4YNQA

Trex1-dsdna complex
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
231
structure length
227
Chain Sequence
TLPHGHMQTLIFLNLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASNGSRKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYGT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
publication title Exonuclease TREX1 degrades double-stranded DNA to prevent spontaneous lupus-like inflammatory disease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three-prime repair exonuclease 1
total genus 69
structure length 227
sequence length 231
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2015-03-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ynqA01
2JLEA 2IGIA 4QAGA 5JS2A 4CJTA 4FZZA 4DTPA 1KSPA 3M8PA 3OYCA 1BQNA 5CZ1A 3PY8A 3KD5E 4B9SA 3LP2A 4H8KA 1NK5A 4DFPA 4M3XA 4DFJA 1JLEA 1D9FA 1U48A 3RRHA 4BACA 3TR8A 4GVMA 3QEWA 1CZ9A 1SL0A 2ETJA 5FRNA 3TI0A 4PUOA 2HHSA 5HRSA 1BGXT 1RDAA 4CEZA 1JLFA 1XWLA 3S3MA 1DLOA 1VRUA 5FROA 3NH0A 1NK8A 3NF9A 4Z4FA 1HNVA 4CE9A 1IG9A 3AA3A 1C0MA 2B6AA 3HVTA 1WN7A 4CEFA 4W5OA 3PUFA 1GOBA 3L2QA 4JS4A 2E4LA 3V1RA 4CK2A 4IG0A 2FBTA 2Z1JA 4GW6A 3TAQA 1WSIA 2HB5A 3KKSA 1B92A 5KTQA 1JL1A 3C6UA 1QQCA 3DM2A 1C0UA 4AILC 1SUQA 2OPPA 4E7JA 4FK4A 3DI6A 4DSKA 1DTTA 4H4MA 1LW2A 2D0CA 2YKMA 4M3TA 3HSTB 2HHWA 3AA5X 1NK0A 1QSSA 4FYDA 1LAWA 3HYFA 1UAXA 1S1TA 4FLWA 3NAEA 3QNOA 4N41A 1BHLA 3LZIA 2OPSA 2A1SA 3AO4A 2VG7A 2NUBA 3U3GA 1D9DA 2GV9A 4CEQA 1W9HA 3HPGA 4DQQA 4E3SA 1VSDA 4XIUA 4PWDA 4FJJA 3ZSVA 1S1XA 3OVNA 2DFFA 4RW9A 2KQ2A 3AO2A 1BIUA 1X1PA 1RILA 3LP1A 2ZE2A 1T05A 1VSEA 3WNEA 2EHGA 3LP0A 3AVHA 1HPZA 2D0BA 4FLYA 4OKEA 4W5TA 1TK8A 4DTRA 4CF0A 3DLKA 2KTQA 3DOKA 3TAFA 3CFOA 4CGJA 2HVIA 2HNYA 3LDSA 1X9WA 3THVA 2GBZA 1Z25A 