4XH4A

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase a88v mutant, in complex with amppnp and propionate
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIVHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of substrate- and nucleotide-bound propionate kinase from Salmonella typhimurium: substrate specificity and phosphate-transfer mechanism
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720)
molecule keywords Propionate kinase
total genus 140
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2015-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xh4A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xh4A02
2ASOA 2E8AA 3QB0A 4PL8A 3VEZA 1BA1A 3DAWA 3VEXA 1X3MA 1K8KB 1NWKA 2Q2RA 4H0PA 3WXJA 1MWKA 3UKRB 5AQFA 4FPAA 1QZ6A 2D4WA 3ENHA 5BN9A 2QWMA 1IG8A 3O1BA 4FSVA 5JLFA 4EAHD 4IWVA 3WXIA 1NGDA 2CH5A 4JD2A 4XH1A 5AQJA 3WT0A 3ZETA 4FPBA 1E4FT 2E20A 4H5NA 4MLEA 2AP1A 3RSEA 5CE3A 4FWLA 3CERA 3DWLA 3SMSA 1NMDA 4BR0A 2W41A 1QQOA 3IMXA 3WEEB 4RWTA 3FZFA 4BRFA 3VEVA 4JN4A 5BPMA 3EO3A 4CBXA 2ZWHA 2P9SB 4CZJA 3U9ZA 3VEWA 4A2BA 5BRDA 5AQWA 3HBTA 1IJJA 1BA0A 1RDWX 2Q0UA 1NGIA 5B8HA 4DQ8A 3H6EA 1BG3A 2A6AA 2P9KA 4H5RA 3CQYA 5AZJB 1TYQA 4BQLA 3FR0A 5AQNA 2NRHA 3VESA 1JCEA 2V7ZA 4B1VA 3F9MA 1MA9B 4BRCA 5FPDA 3ULEA 1NLVA 1Q18A 5AQGA 3WQUA 1HJOA 5FPEA 1NM1A 1WOQA 4DHYA 4BC4A 2E2QA 4K25A 5EVZA 2QWRA 2GELA 1NGGA 2GTDA 3ZEUB 2IIRA 2VWBA 3B8AX 4PKGA 2CGLA 4B1XB 3VGKA 3GL1A 5AQSA 5EY4A 1J6ZA 4B1WB 1ATNA 3ZX2A 1U6ZA 4CZEA 3H1VX 2FXUA 4WYBA 4CD1A 1ZBSA 1YVNA 1U2VB 2YHXA 5AQLA 3AAQA 1Y64A 2FF6A 3SK3A 3VENA 4RCHA 5AZIB 4JNEA 1QHAA 1XUPO 2YI1A 5AQPA 3O08A 5AQUA 2P9UA 3QFPA 2D0OA 4K41A 2DPNA 4BROA 3KHYA 5TKYA 2BUPA 4FOEA 1HLUA 4GY2B 3KVGA 4ISEA 3ATUA 3C7NA 3D2EA 1KAZA 3ZX3A 4RTFD 4PL7A 2J4RA 3QBWA 1DKGD 4HTLA 5BPLA 3A5OC 5FPMA 