4WQ4C

E. coli ygjd(e12a)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 72
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C02
3A0IX 1BWFO 4CBUA 5EOYA 3SJHA 3EKUA 5AQYA 5EXWA 1NGGA 5TKYA 2D0OA 2P9NB 3WEEA 3HI0A 4EFHA 3UKRA 1GLDG 5EY4A 3M3ZA 4GY2B 5AZJA 5AQPA 1YVNA 1NGBA 2FSNA 4JAXA 3VEZA 3A8YA 2P9PB 4LC9B 2F9WA 3SMSA 4FSVA 4H5WA 3VESA 3GBTA 1T44A 2P9UB 4XH4A 3RSEA 2ZWHA 1U6ZA 3ULEB 4CBXA 4CI6A 1DKGD 3WXKA 5E84A 1Y64A 2CH5A 3VOVA 3UE5A 1P8ZA 4K42A 4PL8A 4XH1A 3C0BA 3MN9A 2WUSA 1NGHA 4CZEA 4BR4A 2E1ZA 5AQFA 4JNEA 5AQKA 4CJ7A 4JD2B 1SZ2A 1ZXOA 4AM6A 1NGEA 3CJCA 5AFUA 1BU6O 3SMPA 5AQSA 2E1YA 4DQ8A 1C0GA 4CZHA 1GLCG 3DXMB 1U2VB 5BPLA 3QDKA 3S41A 4CZGA 3SLCA 4PKGA 4BRKA 2Q0RA 1KAYA 2IVOA 5AQIA 3L0QA 1QZ5A 2E8AA 3TU5A 2QXLA 3FGUA 3WEEB 3FR0A 3O8MA 5CE3A 3QB0A 3UKRB 3CETA 2YHWA 3FZKA 3OHRA 4FPBA 4CZFA 4IZ9A 5BPMA 5AZJB 4IO8A 3I33A 1NGJA 3WXJA 1BDGA 4JHDA 5AFUH 1ATSA 3RSEB 1GLLO 3H3OB 4BRFA 2QWPA 3EZWA 3M6GA 4BC5A 1TUUA 3DWLA 2CGKA 3MCPA 3DJCA 2QWRA 4WQ4A 4MLHA 3A5NC 4XH5A 2I7PA 3CJAA 1V4SA 2W40A 1X3NA 2FLOA 3ZX0A 2VCPA 5AQTA 5FPDA 5FPNA 3FZHA 3D2FA 2ZF5O 4H03B 5BR9A 4BG8A 3AARA 3CQYA 3EO3A 2FF6A 2W41A 4BRLA 5KQ8A 3UB5A 3L6QA 4KBOA 1KXPA 1GLFO 3FLCO 1R59O 1ATNA 1Z05A 1DEJA 1HPMA 4K41A 3JXUA 2E2PA 4BC2A 1BA1A 2D0PA 3DXKA 5ADXA 1KAZA 1BG3A 4IJNA 3ATUA 3HM8A 4E1JA 4QS7A 2YI1A 4H0VB 5AQVA 3EN9A 3BF3A 4HWIA 1YAGA 1TUYA 2GEMA 4XEIA 5BRFA 2QWOA 4BRAA 4BC3A 3HBTA 2NZTA 4JHDB 3MN6A 2CGLA 2GELA 5BN8A 4IWVA 4I6MA 4BREA 4BRNA 1GLEG 5EX5A 4B1XB 3CJ9A 4CZMA 2GTDA 4YDUC 3ENOA 4EIAA 4C23A 2VYPA 5AQUA 5ADXH 1X9JA 3D2FB 3IMXA 3FZFA 3H45C 3L4IA 4O5FA 1YXQA 5JLFA 4EAHD 1HJOA 1J6ZA 1GLJO 3HSCA 4MLEA 4BC4A 2P9KA 2QWNA 3VERA 4B1WB 2HF3A 1MWMA 2E88A 2AA4A 2QM1A 3GOIA 2QWMA 3WXLA 4O8KA 1QZ6A 3CJ1A 2PBDA 4FWOA 5JLHA 1NGAA 3DXKB 4Y0WA 3LM9A 5AR0A 2Q0UA 3GG4A 4CBWA 3VF6A 5E26A 4PKIA 2FXUA 3GL1A 2ASOA 3ZX2A 3EKSA 3CQXA 1E4GT 1G99A 2I7NA 