 4IDKA 4LFAK 3N4PA 3SV3A 3DXKB 2HVIA 3F9MA 3LP3A 3SUQA 1YF5L 3PY8A 3DXKA 2YKMA 4YOYA 2O8DB 1XC3A 1D5AA 2E6MA 3M5RA 5GAGP 1VQ5N 4F8RA 4YORA 3OA9A 3TTCA 1XQSC 5FRMA 4CBXA 4CHQA 3M3ZA 4YOWA 1RBVA 1EQYA 1QTMA 2UUCK 2ZJRL 1XHZA 2BGGA 3LPUA 3VEVA 3OYDA 1FJGK 4CHPA 2B4JA 3OYHA 1T7PA 3S41A 4LSLA 3DLHA 4HVJA 1RBRA 4CEEA 4DSEA 3O80A 3HT3A 1NK6A 1JJ2M 1RDUA 3QMLA 3JSMA 3VA0A 2D0OA 3F2KA 4IZ9A 3ID8A 4DR6K 2ZF5O 3DOKA 4O55A 4IKFA 3DXMA 3L6QA 4Z4EA 4CFBA 4DV2K 1TVRA 3OYFA 4KV8A 5BN9A 2G8WA 4C1NK 1VQ9N 1GLBG 4BGAA 1LWFA 3GOIA 1RDAA 4OLBA 2ASOA 3U9DA 4AILC 3RWUA 4FJGA 5SZTA 5JS2A 4I9QA 3J81O 1KTQA 4RW8A 4B9LA 2KW4A 2KLAA 5GIOA 3R8EA 4CEDA 4B3TK 1LV5A 1QE1A 1ZXOA 3C94A 3D7EO 1X9JA 3DWLA 5E84A 3O3FA 3AAPA 4YNQA 3S3OA 3D6RA 2DTUA 1YTUA 2PFUA 3ZSVA 1RCHA 3OYBA 1W7AA 1X1PA 2X6SA 3EEQA 4I2QA 4Z4GA 2VGMA 5AQKA 4LC9B 4J2BA 4MO5A 2YJFA 1XMQK 1N5YA 4FXDA 5JVGL 3HBTA 3FZLA 1X9MA 4RWTA 3M1FA 2H3GX 1GLLO 5FPMA 3AVFA 5KPTA 3FZHA 3UIQA 3CJ9A 3PIOL 4FW1A 4J2AA 4BDYA 4FCYA 1WNSA 4OPAA 3NH1A 4GKJK 2ZM6K 3TAFA 2A42A 3AVLA 3LP2A 4RW4A 5B8HA 3I33A 4KH6A 4KHUA 4CZMA 2CH6A 4Z4FA 3NGZA 5HRNA 3A0IX 3R1XA 1KC8O 1T05A 2J4RA 3I8BA 4DV0K 4E1MA 4HCBA 2HHTA 2P9PB 2I5JA 1C1AA 3SQ2A 1YVUA 4MFBA 1FK9A 4J8FA 4CVNE 1RFQA 4ZTFA 2R7YA 1OVQA 1V4SA 4JKHA 3CC7N 2E4LA 2E1YA 1TKDA 4HWIA 1DTTA 5DMRA 3SJHA 1YVNA 1SKWA 4KHPK 3SUOA 4RCHA 2RHKA 3L3UA 3PLAA 1LWCA 4DKWA 3CC4N 3ULEB 4W5TA 3VQEA 1HMVA 3NGYA 2HHVA 3F9KA 5LJVA 3QBXA 3FZKA 3PSIA 4HUGA 3S3NA 4Z94A 3MWTA 2GBZA 4N41A 4BG9A 4CHZA 1IKYA 3OYCA 3OYMA 4N56A 4A2AA 4FPBA 4BRLA 3M8PA 3AVHA 4B1ZA 2KFZA 4OO1J 3KLGA 2BE2A 4KKOA 4K8ZA 2QWOA 4QOZB 4WQ4C 4JK8A 4O5FA 4GVMA 3IG1A 1KFDA 4FWRA 4UY8O 3ZT4A 3IS9A 4XH1A 1JL1A 2D0AA 3L8BA 1W2BM 3L2RA 5C2FA 4FM0A 2YX6A 3TAQA 5HRPA 3V1OA 5AQZA 1HJOA 3ID6A 2P9NB 1HPMA 5AQSA 3G4SN 2F9TA 3IFRA 1FKPA 1RGIA 3KKRA 2O8FA 3RMCA 3ENOA 4CZLA 3E9OA 3MECA 3T19A 4KB0A 3OJUA 1IJJA 2OPPA 1GLDG 2NRVA 4FM2A 4FWOA 3EL2A 3VESA 3C0BA 3DLLL 5AQGA 1XWLA 1ZBFA 3R9PA 2UUAK 4K41A 3HK2A 2FC0A 2WOMA 1HYZA 1MWKA 1ATSA 2I7NA 1CZ9A 2ZGZA 3VTHA 4H8KA 2HBJA 4CGFA 5AQWA 3G10A 3MCAB 2HB5A 3OTOK 1KFSA 3V81A 2VWBA 3HPHA 4H0VB 4IXCA 2HF4A 4AHUA 1QHAA 5JMVA 4CJEA 4DF4A 1WBBA 5J2NA 1E4GT 3QIPA 4KH4A 4X66K 5HP1A 3VQ5A 3FZFA 1TAUA 2GX9A 1A5WA 3SI6A 4DV3K 4FOIA 4FLYA 5AQOA 1S6QA 3AVMA 1BG3A 3AO1A 3V9ZA 4ZHRA 4FLTA 3JS6A 3CCVN 3O5BA 4ISEA 4B1WB 5JICA 3ZETA 3DRPA 4BR2A 1ASWA 3VEWA 2B6AA 4YFUA 2G8VA 2PYLA 1TV6A 1VK0A 3O1WA 1G15A 4M3UA 4AH9A 2HBKA 1BCMA 4JEPA 1EXQA 5C10A 1HLUA 1KVAA 1Z25A 1BWFO 1RT2A 1Z26A 4CHOA 4JI6K 2WTUA 4FK0A 1VSFA 5CE3A 3D2FA 5FROA 1U45A 3CM5A 4CEZA 2FSJA 3P38A 2ZD1A 3HPOA 3S9HA 4GV3A 1KVCA 4CD1A 3V9XA 3V9SA 1N33K 2IC3A 1RT7A 3U3YA 3MAQA 1QHTA 2RF2A 4FJLA 4FZXC 5BPLA 3CETA 4IO8A 4IBNA 2FBXA 1YHQN 2E2PA 1Q9XA 3QICA 1A5VA 3W3DA 3VF2A 1J5OA 3J80O 2P9UB 3AO3A 2KQ2A 1ZBUA 2P9UA 4Y1DA 3CJ1A 4CJUA 3LM9A 4C1NI 1J9AA 1FKOA 3HTVA 4CEOA 4B9NA 3TPQA 5J1EA 4M45A 1FXXA 3K5MA 1JLFA 4QS7A 1RT6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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