4WQ4C

E. coli ygjd(e12a)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 72
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C02
2CH5A 3QDKA 4BG9A 3ENHA 4JHDA 1NGAA 2QW9A 3A5LC 3SMSA 1X3NA 3ZETB 2HMPA 3VETA 1U2VA 2I7PA 3AAPA 1GLCG 2FLOA 1TYQB 5BPNA 4WQ4A 1QHAA 3CJAA 2Q1NA 5EXWA 2GWKA 4PL8A 4BRAA 4WQ5A 3H1QA 2QWNA 2H3GX 1QQOA 1TUUA 3DJCA 3VEXA 2PAVA 5AFUH 3CI5A 3MN7A 1QZ5A 1X3MA 4B1UB 5BPLA 1HKBA 5AQUA 1LCUA 1KAYA 2BUPA 3A8YA 3MCPA 2HF4A 4FOEA 2EWSA 4WYBA 3HTVA 3FE1A 2IVNA 2E8AA 3LDOA 4MLEA 4CZIA 1GLBG 1U6ZA 1ZBSA 4I6MA 2P9IB 3FZMA 4B1XB 3QMLA 1NGGA 5F2RA 4BRLA 5EVZA 2GWJA 3S41A 2OANA 5AQVA 2Q97A 1NM1A 3O08A 1QZ6A 2P9KB 1ATRA 4BREA 1BUPA 3WXJA 4RCHA 2A42A 3CQXA 1LOTB 4BRHA 2CH6A 4QS9A 1GLFO 3OHRA 3R8EA 4AM6A 4BG8A 1NGEA 3JS6A 3FZKA 1QQMA 3UKUB 3VF2A 3BUZB 4H0XB 3DXMA 5B8HA 2HOEA 3A5MC 4A61A 2YHXA 5KQDA 1IJJA 4BR5A 4H03B 4PKHA 1R59O 4GNIA 2VYPA 3O80A 2ITMA 1BA0A 3D2EA 3IDHA 4H5NA 4CZMA 2W41A 2P9UA 1ATSA 4QS8A 1C0GA 4BRKA 2D4WA 3FFKB 3GE1A 4FWNA 4BRQA 3VGLA 1S3XA 4WQ4C 1G99A 3H1VX 4JN4A 4F9OA 2YI1A 3RSEB 1IG8A 5AQMA 4WQ5C 4JHDB 5AQHA 2A41A 2ZGYA 3DWLA 5AQYA 5E26A 1E4GT 2P9PB 1SZ2A 3QB0A 3ENOA 3SMPA 4H5WA 5F1XA 4K41A 4IZ9A 4BRMA 4IXCA 1TUYA 3BF3A 4BRDA 5AQQA 5TKYA 4BRNA 5AZJA 2YHYA 4XH4A 5ADXA 2Q31A 1KAZA 3IFRA 4BR4A 5FPDA 4ISEA 2VWBA 5LJWA 3ZX3A 4BC2A 4CD1A 2D0PA 4QS7A 2D0OA 5AQLA 3HZ6A 4FWPA 1E4FT 3ZX2A 3ZEUB 1SAZA 3B8AX 1ESVA 3L4IA 3O8MA 4NB4A 1P8ZA 1Y64A 3UB5A 2A5XA 2Q36A 4L3QA 4CJ7A 5AQKA 5KQ8A 3U4LA 3QBXA 2YJFA 1Z05A 4I6MB 3LM9A 3ID8A 5ADXH 4JD2B 2YCHA 4DQ8A 2A6AA 4FSVA 3ULEA 4J8FA 3UKRB 4CBWA 5I9EB 3A5NC 1V4SA 2WUSA 2IVPA 3R6MA 1EQYA 2HF3A 1BOTO 2V52B 1OKJA 2UYTA 3A5OC 3VESA 2QWLA 2F9WA 3C7NB 3R9PA 2E2OA 3TPQA 4XH5A 5AQPA 3LDNA 1MWKA 2NRHA 3GDQA 4KBOA 3QICA 4BVPA 1T44A 4B1ZA 1GLAG 1KAXA 3LM2A 5AR0A 3VOVA 2F9TA 3GOIA 5BR9A 4BR9A 2E2NA 2E20A 4DB3A 5AZIA 4Y0WA 1K8KA 2E1YA 4BVOA 3WT0A 4MLHA 3AY9A 4B1WB 