4WQ4C

E. coli ygjd(e12a)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 72
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C02
2HF4A 4BQLA 1MDUB 2GELA 4FSVA 1G99A 2GWJA 3R9PA 5AQVA 4PKIA 1TUYA 1X3MA 3VGKA 2FF3B 1BA1A 4EHTA 1CZAN 2P9SA 3M1FA 3QDKA 1JCGA 1HLUA 3D7EO 4FO0A 4HTLA 4CBWA 4IJAA 3QICA 4RWTA 3O4WA 3C7NB 3H45C 3O6WA 4FWRA 4PKGA 5FPMA 3U8XA 4C23A 1BUPA 3CJ7A 3EO3A 3H1VX 2QWPA 1BU6O 4DQ8A 3A5NC 3OHRA 3WUHA 2P9PB 2QWMA 3C0BA 4NB4A 2E88A 2GTDA 5JICA 3L4IA 4H5WA 4M7YA 3QB0A 2PAVA 3U9DA 3IDHA 1TYQB 1X3NA 4CZGA 4CZFA 2P9KB 1WOQA 5EXWA 4BC5A 4BGAA 1K8KA 5F0XA 1QZ6A 3MDQA 2FXUA 2A3ZA 5ADXA 4EHUA 3SK3A 5ELZA 4M63C 2QWQA 3LDLA 2P9UB 3TPQA 3BF1A 3ZX2A 2ZGZA 2Q97A 5AQMA 2QWRA 1NGCA 2WUSA 5TKYA 1V4SA 1T6CA 5EVZA 3KZBA 5KQ8A 3M6GA 3LDOA 4JN4A 3MN6A 1GLLO 4L3QA 4B1VA 2AP1A 3ZETA 4K42A 4FWSA 4FWLA 2NZTA 1T6DA 4FPBA 2YJFA 4CBXA 1BOTO 4QS8A 3O08A 4CZIA 2AA4A 4B1YB 4FOIA 2VYPA 1IG8A 2ZF5O 1KAZA 1MWMA 2E2QA 3O8MA 4F9OA 3I8BA 4HWIA 1QZ5A 4BRPA 2E1YA 3CI5A 4BROA 3LDPA 2Q1NA 4GY2B 4E1JA 1DKGD 4AM7A 1D4XA 3H3OB 3O80A 3ID8A 3G25A 3VGMA 4K43A 3WXKA 4MLEA 4H0OA 3FGUA 4FWMA 2ZWHA 1NGIA 4PL7A 3QFPA 4CZEA 4FWOA 5AQKA 5EY4A 2HMPA 2D1KA 2P9SB 4XH5A 5AQYA 3WQTA 2Q0RA 5EOYA 1X9JA 3ZEUA 5AFUH 2F9WA 3MN9A 3EN9A 5BR9A 5AQNA 2GEMA 4WQ4A 5AQJA 3WQUA 2YJEA 4B1XB 3VGLA 3P4IA 5E84A 2HOEA 4IO8A 2F9TA 3HSCA 1HPMA 2Q36A 3HTVA 4BC3A 3FE1A 2QWOA 5BN8A 3AY9A 1LCUA 3IMXA 1QQNA 3JS6A 4BRIA 2NRHA 4CI6A 4QS7A 2YHXA 2NLXA 3L0QA 3ULEA 4IXCA 4M7XA 1HKGA 1YUWA 3WEEA 3DWLA 3L6QA 2ZGYA 2YCHA 1K8KB 4IJNA 1NGHA 2D4WA 4GNIA 3CERA 5AQXA 3WXIA 2IVPA 3MN5A 5BREA 4K41A 5AQOA 1KXPA 1TUUA 5AZJA 1SAZA 1YVNA 4BRGA 2A6AA 3VOVA 3KHYA 4BG9A 1U2VB 1NM1A 3DXKA 5AQUA 1H1VA 2E8AA 1Y64A 