4Y0WA

Yeaz from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 62

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
MSTLLALDTSTEACSVALLHEGRALSHYEVIPRLHAQRLLPMVRDLLDEAGVALSAVDAIAFGRGPGAFTGVRIAIGVVQGLAFALQRPVLAVSDLAILAQRAYREQGAERVAAAIDARMDEVYWGCYQLQQGEMRLAGSEAVLPPERVAVPWDAAAADWFGAGTGWGYVERMPQRPVALDASLLPHAEDLLSLAGFAWARGEGVEAEQALPVYL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (13-20)AH4 (188-200)S3 (23-30)AH1 (38-50)AH3 (95-107)3H1 (35-37)S4 (59-63)TIV3 (130-133)S8 (134-137)S7 (122-131)TVIII1 (109-112)3H3 (165-172)TIV2 (118-121)TIV4 (137-140)TI1 (145-148)TI2 (146-149)TIV7 (173-176)TIV5 (154-157)TIV6 (155-158)S11 (179-181)TI4 (206-209)O1 (211-213)S1 (3-8)3H2 (54-56)S5 (90-93)S9 (142-144)S10 (161-163)TVIII2 (177-180)TI3 (181-184)AH2 (69-86)S6 (111-118)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Pseudomonas aeruginosa pao579
publication title Crystal structure of YeaZ from Pseudomonas aeruginosa.
pubmed doi rcsb
molecule keywords YeaZ
total genus 62
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4y0wA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4y0wA02
1XQSC 1K8KA 2V52B 3DXMB 3D2FA 5AQYA 3WXKA 4EAHD 5AQVA 2HF3A 2EWSA 1NM1A 3CQXA 1YAGA 1GLAG 1NGHA 5E84A 3MCPA 4XH4A 4H5WA 4IJAA 2CGLA 4BRPA 3VGMA 3C0BA 4BVPA 4H03B 4BC5A 2W41A 1KAZA 3VF2A 4CZKA 1ZXOA 1NGIA 4BGAA 2QWOA 4CZLA 1HX1A 2YCHA 1BU6O 3ATUA 1E4GT 3D2EB 5KPZA 5AQUA 3WQUA 4BRCA 1Q18A 2D0OA 4RWTA 3CETA 3OHRA 5AQWA 5JLHA 2P9KB 3H6EA 5EOYA 4BR9A 4L3QA 1Z6RA 1NMDA 3O8MA 3MK6A 5AQQA 5BRFA 2E20A 1HUXA 2AP1A 4IWVA 3O6WA 4E1JA 3HBTA 4QS7A 3WQTA 3VOVA 1T6CA 2KHOA 5AQOA 3A5OC 2A41A 2P9SB 5EY4A 2D0PA 3WXLA 1LOTB 3A5MC 1TYQB 5F1XA 5BN9A 2FF6A 2P9LB 4HWIA 1T6DA 4FWQA 2P9KA 4CJ7A 4CBXA 3P4IA 2Q0RA 2GUPA 4NB4A 3CJ1A 4BQLA 1ATSA 1BA0A 5TKYA 5FPEA 3SK3A 3LDNA 3CJ9A 3G25A 4M7YA 3ZEUB 3FZMA 2P9IB 2YHWA 1GLBG 3VEYA 5KQDA 3JS6A 2Q2RA 1KAYA 3CJBA 3VF6A 3A5NC 3VEVA 1R59O 1MDUB 2GTDA 