4YDUC

Crystal structure of e. coli ygjd-yeaz heterodimer in complex with adp
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 74
structure length 230
sequence length 230
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC02
4RCHA 1C0FA 2F9WA 3EKSA 3UKUA 4YDUC 1GLFO 3O1WA 4B1VA 3ZETA 4BRDA 5AZIB 4FL9A 3UKRB 1TYQA 4FWMA 3D2EA 4JHDA 3WXLA 2CGLA 4F9OA 3EL2A 2E88A 1SQKA 1ESVA 3BF1A 3QFUA 4H5NA 4KBOA 3A0IX 5E84A 1QZ6A 3H45C 4JD2A 3CQYA 4YDUA 2P9NB 2I7NA 1NGGA 5AQKA 4A61A 5EX5A 1IG8A 3DWLA 3GOIA 1Z05A 4BQZA 1MWMA 1Y64A 3O08A 3HTVA 4BR5A 2FSNA 3DXMB 4CI6A 3FGUA 1QQOA 3GG4A 5AQLA 2IVOA 4EIAA 5BN9A 5KQ8A 4BREA 4H5TA 2Q0UA 4FWLA 4CZIA 3HZ6A 3ZX0A 4CZEA 1KAXA 5AQWA 1HPMA 2GTDA 2A5XA 3MMVA 5AQSA 1XUPO 2IVPA 1BUPA 3I8BA 5CE3A 2ZGYA 3W3DA 3O5BA 2HOEA 5KPZA 3UKUB 3A5NC 3RSEA 3ZETB 1BA0A 1SZ2A 1JCGA 1X3MA 3GDQA 1BDGA 1V4TA 2A6AA 3LDNA 1QZ5A 1TYQB 2E8AA 3D2EB 4JHDB 5AQNA 4BR0A 5F1XA 5BRFA 4B1ZA 5LY3A 1BO5O 4QS9A 3SMSA 4XH4A 2GWKA 4JD2B 3R8EA 4PL8A 2FF3B 2E1YA 4AM7A 2I7PA 1HUXA 4H0XB 4ISFA 4H0OA 3R9PA 2FXUA 4BG8A 4CZFA 4BRNA 1MWKA 4BRKA 1NGCA 2Q31A 3LM2A 2YHWA 4PKHA 3SJHA 3CERA 4E1JA 2VCPA 2QW9A 1KAZA 3L0QA 3O4WA 3M6GA 1R59O 3ATVA 4H5VA 3WXKA 2V7YA 1JCFA 2E2PA 2UYTA 4FSVA 4FWOA 2PAVA 4J8FA 2ASOA 5AQGA 1HKBA 3FR0A 5JMVA 2F9TA 3CETA 3FZKA 4QS8A 4EHTA 1G99A 5AQVA 4CZMA 1HLUA 1T6CA 3BF3A 4A62A 5AQOA 3RSEB 1BWFO 2FSJA 3HBTA 2NRHA 3HSCA 3GL1A 3VEYA 4AM6A 4CJ7A 1GLLO 4BC2A 2Q0RA 4C23A 4IZ9A 3MCPA 3ENHA 4PKGA 3VERA 3GBTA 4EAHD 2E2NA 3BEXA 2QWMA 2IIRA 5ADXA 3D2FA 4BC4A 5KPRA 4CBWA 3LDQA 1TUYA 4MLHA 3UB5A 2FF6A 4CZKA 2ZF5O 3IMXA 1K8KA 5I9EB 3VEZA 3I33A 1LCUA 3P4IA 1RGIA 1X9JA 2GWJA 3WQUA 4BVPA 3LDPA 1NWKA 1DGKN 1QHAA 5BRHA 3CI5A 3QBXA 1RDWX 2P9KA 3ID8A 3C0BA 5BPLA 3B8AX 4BRPA 3QB0A 5JICA 2E20A 2Q36A 3MN7A 4CZLA 4NO7A 3ZX2A 1WOQA 1NGEA 5FPMA 4BRMA 4FPBA 4BRAA 4BR9A 1YXQA 4FWSA 3S41A 3QBWA 4M7YA 1JCEA 3OHRA 4GY2B 1WUAA 2HF3A 3H1QA 2BTFA 3EKUA 3O80A 2QM1A 