4XH5A

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase a88g mutant, in complex with amppnp and propionate
Total Genus 135
50100150200250300350020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
394
structure length
391
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMENAFLSINDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIGHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
50100150200250300350300200100
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (6-12)S2 (17-23)3H1 (77-79)S6 (80-87)TIV6 (55-58)S3 (29-36)TI2 (24-27)EMPTYTIV2 (37-42)TIV5 (47-51)AH3 (116-132)TI4 (133-136)S14 (373-376)AH4 (161-167)AH14 (381-391)TII'1 (90-93)S7 (98-99)3H2 (112-114)AH2 (102-111)S8 (138-142)3H3 (145-147)S10 (208-214)TI5 (142-145)3H4 (152-154)S11 (217-221)TIV9 (223-226)AH5 (176-190)TI7 (193-196)TIV7 (204-207)TVIII1 (194-197)TVIII3 (315-318)S9 (198-204)TI8 (226-229)TIV8 (213-216)TI9 (233-236)TIV11 (237-240)AH6 (242-252)AH7 (256-266)AH8 (268-273)TIV12 (273-276)AH10 (291-313)AH12 (332-341)TVIII4 (370-373)S12 (320-324)AH13 (351-355)3H6 (358-360)3H5 (343-345)TIV13 (360-363)TI10 (367-370)TI1 (13-16)TIV1 (23-26)TIV4 (46-50)S5 (53-54)TI6 (147-150)AH9 (279-288)AH11 (326-330)AH1 (60-74)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720)
publication title Structures of substrate- and nucleotide-bound propionate kinase from Salmonella typhimurium: substrate specificity and phosphate-transfer mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
total genus 135
structure length 391
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2015-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xh5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4xh5A02
2CGKA 4GNIA 5AQTA 4B1ZA 3GE1A 4XH1A 1U2VB 5AQOA 3R9PA 1LCUA 3DXKA 2FSNA 4WQ4A 3UKUA 4CBXA 1QQNA 3VEWA 3CJ7A 2E1ZA 4K41A 3GBTA 3CQYA 4FOIA 4FPAA 2IVPA 2PBDA 2P9LB 3O4WA 2Q0RA 3ZEUB 1SQKA 2FLOA 3VF6A 2YI1A 3VOVA 5AQXA 1DKGD 2GELA 2QWLA 3L0QA 3LDQA 2QWMA 4M7XA 4NO7A 5AQYA 4CZMA 2A3ZA 1J6ZA 4FO0A 5EY4A 2QWQA 1KXPA 3L6QA 2E2OA 4RWTA 1QHAA 2E1YA 3LM9A 5AQQA 2E2QA 2A42A 3CERA 4BRPA 3RSEB 1NGDA 3MCPA 3I8BA 1T6DA 2FXUA 4BRFA 2YHYA 1IJJA 3H3OB 2E2NA 1GLJO 4PL7A 2E8AA 5F2RA 2D0OA 3CJ1A 1ATSA 4EIAA 2QWPA 4FSVA 4IXCA 5AQMA 3FR0A 4B1UB 3UE5A 4FWNA 4CD1A 4FWQA 