2FSNA 1NBWA 2P9NA 1S22A 4BG8A 2FF6A 3DAWA 4MO5A 1XC3A 2I7NA 2H3GX 1HKBA 4O8KA 4O5FA 3CHWA 4XEIA 5BN9A 4LC9B 3VESA 3MMVA 3O1BA 3ZX0A 5JLHA 3BF3A 2BTFA 1NGJA 5B8HA 1GLAG 5AQRA 5AQZA 4BREA 1BWFO 2A42A 2E2NA 4DCHA 3ZX3A 4CZHA 3GE1A 5BRHA 4H5NA 2V7YA 3A5LC 5JLFA 3MCPA 2FLOA 4BR9A 1U6ZA 5EX5A 1E4FT 1SQKA 3LDQA 4B9QA 3CJAA 1BO5O 4CZJA 4BRKA 3R6MA 4Y0WA 2IVOA 2P9IA 4IZ9A 4BR5A 1JCFA 3AAPA 3ZEUB 3ATVA 2ASMA 3EZWA 2DPNA 5LY3A 3D2EA 4I6MA 4PL8A 4JHDB 4BR0A 4H0YB 3U4LA 3GOIA 4ISFA 4IWVA 3ATUA 5KPTA 3C7NA 3VPZA 3VERA 1EQYA 3CJCA 4RCHA 5KPZA 5BPMA 4BGBA 4A61A 4A2AA 4FWPA 5F1XA 2QWNA 3ENHA 1SZ2A 1KAXA 3ULEB 4BRNA 4EAHD 3WEEB 4YDUC 4CD3A 2IVNA 1J6ZA 3RSEA 5ADXH 2E2OA 3IFRA 4RTFD 4AM6A 4J8FA 5AZJB 4BVOA 3UB5A 1C0GA 3EKSA 1P8ZA 3GG4A 3DXKB 3VF4A 1RGIA 5F2RA 2QW9A 4H03B 2I7PA 3H6EA 4FWNA 4H0XB 2P9NB 2P9UA 3R8EA 2V7ZA 2P9LA 3CETA 1QQMA 2HF3A 2YHYA 2E2PA 4PKHA 5LJWA 3W3DA 4BR4A 5KQDA 3VEXA 3BEXA 3QBWA 3IUCA 3H3NO 5AZIA 2QXLA 3CQYA 1QQOA 3U9ZA 1HUXA 3FR0A 3S41A 1S3XA 4CD1A 5AQQA 1ATRA 2J4RA 4MO4A 5KPRA 4BQZA 3VEWA 4A2BA 3ENOA 2E20A 4BRDA 3FFKB 1NLVA 5BRDA 2W41A 3LM2A 4XH1A 2VWBA 3MN7A 4BC2A 4FWKA 4CZKA 1ZXOA 3FZKA 4BRAA 3CIPA 4BRLA 4BC4A 3DXMA 1NGBA 5AQGA 5CE3A 1MWKA 1ATNA 3VEYA 3UKRA 2EWSA 2OANA 4DB3A 2W40A 3FZMA 3DJCA 5JMVA 4BRCA 5LJVA 2P9IB 3H1QA 2GUPA 3ZETB 1XUPO 3UE5A 3SLCA 1GLFO 1NMDA 3D2EB 4I6MB 1ATSA 3UKUA 3W0LA 2Q0UA 4BRFA 3MK6A 3KVGA 5AQTA 3QBXA 4WYBA 2QM1A 4FWQA 1DEJA 1NGDA 3CJ1A 3SMSA 1WUAA 4CZLA 4H5RA 3LDNA 1YAGA 2BUPA 2CGKA 3A8YA 3D2FA 1HKCA 5BPNA 4WQ5C 2A5XA 4MLHA 4XH4A 4B1ZA 4BVPA 4H5VA 1NGGA 3VF6A 1GLCG 2UYTA 3GBTA 3A5OC 3GDQA 3RSEB 4H5TA 4JD2A 5AR0A 1ZC6A 3AARA 2A41A 3FLCO 4FL9A 4QS9A 4BR2A 5BRFA 3SMPA 3EKUA 3BP8A 4JAXA 2FSKA 1QHAA 