3EZWA 5AQOA 3CJCA 1QQNA 3IUCA 2P9NA 2GUPA 1HKGA 3AAQA 4M7XA 3VGMA 3WEEA 2QWOA 3VPZA 3LDQA 2P9LB 5LJVA 3QBWA 5JMVA 5AQGA 5FPNA 3GL1A 4B9QA 1RFQA 3TU5A 5JLHA 1DGKN 2V7YA 4H5RA 5F0XA 2FSKA 3DXKA 5E84A 5EX5A 4ISGA 3UE5A 2P9SA 4K43A 5AQTA 3D2FA 3H46O 4CZFA 5EY4A 1GLDG 1BU6O 4EAHD 3F9MA 4A2AA 3ZETA 3VEYA 2ZF5O 1NMDA 3LDLA 2I7NA 4BC3A 4FWOA 1TYQA 4BGBA 2YJEA 4FPAA 3LDPA 4FWSA 1NGJA 4K25A 3A0IX 2ZGZA 4BQZA 4FO0A 3H6EA 4CZJA 4MO4A 5JICA 2A3ZA 2FXUA 4CZLA 1BA1A 4C23A 3VEWA 3J8AA 2CGKA 2AP1A 1D4XA 3EO3A 3FGUA 4DHYA 3MN6A 3FR0A 3VGKA 1NGHA 1NGIA 4EHUA 1NGBA 1YUWA 1XUPO 2J4RA 4BRIA 3HBTA 1ZXOA 2NLXA 3L6QA 1U2VB 3MMVA 3CETA 3HI0A 2P9IA 3GBTA 5KPRA 5AQSA 1MDUB 3HM8A 1XQSC 4FOIA 2E88A 3G25A 1KXPA 2P9KA 2GELA 3L0QA 4LC9B 4PKIA 3MDQA 2A40A 1RGIA 5BPMA 4CZGA 1BWFO 1HUXA 4FL9A 1GLLO 4O8KA 4CBXA 1SQKA 4BC4A 1X9JA 3MK6A 3MN9A 1MA9B 1MWMA 2NZTA 4XEIA 5AQRA 2GTDA 4BC5A 1NGCA 1BG3A 4H0OA 3U9DA 2D1KA 4AM7A 3UKUA 4FPBA 5EOYA 2QWRA 3U8XA 5KPTA 4EIAA 1Z6RA 4EFHA 3O6WA 5ELZA 3QFUA 3BP8A 4BR0A 1Q18A 2VCPA 4RTFD 4PL7A 4CZEA 1NWKA 2QM1A 1HX1A 1CZAN 5LY3A 3DXKB 1YXQA 4B1YB 3I8BA 1GLJO 3ATVA 2Q0UA 5KPZA 1NGFA 2ASMA 3RSEA 4CI6A 2W40A 3C0BA 3VENA 3HSCA 5AQZA 3WUHA 5AQWA 3SLCA 1HKCA 4YDUA 3VF4A 4EHTA 2P9PA 5AQJA 4H0VB 4O5FA 3WQTA 3BF1A 1YAGA 4A2BA 3DXMB 3H45C 1C0FA 3H3OB 3DAWA 4FWQA 3KZBA 5AQXA 3FZFA 3WQUA 4IWVA 2V7ZA 1YVNA 2FSNA 2Q0RA 3D2EB 2CGJA 2P9UB 1BDGA 4K42A 2BTFA 2DPNA 4CBUA 3SK3A 3ATUA 4BRPA 3CJ1A 3MN5A 4H5VA 1J6ZA 4ISFA 3ZEUA 2FF6A 4JAXA 3O4WA 4XH1A 2E1ZA 2V51B 2GEMA 3BEXA 3VEZA 3SJHA 5BN8A 1H1VA 4BGAA 3CJBA 1V4TA 4PKGA 3QFPA 3W0LA 3CJ9A 4IJAA 3P4IA 4JD2A 5AQIA 5BRFA 4FWLA 3EKSA 5AZJB 3UKRA 1RDWX 3AARA 3M3ZA 4E1JA 3KVGA 3FZHA 3VERA 3WXIA 4BROA 5BRHA 2ASPA 4FWMA 3D7EO 4M63C 3C7NA 1WUAA 3LL3A 2QWMA 3M6GA 4NO7A 4DCHA 3EKUA 4B1VA 1BO5O 4H0PA 4H0YB 3M1FA 4FWKA 4IO8A 3CIPA 1JCGA 2Q2RA 3WXLA 4HWIA 4IJNA 5JLFA 4BR7A 1DKGD 2KHOA 3FZLA 3JXUA 1NBWA 