4Y1CA

Cyclic hexapeptide cyc[ndpoppkid] in complex with hiv-1 integrase core domain
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
152
structure length
145
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title HEXAPEPTIDE MIMETICS OF LEDGF IN COMPLEX WITH HIV-1 INTEGRASE
rcsb
molecule tags Transferase/transferase binding protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 50
structure length 145
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4y1cA00
1RT6A 4RW8A 5SWMA 4EP4A 4HUFA 4DFJA 2P5GA 1IH7A 4CJTA 4HHTA 2Y1IA 2PZSA 3QEXA 2F8SA 3TARA 3NE6A 3CYMA 2YKNA 1TGOA 3VQ5A 4CEEA 3QNNA 1KCFA 1TK5A 1T05A 1WSFA 4UQGA 3TAMA 5CY4A 1BIZA 2FC0A 4FJGA 1TL1A 4CF0A 3HL8A 1L3UA 4K8XA 1BISA 4CHOA 1RBUA 1HMVA 3LWLA 3K5MA 1X9MA 4KKOA 2IS3A 4EZ9A 1DTQA 3RR8A 4FXDA 3OYFA 2RPIA 3OYLA 1SL1A 1RTIA 3G10A 3NH0A 4KHSA 1LW0A 4B9TA 2GBZA 4CHPA 3HP9A 5KGXA 3AVJA 1B9DA 3LPUA 3OYGA 4KPYA 4IKFA 1RT5A 3AVKA 1BCMA 3VQPA 1J5OA 1RDDA 4I9LA 1RDCA 4H4OA 2Q3SA 2IOCA 3JYTA 5J2MA 1JKHA 3S3NA 3LAKA 3PX0A 3OYIA 4NCGA 4DMNA 3KIOA 4DFPA 1T7PA 3KK3A 4KB0A 4M3ZA 1I3AA 4KB1A 3S3MA 3PY8A 4CJLA 3HVRA 2P5OA 3V9WA 3PO5A 4J2DA 3G0ZA 3EYZA 3QESA 1A5VA 3DLKA 4RW4A 4CFAA 3LP3A 4C8NA 3TAEA 3QERA 4FJ8A 3MEGA 3VQ4A 1WLJA 4YNQA 3P5JA 4DSJA 1XC9A 4HCBA 4CF8A 3K58A 4FK2A 2HHTA 3HPGA 5E41A 3V9XA 1WAFA 4FM1A 1TK0A 4GW6A 1HRHA 4B08A 4BDPA 3SI6A 1ZYQA 4B9LA 3HJFA 4E7HA 1TVRA 1HPZA 3DOKA 2X74A 4O4GA 2W42A 4E89A 4DQSA 1SV5A 3KK2A 3C6UA 2NUBA 3DLBA 4OGEA 4K8ZA 1SKRA 1U45A 1ASVA 3L2UA 1WSIA 5T7BA 2G8HA 3M8PA 3SUPA 1NK9A 4DU1A 3ISNC 5JS2A 2QKKA 2DTUA 3NFAA 4B9VA 2OZSA 3OYAA 3AA4A 1KLMA 2HNZA 4E7IA 3NF9A 3QLHA 3TI0A 1RBSA 3VQCA 1N6QA 3HXMA 1T03A 3NHGA 4CK1A 1NKCA 4JLHA 