5AQLA 5FPEA 4CZMA 2ASPA 1BA0A 1V4TA 2YHWA 1C0FA 1ZBSA 1T44A 5AQFA 1JCEA 2P9LB 2CGJA 4K25A 5AQPA 3QMLA 3A5MC 2GWKA 4EIAA 5AFUA 1U2VA 2E1ZA 2CGLA 2ITMA 4B1UB 1ESVA 5AZIB 2VCPA 2KHOA 2D0OA 3AAQA 2V51B 1HJOA 1MA9B 3CQXA 1LOTB 3CJ9A 4WQ4C 1RDWX 3EL2A 2Q31A 2Q2RA 5AQHA 3FZFA 3HI0A 2P9PA 4WQ5A 2YI1A 3HM8A 3LL3A 4CJ7A 3BUZB 4BRMA 5E26A 3F9MA 1DGKN 4DHYA 3CJBA 1GLEG 1BG3A 2PBDA 3DXMB 4CBUA 3FZHA 3FZLA 1NGAA 3QFUA 4FOEA 4Z94A 1BDGA 3HZ6A 1TYQA 3UKRB 2P9KA 1HX1A 4KBOA 1NWKA 5I9EB 1GLJO 3O1WA 1E4GT 3TU5A 3VF2A 3H46O 1XQSC 1OKJA 5BPLA 1NGEA 3WXLA 4B1WB 3LM9A 2ASOA 3UKUB 3A0IX 1GLBG 4H0VB 3WT0A 2FSJA 2IIRA 4H0TB 1GLDG 4H0PA 2CH5A 4BRHA 3WXJA 1Z6RA 4BR7A 3VENA 3VEOA 3B8AX 4FPAA 1RFQA 2V52B 4JNEA 5AQIA 1KAYA 5AQSA 3D2FB 4JHDA 5FPNA 2QWLA 5AQWA 4NO7A 1R59O 4YDUA 3SJHA 1YXQA 1NGFA 1IJJA 4ISEA 3I33A 4ISGA 4EFHA 3JXUA 4A62A 4JD2B 2A40A 3M3ZA 2CH6A 5FPDA 3O5BA 1Z05A 3J8AA 3VEZA 3HBTA 2D0PA 3VEVA 1Q18A 3GL1A 3VETA 4BRQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MDUB 4FSVA 1L3TA 2GWJA 1RDAA 5AQVA 4AQYK 3OS1A 1BA1A 1NJWA 2YNHA 1S72N 4IJAA 3QICA 2G8FA 1NK0A 2X6SA 2ZJQL 4F3OA 3U8XA 4CF0A 4FJIA 4CEZA 4YOVA 3AO5A 3K2PA 3O3FA 4DQ8A 3A5NC 3OHRA 1L3UA 2E6MA 2HBKA 4CEQA 5HRNA 4LSNA 2FBXA 1TV6A 3NF8A 1UWBA 4M7YA 1YITN 3QB0A 3CFRA 2PAVA 2HSTA 4X65K 4C1NK 3QEIA 3WXMB 3IDHA 4KHNA 3KLIA 1S1WA 4YHHK 4IG0A 4CZFA 3TAPA 5JVGL 5EXWA 3DLHA 1QZ6A 4E0DA 1BL3A 5ELZA 3LDLA 4CGFA 4Z4GA 3NDKA 4CF1A 5AQMA 1JLEA 1RT2A 5M1QA 3OYBA 5TKYA 1T6CA 5GADP 3MN6A 1YVUA 3NVMA 2QK9A 2AP1A 3ZETA 4CIEA 4OLAA 3L4QA 1NU0A 2UXBK 2NZTA 1T6DA 1XHZA 1Q8IA 4ELVA 2XO7A 3L2WA 3NHGA 2HVHA 2VYPA 1IG8A 4ILHA 1Q7YO 4HUEA 4JKBA 4F9OA 5M1NA 4DKWA 1J5EK 2E1YA 4GVEA 3TABA 3LDPA 3LWLA 4FLWA 2PY5A 4DSKA 