4CZJA 3DXMB 1GLFO 2Q2RA 4BRIA 5I9EB 5BRHA 3ZETB 5JLFA 1U6ZA 5EXWA 3VEZA 3IMXA 2YHXA 4FWKA 4CZIA 4DQ8A 1GLAG 3R6MA 3U8XA 1HKGA 3EO3A 4AM6A 4DHYA 4BR2A 2E20A 3FZFA 1LOTB 1HJOA 1ATNA 1RGIA 4FWLA 4B1XB 1K8KB 5KPZA 3JXUA 1JCGA 2Q0UA 5JMVA 4Y0WA 3LM2A 3O6WA 4BVPA 4KBOA 1XC3A 5AQSA 4CZHA 4FWRA 3HI0A 5BPMA 1YUWA 1NGHA 5KQ8A 3RSEA 4DB3A 2FF6A 1NGAA 4CZFA 4CJ7A 4F9OA 4ISGA 3SMSA 2NLXA 2QM1A 3BF3A 3A8YA 3QFUA 4QS9A 1HUXA 1XUPO 4BRKA 3DWLA 5KQDA 4HTLA 3MDQA 1YAGA 4B1WB 3AAPA 2HF4A 5AZIB 3U9DA 3W3DA 3W0LA 3O8MA 2P9IA 4B1YB 5AQIA 3F9MA 2F9WA 4K25A 3ZETA 2A40A 1NGGA 1E4FT 3EKUA 5FPNA 2VWBA 4H0OA 5EVZA 3S41A 1KAYA 3TU5A 4GY2B 2V52B 4RCHA 1HKBA 1T44A 4L3QA 4Z94A 5BRFA 5BN9A 3O08A 4H5NA 5AQWA 1K8KA 4CZKA 1R59O 1V4TA 4BRLA 1NGBA 2J4RA 4JD2B 2A41A 4IWVA 4O5FA 5AQRA 5EX5A 4EHTA 2QWOA 3VENA 5ADXH 4BR5A 2Q1NA 1MWMA 3H3NO 1YVNA 2ITMA 1NBWA 3VETA 1KAXA 1H1VA 4MO4A 4BR4A 4EAHD 2WUSA 1HX1A 4FWSA 3B8AX 3A5LC 3WXKA 3D2FB 3MN7A 5ADXA 1QZ5A 1X3MA 4PKHA 5AZIA 5KPRA 2PAVA 3VEYA 3WEEB 3QBWA 5AR0A 3G25A 2V51B 2KHOA 2YCHA 3MMVA 4H5WA 3SJHA 3EL2A 3MN6A 3QBXA 2P9SB 5BPLA 1ESVA 4MO5A 3OHRA 4BR9A 3C7NB 4J8FA 1ZC6A 3SMPA 5AQJA 1Z05A 3EZWA 4FOEA 4AM7A 1ZXOA 4BC4A 5KPTA 1RFQA 2F9TA 1U2VA 4A61A 5TKYA 3HSCA 5AQPA 4CI6A 2ZF5O 1BU6O 2QWNA 4JD2A 3ULEB 3BUZB 4I6MB 2H3GX 4YDUC 4HWIA 4FWPA 2P9LA 2GWJA 5AQGA 2P9PB 3ENHA 3ZEUA 3VEXA 4BR0A 3H46O 1GLCG 2ASMA 3QFPA 1GLDG 2HMPA 1X9JA 1RDWX 4IJNA 3VEOA 4BRCA 4B1VA 5LY3A 3WXIA 1BWFO 2GEMA 3VGMA 3AY9A 5E26A 5JICA 1NGJA 2DPNA 2I7PA 4YDUA 1E4GT 2V7YA 3A5OC 4B9QA 3CI5A 5AQUA 1TYQB 5FPDA 4PKIA 4BREA 4EHUA 1NM1A 5LJWA 2Q36A 3M6GA 3WEEA 1G99A 2V7ZA 4H0PA 4CZGA 3ID8A 3U4LA 3I33A 2AA4A 3O1WA 3HTVA 2P9UB 3QDKA 5ELZA 3J8AA 1Q18A 5AZJB 5BR9A 4H5VA 3D2EB 3C7NA 3P4IA 4M63C 1V4SA 3MN5A 4BG9A 2HF3A 3DJCA 3IUCA 1BDGA 3GOIA 3ATUA 5LJVA 1NLVA 3DXKB 3EKSA 1XQSC 3CIPA 1ATRA 3FZKA 3TPQA 1DGKN 4H5RA 2HOEA 1Z6RA 1SZ2A 1Y64A 1TUYA 4MLEA 4BGAA 3DXMA 4BC3A 1QQOA 2GWKA 1BO5O 1HPMA 3CETA 4EFHA 1NGCA 4M7YA 1T6CA 4BRMA 3BP8A 2FSKA 3HBTA 3AARA 1MWKA 4C23A 4JAXA 2YJEA 3WT0A 3A5NC 1HLUA 3CHWA 3HM8A 1OKJA 4BRQA 1MA9B 3BF1A 3H6EA 1NGIA 3ZX0A 5AQFA 3VF4A 4BGBA 4CZEA 3CJ9A 3O5BA 1TYQA 2IIRA 3WXLA 3VF2A 5AQVA 1IG8A 1WUAA 3CJCA 3VERA 4WQ4C 4XH4A 2FSJA 5CE3A 4MLHA 4BR7A 5AQKA 4BRAA 1BG3A 3H1VX 3IDHA 1CZAN 1NGEA 5AQHA 3VGKA 5AZJA 3D2EA 5FPEA 3C0BA 4FWMA 