4CBXA 3MN5A 2ASPA 2P9PA 5F2RA 3QMLA 5AFUA 4MO4A 1U2VA 5AQHA 5AR0A 3VETA 3MK6A 1HX1A 1RFQA 2A41A 3U4LA 2VWBA 4FPAA 2HMPA 1BU6O 5ELZA 2QWLA 2E1ZA 2WUSA 4HTLA 3D2FB 5JLHA 2QWQA 4O5FA 3CIPA 3H1VX 4BRHA 3CHWA 5AQFA 1NGIA 1K8KB 4K42A 3O8MA 4CBUA 1GLDG 4IO8A 2J4RA 2P9KB 3FZHA 4BROA 3KVGA 1NGJA 4BGAA 3DAWA 2KHOA 4BRFA 3CJ9A 2P9UA 2V7ZA 3L6QA 4K43A 2V51B 2YJFA 3CQXA 3CJBA 2A40A 2YHYA 4HWIA 3VPZA 2D4WA 4EHUA 4IWVA 3DJCA 1GLAG 5E26A 5TKYA 3VEWA 3FZFA 3FLCO 3O1BA 1D4XA 5F0XA 2A3ZA 3LL3A 5FPEA 2P9IA 2GELA 2YCHA 3WQTA 4WQ5C 1ZC6A 3D7EO 4CD1A 3H3NO 5AQTA 2P9PB 3U9ZA 1U2VB 1NM1A 2ASMA 3EN9A 4QS7A 3CJ1A 3ZX3A 2ZGZA 5AQIA 3WXIA 4JN4A 4JAXA 5AQMA 4WQ4C 3EZWA 3FE1A 2V52B 3VF6A 3W0LA 4L3QA 4B1YB 4BRQA 4Y0WA 5AQQA 1GLCG 5FPNA 5LJWA 2QWPA 1T6DA 2BUPA 4BRIA 3JXUA 4H5RA 5ADXH 4K25A 1MDUB 1J6ZA 4BRCA 4BR2A 5EY4A 3FZLA 4FWNA 3BUZB 4FOIA 2ITMA 3UE5A 2YJEA 1HKGA 2PBDA 2D0PA 2P9UB 3U9DA 4H0TB 3M1FA 3MN6A 3VEVA 4I6MA 1ATRA 4BRLA 3JS6A 3LM9A 4LC9B 4DQ8A 1QQMA 3MDQA 3H46O 4CZJA 4DCHA 4B1WB 2FSKA 2DPNA 2QWRA 4K41A 3FZMA 3VGMA 2D1KA 2P9IB 1Q18A 4IJAA 5FPDA 3F9MA 2IVNA 3A5OC 5BREA 3TU5A 2FLOA 1XQSC 3MN9A 4BC5A 4CD3A 5EVZA 1YAGA 3ZEUA 3HM8A 2QXLA 1S3XA 1E4GT 3L4IA 4CZHA 3J8AA 3M3ZA 5AFUH 3TPQA 1XC3A 1BG3A 2H3GX 1X3NA 5EXWA 1ATSA 4DB3A 2CGJA 1BOTO 3SLCA 1T44A 3H3OB 1KAYA 3A5MC 2NZTA 3WEEA 1HKCA 4FOEA 3VEOA 1EQYA 5BPMA 4BVOA 2Q2RA 1YUWA 3H6EA 3SK3A 4MLEA 1CZAN 1SAZA 3AAQA 3VGLA 3KHYA 2YHXA 3VF4A 1GLEG 3ULEA 1P8ZA 2A42A 4PKIA 3VGKA 3LDLA 4Z94A 5BRDA 2GEMA 4I6MB 1YVNA 2VYPA 1DEJA 4H0YB 3VENA 5LJVA 1QQNA 4IJNA 4FWQA 3AAPA 1ZXOA 1NGAA 1HJOA 1NMDA 1GLBG 2OANA 1MA9B 4FWPA 4H0VB 5AQRA 1TUUA 4RWTA 3O6WA 4BRGA 4JNEA 5BPNA 4XEIA 4MO5A 3SMPA 3CJ7A 5AZJA 3BP8A 3HI0A 3ZEUB 4M7XA 2Q1NA 3G25A 4NB4A 2YI1A 1H1VA 3FFKB 1NGDA 4CZGA 2P9SA 2QWNA 3IFRA 5BN8A 1NGFA 2P9LA 5EOYA 4PL7A 3QFPA 4BC3A 2E2QA 4H0PA 3C7NA 3AARA 3WEEB 5AQYA 2CGKA 4B9QA 1NGHA 2CH6A 3VESA 2AA4A 2D0OA 1NLVA 2QWOA 3A8YA 4A2BA 