5AQJA 4BVOA 2QWRA 2W40A 1TYQA 2P9LA 2FLOA 5AQLA 2E2PA 4RTFD 2E1YA 3KVGA 2P9UB 3CI5A 4EHTA 3EN9A 1V4SA 3C7NB 1HKBA 5KQ8A 2Q0UA 3GE1A 4O8KA 4BR5A 4B1VA 2QM1A 4CZJA 3ZX0A 3WUHA 3ZEUA 2P9IA 3MN6A 2ASPA 4IO8A 5AQTA 4J8FA 1QHAA 3CHWA 3AY9A 1KAXA 5JICA 2CGKA 2ITMA 4Y0WA 4CD3A 5AQFA 1GLJO 1ZBSA 5AZIB 4CBWA 3LM9A 3GL1A 1C0GA 4FOEA 3ULEB 1XUPO 4FO0A 1NGDA 1RFQA 2P9UA 3DAWA 4PL8A 4BC3A 5AQMA 4BRGA 1NLVA 3C7NA 1SZ2A 3MDQA 4HTLA 4BRLA 2AA4A 1NGGA 4F9OA 2A42A 4H0XB 3WXIA 3RSEB 4H5TA 2DPNA 2YHYA 3VEOA 3AAQA 1IJJA 4MLEA 4A2AA 4FL9A 2P9NB 2VWBA 3GBTA 1OKJA 2WUSA 3A8YA 1DGKN 2CGJA 3WXJA 4H5VA 1RDWX 5AZIA 1YXQA 3KZBA 4MLHA 2ASMA 3LM2A 4QS8A 3CERA 3VEWA 4FPAA 1P8ZA 3BF3A 3ULEA 1SQKA 1T44A 4Z94A 2ZGYA 4WQ5A 3R6MA 4WYBA 3HSCA 4XH5A 4EIAA 3MN5A 1GLLO 4RCHA 4GNIA 5KPRA 4CD1A 1ZC6A 2ZF5O 1BUPA 3B8AX 3H45C 2QXLA 4BR4A 2H3GX 3R8EA 2YI1A 2P9NA 4K25A 3CIPA 4IJNA 1Y64A 2E1ZA 3QICA 1MWKA 3L0QA 4BRHA 1RGIA 3IMXA 1V4TA 1HKGA 3JXUA 3DJCA 3W3DA 3DXMA 3L4IA 4XH1A 4H0TB 1CZAN 1TUUA 5EVZA 4BC4A 3VEZA 1C0FA 3FZFA 2ASOA 3ZETB 3ENOA 4K41A 5BRDA 4I6MB 2HMPA 4DQ8A 3LL3A 1QZ5A 3VEXA 1IG8A 5LY3A 3CJAA 1XC3A 3BEXA 3D2EA 4H0VB 3O1WA 4FSVA 1KXPA 2GWJA 5AQKA 2QW9A 1LCUA 4JHDB 3ENHA 2V51B 2F9TA 3MN7A 3EKUA 3J8AA 3UKRB 4BG8A 1HLUA 3FZLA 4WQ4C 1HKCA 3H3OB 3O1BA 4FWMA 2E8AA 1HJOA 3ZETA 2QWLA 5ADXA 4I6MA 1BG3A 2FXUA 4CZHA 5LJWA 5BPNA 5AQHA 1QQMA 1ATRA 1YVNA 3HTVA 5AQZA 5AZJB 2P9SA 4JD2B 5FPNA 1X3NA 1NWKA 1X9JA 2CH5A 2YJFA 3QFPA 4JHDA 1D4XA 1ESVA 4BRKA 3I8BA 4FWLA 3EL2A 1NGEA 3U4LA 3UKRA 1WUAA 3EZWA 3QB0A 3H1QA 3R9PA 4DHYA 4JAXA 5AQIA 3VENA 2PBDA 4YDUA 2I7PA 1WOQA 2GEMA 3HI0A 3QFUA 2Q97A 1QQNA 2QWPA 4H5NA 4A2BA 4BC2A 5AZJA 2ZWHA 4GY2B 4O5FA 4JD2A 1ATNA 3BP8A 3QDKA 4BRIA 1NBWA 1NGFA 4MO5A 3IDHA 1HPMA 3FE1A 3WT0A 4B1YB 4FPBA 3FZHA 5KPTA 4CZFA 2D4WA 2QWMA 2IVNA 2VYPA 4BRMA 4FWRA 5EX5A 1JCGA 5BREA 4CZGA 3KHYA 2HF4A 5BR9A 1MWMA 3EO3A 4WQ5C 1TUYA 2FF3B 2VCPA 2IVOA 2NRHA 3SLCA 4M63C 4FWOA 3O80A 3IUCA 3O08A 