4XH4A

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase a88v mutant, in complex with amppnp and propionate
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIVHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of substrate- and nucleotide-bound propionate kinase from Salmonella typhimurium: substrate specificity and phosphate-transfer mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720)
total genus 140
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2015-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xh4A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xh4A02
2D4WA 3H1QA 1QZ6A 3L4IA 4CBUA 3M1FA 2P9NA 3CQXA 3MN5A 3FZHA 4GNIA 4BRLA 1MA9B 2QWQA 4GY2B 4MO4A 1HUXA 3CJBA 4IO8A 5AQJA 3ZX2A 1HJOA 1YXQA 3FE1A 5AQMA 4EIAA 1BWFO 1X3NA 3AARA 3HI0A 2YJEA 2W40A 3CJ9A 2OANA 5KPZA 3C7NB 3AAQA 4BC2A 3FZKA 4XH1A 2GEMA 1Q18A 1T44A 4CZMA 1TYQA 5BPMA 5LJWA 2A40A 3OHRA 4NO7A 1TYQB 3VF2A 4FWMA 3QFPA 4CZLA 4BQLA 2Q1NA 1HKCA 4C23A 3BUZB 1OKJA 1HPMA 5EVZA 5FPEA 3QB0A 2CH5A 5EX5A 2QW9A 2F9TA 4JNEA 2A6AA 2E1YA 2GUPA 2P9SA 3A0IX 1BU6O 1HKBA 4K43A 5JLFA 5EY4A 5BN9A 3WT0A 4BR2A 4BC4A 4FSVA 2P9SB 3DXKA 3WEEB 4O5FA 1LCUA 2A42A 2QWRA 3VEYA 1IJJA 3O8MA 3CJ1A 2VYPA 3F9MA 4BVPA 3GDQA 3UE5A 4WQ4C 4BGAA 5JLHA 1KAXA 4PL8A 5F0XA 1XUPO 3U4LA 3WXLA 5BN8A 2I7PA 2IVPA 1NGEA 2HF3A 3HTVA 1BO5O 4QS8A 3ZX0A 1DEJA 1K8KB 3H6EA 2ZWHA 3KHYA 2E8AA 4BC5A 4I6MA 3BP8A 4CD3A 4BRMA 2J4RA 4XH4A 4RTFD 5F2RA 5JICA 3LDOA 4CZGA 4DHYA 2AA4A 2NLXA 2H3GX 3WQUA 4FOEA 4EHTA 3O4WA 3ENOA 3BEXA 5AQGA 1E4GT 4H0XB 4H5WA 3IMXA 1GLBG 1LOTB 4B1XB 2GELA 3O5BA 2P9IA 3KVGA 2YCHA 3CETA 1S22A 1GLDG 4XEIA 3EN9A 3GL1A 5KPTA 2Q2RA 2V7ZA 4EHUA 4J8FA 3L6QA 3MCPA 4K41A 1NBWA 2DPNA 1NM1A 4FWKA 2YI1A 4Y0WA 4B1UB 1WOQA 2QWNA 3H46O 2E2PA 4BC3A 5AFUH 1GLEG 2V52B 2QXLA 3D2FA 3WXKA 3VGMA 1GLFO 3A5NC 1BUPA 3HM8A 2P9UB 4H5NA 3D2FB 2HMPA 2P9LB 1JCEA 3UKUB 3W0LA 3SLCA 4MLHA 5CE3A 4DCHA 1KAZA 3FZMA 3JXUA 2ZF5O 3JS6A 4H03B 1U6ZA 1NGDA 4BRPA 5BRFA 4CZHA 4HWIA 2YJFA 4L3QA 3MMVA 4RCHA 4WQ5C 