4Y1CA

Cyclic hexapeptide cyc[ndpoppkid] in complex with hiv-1 integrase core domain
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
152
structure length
145
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title HEXAPEPTIDE MIMETICS OF LEDGF IN COMPLEX WITH HIV-1 INTEGRASE
rcsb
molecule tags Transferase/transferase binding protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 50
structure length 145
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4y1cA00
1C1BA 5HBMA 3SI6A 1S6QA 1NOYA 5CY4A 3LDSA 5C25A 3L2WA 4FK0A 2Z1IA 1TKTA 3U3YA 3HPHA 2NUBA 3AVMA 2D0CA 1NJZA 3NH1A 3O3GA 3HXMA 1QSSA 1S9EA 2F96A 2KFZA 4DWIA 4O4GA 4CE9A 1RDDA 1NKBA 1RT5A 1ZBHA 4KTZA 3O4NA 1T03A 1FXXA 2G8VA 3NGIA 3DRRA 3QETA 1XHZA 3M8QA 4ZHRA 4KI4A 4CHZA 1L3VA 4E7LA 1QSYA 1JL2A 4CEAA 3OS1A 1XWLA 2Q3SA 1VRTA 1JLEA 3D45A 3KLFA 4FZZA 4B9UA 3ZSYA 4RW4A 3SCXA 1BCOA 3TARA 4CECA 1X9MA 4DSEA 4CJRA 3K5MA 3LP1A 1NK5A 2FBTA 5FROA 4DLGA 1FKPA 1KFDA 3KD5E 2HVHA 3ZT2A 4JRPA 1NJXA 1VSDA 4FLXA 1VSEA 4NYNA 4O0JA 1A5VA 1RBRA 1VSJA 1C0UA 2OPQA 3F9KA 3ZSQA 4N5SA 3HJFA 1REVA 4Q5VA 4B9VA 2HNDA 2OZMA 3OYKA 3RMCA 1VK0A 3WNHA 3TAPA 3A2FA 3F73A 2FBXA 4NCAA 4JRQA 3AO5A 3V1OA 3CYMA 1TAUA 4DSKA 2P5OA 4FK2A 3K5NA 3PUFA 2A1SA 5CYMA 1L3TA 3LWLA 1I39A 3DOKA 4OJRA 3AVKA 3LZIA 3SUNA 4OLBA 1B92A 3OJUA 2DY4A 1YTAA 4CFCA 4E19A 4DQSA 3AVBA 4IDKA 4AHUA 1TKXA 3L2QA 3TAQA 1TAQA 3CFOA 2KQ2A 2HHTA 4LH4A 3OYDA 3MEEA 2E6MA 4RW7A 4OKEA 3HO1A 4DTJA 3S3MA 4FJ8A 3SJJA 4ELUA 3VQ7A 3K5OA 4FJMA 1HQEA 3NDKA 2FBVA 2ZD1A 4F4KA 2R7YA 2YNIA 3KLGA 3AVJA 1I3AA 3V1QA 2YHAA 2HB5A 3OYGA 2QKBA 1CXQA 4Z0UA 1MU2A 1R0AA 1NK9A 4O44A 2YNHA 1S1WA 1RBTA 3C94A 3DMJA 2GUIA 4CJWA 4DG1A 3AVHA 1IG9A 4EZ9A 1Z26A 