4YDUC

Crystal structure of e. coli ygjd-yeaz heterodimer in complex with adp
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 74
structure length 230
sequence length 230
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC02
2HF4A 4H0OA 3CJ9A 5BN9A 4L3QA 4XH4A 3VF4A 3UE5A 3D2FA 4HTLA 3CHWA 4CI6A 1Q18A 4FWNA 4BRAA 3WXLA 2YI1A 1Z05A 1QQMA 4ISGA 1QQOA 2FLOA 4FSVA 2WUSA 2QWPA 5KQ8A 5AQNA 5BRDA 4PKGA 4FPBA 2IVOA 1BA1A 2GELA 3FFKB 3FLCO 4BGBA 3AAQA 1TYQB 2I7NA 1SZ2A 2OANA 1GLCG 5AQVA 3CQYA 4BRKA 3ULEB 2CGJA 3ATUA 4BROA 4O8KA 5LJVA 2A40A 2Q31A 4BR4A 4BQZA 4CD1A 1S3XA 1HKCA 1MWKA 3FGUA 2P9SB 3EZWA 4LC9B 4A62A 1V4SA 1Z6RA 1T44A 4CD3A 1WOQA 5KQDA 3MMVA 2QM1A 3ATVA 4K43A 2YHWA 1ESVA 3WXIA 1XQSC 5EY4A 3ENOA 1TYQA 4B1UB 2YHXA 4M7YA 3ULEA 4BRMA 2E2QA 2V7ZA 1IJJA 4FWOA 5AQLA 3WT0A 2Q0UA 1T6DA 3DJCA 3TPQA 3IFRA 3OHRA 4CZGA 3WQTA 4FOEA 3VGKA 1ZBSA 5CE3A 2P9SA 3LDOA 3R8EA 1GLBG 3JS6A 2GUPA 5AQFA 4QS7A 3DAWA 3L6QA 3A5LC 3EO3A 3O1WA 5AQGA 2QXLA 2NRHA 4BG8A 4BC3A 3I8BA 3VGLA 4QS8A 2YHYA 4AM7A 3IDHA 1HKGA 3FR0A 1GLAG 3VPZA 3O4WA 3O8MA 4FWLA 1NGAA 3H45C 5AQRA 2A6AA 5FPNA 3MK6A 1KAYA 4CBXA 2QWOA 3ZETB 4BREA 5AQWA 3CIPA 2YCHA 4JHDB 5AFUH 1P8ZA 5AQPA 4BGAA 4H5VA 4BVPA 5E84A 4Y0WA 1RDWX 3FZKA 1H1VA 5TKYA 1TUUA 1GLFO 1HLUA 4C23A 3DXKB 2AA4A 3QICA 1BDGA 2FSNA 2E88A 3L0QA 5BREA 3QFPA 1DKGD 3O6WA 3ZETA 1G99A 4BRHA 4PKIA 3G25A 4JHDA 1NGGA 3SMSA 2FSKA 3GBTA 3GG4A 4CZLA 1XUPO 3EL2A 1QHAA 2W41A 1ZXOA 5AQKA 3ZX3A 2FSJA 2A5XA 4RCHA 3VF2A 1KXPA 3DXKA 1HJOA 3C7NB 4IO8A 5EX5A 5B8HA 3MN7A 3WUHA 1CZAN 1NBWA 1C0GA 1NWKA 1KAXA 4EHTA 2NLXA 3R6MA 3L4IA 4M63C 1BUPA 4MLEA 3H3OB 1BA0A 2GWKA 3VESA 3ZEUB 5AFUA 2VWBA 5FPDA 4ISEA 3MN5A 4B1VA 4ISFA 3CJCA 5KPRA 2E1ZA 2QWQA 3H1QA 4CBWA 4XH5A 3HM8A 1NGHA 3VENA 1X3NA 1YXQA 3C7NA 3M3ZA 4FWMA 4BRCA 1GLJO 2CH6A 4YDUA 4EFHA 4FL9A 3A5MC 3ZEUA 1QZ5A 3VEZA 4WYBA 4FPAA 2BUPA 3S41A 2P9LB 2V52B 3D7EO 4FOIA 2E1YA 5BR9A 2E2PA 3EN9A 2CGKA 3MN9A 