3CCEN 4O5BA 4B3MK 3CC7N 3Q7BA 4E89A 4F8RA 4ZHRA 1D4XA 3T1YK 3AVIA 4WCEL 1SS6A 4C1NI 3JAMO 4CERA 4DTSA 4LF6K 3IAYA 1LW0A 4N5SA 5J2NA 4U7BA 2NRZA 5JVHL 5EY4A 2HMPA 1GOBA 2P9SB 1BISA 5AQYA 3WQTA 2Q0RA 1JLBA 3I0SA 4DTXA 3HSTB 2O8BA 1WAFA 3EN9A 5HRSA 2P5OA 2WOMA 3EE8A 1UOCA 4DR2K 3J81O 4JEPA 2O8DB 2Q36A 3DM2A 4V19S 1YJNN 3SPYA 3AY9A 1LCUA 1QQNA 3JS6A 1B9FA 1WAJA 4KB1A 1CXQA 2YHXA 1D8YA 4IXCA 5HOOA 4OKKA 1YUWA 3U3GA 2DFFA 1W9HA 3K0SA 4IJNA 5AQXA 4GNIA 3HP6A 1C0MA 2O8CA 2WC9A 5AZJA 1SAZA 3D45A 1YVNA 3VOVA 3KHYA 4BG9A 1W7AA 3T19A 3DXKA 5AQUA 3P1GA 2E8AA 2W6LA 4DG1A 1Y64A 2A1RA 3V9WA 4BG8A 3M8PA 2FF6A 3K5NA 3I55N 4DR1K 3IS9A 3DAWA 4JLHA 3MCAB 4O8KA 4M3ZA 1QHTA 4DF4A 3CHWA 3VESA 3G4SN 4KB0A 5FROA 4CHOA 5JLHA 3N4QA 4KRFA 3TTCA 4B9SA 4IO9L 5AQZA 3MX5A 5AQRA 4BREA 4DCHA 5GIOA 3M5RA 4IDHA 1DT9A 4KHSA 4H5NA 4FZZA 1VQ7N 4BR9A 3ZT0A 5EX5A 3P39A 1E4FT 4NXNK 3CJAA 1VQKN 4B3RK 3AO1A 1KQSM 4KPYA 4BR5A 4KHYA 2VWJA 1U47A 4C8KA 4H0YB 2VG6A 3GOIA 1WSFA 2PYJA 4JKCA 2FBYA 1HYSA 3BGRA 3KK3A 1EQYA 4FJHA 4BGBA 4A2AA 1OH6A 4LF5K 2HNZA 2D0BA 2JGUA 3K5OA 4CEEA 3RSEA 4B9LA 4OPKA 1J9AA 4LF7K 4DR4K 3SQ4A 4CEFA 3J7ZO 3UB5A 4JI5K 1X9SA 3EKSA 3E1YA 1P8ZA 3MEEA 3SQ2A 4OPJA 3HOSA 1RGIA 2HHQA 5F2RA 3DLGA 2I7PA 3H6EA 4H0XB 1W2BM 2P9NB 4K8XA 1IKXA 3R8EA 4C8NA 1QE1A 4YNQA 3SUOA 4DWIA 4WE1A 5LJWA 1LW2A 4BR4A 3M8SA 5KQDA 3OVNA 3VEXA 3SCXA 3BEXA 3QBWA 3H3NO 4ZTFA 1G15A 1T3VA 1QQOA 3NH0A 1TL3A 3TAFA 3S41A 4CD1A 1IV0A 3TWHA 3ENOA 5KGXA 2E20A 4BRDA 4KTQA 3PX0A 5IT9O 5BR8K 3DOLA 4MQ3A 3CC2N 4BC2A 1F21A 4CZKA 1NK8A 1ZXOA 4BRAA 4BRLA 4O44A 1KVCA 3NF9A 3VQQA 4DV3K 1NGBA 3T3FA 4KKOA 1QVGM 3RMAA 3PUFA 4IFVA 3V81A 4RG8A 1TVRA 1EKEA 2W40A 4FZYA 3QINA 4J2EA 5E41A 2P9IB 1B9DA 1L3VA 1ITGA 