3UKUA 4ISFA 3IFRA 4QS9A 4BRIA 2E2OA 1RFQA 5BPNA 1GLEG 5AQHA 3ATVA 2E2NA 4WQ5A 3UB5A 3ENOA 4JHDB 1HX1A 2QM1A 1Z05A 2IVNA 2YHWA 2A3ZA 1MWMA 4LC9B 3R9PA 3HTVA 2WUSA 5E26A 3DXMB 3CJCA 1T44A 3M3ZA 1HKGA 1BDGA 3LM2A 1NGFA 3BF1A 2YHYA 1GLCG 1CZAN 3CHWA 3VGMA 2FF3B 1E4GT 2YCHA 4O5FA 4AM7A 2Q31A 5BREA 1SAZA 5F2RA 3DXKB 2P9NB 4AM6A 5BRFA 1SZ2A 3LDLA 4M7XA 4FWOA 3H45C 4FOIA 4H5WA 4JD2B 4PKIA 1TUUA 4H0YB 3JXUA 3L0QA 3O8MA 3MN7A 1TUYA 3C0BA 1ATRA 4BRAA 1GLLO 1K8KA 3LDOA 2P9PB 1BO5O 3UKRA 2KHOA 4BR5A 2EWSA 4BREA 1ZXOA 4H03B 2V7YA 3BEXA 2ASMA 5AQMA 4BRHA 3GE1A 4H0VB 2OANA 3P4IA 1H1VA 3CJ7A 2IVOA 2P9IB 3QFUA 4FWNA 3VF6A 3WXKA 4A61A 3L4IA 5BN8A 1LOTB 2BTFA 2HF3A 3EZWA 4L3QA 3SMPA 3LL3A 5AQKA 5KPTA 2E2PA 3FZLA 3G25A 1XQSC 5F1XA 3WEEA 4CD3A 2PBDA 3FZMA 3QBXA 1MDUB 3H3OB 5AQVA 1NBWA 2P9SA 2QWQA 4I6MB 3ULEB 5JICA 1BOTO 4M63C 4BRKA 1JCFA 4H0XB 4A2AA 4XH4A 2A5XA 5I9EB 4CZGA 5BRHA 3L6QA 5AZJA 1JCGA 3CJ9A 3A8YA 3HZ6A 3A0IX 1DGKN 1EQYA 4BRLA 3VETA 4K43A 1QZ5A 3VPZA 2QWPA 4FWKA 5F0XA 1NGAA 2P9LB 3WXLA 2A40A 3MDQA 5EXWA 2NLXA 5KQDA 5ELZA 3A5NC 4FWSA 3QMLA 5JLHA 4QS8A 3MN6A 2GWJA 1SQKA 3VF2A 4B9QA 4CZIA 2E88A 1XC3A 3GOIA 1HPMA 5AQXA 4BGBA 2AA4A 5KPZA 1X3NA 4B1UB 4BG8A 1QQNA 4MLHA 2HMPA 3CIPA 4Z94A 3HI0A 1KAXA 4BQZA 1U2VA 3U8XA 1HUXA 3GBTA 5AZIA 4NB4A 1GLJO 3AY9A 4FO0A 5AQYA 3AARA 1BWFO 3O1WA 1NGJA 2FLOA 3EKSA 3IDHA 4XH5A 5AQIA 4BR7A 1YAGA 4BRPA 2GUPA 1GLFO 3W0LA 4BC3A 4Y0WA 4CBUA 4CZHA 2UYTA 3D2FB 3M1FA 5AQOA 5AFUA 1R59O 3UE5A 1NGHA 1YUWA 5AQRA 4DCHA 1T6DA 2D1KA 3SJHA 4BVPA 2IVPA 3WQTA 2VCPA 1NGEA 4IJNA 4WQ5C 2NZTA 2ASPA 2QXLA 2QWLA 1S3XA 4IJAA 2YJFA 3O5BA 2ZGYA 4K42A 5AFUH 3DJCA 4CZFA 4JHDA 3HSCA 2FSKA 4DB3A 3VEOA 3OHRA 3O4WA 3BUZB 3CJBA 4FWPA 4H0TB 1C0GA 3DXMA 4FWRA 1KAYA 1S22A 3GG4A 4IZ9A 3LDQA 3FZHA 3ZETB 3TU5A 3BP8A 3I8BA 2CGKA 4IXCA 2ZF5O 4JAXA 3ZX0A 