4WQ4C

E. coli ygjd(e12a)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 72
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4C02
3HBTA 4EAHD 4FWQA 1NWKA 3VGMA 2ZF5O 5JMVA 3DXKB 4IZ9A 5AZIB 4BC5A 5KQDA 4JN4A 1BDGA 3O8MA 4ISEA 3UKUB 2GWKA 3U9ZA 4Z94A 3FFKB 4CZJA 4BROA 4FWSA 3D2FA 1ATNA 4HWIA 4M63C 3EKUA 5BPNA 4M7YA 3QFUA 2ASOA 2CGLA 5AQXA 4CI6A 1MDUB 4PKIA 3MDQA 4JHDB 2AA4A 1BWFO 1R59O 3A5MC 5BPLA 3CJAA 2VCPA 5F1XA 4H5WA 3FZLA 4K42A 3TU5A 2P9SB 3QB0A 2P9PB 4M7XA 1D4XA 1S3XA 1NGFA 3A5NC 2E1YA 1GLCG 4B1XB 4BRLA 5LY3A 4WQ5A 4O8KA 3IUCA 4ISFA 2QM1A 4IXCA 5AQLA 2IVNA 4H03B 3AAQA 3QBWA 3CJ7A 1ZC6A 4CBXA 2ZGZA 3M6GA 4BQLA 2V52B 3KZBA 1NM1A 1U6ZA 5FPDA 3GG4A 3L4IA 4NB4A 2QWRA 4BG8A 2IVOA 1JCGA 4BRMA 3DXMA 2E2PA 3SMSA 1BA0A 2DPNA 3A0IX 3WEEA 4MO5A 5KPZA 2QWPA 4FWKA 5JICA 5AQZA 3VGLA 3B8AX 4C23A 2QWQA 4RCHA 2I7PA 2YI1A 2CGJA 1JCEA 2QWOA 4FWOA 1V4SA 2A41A 3A8YA 3UKRB 2P9KA 4BRFA 1BG3A 4BR2A 3U8XA 5AFUA 5KPTA 4MLEA 1OKJA 4YDUA 3HZ6A 3J8AA 2NRHA 4BRGA 1LOTB 3MMVA 5AQMA 3LM2A 1XQSC 3QMLA 3HI0A 4BRPA 5AR0A 4BVOA 4CD3A 2GTDA 1GLEG 2W40A 3MN7A 3DXKA 5ELZA 5AZIA 1YAGA 2A5XA 3DXMB 2NZTA 2YHYA 2F9WA 3CQYA 4FL9A 4KBOA 5BN9A 4CZKA 3FLCO 4O5FA 4B1ZA 1BO5O 1YUWA 5E26A 4CZGA 1LCUA 3QFPA 2QWNA 2Q31A 1DKGD 1ATSA 5EOYA 4E1JA 4CZLA 1E4FT 1GLJO 2QWLA 3WXKA 4JHDA 2D4WA 4WYBA 4A61A 2F9TA 2P9KB 1QZ5A 1NGIA 1BU6O 2ZWHA 5AQKA 3EO3A 1NGHA 3H45C 3FR0A 2A6AA 3L0QA 1S22A 3ZX2A 4ISGA 2HOEA 5FPNA 4BRIA 1TUUA 3DJCA 1HKGA 5AQTA 3ZX3A 4L3QA 1NGGA 3VESA 3C7NA 1U2VA 3G25A 3LDQA 2A3ZA 1SQKA 1WOQA 4H5TA 3A5LC 3BUZB 4H0PA 1DEJA 5I9EB 4BQZA 3EKSA 1DGKN 1NGEA 4BRQA 4QS8A 3SLCA 3I8BA 5FPMA 3CQXA 2YCHA 5TKYA 4BREA 5CE3A 3AAPA 3CJCA 4BR5A 2P9NB 2Q1NA 2GWJA 2FSKA 4BC2A 2BTFA 4H5VA 4BRAA 4BG9A 4A62A 1BA1A 1NGDA 3C0BA 4CBUA 1ZXOA 3UKRA 2FF3B 3D2EB 4BC4A 3W3DA 3IMXA 4MLHA 1GLLO 1NGBA 3LM9A 3VEXA 5ADXA 3EN9A 3EL2A 3R8EA 3QDKA 3C7NB 3IFRA 2I7NA 3W0LA 5EVZA 1U2VB 