3CMAN 4PUOA 3ZETB 3G71N 3SQ0A 3UE5A 1Q82O 1GLFO 1X9MA 1ZBIA 3D2EB 1OH5A 3UKUA 2Q0UA 4BRFA 4B9VA 4E7IA 4FWQA 2YKNA 4B3TK 2X6NA 3DI6A 1RT4A 3SMSA 3HT3A 3AA5X 1YAGA 3L2VA 2UUAK 1HKCA 1Y97A 5C12A 5BPNA 1VSJA 2RN2A 4B1ZA 4KHQA 4E1NA 1NJXA 2VGNA 2QEXN 4JI6K 3TAGA 2UYTA 4YOYA 3SAFA 1VSHA 3AA3A 3GDQA 5AR0A 1M90O 4B08A 1SUQA 2A41A 4FL9A 5BRFA 1HR0K 4E7HA 4CJ4A 1JL1A 4JK8A 1BA0A 2KZMA 1JCEA 1BQMA 5AQPA 1RT3A 1T8EA 2GWKA 4NYNA 4EIAA 1BI4A 2ITMA 4JRQA 2VCPA 3HOTA 2KHOA 3AVNA 4DSFA 4CFDA 2V51B 1HJOA 4FJGA 3CJ9A 3AV9A 1RDWX 3EL2A 2Q31A 3FZFA 3HI0A 1JKHA 3F2KA 2YI1A 4WQ5A 4OJRA 1FJGK 1FW6A 1WBBA 1EX4A 3CJBA 1GLEG 1BG3A 3DXMB 2O8CB 4CBUA 4AH9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3THX A;  2CGL A;  5FRM A;  4NLC A;  3NVK A;  1VQ6 N;  2EX3 A;  3L2U A;  1REV A;  4BDZ A;  1OH7 A;  4WQ4 C;  3T1H K;  4KHP K;  2P9P A;  3S3N A;  1RT6 A;  1YI2 N;  3TTF A;  4I2Q A;  4GV9 A;  4FJ8 A;  3ZSW A;  5AJ3 K;  3K57 A;  1RDD A;  2PBD A;  1DTT A;  3FZL A;  3QFU A;  4RW7 A;  1BDG A;  3HZ6 A;  1TYQ A;  5C0Y A;  4UQG A;  5HRO A;  4BY9 C;  3J7Y P;  1NWK A;  3RR7 A;  1QSS A;  1XNR K;  1O13 A;  4KH6 A;  3VF2 A;  2NRW A;  4YY3 K;  3LM9 A;  2IAJ A;  3UKU B;  4O0I A;  1RTI A;  4OLB A;  3E9P A;  3WNE A;  3OYK A;  4CJW A;  2FSJ A;  2IIR A;  1RTH A;  4A57 A;  4H0T B;  4B8C A;  1RTD A;  1Z6R A;  2E4L A;  5M1F A;  1BIZ A;  3MXI A;  2HHT A;  1A5V A;  4JNE A;  1XMQ K;  3EEQ A;  1R59 O;  3RMB A;  2GX9 A;  5EU7 A;  3ZSV A;  4CGG A;  1NKB A;  4EFH A;  2HHV A;  1IKW A;  4YOR A;  4FM2 A;  2CH6 A;  3O5B A;  1Z05 A;  4DV7 K;  1KVA A;  3VEV A;  3OYM A;  1Q18 A;  1BCM A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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