4WQ5C

Ygjd(v85e)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
228
structure length
226
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNWKKLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 71
structure length 226
sequence length 228
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5C01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq5C02
4RWTA 2ZF5O 4YDUC 4HTLA 1BG3A 2DPNA 1NGDA 1BWFO 4DHYA 1DKGD 3WXJA 3WT0A 1HJOA 3LDLA 4FWOA 1ESVA 2A41A 2YJFA 3BF1A 3O8MA 3AARA 3MN6A 3QICA 1NGHA 1RGIA 3KVGA 3QFUA 4FOIA 3VGKA 3HSCA 3WEEB 3DXMB 3DWLA 3U4LA 3D2EB 1SQKA 4XH5A 2CGJA 3M3ZA 3DJCA 3MCPA 3B8AX 3H45C 4CZMA 3A5NC 3O1WA 1XC3A 4JAXA 2HOEA 3WXIA 5JMVA 2FF6A 2BTFA 4B9QA 2V7ZA 5FPEA 1P8ZA 5AZIA 3U9DA 3VESA 1Z6RA 5JICA 3O5BA 3D2FA 3UKUB 1HX1A 5KPRA 1TUUA 2Q1NA 3ID8A 2CGKA 4BRLA 1YUWA 4EIAA 4NB4A 2ZGYA 1T6CA 1NGJA 3LDNA 2ZGZA 1MWMA 3D7EO 4MO4A 2OANA 3O6WA 5F1XA 3A5MC 3CJBA 4DB3A 4B1WB 5AQXA 2IVNA 4H0OA 4QS8A 2CGLA 3VETA 3ZEUA 5KPZA 4BR2A 3QB0A 5AQHA 2E2NA 4BC2A 5AQTA 4IZ9A 3WXKA 1HKCA 3WQUA 4A2AA 4AM6A 5AR0A 4M63C 3P4IA 4FL9A 3A0IX 2P9UA 2BUPA 3H3NO 1NLVA 1GLEG 4BR0A 4FPAA 3QFPA 5CE3A 3CETA 3LDPA 1NGBA 4FSVA 3EO3A 4CBUA 2QWRA 2FSKA 3CJ7A 1NM1A 3FLCO 4A62A 4CBXA 1NGAA 2PAVA 1BUPA 4NO7A 3S41A 3LM2A 3LDQA 2W40A 3LL3A 5AQZA 1T6DA 4B1XB 3FE1A 2HF4A 5BN8A 2F9TA 2PBDA 2FSJA 1MA9B 5TKYA 4ISGA 5AQNA 3L0QA 2YCHA 5EVZA 4BG8A 2P9IA 1BA0A 2GELA 1GLDG 2J4RA 4PL8A 5AZJA 1JCEA 3U8XA 3GL1A 2QWOA 4CZLA 1BU6O 1XUPO 3SJHA 1C0GA 4BVPA 3HTVA 5BPLA 4FO0A 5E26A 1NMDA 2KHOA 3KZBA 4BR7A 2A40A 2Q0RA 4BC4A 4H0YB 2FF3B 1X3MA 4JD2B 4BRPA 3FZKA 1V4TA 3IDHA 3VEXA 3VEWA 3FGUA 1U6ZA 3R9PA 3DXKA 4CD3A 4PKIA 3EKUA 2FSNA 3C0BA 4BR9A 5KPTA 4CZGA 4CZJA 3RSEB 3VERA 3MN9A 4KBOA 3MMVA 2FLOA 1U2VB 3VF2A 2H3GX 2YHXA 2E8AA 2GEMA 1GLLO 5B8HA 3GDQA 1Q18A 4J8FA 1LOTB 3BP8A 1HKGA 1OKJA 4QS7A 4BGAA 1RFQA 2I7NA 3MDQA 1KXPA 2A6AA 3A8YA 4IO8A 1ATRA 2P9LB 5AQKA 4BRNA 3EKSA 4AM7A 1HUXA 4H0PA 4ISFA 4BC5A 4BQLA 