2GV9A 1EETA 3NGIA 1IG9A 3DRPA 1HYSA 1IO2A 3KTQA 2E4LA 4CIFA 4BE2A 4FLZA 1HJRA 5C24A 2D0CA 3QETA 3TANA 3HK2A 4IFVA 4FLUA 3RR7A 3AVLA 2DFHA 1I39A 3AVBA 3HYFA 4BDZA 4BE1A 1NOYA 4C8KA 4I9QA 1CZ9A 1RBVA 3DYAA 4OKJA 1X1PA 1JL2A 3PUFA 4OGCA 5CZ2A 3CM6A 3OJUA 3VA0A 1L3SA 3OVNA 3NH1A 3L2VA 2PYLA 2HHWA 5J1EA 3K5LA 1RCHA 1VSLA 2IDOA 1C0TA 4PA1A 2XHBA 4ELUA 2Z1GA 4FCYA 1JLCA 4ELVA 4JRPA 5HRNA 5K14A 4FJKA 1ZBHA 3IS9A 3AVHA 1JLFA 2KZMA 4O0IA 4FLYA 4J2AA 3O3GA 2Z1JA 4ZTJA 3VQEA 1RT1A 4BDYA 3PX6A 2AJQA 4M3YA 3ZT3A 4AHSA 3TAQA 3VQ8A 4FJ5A 4DTPA 2FBYA 5DMRA 1VSDA 3SNNA 4CJSA 1Y97A 1JXBA 1RDAA 4DFKA 1JLBA 1JLEA 3LAMA 4CERA 5HRSA 2ATQA 3I0RA 3AV9A 1JLQA 1MU2A 2G8KA 4KTWA 4BACA 1F21A 1WSEA 1NKBA 1N5YA 4KTQA 2DY4A 3HPHA 4DSKA 2FBXA 4CJFA 3TWHA 5J2PA 2KZZA 4CJ5A 4DSEA 4EZ6A 4RW7A 3RMDA 5FROA 1S1WA 1XWLA 3CG7A 3V81A 2B4JA 1HYVA 1VRUA 3AVNA 3S3OA 1ZBFA 4CJWA 1RTDA 4DS5A 5FRMA 4O5BA 4DLEA 1C1BA 2X78A 4Z4CA 4LSNA 4FJJA 3LP0A 1C1CA 1TL3A 5KRSA 1G15A 3SQ2A 1Z25A 4RG8A 1LWFA 4MFBA 3MECA 3KLFA 1Z26A 4W5RA 3ZSRA 1VSKA 1WSGA 3V1QA 1X9WA 1VSMA 1J9AA 3HSTB 4ID1A 3LP2A 4KREA 2ZE2A 4EP5A 3HPOA 3SYZA 3NBPA 4CJUA 4F2RA 2DFEA 4LH4A 4O0JA 5HBMA 3DLHA 4RW6A 4DS4A 1IKWA 1S1UA 3NF7A 1A5XA 1VSIA 4ID5A 4CGFA 3AA2A 4OPJA 1HNIA 1ASWA 4H4MA 4I7FA 4AH9A 5I42A 1WN7A 1EP4A 2HNDA 5J2NA 4Z4HA 2B5JA 3SQ0A 1XI1A 1SKSA 4N76A 2HHSA 3SV4A 4KI6A 5SZTA 4CECA 1ASUA 4W5NA 3AO4A 3NH2A 1WSHA 5HRPA 3OJSA 3RMBA 1IKVA 3AO2A 3QIPA 2BANA 3ZT1A 4OJRA 3VQAA 2KQ2A 2B6AA 3L2WA 4J2BA 2YNFA 3MXMA 4FZXC 4B8AB 4CE9A 4CEZA 4J2EA 3KLIA 3NAEA 4CEAA 1EKEA 5CYMA 4PUOA 4JRQA 1KVAA 2QXFA 3I8DA 4H8KA 4W5OA 1VRTA 4M45A 2DFFA 3C94A 5C25A 4DLGA 3MEEA 2OYQA 3HP6A 1S1XA 4FLXA 2VWKA 4E7KA 3RRHA 3ZSZA 3VA3A 5HROA 