4CI6A 3M1FA 4BRFA 5LJVA 4IZ9A 3GOIA 4PKIA 1U6ZA 4KBOA 2D1KA 4BGBA 4PL7A 1S22A 2V7ZA 3CJ7A 5FPMA 5BN8A 3RSEA 4ISFA 4B1WB 2QWQA 4PKGA 5EXWA 4BR2A 1U2VB 4BR0A 5AFUH 4EFHA 2PAVA 5F2RA 2A3ZA 3CJCA 3AAPA 4ISEA 3FR0A 3I33A 3VPZA 2IVPA 3ATVA 4CZIA 2E88A 4B1UB 3QBWA 5ELZA 3GDQA 3ID8A 2A5XA 3LDPA 5FPDA 1NGAA 1BA1A 5ADXH 4H5RA 2GWKA 4BRNA 5AQNA 4PKHA 4FWPA 1DKGD 1U2VA 4LC9B 3BF1A 3EKSA 4BRQA 1BO5O 2YJEA 1S3XA 5AFUA 4IXCA 4K43A 1GLDG 5B8HA 4FWNA 3VGLA 1H1VA 4M7XA 2FSKA 2E2OA 3UB5A 3MN9A 2J4RA 3AARA 3VF4A 3LDQA 3HM8A 3WEEB 3DWLA 5JLFA 4DB3A 3DXKB 5AQXA 3UKUB 3GG4A 4B1XB 3FFKB 3UE5A 3H46O 1EQYA 4AM7A 1YUWA 1MA9B 2FSNA 2QWNA 4K42A 1BDGA 4QS9A 3ZX3A 4FWSA 4YDUC 4BQZA 2I7NA 3FZKA 4NO7A 1QZ6A 3IFRA 3VGKA 1GLCG 3LDOA 3LDLA 1NGJA 3MMVA 2Q1NA 4CZMA 3M3ZA 4BRDA 4CZEA 3WEEA 5I9EB 3U9DA 2BUPA 2GELA 3A5LC 3SJHA 3D7EO 2NLXA 3DXKA 1GLFO 1J6ZA 2A40A 3UKUA 4XEIA 2P9PB 5AQSA 1G99A 4BROA 3A0IX 1DEJA 4EHUA 2Q36A 4FOIA 3VETA 5BRHA 4H0OA 1BWFO 4B1ZA 3M6GA 2FSJA 5F0XA 4B9QA 1JCEA 4A62A 1GLEG 3S41A 4WQ4A 2HOEA 2V7YA 5AQPA 2E2QA 4BR7A 2IIRA 3L6QA 4DCHA 4BG9A 4JNEA 3SMPA 2CH6A 3QMLA 2A6AA 3U8XA 1JCFA 5AR0A 2F9WA 3FGUA 3O5BA 2NZTA 4H0PA 2BTFA 4BRAA 3U9ZA 2P9PA 3HZ6A 4ISGA 5AQRA 3TPQA 1QQOA 1E4FT 3H1VX 5JMVA 3W0LA 1K8KB 1Z05A 3D2FB 3F9MA 5E26A 2OANA 5BPMA 2UYTA 1SAZA 4MO4A 4BREA 4A61A 2Q31A 4AM6A 3CQYA 3QBXA 3ZX2A 4H0YB 1X3MA 5AQGA 2E2NA 1NGBA 3H3NO 4FWKA 4JN4A 4CBUA 5BPLA 3SMSA 2ZGZA 2YHXA 1NGCA 3O4WA 3FLCO 3VESA 3BUZB 1BOTO 3TU5A 5CE3A 4C23A 3VERA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XQSC 2F96A 3OYHA 3D2FA 4OKKA 4EAHD 4KB0A 3DOKA 3ZYYX 2RHKA 3OYGA 3ZSYA 1GLAG 3QIPA 3NH0A 3VGMA 4BVPA 4BACA 1X9SA 4H03B 3LP0A 1Q81O 3HP9A 2QWOA 4LSNA 4BGAA 4CZLA 4DTRA 1EETA 3D2EB 3SUNA 1OH8A 3VTIA 4RWTA 4XIUA 2PY5A 1HYSA 3H6EA 4N56A 1S1UA 4BR9A 1NMDA 3DRPA 3OA9A 3O8MA 1F21A 1HUXA 1A5VA 4IO9L 2DY4A 2AP1A 1RTJA 3MXIA 4I2QA 1TV6A 2KQ2A 1KVAA 1S1TA 2KHOA 2O8BB 1EWRA 4JS4A 3L2QA 2P9SB 1LOTB 