4Y1DA

Cyclic hexapeptide cyc[ndpoppkid] in complex with hiv-1 integrase core domain
Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI2 (78-81)TI1 (57-60)S1 (60-68)TIV1 (67-70)S2 (71-78)3H1 (119-121)AH2 (124-133)S3 (84-89)O1 (91-93)AH1 (94-107)S4 (112-114)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase/transferase binding protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title HEXAPEPTIDE MIMETICS OF LEDGF IN COMPLEX WITH HIV-1 INTEGRASE
rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 49
structure length 141
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4y1dA00
2IDOA 3KLIA 3NAEA 1UA1A 1CLQA 1C1CA 2F8TA 4EZ6A 3VQPA 1IKYA 3SQ4A 3K59A 4QCLA 3LAKA 3QETA 2P51A 4IBNA 3AVMA 1QSLA 2EHGA 2HVIA 1ZBLA 4KREA 1S9EA 2D5RA 4B08A 2R7YA 4DTNA 3ZSQA 4O0IA 3PX6A 5KI6A 1NJYA 2QKKA 4FJ8A 1RDBA 5I3UA 3A2FA 4JS5A 3PY8A 4K8ZA 3OYKA 1NKEA 1KTQA 4CJSA 3OYEA 4FJNA 4ZTJA 1ITGA 1IKWA 2A1SA 1VSFA 1JL2A 1S5JA 4CJWA 3HPOA 2X6SA 4O44A 3RMAA 3SV3A 4CF8A 1T8EA 4CK3A 4K8XA 1ZBIA 2HHUA 3WNHA 3K58A 2HNDA 2RKIA 2GBZA 4BDPA 1EETA 1HQUA 4CEBA 4IG0A 5KRSA 3HJFA 4E1MA 1C1AA 3L2QA 4DTMA 1BIZA 4C8KA 1KSPA 3AV9A 4CGJA 3SZ2A 4W5OA 4OGCA 4MFBA 3ZSVA 1WNSA 1X1PA 3TR8A 4CF2A 4FLWA 1SL1A 1KFSA 4FJGA 3SQ0A 3E01A 1D9DA 4FYDA 4KV8A 5K14A 3TAMA 3OYDA 2B5JA 4HUGA 3AO1A 3KK2A 4N5SA 4JRPA 1WSIA 4Z4IA 2P1JA 2Q3SA 4DTJA 3RMDA 1J54A 4FJLA 4KB1A 4CHZA 1Z25A 2FBVA 2XY8A 3HM9A 3KTQA 1SKWA 4L8RB 4CERA 3SV4A 4CIEA 4I2QA 4KTQA 2HNYA 4N41A 2IAJA 1HRHA 4PA1A 3V9WA 2OPSA 4CF0A 1UWBA 1QTMA 2W42A 4CJVA 5FROA 1TK8A 3DRSA 1NJXA 4EP4A 3TARA 2G8VA 4F3OA 4J2EA 1VSLA 1T7PA 4BWMA 2OZSA 3QEVA 4DSIA 3AVCA 3OYFA 3JYTA 1RT7A 4H4MA 3L2RA 4E89A 4NCBA 2Z1HA 4EZ9A 4EP5A 4OVLA 3KKSA 1NOZA 4CJTA 2ZQBA 