4WQ5C

Ygjd(v85e)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
228
structure length
226
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNWKKLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 71
structure length 226
sequence length 228
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5C02
3OHRA 4Y0WA 4PKHA 3R9PA 3WT0A 3VF2A 3LM9A 4B1ZA 3MDQA 3CJAA 4PL7A 4C23A 3FZFA 2QM1A 3VEYA 2QW9A 3U4LA 1GLLO 3WEEA 3VEVA 4M7XA 5AQRA 1NWKA 4PKIA 5KPZA 4XH5A 3ENOA 3QFPA 4BREA 2QWMA 1V4TA 2Q2RA 2E20A 2P9UB 3EZWA 2D0OA 3AARA 3VGMA 3VEWA 3L6QA 1DGKN 1C0GA 2E2NA 1D4XA 3QFUA 4EAHD 3LDQA 4BGAA 3VEOA 3KZBA 5BREA 1KAZA 3AAQA 5AQGA 5AQZA 3LDPA 3R6MA 1ESVA 3EKUA 2E2PA 3A8YA 3UE5A 1WUAA 3O4WA 2CGKA 3ENHA 1P8ZA 1BA1A 3C7NB 1T6DA 1X3NA 2VYPA 2A40A 3EL2A 4FPBA 3VGKA 1MA9B 2QWLA 5BRDA 3DXKB 2H3GX 4BR7A 3MN7A 5I9EB 3A5OC 1QZ5A 1NGFA 4BRCA 1KXPA 1HKBA 5BPLA 3ZX2A 3M6GA 2V7YA 4FWPA 2DPNA 1NGIA 2WUSA 4A2AA 1ATSA 4FOIA 4BRPA 4B1WB 1IJJA 4F9OA 3A5LC 5AQYA 4B1XB 2AA4A 4BVPA 2QWQA 3TPQA 1JCFA 5AZJB 3WQUA 4CJ7A 5AQOA 1Q18A 2P9NB 3HZ6A 2BUPA 3FGUA 2GEMA 5AQTA 4BRAA 3C0BA 3P4IA 3ULEB 3IMXA 3O5BA 4BG8A 5AQJA 2E1ZA 3M1FA 1NM1A 1QHAA 2FSNA 4GY2B 5AFUA 1H1VA 3GG4A 1YVNA 2Q36A 5JLFA 5AQKA 5AFUH 5AZIB 1BA0A 4BG9A 1RDWX 3MN6A 1GLEG 1YXQA 4CBWA 2Q97A 4HTLA 2ZGYA 3A5MC 1YAGA 3HTVA 3O8MA 3U9DA 2P9PB 4O8KA 5BN9A 3VF6A 2YCHA 3SLCA 4JHDB 4L3QA 3CJ9A 3G25A 4FWLA 4FWQA 1NGBA 2P9SB 2QWPA 3CQYA 3VPZA 4H5WA 1KAXA 4ISEA 1ZBSA 2W40A 3ZEUB 3U9ZA 1ZC6A 4BROA 2NZTA 1U2VB 3CJCA 1TYQA 4B1YB 3WXKA 3MN5A 2P9LA 3J8AA 3ZETB 4CD3A 4CZMA 3GDQA 3IUCA 4CZLA 1EQYA 2P9KA 4BRHA 2V52B 5AQXA 2F9WA 4H03B 3RSEB 2GUPA 3UKUA 4XH4A 3MMVA 1J6ZA 4BQLA 4BGBA 5BRFA 1SZ2A 3D2FA 4IJNA 4Z94A 5AQQA 1T6CA 2A5XA 4K42A 1BG3A 4H0TB 2E2QA 4AM6A 3WQTA 2ZWHA 3B8AX 2NRHA 2A6AA 1JCGA 5ELZA 4GNIA 3M3ZA 3CJBA 4QS7A 1HKCA 4DCHA 3A5NC 2ASPA 4RTFD 2CH6A 3ID8A 5EY4A 3UB5A 4A61A 1TYQB 3FR0A 1MDUB 2Q1NA 4H5RA 4YDUC 2P9LB 3D2EA 4PL8A 5AQHA 