3A5MC 4BR9A 5EX5A 3RSEB 4IO8A 3FLCO 2Q0RA 3CJAA 3U9DA 2CH6A 4E1JA 3GDQA 3J8AA 3FE1A 3H3NO 3ID8A 2A41A 3KZBA 2Q97A 3DXKA 3VF4A 2P9NA 3O80A 3U4LA 3AAPA 2F9TA 3FZKA 4NO7A 4BRGA 3VGLA 3H1QA 4KBOA 4B1ZA 2Q1NA 1ZC6A 3MN9A 4O8KA 2FSJA 3M6GA 4CBWA 2P9KB 5JMVA 2Q36A 1TYQB 2H3GX 2P9PA 3QICA 1YXQA 4CI6A 4CZMA 2HF4A 4BRMA 1HKCA 4MO4A 1X9JA 5FPNA 3EL2A 2V51B 1Z6RA 3I33A 4GNIA 5AR0A 3QDKA 3CQXA 4EHTA 1GLBG 2P9IA 1NGCA 3CETA 1KXPA 3HM8A 2ITMA 1C0FA 1OKJA 3MCPA 4PKHA 4BGAA 4BR2A 4BRQA 3LM9A 1LCUA 5LJWA 2W40A 1BUPA 1D4XA 1BU6O 3BF3A 1NGBA 3WUHA 3EN9A 4CJ7A 4BC5A 2I7NA 3CJ1A 3S41A 5E84A 1G99A 1GLAG 1V4SA 4QS7A 4C23A 2ZGZA 2PAVA 4I6MA 5LJVA 1ATSA 1V4TA 3VOVA 3H46O 3MN5A 5ADXA 3D7EO 4H5VA 3LDNA 5BR9A 3FFKB 5AQQA 2CGJA 4YDUA 2P9UB 3JS6A 3ZEUA 5EOYA 2GEMA 2GWKA 4J8FA 4FL9A 1GLDG 4CZLA 3TPQA 2QWOA 4WQ4A 2HOEA 5AQTA 4EHUA 5ADXH 2VYPA 4M7YA 3MK6A 3O6WA 3C7NB 4F9OA 1P8ZA 3D2EB 4ISGA 4MO5A 3MMVA 2QW9A 4YDUC 4A62A 2P9LA 3R8EA 3EKUA 3UKUB 1QQMA 1RGIA 3A5LC 4H0OA 2F9WA 1WUAA 4FWQA 4WQ4C 4BR4A 5AQZA 4EFHA 3W3DA 4BG9A 4CZKA 3CI5A 2YJEA 4FWMA 4XEIA 2V52B 2D0PA 3LDPA 4H5TA 1ESVA 2QWNA 2FSNA 3IUCA 5LY3A 4EIAA 4BRNA 1HKBA 2A42A 5KPRA 4BRDA 4B1YB 4BVOA 1DEJA 4HWIA 5KQ8A 3VEYA 3SLCA 3VERA 2E1ZA 2E1YA 3FGUA 3R6MA 4BC2A 3D2FA 2I7PA 1T6CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NCBA 3P39A 3HP6A 1BA1A 1MWKA 3UKRB 3K5OA 1M90O 2FBXA 2B5JA 1XWLA 4ZTFA 1CZ9A 4M3RA 3TABA 1N36K 3O1BA 1VQ8N 3C6UA 3M5RA 2B4JA 4NYFA 1GOBA 3ZETA 1O13A 4FM1A 4DMNA 3TTCA 3CERA 4O0IA 3TAGA 1QQOA 3G71N 4BRFA 4IEIA 5M1KA 4JK7A 5CR4A 4A5AA 5J1EA 4CBXA 4YHHK 3DM2A 1HYSA 1BA0A 4M3UA 3AA3A 3VQDA 2Z1GA 3TR8A 3THXB 4U67L 2VGNA 4LF6K 4BQLA 4DV3K 2RKIA 4H8KA 5GAGP 4FJHA 2NRHA 3SQ1A 3VESA 5J2QA 5HROA 4FJKA 2Q3SA 4PY5A 4M3WA 4DV6K 1NLVA 5AQGA 1NKEA 4PWDA 4HUGA 5FPEA 1NM1A 4DHYA 1QE1A 3H08A 3TTDA 2E2QA 