4YNQA

Trex1-dsdna complex
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
231
structure length
227
Chain Sequence
TLPHGHMQTLIFLNLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASNGSRKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYGT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Exonuclease TREX1 degrades double-stranded DNA to prevent spontaneous lupus-like inflammatory disease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three-prime repair exonuclease 1
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
total genus 69
structure length 227
sequence length 231
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2015-03-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ynqA01
1RTJA 5KRSA 2FBYA 4HVJA 1F21A 3OYFA 3NF9A 4CEFA 2XO7A 3DOLA 4OGCA 3TABA 3QERA 4FJJA 1BISA 3I8DA 4CJLA 2YNIA 3AVHA 2PYJA 2X78A 1SUQA 1DTQA 2KZMA 3NF8A 1GOBA 2GBZA 3OYEA 3LAMA 4CEDA 1S9EA 2BGGA 2YKNA 3ITHA 2B6AA 1TKTA 4DTUA 3ZSWA 4OPKA 2FBTA 1KVAA 3KLEA 1FKPA 3BDPA 3V9XA 1S9GA 1QTMA 4YNQA 4FK2A 5KI6A 5HRNA 4BE1A 3HT3A 2B5JA 4CJKA 3O3FA 3RTVA 4MQ3A 3PO4A 4AH9A 3BGRA 4CEBA 1HRHA 3DRPA 4KO0A 3VA0A 4KTZA 1EP4A 1C1AA 2B4JA 3D45A 3HVRA 3SQ2A 5CYQA 1B92A 3TWHA 4DTMA 4HTUA 3QEWA 4CGHA 3RMDA 1LAWA 4Z4GA 4FJIA 2E4LA 3WNEA 4DTXA 4KB0A 3TAGA 4C8NA 2ZD1A 1IH7A 3LZJA 4H4OA 4YFUA 1RBUA 3TAQA 3K2PA 3LP2A 4NCGA 4FM1A 1HYSA 2Z1GA 1Z25A 1QE1A 1NJXA 1IG9A 3E01A 4E19A 1WAFA 2P51A 3V81A 2DFFA 3IS9A 4IBNA 4FM0A 4FJXA 4DTPA 3KLHA 4CHQA 2LSNA 3P5JA 3D0PA 4DTNA 3QO9A 3S3MA 4OGEA 4NYNA 3DLHA 1RTHA 3B6PA 3ASMA 1X9MA 4FJHA 4HCBA 1C0UA 1S6QA 4CF1A 3OJUA 4BACA 4W5NA 2F96A 3SCXA 3V6DA 1KLNA 4BWJA 1S6PA 3LAKA 1S1UA 5HRSA 2P1JA 1YTAA 3L3VA 3AV9A 3ZT2A 3NF6A 3VQPA 4CIEA 2HHQA 1RT3A 4FCYA 4DLGA 1ZBIA 3EZ5A 1BGXT 2ZQBA 3K59A 3SJJA 1IKYA 1CXUA 1RBTA 2WOMA 3SUOA 4CFDA 2G8UA 4I9QA 3AVMA 3O4NA 3CFOA 2YNFA 3TAMA 5DK5A 3T19A 2YHBA 1HPZA 1RT1A 4OKJA 3T1AA 4IFVA 3V9ZA 1JL1A 5J2QA 4DF4A 