3A5OC 1HPMA 4DCHA 3EN9A 3FZFA 4IJNA 1GLAG 1KAXA 1YAGA 3C7NB 2GWKA 4XH4A 4MLEA 3U9ZA 3ZETB 2YI1A 5AQPA 4BRFA 4FWPA 4BRHA 1X9JA 1NGFA 4H03B 4BR5A 3CERA 2IIRA 1NWKA 2YHWA 5AQIA 2ASMA 2Q2RA 4I6MA 2GTDA 2YJEA 4WQ4A 3R6MA 4BRKA 3UKRB 2E2OA 2QWMA 3SMPA 1MDUB 2VYPA 3VENA 1SAZA 3GBTA 4BREA 5BREA 1K8KB 4FWRA 4CBWA 5EY4A 4BRMA 3HI0A 3H46O 4BQZA 2ITMA 3QMLA 3I8BA 1S3XA 5AQRA 4BGBA 3BF3A 3F9MA 2D4WA 3VF6A 4PKHA 4EHUA 2CH6A 4BRIA 2P9NB 4BRQA 3H1VX 3M1FA 3G25A 2GWJA 4CZEA 4JD2A 3O80A 2P9KB 1DEJA 3L6QA 3BUZB 1RDWX 4Z94A 2EWSA 5BPMA 3RSEA 3ENOA 2Q0UA 4K25A 4CZKA 3ZX2A 4CJ7A 5BR9A 5AQSA 2NZTA 5AFUH 1QQNA 3VEYA 3VEZA 2A42A 3CQXA 4B1YB 5AQYA 3ULEB 3AY9A 4CI6A 5ADXH 3EL2A 4JHDB 4WQ4C 1NBWA 4BVOA 3TPQA 5BRFA 1Z05A 2V51B 4EHTA 3WEEA 3DXMA 1GLCG 1X3NA 2VCPA 1QQMA 4B1UB 3D2EA 1WUAA 3HM8A 1KAYA 1ZBSA 2UYTA 2GUPA 4K41A 3J8AA 5KQDA 4JNEA 2P9PB 3VEVA 1MWKA 2A3ZA 3JS6A 1JCFA 4FWQA 3C7NA 3ZETA 3D2FB 4L3QA 3O1BA 4EFHA 3QBWA 4GNIA 1NGCA 3QBXA 3SLCA 4WQ5A 4K42A 3VOVA 1EQYA 3H3OB 3CJ9A 3L4IA 4O8KA 5AFUA 3EZWA 3UKUA 3BEXA 1IG8A 4BROA 4GY2B 4IWVA 5EOYA 1D4XA 5AQUA 1E4GT 4K43A 2D0OA 5ADXA 4RCHA 3ZEUB 4BR4A 1BOTO 4QS9A 4A61A 3SK3A 4LC9B 5AQQA 1XQSC 4BG9A 3GG4A 1KAZA 1GLBG 4JN4A 1SZ2A 5AQGA 5AQVA 5F0XA 4BRCA 1R59O 3ATVA 5AQFA 1BDGA 2P9UB 3VF4A 2Q31A 3GOIA 4B1VA 3FR0A 4H5TA 1NGIA 4M7XA 3IMXA 3FFKB 5F2RA 3O08A 5LY3A 2E1YA 5ELZA 1BA1A 3ENHA 1G99A 2P9KA 1T44A 2Q36A 2AA4A 1ZC6A 2QXLA 3MN5A 1BO5O 1DGKN 1GLJO 2FXUA 5BRDA 4PL7A 1J6ZA 1Y64A 3LM9A 3H1QA 1TUYA 4CZIA 1NGEA 2VWBA 2V52B 3IFRA 4HWIA 2P9IB 4WQ5C 4BRDA 2ASPA 5AZJB 2F9WA 3CJAA 3CQYA 3HZ6A 3ULEA 4A2BA 3CHWA 3ATUA 3IUCA 4JHDA 4RTFD 3O4WA 4FOEA 4DQ8A 1TYQB 3WUHA 5KQ8A 5I9EB 3MK6A 1QQOA 2E20A 2Q97A 4H0TB 3FZHA 4FPBA 1HKBA 5FPMA 1QHAA 5BPNA 4H5RA 5BN9A 1ZXOA 4CD1A 2ZWHA 5AQJA 2IVPA 1IJJA 2P9PA 3DAWA 3JXUA 3DXKB 2A5XA 3UE5A 4ISEA 1S22A 2P9SB 3OHRA 3CIPA 4PKGA 2E1ZA 2NLXA 2HF3A 5EXWA 1ATSA 5AQLA 1HLUA 2E2PA 4BC3A 2E88A 4E1JA 1H1VA 3H6EA 1NGGA 3VGMA 4XEIA 3LDOA 1U2VA 