2ZQBA 3RRGA 1S5JA 1TK8A 4R5PA 2VG6A 3OYEA 1GOCA 2OPRA 2HNYA 1BGXT 3SPZA 3TAPA 1L3TA 4ELTA 3S9HA 3V6DA 1C1AA 3AVFA 4CJ3A 1DTTA 4B9NA 5KTQA 3K5NA 4HCCA 3MXJA 2E6LA 4CJKA 3HVTA 1TKZA 1NK5A 1NK0A 3T1AA 5DK5A 1CLQA 5D3GA 3KD1E 1QSSA 2E6MA 4CEOA 3P1GA 4AHCA 4OPKA 1S6QA 2X6SA 4BWMA 3L3VA 4OKKA 4M3XA 2I5JA 2JLEA 4KHYA 3U3GA 2PYJA 3KK1A 3DOLA 4PWDA 2RN2A 1BQNA 3K2PA 1RNHA 1TV6A 1SKWA 1QTMA 1ZBIA 3KLEA 1W9HA 4AILC 2G8VA 2G8WA 3HO1A 3RMAA 1KSPA 1ITGA 3SUNA 5KRTA 4W5QA 4FJ7A 3CM5A 4LSLA 2F8TA 5KGWA 4FJ9A 4M3TA 2OZMA 1XHXA 3AVAA 1QHTA 2XRIA 3BGRA 1VSFA 4B8CA 1D8YA 4CFCA 1BIUA 3DMJA 1LWCA 4LD0A 4CF1A 3V4IA 1KVCA 3LP1A 2FBTA 3VQBA 3RMCA 2VG5A 4N47A 4DTSA 1GOBA 2LSNA 2XO7A 3BDPA 1TAUA 3VQ7A 1VSEA 4Z0UA 1NK6A 1CZBA 3WNEA 4W5TA 4B9MA 5CZ1A 3ZSYA 3HT3A 4FJHA 2ITGA 1YTAA 3WNFA 4CHQA 4LY7A 2HMIA 4QCLA 1U4BA 1ZBLA 5JS1A 4IFYA 3QINA 3OYJA 2P51A 2IAJA 4DTJA 1D9FA 1K6YA 3DRSA 4M3RA 1D9DA 4FJIA 3KJVA 3RWUA 3ZSXA 1FXXA 3TABA 3F73A 4ZTFA 4C8MA 4CHZA 3AVCA 4DSLA 2G8FA 4KI4A 4HUEA 4DU4A 5C42A 4FYDA 4FW1A 3TAGA 2HW3A 4KRFA 4M3WA 1IKYA 3LPTA 4DTNA 3AO3A 1CXUA 2FBVA 3KLHA 4JS5A 4B3OA 4Y1CA 4CEDA 3CFRA 2D0BA 3LWMA 3I0SA 4E0DA 3SQ1A 3DLEA 2HHUA 2HVIA 1RILA 4Z4GA 3NDKA 4F8RA 4Z4IA 3QEWA 2RKIA 3T19A 3LZIA 2YNHA 4FW2A 1B9FA 4CJPA 3T3FA 1UWBA 3QO9A 1XHZA 3KKSA 5HP1A 1TKDA 4FJLA 3CFPA 1HQUA 4NYNA 1JLAA 1BI4A 2VWJA 3QEIA 4FJNA 4MQ3A 4N5SA 4FJXA 4N41A 1RTJA 1U48A 4IBNA 3QNOA 4Q0BA 3MXIA 2QK9A 4I2QA 4CEQA 1UAXA 4AHTA 4DTUA 2KTQA 2F96A 4C8LA 3OS0A 1BHLA 3IG1A 4KV8A 1WSJA 5CYQA 3SZ2A 3TR8A 3RTVA 4DQIA 4CK2A 4Q5VA 4HUGA 2YKMA 3KD5E 1SL0A 3PV8A 3KLGA 3OYMA 4PY5A 3PX4A 2OPPA 2WOMA 4CGDA 4CFBA 4HVJA 1U47A 2BDPA 4B9SA 1KFDA 3O4NA 1Q9YA 3VQ6A 2O4IA 4KHQA 4CK3A 3EZ5A 5I3UA 4DFMA 