4YDUC 1NGDA 3QDKA 2NZTA 2QWNA 4F9OA 4PL7A 1YVNA 5AQZA 4DB3A 3A5NC 3DXMB 4CZMA 2VCPA 2V7YA 1U6ZA 3LDNA 1NGEA 3BEXA 1IG8A 2I7PA 1RGIA 2EWSA 3O08A 4IXCA 2P9LA 4DHYA 1LOTB 3P4IA 4H5NA 1HKBA 1QQNA 4RTFD 3ZX0A 3DWLA 1NGCA 5BPLA 3VEOA 3ID8A 4MLHA 4RWTA 3VF6A 4JNEA 3VEWA 2E20A 3DXMA 5F1XA 3SLCA 5EVZA 2Q36A 1E4GT 5JICA 1V4TA 3BP8A 2E2OA 3W3DA 5AQTA 5KPZA 4MO5A 4CZEA 3D2EB 5BRFA 1MWMA 1JCFA 3VETA 4DQ8A 1NGIA 1YAGA 1ZC6A 2P9PB 2ZF5O 4NO7A 4BRPA 3QB0A 2ZGYA 3GDQA 3AARA 4EAHD 3KHYA 3LDLA 1OKJA 3GL1A 3CI5A 4WQ4C 2J4RA 3QMLA 3LL3A 3D2EA 5EOYA 2P9PA 3U8XA 3EKUA 5AQUA 3CERA 4H5TA 4H0TB 1BWFO 3GOIA 2HMPA 4B1YB 2P9KB 1NGFA 1NMDA 4I6MB 5AQYA 2E2NA 3CJAA 5F0XA 3VEXA 4XH1A 4BC5A 1YUWA 3VGMA 2GTDA 4B9QA 3MDQA 4IWVA 5JMVA 1U2VB 3A8YA 1X9JA 1BG3A 3SK3A 3B8AX 3BF1A 1KAZA 2ASMA 4H0VB 3QBXA 4M7XA 5ADXH 2VYPA 4IJAA 2ZGZA 1J6ZA 4JD2B 4H0YB 1HX1A 1GLDG 3KZBA 1EQYA 2A42A 5AZJB 3U4LA 5F2RA 1R59O 2P9KA 4FWPA 1ATRA 1NGBA 2QWMA 4DCHA 5BPNA 4H5RA 3C0BA 2P9IB 3MN6A 4BG9A 4K25A 3J8AA 5LY3A 4JD2A 4KBOA 3H46O 4CJ7A 2F9TA 2Q2RA 4BRLA 4NB4A 5AZJA 2FF6A 4JAXA 1T6CA 3FZLA 1C0FA 1NLVA 5FPMA 3WEEB 3WXKA 3F9MA 2QW9A 3UKRB 3VEYA 3HSCA 4WQ5A 2HOEA 1HPMA 2FXUA 3UKUB 5ADXA 2P9IA 4PL8A 4EHUA 4H5WA 4AM6A 3R9PA 5AZIB 1HUXA 2CH5A 4MO4A 4WQ5C 4H03B 4BC4A 4B1ZA 2A41A 4IZ9A 1WUAA 5KPTA 4E1JA 5I9EB 2PBDA 3WEEA 3U9DA 1BU6O 4BR9A 1BO5O 2V51B 4GY2B 2D1KA 3UKRA 1NM1A 1BOTO 1MDUB 2FF3B 4CZHA 3AY9A 3M6GA 4BRGA 4B1XB 5AR0A 2P9NB 3UKUA 3HI0A 2W40A 5FPEA 5EXWA 3BF3A 5AZIA 2UYTA 3SJHA 3CJBA 3TU5A 3SMPA 4BVOA 4FWSA 1ATSA 4BRFA 3GE1A 3HZ6A 3LDPA 3BUZB 3VEVA 3AAPA 1SAZA 2P9NA 4BR5A 4EIAA 3FZHA 4BR7A 1XC3A 1X3MA 3QFUA 2QWLA 3FZMA 1JCEA 4A61A 4CZJA 3CETA 3A5OC 4J8FA 2YJEA 4H0XB 3FZFA 3U9ZA 1DEJA 3W0LA 2HF3A 4WQ4A 4BQLA 3UB5A 4CZIA 4CBUA 2PAVA 4K41A 2DPNA 1K8KB 3ZX2A 2D0PA 5BN8A 5JLFA 3MCPA 5JLHA 1ATNA 3EKSA 4IJNA 2GWJA 4QS9A 4FWQA 2QWRA 3H1VX 2IVNA 3CQXA 2D0OA 3M1FA 5AQJA 4BR2A 3HBTA 5AQXA 3O80A 3KVGA 4FO0A 