4YOYA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 in complex with poly-dt and mg2+ ion
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYDLSGRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLNSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/dna
source organism Pyrococcus horikoshii
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
total genus 63
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yoyA00
4YORA 4YOVA 4YOTA 4YOWA 4YOUA 4O8UA 4YOXA 4YOYA 5CHIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KTQA 1M1KO 2PAVA 2P9PB 4JRQA 1VSIA 1N36K 3Q7BA 5F1XA 1KVAA 1Q86O 3ZT3A 2P9SB 3ZEUB 4A2BA 4CZHA 4WFBL 5TKYA 1NK0A 4JEPA 3PIOL 4IEIA 2HHSA 3EY1A 1KAYA 3CCMN 4JRPA 1CZ9A 1ATNA 5T7BA 3G71N 1ZYQA 1QSYA 1HX1A 3O80A 4FOIA 3M8RA 5M1NA 1NJYA 3L8BA 3MN6A 3KKRA 4DLEA 1TKXA 2ZJRL 3I0RA 2GWKA 3SAGA 4PUOA 2QWRA 3C6HA 3H3OB 3UKRA 5AQTA 1D4XA 1BG3A 5FRMA 5M1QA 2DTUA 3NDKA 1XNQK 1ZBSA 4A59A 5AQSA 1A5VA 4DTUA 1N5YA 4DF8A 3IG1A 4Q5VA 2P9KB 1IKVA 4CFCA 3NH0A 3AY9A 3GDQA 4A5BA 1EXQA 3RSEB 3O3FA 4M3WA 1J9AA 4YOUA 1REVA 2FBVA 3OYDA 1SL0A 2G8IA 2GELA 4HTLA 4AM7A 3PSFA 1RBUA 4C1NI 3T1YK 4FLUA 4JI0K 3MCAB 4AM6A 5ADXH 4A5AA 5C25A 4FLZA 2O8FA 4C8NA 2VWJA 4DUZK 2W41A 3QETA 3HZ6A 5EX5A 3MWTA 3VGMA 4DF4A 1HUXA 1QQOA 2D0AA 2P5GA 4L8RB 2DFFA 1J54A 4E1NA 5BR9A 5JVHL 4H0PA 1QE1A 1Q81O 2G8WA 5EXWA 3PV8A 3L2RA 3WEEB 4BR4A 2ASMA 3VQCA 1Q7YO 1BA0A 3N4PA 1JL1A 1U04A 1KAZA 3TR8A 4ISGA 3F9MA 1HQEA 4KI4A 3ZT1A 4YORA 3SJJA 1QQMA 2QTDA 1HNZK 4KI6A 1ASUA 4HUEA 4I2PA 1HYZA 3VQAA 4I9QA 1C0TA 3T3FA 2VQFK 2XY6A 4B3SK 2DPNA 1ZBHA 4CHYA 1S22A 4FJ7A 1T6DA 4C23A 2XO7A 4FWRA 4BRKA 1VQPN 3KHYA 5M1OA 1TK8A 3TTCA 2YX6A 2CH6A 3SNNA 2UXCK 3L2WA 3CJBA 1VAZA 4DU1A 1WB9A 2VWBA 2NRHA 4EZ6A 4GNIA 5KRSA 5AQYA 1YI2N 4FWLA 3AGRA 4W5NA 3AA5X 2QWNA 1RTDA 2GV9A 5LMUK 4BREA 5EY4A 4K41A 2E1YA 3R9PA 2G8VA 1X9WA 2O8CB 3VETA 3CCLN 5AQQA 1SKWA 4N5SA 5KPRA 3O4QA 