1U47A 4KI4A 4J2DA 1LV5A 2OPSA 3OS2A 1QQCA 1HYVA 4FW2A 1ZBHA 3HPHA 1VSDA 3DLEA 3KIOA 3ZSYA 1JLQA 4CFCA 4M41A 4CE9A 2YKMA 3NBPA 1SKSA 4FJLA 3V9WA 2G8HA 4QAGA 1RBSA 3TAPA 3WNGA 5KGWA 3ALYA 1C0MA 2OPPA 4CFBA 4MFBA 2HNDA 4W5TA 3O3GA 3NE6A 4DTJA 4B9TA 3QEVA 4ELVA 2D0CA 2RN2A 4E7KA 4CCHA 4DQRA 1RILA 4AHSA 3CM5A 1XC9A 1X9WA 1BCMA 4O55A 4M45A 3VQ6A 1BI4A 3KTQA 3DRRA 5C25A 2HNZA 4Z0UA 4CJQA 1K6YA 3IRXA 4I7FA 3AO4A 4CERA 1YTUA 4FJMA 1KVBA 4KKOA 2F8TA 1NK8A 1ZBLA 1TV6A 3LWMA 3KD1E 3QLHA 4KHYA 1U45A 3S9HA 1CXQA 1SL0A 2YNGA 3ZT0A 4O0IA 3SZ2A 4BE2A 1Q9YA 1RTDA 3TAFA 4ZTFA 4CGJA 4M3RA 1VRUA 2IDOA 5JS1A 1Q8IA 2HHSA 1VSIA 2BDPA 3LALA 5CZ2A 3VQCA 1YVUA 3ZSRA 3HP6A 3NCIA 3V4IA 3TI0A 3K5NA 2DTUA 1C1CA 4DQPA 3RR7A 2W42A 1N5YA 3VN5A 3ZSXA 5SWMA 1NK6A 2F8SA 1EX4A 3DYAA 2X6SA 3LDSA 1TK0A 3IAYA 3AVBA 5T7BA 1CZBA 4CEAA 3RR8A 4ELUA 2IS3A 3DM2A 1JKHA 5CZ1A 3S3NA 1NJYA 1TKZA 4UQGA 4CJ3A 1KRPA 4B9SA 4OLBA 3LP0A 3SPZA 4QOZB 3ZT3A 1JLCA 1UA1A 1J9AA 3OYBA 1G15A 1RDAA 4R5PA 3LZIA 5JS2A 3SV4A 1LW2A 1B9DA 1BI4B 2OPRA 4FVMA 4CJVA 4W5QA 3MAQA 3UIQA 1D5AA 5J2PA 4NYFA 3ZSOA 2HHTA 4DFPA 4RW9A 1ASUA 2Z1JA 4CGGA 4FJ5A 2HHXA 4CJWA 1HJRA 4AHUA 3LPUA 3NFAA 3SYZA 1R0AA 2PZSA 3DLRA 3V9UA 4FK0A 1U4BA 2HVIA 3WNHA 4E1NA 3KJVA 4JRQA 3PX6A 3MXIA 4DS4A 4KTWA 1NKCA 4FYDA 3AVKA 4GW6A 3JSMA 4G1QA 1QS4A 3L8BA 4BDYA 1U48A 2YHAA 3DLKA 2I5JA 1X9SA 3HPGA 4N76A 2RF2A 4E7JA 1VK0A 4J2BA 1REVA 1ITGA 2KZZA 4O5BA 1LWEA 5HRRA 1J54A 1JXEA 4ICLA 2DFEA 2ZE2A 3OVNA 3OJSA 4DQQA 2HMIA 3ZSVA 4CJRA 3SUQA 3F9KA 4M42A 4FZXC 4CJSA 3NDKA 1WN7A 1A5XA 3WNFA 2QK9A 1D8YA 4CHPA 4EP5A 1SL1A 3KLIA 4RG8A 2Q3SA 3K5MA 4W5OA 2D0BA 4BWMA 3L3UA 1KSPA 4IG3A 4CIGA 2YNHA 5FROA 3KK2A 1WAJA 3PX0A 4CJFA 2YV0X 4Z4HA 4FXDA 4FM2A 4E7IA 3AVLA 1WSFA 3VQ8A 3ULDA 3PO5A 4AHRA 1VSMA 3OYGA 4FLTA 3HPOA 2AJQA 4DG1A 1Q9XA 4DSJA 1TAUA 1EKEA 3OYJA 1TKXA 4OLAA 1DTTA 1KTQA 4FW1A 4FLXA 4Z4EA 1WNSA 4KV8A 3F73A 1ZBUA 3NHGA 4HUGA 1S5JA 3LP1A 4C8MA 4FJNA 4FLWA 4K8XA 3CQ8A 2WONA 4FZZA 3SQ0A 4F8RA 2D5RA 1NJZA 1A5VA 3KKSA 3JYTA 3AVCA 3AA4A 4KHWA 4WE1A 5CY4A 4B9UA 3MEDA 1S1XA 1B9FA 3DRSA 3G10A 3K57A 1HYZA 5HBMA 1QSSA 3M8QA 2GV9A 2XY7A 3THVA 1QSYA 4CK3A 3K5OA 3ZT1A 3RMCA 4JRPA 1NK0A 1RDCA 4RW6A 4E1MA 5EU7A 4KRFA 5J1EA 1VSKA 3U6FA 3P1GA 3SPYA 3L2WA 4B9MA 4BDZA 4Z4IA 3AO3A 1BCOA 2P5GA 1EXQA 3L2UA 3SQ4A 4CHZA 4CF2A 2G8FA 3HK2A 1T03A 3VQ7A 3S3OA 1FXXA 1KFSA 3AA5X 4CJ4A 3LP3A 2G8VA 4N56A 1HQUA 1KFDA 4CESA 3NAEA 1D9DA 1ASVA 4KAZA 4M3UA 1CZ9A 3QETA 2OZMA 4DSIA 3HO1A 5D3GA 4FJKA 4DWIA 3NH0A 2HVHA 3B6OA 5HLFA 2O4GA 1L3UA 3C6TA 4O0JA 3RWUA 4Y1CA 2KFNA 3OYHA 4ID5A 2G8IA 2HHWA 1IKXA 1TGOA 1T8EA 2D0AA 2QXFA 1NOYA 1NOZA 1RT4A 3VQEA 3OY9A 1I3AA 3PY8A 4QCLA 4FJ9A 1GOAA 3ZSQA 4K8ZA 4C8LA 4N41A 4B08A 1UWBA 5C24A 4F4KA 3OYCA 5C42A 3AVIA 3KK1A 1KVCA 4IKFA 4NCBA 2HHUA 1L3VA 2PYLA 1KCFA 4N47A 5KGXA 4PWDA 4PA1A 3OYNA 2FBXA 2RKIA 2KQ2A 5J2MA 2XRIA 3CM6A 2IC3A 4JLHA 5I3UA 5HP1A 4HCCA 4KTQA 3L2RA 1C0TA 1J53A 1TAQA 1VRTA 3VQQA 2G8WA 2HB5A 1IKWA 4DF8A 4OJRA 5KTQA 2XY6A 4B3OA 3DLBA 2IOCA 3C6UA 3ZSZA 3QEPA 3G0ZA 3NGIA 2OA8A 1JLEA 4BDPA 3FFIA 4CHNA 3SQ1A 4DSKA 1NK9A 2ETJA 4H8KA 4N5SA 2VWJA 3DMJA 3CFRA 3MEGA 1QSLA 2Z1IA 1SV5A 3HSTB 2ITGA 4E89A 1TVRA 3AVJA 4DFMA 4L8RB 1T7PA 4DSEA 2KW4A 3OYMA 3L2VA 4DU1A 3PUFA 4B8CA 4DTRA 5J2NA 2EX3A 2IAJA 4KPYA 3AO1A 4W5RA 4DLEA 3RMAA 3O3HA 4DTOA 3AVNA 3NGYA 1YT3A 1W0HA 2QKKA 5I42A 3I0RA 4F3OA 2VWKA 3U3GA 4KI6A 4AHTA 1WSEA 4LD0A 4JS4A 4CGFA 3CFPA 1J5OA 4B9NA 3MEEA 1RBRA 3M8SA 1C6VA 3KK3A 1NK5A 1NK4A 4EZ9A 2E6LA 4GMJB 5HRPA 4Q0BA 2HW3A 4I2QA 3HXMA 1SKWA 4EP4A 1VSEA 1VSLA 1RCHA 1LWCA 4ZHRA 3V1RA 4E7LA 1Z26A 3DLGA 4AHVA 5DMRA 3OS1A 4E3SA 2Y1IA 3T3FA 3QIOA 4CHYA 2OZSA 5FRNA 1DLOA 1TK8A 4CF9A 4CECA 3HM9A 1L3TA 1D9FA 4PQUA 1NKBA 1T05A 4FJGA 1UA0A 4Z4CA 3K58A 2IGIA 3TAEA 4B8AB 1HNVA 3ISNC 3TARA 3QEIA 1WSJA 4I9LA 3P83D 3AO5A 4PUOA 4CK1A 3CYMA 3H08A 4M3YA 4FLZA 1I39A 2DFHA 4CK2A 1CLQA 2Z1HA 4IDKA 3TR8A 3VQBA 4NCAA 1FKOA 1JXBA 1WSGA 