4YDUC

Crystal structure of e. coli ygjd-yeaz heterodimer in complex with adp
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 74
structure length 230
sequence length 230
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yduC02
4DB3A 4GNIA 5KQ8A 2E88A 1NGGA 2D0PA 2FSNA 2IVOA 3VGMA 3FE1A 5EXWA 4H0OA 4BC3A 4BR4A 2QWMA 2ASPA 4BRPA 2YJFA 4F9OA 2CGJA 3EL2A 1T44A 4ISEA 3JXUA 2YHYA 1XUPO 3CI5A 4A2AA 3VENA 5AQYA 1GLCG 3U9ZA 3IFRA 4WQ4A 2V52B 2W41A 3BUZB 2P9KA 4C23A 5BN9A 5KPRA 3VGKA 4BREA 3VF2A 1QQOA 2Q31A 3CIPA 3LDLA 3EZWA 1HPMA 4H03B 1LCUA 3GOIA 1MA9B 3MCPA 1BG3A 5BREA 1R59O 5BPNA 3ENOA 3BP8A 3QICA 5BPMA 3FZFA 1NGEA 2NZTA 3S41A 1NM1A 3ATVA 5AQZA 1ZC6A 2QM1A 1HJOA 3UKUB 4EAHD 5AQTA 1WOQA 3DAWA 1DEJA 4BROA 5FPNA 3MMVA 3WXKA 2EWSA 2A5XA 4ISGA 1JCFA 1IJJA 2VWBA 4AM6A 2QWPA 1BDGA 3B8AX 3GBTA 4GY2B 4BGAA 3ZX2A 3LDPA 4HTLA 4BR5A 5ELZA 3ZEUA 1GLDG 4EHUA 1XQSC 3CERA 2E1ZA 2HOEA 3AY9A 3O80A 2P9UA 5AQPA 4JNEA 3WEEB 4BRGA 2FSKA 1NGFA 3U8XA 2VYPA 2KHOA 4BVPA 4CZMA 2UYTA 1G99A 3R9PA 4B1WB 2P9LB 3FZMA 3SK3A 1Z05A 3VF6A 5LJVA 2P9SA 4JN4A 1K8KB 4O5FA 3WXIA 1NMDA 3A8YA 3CJAA 1K8KA 5AZIA 3ZETB 1NGBA 5BPLA 3DWLA 5I9EB 3QFPA 5F1XA 4AM7A 3H6EA 5B8HA 3TPQA 5TKYA 4FWSA 2FF6A 2J4RA 2PBDA 1KXPA 1RFQA 1HKBA 5EY4A 2ZWHA 1U6ZA 1U2VB 1D4XA 4H0TB 2Q97A 5AQXA 1NGDA 4FWQA 4PKHA 1KAZA 4CZEA 4JHDA 1BWFO 1YVNA 3C7NA 4I6MA 3VOVA 2Q1NA 1Y64A 2QWOA 4J8FA 3RSEB 5AFUA 3D7EO 2DPNA 5AQNA 5EX5A 4H5WA 2IVPA 3W0LA 3O6WA 1QQMA 1BA0A 2P9NB 1BU6O 1TUYA 3DXKA 4BC4A 4BR2A 1T6DA 2ZF5O 4JAXA 4NO7A 4Z94A 1OKJA 4QS9A 3BF1A 1T6CA 4FWKA 4A61A 3EKUA 2WUSA 3MN9A 3SMSA 1NGHA 5AQRA 3WXLA 4RTFD 2F9TA 4BRHA 3DJCA 1ATSA 3CJ7A 1ZBSA 3SJHA 3L0QA 3D2EA 2P9IA 4B1YB 5F2RA 3HM8A 4FL9A 1WUAA 4BRNA 2FF3B 4LC9B 4XH4A 2Q0UA 1MWKA 1BOTO 1RGIA 1NBWA 4EFHA 1C0GA 4H0XB 3UKRA 1SAZA 2P9KB 2YHXA 3VPZA 4EIAA 5KPTA 2V51B 4DQ8A 5AZJA 1CZAN 3CQYA 3FZHA 1LOTB 4B1ZA 4H5TA 2YI1A 1J6ZA 4CZLA 4YDUA 4JD2A 3HBTA 3BEXA 4WQ4C 