4YDUA

Crystal structure of e. coli ygjd-yeaz heterodimer in complex with adp
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLAELPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 122
structure length 336
sequence length 336
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2015-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduA01
4BG9A 2FF3B 3U9ZA 2GTDA 3VEVA 4DHYA 5FPEA 2ZGZA 5AQGA 1D4XA 4B1WB 5BPMA 4BRIA 1T44A 4JAXA 3DXKB 1X9JA 3WQTA 3ZETA 3HZ6A 2J4RA 2AA4A 1HPMA 5KQ8A 1BUPA 1IG8A 2BUPA 2V7ZA 1C0GA 2E88A 2YHWA 2QWPA 4RTFD 2E2QA 3BEXA 3M3ZA 1XQSC 1GLAG 2I7PA 2V52B 4CD1A 2IVOA 3A5MC 3IFRA 2OANA 3G25A 3O80A 4EIAA 5AQPA 4H5NA 1XUPO 1HUXA 4J8FA 4BQZA 2V7YA 2FLOA 4I6MB 5AZJB 5BPNA 2IVNA 4FPBA 3UKUA 1NGAA 5AQOA 3BUZB 4CZLA 1ATNA 4BVPA 1NGIA 2W40A 5AQHA 4CBWA 5KPZA 3ID8A 3DWLA 5CE3A 4IWVA 1TYQA 2E2OA 2YJFA 2GUPA 2P9IA 4BRQA 3DAWA 2FSNA 3ATVA 1XC3A 3CQYA 3O08A 4WQ4A 1H1VA 3O8MA 1YXQA 4H0VB 3KHYA 2IVPA 4PKGA 2CGJA 1R59O 1NMDA 4ISFA 4EHTA 3LDQA 1WUAA 5LJWA 2FF6A 1SZ2A 2A6AA 4CZMA 2I7NA 4JHDB 2FXUA 5AQFA 5JLFA 2ASPA 3GE1A 4BR7A 2Q1NA 3FGUA 4NB4A 4CJ7A 3HSCA 3ULEA 4BQLA 4BRNA 3ZEUA 4CBUA 4QS7A 3MCPA 3WEEB 3OHRA 2NLXA 4BR2A 2BTFA 3ZX0A 4IJNA 1JCFA 1YVNA 2VYPA 3D2EA 3LDPA 2CH5A 2E8AA 2WUSA 5AZIB 4A61A 1NGDA 2FSKA 2NRHA 2YI1A 4H0OA 3O6WA 4FWMA 3WUHA 5BRHA 1GLLO 1OKJA 1NM1A 4HTLA 4MLEA 3VETA 2IIRA 3H46O 5BRFA 3D2FB 4BRHA 3LM9A 1GLCG 2Q36A 5BREA 1YUWA 4DCHA 2AP1A 1E4GT 2E1ZA 4L3QA 3AARA 1BG3A 3M6GA 1KAZA 3EZWA 3FZKA 3W0LA 2QWRA 2ITMA 5FPNA 4ISEA 4BR9A 4E1JA 3I33A 3U9DA 4DQ8A 2GEMA 1S22A 4B1YB 3B8AX 4GNIA 1GLBG 1NGFA 4BG8A 5EOYA 4WQ5A 1SAZA 3EKSA 3VEYA 5BN9A 3CJCA 1RDWX 5BRDA 4BRFA 3A5LC 3GOIA 3C0BA 4WYBA 3CJ1A 3GDQA 1V4SA 1RFQA 2P9NA 4M7XA 5EVZA 4BC4A 4BRAA 1ATSA 1NLVA 3RSEB 4XH1A 4RWTA 4BRGA 3H6EA 3JS6A 1U2VB 1ESVA 2CGLA 1X3MA 2Q31A 1QQMA 4K25A 5EY4A 4IJAA 3DXKA 4XH4A 3C7NB 4H0PA 1J6ZA 2P9PA 5B8HA 5EX5A 3O1BA 2P9LB 5AQSA 4HWIA 3KVGA 5KQDA 2ASMA 3ENOA 4FSVA 