4O8KA 1X3MA 1KXPA 4ISGA 3A5OC 1QQNA 3CJCA 1JCFA 3WXIA 2P9NB 1GLAG 2Q0RA 3HSCA 4BR7A 1ATSA 2CGLA 1DKGD 3J8AA 4JN4A 3VF6A 5AQPA 1ATNA 3CERA 1NGGA 3H1VX 1NLVA 3HBTA 4LC9B 3IFRA 2FF6A 4BRIA 4B1YB 2FSNA 2ZGZA 4CZEA 4BRAA 3ENHA 4H5RA 3LDLA 2V7YA 1D4XA 3CJ7A 2NRHA 3SMSA 2F9WA 2P9PA 2VCPA 1YUWA 4BROA 5AQXA 3EL2A 3VOVA 3LDQA 2E2NA 2QWOA 3A5MC 4PKIA 3UKRA 5BRDA 2FLOA 4FWLA 1ZBSA 1NGFA 3LM9A 3L0QA 3UKRB 1NGAA 3KZBA 3VEOA 3M6GA 2UYTA 2A41A 1U2VA 3MN7A 5AQOA 5FPMA 3TU5A 3H3NO 4BRGA 4FWOA 1NGJA 5I9EB 3VEXA 2E88A 3VGKA 3HZ6A 4H0PA 5BPLA 1JCGA 4CI6A 2YHWA 4CZFA 5EOYA 3DXKB 5AQLA 3MDQA 2Q36A 5LJVA 5FPNA 3MK6A 4M63C 1TUUA 5BR9A 1H1VA 4BRCA 1NWKA 2GWJA 2KHOA 3D7EO 3UB5A 1NGHA 1CZAN 2GTDA 2QWPA 2CH6A 3FZFA 3QBWA 5E84A 4BGBA 5ADXA 1GLLO 4PKHA 3D2EA 4QS7A 4AM6A 3CIPA 4DQ8A 1YAGA 3FLCO 4QS9A 4BREA 3D2EB 3O1BA 2D0PA 3ZEUA 1EQYA 4I6MB 1RDWX 3U9ZA 5TKYA 3CQYA 4BVOA 4H0TB 1Y64A 4BG8A 3ZEUB 2ASPA 4A2BA 3VEWA 4PL7A 3WUHA 4FWRA 5AQSA 4A62A 4BR9A 4CD1A 1BDGA 3S41A 1DGKN 2E2QA 5LY3A 4BRNA 3EKSA 3R8EA 3ULEA 2ASMA 2IVNA 3IUCA 4BRHA 3G25A 4FPBA 1ESVA 2P9IB 2QWMA 1MWKA 1QQOA 3SK3A 4B1WB 1ATRA 5AQNA 4A61A 2E2OA 3CI5A 4BRQA 4K42A 4YDUA 3LDPA 3U8XA 5F1XA 4FL9A 4HTLA 5AZIA 3ATUA 2Q0UA 4JHDA 1BA1A 1V4SA 5AZIB 2P9KA 1G99A 1HLUA 1R59O 3MN6A 1ZC6A 2P9KB 1J6ZA 4CBXA 2WUSA 4IZ9A 1RFQA 2ZGYA 4CZIA 4CZJA 3CHWA 4FO0A 4M7XA 4BG9A 4BR5A 4KBOA 2CGKA 1QZ5A 4EFHA 4YDUC 3GOIA 1BA0A 5E26A 3QDKA 4BRKA 1S3XA 3A8YA 4FOIA 1Z6RA 1SAZA 2Q31A 1HX1A 5EXWA 2BUPA 3ZX3A 4M7YA 3EKUA 4BR4A 4BQZA 1P8ZA 1QQMA 4FWQA 3H45C 5ADXH 1YVNA 5AZJA 1HKGA 1XC3A 4H0YB 1SZ2A 5AQFA 5AQKA 5BREA 5AQIA 2QM1A 1ZXOA 5AZJB 5KQDA 3LL3A 2PBDA 4PKGA 3FZLA 2ITMA 3DXMA 3EZWA 3DJCA 3ATVA 5AQUA 2FXUA 3GBTA 1RGIA 3BF3A 2I7NA 1KAYA 4ISEA 5AQYA 3DXMB 5AQZA 2P9PB 4FWPA 4B9QA 4JAXA 3RSEA 4H0OA 2IIRA 4BR0A 4ISFA 3FGUA 1C0FA 5KPRA 1T6CA 3AAPA 4NB4A 4H5TA 3RSEB 3C7NA 3P4IA 4F9OA 1Z05A 1GLCG 3I8BA 2CGJA 1MWMA 3GG4A 3WQTA 3LM2A 3ZETA 3A5LC 1U2VB 3ID8A 4IXCA 5AFUA 1TUYA 3ZETB 4JD2A 4A2AA 4WQ4A 4EAHD 4JD2B 2VWBA 1T6DA 4DB3A 4K25A 