4E3SA 3THYA 3MXJA 1NGGA 1EWRA 3V9XA 2YV0X 4AQYK 4FZXC 1U4BA 4LFBK 4JKHA 1UOCA 2O8EA 3IKMA 1HQUA 1XQSC 1YJ9N 3QFPA 2Z1JA 2P9SA 1CZAN 1RNHA 3FZKA 2OZMA 4HCBA 1Q8IA 3IAYA 3WXLA 5ELZA 3D2FB 4EFHA 2E2QA 4Y0WA 2D0CA 4CGIA 3OBYA 1RDBA 2F8TA 1YTAA 1RDDA 2ITGA 4ISFA 5BN9A 3ZSQA 4FJ9A 4FWPA 2QWOA 4OKKA 5E84A 4AHRA 4H0OA 4DMNA 4PKIA 4BRAA 4FLYA 5EOYA 1X1PA 3CCQN 3CFOA 4FK0A 2CGJA 2KLAA 1WSGA 1IKWA 1LAVA 1ZC6A 3SV3A 5JVGL 4V19S 3ENOA 5M1PA 4B9TA 3HTVA 1XHXA 3HT3A 1SL1A 1VSFA 3HO1A 2WBNA 3KLGA 5E26A 4FJJA 1ESVA 2FF6A 4BR0A 1XHZA 3U3YA 3KTQA 1KVCA 4DR7K 3OYHA 5BREA 3M3ZA 4FPBA 3FZMA 3SUNA 2YNHA 1SKSA 4MLEA 1HNXK 3OYMA 1ATSA 1SS6A 4GVEA 4IDKA 4BRFA 3MK6A 3OYIA 2LSNA 4CJLA 5AJ3K 3LDOA 5GAEP 3NAEA 3CF5L 1KLMA 1L5UA 4X66K 2E5LK 1NNEA 1Q18A 3ENBA 2WFBA 2QWLA 3DJCA 5GAGP 3CXCM 2RF2A 2ZD1A 1UWBA 5FPNA 3QESA 1VQON 3HOSA 3P39A 4JS5A 5EVZA 5LJVA 3CQ8A 4PKGA 2OTJN 4IOXA 4X65K 4BC2A 5BN8A 3OYGA 1S3XA 1LWFA 2YHXA 3N4QA 3THWB 3VOVA 1I39A 1VSLA 4B1YB 1FKOA 3IRXA 1WBBA 1J53A 3QINA 4LF4K 5BPMA 1X9JA 1X9MA 3VQQA 2OA8A 1BA1A 1U2VA 4BDPA 1WLJA 2GEMA 1TL1A 4CERA 2P9IA 4FPAA 1NGFA 3AVLA 4Y1CA 4CEDA 2Y1JA 4LF5K 4KREA 4CZMA 1I3AA 5B8HA 1WBDA 3HJFA 2DY4A 2NRWA 4O4GA 3IMXA 3NHGA 1XUPO 2QWPA 4X62K 3WQTA 4JD2A 4FW2A 4CHZA 3GOIA 4JKGB 3UKUB 3K9KA 3VEWA 4DTRA 1NKBA 4B9SA 2ETJA 4J2AA 3EN9A 2I7PA 3AAPA 1QVGM 4CJVA 2HMPA 3AVKA 1QVFM 1NK7A 1KC8O 2YCHA 2I5JA 3DLKA 4N76A 2O8DB 4IFEA 4CJ7A 5CHIA 4DQIA 1VQ5N 1RTJA 1KXPA 2P9NA 3DI6A 1X3NA 5KRTA 2ZWHA 3K5OA 3RTVA 4NCAA 3BZKA 2HNZA 1RBRA 3TAPA 4C1NK 5TKWA 3OS2A 4QAGA 2FSNA 4FJIA 2RN2A 3EZWA 4JI5K 2P9LA 5JMVA 1NBWA 3MMVA 1E4GT 3H08A 2X6SA 3DYAA 4K25A 3KLFA 3NGYA 3ENHA 3BEXA 3GG4A 2WTUA 1GLAG 2A41A 3O1WA 4DQSA 4GV3A 5DM6L 4YDUC 2VG7A 1JCEA 3H3NO 4OGEA 4DLGA 4JKAA 3BY5A 5J2NA 4BY9C 3TARA 3CJ7A 1L3SA 2XY8A 3I55N 1OH7A 4CJKA 2PFUA 4DG1A 1XWLA 4KV8A 2A40A 4CEOA 4BE0A 1GLEG 2IC3A 2PZSA 4B1VA 5C15A 1QQNA 5CY4A 3ID8A 3AVAA 4BRLA 