3GE1A 2W40A 4FO0A 2CH5A 3DXKA 5AQZA 3LDOA 3ULEB 3VEXA 1ZBSA 4BG9A 3ENOA 2Q97A 5AQXA 4FWKA 1KXPA 2AP1A 4EFHA 2W41A 1E4FT 2HF4A 4WQ5A 1V4SA 5AQUA 4IXCA 4ISGA 3WUHA 1NGBA 4B1UB 2GUPA 1GLJO 5KQDA 4WQ4A 3IUCA 5AZJB 5AZIA 3UKRA 2E2OA 1IJJA 3AY9A 4ISEA 3WXJA 4BQLA 3CJCA 2ZWHA 4XH1A 3IDHA 5AQPA 5BR9A 2P9SB 4GNIA 3CJAA 4H03B 4BGBA 5JLFA 2P9LB 3EO3A 2P9NA 3U8XA 4BR7A 4DHYA 5KPTA 4WYBA 5AQJA 3C7NB 3WT0A 4B1XB 3KZBA 1ATNA 3VOVA 1Z6RA 3QICA 2EWSA 1U6ZA 2NLXA 3DXMA 4BR4A 4H5WA 1DKGD 1C0GA 3ATUA 5B8HA 1LOTB 4A2AA 3DXKB 4RTFD 3R6MA 4FWRA 1NBWA 4M63C 1BA1A 4O8KA 1S22A 4XH5A 3A5LC 1OKJA 3VF2A 3QDKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RCHA 2F9WA 2YHBA 2G8WA 3UKUA 4PHTX 2YV0X 4CCHA 3HVTA 2FC0A 2ETJA 2IOCA 3LP3A 3TI0A 1TK5A 4FZYA 5AZIB 1B9DA 3D2EA 4JHDA 1VQ8N 4E0DA 4CHNA 4H5NA 4KBOA 3A0IX 3T1HK 3L2RA 4JD2A 4YDUA 5C0YA 2RHKA 1C1BA 3OYCA 1TV6A 1I3AA 2E5LK 5FDLA 3S3NA 3O08A 3L3VA 2XY5A 2VWKA 4C8MA 4PWDA 3EE8A 3CFPA 4DG1A 3NGYA 4FW2A 4EIAA 5BN9A 4XIUA 4BREA 4H5TA 1ZYQA 3SNNA 3HZ6A 2X74A 3ZX0A 4FM2A 1KAXA 4DFJA 4WFNL 5AQWA 4CFAA 2GTDA 3KKRA 3MMVA 1XUPO 2IVPA 2OPRA 3I8BA 3DOLA 2RPIA 3W3DA 4DLGA 5KPZA 2HOEA 1TKZA 3A5NC 3KIOA 4FW1A 1TL1A 3ZSQA 1BDGA 1TYQB 5FRMA 1OH5A 4B1ZA 1BO5O 4H4MA 4QS9A 4DSFA 4Z0UA 1EP4A 4XH4A 4BE2A 4CJRA 4EP4A 4B8AB 4DS5A 4H0XB 3MAQA 3AVIA 4H0OA 4B3OA 4YOTA 2D0CA 2P5OA 1IBMK 4IG3A 2Q31A 1VK0A 3SJHA 4M3YA 3CERA 2IS3A 4I7FA 2QW9A 3M6GA 2QTDA 4FLTA 4J8FA 3UIQA 2A1SA 4CK1A 2D0BA 1Q81O 4N47A 3CETA 1RBRA 2O8FB 3J7ZO 3BZCA 1QSSA 5C2DA 1HNWK 4MQ3A 1S1XA 1BWFO 4LF8K 5KRSA 5LMNK 3TWHA 3HSCA 3VEYA 4CJ7A 4C8OA 1VHXA 2Q0RA 4IZ9A 2Y1IA 4KRFA 1SS6A 4PKGA 1TL3A 4CJUA 3BEXA 4LSNA 4KTQA 2DY4A 4K8ZA 3AVHA 1WSFA 1UOCA 5KPRA 1S9EA 3NBPA 3TTFA 3LDQA 1NK8A 1LAVA 1KLNA 3V9UA 3VEZA 1WSGA 5IT9O 4OX9K 2IDOA 1LCUA 3WQUA 1RGIA 3SI6A 4IEEA 3LDPA 3V9ZA 3CI5A 3QBXA 3ID8A 2OA8A 5JVHL 5BPLA 3U3GA 3AVKA 5KGXA 3MXIA 2XRIA 2Q36A 3SZ2A 4IDHA 4NO7A 3ZX2A 4YOWA 