4H5VA 2HF3A 3A5LC 3F9MA 2E8AA 4FSVA 5KPZA 2H3GX 2HMPA 2CH5A 3CETA 4BR7A 1YXQA 3GL1A 4FWLA 3VESA 1ESVA 4IWVA 4YDUC 1GLJO 4BRFA 1QQNA 4BRKA 2FLOA 2Q2RA 3FR0A 4CBXA 4CI6A 4M7YA 2GELA 4QS7A 4FO0A 4B1VA 1HLUA 4BQLA 2E20A 4DHYA 3WQUA 3ZEUB 1DKGD 1YAGA 1Z6RA 2YJEA 2P9UB 3ENHA 4BRAA 5JLFA 3U4LA 3G25A 3VEZA 1HKGA 4A62A 1GLAG 3O8MA 5AQKA 4CZIA 3DXMA 3ID8A 3WUHA 4RWTA 5ADXH 1KAXA 2A6AA 5AQMA 3O1WA 1HUXA 3UB5A 5BRDA 2P9SB 2AP1A 4CJ7A 3FLCO 4XH1A 2ASOA 4BRLA 1S22A 5LY3A 5E26A 3QMLA 3EO3A 5BRFA 1HKCA 5AZIB 4BRMA 3IDHA 4BQZA 3IUCA 3BF3A 5EOYA 3WXJA 4BVOA 4H0YB 3H45C 3MDQA 5BRHA 4KBOA 1X9JA 4QS8A 4FPAA 4O8KA 5AQQA 4BR0A 3LM9A 5KQDA 4WYBA 3H46O 3CHWA 3O5BA 3LM2A 4JHDB 2IVNA 3C7NB 4I6MB 2CH6A 2QWQA 2NRHA 4H0VB 3CQXA 4B9QA 1H1VA 1E4GT 2VCPA 1NGAA 3P4IA 1V4TA 3A5MC 3FZKA 4FOIA 4NB4A 3ULEA 2I7NA 4PL7A 2A42A 4FWNA 4BC5A 2E1YA 4FWRA 3DXKB 4BRIA 2AA4A 3I8BA 3C0BA 4FWOA 1BUPA 3QFUA 1QZ6A 3EN9A 3EKSA 3LDOA 5AQFA 1TYQA 1P8ZA 3KZBA 3TU5A 1BO5O 2D1KA 2NLXA 3D2FA 2V7YA 4IZ9A 5FPEA 1QZ5A 2HF4A 2P9PA 3LDQA 3MN5A 2FXUA 5AQHA 4BRCA 3D2EB 4IJNA 2P9IB 4B1UB 4BR9A 5JMVA 1RDWX 3HSCA 3AARA 3QBXA 4MO4A 4WQ5A 3H1VX 2YHWA 4FOEA 4CZJA 4FPBA 4FWMA 3CJ9A 4M7XA 1Q18A 4MLEA 3UKRB 1DGKN 5AQWA 2V7ZA 3U9DA 3VEYA 5AZJB 4K41A 5AQSA 1ATRA 1S3XA 2GWKA 2YCHA 4E1JA 1NGJA 1BA1A 4WQ5C 2D0OA 1C0FA 4FWPA 4JD2B 3H1QA 2QWRA 4H5RA 2I7PA 4BC2A 4MLHA 3VGLA 3HTVA 1E4FT 1HX1A 3I33A 4CZKA 2E2NA 1SZ2A 3VEWA 2GEMA 2ASMA 4H0PA 1NGIA 3FFKB 3MN6A 1QHAA 2QXLA 4ISFA 1GLBG 5AQLA 2ZGZA 4CZFA 3M6GA 4BRDA 3VERA 4XH5A 3CJ1A 2OANA 5AQOA 3GDQA 4PL8A 3WQTA 3H3OB 3WT0A 4IJAA 3O4WA 3QBWA 3ZX3A 1NLVA 1NWKA 4PKGA 3J8AA 5AQGA 3VETA 3L4IA 4CD1A 4IXCA 3CJBA 4PKIA 3QDKA 3QB0A 3VEOA 3DXMB 3GG4A 2CGKA 2QWLA 4K43A 3M1FA 3O08A 1NGCA 4CBUA 2ITMA 3UKUA 3VEVA 5AFUH 3A5OC 1MDUB 5AQVA 1V4SA 5LJWA 2E2PA 4Y0WA 3UE5A 3L6QA 1TUUA 1X3NA 2GUPA 3IMXA 2A41A 5E84A 1EQYA 1MWMA 5FPDA 3WEEA 5CE3A 3VF4A 2PAVA 5BR9A 1GLLO 1KAYA 1IG8A 2A40A 3KHYA 