4N76A 4FK2A 3CFPA 1UAXA 3ITHA 3MEGA 1S1VA 1EXQA 1RBTA 2XY7A 3NH2A 1REVA 4G1QA 2Z1JA 4NCAA 1KFDA 3ZSZA 4FM1A 1ZBFA 5KGWA 5DMRA 1GOAA 1K6YA 2JGUA 5J2PA 4ELUA 1BI4B 3K5MA 1NJWA 1C0TA 4CGGA 4M3ZA 1S1TA 3NE6A 2HHVA 4IFVA 2LSNA 3DLRA 4XIUA 2PYJA 2G8KA 4KI6A 3L2VA 4LH5A 4IG3A 3P5JA 4B9UA 4FZYA 4TSXA 2GUIA 4M3YA 4OLAA 1Y97A 4Y1CA 5J1EA 3AO5A 3QNOA 3KKRA 3ZT1A 1DTQA 2FBTA 3U3YA 1O1WA 1U45A 3OVNA 2HHTA 3AVHA 2O4GA 1IO2A 3RR7A 3HPHA 3WNEA 4Z4GA 3V1QA 2OZMA 4RW9A 1S1UA 4FLUA 3I8DA 3NF6A 1D5AA 4HUEA 1SL2A 1LWEA 3QEPA 3L2WA 4FJIA 2AJQA 5FDLA 1SKRA 1TKXA 3K5LA 3V9SA 3SCXA 4KAZA 4FXDA 4GMJB 4CEAA 1NKCA 4M3UA 1C0MA 5JS1A 1WSFA 4KB0A 3V1OA 3TAGA 2OPQA 4FLXA 4DTRA 3SUQA 2IOCA 3AA4A 2VWJA 1VSKA 1JLAA 1BQNA 4CESA 5HROA 1JL1A 3D0PA 1NK7A 3S3MA 5KRTA 4CJ4A 1S6PA 1U4BA 1RNHA 3OYLA 4BE2A 4OLBA 1RBRA 4DS5A 4AH9A 1VSJA 2HVHA 2D0BA 1U47A 1JLGA 3OYCA 4PQUA 4DU3A 1SKSA 3VQ7A 1BIUA 3KJVA 4DFKA 4KO0A 4CFBA 2E4LA 1RBVA 4M3TA 5CY4A 1L3VA 1TKTA 1J53A 3SI6A 3AA3A 1EKEA 4CK1A 1BGXT 4B8CA 3KLEA 4BDZA 5I42A 3MAQA 5HLFA 3LP1A 1F21A 1VSIA 2BGGA 1WSEA 1CZ9A 1CZBA 4OPJA 3OYGA 4O0JA 3DOKA 1QSSA 1RTIA 1NK0A 3OJSA 4MQ3A 3TI0A 4W5QA 3NGYA 4DSFA 4DFPA 4M45A 4BE0A 1SL0A 3NHGA 3RRHA 4OKKA 2OPRA 3LDSA 3S3NA 1UA0A 1NK4A 1X9SA 4KHUA 1YTAA 4E1NA 4OJRA 1WN7A 1TL3A 4Y1DA 3O3HA 2ATQA 4FLZA 3QO9A 1C6VA 4ZTFA 3CQ8A 4AHUA 4F2SA 2G8IA 1RT6A 4PY5A 1D8YA 3ULDA 3I0SA 1XHXA 4B9NA 2KZZA 3S3OA 3RR8A 4Q5VA 4Z4FA 2YV0X 3ZSOA 5C42A 1C1BA 4FVMA 1VRTA 2VG7A 3ZT0A 1VSHA 3NCIA 3QLHA 4CEQA 3OS1A 5FRMA 5HP1A 1N5YA 3AVKA 1QSYA 3DYAA 4HTUA 4KHQA 4BE1A 2HHSA 3NFAA 5HRSA 2VG6A 3LP0A 4LSNA 2HHXA 4CEFA 1W9HA 3C95A 3AVBA 4KKOA 4FLYA 4JRQA 4O4GA 1NJZA 1WSJA 2KFZA 3TAFA 3G10A 3QEWA 1JLCA 3HPGA 1G15A 1RT2A 2E6LA 1KRPA 2P5OA 3KLFA 