2Q0UA 1X9JA 4BR7A 5AQIA 5BRHA 2E20A 3FZHA 1YVNA 4H0TB 3UB5A 1MWMA 5BRDA 1NMDA 2FSNA 2V7ZA 3VF4A 4PKGA 3L6QA 3ULEB 3O4WA 5EX5A 4WQ5C 5FPEA 4H5NA 3ENHA 3JXUA 4FOEA 1CZAN 3TPQA 3SMPA 3DWLA 4CBWA 1T44A 2D0OA 3VEWA 4FO0A 5B8HA 4IJNA 4EHTA 2ITMA 3CJ1A 4H0OA 3CI5A 1Q18A 1RDWX 3A5OC 2FF6A 2YHXA 4NO7A 5AQRA 3MN6A 2UYTA 5AQUA 1MA9B 5AZJB 2V51B 2PBDA 1HUXA 1X3NA 1NBWA 2AP1A 3VETA 1KAXA 1Z6RA 2GEMA 2PAVA 3FZFA 4WQ4A 4QS9A 3FE1A 4CJ7A 4JAXA 1TUYA 2QXLA 4A2AA 3ATUA 4PKHA 2ZGYA 3SK3A 3BEXA 1TYQB 4BGAA 1BOTO 2CGKA 4H5RA 5EY4A 4FOIA 4XH5A 5AQYA 5F2RA 1QQMA 4RWTA 2WUSA 2FXUA 4YDUC 3U4LA 1KAYA 3HSCA 5AFUH 4H0XB 3VF2A 3GDQA 1Y64A 3H3OB 4B1YB 3WQUA 3LDNA 3H1QA 2VWBA 2YJFA 4GY2B 2HF4A 5BPMA 3H6EA 1V4TA 2Q97A 3VEOA 1NGAA 1HJOA 1NLVA 4EHUA 2GELA 1K8KA 2OANA 2P9NA 1IJJA 4FWNA 4BVPA 5AQSA 4A2BA 4BRDA 2FLOA 3ZEUA 4J8FA 3VERA 3S41A 3IDHA 2A42A 2NLXA 2H3GX 3U9DA 5LJVA 1XC3A 1T6DA 3D2EA 1H1VA 1ATRA 1KXPA 5E84A 3M1FA 3VEZA 1YXQA 1GLDG 4I6MB 5KQ8A 1IG8A 1NGJA 3FZKA 3GE1A 3QBXA 1NGCA 4BRCA 2QW9A 5AQFA 3WT0A 3LDLA 5AQNA 3ID8A 5BREA 4CZFA 3VGKA 1SAZA 4CZMA 3GL1A 3MN5A 4DCHA 1RFQA 3H1VX 3JS6A 1HKBA 3ULEA 3WUHA 2W41A 2BUPA 4JD2B 4K43A 4DB3A 2HMPA 3RSEA 1K8KB 4BRKA 1EQYA 3VENA 3ZETB 4CD1A 2GUPA 5AQJA 3ZEUB 3MN9A 4XEIA 3BP8A 1MWKA 1HX1A 3QICA 3R6MA 3ENOA 4DQ8A 3VOVA 2ASMA 5AZJA 1HLUA 4RTFD 4GNIA 2P9UA 5AQQA 3DAWA 3O5BA 4IO8A 1G99A 4XH1A 5BN8A 4B1WB 4CZHA 4EIAA 3M3ZA 3EZWA 3OHRA 1QQOA 4QS7A 4B1VA 4BRNA 4K41A 3BF1A 4BR9A 4FSVA 4FWPA 3WXJA 4B1UB 5JLFA 4BGBA 1TYQA 2YJEA 5AQGA 3VEVA 3LL3A 5F0XA 1HKCA 3SJHA 1T6CA 3LDOA 2Q2RA 3CJBA 4H0VB 3CHWA 1GLFO 3F9MA 2E8AA 1GLAG 3BF3A 2E2NA 3O1BA 3RSEB 5ADXH 4H0YB 4IJAA 3CJ9A 4HTLA 2YHWA 3HTVA 3O1WA 3GOIA 2QWMA 2P9UB 4XH4A 1X3MA 2IIRA 1RGIA 3ATVA 1XUPO 3D2FB 5AQOA 4BR4A 4DHYA 1C0FA 2E2QA 2FSJA 5BRFA 2ASPA 1E4GT 3CIPA 3H3NO 3I33A 4FPAA 4CZIA 1BUPA 2E1ZA 2IVPA 4I6MA 3VPZA 2CH5A 4PL8A 3O08A 1C0GA 4B9QA 4F9OA 4IWVA 3AARA 