4WQ4A

E. coli ygjd(e12a)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
MRVLGIETSCDATGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLAELPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 113
structure length 336
sequence length 336
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4A01
5AQXA 1NLVA 3VEZA 5AQWA 3S41A 4Y0WA 4BR4A 2P9NB 2D0PA 1QZ5A 3CJ1A 5E84A 5CE3A 3ZX0A 2YHXA 3CETA 3DXMA 4ISGA 5BN9A 3O1BA 1GLLO 4EAHD 1LOTB 1OKJA 3IFRA 4JHDB 1IG8A 3F9MA 4FWOA 4H5WA 2P9PA 1NMDA 5EVZA 3VERA 3ZEUB 2Q0RA 2P9KA 4FWSA 1QHAA 3JS6A 3KVGA 4BRFA 4CBWA 1HLUA 4BRMA 2GUPA 3G25A 3FZFA 4K42A 1U2VB 3ULEB 1J6ZA 2V7YA 4BRCA 4H0VB 3EL2A 3DJCA 2ASPA 5ADXA 4ISFA 1RFQA 4YDUC 3VGKA 4BROA 3CJ7A 1QQNA 5AQJA 5BR9A 1YAGA 4FWPA 5AQMA 3H6EA 4BC3A 4DCHA 2E20A 4PKHA 3U4LA 3VEXA 3B8AX 1H1VA 2A41A 3O80A 3RSEA 1GLDG 4BRAA 3WT0A 4FOIA 4I6MA 2CGLA 4BQLA 3A5NC 3IUCA 2GWJA 3ENHA 5AQKA 3WUHA 2YHWA 1D4XA 3WEEA 3CQXA 3O4WA 4FWNA 1ZXOA 4BG9A 3QFPA 1HKCA 3O08A 2BTFA 5KQ8A 1GLAG 4BREA 3M1FA 4H0PA 2VWBA 3DAWA 2Q36A 3ZX2A 1E4FT 1CZAN 3M6GA 4HTLA 4CD3A 4B9QA 3VOVA 2ASOA 3DXMB 1JCGA 3L6QA 3O1WA 1ATRA 2HF3A 5LJVA 2P9PB 2FLOA 1NGGA 5ELZA 4MLHA 3FLCO 4O5FA 3UE5A 4B1YB 5AZIA 1X3NA 1NWKA 3A5LC 3VESA 4B1WB 4BR2A 2W41A 2CH5A 3AAPA 3WXKA 4H0XB 2P9KB 3W0LA 5JMVA 2QW9A 5AQLA 2Q0UA 4JNEA 4BR7A 1P8ZA 4ISEA 4H0YB 4XH5A 4PL7A 3EZWA 4WQ5A 1MWMA 3D2EA 4A62A 3CQYA 1NBWA 3VGLA 4K43A 2YI1A 3MMVA 3VENA 4BRDA 1SQKA 3H45C 2QWNA 3VF6A 4H5TA 3H1QA 1X3MA 1NGBA 3LDPA 1QQMA 1LCUA 4XH1A 4BR0A 5AQGA 2E2QA 4BC4A 3CJ9A 3GOIA 2P9SA 4XH4A 3VEYA 3BF3A 2PBDA 3AAQA 1K8KB 4B1VA 4BQZA 4BRNA 2YJEA 1QQOA 3CERA 2AA4A 2EWSA 5AFUA 4FWKA 4BG8A 2Q1NA 5BRFA 2FF6A 1ATSA 1Y64A 5ADXH 4B1UB 3RSEB 1YUWA 1KAZA 4I6MB 4BRQA 1NGCA 4A61A 4GNIA 5LY3A 3VEVA 4WYBA 3R6MA 4L3QA 2J4RA 1MDUB 2CGKA 4FPBA 3A8YA 1HPMA 3WEEB 3U8XA 2IVNA 3EO3A 1KAYA 5F1XA 1KXPA 5EX5A 4FOEA 2HMPA 2V52B 4H5NA 2YJFA 2I7PA 1DKGD 4B1XB 4WQ4A 2V7ZA 5AQVA 4CZIA 2HOEA 2GWKA 