2AA4A 1ZC6A 4M7YA 5AQFA 3ULEB 3W3DA 1HLUA 1XC3A 4YDUC 5BN9A 4Z94A 5AQNA 3U9ZA 2P9LA 2FF3B 3EN9A 4CZKA 2ZWHA 4CD3A 1ATNA 1NGDA 1T6DA 2CGLA 4BQLA 3CQYA 2E2PA 3I33A 4HTLA 2E2QA 3CJ7A 1JCFA 3H3NO 4BRCA 3CERA 5BREA 4GY2B 4BRFA 4BR2A 3VEOA 5AZIB 2IIRA 1K8KB 5FPMA 2QXLA 1HPMA 1DEJA 2FSJA 3CHWA 3VF6A 4RWTA 1GLEG 3WXKA 1WOQA 2P9NB 3FLCO 2IVOA 3GG4A 3WEEB 1HJOA 3ZX0A 1T6CA 5FPEA 4MO5A 1S22A 2QWQA 2YHWA 5CE3A 3O1BA 4JNEA 3O1WA 3KHYA 4BRGA 2QWPA 4A62A 2ASOA 2PBDA 4FWRA 3EL2A 5BRDA 5AFUA 4CZHA 1JCEA 4H5TA 3O5BA 2P9SB 3VEVA 4H0TB 3IMXA 3D2FB 1NLVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DMRA 2VGNA 2QW9A 3H08A 1SS6A 3CCLN 3PSIA 4FK0A 2B6AA 3QEWA 3DM2A 1S6QA 3IKMA 1KTQA 3H1QA 2QWNA 3CYMA 4IDHA 5M1FA 2H3GX 2YNGA 3IRXA 4DR2K 3CI5A 1QZ5A 1X3MA 4FJKA 3MAQA 5HOOA 3AVHA 4H8KA 3NF6A 1KLNA 5KRTA 2BUPA 3K2PA 3A8YA 3MCPA 2HF4A 3CF5L 1RTJA 2XY7A 5HBMA 3FE1A 1JXBA 2HNYA 4DTXA 3KK2A 1SL0A 4CZIA 4Z0UA 4I7FA 1L3UA 1HQUA 1UWBA 5JS1A 2VQFK 4CJKA 5EVZA 2W6KA 2Q97A 3O3FA 4FVUA 4Z4HA 4E1MA 3P38A 2UXCK 1D8YA 3NGZA 4BRHA 3AVGA 3AVNA 3EZ5A 3I56N 1RBRA 4FLTA 4BG8A 3E66A 2YKNA 4IG3A 3VF2A 1RT5A 2NNWA 3BUZB 3UKUB 4H0XB 5HRSA 5B8HA 4FJ9A 3LWMA 2YHXA 4C1NI 4DLGA 2VG7A 4PKHA 3AVCA 3OS1A 3OS0A 1XWLA 1BA0A 2AJQA 3D2EA 4H5NA 4CZMA 4CHZA 3KK3A 1XI1A 3LP2A 3OYFA 2P9UA 1ATSA 5JVHL 1E3MA 4BRKA 2D4WA 4NCGA 3FFKB 4BRQA 4CK2A 5CYQA 4F9OA 2HBKA 2O8BA 3H1VX 3NBPA 4OJRA 1S1WA 1YJ9N 4CJPA 2ZGYA 1Y97A 3HPOA 1SZ2A 3SMPA 4H5WA 5F1XA 4B3TK 4IZ9A 1HPZA 4NXMK 4IXCA 1XHXA 2JWLA 4BRDA 4BRNA 2YHYA 4FLVA 5I42A 3SQ0A 3SUPA 3SI6A 2Q31A 1KAZA 4IG0A 1A5XA 1C1AA 1RCHA 2D0PA 4JLHA 4QS7A 5AQLA 4CGJA 1HNWK 4NCBA 1KRPA 4JI8K 1M1KO 3L4IA 1D9DA 4W5QA 3NAEA 5GAHP 5C24A 2GV9A 1VAZA 5ADXH 1C0TA 4KPYA 4B9LA 3DLBA 4KKOA 2A6AA 2A1RA 4J8FA 4CBWA 3E1YA 4RW6A 4CIFA 1NOZA 1Q7YO 1QHTA 4H4OA 3ZSOA 2WUSA 4DG1A 3J7AP 2UYTA 5C25A 3ZYYX 1FXXA 4ZHRA 3C7NB 3R9PA 3D6RA 1VRUA 4JS4A 3PLAA 1X1PA 3QICA 