1LWFA 1TK5A 3SUPA 2GUIA 3AVFA 4CJTA 1JLGA 3SI6A 4DU4A 4J2AA 3KKRA 4DFKA 3K5LA 4KB1A 3HVTA 4XIUA 2A1RA 3QNNA 3OS0A 2JGUA 1NK7A 4EZ6A 3MXMA 4F3TA 4OKEA 4CJUA 1BIUA 1RTIA 3EY1A 4KREA 4FLVA 4CJ5A 1BL3A 1XHXA 5CYMA 4F2RA 4HUEA 1VSFA 2BE2A 1L5UA 1LW0A 4CJEA 4OVLA 3SNNA 1ZBFA 1WSHA 3VA3A 5SZTA 4RW4A 3SUNA 1BIZA 1NJWA 3LPTA 2FC0A 4BE0A 2RPIA 3VQDA 1BQNA 2PY5A 3M8PA 4ID1A 4AILC 3NF7A 3OYIA 4E7HA 2ATQA 1Y97A 1WLJA 3V1QA 3NH2A 3CG7A 1SKRA 2OPQA 3SV3A 4OPJA 3LANA 4FLYA 4I2PA 2DY4A 4CEOA 3AVGA 3V1OA 2E6MA 3OYKA 4CHOA 5HROA 4DMNA 4DFJA 1IKVA 3AA2A 1S1TA 1U04A 1HQEA 4LH5A 4J2EA 4M3TA 3MECA 4DS5A 3VQ5A 1EETA 2OYQA 1RT7A 4M3WA 4DQIA 2EHGA 1LAVA 1GOCA 4CGDA 4FK4A 1XWLA 1ASWA 4JS5A 4FJ8A 1WSIA 3NH1A 4O4GA 4Y1DA 5FDLA 3V9SA 4DQSA 3QNOA 2HHVA 2KTQA 1FK9A 3DOKA 4CEZA 3HJFA 1X1PA 4CF0A 3LWLA 4CFAA 4KHSA 5K14A 5FRMA 4KHUA 3NGZA 4TSXA 3OYAA 3OYLA 4HUFA 4AHCA 3A2FA 4FLUA 4IG0A 4CIFA 4Q5VA 4KHNA 3VQ4A 3HP9A 3KLGA 4DSLA 2VG5A 2JLEA 2NUBA 3AA3A 1UOCA 3DI6A 4FJ7A 1UAXA 2X6NA 2R7YA 2XY8A 3RRHA 2Y1JA 4LSLA 3MXJA 1N6QA 1JLFA 4DSFA 4M3ZA 4LY7A 5E41A 3KLFA 3TANA 1SL2A 3O4QA 1RDBA 3QINA 4C8OA 3KD5E 4HHTA 4KHQA 4Z4FA 3VQ9A 3OYDA 3HL8A 1TL3A 4B9LA 4GVMA 1NKEA 4O44A 3L2QA 1XHZA 1RT5A 4KFBA 3RRGA 1HMVA 3HYFA 3EYZA 1JL2A 1TL1A 5KRTA 3C95A 1IO2A 1L3SA 4FZYA 4M3XA 2QKBA 2O4IA 1A5WA 3I0SA 4OKKA 1ZYQA 4ELTA 2FBVA 4LSNA 4E0DA 3U3YA 1BQMA 1RT6A 2BANA 4CJPA 1XI1A 4C8KA 4CEEA 1S1VA 3QIPA 1JLBA 1S1WA 4LH4A 3RMBA 2HNYA 4H4MA 2XHBA 2P5OA 1MU2A 2G8KA 4B9VA 1C1BA 2VG6A 3PX4A 1RBVA 2VG7A 4RW8A 4F2SA 1VSJA 1RDDA 3ZT4A 4CGIA 2A1SA 1HNIA 2KFZA 3AVAA 1RNHA 1RT2A 3QEXA 3AO2A 2XY5A 3ZCMA 1W9HA 3VQAA 3C94A 4DU3A 1BHLA 4ZTJA 4CEQA 1U49A 4PY5A 3IG1A 1VSHA 1KLMA 1O1WA 3QESA 2X74A 1JLAA 3PV8A 4IFYA 4RW7A 4CF8A 1QHTA 1TKDA 3M8RA 4DTSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBYA 2E20A 4HVJA 2ZJQL 3R8EA 5AQOA 4FJJA 2P9PB 3AAQA 4BC2A 4PKHA 3K9KA 2YKNA 2A41A 1T6CA 1KVAA 3OA9A 4FWOA 4EHTA 1NMNA 3VEWA 3O08A 