4QOZB 1TAQA 4F8RA 4IFYA 3OYBA 4FW1A 1CXQA 1YVUA 4KI4A 3ZT3A 4CJQA 3VA0A 4OKEA 3T19A 1YT3A 3C6UA 2X6NA 3VQ6A 4DFMA 3K5OA 1TKDA 3CM5A 4DSLA 3RWUA 4W5TA 1BQMA 4CF1A 3TAEA 3HL8A 1TL1A 2WOMA 3DLKA 5SWMA 1SUQA 4E7KA 4B9LA 1S9GA 2YKNA 3AVLA 3QIOA 4N47A 4DSJA 1HYSA 3PUFA 3LWLA 3VQ9A 1DTTA 3AO2A 3AVAA 3VQEA 4CHOA 4DLEA 3KLHA 4DQRA 4JS4A 3SJJA 1TVRA 3IG1A 2G8HA 4ELVA 2BE2A 1SV5A 4E7LA 4NYFA 3QEIA 1NK5A 4J2BA 2KFNA 5CYQA 3ASMA 1LAWA 4CGFA 4CHNA 3OS2A 1U49A 2G8FA 4DTXA 5C25A 3DI6A 3CG7A 2PZSA 4Q0BA 3VQCA 1KVBA 3LP2A 4GW6A 5T7BA 1NOYA 3M8QA 4B9TA 4CJUA 4I7FA 3V9XA 1BHLA 3HVRA 1RT3A 5HRNA 3P1GA 1QHTA 1ASWA 5C24A 2JLEA 1XWLA 2ETJA 2E6MA 4DQQA 3LALA 2BDPA 3VQ5A 1W0HA 2RN2A 2HMIA 3M8PA 3BDPA 1RDAA 1L5UA 4HCBA 1VSMA 4I9LA 2DFEA 1VK0A 1ZBUA 2XY5A 4IKFA 2X78A 1YTUA 4OGEA 3HVTA 3THVA 4C8NA 3OYIA 2Y1IA 1KLMA 4CF9A 4C8LA 1HMVA 1JLBA 2PY5A 5SZTA 5CZ1A 3DLBA 1IKXA 3PO4A 4KHNA 1TAUA 1BISA 2PYLA 3UIQA 1QE1A 4CIFA 1U04A 4OPKA 3I0RA 3O3FA 4FJHA 3VQQA 3PX0A 5E41A 1JKHA 1BCOA 3NBPA 1BCMA 1Z26A 1TV6A 1S1XA 2OA8A 4HCCA 4ID5A 4CHPA 3NF9A 3SUNA 4O55A 1JLFA 1DLOA 4AHSA 3LPUA 3TAPA 2VG5A 4FW2A 2YNIA 3QEXA 1XI1A 1UOCA 4CJ3A 3ZSWA 1TGOA 3U3GA 3CFOA 4B9VA 4ID1A 1WSHA 1EX4A 4DTUA 1KCFA 4CJFA 1RTDA 1R0AA 5KTQA 1L3UA 2D0AA 2KW4A 3SQ1A 1NK8A 2RPIA 4W5NA 1IH7A 3MXIA 1U48A 4CJKA 3VN5A 5HRRA 3LZIA 2GV9A 2HW3A 1B9DA 2HNZA 4HHTA 4M41A 1ASVA 4J2DA 1J5OA 4AHCA 1JXEA 1NKBA 4F2RA 3FFIA 1S6QA 4H8KA 4LH4A 4FLTA 4WE1A 3K5NA 1RTHA 1EP4A 3ISNC 4FJ7A 3JSMA 2YNGA 3M8RA 3SYZA 3ZT4A 3H08A 4B9MA 4CFAA 3AVFA 2DY4A 3KIOA 1RT4A 3C6TA 1ZYQA 2ZD1A 1L3TA 4Z0UA 3OYHA 3AA5X 2XHBA 4CK2A 2QXFA 1TK0A 1B92A 1LWCA 3KD1E 2O4IA 4CJLA 4FM2A 1RDDA 1A5XA 1LV5A 4KFBA 4AILC 4N56A 3L2UA 3NF8A 4DTPA 4HVJA 1BL3A 2XRIA 4E7HA 1HPZA 