4MLEA 4QS7A 2FF3B 3VF4A 1XQSC 5AQQA 1SZ2A 2QWOA 3HSCA 4EIAA 1WUAA 3SMPA 1NGAA 5AZIB 3QB0A 3ATUA 1Z05A 5B8HA 3GE1A 3QMLA 2P9IB 1K8KA 3ATVA 3QDKA 4LC9B 4C23A 2E1YA 4GY2B 1XUPO 1XC3A 4JN4A 3I33A 4NB4A 2ASMA 2E2OA 3FZHA 4EFHA 3UB5A 3J8AA 4IXCA 3HZ6A 3AARA 1C0FA 4K25A 1SAZA 3GG4A 2NZTA 2E8AA 1TUYA 3D2EB 3HTVA 3WXJA 1GLCG 4XEIA 1HX1A 1NGJA 1BG3A 5BRDA 5EOYA 3TU5A 1NGDA 4JAXA 3R9PA 4FSVA 3SMSA 3HM8A 4DQ8A 2QWPA 3FR0A 3VETA 4CZFA 2P9SB 3MN5A 2A42A 4NO7A 4M7XA 3FZLA 2QWMA 4CZEA 3ZETA 1TUUA 5AQFA 3CJCA 5AR0A 5JICA 5JLHA 2OANA 3P4IA 1U6ZA 1NM1A 3MN6A 2QXLA 3LM2A 4H5RA 3WQUA 4CZGA 2ZGYA 3D2FA 4BRPA 5KPTA 1ESVA 2BUPA 2P9UA 3MN9A 3VEWA 5AFUH 4JD2A 4RTFD 5KPRA 1T6CA 3KHYA 5AQRA 2P9IA 3CI5A 5AQOA 2FSNA 2HF4A 2UYTA 2IVPA 4IJNA 1MWKA 2FXUA 5JLFA 2YCHA 2ZF5O 3W3DA 1E4GT 2W40A 1GLJO 3SK3A 1EQYA 3UKRB 2CGJA 4IJAA 4CBXA 2GTDA 2QM1A 3HI0A 4H03B 1Z6RA 1JCEA 4CBUA 2Q31A 3WXIA 3D7EO 3IDHA 3BUZB 5FPEA 3LDOA 1YVNA 4EHTA 2I7NA 3FZKA 3MN7A 4FPAA 4BRKA 1ZBSA 4H5VA 2ZWHA 1TYQA 4BRLA 3BEXA 5F0XA 4H0OA 1GLBG 4MO4A 1X9JA 4BGBA 4QS9A 4IZ9A 3FGUA 3EKSA 5I9EB 1BO5O 1C0GA 4CZMA 3M3ZA 4PKGA 3A5OC 3EN9A 5BPLA 3MDQA 2P9LA 3QBWA 5EY4A 2E88A 4FL9A 5FPMA 4BR9A 4O8KA 2A40A 5FPDA 3BF1A 3EKUA 2DPNA 2Q97A 2CH6A 4WQ5C 3CJBA 4BVPA 4Z94A 1IJJA 3H3NO 3O6WA 1HKGA 5E26A 3SLCA 3I8BA 4FO0A 3L4IA 2GEMA 5AQIA 4YDUA 3ZETB 3QBXA 1S3XA 2H3GX 3QFUA 3UKRA 4AM6A 3HBTA 1NGEA 1DGKN 2NRHA 5AQUA 3WXLA 1GLEG 2E1ZA 2PAVA 2FSKA 1BU6O 3SJHA 5BN8A 4PKIA 3FFKB 4FWRA 5FPNA 3D2FB 1G99A 3DWLA 1QZ6A 4BRHA 1NGHA 4KBOA 1NGFA 4BGAA 1YXQA 1HUXA 2P9UB 4BRGA 4JD2B 4CJ7A 3MK6A 3LDQA 2FSJA 3AY9A 3C7NA 5BPMA 2QWRA 3DXKA 5AZJA 2YHYA 2VYPA 3LL3A 4HWIA 2A6AA 5AQYA 5EXWA 4BC5A 4E1JA 4F9OA 3UKUA 2IIRA 4BR5A 3O5BA 3CIPA 2E2PA 3ZX3A 5AQHA 3WQTA 4BC2A 3A0IX 2VCPA 3U9DA 3ID8A 4EHUA 4RCHA 4K41A 4WQ4C 5AQNA 3R8EA 2ZGZA 1ATNA 1T6DA 2P9NA 2WUSA 1TYQB 4BVOA 4CZLA 4H0TB 3C0BA 2A3ZA 2D0OA 1ZC6A 1NGIA 2F9TA 5TKYA 4A2BA 5AQSA 2V51B 4JHDA 2AP1A 2IVOA 3U9ZA 