4OKKA 3BGRA 4BDZA 2G8KA 3AVFA 4LSNA 3V1QA 3H08A 3RTVA 2X74A 1RTIA 1TK5A 2QK9A 4L8RB 1RCHA 4Z4EA 4Y1CA 4F3TA 4KHUA 3F9KA 4O5BA 4FJGA 5T7BA 3AVGA 1LV5A 2OA8A 3SQ1A 4E0DA 1C0TA 3ZSZA 4CGDA 2Y1JA 2YHBA 1RDDA 1VK0A 2G8IA 2YHAA 2Q3SA 4CJLA 4ID1A 4CHNA 4R5PA 2VWJA 4FCYA 4C8LA 1WSFA 3NFAA 4DSEA 4H4OA 3DRSA 5HBMA 3AVKA 4CJ3A 1SKRA 1KVAA 3NGYA 3MXMA 4CJUA 3I8DA 4KHWA 5HRNA 3K2PA 3LZJA 4CJFA 4MQ3A 1JLCA 3T19A 3K58A 4G1QA 4DFKA 3DYAA 2PYLA 4FXDA 4IFVA 5FDLA 3VQEA 3WNHA 3NH2A 4DS4A 4E89A 2QKKA 1NKCA 3ZT0A 1HYSA 3O3FA 2Z1HA 1RBTA 5E41A 4RW7A 4M3ZA 1VSLA 1U4BA 1NK9A 5I3UA 3LPUA 1RTHA 3M8RA 1JKHA 5CY4A 3TAPA 4I9QA 3NBPA 1QSLA 1T7PA 3QEXA 3OYNA 2HMIA 5J2NA 3T3FA 1SL2A 3DRPA 1Z26A 4DFMA 1BCMA 3QETA 1XI1A 3VQAA 3TWHA 4B9LA 4CJ4A 2G8UA 4IKFA 1S9EA 4KTWA 1QHTA 1BI4A 1NJZA 1YTAA 3FFIA 3C94A 4HVJA 4EZ9A 1TKTA 2FC0A 2O4IA 2RKIA 1JL2A 2OZMA 4F3OA 4CIEA 1KLMA 4PY5A 3MEGA 3TAMA 5J2PA 2XY5A 3L8BA 3DLHA 3SPYA 3KTQA 3ZSQA 4CHQA 1HJRA 3OYLA 1JXBA 3ZT3A 1EP4A 4EP4A 4M45A 2HHTA 4W5QA 4LSLA 3IS9A 3S3NA 4B9VA 2BDPA 4FLUA 3CFPA 1WNSA 3QO9A 3HXMA 3F73A 3SZ2A 1NKBA 4B9TA 1J9AA 3QEPA 2D0AA 2BANA 3LPTA 1C1BA 4O55A 1KFSA 2Z1IA 2G8HA 2P1JA 3AO3A 3RR8A 2IS3A 4JLHA 3QIOA 4FM1A 1L3SA 1HRHA 2ATQA 2DFHA 3VQ9A 3AVMA 3LWMA 1T03A 2BGGA 4JRPA 2E6LA 3CYMA 1J5OA 3SNNA 4DTUA 3DLBA 3NF6A 1SKSA 1Y97A 1X9MA 2IC3A 4F8RA 4FJNA 3ZCMA 2HNDA 3ULDA 1YTUA 4QCLA 3OY9A 1GOCA 3QESA 4KHYA 4QOZB 1UWBA 4ICLA 2E6MA 4CGIA 3K5NA 1RDCA 4O0JA 3CM5A 3RR7A 4ELTA 4LH4A 1RT5A 1C1AA 3SUOA 5HLFA 3IRXA 1U04A 3A2FA 3BDPA 3VQ6A 4B08A 5DK5A 4DU4A 3LALA 2PYJA 1CXUA 1FK9A 4KB1A 2OZSA 5C25A 1L5UA 4FLXA 1NOZA 4CJSA 4FZYA 2IAJA 3NGIA 3KLHA 4FM2A 1HYVA 1NK6A 4HUEA 1Q9XA 1RBRA 4O0IA 4ZTFA 4KTZA 4AHVA 2G8VA 2Z1GA 4OVLA 1QE1A 1TAUA 1REVA 4DG1A 5CYMA 4CECA 4DU1A 