3AVNA 1N6QA 1WAJA 4M3WA 3DLEA 5FRNA 3HXMA 1A5VA 3C94A 3ZSRA 3ZSYA 1Q9YA 1VSDA 3VQ4A 2QKBA 1C0UA 3HYFA 3WNGA 3LWMA 1CXUA 1HYZA 2X74A 3AVJA 3OS0A 3IAYA 3L3VA 1JXBA 4CJPA 4CGHA 2YHAA 2RF2A 4CEOA 3VQDA 4JLHA 1I3AA 4DSKA 4Z4EA 4KTWA 1HNVA 4DU4A 3CM6A 1KVCA 4DS4A 1RDCA 3AVGA 3F9KA 5DK5A 4IDKA 4CJ5A 1Q8IA 3CFRA 3V9UA 3IRXA 3AA2A 1NK6A 4B9SA 1QS4A 3MXJA 3DLGA 4FZXC 3KLGA 5JS2A 3QNNA 4CECA 1FKPA 3VQBA 4DF4A 2F96A 3DM2A 4FJ9A 1T05A 4LD0A 4YNQA 5HBMA 2Y1JA 2HB5A 1XHZA 1D9FA 3PX4A 2KTQA 1RBUA 4ZHRA 4FZZA 2I5JA 1LW0A 3V1RA 1HQEA 2ITGA 3QERA 3WNFA 1ASUA 2XO7A 3QINA 4RG8A 3G0ZA 3NGIA 4Z4HA 5J2MA 4CGDA 4BACA 4KHYA 3TABA 3ZT2A 3DLHA 4QAGA 5HRPA 3B6PA 4FCYA 1RTJA 1HYVA 3SQ2A 3T3FA 2IGIA 4BWJA 3PO5A 5J2NA 1FXXA 4CEDA 3RRGA 4I9QA 3V9ZA 1ZBHA 4W5RA 2FC0A 3LPTA 3OY9A 4DWIA 1GOBA 1JLQA 5KGXA 3TANA 4UQGA 4DTSA 3RMCA 4FJXA 3NDKA 4B3OA 3M8SA 1IG9A 4AHVA 3OJUA 2DTUA 3IS9A 1S1WA 5EU7A 1FK9A 1RBSA 4FJKA 1X9MA 5CYMA 2YNHA 2HHQA 1IKVA 4LSLA 4AHRA 3KK1A 4DU1A 3HK2A 4H4OA 3VQ8A 2FBYA 4LY7A 3SPYA 4E7JA 2KZMA 2A1RA 2VWKA 3V81A 4ELTA 5D3GA 2KQ2A 2BANA 2YHBA 4NYNA 4CHQA 3HT3A 3P83D 1BI4A 1VRUA 4KHSA 3DRRA 3SNNA 2XY6A 2Z1IA 2G8UA 4M3XA 1KVAA 4YFUA 3MEDA 3NH0A 3RTVA 4CE9A 1HNIA 3VA3A 2HHWA 3OYNA 4DMNA 3HP6A 4DF8A 3HO1A 3NGZA 4BDYA 3KK3A 3MXMA 2DFFA 4CFCA 4E3SA 3OYJA 3QESA 3CYMA 3DOLA 3OYMA 4F3TA 4DTOA 4CJRA 4CFDA 3KD5E 3L3UA 4E7IA 3TWHA 2OYQA 4DQPA 4FK0A 2IS3A 3HSTB 3K2PA 1FKOA 4CEZA 3SUPA 1I39A 3EYZA 3DMJA 4CIGA 4RW4A 3ZCMA 2D0CA 3SUOA 3V4IA 1L3SA 3RMBA 1QQCA 3L8BA 2P5GA 4C8OA 2B6AA 1LWFA 3HP9A 3EZ5A 3PV8A 1Q9XA 4C8MA 4M3RA 3AO4A 4J2AA 4CEEA 1WSGA 1WLJA 1GOCA 1RT5A 4DQSA 4KTZA 3ZSXA 1MU2A 4OKJA 2OPPA 4FM0A 4E0DA 4AHTA 4F4KA 4KPYA 1WAFA 3AO3A 4E19A 4R5PA 3OYAA 3LAMA 4FK4A 4RW8A 2WONA 1VSEA 