4BC2A 3HBTA 4MLEA 2CGJA 3R8EA 3H46O 1DEJA 2GELA 3ATVA 4BRGA 2A3ZA 3CERA 3H6EA 1QQOA 3LL3A 4H5NA 4ISGA 4WQ4C 2Q0RA 1NGJA 3GE1A 3AAPA 3UKRA 3AY9A 1TUUA 1S3XA 1HPMA 1XC3A 3O6WA 5JMVA 5EX5A 4WQ5C 3WEEB 1WOQA 1ATRA 1GLJO 3H3NO 4MO4A 4IZ9A 3L4IA 1Y64A 5F1XA 2QWNA 2YHYA 3BF3A 4A2BA 4H0YB 2IVNA 2NLXA 1BUPA 3BF1A 1E4FT 3A0IX 1GLFO 1RGIA 2UYTA 5AQVA 3EN9A 4IWVA 4B9QA 3O08A 4FWSA 4BR4A 4CZKA 4O5FA 2ITMA 2P9IA 4FWOA 4CD1A 4BVOA 4DHYA 1Z6RA 3W0LA 1BWFO 2V51B 4CBUA 4CZEA 2QXLA 3UKRB 5BR9A 3SMPA 4FOEA 2FF6A 4XH1A 1LOTB 3DXMA 5ADXA 2I7NA 2FSKA 5JLHA 1NGAA 1NGHA 2HMPA 5AQWA 4CZFA 1OKJA 4K25A 1T44A 3BEXA 4BC5A 4BRDA 2ZGZA 4RWTA 4FWRA 2D1KA 3KHYA 4MO5A 4BR9A 1BOTO 2YI1A 5LJVA 1E4GT 3VENA 1MWMA 5CE3A 1SQKA 5FPNA 3LDLA 4BR5A 3FZMA 1KAYA 1K8KA 3CQXA 2YJEA 4FWNA 4EHUA 4BRKA 4FSVA 3HI0A 1GLDG 5AQPA 5BRHA 5LY3A 1NBWA 1DKGD 2BTFA 2IVPA 4XEIA 5AQUA 2FLOA 3SJHA 4K41A 5KQDA 4EIAA 1NLVA 3FFKB 3CI5A 2QWOA 4KBOA 2GWJA 4BR2A 4PKGA 3SK3A 5AQNA 1ZXOA 2FSJA 3CHWA 3VEZA 2AP1A 2QWRA 1V4SA 3CIPA 5E84A 2P9UA 3LM2A 1BDGA 3VGLA 3DJCA 5KPTA 1Z05A 3I33A 3VERA 4RCHA 3MN9A 1LCUA 3DWLA 1NGEA 2ASOA 2F9TA 2OANA 2HF3A 5AQIA 3MK6A 1BU6O 4BRQA 5AQLA 4B1UB 4DQ8A 1C0FA 1ATNA 2Q31A 3BP8A 1NGCA 5EOYA 2HOEA 1GLAG 2IIRA 4CBXA 1YUWA 1HJOA 3CJ7A 3HSCA 4B1VA 3GBTA 4BRLA 3ZX0A 1SAZA 2HF4A 2YHWA 3FLCO 3QB0A 4ISFA 4M63C 3EKSA 5KPRA 3C7NA 2W41A 2P9KB 2E2OA 4A62A 4HWIA 1RFQA 3QBWA 4LC9B 4M7YA 2VWBA 4IXCA 3DXKA 3UKUB 3O80A 4YDUA 3W3DA 2ASMA 4FWMA 3U8XA 5JICA 4BRMA 3VOVA 3D2FB 3S41A 5E26A 2E1YA 5FPMA 3CETA 2Q0UA 4DB3A 4NB4A 4WQ4A 2YJFA 3SMSA 4BC3A 2PBDA 3FZKA 5F0XA 3QBXA 4K43A 3BUZB 3VEXA 2GTDA 4WQ5A 3IDHA 2YHXA 4FWKA 3VESA 5BPNA 2D4WA 1IG8A 5AQFA 4H0PA 4J8FA 5AZJA 3D2EB 3WUHA 4CZHA 5AQSA 4FPAA 4IJAA 2P9NA 1S22A 4CZJA 4FO0A 4WYBA 3FE1A 5AQMA 3ULEA 2ZF5O 1R59O 4QS9A 3WXLA 4H5VA 3F9MA 3LDOA 4MLHA 4BC4A 1JCEA 3LDNA 2PAVA 2V7ZA 3O1BA 5AZIA 3JS6A 4BQZA 3JXUA 4AM7A 5ADXH 4BRNA 3IFRA 3MCPA 1U6ZA 4H0OA 1G99A 1GLBG 3WXJA 4NO7A 