2NZTA 3H3OB 3O80A 2D0OA 3IDHA 3VPZA 4RWTA 4H0VB 5AQWA 4AM7A 2HOEA 4WYBA 3WEEA 5AQHA 5BPNA 1BG3A 2QWLA 4BRFA 5AQRA 2ASOA 5KQ8A 3QICA 3VGLA 4FWSA 3VF4A 4FPAA 4CZKA 1GLJO 3B8AX 4H5VA 1NGBA 2A3ZA 3DWLA 2YHYA 2A5XA 3W3DA 5B8HA 5JMVA 4B1ZA 3VESA 1IG8A 4IJNA 1K8KA 1NMDA 3BF1A 3FR0A 2EWSA 1WUAA 1NGIA 3VENA 4CJ7A 3VEZA 2FF3B 3QFUA 3QBXA 2E1ZA 2IVOA 3R9PA 3ULEB 3QMLA 1C0GA 3O08A 3TPQA 3FFKB 3AY9A 3O6WA 3WXJA 3VERA 3GE1A 5AQTA 3O1WA 2YHXA 2BTFA 1E4FT 1BOTO 4IJAA 1SQKA 5AQVA 3C0BA 4MLEA 2Q97A 2GWKA 3U9DA 4E1JA 4JHDB 2V51B 1XQSC 3DAWA 2PAVA 4BRDA 4Z94A 1MDUB 4IWVA 4CBWA 3EO3A 5AQQA 3I33A 1V4TA 2W41A 3M3ZA 3CJAA 3SMPA 4MO5A 4WQ5A 2HF4A 2AP1A 2P9UA 4FWNA 2P9LA 3UKUA 3VETA 2E20A 1QHAA 5FPDA 5BRHA 2D1KA 3R6MA 3LDNA 3VEVA 1NGCA 1X9JA 2FSJA 3SJHA 5ELZA 2FSKA 5AR0A 4B1VA 4XH5A 3MN9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D4WA 2P51A 3AGKA 4IBNA 1U48A 3L2QA 3AO1A 1HNVA 3L4IA 4DR6K 2P9NA 1JLGA 3SUPA 3H08A 4GY2B 3O9QA 2HBJA 2OCEA 3ZX2A 1NJWA 3QEWA 1YXQA 3NFAA 4JEPA 1ZYQA 2RE2A 1BWFO 1UOCA 2YHBA 4CIEA 2W40A 3CJ9A 5GADP 4CFDA 3DLEA 1YTUA 5C24A 4BC2A 3M8QA 4XH1A 1Q18A 1T44A 4JKBA 2HHQA 4KB0A 1TYQA 4CJRA 4C8NA 1ZBLA 4B9MA 2HBLA 1TYQB 3VF2A 4BQLA 1OH8A 3BUZB 5C15A 3TTDA 2VG6A 3LAMA 5GINA 2KLAA 3LP0A 2CH5A 3WNEA 3SI6A 3PO5A 2Y1JA 2Y1IA 2KQ2A 4ILGB 3D6RA 2E1YA 4HUEA 4K43A 3A0IX 4JKAA 3NVKA 5J2PA 5BN9A 2B5JA 5CYMA 3IAYA 3V4IA 1JLBA 1ZBIA 4FW2A 1T8EA 4BVPA 5HRNA 4WQ4C 3NH0A 1XUPO 5JVHL 1X9SA 2ZJRL 3WXLA 3O4NA 5BN8A 2HF3A 2IAJA 3HTVA 1HQUA 1BO5O 4IOXA 3HP6A 3ZX0A 4A5BA 2ZWHA 3KHYA 4LH5A 4RW6A 1RT1A 4BC5A 4DLEA 3BP8A 4BRMA 3D0PA 4CJ3A 2Z1GA 4XH4A 3KKRA 3SQ0A 1VSFA 4J2EA 3C6AA 3NF6A 1VHXA 4I2QA 4KKOA 2GBZA 3HPHA 1IO2A 2HBKA 3O4WA 4CEAA 2KW4A 3LDSA 5AQGA 2BANA 4O55A 4JK9A 1LOTB 4NYNA 3K9JA 4JK7A 3LWMA 4E7HA 1D8YA 3WNFA 2OZSA 4XEIA 4LFBK 4CJQA 5KPTA 1LV5A 2Q2RA 2G8UA 3L6QA 4FJIA 3MCPA 2YHAA 3R3LA 1NBWA 4K41A 4BACA 2G8WA 2PYLA 3ULDA 3OA9A 4B1UB 2PY5A 2OTJN 4H4OA 3H46O 3F5TA 3NGZA 1GLEG 2OPSA 2QXLA 3WXKA 1B92A 3DLLL 2OPRA 4AILC 1BUPA 5C2FA 1Q82O 2OTLN 