The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
N(6)-methyladenosine in mRNA disrupts tRNA selection and translation-elongation dynamics.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5LL6 Z; 2VQE K; 4DV4 K; 5BR8 K; 2UXD K; 3J80 O; 5IT9 O; 4DR1 K; 4X64 K; 3T1Y K; 4X62 K; 4DV2 K; 2HHH K; 2UU9 K; 4DV1 K; 2E5L K; 4DUZ K; 1HNX K; 1HR0 K; 1XNR K; 2UUC K; 4B3T K; 3J7A P; 4DV6 K; 4K0K K; 4LF7 K; 4JV5 K; 4X65 K; 4B3S K; 4LF9 K; 3JAM O; 4DUY K; 5FLX O; 4LF8 K; 4JI5 K; 4LF6 K; 4LFA K; 1N36 K; 4JI7 K; 4LF4 K; 4JI1 K; 2UUB K; 4B3M K; 4V19 S; 3J7Y P; 4KHP K; 1I94 K; 2F4V K; 4AQY K; 4YY3 K; 4JI4 K; 4DR4 K; 4X66 K; 3T1H K; 1XMO K; 3OTO K; 4JI0 K; 2UXB K; 4DV7 K; 4JYA K; 4JI2 K; 4DV0 K; 3J81 O; 1N32 K; 4NXM K; 4DR3 K; 1HNW K; 1XMQ K; 1J5E K; 1N34 K; 4YHH K; 2ZM6 K; 2VQF K; 4JI8 K; 4CW7 B; 5LMN K; 4GKK K; 4DR7 K; 5LMU K; 5IWA K; 4CVN E; 4B3R K; 4DR2 K; 2UXC K; 4GKJ K; 4NXN K; 2UUA K; 4DV5 K; 5A2Q O; 4DV3 K; 4JI6 K; 1IBL K; 4DR5 K; 4JI3 K; 1IBM K; 4OX9 K; 1N33 K; 1XNQ K; 1HNZ K; 1IBK K; 5AJ3 K; 4DR6 K; 1FJG K; 4LF5 K; 4LFB K; 4LFC K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BY9 C; 4CF1 A; 2FXU A; 1VSD A; 3WXJ A; 4Z94 A; 4FWK A; 1C0F A; 1NJI O; 5EOY A; 1UWB A; 3O9U A; 4ZTJ A; 3V1Q A; 2ZWH A; 2HVI A; 3FE1 A; 4PUO A; 1A5X A; 4QCL A; 3CJC A; 3KK2 A; 3A5N C; 4M3X A; 4W5R A; 4CJL A; 2QWP A; 1FK9 A; 1HR0 K; 2GUP A; 3EN9 A; 1WB9 A; 4BQZ A; 3A5L C; 1RDB A; 1ZBS A; 3AAP A; 4DV6 K; 5AQF A; 2ITG A; 3SCX A; 1KFD A; 3PX4 A; 4CIE A; 3KTQ A; 2D0A A; 3HRG A; 4IEE A; 3JAM O; 4F9O A; 3V9Z A; 4FK2 A; 4LF8 K; 5K14 A; 1J9A A; 4YOX A; 3L6Q A; 2P9K B; 4ILG B; 4HUF A; 3NVK A; 3M8S A; 1S9E A; 2IVN A; 3R8E A; 5J2M A; 2I7P A; 2WFB A; 4CHQ A; 1KAY A; 1F21 A; 3SQ1 A; 1QVG M; 3ZX2 A; 5KI6 A; 3WT0 A; 3OS1 A; 2YHY A; 4FWQ A; 4BRA A; 4EZ6 A; 2HHQ A; 4H0X B; 1JCF A; 4CE9 A; 3C6A A; 3KLG A; 4AHR A; 2YCH A; 1BQN A; 4DLG A; 4RWT A; 3LPU A; 1T03 A; 