2B5JA 4CJKA 3HT3A 3RTVA 4AH9A 3BGRA 3RSEB 3VF4A 4KTZA 3DLLL 3D45A 5GAEP 5M1PA 3J81O 3RMDA 1LAWA 4FJIA 1GLLO 4MLEA 4KB0A 3CCLN 3DXKA 4C8NA 1IH7A 3LZJA 4H4OA 1RBUA 4DV5K 4FM1A 3E01A 3FR0A 3V81A 4DTNA 3P5JA 4NYNA 2E5LK 3ASMA 1HX1A 4HCBA 1C0UA 4CF1A 3SCXA 1S6PA 3LAKA 5BRFA 3TSUA 2P1JA 3AV9A 2HHQA 4FCYA 4DLGA 1ZBIA 3EZ5A 1BGXT 3ZX3A 2ZQBA 4CFDA 3QBWA 5BR9A 2QA4N 3O4NA 4R79A 3CFOA 5BPNA 1YAGA 5DK5A 3T19A 1RT1A 3TTFA 3H1QA 1HKCA 1U47A 3E66A 2P9UA 1QQCA 4FWQA 1ZBHA 5AZJA 3HPHA 1VSDA 3KIOA 2J4RA 4M41A 3NBPA 4JK8A 4FJLA 3V9WA 1RBSA 3AY9A 4BG9A 3L6QA 1NGEA 2VYPA 5KGWA 2ZGZA 4PL7A 4B9TA 1YJNN 1X9WA 3CM5A 2VQFK 4M45A 2P9LB 4JI1K 4K42A 4Z0UA 4I7FA 3IRXA 4CERA 3AO4A 3E9OA 1YTUA 1N32K 1TV6A 3ZX2A 2ZJPL 1U45A 3ZT0A 3CPWM 5JICA 3VF2A 1N33K 3CCMN 1Q8IA 2BDPA 3LALA 3VQCA 4B3RK 3MWTA 4H0XB 4DQPA 2P9UB 5JLFA 3FZMA 1EX4A 1YUWA 2X6SA 3IFRA 3ZYYX 5T7BA 1CZBA 5EXWA 4ELUA 2IS3A 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 3CMA N;  4CZF A;  4BRN A;  2E6M A;  1EWR A;  4DMN A;  4DFJ A;  3MEC A;  3G4S N;  4A59 A;  3TSP A;  3O80 A;  4JKB A;  3I8B A;  4ILJ A;  4JS5 A;  1ASW A;  3HRG A;  3WT0 A;  4Y1D A;  1GLD G;  3K0S A;  1X1P A;  1VQ6 N;  5K14 A;  5HOO A;  1BWF O;  4HUF A;  3OYL A;  1KAX A;  4AHC A;  1VQK N;  4KHN A;  4CIF A;  4Q5V A;  5LMU K;  3HP9 A;  1Y64 A;  3KLG A;  2NUB A;  4YOU A;  1BDG A;  4BRF A;  2A5X A;  2XY8 A;  4CZK A;  4LSL A;  4JKD A;  3E1Y A;  1SL2 A;  3KD5 E;  4KHQ A;  2HF3 A;  4O44 A;  2P9P A;  4MDA A;  5JMV A;  5GIP A;  1RFQ A;  3MMV A;  2NRW A;  1L3S A;  4LF9 K;  3I0S A;  3U4L A;  2ZJR L;  4A2A A;  1BQM A;  1K8K B;  1RT6 A;  4JEP A;  1JLB A;  4JKF A;  2HNY A;  2P5O A;  4AM6 A;  1C1B A;  3CJC A;  2WUS A;  2KFZ A;  4PKG A;  3QIC A;  1YF5 L;  1HJO A;  3VQA A;  3BF1 A;  5AQR A;  4JI8 K;  2YCH A;  4DU3 A;  3T1Y K;  3NVK A;  2W41 A;  2X74 A;  1ZBL A;  3NGI A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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