3IUCA 3FFKB 1QQOA 5BPNA 4NB4A 3VEVA 1NM1A 3IFRA 3QBXA 1NWKA 2FSJA 4I6MB 4B1ZA 3O5BA 2KHOA 3VENA 2F9TA 4CZIA 3KVGA 2A5XA 2V7ZA 2E20A 1LOTB 4BRDA 4K25A 3VPZA 5KPTA 3H1VX 4B1UB 1TYQA 4BVPA 5BRHA 2P9LA 2P9SA 2GUPA 4H5VA 3LL3A 1MDUB 1BA0A 1Z6RA 5KQDA 1T6CA 3AAQA 3O1BA 1MWKA 3FZLA 4CD1A 3GE1A 2YHYA 1SQKA 3DAWA 2P9KB 4FO0A 1HLUA 5EVZA 4MO5A 1RDWX 4PL7A 5KPRA 4FOEA 4BGBA 2IVNA 5AQWA 4BVOA 2Q2RA 4CD3A 3QMLA 2HMPA 5AQQA 3EL2A 3W0LA 4BQLA 3CI5A 2NRHA 3O4WA 4RTFD 2P9IA 3U9DA 2CH6A 3LDLA 4RCHA 2ASPA 1T6DA 3O1WA 3P4IA 4F9OA 2ZGZA 3W3DA 5AQZA 3AY9A 4BRIA 3G25A 2V52B 3IDHA 4H0YB 1MA9B 4FWPA 4WQ5A 4B1VA 1ATRA 1TYQB 3MN7A 4WQ4C 3VETA 4BR5A 1K8KA 3WQTA 3H6EA 2P9LB 3J8AA 2P9SB 4DB3A 3LM2A 4BROA 4FWKA 4BRGA 4QS8A 4FWLA 1ZBSA 3D2EA 3A5OC 5AZIA 3CJ7A 4DHYA 1GLBG 4PKHA 3JS6A 1QQMA 1RFQA 2V7YA 2Q1NA 2GWKA 3SK3A 4M7YA 3ZEUA 3R8EA 4CZLA 2A42A 4BR9A 4BR0A 1JCFA 3A5LC 1X3MA 3VF2A 5LJWA 3ATVA 3ZETB 3QICA 4WYBA 2Q36A 5AQRA 4IXCA 4CZJA 4FWMA 4JN4A 1H1VA 2P9IB 4H0OA 3VEOA 4BRHA 4M63C 1NBWA 3CHWA 3R6MA 3CJBA 4FWRA 4BRPA 2EWSA 3CERA 5B8HA 5LY3A 3ENHA 2A41A 3LDPA 5F0XA 1IJJA 2Q31A 3H46O 1XUPO 2YCHA 2ASMA 2A40A 4H0PA 4IJAA 4ISGA 2HF4A 4MO4A 5FPMA 2NLXA 4A61A 4B9QA 1NGFA 2DPNA 3MDQA 3QFUA 1K8KB 1NGCA 3WT0A 5BRDA 1CZAN 1QHAA 3QBWA 5KPZA 3VF4A 3UKUA 5ELZA 4BRQA 3HTVA 5JICA 1WUAA 3D7EO 1YUWA 1BUPA 1C0FA 3VGMA 3AAPA 2YJFA 4B1YB 5BREA 1ESVA 3D2EB 2GWJA 1SAZA 4EHUA 5AZIB 3BF1A 1XC3A 2E2NA 1Q18A 2IVPA 1NMDA 3LDOA 2YJEA 1NGDA 4GNIA 1S3XA 2HOEA 3ZEUB 5AQNA 3FZMA 1LCUA 3WUHA 4BR7A 3HZ6A 3C7NA 4BR2A 3F9MA 4Z94A 1XQSC 3TPQA 5AQXA 2YHXA 3O08A 3I8BA 4H5RA 2V51B 3LDQA 4ISFA 5AQJA 2D4WA 2AP1A 1HKBA 1DGKN 4RWTA 4HTLA 4FWQA 1JCEA 4J8FA 5JMVA 4DCHA 4FWNA 1S22A 5LJVA 5FPEA 5AQGA 2E2OA 3B8AX 1WOQA 4FL9A 3ZETA 3BUZB 2BUPA 5BN9A 1V4TA 3O80A 2ITMA 3ID8A 3ZX3A 4H5TA 3KZBA 2OANA 3MK6A 2BTFA 4K43A 3UKUB 2IIRA 3GDQA 4H5NA 5AQOA 4BRCA 3A5MC 4H0XB 5F1XA 3CIPA 5I9EB 2E2QA 2H3GX 