4JI8 K; 4FZZ A; 4JS4 A; 3NH1 A; 3NFA A; 1GLC G; 1QS4 A; 2OYQ A; 1EKE A; 2YHB A; 1T3V A; 4AF1 A; 4M63 C; 3CER A; 5I3U A; 3HI0 A; 3DLK A; 3OYH A; 1BIU A; 1NOZ A; 2ZF5 O; 4EHU A; 4FJ7 A; 4M7X A; 1JLC A; 1UOC A; 2Q0R A; 3FZL A; 3JSM A; 1Q86 O; 2VYP A; 1OVQ A; 2FBX A; 1FKP A; 4B1Z A; 4F4K A; 1N33 K; 5GIO A; 3PLA A; 2CGJ A; 3A0I X; 4JS5 A; 5HP1 A; 3DLE A; 4HHT A; 4BE1 A; 5M1Q A; 1VSE A; 1W9H A; 3RRH A; 3DXM A; 3RR7 A; 1IV0 A; 3KLI A; 3WNG A; 3QER A; 1CLQ A; 1HYZ A; 4JD2 B; 1NGI A; 4BDY A; 4MDB A; 5C0Y A; 3VQD A; 1FXX A; 4BC2 A; 2A42 A; 4OVL A; 1A5W A; 4O8U A; 5AQT A; 1RTI A; 3OHR A; 1KAX A; 3PIO L; 5KRS A; 1RT1 A; 3CCL N; 4BQL A; 5KTQ A; 3O6W A; 3K5N A; 2YJE A; 2E1Z A; 2DTU A; 5AQM A; 4IJA A; 1WSJ A; 3Q7B A; 3A5O C; 2I7N A; 3L2U A; 3J7Z O; 1NK5 A; 3VGM A; 4GNI A; 5JS2 A; 2Y1J A; 1VAZ A; 4AM6 A; 1NLV A; 4M7Y A; 1RIL A; 2A6A A; 3L2W A; 4CZI A; 4KTZ A; 1VQ8 N; 1S1V A; 1DGK N; 2PAV A; 4Z4E A; 3P31 A; 1DTT A; 4CJW A; 2IIR A; 4AQY K; 2CGK A; 1S1T A; 1XMO K; 3ZCM A; 5FRN A; 3T69 A; 3OTO K; 3SUP A; 4DTP A; 3SV4 A; 4DV0 K; 4CZM A; 1NGA A; 4FSV A; 3K57 A; 5CE3 A; 3SNN A; 1XC9 A; 3CPW M; 4N56 A; 2QXL A; 3CM5 A; 3TR8 A; 4PQU A; 4DTR A; 4Z4G A; 1JXE A; 4U67 L; 3THY B; 4BVO A; 3RR8 A; 3ZSX A; 3NCI A; 4B9S A; 3G0Z A; 4FWR A; 1SL2 A; 3TAQ A; 3NGY A; 3OYD A; 3TAE A; 5CY4 A; 4IKF A; 4F3O A; 4BRG A; 4BGB A; 3OYB A; 3SBG A; 1IBM K; 5AQV A; 3PY8 A; 2HND A; 2WOM A; 3CCS N; 1I39 A; 3A5M C; 4FJ9 A; 3NDK A; 1S1X A; 2OZS A; 1Y64 A; 1YJW N; 1LV5 A; 4J2A A; 4DQP A; 3MXJ A; 4QS9 A; 1VSJ A; 4KTW A; 2YJF A; 1RDD A; 2NRX A; 3DLG A; 3VQ7 A; 3ZSV A; 3KZB A; 3THV A; 2QKB A; 5CYQ A; 3ATU A; 2ZGY A; 3EE9 A; 1V4S A; 4CHY A; 1V4T A; 5J2P A; 3AGK A; 2X6N A; 3P83 D; 5F2R A; 3M5R A; 4ID1 A; 4NYF A; 4KI4 A; 3P1G A; 1XNR K; 3CCQ N; 1IG9 A; 2QK9 A; 2P9U A; 5AQQ A; 4CD1 A; 1RBU A; 3DYA A; 2G8H A; 1JKH A; 3FZH A; 1HRH A; 3G6E N; 1BI4 B; 4OJR A; 3JXU A; 5BPM A; 3MX5 A; 4B3M