3T7ZA 1TYQB 3CM6A 5BN9A 4HWIA 4DV7K 3VQBA 1S1WA 4CBXA 2Q0RA 1JXEA 4NB4A 1NU0A 3M8RA 3ULDA 1T05A 3V1OA 1NNEA 5TKYA 1BA0A 3SYZA 5HROA 4N41A 1I94K 3G25A 2XO7A 4NCAA 4NXNK 4OX9K 4ELTA 3VF6A 5FROA 3SAHA 5HLFA 3RMAA 2O8BA 5DM6L 1TYQA 3O9SA 3V9WA 3K5MA 4FJ7A 2E2PA 1Q8IA 4F3OA 3NHGA 3EN9A 4AHVA 3V9XA 4AHUA 5KQ8A 1BI4B 1BCOA 4O8KA 2QM1A 3MECA 3WUHA 4FJLA 3CCVN 2HBMA 3AO3A 3SQ4A 1Q82O 3J7AP 4J8FA 1TL1A 1HNWK 3KJVA 1NK8A 1KAXA 4CD3A 1VSHA 3T1HK 1S1XA 4Z4GA 3LM9A 3QNOA 3HOSA 1C0GA 4FOEA 2OA8A 1XUPO 1RT4A 4FO0A 1NGDA 4FYDA 4LH4A 5AQMA 3PLAA 1JL1A 1SZ2A 2X6SA 3Q7CA 3OW2M 1BI4A 4LD0A 4H0XB 3WXIA 1DT9A 5DMRA 2YHYA 1KD1O 1NJXA 1IJJA 1A5WA 4MLEA 4FL9A 2P9NB 2VWBA 3PSFA 1K6YA 1Z26A 1U4BA 1RCHA 3THYB 3SBTA 3WXJA 3ZSXA 1OH6A 3KZBA 2ASMA 1K8AO 3VEWA 3JAMO 1EO1A 1SQKA 1EKEA 4GKJK 3M5RA 4EIAA 3ASMA 1GLLO 4RCHA 1X1PA 4GNIA 1ZC6A 1VSEA 3B8AX 1HNZK 4IEEA 4BR4A 2H3GX 3R8EA 1L3VA 2YI1A 2P9NA 1Y64A 3K0SA 1YITN 1B9FA 1UA1A 1MWKA 3L0QA 4YOXA 1V4TA 4F4KA 3JXUA 4CJPA 4XH1A 3CFPA 3CC4N 3DRSA 2ITGA 2YNFA 4H0TB 3QINA 5EVZA 3VEZA 3ZLJA 3KK1A 4FJ9A 4KHNA 4MFBA 3ZETB 3IS9A 4K41A 1J54A 4CGFA 1VRTA 4IG0A 2UXCK 1J5OA 3L3VA 4KHWA 4H0VB 1VQ8N 2XHBA 3LPTA 2GWJA 2QA4N 3OBYA 4CIEA 1JLGA 3TAQA 3UKRB 5GADP 3I55N 3FZLA 1HKCA 3H3OB 3O1BA 3ZETA 4CJTA 3TAGA 5C10A 3L2VA 5K14A 4CIFA 4GKKK 1LW0A 4KI4A 2OTLN 2Z1JA 1XWLA 3R1XA 5GAGP 3IAYA 4CJUA 4E7IA 5AQZA 4NCBA 3VQPA 2R7YA 4FLWA 4ZHRA 2CH5A 4GMJB 1QVFM 2ZM6K 2ETJA 3V81A 1CLQA 4FWLA 3P38A 3UKRA 1WUAA 2QK9A 3K5OA 1JLFA 4M3WA 3V9UA 3R9PA 3VENA 4OKEA 2PBDA 1NOZA 3QFUA 5HRSA 4HUGA 3Q7BA 2ZWHA 1FKOA 3NFAA 3BP8A 2NRZA 4PHTX 1NBWA 1NGFA 1G15A 1FK9A 3IDHA 4CFBA 3FE1A 4WFNL 5CZ1A 3NF7A 5KPTA 1C6VA 4B3MK 1UWBA 2VGMA 4BRMA 2IVNA 5JVHL 3IG1A 3HJFA 3C6AA 5EX5A 4CF1A 3AVNA 2JWKA 3TSUA 1GOAA 1TKDA 1TVRA 4WQ5C 1TUYA 5KGXA 2HB5A 2IVOA 3BGRA 3OYKA 5HRNA 1T3VA 3O80A 3QEXA 4JKGB 3SNNA 1U45A 3OYMA 4FW2A 2W42A 4CI6A 2JWLA 3M1FA 4BRFA 3GOIA 1WAFA 3LP2A 4KBOA 2D1KA 1BIZA 1HJRA 