4BVPA 4B1ZA 3WNHA 1KAXA 4NXNK 2F9TA 5BR9A 3PX0A 4C8KA 4LF6K 2E1YA 4BVOA 4DR3K 3K58A 1ASWA 2HHQA 2E6LA 3AY9A 2O8EA 3SUOA 4CJQA 3EZWA 5AQOA 4C8OA 1JXEA 1QQNA 4BY9C 5GIPA 2GUPA 4M7XA 3AAQA 2R7YA 2QWOA 3T3FA 2P9LB 3P1GA 4FM2A 1YHQN 5JMVA 4PUOA 2B5JA 4E1NA 3TU5A 5F0XA 3CCVN 4HUEA 1JLBA 2O8CB 4ISGA 1OH6A 1OVYA 4DSFA 4K8ZA 5FRNA 4B08A 3PV8A 4EAHD 1DTTA 3QINA 1P90A 2ZF5O 4EZ6A 3ENBA 4IFVA 1U47A 3WNFA 3DRRA 3NCIA 2YJEA 3DLKA 4FJHA 4DV3K 2F4VK 4CJVA 5CR4A 5AJ3K 2ZGZA 4CZJA 4MO4A 3KLEA 4FK4A 3R1XA 4B9NA 3VQBA 1BIZA 1VSIA 3T19A 4E7IA 1YUWA 1XUPO 1XNQK 1S6PA 1VQMN 4GKJK 4BRIA 4CEAA 4KAZA 4FJLA 1U2VB 3TSPA 4AH9A 4J2DA 3HOTA 3GBTA 1U04A 5J2QA 1XQSC 1A5VA 2GBZA 3G25A 3TABA 4PKIA 3MDQA 1LV5A 4CEBA 5M1NA 1SQKA 1XMQK 3U3YA 2RPIA 3SAGA 5KTQA 3J7ZO 3HM9A 1BG3A 3DRSA 3UKUA 3VQ4A 4W5RA 4ELUA 3M8PA 1ZBUA 1Z6RA 1J54A 4Z4EA 1VSFA 3BP8A 1K9MO 3AV9A 2VG6A 1OVQA 4GV9A 1WAFA 4F2RA 3N4QA 3J80O 3ATVA 3IAYA 4CI6A 3AO1A 4GVEA 1ZBFA 1UOCA 1HKCA 3L2UA 1VQ4N 5AQJA 1KC8O 2W6LA 4KHUA 2HHTA 1NJIO 2G8IA 3AVIA 3LANA 3DAWA 4JI7K 3V1QA 1EWRA 1YTAA 2HHSA 4CF9A 4A5BA 1HMVA 4LSLA 3CFOA 4BRPA 3CJ1A 4M3ZA 5HP1A 2FF6A 4JAXA 2B4JA 4DF4A 3QEIA 3RMDA 5M1PA 1WBBA 1H1VA 4BGAA 3OYGA 1IKWA 2A1SA 3LZIA 4PKGA 3K9JA 3P31A 3SV4A 4IJAA 3P4IA 4IEEA 5BRFA 4M42A 4M3XA 4DFPA 3FFIA 5IT9O 4B3RK 3VQDA 3T1HK 3FZHA 4WE1A 3AVBA 3RVCA 3D7EO 3C7NA 2QWMA 1DLOA 5CZ1A 4EP4A 4JKBA 1VQ8N 3RMCA 4H0YB 2XY8A 1VQPN 3M1FA 1DKGD 3FZLA 3THWB 4E7HA 4DTMA 3CCEN 4N41A 3ULEB 3THYB 4FYDA 2OPRA 4DSEA 3CFRA 2P9LA 1IBLK 2ZWHA 1TKZA 3ASMA 3DOKA 4DU1A 2CGLA 3P5JA 5FDLA 2O8CA 1VSEA 4O44A 4CGIA 3KJVA 3OBWA 2E2QA 3VQ9A 2BGGA 3OYKA 4BRCA 5BREA 3C6TA 1BCOA 2IIRA 1JL1A 1HPMA 4IOCL 4CJ3A 2FSJA 1YJNN 4RWTA 3T1AA 1GOCA 1QSLA 2P9NB 1XHZA 3FLCO 3KD1E 3J81O 2F7TA 1T6CA 4MO5A 2QWQA 1RDAA 2YHWA 4DV2K 3BZKA 5GAEP 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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