4JAXA 3TU5A 2J4RA 2P9PA 4I6MA 5FPDA 1GLCG 4JD2A 5TKYA 4FL9A 4JHDA 1HLUA 4QS8A 3EO3A 5BPMA 1HUXA 2P9IB 2P9SA 4H0XB 3H1VX 1XQSC 3WXIA 4CZGA 4CI6A 5B8HA 4EHTA 2VCPA 3DAWA 4BR0A 3ZEUA 4BRFA 1U2VA 2EWSA 3H3OB 3QMLA 2A42A 4H5TA 3FZLA 1QQNA 3ZETA 3DXMB 5FPEA 3I8BA 3GL1A 1NMDA 4CZIA 1HX1A 2CGLA 3ZX3A 1QZ6A 5BN8A 3RSEA 2IVOA 3KVGA 1XUPO 2E8AA 5F2RA 1BO5O 1X9JA 2D0PA 4JN4A 4EFHA 3VF4A 1TUYA 1MWKA 4I6MB 4JD2B 3L0QA 5EVZA 1NGGA 3QICA 4IO8A 2FF3B 1NGDA 5AR0A 4E1JA 3H1QA 1CZAN 3H45C 3HM8A 2E88A 1QQMA 2FXUA 1K8KB 4JNEA 4BRIA 3GOIA 2I7PA 2A41A 2GWKA 4H0VB 3D7EO 2CH5A 5LJWA 3QDKA 1HKGA 2KHOA 3CJ1A 5EXWA 3FZHA 5KQ8A 3O1WA 3ATUA 3VETA 1X3MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VF2A 3LM9A 4PA1A 4FJXA 3MDQA 1TK8A 5JS1A 3OJSA 1LWCA 4PL7A 4M3TA 2ZE2A 3FZFA 2YX6A 2A1RA 3U4LA 3QNOA 1TAQA 5KRTA 3VEVA 1WBBA 4LF9K 2YNIA 2GX9A 5KPZA 3G6EN 3ENOA 3ULDA 3QFPA 4DU1A 2QWMA 1V4TA 2E20A 2P9UB 3K2PA 1C0GA 4H8KA 1VQ7N 1RT6A 4FLWA 1HJRA 2D0AA 4KV8A 4E1NA 3P39A 1Q86O 1KAZA 4N41A 3C65A 2HNYA 3HP6A 2AJQA 4CCHA 1HRHA 1FKPA 4FJ8A 4KB1A 5C12A 3VQEA 2XY6A 1JXBA 1P8ZA 1BA1A 3TWHA 2UUAK 1T6DA 4JLHA 4RG8A 4DR1K 2HW3A 1EWQA 4CF0A 4FLTA 1MA9B 2QWLA 1W7AA 3DXKB 3LALA 4BR7A 4CIFA 3AVCA 4X64K 3CCJN 1TL3A 4JKEA 3AO2A 3AV9A 5I9EB 5DM7L 3J81O 3A5OC 4YHHK 4BRCA 5BPLA 4W5QA 4O55A 1NJZA 1YJWN 2DPNA 2G8FA 3OYJA 1OVYA 4WFAL 3VMFB 4B1WB 1IJJA 4F9OA 4CEFA 1B92A 1SL2A 1Q81O 4B1XB 4BVPA 3VQAA 4CJ7A 2IAJA 4M3YA 4KB0A 2BUPA 3FGUA 1VSLA 5HL7L 1C0MA 3C6TA 2JGUA 1U47A 4BG8A 5AQJA 3QEWA 1RTJA 3IRXA 3EE8A 3F5TA 1TKZA 2FSNA 3HYFA 1JLQA 1H1VA 4B9SA 4M3UA 3HRGA 3KLFA 4N47A 1OH8A 5AFUH 3RR8A 1HNZK 1HYVA 3DYAA 4DV2K 1GLEG 1MU2A 4CBWA 1CZBA 4CF2A 4I7FA 2IC3A 4DWIA 2ZGYA 2PYLA 2YCHA 3SLCA 2RN2A 4L3QA 4LFCK 4FWQA 4DMNA 1NGBA 4CFDA 2QWPA 1TGOA 4JRQA 1VQ8N 3KLIA 1KAXA 5DK5A 2Y1JA 1YITN 2BH1A 1VSJA 3ZEUB 4BROA 2NZTA 4FZXC 1IKWA 3CPEA 4NYFA 1VAZA 4B1YB 2P9LA 3J8AA 4CZMA 4CD3A 3GDQA 3AVJA 3I0SA 4Z4IA 2YNFA 3KD1E 2F9WA 3I0RA 