3O6WA 1BOTO 1KAXA 3H1QA 3U9ZA 2A3ZA 1NLVA 1HKGA 2J4RA 2QWLA 1GLAG 2FSKA 3VGKA 2P9NA 2QW9A 4QS9A 4AM7A 2D1KA 2UYTA 3MN5A 3R9PA 1EQYA 2A6AA 3C7NB 3U8XA 3WQUA 3KHYA 2QWQA 3QFPA 2PAVA 4A2AA 2VWBA 2P9PA 4NO7A 3H3NO 1JCGA 1BO5O 2P9UA 4H0TB 4A2BA 4YDUA 1D4XA 5AQHA 3ULEA 3VEYA 3VEWA 4M7XA 3FE1A 4BRMA 5AQLA 3VGLA 3LDNA 1QQNA 3BP8A 4FPAA 5F2RA 1HKCA 1OKJA 2Q97A 1HUXA 3U4LA 3WXIA 3BEXA 5AQMA 4A62A 4L3QA 2ZGYA 2FF3B 2CGJA 1ZC6A 3MMVA 4JD2A 1RGIA 4BG9A 1IG8A 4BQZA 4ISEA 1HX1A 1E4FT 4WQ5C 3DXMA 3VEXA 1U2VA 4EHTA 4BGAA 4FOIA 3M1FA 4CZKA 1NGIA 4FWSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CFPA 4CVNE 4CJFA 1D5AA 5EOYA 5J2MA 4CF1A 1S1UA 3IS9A 4LH4A 3HI0A 4CJPA 1HMVA 4JRQA 3MXIA 1M1KO 2YHAA 5M1OA 5AZJA 5AQPA 3K57A 1RBSA 1ASVA 2P9PB 2F9WA 4LC9B 4DV1K 5FROA 4H5WA 4FJ8A 4LF5K 4DF8A 2NRVA 1OH6A 4RW8A 3UE5A 4W5RA 3F5TA 2IGIA 5H1SQ 4FJKA 2ZE2A 3AVKA 4CW7B 4X65K 3L2UA 3MAQA 4OPKA 3K5NA 1IO2A 4M3YA 3MCAB 4F3TA 5AQKA 3BY5A 4AM6A 3K59A 1GLCG 3DXMB 1VSLA 4O55A 1FKOA 4LFAK 3WNGA 3PO4A 4M3UA 3PX4A 4DFJA 4AHTA 1I39A 1WN7A 2E8AA 3DLLL 3TU5A 4Z4GA 5KGWA 3RTVA 3CC7N 3QB0A 5GIPA 4LF4K 4IZ9A 5BPMA 5AZJB 3KK2A 1NGJA 1IG9A 3TABA 1ATSA 2QXFA 3AGKA 5CZ2A 4BRFA 1NJZA 3LALA 3M6GA 1IBLK 3L2WA 4BE0A 1Q8IA 4MLHA 2YHBA 3HP9A 2FLOA 5C15A 2RPIA 3FZHA 3D2FA 2ZF5O 4CEDA 4BG8A 1BQMA 3OYDA 1IKVA 1QS4A 1REVA 2YNFA 1Z05A 4JRPA 4U7BA 3HL8A 1S1WA 4KHYA 1HPMA 1JXBA 2DFFA 3DRRA 1RTDA 1KRPA 3C6AA 5C2FA 3V9WA 1KAZA 1DTTA 4IJNA 3N4QA 3ATUA 3HM8A 4QS7A 4OKKA 4CJUA 1KQSM 4H0VB 5AQVA 2G8KA 3BF3A 3MEEA 4AQYK 4C8LA 2HHSA 3P31A 1TUYA 4W5OA 3ULDA 4KI6A 2QWOA 1N5YA 4I2QA 3LP2A 4BC3A 4JKBA 3HBTA 3OYFA 1BIZA 4JI3K 3KTQA 1LW2A 3MN6A 1GOBA 4YFUA 3QEWA 1XI1A 2GELA 4BRNA 3DRPA 4FLYA 3CJ9A 3AV9A 3HPOA 4PA1A 3OBWA 4OKJA 3NF6A 3VQ5A 1KFDA 3D2FB 4NXMK 3FZFA 2NRXA 1D8YA 1CLQA 4CEBA 4DQRA 3OYAA 3LDSA 3O9TA 1GLJO 4ZHRA 3I55N 1VQ6N 4FLTA 4MLEA 4BC4A 3ZCMA 2Q3SA 3K9JA 4CEZA 3NMUA 