K; 2KHO A; 4E1M A; 3SK3 A; 4HVJ A; 3AO3 A; 1GLL O; 1ZBF A; 4CFB A; 1TAU A; 4B1W B; 1RBR A; 5FPE A; 2CGL A; 3L3U A; 2P9I B; 1JCG A; 4H5V A; 4X66 K; 4B1Y B; 4DSE A; 1B9F A; 3TSP A; 3VQA A; 4BAC A; 4DQR A; 1KLN A; 4GMJ B; 4YHH K; 3MDQ A; 4FL9 A; 1C1A A; 2ETJ A; 1RDU A; 1BIS A; 3OYI A; 2ZGZ A; 4PA1 A; 2BUP A; 4N47 A; 3ZET B; 4NLB A; 5AQL A; 4BG8 A; 5LMU K; 2Z1H A; 3NGZ A; 3C95 A; 2F96 A; 3GBT A; 3ENH A; 4E7L A; 3AVA A; 4CGJ A; 2YNF A; 4Q0B A; 5J2N A; 1HPM A; 4RW6 A; 5GAE P; 2B5J A; 4BWM A; 3Q7C A; 4JD2 A; 3DRR A; 3B6O A; 4BRO A; 2V7Z A; 4DF4 A; 3V1O A; 4C1N K; 4LSN A; 5AZJ A; 1WSI A; 3M8P A; 4LFB K; 3D2E A; 2O8E A; 1KSP A; 3VMF B; 3G4S N; 3VGL A; 4BR2 A; 1ASW A; 2E6L A; 1XUP O; 3K59 A; 1XHZ A; 2CH6 A; 1LWE A; 3VER A; 3SQ0 A; 3OA9 A; 3FR0 A; 4K8X A; 1WOQ A; 1E4F T; 4F2R A; 4FJJ A; 4FJX A; 4I6M A; 3F9K A; 3AVC A; 3F9M A; 1HJO A; 1HYV A; 3RSE B; 4X62 K; 4KHU A; 1NK6 A; 4FK4 A; 2HHH K; 1WAF A; 4K42 A; 4FW1 A; 1BCM A; 4DUZ K; 4WYB A; 1QQM A; 1WNS A; 1YAG A; 4M3T A; 3HPG A; 4H0O A; 3HVR A; 5I42 A; 3AVL A; 4B9L A; 1TYQ A; 4W5O A; 3THX B; 3VEY A; 5GIP A; 3CHW A; 2E2P A; 5FLX O; 4BRH A; 3OVN A; 4DUY K; 4M3Y A; 5KGX A; 1RDA A; 3DRP A; 1YT3 A; 3CFR A; 3ZYY X; 3RRG A; 5KGW A; 3LAL A; 5AFU A; 1HNI A; 3CYM A; 4DWI A; 4AM7 A; 3ZX3 A; 2O8D A; 4IO8 A; 4I9Q A; 1W7A A; 3QLH A; 1BQM A; 4XEI A; 3IDH A; 4DLE A; 4DR4 K; 3QO9 A; 3NVM A; 1D9D A; 3THY A; 1RT5 A; 3FZM A; 4GVM A; 4I2P A; 3TWH A; 4CJU A; 4JYA K; 3HJF A; 1ATS A; 2H3G X; 3H3N O; 1C0M A; 5AQO A; 4C23 A; 3MMV A; 1XC3 A; 3KHY A; 4I9L A; 2GWK A; 2HMI A; 1UAX A; 4CZK A; 1KVB A; 3ISN C; 4CCH A; 3THW A; 1MDU B; 3F5T A; 1KQS M; 4ELU A; 4CED A; 3CCE N; 3FZK A; 1OKJ A; 4O5F A; 1HX1 A; 3ITH A; 3WNE A; 1NJW A; 4JI6 K; 2Q1N A; 1L5U A; 2OAN A; 1D4X A; 4O55 A; 3M8R A; 5TKY A; 1HNZ K; 3CXC M; 2KZM A; 4FLZ A; 1LWF A; 3P38 A; 3QBW A; 1N6Q A; 3CQY A; 4LFC K; 1JL2 A; 4EIA A; 1L3T A; 2F9W A; 4G9Z A; 2VWJ A; 3CQX A; 3LZJ A; 4DSL A; 3L2V A; 4DR1 K; 3MXI A; 1U04 A; 3U4L A; 1EXQ A; 3SZ2 A; 1KFS A; 4L3Q A; 3C65 A; 3IMX A; 3ZT3 A; 2D0P A; 3L0Q A; 4BGA A; 3PO5 A; 1JXB A; 5AQR A; 3VGK A; 4IOA L; 2OTJ N; 4EP4 A; 1FKO A; 4DV1 K; 3LP2 A; 1S6Q A; 3LWM A; 1X9W A; 3CC7 N; 3K9J A; 5F0X A; 1BI4 A; 3CET A; 1IKV A; 1Q7Y O; 4NYN A; 3UKU B; 1WSE A; 4DCH A; 2OTL N; 5B8H A; 2E20 A; 3NH0 A; 3AVJ A; 4HTU A; 1TV6 A; 1P8Z A; 1QZ6 A; 3SV3 A; 2EWS A; 4FLV A; 3CJA A; 4BRF A; 4CGI A; 4LFA K; 1NMN A; 3V9X A; 1NKE A; 1ITG A; 2ATQ A; 3I56 N; 4E1J A; 4JK9 A; 2HBK A; 3LP0 A; 4CJR A; 4WFA L; 3QNN A; 3GL1 A; 3ZT0 A; 3SAH A; 2O8C A; 1E4G T; 4Z4I A; 1EWR A; 3FFK B; 1QHT A; 1NBW A; 4DKW A; 3K58 A; 4KRF A; 1LOT B; 4DTJ A; 1JLF A; 1Z25 A; 1DKG D; 4JI2 K; 1N8R O; 4M41 A; 2IAJ A; 3QDK A; 3VQ9 A; 3I33 A; 2BH1 A; 3O5B A; 2NNW A; 1VK0 A; 2A40 A; 3VQ8 A; 2VCP A; 1TKZ A; 4DSF A; 1BDG A; 3MN6 A; 4A59 A; 5IWA K; 2DPN A; 2HBM A; 3CM6 A; 2GTD A; 4CVN E; 3TI0 A; 3OYL A; 3O9R A; 4NXN K; 3OJU A; 2XY8 A; 1NMD A; 4ZTF A; 1VSH A; 1K8K A; 4JI3 K; 4FLW A; 3PO4 A; 1CXQ A; 4OPK A; 4MQ3 A; 1QQN A; 3J8A A; 1CZA N; 4Y0W A; 3CJB A; 2VG6 A; 2P9L B; 3TAN A; 1ESV A; 4PY5 A; 2E2Q A; 1Q18 A; 1C0T A; 1IG8 A; 3IRX A; 4EAH D; 1QVF M; 4RCH A; 4ID5 A; 3R6M A; 2IGI A; 3SPY A; 2RF2 A; 1O13 A; 3MCP A; 4HUE A; 4CEF A; 1KTQ A; 3LWL A; 5HRP A; 3AA2 A; 1IKY A; 4CD3 A; 3EZW A; 3U3G A; 3EY1 A; 4KO0 A; 3CQ8 A; 3DLB A; 4IZ9 A; 2E5L K; 1KXP A; 3CI5 A; 1BG3 A; 3WEE A; 3DLH A; 5C12 A; 1NM1 A; 2OPQ A; 5J2Q A; 3WNF A; 3NMU A; 3CC4 N; 4JKD A; 4XH4 A; 1SKS A; 1J5O A; 1GLA G; 4LF4 K; 1G99 A; 2P9S B; 2UUB K; 4YOR A; 3NE6 A; 1QE1 A; 4ISG A; 4DTS A; 1BA1 A; 4B8C A; 3NHG A; 4BRQ A; 4JKF A; 1NK0 A; 3AVM A; 3DLR A; 4FWP A; 1NK7 A; 3T1H K; 2PZS A; 4FWO A; 4O0I A; 4CGF A; 3L8B A; 4CEE A; 3AVI A; 4NO7 A; 2QKK A; 2KKZ A; 3GG4 A; 1Q9X A; 2NLX A; 1VRT A; 4WF9 L; 5C25 A; 4BRK A; 2YI1 A; 3AO4 A; 3S3O A; 4RW7 A; 3UKR A; 4CJ5 A; 