4K25A 2QWRA 2GELA 3LAMA 5C25A 2GTDA 4PKGA 4I9LA 5AQSA 5EY4A 1ATNA 1VRTA 4LF4K 5JVGL 3CD6N 2FXUA 1VQ4N 4WYBA 2OZSA 4CD1A 3OYMA 1U2VB 4DQQA 2YHXA 2YNFA 1Y64A 3SK3A 4JNEA 2BANA 4GV6A 1CXQA 5AQUA 1S9EA 4YOYA 3OBYA 4O4GA 4DG1A 3RMDA 2NRWA 4ZHRA 3CCRN 2YHBA 3KHYA 1HLUA 3QNOA 3LZJA 4FJGA 4DU3A 3KTQA 3ZX3A 1TKXA 3I8DA 3G6EN 4LFCK 2GV9A 5EU7A 1RT3A 4PL7A 2J4RA 4CJ3A 3AO3A 4B9LA 4ISFA 4ILGB 1XC9A 3B6OA 2E2OA 4FVMA 3ATVA 2E2NA 1YTAA 3F73A 1OVYA 2IVNA 1WB9A 4J2BA 2A3ZA 1MWMA 4DQRA 2GBZA 2PFUA 1JXEA 3HTVA 4JKBA 2WUSA 4CHPA 3CJCA 1N6QA 2O8FA 1BDGA 1JLQA 1TK5A 4MDAA 1CZAN 1NJYA 4K8ZA 3SPZA 2P9NB 4AM6A 4B3TK 4M7XA 3VQ6A 2HVHA 4FWOA 3TSUA 4H5WA 5JS1A 4JD2B 3QEWA 4CK1A 4H0YB 3JXUA 3ZCMA 4JI8K 3CMEN 3I0SA 4F2RA 2YHAA 1JKHA 3BY5A 3IS9A 4GW6A 3QESA 1VK0A 1I94K 2EWSA 4BREA 1ZXOA 4O5BA 4DQIA 2VWKA 5AQMA 2OANA 4DR3K 1VAZA 4E7JA 3CCJN 3QFUA 3VF6A 4IFVA 2QI2A 1NJIO 5BN8A 1LOTB 3F5TA 2HF3A 3EZWA 4JK8A 3LL3A 1QHTA 3FZLA 5F1XA 3WEEA 3SQ0A 2GX9A 2PBDA 4FJ7A 2O8DB 4JEPA 4B08A 1J5EK 3O3HA 1MDUB 3ZSQA 5AQVA 3QINA 1BOTO 1VQ9N 4DV1K 3KJVA 2KQ2A 4CGHA 1JCFA 3S9HA 2O8BA 2O8EB 2A1SA 4CESA 3KWIA 3CJ9A 3K2PA 2WBNA 5HOOA 2PYJA 2JWKA 3M8RA 1J54A 5GAHP 4BRLA 1QZ5A 5KTQA 1KD1O 2JGUA 4CEAA 3C65A 4DFPA 3KKRA 3IKMA 3HP9A 1SQKA 3LPUA 4JK9A 3VF2A 2UU9K 3T7ZA 5IT9O 1XC3A 1HPMA 3Q7BA 4OLBA 5GIOA 5J2PA 2QTDA 3OW2M 3O4NA 4ILJA 4Z94A 3WNHA 5CZ2A 2OTJN 2Z1IA 4DSKA 4FW2A 1QQCA 5AZIA 4NB4A 5FROA 1GLJO 3LP3A 4JRPA 3AARA 3CFPA 3J7ZO 3HPGA 3IDHA 1FW6A 4CFAA 3W0LA 4BC3A 2QXFA 2RN2A 1EWQA 4CZHA 4CF0A 1WBDA 3D2FB 3M1FA 4JKGB 3CFRA 1NGHA 3M8SA 5AQRA 1Z25A 2D1KA 2IVPA 2YNHA 4WQ5C 2NZTA 4R5PA 4YORA 5JS2A 3U6FA 1TKZA 1OH8A 4F8RA 2QXLA 1C1AA 2YJFA 2ZGYA 5DM7L 1VQ5N 3VQEA 3VEOA 3OHRA 4AF1A 1GOCA 1KSPA 1SKRA 4FWPA 1HR0K 3ZSVA 1KAYA 1S22A 3FZHA 3ZETB 3BP8A 2CGKA 4KHQA 2LSNA 3CC7N 3T69A 3ZX0A 4DLEA 