3CJAA 2IVOA 4A62A 3MK6A 3A0IX 4K42A 4WQ5C 5BPNA 1BA0A 3KZBA 4PKGA 3SK3A 4BRHA 2E2PA 4IO8A 3QB0A 3A5MC 3BEXA 3GL1A 1KAZA 2OANA 5BREA 3FGUA 4BC2A 2CGLA 3WQTA 3ENOA 4IJAA 4WQ5A 4ISEA 3FLCO 2Q97A 1GLEG 3QICA 2P9NB 1GLBG 1BA1A 2AP1A 2QXLA 1EQYA 4BC5A 2VYPA 2GUPA 3M3ZA 5FPMA 1JCFA 3KVGA 3CQXA 4PL8A 3H1QA 4CBUA 2ZWHA 2QWRA 2ZGYA 2A6AA 4CBWA 2D4WA 5AQNA 5BN8A 4BRNA 4QS7A 3QMLA 1S22A 4WYBA 5AQZA 3MN9A 2YJFA 5BRDA 2NRHA 2Q31A 1SAZA 4BRGA 5E84A 4FL9A 3LL3A 3AAQA 3LDLA 5F0XA 4H0YB 2UYTA 2NZTA 3D7EO 1C0GA 1P8ZA 2P9IB 2BTFA 3D2FA 2P9KB 2VCPA 2EWSA 1WOQA 2I7NA 2W41A 4BG8A 5EOYA 1NGFA 1MDUB 4RTFD 2D0PA 3L4IA 4CD3A 2P9SA 3FZLA 4JHDB 1YXQA 3LDPA 1QZ6A 4H03B 4BQLA 3FE1A 3ZX3A 4BQZA 2P9NA 3CJBA 3UKRB 4E1JA 3GDQA 3ZX2A 4K43A 3EN9A 3GG4A 4A2AA 3JS6A 1TUUA 1C0FA 3VESA 3UKUB 3ATVA 3U9ZA 3UB5A 3VEVA 1GLLO 3LDOA 5B8HA 4A2BA 2ZGZA 3ULEA 5JLHA 4I6MA 3FZMA 2FF3B 3FZHA 3IFRA 3LDNA 1NWKA 4CZLA 1X3NA 4JNEA 2A5XA 3WQUA 2YHWA 3O80A 1D4XA 2P9PA 2ASPA 1QQMA 3H45C 3SLCA 3VGLA 2D1KA 4O8KA 2CGJA 4BVOA 4H0XB 3M1FA 4QS8A 1HKCA 3R8EA 4H5TA 1BOTO 1BUPA 2E88A 2CH6A 3FFKB 4IZ9A 4JN4A 5AFUH 1DEJA 3WXJA 4H0TB 5AQLA 2GTDA 2ASOA 4BROA 2P9KA 2CH5A 2IVNA 4FWOA 5F1XA 4ISFA 2W40A 4H0VB 3O1BA 4LC9B 4DCHA 3HZ6A 4JHDA 2P9UA 4XH5A 3KHYA 1NMDA 1JCEA 4FPBA 3WUHA 2BUPA 3DAWA 5AFUA 4BRDA 4XEIA 3UKRA 3VPZA 1ZBSA 2QW9A 1S3XA 4NB4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LWFA 3ULDA 1HRHA 4XH1A 4FJ5A 3R9PA 4CJKA 3VEWA 3CM6A 2E1ZA 4CJFA 2PBDA 3KJVA 4YOTA 3NVKA 5FLXO 1WB9A 5AQXA 4YNQA 3K5LA 4HTUA 2GELA 2QWMA 2A3ZA 4KRFA 3ENBA 4M3XA 4RW7A 3E9LA 1TL1A 1XMQK 1SL1A 2O8CB 3V9SA 4NXNK 4JKAA 4FJKA 4FJ8A 4CF9A 2A42A 1U4BA 4BRPA 1RT3A 3RSEB 3L2UA 3P1GA 4NLBA 4DSEA 3SCXA 1GLJO 4RG8A 5HRNA 1K9MO 4BE0A 4WFBL 3O9QA 2QKKA 1FJGK 3P39A 2Y1JA 5A2QO 4I9LA 3L3VA 3UE5A 4B1UB 4GMJB 4B3MK 4J2AA 3J7ZO 1XC9A 2Q2RA 1K6YA 3DOLA 1N5YA 1JKHA 1U6ZA 2DFEA 4CZIA 3M8RA 5KI6A 1GLAG 3R6MA 3HVRA 4AM6A 4BR2A 3V81A 4ILJA 2E20A 3OYFA 1VSHA 4AHVA 4DV4K 2OZMA 4FK0A 4B1XB 1N6QA 2HVIA 1IKVA 4CE9A 4Y0WA 1TV6A 5J2QA 3LM2A 4DV7K 2F4VK 1L3VA 3C94A 3TSUA 4CCHA 4FWRA 2D5RA 5BPMA 1NOYA 1VQ9N 3ITHA 5KQ8A 3SPYA 3RSEA 3RVCA 4KB1A 1NGAA 1J5OA 1NK0A 3VQ5A 3SMSA 4FJIA 3BF3A 3A8YA 1FXXA 3LPUA 5JVGL 4G1QA 3HL8A 5AJ3K 3NF8A 3W0LA 3O8MA 4KTWA 1HYVA 3MWPA 5AQIA 3QO9A 4GVMA 3PSIA 3AVHA 3ZSYA 3EKUA 5FPNA 2VWBA 5EVZA 1JLGA 