2CGLA 1YUWA 4BG8A 2BUPA 3AAPA 2D4WA 4DCHA 3HI0A 5BN8A 5AQIA 5FPMA 2P9LA 3O1BA 4EHTA 2Q36A 3ATUA 3MK6A 3LDNA 5F0XA 4K25A 1JCEA 1SQKA 2IIRA 1ZXOA 4RCHA 5AR0A 5EVZA 3FGUA 2E2OA 4K42A 3ULEB 2GTDA 1JCGA 1GLFO 3VEXA 3ZX0A 3HZ6A 3W3DA 2BTFA 3A0IX 2ZGYA 5JICA 2E2QA 3ZETA 3H3NO 3R8EA 3SLCA 4L3QA 3GE1A 2A3ZA 3FZLA 4BG9A 3CJCA 4IO8A 2FSJA 4XEIA 3LL3A 3KVGA 4M63C 3A5NC 2GWJA 4A2BA 5JLHA 3AAQA 1TYQB 5AQUA 1U2VA 2QW9A 5AQJA 1ATNA 4CZGA 3OHRA 3D2FB 4HWIA 4BRQA 2P9PB 5ADXA 2QWNA 3MN7A 3M3ZA 3RSEA 1X3MA 4MO5A 4B1XB 4CBWA 4CZHA 3R6MA 4H5NA 2F9WA 2P9NA 1GLEG 2W40A 3SMPA 1XC3A 4CD3A 3JS6A 4BGBA 2Q0RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W5RA 3I0SA 3ZSOA 2D0PA 1BI4A 3C6UA 3VGMA 1XNQK 2QWMA 3OYMA 4CEQA 4BRPA 3RR7A 4W5NA 2CGJA 4DSJA 4WCEL 3CCLN 2B5JA 5KI6A 3OYKA 4FJ7A 3AVNA 1XUPO 3CI5A 3VENA 4C8NA 2NRRA 3IFRA 2V52B 3K5NA 2W41A 3BUZB 4C23A 4F4KA 3KWIA 3VF2A 2OPRA 1IBMK 1NK0A 2Q31A 2PY5A 1HQUA 3CIPA 3VA0A 3LDLA 4DFMA 3QO9A 1MA9B 1WLJA 1YT3A 3MCPA 4GW6A 3ENOA 3BP8A 2O8CB 3C65A 3KD1E 1IKXA 3HO1A 5BPMA 1JLAA 2RN2A 3AVIA 5M1OA 3ATVA 5KRSA 5AQZA 1ZC6A 3K0SA 1FJGK 2BANA 3DAWA 4BROA 3ZT3A 5FPNA 2A5XA 1ITGA 1VSDA 2D0AA 2KLAA 1BDGA 3B8AX 3GBTA 5C15A 4BR5A 1ASWA 1GLDG 3AY9A 3WEEB 2FSKA 5GAHP 5HBMA 4DR7K 1NK4A 4BVPA 4CZMA 4NXMK 4O44A 2UYTA 4WE1A 3I0RA 3OJUA 3FZMA 1Z05A 3VF6A 2NNWA 4NLBA 4LF8K 3C95A 3CG7A 4IFVA 1K8KB 3ISNC 4E89A 3WXIA 3CJAA 5AZIA 3ZETB 4JRQA 1NU0A 1RT7A 1JL1A 4FJJA 4AM7A 5B8HA 1ZBLA 4GKJK 5TKYA 5JVHL 2FF6A 2J4RA 2PBDA 4OKJA 1D9FA 5EY4A 3PV8A 4BE2A 1K8AO 1KAZA 1WSIA 4CZEA 2O8BB 1S6QA 1VSMA 2WOMA 4JHDA 1YJNN 1BWFO 3C7NA 4OGEA 1NK8A 3M8RA 1SUQA 1B92A 1Y64A 3RSEB 3TWHA 4F2RA 4A59A 3D7EO 1EKEA 4B3OA 4ZHRA 5GIOA 4JI6K 3NE6A 1ZBHA 1QTMA 1EETA 2NRXA 3CF5L 1T6DA 3CCUN 3RMBA 3B6PA 1IO2A 2ZF5O 4NO7A 4Z94A 4QS9A 1U48A 2UXCK 3CM5A 3BF1A 4A61A 5M1QA 1Q9XA 4FW1A 5AQRA 2F9TA 3DJCA 1NNEA 3QIPA 4CERA 4CFDA 3CFOA 4ID1A 2ZM6K 4IEIA 1TKZA 4EZ9A 4N56A 4QOZB 1BOTO 