4MO5A 3KHYA 3MN7A 1QZ5A 3VEOA 4CZFA 2QW9A 2WUSA 2QWQA 4FWKA 2V7YA 2I7PA 1LCUA 2YHYA 2NRHA 3M6GA 3R8EA 4BRGA 4XH1A 2QM1A 5LJWA 5E84A 5AQWA 1V4SA 5EX5A 4IXCA 4YDUA 4Y0WA 4B1ZA 3SMSA 2P9LA 2D1KA 2QWLA 5FPDA 4IJAA 4WYBA 3WXLA 1JCGA 3ZX0A 1GLFO 3GE1A 5AZIB 3HBTA 4I6MB 2D0PA 3A5LC 4FWMA 3FZMA 1CZAN 3AAPA 1QZ6A 1ATNA 3TU5A 2CH5A 4FWLA 5JLHA 3QDKA 2AP1A 3FZLA 4EAHD 4FWNA 1WOQA 3UKRA 3VGLA 5FPNA 2HMPA 4H0VB 4MLHA 5AQMA 2QWNA 4C23A 3W3DA 2IVOA 1TYQA 4H5VA 2ASOA 4CZHA 1K8KA 3AAQA 2E2QA 4H5NA 3WQTA 3I33A 5JLFA 4O5FA 3CJ1A 4FWSA 3ZX3A 4F9OA 4BRAA 3UB5A 5LJVA 5AQOA 4H5WA 1YVNA 3VPZA 2QWPA 3W0LA 1YXQA 4M7YA 2P9SA 3CJCA 4H0XB 5BRHA 1E4FT 2P9NA 1C0FA 3CI5A 2W41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MDBA 1T03A 2ZF5O 4O4GA 4DU3A 3TTDA 3EE8A 2DPNA 1BWFO 1DKGD 3WXJA 4DR2K 4FWOA 4C8LA 4LF7K 3KKSA 1NK8A 1RT6A 5J2NA 4DU1A 1WB9A 3AARA 3LP2A 4JEPA 3WEEB 2VGNA 3DXMB 3LALA 4DLEA 3F2KA 1YT3A 4C8OA 4K0KK 5JS2A 3J7YP 3M3ZA 4B9TA 3C6AA 4GVMA 3B8AX 4AQYK 3MX2A 2VGMA 3A5NC 4CZMA 5CHIA 1XC3A 2X6SA 3WXIA 3OYCA 1HR0K 2FF6A 2BTFA 4FZXC 1C0TA 4EP4A 5JICA 5KPRA 3J81O 4HTUA 1TUUA 2Q1NA 3T7ZA 4BRLA 3JAMO 4NB4A 1T6CA 1NGJA 4NCBA 1BL3A 4JS4A 4GV3A 5HLFA 2KQ2A 3DRRA 1LV5A 1KFSA 4PWDA 3A5MC 3CJBA 2B6AA 4QS8A 4IO9L 3OS0A 3QB0A 5CZ1A 5CYMA 2E2NA 1U4BA 4PY5A 2YNIA 1RBSA 2PZSA 1OH7A 1NJIO 2BUPA 4B9UA 3ZT1A 4BR0A 3OYGA 2I5JA 2E6MA 4CE9A 3EO3A 1REVA 3TAGA 2O4GA 5KGWA 1KSPA 4K8XA 5KTQA 3MWTA 3CXCM 1SKSA 1JLAA 5IT9O 1T6DA 2HF4A 1WBBA 3ZT2A 1MA9B 3CCJN 4LF9K 4ISGA 4DTRA 4DQQA 1X1PA 4BG8A 2RN2A 4CF9A 3LP3A 3AA3A 1OH5A 4PL8A 4DFPA 5AZJA 4BDZA 3MEEA 1C0GA 1EWQA 4U67L 4BVPA 3TABA 3DLKA 4I2PA 5BPLA 5M1KA 2HMIA 3NF7A 4CJTA 1NMDA 4FJGA 1N36K 2KHOA 2A40A 4BC4A 4Z4CA 4H0YB 5C42A 1X3MA 4GV6A 1V4TA 3IDHA 4WE1A 4CERA 3SAGA 5FRNA 1UWBA 3HJFA 1WSHA 3EKUA 1VAZA 5KPTA 3CG7A 4CZGA 1CXQA 4CZJA 3RSEB 4CJRA 3C65A 3VQ7A 4CGGA 2H3GX 3QESA 1SV5A 4HCCA 5GAEP 3MXMA 3AVLA 3PO5A 3DLBA 1GLLO 4GMJB 4CJ3A 3T1HK 4CJQA 3SQ4A 3VQEA 3SV4A 