4BWJA 3HVRA 4KKOA 3QEVA 5HLFA 3QNNA 1QSLA 4F8RA 2XHBA 1BGXT 4E7JA 4CGFA 4F2RA 2KFNA 4CF0A 1JLFA 3V9SA 3MEGA 4FM2A 2VG5A 1BQMA 4LSNA 3KLEA 1IKVA 2OYQA 4GVMA 4K8ZA 4M3TA 3LANA 3QIOA 3AO2A 3KLHA 1HQUA 4M3WA 3M8SA 3DI6A 4DS5A 4HUGA 4CEOA 1C6VA 2G8FA 4KTQA 1ASVA 1U49A 4B8AB 4HUFA 2YV0X 4E1MA 3KLIA 1HYZA 3AVIA 4G1QA 5DMRA 3ZT4A 2ZQBA 4KHQA 3NF9A 4CJKA 1TVRA 3IRXA 2ATQA 4DTNA 4FZXC 3HK2A 4B9SA 1HYVA 4FJLA 4KI6A 2BGGA 1RTHA 2X6SA 1JLQA 3MXIA 4AHVA 1QE1A 3VN5A 1BQNA 2DTUA 3ZT0A 1W9HA 3CM6A 1S9GA 3I0RA 4N47A 4DF8A 3L2RA 3KTQA 4FK4A 4CIFA 4KAZA 3SPYA 3DM2A 4DF4A 4GW6A 3KKRA 3AVNA 3DRPA 1J53A 4BDZA 2Z1GA 4I2PA 3RWUA 4M3ZA 3ZT1A 4WE1A 1JXEA 1WAFA 4Y1DA 4CJ5A 3OYNA 3C6TA 4YNQA 3EZ5A 4DU4A 2LSNA 1KVAA 4CFAA 3MXMA 4KPYA 4Z4EA 4FJXA 4EP4A 1WAJA 3V9UA 4UQGA 1JL1A 3VQCA 4DTMA 1KVBA 3AV9A 4CF9A 4JS5A 1K6YA 1XC9A 5CZ2A 4W5TA 2RKIA 3QNOA 3KK3A 4KFBA 4DFKA 1BL3A 3CM5A 4ELVA 4E0DA 1D8YA 4N76A 1HNIA 4GMJB 2VWKA 3L2UA 3HP9A 4M3RA 3OYHA 3JSMA 2HNZA 3LPUA 4KO0A 3KK2A 1SKRA 3AA2A 3SQ1A 1TL1A 3SZ2A 1NK8A 4Z4FA 4FM1A 1BIZA 1UA0A 1RT4A 3VQ6A 3PV8A 1TV6A 3O3HA 4M3YA 4DS4A 2JGUA 1HRHA 4F3OA 1YTUA 1IKXA 1RDAA 2IC3A 4CK2A 4C8LA 1QTMA 3OYIA 1QHTA 3LAKA 4MQ3A 3PO5A 4AH9A 3CQ8A 4DSIA 4W5QA 4F3TA 3LP2A 4DFJA 3TAGA 4ZTJA 1J9AA 5HRPA 1TK5A 2KW4A 2WOMA 5E41A 1Q9YA 3KK1A 3TAMA 1D9FA 1GOBA 2PY5A 2OA8A 2IGIA 4FW2A 2HMIA 4H8KA 2HHXA 3G10A 3LP3A 5C42A 3SNNA 4B9NA 3DLKA 4CGGA 5J1EA 2HW3A 4CHNA 3L3VA 1BISA 3FFIA 2HNYA 2HHVA 4BE0A 1RTJA 1X9WA 4M3XA 1CZBA 1YVUA 1T05A 1U47A 1G15A 5CYQA 5J2MA 3VQPA 3K58A 4HTUA 4E7KA 3PX4A 4DSFA 4CHYA 1Q9XA 4EZ6A 2GV9A 1T7PA 5FRMA 2KZMA 1SL1A 3EY1A 3CFPA 3NBPA 2GBZA 1UOCA 4FW1A 1VSHA 3JYTA 3UIQA 2HHSA 4OKJA 1SL2A 3OYJA 2Y1JA 2HHQA 4FLUA 1RT6A 