4H4OA 4NCGA 4CJ3A 1SKRA 3J7ZO 4XEIA 4CZIA 3OYAA 3IFRA 4W5TA 3G4SN 4OLAA 3A5OC 5BRDA 3UKRB 5KI6A 4KHYA 5C12A 3MWPA 1BIZA 4OPJA 4FJNA 3LAKA 3FZLA 4Z4HA 1EWQA 2IAJA 4ILJA 5GAHP 3CERA 4YOWA 4UY8O 1TKZA 4IWVA 3B8AX 4JI1K 3ALYA 3OY9A 1VRTA 4F4KA 3J7YP 3DXKA 3SQ0A 4R79A 2W42A 4DFPA 4HVJA 5F0XA 2HHQA 5J2MA 4FSVA 3HP6A 4M3TA 5AQHA 4FVUA 1EO1A 2VG6A 5HRSA 4CK1A 2O8FB 3AARA 3CQXA 4YOXA 4ZTJA 2V51B 2HNDA 5JS1A 4NYFA 3AV9A 4WQ5A 1UA1A 2A42A 3G10A 2DFHA 3NVKA 4OJRA 5AQNA 4KHPK 2KFNA 2BH1A 4M7XA 4RW7A 4B1UB 1NK4A 4MO5A 4DV1K 3MN5A 2ZE2A 4WFAL 2BUPA 3O3HA 4A61A 1VQLN 2JWKA 1K73O 1VRUA 1FXXA 1WSEA 4CJQA 3MX2A 1SZ2A 3FE1A 4L3QA 4DR3K 4B9QA 5C2FA 3TTDA 4KH5A 4JV5K 1Z6RA 4MO4A 2HMIA 3SQ4A 1BDGA 2ZM6K 3WXMB 1S1TA 2ZGYA 4M3YA 4CIGA 1S1UA 4K8XA 1LWCA 3H46O 2IS3A 1R0AA 1EX4A 4ELTA 1S1VA 2D5RA 2NRZA 4KHWA 4YFUA 1SAZA 2PBDA 2KFZA 3F9KA 4BRQA 4W5RA 2P9UA 3OYNA 1YIJN 4H5RA 4JHDA 4B9MA 2YNFA 2ITMA 3SJHA 4DV5K 3KKSA 4BRHA 2JLEA 4FXDA 4YOVA 2NRRA 1C0MA 1MWKA 4WFNL 4J2BA 3SV4A 1U45A 2FSJA 1VQ6N 4DR6K 1NOYA 4FM0A 4LF8K 4DSJA 1WAJA 3NF9A 4BROA 3PSIA 4DSFA 4PHTX 2Z1GA 3NGIA 1TK0A 3THYB 4R5PA 1BUPA 3M8QA 3HOTA 3DLHA 1S9GA 2XHBA 2Q0UA 4CEZA 3MEGA 3S9HA 1RBSA 4CVNE 1S1WA 2NRXA 4JKFA 2O8EB 3CCSN 1HMVA 4CGJA 3DAWA 2HBLA 1GLCG 3RMAA 4DHYA 1TYQA 3VF4A 3SZ2A 1RTHA 3LALA 3AO2A 4ELVA 5M1FA 4B1XB 1K8KA 4RTFD 4LH4A 2Q0RA 1HYVA 3M8PA 4M3XA 3CIPA 1YTUA 1DT9A 4A2AA 5KGXA 4Z94A 4IG3A 3MEDA 3LZJA 4ZTFA 1C1CA 4AHVA 4E7LA 4DTOA 3NE6A 4DV7K 2V7ZA 2YI1A 3S3OA 2KHOA 4HTUA 4DTMA 1NK5A 1D9FA 4Q0BA 1JLCA 2E88A 3C65A 4BWMA 1EQYA 5J2PA 2IDOA 1CZBA 2BGGA 4CD3A 2VWKA 3FFIA 3OYJA 3PO4A 2IOCA 3I8BA 3U9DA 1ASWA 3LDLA 2YHBA 2QWMA 2WONA 4CEAA 4OKEA 4WQ4A 4BR9A 3RVCA 1OH5A 5HRRA 2I7NA 4HCCA 5AQOA 5AQXA 4FJ8A 3CCEN 4GVMA 3FGUA 4BACA 1QZ6A 1RBVA 1JLGA 3QEPA 5BR8K 3TANA 1RTIA 4K43A 2EWSA 2GWJA 3RMBA 3WUHA 3LP2A 3P83D 3VGKA 3AO4A 5KPTA 3O4NA 4JNEA 2B4JA 4EHTA 1W2BM 4DTPA 4CJSA 4GY2B 1NU0A 