1RTHA 1JLGA 4CJVA 3ASMA 3D45A 3H08A 4E7JA 1LW2A 4CJEA 4BWJA 3ZSVA 1R0AA 1T8EA 4B9UA 2ZD1A 3OS2A 5HLFA 3ZCMA 3DM2A 4Z4FA 1TKXA 3V9SA 1NK4A 4BE0A 3PO4A 2IC3A 2XY6A 2Z1IA 4E1NA 3IRXA 3V1OA 4E7LA 3OYNA 4KTZA 4CJ4A 1RT7A 3AO5A 3NCIA 3ZT4A 3SCXA 4CCHA 3AVIA 4E1MA 3OYHA 2KW4A 4IG0A 4DF8A 1KTQA 1FKPA 5FDLA 4DTMA 4DTRA 1FK9A 3P83D 1S9EA 4F4KA 2XY7A 4G1QA 1C0UA 4KFBA 4CF9A 3AVGA 1RDBA 3E01A 4CFDA 3NGZA 3LZJA 2HHVA 1LWEA 3NGYA 1JXEA 1QSYA 4LH5A 3EY1A 1HQEA 1LAVA 2X6NA 3V9ZA 3VQQA 4I2PA 1WAJA 2Z1HA 4DWIA 2QKBA 2G8UA 1RBRA 1BCOA 4ZHRA 4F2SA 3NF8A 3M8RA 1W0HA 4DQRA 4CGGA 3CFOA 4FLWA 2VG7A 3OYBA 1D5AA 1NJXA 4CESA 1BQMA 3ZSOA 1BL3A 4OVLA 3C95A 1A5WA 3AA5X 1QS4A 4DQQA 4FZZA 2EHGA 2YHAA 1UOCA 4IDKA 4DTXA 2Y1JA 4DSIA 1REVA 2RF2A 4RW9A 1WNSA 4FLTA 4DF4A 3DI6A 4IG3A 4CF2A 4AHRA 3O4QA 4FVMA 4QAGA 3D0PA 1QQCA 3OS1A 4ICLA 4AHUA 4CHYA 4N56A 1L5UA 4KAZA 2A1SA 3LALA 2O4GA 4CGJA 2YHBA 1LAWA 3F9KA 1KRPA 1J54A 2G8IA 3OYKA 4HTUA 5KI6A 4E19A 1ZBUA 4PQUA 1B92A 1O1WA 4FK4A 1C0MA 1RBTA 3AA3A 1Q9XA 1YTUA 3ITHA 1QE1A 1VSJA 2XY8A 3ZT2A 3UIQA 2D0AA 2YNIA 2IGIA 3TAFA 4L8RB 2HHXA 1EX4A 1S1TA 4F3OA 1U04A 2WONA 4M42A 3DRRA 1NKEA 2GUIA 2JGUA 3L8BA 3SJJA 2A1RA 4FM2A 1NJZA 1QSLA 2OA8A 3FFIA 2KFNA 3L3UA 4O55A 1HNVA 1YT3A 5EU7A 1YVUA 4GVMA 4DG1A 1BI4B 4CEFA 4CGHA 3OYCA 3ALYA 4KHUA 4YFUA 3SPYA 3ZSWA 3JSMA 2KFZA 3LDSA 2HHQA 1Q8IA 2YV0X 3HM9A 3KKRA 1NJYA 4DTOA 2OPSA 1NK7A 4KO0A 3LANA 3V1RA 3B6PA 3DLRA 2OPQA 1NJWA 4Y1DA 1HYZA 2D5RA 1TAQA 2HB5A 4M41A 4XIUA 1U49A 4F3TA 1L3VA 1RT2A 3AO1A 3L2QA 4C8OA 1VSHA 3O3HA 4FK0A 3WNHA 1S1VA 1RT4A 2ETJA 3O3FA 3SUOA 3U6FA 1IKXA 1RT3A 2BE2A 3K5OA 4CJRA 3K59A 4NYFA 2XY5A 3SQ4A 4WE1A 3U3YA 1JL1A 4CJQA 1X9SA 3A2FA 2YNGA 2PY5A 1TKTA 4KHNA 1SUQA 