1RTDA 1J54A 3B6PA 2B5JA 3OYEA 2BDPA 2W42A 4NCBA 3I8DA 3V9WA 2D0AA 1S1TA 3S3NA 4KTWA 2XY7A 2PZSA 1DLOA 5JS2A 3DLBA 1VSFA 1GOCA 1ZBFA 2OPSA 4ID5A 4C8NA 1JLCA 1WLJA 3ZSRA 3K5LA 3AO1A 1JLGA 4FJHA 4BDYA 3WNFA 2RF2A 4IFYA 3RMAA 3S9HA 3CG7A 1D9DA 3G0ZA 3VQAA 3M8RA 2BE2A 4EP5A 1IKYA 1EKEA 2ETJA 3HVTA 3V81A 1RT7A 4CERA 3TI0A 2G8WA 1IKWA 1TK0A 4O5BA 3ITHA 3H08A 1C1AA 3OS0A 5KI6A 1LW2A 2QKKA 1T8EA 1QQCA 1RDBA 4OGEA 4CF1A 3QERA 1ZBIA 4H4OA 5SZTA 3OY9A 4CEEA 4M3UA 3NH0A 1RTIA 4CHQA 3DLHA 4KRFA 4N56A 3ZSOA 1CZ9A 2FBYA 3LP0A 4ELTA 3PY8A 1RBSA 4MFBA 1RT3A 1BIUA 1YT3A 2DFFA 5C24A 4AHTA 3V9XA 1KLNA 4PQUA 3K2PA 1HJRA 4FLTA 3QESA 3SQ2A 2A1RA 3DYAA 4FJJA 4B08A 4FLWA 4CESA 1HNVA 2YNGA 1RT2A 3DOLA 1RDCA 1S5JA 1TGOA 5CZ1A 3VQ9A 3VQDA 1RILA 3VA0A 4E7HA 1NKCA 2G8HA 1O1WA 4DSLA 4DTXA 3ULDA 1KFSA 2BANA 4Z4IA 5K14A 1BI4B 2ITGA 4IFVA 4CJ3A 3AO3A 4YFUA 4BE2A 4CK3A 3MEDA 3BGRA 4IG0A 3PX0A 4I9LA 3L2VA 1U45A 4KREA 3NE6A 1ZBLA 5J2PA 2QXFA 2F8TA 4CHOA 4I7FA 4CFDA 3TAFA 2XO7A 5J2QA 1HPZA 1EX4A 2OPRA 3LAMA 4W5OA 2XY6A 1C1CA 4QCLA 4CHPA 3ISNC 3PO4A 3RTVA 1LWFA 2B4JA 5SWMA 4BDPA 4DQQA 1KCFA 4CEFA 3O4QA 4TSXA 2D0BA 4E3SA 3RMDA 4J2BA 3ZSZA 4Y1CA 1CXUA 3OYCA 4PY5A 3MXJA 3OVNA 3NF8A 1Z25A 2G8UA 1KSPA 4CEQA 3KIOA 1TK8A 3TR8A 4OPJA 4FCYA 5DK5A 3C6UA 1VSLA 4NYFA 5HRSA 1WSEA 3MAQA 3S3OA 3ALYA 3SYZA 4I2QA 4KHUA 1LV5A 5KTQA 4FVMA 3TWHA 3NCIA 4FM0A 3TABA 1NJWA 3E01A 4CJPA 4B9LA 1NK0A 4KHSA 1UWBA 1A5WA 1EP4A 4NCGA 2P1JA 1S6PA 4FLZA 4DFPA 3QIPA 3OYBA 3BDPA 4B9TA 1KLMA 3AO4A 3SV3A 4DMNA 2E4LA 3ZSVA 3NH2A 1ZBUA 4BE1A 3RMBA 2D5RA 3AA3A 3IG1A 4W5RA 3NAEA 1LWEA 3ZSXA 1FK9A 4CF8A 2YKMA 4KHWA 4CJVA 1LWCA 3MECA 3AA5X 4RW9A 4CCHA 5KRSA 2OPPA 1NK6A 1DTTA 3TANA 3EYZA 4KB1A 4OLAA 2HHWA 2VG7A 