5BREA 4DHYA 4CZKA 3GL1A 1HKBA 3IMXA 4QS8A 2P9LB 4MO5A 2Q2RA 4CZJA 3ZEUA 1RDWX 3CHWA 4M63C 2GELA 3CJAA 5LJWA 5AQTA 1V4SA 3VGMA 4B1ZA 1HJOA 3QICA 2NLXA 1T44A 4AM7A 3FE1A 4DB3A 3ULEA 1U2VA 1WOQA 2QWQA 3VPZA 1BDGA 1BWFO 1S22A 2D4WA 2E2NA 3LDNA 5BRHA 2D1KA 5KQDA 2ITMA 1Q18A 3ENOA 3A5MC 5BPNA 1BOTO 3KZBA 3TPQA 1V4TA 5KPZA 3H46O 4RWTA 1BA1A 4CZHA 3GBTA 1R59O 4FWLA 3MCPA 3OHRA 4FWQA 3L0QA 3VEOA 1GLFO 3H1VX 2A5XA 4IO8A 3JXUA 3LDLA 1RGIA 1BUPA 4A2AA 3C7NB 4IWVA 1BA0A 5AQZA 4PL8A 3DXKB 3LM9A 4CI6A 2QWLA 5AZJB 1MA9B 4FWMA 3H3OB 4CD1A 2KHOA 3FZMA 1JCFA 1KAXA 3VF2A 3BP8A 3UKUB 2F9WA 5F2RA 4BRIA 5AQPA 3O8MA 4J8FA 3GDQA 4M7YA 1DEJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C6TA 1U47A 4BR4A 3IS9A 4FJHA 2P9NB 4GKJK 1I39A 1NJZA 4CGHA 2HW3A 1LW2A 3RWUA 5MLCQ 1YTUA 3OS1A 1N8RO 1GLLO 4PA1A 3F9MA 3ID6A 4FWOA 4LF4K 2P9PA 1FKOA 4KHNA 4KPYA 1P90A 1RTIA 2OPRA 3VQEA 4FM2A 2F7TA 4CIEA 4BWMA 4FWSA 1QHAA 3JS6A 4KH4A 4CBWA 3VA0A 4K8XA 1HLUA 4YNQA 4HTUA 2VG7A 3DRPA 3G6EN 2HBKA 4LFBK 3SNNA 4BACA 4W5TA 2V7YA 3EL2A 2HHVA 4JKFA 1VRUA 4G9ZA 4GVEA 4BROA 3VGKA 4OPAA 4OLBA 3CFOA 4RW6A 3TANA 1W97L 4KTZA 4IDHA 1YAGA 3ISNC 3VQ5A 5AQMA 2E20A 4PKHA 4DF4A 1TL1A 3VEXA 3V4IA 2A41A 1FKPA 4DU4A 3AGKA 4I6MA 3CQ8A 4F3TA 1TGOA 1VQ9N 1VQ8N 2GWJA 3CCEN 2D0BA 4YOYA 2ETJA 2YHWA 3U6FA 1U4BA 1I3AA 3CQXA 1EWRA 4FWNA 3RMCA 4LY7A 4CCHA 3QEPA 3NF8A 4DFKA 1GLAG 1U49A 3ZX2A 2BE2A 3M6GA 4CD3A 4CHYA 2PYLA 1JLQA 3VA3A 4M3XA 2ASOA 1XWLA 4JKGA 3AVMA 1JCGA 4AH9A 3KWIA 2YKMA 2P9PB 1NWKA 1J5EK 5FROA 3AAPA 3CPWM 2YHAA 1CLQA 3W0LA 3LAMA 5JMVA 3HXMA 2QW9A 5KTQA 4JNEA 4N5SA 4H0YB 3EY1A 4PL7A 3EZWA 4CHPA 1NJWA 3MX2A 3VGLA 2HVIA 3VENA 3H45C 2X6SA 4LD0A 4DV4K 4NXNK 3IRXA 1TKZA 4DTPA 4KH5A 1OH8A 4CJTA 4M41A 3BF3A 4B1VA 5AFUA 4BG8A 3AVLA 4CK1A 4DKWA 2FF6A 5ADXH 3QLHA 1YUWA 3KIOA 1HRHA 4I6MB 4A61A 4I2PA 1VQON 1SS6A 1W7AA 4DFJA 4N76A 4L3QA 1RILA 1HPMA 3U8XA 1J5OA 3EO3A 3G10A 2WBNA 4DWIA 2OTLN 1BGXT 1N34K 2HMPA 2I7PA 3E9LA 