4FWRA 2CH6A 3CETA 3LDPA 4AM7A 4BC3A 4CZEA 1WUAA 1QQNA 2P9LA 4WQ4C 2HF3A 3HM8A 2P9IA 3KVGA 4FWMA 3WXIA 3KHYA 4AM6A 2EWSA 5KPRA 2E88A 3GBTA 2KHOA 4EFHA 4Y0WA 4JD2A 3FGUA 3P4IA 4LC9B 3FZMA 2D1KA 4K25A 3WQTA 2J4RA 3ZETA 1QZ6A 2Q36A 2E2OA 1ZBSA 5BR9A 5EXWA 3AY9A 3O80A 5JLHA 1Z05A 4FPBA 3WEEB 3UKUA 3UE5A 1GLBG 2Q0RA 3H46O 3O6WA 5AQHA 1ESVA 2VYPA 2A40A 1QHAA 5AQPA 4FWLA 1P8ZA 3WXLA 5LJWA 3MCPA 2D0PA 4BRHA 2P9LB 4PL7A 3VEYA 3VF6A 2P9SA 5AQWA 2P9IB 2P9PA 3MK6A 1SZ2A 1J6ZA 3ZX0A 3CERA 2V7YA 4BR0A 4MO4A 3R9PA 4JNEA 1KAZA 3D7EO 1HPMA 1JCFA 5AQVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A2FA 3HBTA 4EAHD 4FWQA 3KWGA 4FJHA 4K8XA 5JMVA 1NKBA 3OYCA 4BDPA 4IOXA 5HRNA 3TTFA 4ISEA 2BH1A 3FFKB 4BROA 4J2BA 4FWSA 2HBLA 1ATNA 4KKOA 1VQON 2CGLA 3VQEA 1RBTA 5AQXA 2BDPA 3C6HA 4LFBK 4IFYA 1TGOA 2AA4A 1BWFO 5BPLA 4FJJA 2VCPA 1KLMA 1D4XA 2PY5A 4OKKA 2E1YA 1GLCG 3QERA 2OPRA 5J2QA 4B1XB 3IUCA 2QM1A 3ZSVA 2X74A 5AQLA 4CJ4A 4F2SA 1S5JA 5GIOA 1FW6A 2V52B 3KZBA 2WFBA 3EZ5A 3L4IA 4FJXA 3DXMA 4CK2A 2E5LK 4E0DA 4XIUA 4E3SA 4DR3K 1C0UA 1JXBA 4R79A 4E19A 1K73O 5SZTA 4JEPA 4ZHRA 2QWOA 1ZBUA 4YOYA 4V19S 2OYQA 5C12A 4BWJA 2P9KA 3UKRB 4FM0A 3THXB 3SQ1A 3O9TA 1OKJA 1EWQA 4RW7A 1VSDA 4I9LA 3CF5L 3O3HA 1Q82O 3QMLA 5AR0A 1RBVA 4CD3A 3F2KA 2GTDA 4DFPA 1RT6A 4JRQA 2W40A 2IAJA 3DXKA 1S72N 2O8EA 4I2PA 1XI1A 3PIPL 4YNQA 4O5FA 4DR4K 4CGGA 3L2RA 4O0JA 4JKAA 4E1NA 4CZGA 1LCUA 2GBZA 3M8QA 4ILGB 3HYFA 2OTLN 2UUCK 1C6VA 4X64K 3AV9A 2QK9A 3D0PA 4H8KA 2JWLA 3L2QA 3DM2A 3CPWM 4B3MK 2I5JA 3VTIA 3D6RA 1N36K 4JKCA 3L0QA 3FR0A 4GMJB 1S22A 1VRUA 4BRIA 4J2EA 4CFBA 4A5BA 3LDQA 4F3TA 5I42A 4I7FA 4BQZA 1DGKN 4GW6A 4DQPA 3VQ4A 2EHGA 2HSTA 1WSEA 4BREA 2YKMA 1VSHA 4DQSA 2GWJA 1Z26A 4H5VA 1QTMA 4A62A 3PIOL 1BA1A 3LALA 5IT9O 1W2BM 4FYDA 3C0BA 1KQSM 4WFAL 3IMXA 1IBMK 3CD6N 3MAQA 3LM9A 3I0RA 3VEXA 4FZXC 1VSMA 4KHQA 3R8EA 4AHUA 3DOLA 3C7NB 3IFRA 1X9WA 3W0LA 1U2VB 4LF5K 3UB5A 