1RCHA 1S1VA 5KGWA 3QINA 4B3OA 3V4IA 3ASMA 1S1XA 3DLEA 4JS4A 1X1PA 1NK7A 1U04A 4CGHA 3ZCMA 5FDLA 4DQIA 1RT1A 4B8CA 3KD1E 4J2DA 4PUOA 3ZSWA 4IG3A 1EETA 4LD0A 1TKDA 3LPTA 3HPGA 4W5NA 1EXQA 4IBNA 4RW8A 4C8KA 4FJNA 4FJ9A 4CEDA 2RPIA 3SV4A 1D5AA 1WSJA 3KKSA 4OVLA 1JLBA 1JXBA 2Z1JA 3RRHA 3SQ4A 1L3UA 4FXDA 2WONA 4XIUA 3K59A 4L8RB 2YHBA 4IKFA 3HYFA 2AJQA 4PA1A 4O55A 4DU1A 2ZE2A 4J2EA 2X78A 3NGYA 4CF2A 1WSHA 3AVLA 5D3GA 2I5JA 4AHCA 1XI1A 3CFRA 1WSGA 4CIEA 1KRPA 5HRRA 1WNSA 3K57A 3PX6A 4CJLA 4DTSA 1L5UA 1J5OA 4HHTA 2KZZA 1B9FA 4DTOA 1QS4A 4OKKA 1VSIA 2RN2A 4FJGA 4DSJA 1RBVA 1WSFA 3D0PA 3V9ZA 3SUQA 1X9SA 4OGCA 1A5XA 4QOZB 3QEXA 1FKOA 2G8KA 3AVAA 5T7BA 1CLQA 5HROA 4FLYA 2JLEA 2IDOA 3RR7A 2G8IA 1WSIA 3NF7A 4HUEA 3SUPA 4KB0A 1W0HA 3SQ0A 1BI4A 4LH5A 5HP1A 3OYFA 3AVCA 4FJIA 3VQBA 1SKSA 1ASUA 2P51A 1VSMA 4CGJA 1LW0A 3WNEA 1BCMA 3RRGA 1NK4A 4C8OA 4J2AA 1HMVA 1NJYA 4C8MA 4BACA 1ASWA 4CJSA 4CFBA 4FJ5A 3T19A 4FJ7A 1B9DA 4DFMA 3QEIA 1KTQA 1SKWA 4FZYA 2O4IA 4M45A 3HL8A 4LSLA 3ZT3A 4HVJA 4DQRA 4CGDA 1IH7A 4I9QA 4DLEA 4Z4GA 4FYDA 2EX3A 2IAJA 5KRTA 1F21A 2EHGA 2Z1HA 3LZJA 1RBUA 4CIGA 2B6AA 1UAXA 3KJVA 4KV8A 5J2NA 3AA4A 1U4BA 2F8SA 3THVA 3V1RA 4RG8A 1TKZA 2IS3A 4M42A 2IOCA 4R5PA 4DTUA 3P1GA 3HSTB 4CJFA 2DFHA 2YKNA 3V6DA 2OZSA 3O3FA 4FJKA 3RR8A 3AVGA 4CK1A 1ITGA 1C0TA 1LAVA 4KHNA 2Y1IA 2X6NA 2VG6A 2YNFA 4E1NA 3HT3A 4CJEA 3P5JA 5EU7A 5HRNA 3QEPA 1ZYQA 4BWMA 3NFAA 4OPKA 1NOZA 3NGZA 4M41A 2PYJA 4Q0BA 3M8PA 5I42A 3DLGA 5I3UA 3VA3A 3NHGA 1KVCA 3IAYA 4DU3A 4DQPA 3TAEA 4ID1A 4Z4CA 4N41A 5KGXA 1VRUA 3B6OA 1L3SA 1C0MA 4HCCA 5JS1A 4F2SA 3HM9A 4CEBA 4LY7A 3SUOA 4JLHA 3L3UA 3VQ8A 3IS9A 1WN7A 3HPOA 4PWDA 1N5YA 1TL3A 1UA1A 4H4MA 4QAGA 2XY5A 2HHUA 4CJUA 3OS2A 3OYLA 