3CERA 3VGKA 2Q97A 3R9PA 5KPRA 5AFUH 3VF4A 1Q18A 3FLCO 2E2PA 3BP8A 4PKIA 3WT0A 4MO4A 3MK6A 2EWSA 1YAGA 3BF3A 1MA9B 3LDLA 4H5VA 3AY9A 3QFUA 1LOTB 3ZETB 3KZBA 2QWOA 2UYTA 4Y0WA 1QZ6A 3UE5A 4DB3A 5LY3A 4I6MA 5AZJA 4BC2A 1V4TA 5BR9A 4F9OA 5AQJA 1NWKA 4FWKA 3VESA 5AQLA 2HMPA 1E4FT 5AQYA 4K43A 4BRDA 2QWQA 3ATUA 3CJ9A 2Q0UA 3F9MA 1QQOA 3IMXA 3L6QA 3FZMA 3TU5A 3I8BA 4FO0A 3HM8A 3QB0A 4MLHA 2D1KA 1HLUA 1CZAN 3QMLA 5F0XA 3SLCA 4JNEA 4YDUC 4JHDA 2A41A 3H3NO 1ZBSA 4O5FA 4H5WA 3JXUA 2P9IB 3CI5A 3MN6A 4FWOA 3LM2A 2YHYA 4ISGA 3WEEA 3GL1A 2GWJA 3SMSA 4BR0A 3A5OC 4QS8A 4CZGA 5AQIA 2PBDA 4LC9B 3CJBA 5AZIA 5AQMA 3VEWA 5AQKA 3WXJA 3O1WA 3UKRB 2PAVA 1LCUA 4H03B 2GWKA 1KXPA 3VEXA 4FL9A 4BR5A 2KHOA 2HF4A 4BRPA 1KAXA 2GELA 4H5TA 3D2FA 2NZTA 1BA0A 1BOTO 5JMVA 3R8EA 3EKUA 4B1UB 2HF3A 1ATRA 3D2EB 3L0QA 4M63C 3P4IA 4RCHA 1TUUA 4M7YA 3TPQA 1MDUB 5AQWA 4K41A 4CI6A 2P9KB 1HX1A 3VENA 5AQVA 1K8KB 1NGJA 4CZKA 3ZX3A 4BRKA 3DXMB 4XEIA 4NO7A 3CQXA 3L4IA 2P9SB 3QICA 4BROA 1HKGA 3GG4A 1QHAA 4B9QA 2CGKA 1JCGA 5FPMA 3SJHA 1RGIA 3VGMA 3RSEA 1BWFO 5JLHA 1U2VA 1BDGA 1HJOA 3MN9A 4KBOA 1NGGA 1NGHA 2V51B 2ZF5O 3FZFA 4K42A 3WQUA 1P8ZA 3LDOA 3MN5A 1Y64A 3C7NA 2W41A 1SQKA 3QBXA 3EO3A 3LDNA 4EFHA 3ZX2A 4JD2B 2P9UB 1C0FA 3UB5A 2P9NB 1QQNA 3FFKB 3CJAA 3D7EO 4JN4A 1TUYA 5AQNA 3U8XA 5ADXA 1WOQA 2YJEA 3FZLA 3VEOA 3J8AA 4A2AA 5E84A 5KPTA 4QS9A 4EAHD 2Q0RA 1BU6O 3HBTA 3HTVA 3O5BA 2P9PB 2Q2RA 4CZIA 4Z94A 2ASOA 4BRCA 4BRMA 1Z05A 3HI0A 2QWNA 1X3NA 1MWKA 4IZ9A 2E1YA 3A8YA 3WXLA 2E2NA 2ZGYA 4IXCA 4CD3A 5I9EB 3FR0A 4FWLA 3VF2A 3W3DA 4BREA 4EHUA 5AFUA 5AR0A 2YCHA 3BF1A 3SMPA 3UKUB 4CBXA 4CZHA 5ELZA 5BPLA 4WQ5C 3MDQA 3QDKA 1DEJA 4FWPA 4A62A 1GLFO 1TYQB 4FWRA 3VGLA 1NGCA 3WXIA 2HOEA 3AAPA 3H3OB 4FWSA 5JICA 2A3ZA 5F2RA 3FZHA 4BGBA 5TKYA 4FOIA 2A5XA 3CHWA 4BGAA 4MO5A 4BRLA 4B1XB 3UKRA 3AAQA 1HKBA 3GBTA 3QBWA 4H5RA 4CZJA 5FPDA 2F9WA 5EXWA 2DPNA 2QW9A 4A2BA 4IO8A 3ULEB 2D4WA 3ZEUB 4PKHA 3IUCA 1GLEG 3VEZA 4PL7A 1BA1A 1QZ5A 4PL8A 3DJCA 