2KZMA 4BDZA 1LWEA 3V9XA 3VN5A 1DLOA 4B3OA 1QQCA 5AQWA 1NKEA 4ZHRA 4EP5A 3AVGA 4FM2A 4Y1DA 2Y1IA 3CCLN 4O5FA 1KCFA 4E19A 3VENA 2Q1NA 4HUEA 2Q3SA 2XY7A 3CCUN 3MEGA 1U04A 1NBWA 4ZTFA 4Y1CA 2F7TA 4C1NK 4EAHD 3V1QA 3T19A 3MN7A 3V1OA 4KPYA 1T7PA 3WEEB 1XMOK 4YORA 2V51B 3MMVA 3UIQA 3EL2A 4CHOA 4BY9C 3DLBA 4CJPA 5BPLA 1J54A 4C8NA 1F21A 3CMAN 4C1NI 1D9FA 2ITGA 3F9KA 3KD1E 1RBTA 3SMPA 1BI4B 5AQJA 4F3OA 4FOEA 4JKCA 1RDDA 4NXMK 4N5SA 4AM7A 1ZXOA 3MEEA 2ZJPL 3HSCA 1BIUA 4DTRA 2ZF5O 3ULEB 2H3GX 4YDUC 1VRTA 1L3UA 5I42A 4R5PA 5AQGA 2ZD1A 4CFBA 2O8EA 4DFJA 3ZEUA 4CJEA 3VEXA 4BR0A 3SAGA 3QESA 2HHTA 4CZKA 3VEOA 1D9DA 1X9JA 3TAGA 1S1TA 1SL0A 2KZZA 1NK5A 1TKZA 3CCEN 3VGMA 4H4MA 5E26A 1YITN 2DPNA 1J53A 1E4GT 1XNQK 3LANA 3DMJA 2D0CA 3PX6A 1WBBA 3WEEA 4JRPA 2G8UA 1C0UA 1OH6A 4A59A 3U4LA 3HTVA 3QDKA 4K8ZA 2HNDA 3P83D 5ELZA 3J8AA 3AA3A 3SQ2A 1A5VA 5BR9A 1JLAA 4PHTX 1GOAA 5KTQA 3TAQA 3OJUA 4B9NA 1BI4A 2HF3A 5GIOA 1X1PA 4WE1A 3IUCA 1BDGA 2DFHA 4W5QA 1VSMA 1NLVA 5CYMA 2I5JA 2NUBA 4CJVA 5C2DA 1DGKN 4B3TK 3CFRA 3M5RA 1NKBA 1Y64A 4MLEA 1YT3A 1HR0K 3EE9A 1TK5A 1T6CA 3BP8A 3HBTA 3WNHA 3NAEA 2YJEA 3HO1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LWF A;  3ULD A;  1HRH A;  4XH1 A;  4FJ5 A;  3R9P A;  4CJK A;  3VEW A;  3CM6 A;  2E1Z A;  4CJF A;  2PBD A;  3KJV A;  4YOT A;  3NVK A;  5FLX O;  1WB9 A;  5AQX A;  4YNQ A;  3K5L A;  4HTU A;  2GEL A;  2QWM A;  2A3Z A;  4KRF A;  3ENB A;  4M3X A;  4RW7 A;  3E9L A;  1TL1 A;  1XMQ K;  1SL1 A;  2O8C B;  3V9S A;  4NXN K;  4JKA A;  4FJK A;  4FJ8 A;  4CF9 A;  2A42 A;  1U4B A;  4BRP A;  1RT3 A;  3RSE B;  3L2U A;  3P1G A;  4NLB A;  4DSE A;  3SCX A;  1GLJ O;  4RG8 A;  5HRN A;  1K9M O;  4BE0 A;  4WFB L;  3O9Q A;  2QKK A;  1FJG K;  3P39 A;  2Y1J A;  5A2Q O;  4I9L A;  3L3V A;  3UE5 A;  4B1U B;  4GMJ B;  4B3M K;  4J2A A;  3J7Z O;  1XC9 A;  2Q2R A;  1K6Y A;  3DOL A;  1N5Y A;  1JKH A;  1U6Z A;  2DFE A;  4CZI A;  3M8R A;  5KI6 A;  1GLA G;  3R6M A;  3HVR A;  4AM6 A;  4BR2 A;  3V81 A;  4ILJ A;  2E20 A;  3OYF A;  1VSH A;  4AHV A;  4DV4 K;  2OZM A;  4FK0 A;  4B1X B;  1N6Q A;  2HVI A;  1IKV A;  4CE9 A;  4Y0W A;  1TV6 A;  5J2Q A;  3LM2 A;  4DV7 K;  2F4V K;  1L3V A;  3C94 A;  3TSU A;  4CCH A;  4FWR A;  2D5R A;  5BPM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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