3P31A 2UXBK 3NGZA 3TAPA 3CG7A 2A41A 3KKSA 3DXKA 3U4LA 3OYIA 3AVGA 4FJ9A 1FXXA 3OS2A 1D8YA 2ITGA 4B1ZA 3V9ZA 1TAQA 3MN9A 2FSJA 4CBWA 2I5JA 3OS1A 1LW0A 5JMVA 2VWJA 1QS4A 4W5NA 4E1MA 1A5XA 1VSFA 4FLYA 2OTLN 4CZMA 2HF4A 1UA1A 1X9JA 3R3LA 3SBGA 5AR0A 4HUFA 5A2QO 5C2DA 4EHTA 4YOUA 1W0HA 4CJQA 4RW8A 3NH2A 1WSEA 1NGCA 1VQLN 4CJ5A 1KXPA 1IKYA 1KLNA 4PKHA 4E19A 2UXDK 3THWA 5LJWA 1Q9YA 2W40A 2OA8A 1M1KO 1N8RO 4C1NI 4M45A 3C95A 4BC5A 1XI1A 3JYTA 1U49A 3S41A 4OPJA 4LH5A 2HW3A 1VQKN 1JLFA 4I6MA 2AJQA 3LDNA 3FFKB 2HHWA 4G1QA 1N32K 2GWKA 4JI3K 2HHSA 2QA4N 4IDHA 2QWOA 4WQ4A 2HOEA 5ADXH 1A5WA 1OH5A 1T05A 4F9OA 1P8ZA 4ISGA 2QW9A 4A62A 4JI7K 3MECA 3R8EA 3HVTA 3IAYA 3O3GA 1QQMA 1IKWA 3A5LC 4K0KK 3TAMA 3OJUA 3OYGA 2F9WA 3MWTA 1HNIA 4BG9A 3PIOL 4JI2K 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2P51 A;  2YNG A;  4CJ7 A;  2G8I A;  4DTP A;  5HBM A;  3OYD A;  1TKT A;  1IH7 A;  4DTX A;  3OBW A;  4BWM A;  4DU1 A;  4HCC A;  4CF1 A;  2O8D A;  2DFH A;  1HYZ A;  4CEE A;  5KRS A;  3SV4 A;  2A1R A;  1GLA G;  1YI2 N;  4DF4 A;  4QS7 A;  4C23 A;  4ELV A;  1J9A A;  1ATS A;  4N41 A;  4GKK K;  3VOV A;  3H46 O;  3EZ5 A;  4H5V A;  3V9U A;  1RBV A;  3OYC A;  4FVU A;  4NLC A;  1NMN A;  5EOY A;  4IEE A;  2GEM A;  3K58 A;  1GLD G;  3ZSY A;  3AGR A;  4I7F A;  1VSD A;  2VYP A;  3ALY A;  1SL0 A;  3PSI A;  4IFY A;  3ZSZ A;  2KTQ A;  4YDU C;  3UIQ A;  2HHV A;  1X1P A;  3CCL N;  1JLA A;  4OX9 K;  3ISN C;  4EFH A;  1HJR A;  3CI5 A;  4FWM A;  3HVR A;  3CC2 N;  4XEI A;  4DWI A;  2JWL A;  2V52 B;  1SS6 A;  1X9W A;  2QEX N;  4H5T A;  3O9S A;  1KTQ A;  1ZBU A;  3HXM A;  4FK0 A;  3IUC A;  5LY3 A;  5KPR A;  4BRD A;  2D5R A;  3CM5 A;  1WAJ A;  3D2F A;  3AA2 A;  4JKG A;  1T6C A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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