3SUQA 3OYMA 4KHYA 3P5JA 2P5OA 2HOEA 1EP4A 4MLEA 4JKGB 3VMFB 2KKZA 3V9UA 1XQSC 3L2VA 4CJFA 1S1VA 4DSEA 3S3OA 3L2RA 1NGAA 1HPZA 3ATUA 3SAGA 3OYNA 3OYFA 1HR0K 1KVAA 1JL1A 1XUPO 4JN4A 3I33A 3MXIA 4EFHA 1U45A 3UB5A 4DTXA 1TAQA 4E0DA 4JS4A 2O8EA 2E6LA 1Q82O 3L2QA 5HLFA 4FZYA 5A2QO 4F2RA 3TU5A 2O8DB 1IKXA 3CYMA 4AHTA 2VG6A 3O9SA 1IKWA 2ATQA 4OPKA 3CFRA 4M7XA 5BR8K 3ZETA 1TUUA 5AQFA 5CZ2A 1EX4A 3CJCA 4DR4K 5JICA 3P4IA 4AQYK 1RT4A 3BGRA 3SYZA 3PIOL 4DV1K 1U6ZA 1JXBA 3SZ2A 3MN6A 3SQ0A 5C10A 1RDUA 2ZGYA 3D2FA 4CERA 5KPTA 4JRQA 2A1RA 4DR6K 3MN9A 3KK7A 3ZSYA 4BDPA 3KHYA 4CJ4A 1FJGK 1JLGA 3ZSXA 5AQOA 1RBSA 2FSNA 2QXFA 4KV8A 4K0KK 3DLGA 2OPPA 2FXUA 1E4GT 4WFNL 1GLJO 5J2MA 3V1OA 2EX3A 2QM1A 3HI0A 1RDBA 3CFPA 2UXCK 4CJPA 3WXIA 4W5RA 5D3GA 3LDOA 1VSLA 4CJRA 4DSFA 3P83D 4OKKA 4FPAA 4BRLA 1TYQA 3OS0A 1X9JA 4B3TK 4QS9A 4LH4A 5GAHP 3FGUA 5J2NA 4B9LA 5HROA 4LSLA 2XY5A 1OVQA 3QERA 3AVFA 3EN9A 3MDQA 3HPGA 3CCUN 2P9LA 5EY4A 4DLEA 1N6QA 5FPDA 3SAHA 3RRGA 2UUAK 4A59A 1XC9A 3OYJA 2CH6A 4CF9A 4EP4A 4BVPA 1KQSM 4FJKA 3J81O 5C12A 4I9QA 3K5MA 2GEMA 5AQIA 3ZETB 4J2BA 4Z4GA 2H3GX 4DQRA 4CHOA 4DV2K 2G8VA 1VQMN 3AGRA 4KFBA 2NRHA 4AHSA 3WXLA 1GLEG 2E1ZA 2PAVA 3C6HA 3K5OA 1BQMA 5BN8A 4FWRA 2UXBK 2OPSA 5FPNA 3D2FB 1G99A 4DTJA 1QZ6A 4KBOA 1RT6A 1C0UA 2RN2A 3CCSN 4M3ZA 4B8AB 4G1QA 4CJ7A 1B92A 3LDQA 3AY9A 2HBMA 5AZJA 2YHYA 1WNSA 1JLBA 3D45A 2NRTA 5EXWA 3F5TA 3B6OA 4BC5A 4CF8A 1WLJA 4FLXA 3ZX3A 1RTJA 2VCPA 3A0IX 5JS2A 3U9DA 1D5AA 3THYB 3CCMN 2PYJA 4EHUA 4RCHA 3I56N 4O0IA 4EZ6A 4WQ4C 5AQNA 3HVRA 1T6DA 2RKIA 1TYQB 1WSIA 3K9JA 4Z0UA 3I0RA 2A3ZA 1BIZA 1NJIO 3QEVA 1NGIA 4A2BA 1XHXA 5AQSA 1RNHA 4BY9C 2V51B 2IVOA 4DHYA 3V6DA 1BL3A 4FJJA 1FXXA 3PX4A 3KK3A 4DQSA 4QS8A 2P9LB 1RBRA 2P5GA 1S6PA 4Z4HA 1RDWX 3CHWA 4DS4A 1X9MA 3CCRN 3VGMA 5EU7A 4W5OA 1HJRA 3KD1E 2RPIA 2NLXA 2UXDK 2ZJPL 4CF0A 2GX9A 1WSJA 3ULEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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