4WQ4A

E. coli ygjd(e12a)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 113

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
MRVLGIETSCDATGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLAELPA
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV1 (19-22)AH2 (44-66)S2 (12-19)AH10 (302-315)AH1 (32-36)S3 (23-31)S4 (75-81)TVIII2 (326-329)AH4 (111-117)S5 (106-110)TIV7 (297-300)S8 (150-156)3H3 (118-121)TIV2 (122-125)S9 (262-266)3H4 (268-271)S6 (130-135)TI2 (136-139)S7 (140-147)AH5 (162-173)TIV3 (157-160)AH6 (179-188)AH8 (229-258)TII2 (191-194)TII3 (199-202)TIV5 (201-204)S10 (289-291)3H5 (295-297)S1 (2-7)3H1 (37-39)3H2 (70-72)AH7 (211-223)AH9 (273-286)3H6 (331-333)AH3 (85-102)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 113
structure length 336
sequence length 336
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4A01
3ENHA 4IZ9A 5AQHA 1BA1A 1XC3A 4BR5A 2YHWA 1QZ5A 4WQ5C 1BUPA 3QMLA 3CETA 1P8ZA 2ZF5O 3D7EO 4RTFD 5LY3A 2ZWHA 1YVNA 4BG9A 2FF6A 3LDNA 1NLVA 4BRNA 3VESA 3UKUB 1HLUA 2IVNA 3CERA 3VGMA 2GWJA 4BRHA 4DQ8A 5AQKA 4EHUA 1JCEA 1DEJA 3CHWA 1E4FT 2Q0RA 4MO5A 3WXJA 2H3GX 3U8XA 1KAZA 4FOIA 1BO5O 4CZGA 2CH5A 3A8YA 4FWMA 3O5BA 4A2BA 1NGIA 3R6MA 3ZX3A 1BU6O 1U2VA 4F9OA 3IMXA 2E8AA 4H0XB 4FWQA 4BRGA 1TYQA 4BRPA 3LM9A 3DXMA 3JXUA 1NGGA 2IIRA 3D2EB 1YUWA 3D2FB 1NGDA 1T6DA 2ZGZA 3WUHA 3CJCA 1DKGD 1GLEG 3IFRA 1TUUA 4B1VA 3H46O 1NBWA 4QS9A 4O8KA 2A3ZA 1Q18A 4BQLA 4CZMA 4LC9B 3SMPA 1HKCA 4JN4A 1WOQA 3W3DA 5KQ8A 4KBOA 2YJEA 2D0PA 1NWKA 2E1ZA 2VWBA 2D1KA 3A5MC 4BRCA 5JICA 2D4WA 2Q97A 3UKRA 1V4SA 3L6QA 5CE3A 5ADXA 1U2VB 2W40A 4A61A 3O4WA 4H0OA 4WQ4A 3ULEA 5KPRA 2D0OA 3LDQA 3SK3A 2QWLA 3DXMB 4HWIA 2A42A 3LL3A 4DCHA 4J8FA 4IWVA 4MO4A 4PKHA 4ISEA 5I9EB 1K8KA 4K25A 4WYBA 4CBUA 3O8MA 2IVOA 4AM6A 1OKJA 2Q1NA 3SLCA 2P9LB 1H1VA 1KXPA 4ISFA 3BUZB 1JCFA 4BC4A 3MN5A 3FZMA 5BRFA 1U6ZA 1MWMA 1BDGA 4WQ4C 3SJHA 4BRDA 3UKRB 4BRMA 3S41A 4FSVA 4I6MA 2QWPA 2PBDA 4H5WA 5AQNA 5AZJA 3P4IA 3B8AX 2P9IA 2GTDA 4FPBA 3HI0A 4BR0A 3UE5A 1LCUA 1J6ZA 2P9KB 4FL9A 4M7YA 5AQGA 2HMPA 3MN6A 1ATSA 3GG4A 1K8KB 