3A5NC 3O4WA 1HKCA 4H0XB 4B1ZA 4XH5A 3R6MA 3M1FA 5E26A 3VF6A 3S41A 3A0IX 4AM7A 4CZFA 1KAYA 3H1VX 2CH6A 1DKGD 4FWQA 2D0PA 1NBWA 1ZC6A 1NGBA 2P9KA 4BVOA 1NGEA 1EQYA 3H1QA 5AQUA 4B1VA 5LJVA 1K8KA 1Z6RA 3VOVA 3VPZA 2H3GX 2YHXA 3ENHA 3DXMA 2FSJA 2P9SA 5F1XA 2A40A 3U4LA 5AQZA 4FPAA 2QWMA 4WQ4C 3CJ7A 5AQQA 4BC5A 3MMVA 3WXKA 1T6CA 4H0TB 4AM6A 3H45C 2QWLA 2VCPA 1S3XA 5AQXA 1GLJO 4BR4A 1GLDG 3CETA 1MWMA 1IJJA 2D0OA 2VWBA 3EL2A 2QM1A 2A42A 2F9TA 3IDHA 4YDUA 4GY2B 4FWNA 4O8KA 4BC3A 2ZWHA 2QXLA 3FE1A 2E20A 4C23A 5AQTA 4CZEA 5ADXH 5AQRA 1T6DA 3CIPA 3QFPA 1U6ZA 2P9LA 4JD2A 3MN7A 2P9UA 4FOEA 5BN8A 3LL3A 4H0YB 1DGKN 1JCEA 3SK3A 1BO5O 1G99A 3VERA 3EN9A 1ZXOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XY8A 5FPEA 2ZGZA 1TKTA 4CGDA 1JLGA 1L3UA 2ZJRL 4AHTA 1HPZA 5C15A 1ZBLA 2J4RA 2AA4A 5KQ8A 1BUPA 2BUPA 2V7ZA 3CXCM 5M1OA 3ZT1A 1IKYA 3EE9A 3AVHA 1XQSC 3P5JA 4F8RA 3DLEA 3G25A 1Q8IA 1RT3A 3LPTA 4CECA 5AQPA 4DF4A 4BQZA 4WFBL 4DF8A 2NRZA 2FLOA 4DV3K 4YOTA 2E6MA 1NGAA 5AQOA 3LANA 4BVPA 3OS2A 4CBWA 3O3HA 1D9FA 3C94A 5CE3A 4DS5A 4BDPA 4KPYA 5DMRA 4HTUA 1XNQK 2YHAA 3PSFA 3AO1A 4LF4K 4WQ4A 4H0VB 3NE6A 1X9MA 1K9MO 3KHYA 1XMQK 1RT4A 1OH7A 2CGJA 1R59O 5LJWA 4EHTA 1RT1A 3LDQA 3HT3A 2A6AA 3CC2N 3VQ5A 5AQFA 3HO1A 4JV5K 4DTJA 1BIUA 3CD6N 1T8EA 3FGUA 3ZT4A 3OTOK 2XO7A 4IFVA 4QS7A 2W42A 1RBRA 4K8ZA 3OHRA 4I9LA 3OYJA 1J9AA 3TTCA 3E9OA 1UWBA 2VYPA 3QIOA 3TTFA 4DV1K 4DV7K 2WUSA 1NGDA 4LY7A 4DR4K 3T7ZA 1GLLO 1IO2A 4MLEA 4CGGA 4I9QA 5CYMA 3H46O 4Y1DA 1NK5A 1GLCG 4V19S 2Q36A 2VGNA 1IBLK 3ZSOA 1YUWA 5H1SQ 4B9NA 1VQON 1TK8A 1TK0A 1WN7A 1O1WA 3K5NA 3FZKA 3CCQN 4BDYA 2QWRA 2O8CA 4BR9A 1VQ8N 4OX9K 3M8RA 4B1YB 1YJWN 3B8AX 5KGWA 3NDKA 4OLAA 1SAZA 2X78A 5BN9A 2PZSA 3CF5L 4AHUA 1EO1A 1RNHA 1IKXA 1IH7A 4BRFA 1YVUA 1JLCA 2HBJA 4WYBA 1SL1A 5GADP 4BRAA 4BRGA 4W5TA 3NFAA 3VQPA 2VQEK 1QQMA 4K25A 4IEIA 3DXKA 3CPWM 2YX6A 4XH4A 3C7NB 4CFDA 4N41A 4M3YA 3MECA 4DV2K 2UXCK 4CEQA 1IBMK 4HWIA 3KVGA 4NXMK 3CFRA 3VGKA 4CJKA 