3PO4A 4CERA 5J2QA 2ITGA 3K5LA 3AVIA 2G8FA 1S6QA 3U6FA 5JS1A 3NGZA 2XRIA 3RMBA 1L3VA 4GMJB 3VQ5A 1NJXA 3NF7A 4BDYA 2JGUA 4NCBA 1KFDA 4KI6A 4FJ9A 3DOLA 5KRTA 5EU7A 3SQ0A 3HP9A 4RW8A 2PZSA 5D3GA 3SI6A 3AO1A 4FJHA 3OYKA 4FK2A 4CK3A 2Y1IA 4OGCA 3V1OA 4FJXA 3PX6A 3MXIA 4CJKA 1KVBA 3MEDA 4CJVA 4ZTJA 3RRGA 3V9XA 4NYFA 3KLEA 1A5WA 1ASUA 1EXQA 4BDPA 1L3TA 1JXEA 1IKWA 3QEIA 4Y1DA 4CHPA 3PV8A 3L2UA 2HNZA 1WSGA 3AA4A 4OKJA 4LD0A 3OYDA 3NHGA 3AVCA 5KRSA 3K57A 1I39A 3D45A 4K8XA 4EZ6A 4KAZA 3OJUA 3LWLA 2KFNA 4OPJA 3OYBA 4N76A 1VSMA 1RTJA 4CEDA 3DLEA 4CGFA 2OPQA 1J53A 3ZSXA 1SKWA 4OLAA 1YVUA 2XY7A 4DSFA 4CHZA 4KI4A 3MXJA 4OJRA 4KHQA 1HYZA 3SPZA 3WNGA 4OGEA 3KJVA 2FBXA 3HT3A 1RT7A 2X6SA 3O4QA 2XO7A 4CEEA 2PY5A 3EZ5A 1JLGA 3U3YA 4Z4IA 4DLGA 2R7YA 4DQIA 3KLIA 4CF8A 4CEOA 2VG5A 2OYQA 5FRMA 1G15A 4O4GA 3AVBA 4FJ8A 4CESA 4PA1A 4C8NA 3L2WA 1N6QA 1IKVA 1BI4B 4CEBA 4CCHA 1VSJA 2YNIA 4DTXA 1CXQA 2P5GA 2HHVA 2KFZA 1KVCA 3TAEA 3VN5A 3S3OA 1GOAA 4Z0UA 4Q0BA 3ALYA 1HQUA 1C6VA 4NYNA 1FKOA 1ZBIA 3O4NA 1IH7A 4CGHA 4WE1A 1VSHA 1TKZA 4HUGA 5J2MA 1FKPA 4KB0A 3OS2A 3S9HA 1JLBA 3DRRA 3AVAA 4HCBA 4Q5VA 3V4IA 4EP5A 1ZBHA 3M8QA 3TARA 3VQ8A 4DU3A 5KGWA 4M41A 1K6YA 1IKYA 3RMAA 3EY1A 1A5XA 3NDKA 4I2PA 4YFUA 4CIGA 1BCOA 3RMDA 4BWJA 4KTQA 3V9ZA 4DQPA 3LAKA 4CF1A 4E7KA 2X78A 3JSMA 4CJRA 3ASMA 4KKOA 4RG8A 3OYJA 4NCGA 4DTJA 1TL3A 3ITHA 3NE6A 2FBVA 3WNFA 1R0AA 1TKDA 5HP1A 1S1WA 1QS4A 4AH9A 2P51A 3HL8A 3AVJA 1J54A 1EKEA 3PO5A 2HHQA 4RW4A 1WSEA 4CF9A 4DMNA 3M8SA 1B9DA 4B8AB 4AHSA 3L3VA 4KV8A 2GUIA 4CF2A 4I9LA 1LWCA 3PX0A 3VQ4A 1RTDA 3SCXA 3SV3A 3TABA 3L2RA 1NKEA 3LP3A 4FJIA 3ZSRA 3NH1A 4J2AA 2YNGA 4AHTA 4DS5A 1NK7A 4FZXC 4FJ5A 3G0ZA 1Q8IA 3VA3A 2RPIA 1RT4A 1VSIA 3HPOA 3ZT2A 4AHUA 2QXFA 4C8MA 4FVMA 1RNHA 5J1EA 4BE0A 