2OCEA 4UY8O 1RDBA 5CYQA 1WAJA 2Z1HA 4JKEA 4BACA 1QSLA 2I7NA 3MDQA 4E7IA 2DTUA 1KXPA 4CFAA 4AHRA 4DV6K 3TSPA 3RRGA 1RTIA 4BC5A 4BQLA 4YFUA 1X9SA 4IEEA 3FZFA 4IJNA 3ZSOA 4DSJA 3KD1E 4MLEA 3ZETB 1WSGA 2B4JA 2VQEK 4FWPA 4C1NK 4H03B 4BR5A 4CIGA 2QXFA 3KK1A 3TAPA 5AQIA 1RBRA 2ASMA 1YJNN 1ZBFA 2YJEA 3LAKA 5C15A 3OY9A 3VENA 4NCAA 5BREA 4WF9L 2UUCK 1C0MA 4KHWA 1KFDA 3THYA 1OH6A 4WCEL 4BQZA 2ITMA 1IV0A 2EX3A 1I39A 4JKBA 4F3OA 4O8UA 4B3RK 4BGBA 3LAMA 3VF6A 4OJRA 3WXMB 2CH6A 3EYZA 3C95A 3M1FA 3G25A 4M3YA 3OYIA 4DV0K 3NVKA 3J7AP 4CHOA 4QCLA 4CFDA 3E01A 3BUZB 4Z94A 3K59A 4B3MK 2EHGA 2W6LA 3AVJA 4K25A 3ZX2A 4CJ7A 1NJYA 4W5OA 5BR9A 3M5RA 4YY3K 2A42A 3CQXA 4IFEA 4PA1A 3P1GA 4DTOA 1CZ9A 3MECA 4CI6A 4IEIA 3EL2A 4WQ4C 4PUOA 4L8RB 1OH8A 4EHTA 2V51B 4IOCL 3WEEA 3DXMA 2VCPA 1VSIA 1WUAA 2QTDA 2UYTA 4FM2A 2UUBK 3J8AA 4JK7A 4B3TK 2P9PB 4BDPA 2A3ZA 5KI6A 3C7NA 3D2FB 3RRHA 2QK9A 1XNRK 4EFHA 3QBWA 1VQ8N 3A2FA 4CEEA 1C1AA 3QBXA 4FK0A 4WQ5A 3VOVA 1EQYA 1CXUA 4O8KA 2KKZA 5AFUA 4J2DA 5HP1A 5HBMA 3O9UA 1D4XA 3KLIA 4K43A 2JGUA 3SBTA 4RCHA 5M1NA 4A61A 4QS9A 5AQQA 1JLQA 3OJSA 3JSMA 3GG4A 1BGXT 4JN4A 3CM5A 3HXMA 3TAFA 4BRCA 1R59O 1TL3A 5AQFA 5SZTA 2P9UB 4AHUA 1R0AA 4DSLA 4FLVA 3V9XA 1YJ9N 3L2RA 1TKTA 4IFYA 3I0SA 1NNEA 3AO1A 5F2RA 5LY3A 2E1YA 5ELZA 1NG9A 4FK4A 3SZ2A 1XHXA 1G99A 2Q36A 1ZC6A 2QXLA 3JYTA 4LFAK 1YF5L 4KB1A 1O13A 1QQCA 1Y64A 2F8SA 1LW0A 1TUYA 3S9HA 2ZQBA 1GOAA 2VWBA 1KLMA 2V52B 1NOZA 4KRFA 3CJAA 3ULEA 3CHWA 3CD6N 3ATUA 1N8RO 1LWFA 4FOEA 3WUHA 4HUEA 5CR4A 3TWHA 1L5UA 2G8KA 4FLXA 1VQ9N 3VQCA 3FZHA 5FPMA 1RT5A 4H5RA 5BN9A 1ZXOA 5AQJA 1IJJA 3O9QA 4AHSA 3HVRA 3O3FA 1HYVA 4CHPA 4IBNA 2F8TA 4BE1A 4JRPA 4KTWA 4DSFA 4FVUA 4BC3A 2E2PA 3AA4A 3V81A 1IBLK 3AVNA 1YITN 1KVBA 1VQON 5E41A 4MO5A 2ZJQL 3MN7A 4FLWA 3SUQA 5JVHL 2QW9A 1GOCA 2QWQA 3PV8A 2NUBA 3LDSA 3ULDA 2HBLA 3AVFA 2AJQA 2ZJRL 1S6PA 2NRHA 4CESA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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