4BRDA 3CETA 4FLXA 4CK3A 4AF1A 2FSKA 3VF2A 1TUUA 4TSXA 4DTSA 1HKGA 2D4WA 1OVQA 1RDAA 4F2SA 4PWDA 2D0OA 1XMOK 2PYLA 3A2FA 5J1EA 3LDSA 4BG8A 3KZBA 3AO5A 1U2VB 1ITGA 2YJFA 1I94K 3DLLL 3VQEA 4J2DA 4IO8A 1HPZA 1UAXA 3QFUA 4JLHA 2P9IB 3OJSA 3BP8A 2G8KA 3C6AA 3L4IA 4CGFA 3SCXA 1YUWA 4BQZA 4JKCA 1ASVA 3WNHA 4E7IA 3EEQA 1KFDA 3I0SA 1IKYA 3EL2A 4CFBA 3O9QA 3S3MA 4B3MK 4JD2B 4CF2A 4LF6K 2FBTA 4O5FA 4JI3K 1OKJA 1J5EK 3ZSVA 3O9SA 4CF8A 1NJZA 3E9LA 4BRGA 4CJTA 1XNRK 2E4LA 1KQSM 3KVGA 1T7PA 3ISNC 1IBLK 3DLEA 4CF0A 5BRHA 4OO1J 1GOBA 4OVLA 1TV6A 2HHTA 4I6MA 1C0UA 3CPWM 2W6KA 3WQUA 2H3GX 3SAFA 4CZKA 4DV4K 1GLDG 2P9NB 3U9ZA 3D7EO 2VQEK 3WXKA 5C24A 1KD1O 3VERA 3R1XA 1C1AA 1YXQA 4XH1A 3ZCMA 1IBMK 2P9LB 3H1VX 4I2QA 3OYKA 2F9TA 3SI6A 4FJHA 5D3GA 4KFBA 4DSKA 4BQLA 3AA4A 1TAUA 4IDHA 4LY7A 3SBTA 1LOTB 4OLBA 1O13A 5I9EB 4CGGA 3ZX2A 4U7BA 3WXJA 5FRNA 4JS4A 1HYSA 3OYLA 3ASMA 3BF1A 4GKJK 4JYAK 2VG5A 3RRHA 3ZT0A 1GOAA 3HPGA 4F8RA 1C0GA 4CD1A 2QKBA 1S6PA 5LMNK 4OX9K 3MECA 1L3UA 3LAMA 3P31A 2F7TA 1V4TA 3VQ8A 1BU6O 4H5NA 2Z1IA 4NO7A 3AVCA 1KLNA 3E66A 3AVBA 4JK8A 1UA0A 4DB3A 1XI1A 2FF3B 2HHUA 2XY7A 3RWUA 1JXEA 1VSDA 4JI4K 4CJEA 4KTWA 1GLFO 4MFBA 2V7YA 3V6DA 4UQGA 4KHUA 1RT3A 3PO5A 1WOQA 3IDHA 1QSSA 3ULEA 4YY3K 3CFRA 2PYJA 1HKBA 3MAQA 1E3MA 4DR4K 3HL8A 1WUAA 2FBXA 3G0ZA 4I7FA 2UU9K 2A1SA 5HRPA 3SQ2A 3ZT4A 3SAHA 1WSFA 3NMUA 3DXKB 2NNWA 1HNVA 3LANA 3J7AP 4ZHRA 1BCOA 1WSJA 4KB1A 3U6FA 4O55A 1W97L 3FLCO 3AVGA 4FVMA 5EU7A 1JLAA 3W3DA 4ID1A 3VQBA 4H5TA 1RT6A 3MEEA 3M5RA 4CEFA 3S3NA 3PX4A 2HHXA 1VQ9N 3PIPL 2ATQA 2NRTA 4FLWA 3HK2A 3HI0A 1NGEA 1U48A 4FYDA 5E41A 4DSLA 4NXMK 3ZSRA 3VEVA 5LJWA 4WCEL 4DR1K 2X78A 1Q82O 3CFPA 2EHGA 3KK3A 1D9DA 3SUQA 4JN4A 3K59A 4CJPA 4IXCA 3HVRA 3B6PA 3TSUA 3CJCA 4BVOA 4JK9A 4CBWA 2UUCK 1JKHA 4HWIA 2E2OA 3AVFA 5BPLA 1TGOA 4FLVA 3O3GA 3MX5A 4E89A 3J8AA 4CZFA 1RT1A 5AQUA 4B1ZA 4BRIA 1JLBA 3ZLJA 2QWQA 3I56N 3LL3A 2XY5A 3PX6A 3ZSZA 3J81O 