4CD3A 4AM7A 5AQQA 2ZGYA 3RSEA 4B1UB 1LOTB 4BR9A 3QICA 4FWNA 1KAXA 4B1XB 1Y64A 4JD2B 3FLCO 5JLFA 1SZ2A 4FWSA 1Z6RA 5FPNA 1NM1A 4O5FA 2P9PA 3ENOA 4XEIA 4NB4A 1T6CA 1XQSC 4QS8A 3AARA 5JLHA 5AZJB 1TUYA 3AAQA 4DHYA 3FR0A 2P9IB 3QFPA 3OHRA 3U9DA 3KZBA 1R59O 3HSCA 4H5TA 3WEEA 1HKBA 4EHTA 5EVZA 3GL1A 2CGJA 2YCHA 5AQXA 2W41A 5AR0A 4BC2A 3CQXA 3EZWA 5AZIB 3VEZA 3RSEB 3I33A 3L4IA 1JCGA 5EOYA 2ASOA 1MDUB 4FWLA 3MN7A 3MK6A 4QS7A 1X3MA 4PL7A 3C0BA 4IO8A 3KVGA 1T44A 3CJ7A 3VEOA 3ZEUA 4CZLA 1NGBA 5E26A 5AQFA 3DXKA 3QB0A 5AQIA 4EIAA 3U9ZA 4B1WB 1EQYA 4MLHA 4H0PA 3LDLA 2A5XA 3FZKA 2UYTA 1D4XA 2CGKA 3ATUA 4BC5A 1GLFO 3MDQA 3A5NC 4JAXA 4BC3A 2A6AA 3LM2A 5BRHA 3SMSA 5KPTA 1BA0A 5F1XA 2V7YA 2F9WA 3U4LA 5BPNA 2V52B 1ZBSA 3ZX2A 2GELA 2P9UA 4CI6A 4C23A 4H5VA 3H1QA 5EX5A 1QZ6A 3G25A 4B9QA 4BGBA 2BTFA 1HPMA 1MWKA 4FPAA 2F9TA 4H0TB 3GOIA 5F2RA 5B8HA 5BREA 3F9MA 1TYQB 3DXKB 1ESVA 5ELZA 3HM8A 4XH5A 4IJAA 1XUPO 3DWLA 2FF3B 4FWOA 5AQTA 1YAGA 4H0VB 3VERA 4XH1A 2E2OA 3ZETA 2DPNA 4ISGA 3WXLA 4HTLA 3LDPA 5AQSA 2Q2RA 2YHXA 3ATVA 3M6GA 3HTVA 2QW9A 2WUSA 3A0IX 5AFUH 4DB3A 4K41A 5E84A 4JHDA 1SAZA 3FGUA 2P9UB 2FSNA 3VGKA 2QWQA 2ASMA 4GNIA 1S3XA 5BPMA 3R8EA 4E1JA 1ATNA 3M1FA 3ULEB 2GUPA 3HZ6A 5FPEA 2KHOA 4BVOA 2HF4A 2E2PA 4BRFA 4CZFA 2V7ZA 2E2NA 4CZEA 3BF3A 4PKIA 4H5NA 4L3QA 1BWFO 5FPDA 1NGCA 3MMVA 4GY2B 1NGHA 1CZAN 3O80A 3QFUA 3VGLA 3KHYA 2Q31A 3FZLA 2E2QA 1NGFA 2YHYA 3UKUA 1C0GA 4K42A 2P9SA 3O6WA 1QQOA 2E1YA 3AAPA 2ASPA 1Z05A 5AQMA 4RWTA 2YJFA 4XH4A 4CZHA 2FXUA 4MLEA 4IXCA 3GE1A 5AQVA 3VEWA 4I6MB 2QXLA 1IJJA 3IUCA 1BG3A 1DGKN 5JMVA 3WT0A 3H3OB 3CIPA 1NMDA 3QDKA 3VENA 4CD1A 3A5LC 4BQZA 3H3NO 2P9NA 4BREA 3C7NA 4CJ7A 3WXIA 2I7PA 3H6EA 5FPMA 1YXQA 4BRQA 2AA4A 1GLCG 3GDQA 5AFUA 5AQLA 4BR2A 4BR7A 4Y0WA 5BN8A 1SQKA 3BEXA 5ADXH 2GEMA 3O1BA 3MCPA 4RCHA 1KAYA 1NGAA 3R9PA 3D2EA 3D2FA 2P9SB 3A5OC 3QBWA 4BRKA 5BR9A 4BROA 2FSJA 3FFKB 1QHAA 4CZKA 2P9PB 4BRAA 1IG8A 2EWSA 3VF4A 5EXWA 1HUXA 3BP8A 3O08A 3HBTA 3CJAA 2CH6A 1ZC6A 3H1VX 4H0YB 2VCPA 4A62A 5LJVA 1ZXOA 3WEEB 2P9NB 1V4TA 3C7NB 1HKGA 4EFHA 4K43A 3VEVA 2VYPA 3EKSA 5TKYA 3WXKA 4M63C 2HF3A 