4CZE A; 4E7J A; 3ZLJ A; 5AQS A; 4KHS A; 5T7B A; 1N5Y A; 4BDP A; 3DI6 A; 2Q2R A; 2O8F A; 3KLE A; 3C6H A; 2DY4 A; 4DQS A; 1SUQ A; 5AQY A; 4CJE A; 4DFJ A; 3IS9 A; 3E66 A; 3U8X A; 3H08 A; 4CJT A; 1NKC A; 1WSF A; 2W42 A; 1SKW A; 3KLF A; 4H5T A; 4B1U B; 4CHZ A; 1YVU A; 2XY6 A; 3ENO A; 1TKT A; 4CJQ A; 4DV4 K; 2NRH A; 3J80 O; 3OYG A; 4BR4 A; 1QQC A; 3PIP L; 4RW9 A; 4FWS A; 3ULD A; 4HCC A; 5JIC A; 2GBZ A; 3VQC A; 3CCU N; 1EQY A; 2UU9 K; 2FF6 A; 4RTF D; 4FJI A; 3DLL L; 1HNX K; 1SV5 A; 4KAZ A; 4R79 A; 5JVH L; 5AQJ A; 2W6L A; 4JKE A; 1BIZ A; 1K9M O; 1RNH A; 2E2N A; 4HWI A; 4YNQ A; 1WAJ A; 4OPJ A; 4K0K K; 2Q36 A; 5ELZ A; 2RHK A; 3BF3 A; 5EU7 A; 4CJ3 A; 4IJN A; 5C15 A; 3ZEU B; 2XHB A; 4HCB A; 3NF8 A; 5GAG P; 4JHD B; 1KVA A; 3ZSR A; 4DQ8 A; 2G8U A; 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1TVR A; 1TK8 A; 4Z4H A; 1RFQ A; 1Z26 A; 5LJW A; 4I7F A; 4JKA A; 5JLF A; 4J2B A; 4LD0 A; 3VTI A; 4M3R A; 3KKR A; 1VSL A; 2OCE A; 3O9Q A; 3HST B; 4B1V A; 1T05 A; 1ILY A; 4H03 B; 1R0A A; 1BWF O; 4RW8 A; 1N36 K; 3KWI A; 3MEC A; 4CI6 A; 4XIU A; 3K0S A; 3U3Y A; 4I2Q A; 4OKK A; 3OYK A; 1MWK A; 3QET A; 1LAW A; 4B8A B; 4H0Y B; 2P9K A; 3OBW A; 3HYF A; 3LP1 A; 1IH7 A; 1GLF O; 4CFA A; 3P39 A; 1VQP N; 5BN9 A; 1NOY A; 1N32 K; 3SAF A; 1RCH A; 4GVE A; 3DAW A; 1YTU A; 3QEP A; 1E3M A; 2ZM6 K; 2QTD A; 1NGJ A; 1YXQ A; 1JLB A; 4FVU A; 4JKB A; 3VEX A; 1WBB A; 5ADX H; 4FXD A; 2QWL A; 3S9H A; 4H5R A; 2QM1 A; 1TUU A; 2YNG A; 1U4B A; 2O8B B; 2R7Y A; 4GKJ K; 1IKX A; 4K43 A; 3D2F B; 3K2P A; 1QQO A; 4W5Q A; 5AQX A; 4BE2 A; 3L4Q A; 4Z0U A; 1QTM A; 3PV8 A; 5M1N A; 1GLB G; 1HQU A; 4FCY A; 1IKW A; 2KZZ A; 2RPI A; 3AO5 A; 3L3V A; 2V7Y A; 5HRN A; 4YOT A; 3RWU A; 3ULE B; 3QEV A; 4GW6 A; 3IFR A; 4EFH A; 3WQT A; 4FZX C; 3AA3 A; 3ZT2 A; 5CZ1 A; 3CPE A; 4FWN A; 3DOL A; 3KWG A; 2ASM A; 1U2V B; 5GIN A; 3T1Y K; 3MX2 A; 4CBU A; 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