3CC7N 1I3AA 1NMDA 4RW4A 5EX5A 4RW8A 3AVKA 3MX5A 2EX3A 1J5EK 2P5OA 4H5NA 2KKZA 4FOEA 5CR4A 4CEFA 3TPQA 3SMPA 3DWLA 4O44A 1U45A 3AGKA 1T44A 3VQ9A 3CYMA 1RDWX 2FF6A 4Z4CA 1SL1A 1MA9B 2RHKA 2V51B 3PV8A 4W5TA 2YNFA 4CERA 4HUEA 3ZSXA 3AVIA 1XHXA 2O4IA 3V9WA 2PAVA 1ZBHA 3HOSA 4WQ4A 3TAMA 3V9XA 4QS9A 3FE1A 4ELTA 2B6AA 5LMNK 3SYZA 3VMFB 2DFEA 4BDZA 3WNFA 4GV9A 3WNGA 3CC4N 4BGAA 4CJPA 2XHBA 4DV1K 3RWUA 1MU2A 5AQYA 4WFNL 1QQMA 3HL8A 4YDUC 3U4LA 1KAYA 3VF2A 4B1YB 1I39A 3WQUA 3ZSYA 4E89A 1VQLN 1LWEA 4GY2B 4WFBL 1F21A 4CF8A 2G8KA 3HM9A 1RTHA 3HP6A 5J2PA 2QXFA 4B9VA 2OANA 1GOCA 1TK5A 4JI0K 4A2BA 5EU7A 4A59A 4J8FA 3VERA 1FKPA 2LSNA 2NRRA 4CJEA 4DF8A 4GVEA 3U9DA 4IBNA 4CJFA 4E7JA 3P39A 3V9SA 1XC3A 3VQ5A 1QE1A 3SQ0A 4CJLA 3OBYA 1NMNA 3LZIA 1NK9A 4MFBA 1IG8A 3QBXA 1NGCA 4DV7K 4BRCA 4OGEA 4DQIA 5AQFA 3NDKA 3K58A 3R3LA 4NYFA 4ZTJA 3GL1A 4DCHA 3H1VX 4CIEA 4ELVA 1HKBA 3EYZA 3ULDA 1HMVA 4JS5A 3ULEA 2BANA 3P31A 5HRSA 4DB3A 1L3SA 3ZT0A 2HHUA 2HMPA 1KSPA 3OYFA 4CD1A 2O8DB 4R5PA 3THYA 4KI4A 3NH1A 1HX1A 4E7LA 3R6MA 5C42A 4DQ8A 2VG7A 4O4GA 2UUAK 3L8BA 3DAWA 3PSFA 4LF7K 3ALYA 5BN8A 4B1WB 2G8UA 3PUFA 3SZ2A 3HRGA 3HJFA 3BF1A 4FSVA 3SV3A 4FWPA 3WXJA 5AQGA 4N41A 2G8HA 2ZM6K 1HKCA 4F4KA 1RILA 3NF9A 3RMCA 1NJIO 1NU0A 4CEAA 1GLAG 3AVHA 3AO2A 3NVMA 4H0YB 4NCAA 5J1EA 1U4BA 4ZTFA 5GAGP 4IOCL 1M90O 5C0YA 3O1WA 3GOIA 4JKDA 4XH4A 1Q9XA 2HMIA 4DUYK 1UOCA 3D2FB 3DOKA 1JLBA 2Z1JA 1C0FA 2E2QA 1T8EA 3I33A 4FPAA 2IVPA 3VPZA 3LPUA 3AVBA 4PL8A 3KWIA 4JV5K 3ITHA 4OLAA 4CZEA 4DU4A 2P9LA 3OY9A 2HF3A 3T3FA 1VSLA 3HM8A 2P9IA 3K5NA 4LSNA 3HO1A 4Z4HA 2KHOA 4JD2A 3OS0A 4KTZA 3PLAA 3WQTA 1S6QA 2R7YA 2QI2A 4AHVA 3OW2M 1ZBSA 2JWKA 1YJNN 3NH0A 4AHCA 5JLHA 4FPBA 3D45A 1HQUA 2HNZA 3CCLN 1IBKK 3ZSOA 2Q0RA 3J80O 3THWB 3VA0A 4IEIA 3SV4A 4DTXA 2A40A 2GUIA 4G9ZA 3JSMA 4E7HA 4BRHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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