4DSJA 4DWIA 2ZD1A 3QIPA 4KREA 1CLQA 2O4GA 4ID5A 3V6DA 1SL1A 4OLBA 4Z4CA 4N5SA 4FLTA 2YNFA 3E01A 3O3HA 5I42A 4FJ7A 2DTUA 3VQCA 2F8TA 1N5YA 1WAJA 4E7HA 4CFAA 3I0SA 1NOYA 4N47A 5SZTA 4DTOA 3RWUA 1LW0A 5HRPA 5SWMA 4DF4A 3SQ2A 4HUFA 1I3AA 1X9SA 4PQUA 3B6OA 3ZSOA 3ZSYA 1BIZA 1S6PA 3DLRA 3HPHA 3QINA 4FW2A 4C8OA 3VA0A 2XY6A 4F2SA 2WONA 2D5RA 4B9MA 1NJWA 4HHTA 1RDBA 1VSFA 1YT3A 1TAQA 4CFBA 1VSKA 3K59A 3SV4A 1RBUA 3V81A 3OJSA 3EYZA 1RBVA 3MAQA 4B3OA 4CGGA 4KHSA 2IOCA 2OPRA 1C1CA 4ZHRA 1DTQA 1EETA 2AJQA 3SUPA 3P83D 1D8YA 1BQMA 1QTMA 2HHUA 3JYTA 4FM0A 3V9WA 3DLGA 4J2BA 2B4JA 4AHCA 3KLGA 3AO5A 1CZBA 5CZ2A 3L2VA 1TL1A 3UIQA 2WOMA 1TVRA 4AHRA 1RT3A 2HVHA 3AV9A 4IFYA 2KZMA 2I5JA 4FJMA 4B9NA 3V9UA 4W5NA 1Q9YA 4IDKA 1UA1A 1S1UA 4DQRA 1ZBLA 1RT2A 4I7FA 3DMJA 4DTMA 1SV5A 4F4KA 1T8EA 3AVNA 3VQPA 1HQEA 3VQDA 4CJPA 3HM9A 1NK4A 4CJEA 4CFDA 2LSNA 1WLJA 3IG1A 2F8SA 1TGOA 4KFBA 3T1AA 1BL3A 3O3GA 4HCCA 1W0HA 4BE1A 4FLVA 3ZT4A 2RN2A 1RBSA 2A1RA 3ISNC 4ELUA 4CHOA 3MEEA 4IBNA 3OYFA 3PX4A 4IG3A 3KD1E 3OYEA 3HO1A 4CIFA 3TAGA 1LWEA 4DSIA 4J2DA 2DY4A 2VWKA 3OS1A 3K5MA 1RT1A 4M3YA 1ZBFA 4I2QA 3QERA 4M3WA 1XHXA 1BISA 4DTNA 1LAVA 1U49A 1KCFA 1WAFA 2HW3A 1HMVA 1L3UA 2YNHA 5HRRA 4YNQA 3AA2A 4JRQA 4DF8A 4FW1A 4FJLA 3V9SA 4CEAA 1JLAA 4CFCA 4N56A 4E7IA 3OYGA 3SJJA 4C8KA 5C24A 4CJ5A 3LANA 5KI6A 3HVRA 4KHNA 4FK0A 3QEVA 4KRFA 3OYAA 1WSJA 3KIOA 5CYQA 2XHBA 4E7LA 3G10A 2RF2A 2KZZA 3VQ7A 1ZBUA 2DFEA 3OS0A 3ZT1A 3KK3A 1JLQA 4FLZA 1NJYA 4MFBA 1ITGA 3SYZA 3C6TA 4UQGA 2HHXA 4BWMA 4DLEA 1TKXA 1U45A 3HK2A 3NCIA 3ZSWA 3CFRA 1KLNA 3SUQA 2VG6A 2X6NA 3OYIA 4CK1A 1KRPA 1ASWA 1S9GA 1F21A 4OPKA 2YKNA 1HNIA 3K5OA 3NF8A 4BE2A 3QNNA 1TK0A 3CQ8A 2EX3A 5HROA 4B9UA 4F2RA 1XHZA 1MU2A 2IDOA 5C42A 4CHYA 2W42A 3KKRA 3QLHA 1ZYQA 4DQSA 