4CGIA 3VQAA 1LW2A 4M42A 2NUBA 2IC3A 3DRPA 3TAQA 1HJRA 1RT1A 3LP3A 3QIPA 4CJEA 4DG1A 4RW7A 1JLEA 3B6OA 2G8WA 4I2PA 3O3GA 4FJJA 2QK9A 4PWDA 1J9AA 3BGRA 4GVMA 4CHYA 1A5WA 3LANA 1TKZA 4O5BA 1TK5A 1LAVA 4PUOA 4HUFA 3U6FA 2DFHA 4FLVA 3NH1A 3EY1A 1X9WA 5CZ2A 4KHWA 4DFJA 3O4QA 3O4NA 3S9HA 2EX3A 2FBXA 4DLGA 4FJMA 4Z4CA 3MECA 3AVIA 3MEEA 4DQIA 3D45A 1T03A 1XC9A 3T1AA 4NCGA 4DSEA 3SPZA 2Z1GA 5J2QA 2F8SA 1KLNA 4CCHA 4FJ5A 1RCHA 2B4JA 3LZJA 3NF7A 1B9FA 3K57A 2YKMA 4KRFA 1NK9A 4B8AB 4RW6A 2YNFA 4ICLA 2ZE2A 3V6DA 3ALYA 3F73A 1RILA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WQ4A 5E26A 4CBXA 5I9EB 3MN6A 3SQ4A 3K59A 2IVPA 3LAKA 1MA9B 3LDLA 2P51A 3AVMA 1S9EA 2R7YA 1NJYA 2QKKA 4B3SK 4FJ8A 1RDBA 3PY8A 1BA0A 3THYB 4CI6A 2PBDA 4BRQA 1NKEA 1EO1A 3UKUA 2HHUA 4K8XA 1ZBIA 5FPMA 4BDPA 3DXMB 4CEBA 3MCPA 3M3ZA 3SZ2A 5KPTA 1SQKA 3CQYA 4OGCA 3SBTA 1V4SA 1X1PA 4FJGA 4KV8A 5K14A 3SK3A 3ENOA 3ULEB 1K8AO 4KB1A 3WXIA 3RMDA 2NLXA 2FBVA 3L4IA 3KTQA 3SV4A 1VHXA 3P39A 1W2BM 1TK8A 4J2EA 2G8VA 3QEVA 3AVCA 3L2RA 4E89A 5C0YA 4EP5A 1OH7A 2XY7A 4K25A 1YJWN 1IJJA 5KGWA 2JGUA 4H0XB 1VQON 4BRPA 1ESVA 1TUUA 3TTCA 1SZ2A 1HUXA 4B9UA 4B1XB 2GUIA 3QFPA 3FGUA 5J1EA 3ZT1A 1LCUA 1HX1A 2YI1A 5LJVA 3AVHA 4Z4GA 5F0XA 1KXPA 4X64K 5EX5A 1ATNA 1TKXA 4FXDA 4CEAA 1H1VA 4M3UA 1V4TA 1N36K 3RSEB 3V1OA 3JS6A 5HROA 4PL8A 4A57A 1NK7A 5KRTA 1RNHA 4BE2A 1RBRA 3BF3A 3U9DA 4AH9A 1GLAG 3TSUA 1JLGA 3OYCA 1SKSA 2FSKA 5AQTA 3KJVA 4DFKA 4M3TA 2E4LA 3EO3A 3CJ1A 1BGXT 3KLEA 4B3TK 5I42A 1O13A 4CBUA 3MAQA 3LP1A 1F21A 1CZ9A 3OYGA 3PIOL 2E88A 3H46O 3CCLN 2UXDK 2PAVA 1SL0A 3LDSA 1K8KA 3EKSA 3W3DA 1WN7A 3O3HA 4EFHA 3QO9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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