3HP6A 4AILC 4ZTFA 3LWMA 2DFEA 3NF6A 3OJSA 1RNHA 4K8XA 1SL0A 1LAWA 4DTPA 4KHYA 2XRIA 1Y97A 1IO2A 4ICLA 3VQQA 1SV5A 3QO9A 4FLVA 3U6FA 3QEWA 1SUQA 1VSKA 3VQ5A 4CGIA 3U3GA 3DRSA 2O4GA 3T1AA 1GOAA 3OYAA 4E7IA 1U48A 2PYLA 2KTQA 1NKEA 3VQ4A 3WNGA 3L8BA 1S1UA 2FC0A 2X74A 4B9MA 3VQEA 4CJTA 1HYSA 4HCBA 3DLRA 4CJ4A 4Z4HA 4AHRA 3T3FA 1Q8IA 1XHXA 3P83D 4CJQA 1BHLA 1DTQA 3QLHA 3SPZA 3LALA 2QK9A 4O0IA 3OYMA 3I0SA 4E89A 2VWJA 2P5GA 2HVIA 4CEZA 1N6QA 4DTRA 1JKHA 3AVFA 4AHSA 5FRNA 2E6LA 3C95A 2XY8A 1JLAA 4RW6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NOYA 5C25A 4H0XB 5LL6Z 3M5RA 2GEMA 3UKRA 3NH1A 3OTOK 1S9EA 4IJAA 4CE9A 1W7AA 1XUPO 3WQTA 2G8VA 3QETA 1BA0A 3MK6A 4CZGA 2QXLA 3HRGA 4ZHRA 1SQKA 1NGJA 3WT0A 1JL2A 3ID6A 1OH8A 3D45A 3SCXA 4A5AA 3LM9A 1NK5A 2FBTA 5FROA 1FKPA 3N4PA 3TTFA 1HJOA 4FLXA 4NYNA 3E66A 3HJFA 1REVA 4BRMA 4JKGB 3E1YA 3R8EA 1VHXA 3V1OA 4DSKA 4GY2B 1L3TA 3SUNA 1B92A 3OJUA 2WUSA 2W40A 2O8DB 3RVCA 4IDKA 2HHTA 3A5MC 4BC3A 2NLXA 2ASPA 2ASOA 4RW7A 4B3RK 1XMQK 4IDHA 2YJEA 5BREA 3KLGA 2J4RA 2YHAA 1CZAN 4Z0UA 3T7ZA 4O44A 3C94A 3UKUB 1RBTA 1N8RO 2GUIA 4LF6K 3W0LA 3VESA 5AQSA 3QEVA 3FZLA 4BRNA 3O1BA 3FFKB 2VG5A 3KLEA 4K25A 4YOXA 2YJFA 3SLCA 3AO2A 4M3WA 3DI6A 3CMEN 4DV4K 2QM1A 4HUFA 4E1MA 3ZT4A 3NF9A 4CJKA 1TVRA 1GLBG 2QA4N 3THWB 4FZXC 2BGGA 2O8FA 3SMSA 4DB3A 1ZXOA 3VN5A 4FPAA 1MA9B 2H3GX 2DTUA 4DF8A 3I55N 4FK4A 4KAZA 4V19S 3SPYA 4NLCA 1IJJA 3MDQA 3VERA 5C10A 1O13A 1I94K 2Z1GA 4FPBA 5AQYA 4I9QA 4YNQA 4KPYA 1SZ2A 1KVAA 1VQ9N 4FJXA 4EP4A 4JKCA 3G4SN 2W41A 4UQGA 1ATNA 1JL1A 3VGLA 3SAHA 3VQCA 5AQLA 3HM8A 1YVNA 3A5NC 2RE2A 4DFKA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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