4Z4GA 3VQBA 2B5JA 3SUNA 1UA0A 3RMCA 1FXXA 2G8WA 4M3RA 3IAYA 2BE2A 1XC9A 2KW4A 1KTQA 4K8ZA 1ASVA 3CG7A 1RT6A 1LWFA 4B8CA 3KK2A 1U47A 2P5OA 4RW6A 3AVLA 1S1VA 1A5VA 3TANA 2YV0X 1D5AA 3SQ4A 1WSHA 1IKXA 2ZQBA 1EX4A 4LH5A 4TSXA 4JS5A 4NCAA 3C95A 3I0RA 4E1MA 5DMRA 3P5JA 2QKBA 4J2EA 1B9FA 3L3UA 4KO0A 4HTUA 1VRTA 3B6PA 3KK1A 4DTSA 4FJKA 2F96A 1IO2A 3VQQA 3HP6A 4DSLA 4M3UA 2FBYA 4CJWA 5KGXA 1O1WA 3P1GA 4M42A 3MECA 4E1NA 3KLFA 1S5JA 3OYHA 4LY7A 5K14A 3LAMA 4Z4HA 1QSYA 4O44A 3HJFA 3CM6A 4CJQA 3D0PA 4W5RA 2XY8A 3OYMA 4KPYA 1TV6A 4ELVA 1UOCA 4E19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O9QA 2IGIA 4QAGA 4NB4A 5IWAK 1QZ5A 3OYCA 5CZ1A 1P90A 4DFPA 1M1KO 2VGNA 4LFAK 2P9KB 4BACA 3TR8A 4JV5K 2ETJA 4PUOA 2HHSA 2NRZA 3S3MA 3NH0A 1X3NA 4CE9A 4RWTA 1IG9A 1BDGA 1C0MA 1NJWA 1WN7A 3L2QA 3EKSA 1X9JA 3CC2N 4GKKK 3E9LA 1WSIA 4B9QA 1VQMN 5KPZA 4BRQA 1QQMA 1LW2A 3CQYA 2FXUA 5EVZA 4B3SK 2H3GX 3MN9A 1QSSA 4FYDA 4IO9L 3HYFA 1UAXA 3FZMA 4MO4A 1S1TA 3NAEA 1BHLA 4K25A 2A1SA 2NUBA 3U3GA 1FJGK 2GV9A 1W9HA 3LM9A 4IEEA 1VSDA 3ZSVA 1S1XA 1L3VA 3LP1A 1RILA 2QWQA 4DUYK 3LP0A 3AVHA 5AQIA 4FLYA 1SQKA 4OKEA 3WXKA 4W5TA 1BA1A 3M3ZA 4CF0A 3J8AA 2GBZA 1Z25A 3CPEA 3CPWM 5JVHL 3V1QA 3H08A 3RTVA 1TK5A 1RTIA 3ENBA 5E84A 1MA9B 4WQ5A 4O5BA 2RE2A 4E0DA 1C0GA 4DR7K 2Y1JA 1RDDA 4IOXA 4MDAA 4CJLA 4FCYA 1WSFA 4CJ3A 1QVGM 1KVAA 3K2PA 4MQ3A 3HBTA 5C2FA 1EWQA 2PYLA 4IFVA 4DS4A 2QKKA 1NKCA 3ZT0A 1HYSA 2Z1HA 1VSLA 1U4BA 1ZBSA 5M1KA 1RTHA 3M8RA 5CY4A 3TAPA 4I9QA 1Y64A 3NBPA 4CZEA 3QFPA 1QSLA 3SJHA 1K8KA 1T7PA 3OYNA 5J2NA 1SL2A 5A2QO 1BCMA 1KAZA 4B9LA 1N8RO 1QHTA 5F0XA 1VQ8N 1BI4A 3VF4A 1NJZA 1S22A 3VTHA 3C94A 4LFBK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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