4FWKA 3FE1A 2F9WA 5AQQA 2P9UB 5ELZA 1SQKA 2Q0RA 3LDQA 2YJFA 1D4XA 3IMXA 5BPMA 1GLLO 2ASOA 1K8KA 1RFQA 3RSEB 2Q1NA 2E8AA 5E26A 1S22A 2A3ZA 2BTFA 5AQHA 2ZWHA 4BRDA 4HWIA 3H6EA 1E4FT 4BRNA 3LM9A 3H3NO 5LJWA 3O1BA 2ITMA 1JCGA 1Y64A 1DGKN 3CJ1A 1LCUA 2P9UA 4BRQA 3ENHA 3IUCA 3WXJA 1MA9B 4CZFA 4H0PA 4I6MA 3RSEA 5BRHA 1GLEG 2CGLA 5AQIA 4CZKA 5AQMA 1U2VA 5AQOA 3CJ7A 4A2AA 4B1WB 1NGJA 2KHOA 2Q97A 4XEIA 4GNIA 3A0IX 2IIRA 1QZ6A 4PKHA 3QBWA 3VOVA 4BC2A 2GEMA 4Z94A 2AP1A 3WQUA 3D2FB 3JXUA 4JN4A 2H3GX 3I33A 5AQSA 3O5BA 4O5FA 3LM2A 4K42A 4FWRA 4BR0A 2ASPA 3HTVA 4A2BA 2D4WA 1TUYA 3VERA 4BRIA 2IVPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI0K 1L3SA 3KLGA 4DFKA 4B3SK 4IO9L 4LFBK 1CZ9A 3NMUA 3D2FA 5HL7L 1S1VA 4CI6A 1E3MA 3ZSQA 4FWNA 3NE6A 1O1WA 1QQOA 3E9LA 1WAFA 4O0JA 4DFMA 2QWPA 3TSQA 4C8LA 3QEWA 1KLMA 2E4LA 4LF8K 4Q0BA 3QNNA 1BA1A 1UAXA 2GELA 3QEIA 3ZSYA 3O4NA 4BGBA 3AAQA 1RBUA 2HVHA 1QHTA 2Y1JA 4KB0A 4FZXC 4BROA 4KO0A 4BR4A 4BQZA 4HUEA 3P31A 1MWKA 4LC9B 1V4SA 1KSPA 1QTMA 2PY5A 2QM1A 4K43A 1L3TA 3WXIA 4CERA 4FJHA 1TYQA 4CJRA 3L3VA 1S9EA 4M7YA 3EEQA 1NK7A 2HBJA 4CF0A 2O8CB 3WT0A 5M1OA 3TPQA 3DJCA 1B92A 3OYDA 3OHRA 3DRSA 2NRRA 4FOEA 3VGKA 1K6YA 1A5VA 1TV6A 1ZBSA 5CE3A 3K5MA 3ZT3A 1GLBG 1NKBA 3LPUA 4IOAL 2QXLA 3SBGA 2PFUA 3I8BA 4QS8A 3HRGA 4FLVA 3CF5L 4AM7A 4IEEA 3IDHA 3FR0A 1GLAG 3R3LA 3O8MA 4OJRA 3NVMA 2IC3A 5FPNA 1W9HA 2QWOA 2G8UA 3O3GA 1OH6A 2YCHA 2Z1HA 3TI0A 4YOWA 4K0KK 4Y0WA 4C8KA 3FZKA 1I3AA 1GLFO 1HLUA 2IOCA 3DXKB 4RW8A 5BREA 3NF9A 4DU3A 3O6WA 3KD1E 1JLBA 3KLEA 1IKYA 4JS4A 2UXBK 1NGGA 4GVMA 2FSKA 3PUFA 3OW2M 1RT1A 1YJNN 4BWJA 3FFIA 1NK5A 4OVLA 4LSNA 3C7NB 2NNWA 3F9KA 5B8HA 1NOYA 1NWKA 1KAXA 3AO2A 5JVGL 3L4IA 3VESA 1BA0A 3MN5A 3D0PA 4B1VA 3KK2A 4DS4A 2KW4A 4GV3A 4CBWA 4CEOA 2F8TA 1EWQA 3HM9A 4O8UA 1NGHA 2W6KA 3VENA 1OH5A 2VGNA 1S1TA 4EZ6A 5LMNK 4BRCA 2FBTA 5GAHP 3VQEA 3C95A 1N6QA 3NGIA 4B9VA 4M3UA 4AHUA 3F2KA 2KFNA 2CGKA 4Z4EA 4DTXA 