2E6MA 1NBWA 4H0XB 2P9KB 4DLEA 2YHXA 4Q0BA 5KPTA 3WNGA 3DRRA 4KV8A 3DM2A 3FZHA 3J7YP 3NGIA 5C12A 1YIJN 4CK1A 4CE9A 4ELUA 2YI1A 2W6KA 1Z25A 5EU7A 4YDUA 2XHBA 4FLZA 4FVMA 4H5VA 3V9SA 2HF3A 3F9MA 3HXMA 2E8AA 4DTJA 2H3GX 3CETA 1KLNA 3HJFA 3VMFB 1GLJO 1ASVA 1BQNA 2B4JA 1IH7A 5DK5A 4YNQA 5HROA 1RDDA 3DRPA 5GAGP 4FO0A 1TK5A 3NH0A 2E4LA 3SPZA 1XWLA 1X9MA 4DHYA 4ZTJA 3KD5E 2AJQA 4KB0A 1DKGD 1YAGA 1Z6RA 4CIGA 2ITGA 5JLFA 1HKGA 2ZJQL 1IBKK 3ID8A 1EWQA 3WUHA 3HVTA 2QKKA 3KWGA 4RWTA 2HSTA 5ADXH 3O9SA 2A6AA 3AVJA 3O1WA 2JWKA 2P9SB 1XMQK 2AP1A 1T8EA 3F73A 4EZ6A 5LY3A 1VSFA 3D6RA 3ALYA 4DKWA 4O5BA 2F7TA 4UY8O 3VQ8A 5BRFA 1HKCA 1JLEA 4CJFA 1C1AA 1NOZA 2O4IA 3CYMA 4LH4A 3BF3A 5EOYA 3NMUA 4H0YB 3SUOA 1U4BA 4GV3A 1HYSA 1NKEA 2WONA 5KQDA 2P5GA 2IVNA 1RDAA 1OH8A 2QWQA 4B9QA 3WXMB 4DU4A 4J2BA 4DQIA 3IRXA 4XIUA 2HVIA 1JLQA 2E1YA 4FWRA 4DTPA 3C6TA 5HLFA 2AA4A 3I8BA 4KAZA 3EN9A 1VSLA 4E19A 3KLGA 4LF6K 2NRVA 3KK7A 4AHRA 3KZBA 3OYDA 3L2RA 2D1KA 2NLXA 3SBTA 3D2FA 4RW6A 3JYTA 5AQHA 1QZ5A 2HF4A 2P9PA 1YF5L 3D2EB 2P9IB 4BR9A 1RDBA 2VQEK 5CR4A 1RDWX 2XY5A 4ZTFA 2YNIA 4MO4A 3K59A 4WQ5A 4W5TA 4E7JA 2YHWA 3V9XA 1KVAA 3TR8A 4FWMA 4M7XA 4CGHA 4M45A 5AQWA 4W5QA 4J2DA 3VEYA 2JGUA 5AQSA 4AILC 4O4GA 1SKSA 4FM1A 2UXDK 4JD2B 3H1QA 2QWRA 4BC2A 2BH1A 2WFBA 4MLHA 4BE1A 1UA1A 2BGGA 1L3VA 1SZ2A 3VEWA 4NYNA 2ASMA 3MN6A 1QHAA 4CJEA 3SUNA 4DV3K 1T7PA 3C6HA 4X66K 1T03A 4X64K 4ISFA 2ZGZA 4CZFA 5SZTA 3Q7CA 1NJZA 3VERA 3GDQA 3H3OB 4DR2K 3CXCM 1XC9A 1NWKA 2IAJA 2A1SA 3VETA 2VG7A 3CJBA 4CJRA 3ZT1A 3T7ZA 4CF8A 5C10A 1VRUA 2QWLA 4K43A 3BDPA 3M1FA 4CFAA 3CPEA 1TGOA 2DFFA 5JVGL 3ZSXA 3VEVA 3A5OC 4DR1K 3HOTA 4IFYA 4JI8K 3V9ZA 1TUUA 1LWEA 2GUPA 1Z26A 3NGYA 3IMXA 2QI2A 4U67L 3MEEA 1LW0A 2WC9A 3D45A 3PX0A 4OO1J 4HCBA 1MWMA 4KTQA 1C0UA 4RW8A 2YNHA 4CHOA 1WAJA 4CJPA 3ASMA 3SCXA 1YTUA 4LF5K 4DR4K 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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