2NLXA 1RGIA 4BVPA 3WQUA 3GBTA 4FWPA 2CGLA 5AQWA 2I7NA 5BRDA 4FWKA 2FSKA 2OANA 4CBXA 5AQZA 3UB5A 1C0FA 2Q36A 5AQUA 3VF2A 3ZEUB 1HJOA 3AY9A 2FLOA 4CZJA 4EAHD 2NRHA 2P9LA 3TPQA 2NZTA 3W0LA 4PL8A 1QQMA 3WQTA 1GLLO 4CZIA 3EO3A 4M7XA 1GLBG 1QQNA 5AQYA 4B1YB 5AQJA 2AP1A 4BGAA 3I8BA 2IVPA 1G99A 1X9JA 2QWOA 5KQDA 3CJ9A 3EL2A 1GLJO 2YI1A 2E88A 5LJWA 3DAWA 2BUPA 3CI5A 1E4GT 3VOVA 3CQYA 2V51B 3EKUA 4H03B 3TU5A 4YDUA 1GLAG 1S22A 2P9KA 5KPZA 3CJBA 4JNEA 3FE1A 5EY4A 4B1ZA 3FZFA 1RDWX 3IDHA 4CBWA 1WUAA 4FO0A 3VF6A 3H45C 1GLDG 1MA9B 3BF1A 2QWMA 4FOEA 1RFQA 2QM1A 4NO7A 3JS6A 2Q0UA 4IJNA 3L0QA 4PKGA 5F0XA 2QWRA 3J8AA 3EN9A 2HOEA 4JD2A 1BOTO 3CJ1A 2A41A 4BR4A 3ZETB 3VEYA 1NGEA 4H5RA 3M3ZA 4WQ5A 3ID8A 1NGJA 3VEXA 4BRIA 2A40A 3VETA 4YDUC 2E20A 5BN9A 4JHDB 2J4RA 3QBXA 1HX1A 3FZHA 5AQOA 5BPLA 3O1WA 3LDOA 1X3NA 2ITMA 4FWRA 4Z94A 1ATRA 4BG8A 3VPZA 4BRLA 2QWNA 3ZX0A 4A2AA 2GWKA 3MN9A 5AQPA 3DJCA 5AZIA 5AQRA 2PAVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQHA 4JI1K 2D0BA 1QZ5A 1U47A 1BUPA 3SBGA 1P8ZA 1S9GA 4CVNE 3TAEA 2QKBA 3D7EO 4RTFD 4Z0UA 1YVNA 1IBLK 3CCEN 1NJWA 4U67L 3VESA 2IGIA 3CERA 1G15A 4L8RB 3AVJA 4B3SK 4EHUA 3CC2N 2DFFA 3R1XA 1DT9A 4GV9A 3CHWA 2LSNA 3HPHA 3F2KA 2Z1IA 3WXJA 3KKRA 3CQ8A 3JSMA 1BO5O 4CJUA 4CZGA 2CH5A 4DR2K 4FW1A 3T69A 2ETJA 3LPTA 3L3VA 3AVKA 2ZQBA 3IMXA 2E8AA 3PUFA 3HP9A 3TTCA 2IAJA 4H4MA 4MDBA 3CCSN 3HJFA 1TYQA 4BRPA 3E66A 2E6LA 3AVHA 3MCAB 4ELUA 3J7ZO 4PQUA 5HBMA 3D2FB 1ZBFA 2Y1JA 2YV0X 2ZGZA 1J5OA 3WUHA 4YNQA 5CZ2A 4O8KA 3SPZA 1LWFA 1Q18A 4FJMA 1S5JA 3W3DA 4JKDA 1Z25A 1S1WA 1NWKA 2E1ZA 2FBVA 1RBVA 2D4WA 4CEFA 3P39A 5C10A 1D9FA 3O4WA 3CYMA 3L8BA 3LDQA 2G8WA 2KFNA 4E1NA 4PKHA 3ZT1A 4I9LA 1NK4A 4HUFA 3O8MA 2DFHA 1TGOA 4CFAA 4CK3A 3K9JA 1ZBLA 2P5GA 5DM7L 3NGIA 1QE1A 4IOCL 3L2VA 3TTDA 3DI6A 1JCFA 4BC4A 3T1AA 1BIUA 4DSIA 3VQPA 4DTJA 4IKFA 1KVAA 3M5RA 3RVCA 1MWMA 1BDGA 3AVBA 4WQ4C 1T05A 3VQ9A 3LANA 4BRDA 4B3TK 1I39A 2PBDA 4H5WA 5AQNA 3OYAA 3PSFA 3OYNA 2P9IA 1EWQA 3UE5A 2G8UA 1J6ZA 2P9KB 3P5JA 4M7YA 2HMPA 3O9RA 2XY6A 1RTDA 4KI6A 1K8KB 4KHPK 3D0PA 3MEDA 4B9MA 2AJQA 3O9UA 1E3MA 4WFAL 4FWSA 