3F9KA 1NGEA 2KKZA 3N4QA 4DTNA 1C1CA 4BR9A 1YXQA 1S72N 3S41A 2KZMA 3AGRA 4FJHA 1I39A 2O8CA 4GY2B 3RR8A 2BTFA 3O80A 5HRRA 4CBXA 3MN5A 4BDZA 3VETA 4PUOA 5HL7L 2HMPA 1QSYA 2QWLA 2E1ZA 4HTLA 5JLHA 2EHGA 4GW6A 3F2KA 4F2SA 3MECA 3AGKA 3TTCA 3RMAA 4CBUA 1S6PA 4IO8A 2P9KB 1SKWA 2WBNA 3KVGA 4DTJA 3BZKA 4CFBA 2KHOA 1RT6A 1Y97A 4YOUA 1VSEA 3LDSA 3O9SA 1WAFA 4HWIA 3VPZA 4CFDA 4KHPK 1CXUA 1GLAG 3E9PA 3LWLA 3V81A 1BQMA 3K5NA 4E1NA 3P83D 4JRPA 4RW8A 3V4IA 2GELA 2YCHA 4CJWA 4B9NA 3H3NO 4IFEA 2P9PB 1U2VB 3O3FA 3EN9A 3K59A 1IKVA 3CJ1A 3K9JA 3RRHA 4AH9A 4JN4A 3EZWA 1WN7A 2V52B 4B1YB 3QEXA 1QS4A 4JI0K 5FPNA 5I3UA 1T6DA 1Q7YO 3PLAA 3OBWA 3SPYA 5HOOA 3NDKA 4HUGA 3QNNA 4BRCA 4BR2A 1YIJN 4FOIA 2PBDA 3WNHA 4GMJB 4KTZA 2P9UB 1YTUA 4JV5K 4CW7B 4H0TB 4KHWA 2KQ2A 3NHGA 4JKEA 2HMIA 1XC9A 3PO4A 3MWTA 1ATRA 2A1RA 1HMVA 4DQ8A 4DR7K 3PX6A 4CZJA 4DCHA 1N8RO 4CJFA 2DPNA 2QWRA 1CLQA 3FZMA 3VGMA 2YKMA 5MLCQ 3EE9A 2D1KA 2P9IB 1VSIA 3T3FA 3BDPA 3A5OC 4CERA 2FBXA 4F3TA 3ZEUA 1T03A 3OYEA 1E4GT 2KW4A 3HK2A 3KJVA 3CC7N 4JI2K 5HP1A 1Z25A 3TAQA 2RN2A 1QE1A 1RCHA 4GV9A 4FZXC 1X3NA 2XHBA 2CGJA 5M1FA 1A5VA 3CPEA 3ID6A 4RW4A 3NCIA 4B9SA 1J54A 1JLBA 3QEWA 3LALA 4FOEA 1WBBA 5H1SQ 3O3HA 3T1YK 3SJJA 3OYAA 4FJ5A 1ASVA 4MLEA 4JLHA 4GKJK 1DTQA 1FXXA 4FLXA 4ILJA 3CFOA 2O8DB 3ULEA 1P8ZA 3VGKA 3LDLA 3DRRA 4E7LA 1KVAA 3DM2A 3ZCMA 4CIEA 1NMDA 4CEDA 1GLBG 2OANA 1MA9B 4H0VB 4JI1K 3D0PA 3HP9A 3O6WA 4QOZB 3ZSRA 3ZSWA 3NAEA 4E89A 4JNEA 3J80O 3C6TA 4M7XA 2Q1NA 3G25A 1TKXA 3LAKA 2P9SA 2QWNA 3CF5L 5D3GA 4FJ7A 1S1WA 4KKOA 4BDYA 3J81O 3VQPA 4BC3A 2E2QA 3I8DA 4H0PA 3IKMA 4CVNE 1W0HA 3THWB 3VQAA 3R1XA 5CR4A 3WEEB 4B9QA 3KLFA 1RT1A 1NLVA 2UXBK 4A2BA 4LFBK 3OYLA 4FO0A 4FVUA 4JKCA 2G8VA 3LDOA 3DLBA 1EWQA 3THXB 3CCRN 2Q97A 4ZTFA 4FWKA 1KXPA 3DYAA 1HNIA 4FJMA 2W41A 4FLZA 1VQ6N 2HF4A 1FKOA 4WQ5A 1VQ4N 4YNQA 4IXCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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