2P9LB 3W0LA 2KFZA 3JXUA 4X66K 2HHVA 4ELUA 3C6HA 4DFKA 5JS1A 1JXBA 3HRGA 2YJFA 4ELTA 3IG1A 3MMVA 4BDYA 4A59A 4RCHA 4WQ5C 1S1WA 4YORA 1FKPA 3MWPA 5KI6A 2Q0RA 1ATSA 4DUZK 1A5XA 4N41A 1NK6A 3H1VX 1NLVA 3QEVA 4A57A 5J2MA 2NRWA 4B9SA 4H5RA 1D4XA 2OPQA 2P9PA 4WFAL 3ZSXA 4DV1K 4BROA 2QWOA 3KIOA 1KLMA 3AO3A 2FLOA 5JS2A 1NGFA 2D0AA 2Z1IA 3L0QA 1HRHA 4HUGA 3MN7A 5AQOA 4J2AA 4FLWA 3H3NO 1NGJA 4OPKA 3E9LA 2E88A 3NF8A 4BDPA 4FJ7A 4H0PA 3VTIA 2YHWA 4CZFA 3PX4A 4ID5A 5AQLA 1SKWA 5CYQA 5BR9A 5HRRA 1NWKA 2GWJA 1XHXA 2P5GA 4DS4A 4JLHA 4DFJA 4M45A 4M3RA 4DQ8A 3VQBA 4QS9A 3I0RA 3O1BA 4I6MB 3SQ4A 1RDWX 4BVOA 1Y64A 3CCUN 4JI4K 4DSKA 3V6DA 3RWUA 1X9WA 4IEIA 2ASPA 4CF9A 4B3RK 4OGCA 5CHIA 3HOTA 1WAFA 3WUHA 4FWRA 4A62A 4LSNA 3CCJN 1DGKN 3OYNA 2E2QA 2NRXA 1JL1A 4Y1DA 4DV3K 2HHTA 3IUCA 1JLFA 4DUYK 4BRHA 2OZMA 2UUCK 3Q7CA 4X65K 4B1WB 1ASUA 1EWQA 3MWTA 5AQNA 4B9LA 4BWJA 3CI5A 3AA3A 4WFNL 3PY8A 4B3SK 2A1SA 1KD1O 3LDPA 5GAHP 4W5QA 4DF8A 1LW0A 1V4SA 2P9KA 3DRRA 1G99A 4CW7B 1VQ9N 1VK0A 5LL6Z 1MU2A 2P9KB 4CEOA 4CHNA 2ZGYA 4CZJA 3RMDA 1J5OA 3CHWA 3HYFA 4AHCA 4EFHA 4YDUC 3GOIA 1BA0A 5E26A 3CFOA 3CG7A 3QDKA 4KB1A 1D9DA 1S3XA 1SAZA 3AVNA 3OYAA 4JI0K 2VWJA 3EKUA 3EYZA 2O8DB 3O3FA 4FM2A 3S3NA 4WCEL 4DV2K 4HCBA 5AZJA 5FROA 1SZ2A 5AQKA 5BREA 3M5RA 5AZJB 4DU3A 1EXQA 1I3AA 4FM0A 1K6YA 3FZLA 3OYFA 4CF0A 5AQUA 4GV3A 1CZ9A 1VAZA 5AQZA 1RTDA 3MEDA 4B9QA 4FZXC 3RSEA 2IIRA 4BR0A 2IC3A 4TSXA 1T6CA 3RSEB 3C7NA 4EP4A 3SQ2A 4F9OA 1Z05A 1GLCG 4JKDA 1K9MO 3NMUA 3EZ5A 1MWMA 3GG4A 1BCMA 4I9QA 3HSTB 3QIOA 4OPAA 4FJ9A 4JD2A 3TSQA 1VRUA 4EAHD 3VQ5A 1JXEA 2DTUA 3LZJA 4JD2B 1VSMA 1M1KO 3K5MA 2NRVA 2NZTA 2JWLA 3H3OB 3KLHA 1TK5A 3IDHA 3E66A 3V1RA 1W9HA 5M1NA 4DTSA 4CJKA 1NJZA 5AQHA 2IGIA 2EX3A 4KPYA 1W7AA 2O8BB 3CPEA 1GLJO 3KWGA 5B8HA 3BF1A 2E5LK 1NGIA 3VENA 4CJ7A 1OVYA 4KREA 3TWHA 2ZE2A 3QFUA 4LF8K 3VQQA 5HL7L 4FJXA 3QMLA 1VSHA 1C0GA 3TSPA 1SS6A 1RDCA 1RT2A 4CEBA 1NOZA 3KLFA 1SV5A 4E7IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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