4H03B 1EP4A 1W9HA 1BL3A 1Q8IA 4C1NK 3UKUA 3ZT3A 5M1KA 1J6ZA 4Z94A 4X62K 3QLHA 1T6CA 2O8CA 4OPJA 1BG3A 4H0TB 4AM6A 2ZWHA 3IG1A 1P90A 1JCGA 4N56A 1CXUA 2FC0A 4LH5A 1VQ4N 4QS7A 1HKCA 2IDOA 3SAGA 4KTZA 3IAYA 4C8OA 3L4QA 5EY4A 1XNRK 3OTOK 3E9PA 1J9AA 3PLAA 4H5RA 1OH6A 2P9LB 1WB9A 2ATQA 3HXMA 3ATVA 3JAMO 3CERA 1QQOA 4H5NA 1NGJA 3I8DA 1S72N 3AAPA 4JEPA 3AY9A 2FBXA 4C8KA 4OKEA 1WOQA 5C24A 3QIPA 1Y64A 4AILC 2YHYA 3T69A 3Q7BA 3AO4A 4CHQA 4H0YB 4CEEA 1VQ6N 4C8LA 4BWJA 3OYGA 3SUNA 1E4FT 3PO4A 1GLFO 1CLQA 3VQBA 4JKGB 4FWSA 4Z0UA 4B3MK 1VQ5N 2KQ2A 3TSUA 3ZSOA 3PX4A 3W0LA 2WBNA 4O8UA 2QXLA 4R79A 4GV9A 1EO1A 1BHLA 1QQCA 4CEZA 2FSKA 1NGHA 2HMPA 5AQWA 4CZFA 4DFJA 1TK5A 3BEXA 3ASMA 4OKKA 4CECA 5CHIA 4FJHA 2PFUA 4DV7K 5JVHL 3ZT0A 4CHYA 4DFPA 2P5GA 2OPRA 3THYB 5CE3A 1S5JA 3TI0A 1A5VA 1BQNA 3LDLA 1OVQA 5MLCQ 3PIPL 1KAYA 3CQXA 4FWNA 4B9MA 1BCMA 1YT3A 3PV8A 3HI0A 5AQPA 1NK7A 5CY4A 1YTAA 4CEDA 4BDPA 2RHKA 3SQ0A 5AQUA 5KQDA 4K41A 5HRNA 1KVCA 4EIAA 3FFKB 2P1JA 3CI5A 2QWOA 3JYTA 4KBOA 4FLZA 4FLXA 2O8FB 1C0TA 3QO9A 4FJMA 2I5JA 5AQNA 3E66A 3CHWA 4JI6K 2Z1HA 3C6AA 3LDSA 2OPSA 2QWRA 3CIPA 3LZJA 5I3UA 3D45A 4DV6K 3DJCA 4DFKA 1NK5A 3NF8A 2F9TA 4IO9L 4PUOA 3B6PA 4BRQA 4F2SA 4B1UB 4DQ8A 1NK6A 4IEIA 1LAWA 2QA4N 3OVNA 2HOEA 4KFBA 4CBXA 3CJ7A 1QSSA 4JRPA 4TSXA 3SAFA 3L2WA 3FLCO 1HYZA 4NCAA 4FXDA 3CYMA 1I3AA 3WNGA 5KPRA 2E2OA 4HWIA 3MX5A 4DSEA 1RFQA 4M7YA 4NXMK 4IXCA 1EXQA 3K59A 3O80A 3THVA 3U8XA 4BRMA 1B9FA 3D2FB 4DSIA 4WE1A 3AO1A 5FPMA 3HOTA 2Q0UA 3WNEA 4DB3A 2ETJA 3P5JA 3SMSA 1YF5L 2PBDA 3O3FA 1W97L 1ASVA 4WQ5A 2HVIA 2YHXA 3VESA 2D4WA 4E7JA 3TAEA 4KHWA 1SUQA 5AZJA 1KLNA 4CGHA 4CZHA 5AQSA 1FW6A 1T05A 1Y97A 3ID6A 4WYBA 3FE1A 3C6HA 4JKHA 1S1XA 3ULEA 3LPTA 3DRPA 1R59O 5GAHP 5BR8K 4QS9A 4EZ9A 1D5AA 3F9MA 2YV0X 1JCEA 5FRNA 2UXDK 2PYJA 4KTQA 3G4SN 3O1BA 4PQUA 5AZIA 3JS6A 3VTHA 3JXUA 2FBYA 1U6ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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