1GOBA 4GVMA 3SPYA 3EY1A 1IKVA 1IH7A 1NM1A 3AVLA 1RBSA 4O5FA 5IWAK 3ENOA 4NB4A 3RRGA 5JLHA 4CGGA 5AZJB 3IKMA 3Q7BA 3AAQA 4IFYA 1ZBUA 3KZBA 3VN5A 4FJLA 4DV5K 3WEEA 1HKBA 1XI1A 2UXBK 2CGJA 2XRIA 5AR0A 3CQXA 3EZWA 5AZIB 3L4IA 3AVCA 4NLCA 4QS7A 2WC9A 1X3MA 4KFBA 2I5JA 4KAZA 4IO8A 1LW0A 2O8BB 2O8FA 1B9FA 2ZJQL 3ZSQA 3ZEUA 4CZLA 3MEEA 1NGBA 5E26A 5AQFA 1VQLN 1C1CA 2A5XA 3PO5A 4B9VA 2OZMA 1SKSA 1GLFO 4KH5A 4CK1A 2P1JA 4LH5A 3TI0A 1UA0A 4JV5K 4Q0BA 2HHXA 3O4QA 4C23A 1RT5A 3HPGA 2BTFA 4FPAA 3VA3A 3GOIA 3QNOA 1RT1A 1TYQB 3B6PA 2FBXA 5ELZA 3HM8A 4E89A 4DG1A 3KLGA 1XUPO 2G8VA 1TL3A 4FWOA 4X64K 3VERA 1LAWA 1REVA 2DPNA 3L2RA 2ZM6K 3OYHA 2OPSA 1VSKA 3LDPA 4ILHA 4OX9K 3G71N 4AH9A 5J2QA 3HPOA 4DV1K 4OLAA 3G0ZA 2QW9A 2WUSA 5AFUH 4LF5K 3RTVA 5C0YA 1SAZA 3FGUA 2P9UB 3S3OA 2FSNA 4M3TA 3CCLN 1XHXA 2ASMA 4GNIA 4OKKA 4C8MA 1ATNA 4ZTJA 1J54A 4LD0A 2GUPA 4KB1A 3CM5A 5KRTA 2KHOA 3DLHA 1EO1A 1XNRK 2F8SA 1D5AA 1BWFO 5FPDA 5J2PA 1NGCA 3MMVA 3QEPA 2RE2A 4DUYK 1CZAN 3O80A 3CMEN 2OYQA 4DSJA 4DUZK 2O8DA 3OY9A 3V1RA 1RTIA 1LWEA 4FM1A 3AAPA 2ASPA 4XH4A 4MLEA 3VEWA 1NJXA 1S9EA 1IJJA 1VSJA 3ZT4A 4LF6K 1NNEA 5JMVA 1IBMK 3AA3A 3WT0A 3QLHA 3QDKA 3IS9A 3DMJA 4LY7A 2DY4A 4BQZA 2P9NA 3C7NA 4CJ7A 3NH2A 5FPMA 2E6MA 2HMIA 4BRQA 1XWLA 4PUOA 4BR7A 4UY8O 1RDAA 4Y0WA 2OTJN 3Q7CA 5ADXH 3HRGA 4YOTA 3CD6N 2P9SB 4JKCA 3ID6A 4HUEA 1M90O 2HBLA 3NGYA 5M1OA 4DWIA 1QHAA 1RBRA 3I8DA 3CFPA 4E7JA 1IG8A 4GKKK 3OS2A 2EWSA 1QSYA 1EWRA 4LF7K 1JL1A 3CJAA 1K9MO 3VQ4A 5GINA 3O9QA 4H0YB 4DFPA 4DV2K 1ZXOA 3N4PA 3WEEB 4M45A 2HVIA 3VQBA 2A1RA 4AHRA 4F3OA 4EZ9A 3WXMB 3WQUA 1TKTA 4DV6K 3GBTA 4FWPA 3F5TA 2KLAA 4AHUA 4K8XA 1SL2A 3UB5A 1ASUA 1UAXA 2EX3A 3THVA 1C0FA 2Q36A 3VF2A 3ZEUB 4M3XA 4FLZA 3AY9A 2P9LA 3TPQA 4OGEA 4PL8A 1GLLO 3EO3A 4KPYA 1YT3A 3DYAA 5FRNA 1QQNA 3OYEA 3LP2A 2OTLN 4B1YB 4LF9K 4FJGA 5I42A 1L3UA 5SWMA 1X9JA 4BDPA 1FW6A 2XY7A 3CJ9A 4A59A 3K0SA 1JLGA 2E88A 5LJWA 2BUPA 3CI5A 3OA9A 3EKUA 1YJ9N 1W2BM 3V4IA 1KFDA 5KPZA 4JNEA 5DK5A 1CXQA 2X74A 3B6OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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