1Q18A 4GV3A 3QEVA 2E2PA 2KQ2A 5D3GA 5M1QA 3OA9A 3PO4A 2Z1HA 1YAGA 4JKGA 1VK0A 4H5VA 4CHYA 4IO9L 3AY9A 1LOTB 3KZBA 4MDBA 4DB3A 2G8WA 1S1VA 3U6FA 4KTZA 4F9OA 4FWKA 3O9QA 4Z4EA 3AA4A 2P5GA 4JS5A 5AQLA 1E4FT 4BRDA 3ATUA 4X66K 4BDZA 4FJ8A 4CCHA 3I0RA 3OYGA 1NJZA 2OZMA 4AHCA 5K14A 3TU5A 4FO0A 3HM8A 4DS4A 1TV6A 2D1KA 4CVNE 3OS0A 3NAEA 4CEDA 1G15A 4YDUC 1LAVA 3L2VA 3J81O 4AHVA 1ZBSA 5JVGL 3MX5A 4H5WA 3J7ZO 3I55N 4AF1A 4FWOA 3O9TA 2QKBA 1JLEA 2FBYA 4ISGA 2DFEA 4CJUA 1BI4A 3MCAB 4FK0A 3QEXA 1BGXT 5AQIA 5E41A 2WONA 4Z4IA 3SQ0A 4ILJA 3WXJA 1QHTA 2RKIA 4PHTX 1IV0A 1LCUA 3OYBA 4H03B 3V4IA 3RR7A 4YORA 1KXPA 3LP2A 4CF8A 4FL9A 1HMVA 4BRPA 2F96A 4H5TA 4J2EA 3D2FA 1RT2A 2NZTA 2GX9A 3AVIA 1SUQA 4B08A 4B1UB 2HF3A 3VQ4A 3KD5E 3S9HA 4B3SK 3OYHA 2E4LA 1Z26A 4CGIA 1NMNA 3T1AA 3TPQA 3I8DA 1CZ9A 3N4PA 1KCFA 5AQVA 1NGJA 1SS6A 3ZX3A 2O8EA 4J2AA 3CQXA 3PX6A 3QICA 3GG4A 1C6VA 1QHAA 3V9UA 2HHHK 2HMIA 2CGKA 5AJ3K 1X1PA 1C0UA 1NOYA 1KSPA 1JCGA 3SJHA 3HXMA 4GW6A 3VGMA 3RSEA 1RDAA 5JLHA 4KBOA 4ELUA 1YJ9N 4JI2K 1VQ6N 3UIQA 1QTMA 3OY9A 4CIGA 4DFMA 3T69A 2I5JA 2O4GA 4YY3K 1SQKA 3EO3A 3LDNA 1TK5A 2P9UB 3UB5A 3ENBA 3DLBA 4DV4K 3D7EO 5AQNA 2NRVA 2A1RA 4DTUA 4BE2A 1B9DA 2YJEA 3RVCA 3CPEA 3VEOA 3J8AA 3S3OA 4W5RA 4CHNA 3U3GA 4DV5K 5KPTA 4QS9A 2KZMA 3HBTA 3ZT3A 2Z1GA 4Z94A 3DOKA 1VRTA 2HHXA 1WAJA 1WAFA 1MWKA 3I0SA 4FVMA 4IZ9A 2OPQA 3ZCMA 4IBNA 4CHZA 3M8QA 4IXCA 2GBZA 4DR3K 4FK4A 4C1NI 2EX3A 4OKEA 1E3MA 4B3MK 2YCHA 2P5OA 1RDCA 3KD1E 3MXJA 1U48A 4KHUA 4FK2A 3THVA 5ELZA 2YNHA 4WQ5C 1DEJA 2JGUA 4A62A 1JLBA 4CF0A 1U49A 1NK7A 5HRNA 3PIOL 1BHLA 4IOXA 3AAPA 3AO4A 3THYA 3G4SN 4HCCA 3DI6A 4FWSA 3ZSRA 3EY1A 5F2RA 1XHXA 4M3XA 4BGBA 1BCMA 2OYQA 2E5LK 2A5XA 4CJ4A 5HP1A 4WE1A 1LWCA 3WNGA 4DTOA 4HUGA 3SBTA 4FZXC 3GBTA 4I2QA 4LFAK 5FPDA 3KLGA 1S1WA 2QW9A 4A2BA 4IO8A 3RMAA 4IDHA 1GLEG 2KKZA 2ZM6K 1BA1A 1Y97A 1QZ5A 1W9HA 4M3WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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