3MAQA 1S6PA 4DSFA 3SUQA 4CGIA 3CQ8A 4FLVA 3MEDA 1KVBA 3B6OA 1DLOA 1VK0A 3VQDA 3QEPA 3SV3A 2BGGA 4M3UA 3M8QA 1GOAA 4CEBA 1J53A 4GMJB 3VN5A 4NCBA 4KHWA 3OY9A 2P1JA 3QEVA 4FM0A 4OLBA 1EXQA 4AHVA 3L2RA 3WNGA 3ZT0A 5HRRA 3THVA 4FZYA 2R7YA 1C6VA 4TSXA 1UA0A 3K57A 3ZSQA 4QOZB 3C6TA 4OKEA 4CIEA 5J2QA 4DU3A 1UA1A 4FJMA 1SL2A 1CXQA 3ULDA 1KFSA 4OLAA 3DLGA 4CHNA 1KLNA 3M8SA 5FRNA 1S9GA 4O44A 3AVMA 1LV5A 1NOZA 4NCAA 3VQ9A 4CIGA 3IAYA 4DQPA 1NK8A 4Z4EA 3NF6A 1FKOA 3V9UA 4E3SA 2EX3A 2HVHA 3QIOA 4JS4A 3OYDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZC6A 3LL3A 4RW8A 2NZTA 5SWMA 2P5GA 3TTFA 4GKJK 3UKRB 2Y1IA 3QEXA 2QWQA 3CYMA 1TGOA 3VQ5A 1KC8O 4IDHA 4GVEA 3TAMA 5CY4A 2FC0A 4JKGB 1TL1A 4JKDA 4EZ9A 1X9MA 1HMVA 5LMNK 3OYLA 1Z6RA 1DKGD 3G10A 3TSUA 3OYGA 4HTLA 2E2QA 4IKFA 1RT5A 1BCMA 1J5OA 4I9LA 1KXPA 3JYTA 1QQNA 2IOCA 5LY3A 5J2MA 5F1XA 2QWPA 3OYIA 5LJVA 3S3MA 3PY8A 2A6AA 3MN5A 3PO5A 3C6HA 4J2DA 4WF9L 2O8EA 1A5VA 3DLKA 3IDHA 4CFAA 5GADP 1K9MO 3QERA 3VQ4A 3WQTA 1Q86O 1XC9A 3VEXA 1WAFA 2ZWHA 4FM1A 4B08A 3HJFA 4E7HA 1TVRA 2HOEA 2UYTA 1HPZA 3DOKA 2X74A 3VENA 1SV5A 3ZEUB 4X62K 2NUBA 1SKRA 1U45A 1ASVA 1WSIA 5FLXO 1GLJO 3VGKA 3M8PA 4DU1A 3ISNC 3OTOK 2QKKA 2DTUA 3F9MA 2UUAK 3VQCA 3HXMA 4CK1A 1Z05A 5AQHA 3DRPA 1HNXK 1WUAA 2E4LA 4CIFA 1X3MA 4FWSA 2ZM6K 4FLUA 4BE1A 4PL7A 4C8KA 1CZ9A 4H5RA 1X1PA 5CZ2A 3PUFA 3OJUA 1L3SA 2P9LB 1RCHA 4PA1A 2IDOA 4EIAA 3K5LA 2Z1GA 4FCYA 4ELVA 2BTFA 4JKAA 1FJGK 5AQJA 3WXJA 4XEIA 3J7YP 3AVHA 4O0IA 4FLYA 5BR8K 4DR7K 3C6AA 2ASMA 3HTVA 1RT1A 1GLBG 1ATRA 1NGEA 4BDYA 4YY3K 3VQ8A 4FJ5A 1XQSC 1IJJA 1VSDA 2E88A 1JXBA 4KHPK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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