2E88A 4NCGA 4ELVA 1QZ6A 5JLHA 1NGAA 1RTIA 5AR0A 4KTZA 3GL1A 3EEQA 2ASOA 2VQFK 3LAMA 1XHXA 2I7NA 3FFKB 3PSFA 4NXNK 1U4BA 1NM1A 4JKGA 3MX2A 3SV4A 2XY7A 3F2KA 4QOZB 1RCHA 3VENA 3VTIA 1RT2A 3KVGA 2HNDA 2FBXA 2UXCK 4YNQA 2Z1HA 4FJHA 2O8FA 1CZBA 5IWAK 3DOLA 3PLAA 3LP1A 3OTOK 3ZSWA 4CEAA 4B1UB 4BVPA 5BRHA 3AVNA 2GUPA 2F7TA 3TANA 2OZMA 4NCAA 3O1BA 4V19S 3TTDA 3PUFA 2YHYA 2B5JA 3DAWA 1EXQA 3KLEA 1HLUA 1Z25A 4MDBA 1RDWX 3R1XA 4CK2A 3M8SA 5KPRA 2VG6A 1NKCA 4FOEA 4MDAA 5M1FA 3TR8A 3S9HA 3ZSQA 4BVOA 4CD3A 4DF4A 4U67L 2QTDA 4DUZK 3HOTA 3EL2A 5A2QO 4BQLA 4DLGA 3U9DA 3QERA 4JKGB 4B9VA 4RCHA 1ZBUA 1T6DA 2ASPA 4B9SA 3NCIA 1U48A 4F9OA 2ZJPL 4LF9K 1NNEA 3ENBA 3LZJA 4DSIA 4O5BA 4DTXA 3NF7A 4K0KK 2O8FB 4B1VA 1ATRA 3ZSZA 1Q82O 3L3VA 3TTFA 4C1NI 4X66K 4WQ4C 4BR5A 5DM7L 3VQ6A 3OYLA 3H6EA 3J8AA 3HVRA 1JLFA 4QS8A 1YHQN 3VN5A 4FWLA 3C6UA 2UXDK 2Q1NA 3SK3A 3M5RA 4DS4A 3TAFA 4BR9A 3CC2N 1S9EA 3U3GA 1EWQA 5LJWA 1KVAA 2E4LA 2Q36A 4PY5A 5AQRA 4FJ7A 3G6EN 4M63C 5C12A 3CHWA 2A1SA 2WC9A 4L8RB 4KPYA 2EWSA 1S1VA 1SL2A 3RMDA 2QEXN 2A40A 1IKWA 2VWJA 4FLUA 3R3LA 2DPNA 1CZAN 1QHAA 5CY4A 1S1TA 2G8WA 5ELZA 3HTVA 3TI0A 3JYTA 1C0FA 2YJFA 3O9UA 3T1HK 2GWJA 4F4KA 1T8EA 3THXA 2E2NA 3LDOA 4GNIA 1S3XA 4FLXA 1WBDA 4BWMA 4BR7A 4A5AA 3MEDA 1U49A 4Z4FA 3CG7A 4I2PA 4FW1A 3TPQA 3SBTA 3O08A 2V51B 3LDQA 5AQJA 1YJ9N 2D4WA 5CYQA 4A59A 1JL2A 3QNNA 1HKBA 3VQCA 1DGKN 4TSXA 4RWTA 2HHUA 1TKXA 4IG3A 3RMBA 1VRTA 3CC4N 2D5RA 4YY3K 4FLVA 4ELTA 5CZ1A 5LJVA 1JLCA 5AQGA 2E2OA 4FL9A 4CGJA 4JI0K 1NU0A 3BUZB 4NLBA 1NOYA 2BH1A 3MXJA 3PO5A 2ITMA 3ZT3A 1X9MA 3ZX3A 4EP4A 2B4JA 3ITHA 4H5TA 1VQ9N 1J5OA 4H0XB 4CFAA 4KRFA 1RNHA 3CIPA 4C8NA 1KTQA 3DRSA 2H3GX 3THXB 4KHPK 1TL1A 3J7ZO 1KAXA 3H1QA 1NLVA 1RBRA 5SWMA 4Q0BA 2QKBA 1GLAG 5GIOA 5AJ3K 1RBUA 2UYTA 1EQYA 3I0RA 3QFPA 3KJVA 2UUBK 1NJWA 4IBNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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