1NGDA 4CGHA 3LP2A 3HT3A 1D9FA 1YVNA 3A5NC 1IBLK 1KVBA 4B9TA 4C1NI 1B9FA 3LDNA 1VSEA 2EWSA 3V9SA 1UWBA 4IXCA 4CESA 5M1NA 4H5NA 3OYCA 1C1CA 1XI1A 1QQNA 1IO2A 4M3RA 4DV6K 2HHTA 3DWLA 1TAQA 1RNHA 1ILYA 3DXMA 1RDDA 4M41A 1TKTA 2E2OA 1L3VA 3W3DA 2UXCK 5AQTA 4AHRA 2VQFK 4CEQA 2QTDA 4CZEA 4CJVA 4DV1K 3J81O 3TAEA 2ZF5O 1UOCA 3QB0A 1NK8A 1S5JA 3AARA 4EAHD 3U6FA 1VSHA 4DR2K 1HYZA 2X6NA 4JRPA 5HBMA 1VQPN 3CMAN 1SKSA 2IGIA 3QMLA 4CGJA 3G71N 3IRXA 3D2EA 2DFHA 1J9AA 3V1OA 3HYFA 3CERA 4CVNE 3SUNA 2B5JA 4QOZB 4J2AA 1NMDA 4I6MB 2GX9A 5F0XA 5DM6L 1FJGK 1IV0A 4FJXA 1YUWA 3BZKA 3VGMA 1RBTA 3G6EN 5JMVA 3KJVA 3AVBA 3SK3A 2ASMA 3KLIA 2VYPA 4IJAA 3SQ1A 4OKJA 1NJIO 2FBVA 1HX1A 3AVAA 2G8WA 3PSFA 1EQYA 3NH0A 3QESA 2Z1GA 5F2RA 1EKEA 1VQNN 2HHUA 3QLHA 3THYB 1IKXA 1VRTA 1NJYA 2D0CA 4CIFA 2O8DB 3J8AA 3HOSA 4KBOA 4OLBA 3AGKA 4X64K 4CJ7A 2HB5A 5AZJA 3ZT2A 3S3MA 3F73A 1C0FA 2ZQBA 2QKKA 3F9MA 4I9LA 3VEYA 3NF7A 3HPOA 3OYNA 2FXUA 4UY8O 4EHUA 3QERA 4KHYA 5AZIB 2CH5A 4CIEA 4BC4A 4B1ZA 3OY9A 2A41A 3E01A 5KPTA 4E1JA 4B3RK 3WEEA 4CECA 3K59A 4JKGA 2D1KA 2FBXA 1NM1A 1BOTO 3K5NA 3V81A 3M6GA 2UUBK 3VTHA 3UKUA 3HI0A 1S9GA 4UQGA 5C15A 3THXA 2QEXN 3J7YP 1TK0A 2HHVA 4BRFA 3GE1A 3WNGA 3HZ6A 4DQRA 3NCIA 3RTVA 4JK7A 1N34K 1RBVA 3AAPA 4CF2A 1TK5A 4CHOA 4EIAA 4E19A 3FZHA 1JL2A 4BR7A 4CEBA 1X3MA 5C25A 4O55A 5C24A 1WN7A 3OJSA 4K8ZA 1WBDA 3T3FA 2HF3A 4FK0A 3V9XA 1TK8A 4FZYA 3AVLA 4O5BA 3L3UA 4K41A 5FDLA 1LWFA 5FROA 5BN8A 5JLFA 3MCPA 3KD5E 1YTAA 2BANA 2RHKA 1JXEA 1LAVA 4FWQA 2I5JA 1BIZA 1XHZA 3H1VX 1YJ9N 2ETJA 2D0OA 5CZ2A 3M1FA 2ZD1A 5AQJA 3IS9A 4E1MA 4BR2A 2RPIA 5KRTA 5AQXA 4A5AA 2P9UB 2O4IA 2YV0X 2P51A 2YJFA 4CEDA 4B3TK 4DSJA 5LL6Z 4C1NK 1K8KA 1J5OA 2Q1NA 3ALYA 4FCYA 2ZWHA 3LM9A 1YT3A 4KH5A 3H3NO 2R7YA 3O1BA 3HJFA 3WNFA 1ZBUA 2EHGA 3WXJA 4FJJA 3BGRA 3L2UA 3VQ7A 4CFCA 4I6MA 1C0TA 3TAPA 1IKVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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