4E7LA 4DTSA 1S22A 5FPMA 5BN8A 4OPKA 5JS1A 1S9GA 3RSEA 4CF9A 4PKGA 2Z1IA 1VSLA 3KKRA 4BR0A 1N8RO 4E89A 3N4QA 4O0IA 3QEWA 3CJCA 4LH5A 1KFDA 3AAPA 3I33A 2IVPA 1RNHA 4G9ZA 4JKGA 3WNEA 4CZIA 3LZIA 4JRPA 3CQ8A 3E1YA 1S1VA 3ID8A 3OYNA 4DUYK 3V9SA 3NMUA 2BE2A 1NGAA 2E5LK 3KTQA 5ADXH 4CK1A 5DK5A 2GWKA 4DV4K 3ZSZA 4BDZA 2A1RA 1DKGD 4FLVA 3RWUA 5JS2A 5J2MA 5GIPA 3C95A 4IXCA 3VGLA 1KLMA 4M7XA 3MN9A 2DFHA 3VF4A 1NK6A 3THXB 4JV5K 1FJGK 3HM8A 2ZJPL 4DB3A 4DV0K 4J2BA 3DXKB 3UKUB 3LWMA 3FFKB 2BANA 3H46O 1EQYA 3M8PA 4CGJA 1MA9B 5J2PA 4GVMA 1LW2A 2FSNA 4K42A 3OYFA 3PX0A 5C24A 4YDUC 2HVHA 2I7NA 1IKVA 2P5GA 4FJXA 3LDLA 1NGJA 3O9RA 3T1AA 1RDBA 4BRDA 4CZEA 3JSMA 1OVQA 4CEDA 3THXA 4QCLA 1GOCA 3LP3A 4YFUA 2BUPA 4DTXA 3PX6A 4B08A 4KTQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1NG9 A;  1IKW A;  3SPZ A;  4W5R A;  4JKE A;  4CK2 A;  4M63 C;  1RT1 A;  4FWO A;  1SV5 A;  2WTU A;  3U3G A;  2EX3 A;  5LJV A;  3KLF A;  1JKH A;  1IBM K;  4FJM A;  4BGB A;  3P5J A;  3SAF A;  3CJ7 A;  1N36 K;  2HMI A;  4B1W B;  5EXW A;  4BR2 A;  4E0D A;  5AFU H;  4CIG A;  4EFH A;  3KWI A;  3RVC A;  2KTQ A;  1KVB A;  1W9H A;  1YF5 L;  3ATV A;  1NK7 A;  2E88 A;  5ELZ A;  4DV5 K;  3J7Z O;  4IBN A;  1VQK N;  3DMJ A;  3L2R A;  4OGE A;  4AHT A;  2A5X A;  1HNV A;  4LF4 K;  4C8N A;  2OPQ A;  3VQD A;  1BA1 A;  2XY7 A;  4IFE A;  1I39 A;  4M41 A;  4BRN A;  1LWF A;  4DR3 K;  4FWP A;  4AHS A;  3PX4 A;  3EKS A;  2HHV A;  2F7T A;  1BO5 O;  5HRR A;  1S3X A;  4DLG A;  4K43 A;  4FWN A;  4BE0 A;  2J4R A;  4ELV A;  4JI0 K;  2KZM A;  4KPY A;  4BY9 C;  2RF2 A;  3CCJ N;  5BR8 K;  1WN7 A;  3DWL A;  5JLF A;  1VSF A;  4OKJ A;  1VAZ A;  3SUO A;  1A5X A;  5HL7 L;  5DM7 L;  4B1X B;  3F5T A;  3VQ5 A;  2G8K A;  1BIU A;  4M3Z A;  1S6P A;  4CF0 A;  4IDH A;  3DLE A;  4QS9 A;  3ZX3 A;  1J53 A;  4KHU A;  4BQZ A;  1X9W A;  3IFR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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