2ZGZA 4CESA 4CW7B 5AQZA 2P9UB 4Z4CA 4JHDB 4F3TA 4KHQA 2WUSA 2RHKA 1NK6A 2O8BA 4H0XB 4MLHA 4H0YB 3PUFA 2DFEA 4YOTA 1HLUA 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2YNIA 3ZSYA 3VEZA 1VSKA 4BG9A 1OH6A 2VYPA 3LDPA 2XRIA 5AR0A 3VTHA 1NGHA 3D0PA 2GBZA 1QHAA 4K0KK 1VSMA 4YOYA 3BZCA 4C8KA 4B9VA 2E1ZA 4IBNA 4FWOA 2HHWA 3SQ1A 3P5JA 3CQYA 3NF6A 2HVHA 4G9ZA 5C2DA 2F96A 3V81A 1NMNA 5FDLA 4ICLA 1EETA 4IOAL 1TKTA 3MCPA 3VQ5A 4E1MA 4RW6A 3AVNA 1NGJA 4AHCA 4LSLA 3TWHA 3VQ4A 2HF4A 4C8LA 4DS5A 3T69A 3C95A 3A0IX 1T44A 1A5XA 3EO3A 2QXFA 2AA4A 3EE8A 2B6AA 5DK5A 2A1RA 4YNQA 4CHNA 3TU5A 1JCFA 5HRNA 2GUIA 4DSEA 1HNWK 2OCEA 1HR0K 4N47A 2IGIA 3KIOA 1RT7A 4I6MB 5DMRA 4KTZA 5CZ1A 1YAGA 3EZ5A 2ZJQL 1IG9A 1LV5A 4CFDA 4QS9A 1IG8A 4FL9A 4LF7K 3RMDA 1T6CA 5KTQA 2OPRA 5I42A 4KPYA 3MXIA 3DRPA 4CHQA 4FO0A 1B92A 3ULDA 3LWLA 2BANA 3GL1A 4B3OA 4DV6K 3DWLA 4FJLA 4BVPA 1JLQA 4FWMA 4JI2K 3T1HK 5GIOA 1FKPA 5A2QO 3NVMA 3DLBA 3LP0A 4K42A 2W6LA 1VK0A 1YT3A 3VQDA 3KWGA 3WNFA 4NLBA 1U6ZA 1A5WA 3L2QA 1YJNN 3VQ9A 4M3UA 3O6WA 3VMFB 4BWJA 5AQRA 3TAQA 3BUZB 3EYZA 2CGKA 1YVUA 1S9EA 3L6QA 3L4QA 4IJAA 1NK9A 4FLTA 3CCJN 3CCUN 1FK9A 1ZBLA 1J5OA 4CZGA 1QHTA 3VGLA 5AZJB 4OPKA 4BRCA 3G25A 3OHRA 4M63C 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOR A;  4YOV A;  4YOT A;  4YOW A;  4YOU A;  4O8U A;  4YOX A;  4YOY A;  5CHI A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2KTQ A;  1M1K O;  2PAV A;  2P9P B;  4JRQ A;  1VSI A;  1N36 K;  3Q7B A;  5F1X A;  1KVA A;  1Q86 O;  3ZT3 A;  2P9S B;  3ZEU B;  4A2B A;  4CZH A;  4WFB L;  5TKY A;  1NK0 A;  4JEP A;  3PIO L;  4IEI A;  2HHS A;  3EY1 A;  1KAY A;  3CCM N;  4JRP A;  1CZ9 A;  1ATN A;  5T7B A;  3G71 N;  1ZYQ A;  1QSY A;  1HX1 A;  3O80 A;  4FOI A;  3M8R A;  5M1N A;  1NJY A;  3L8B A;  3MN6 A;  3KKR A;  4DLE A;  1TKX A;  2ZJR L;  3I0R A;  2GWK A;  3SAG A;  4PUO A;  2QWR A;  3C6H A;  3H3O B;  3UKR A;  5AQT A;  1D4X A;  1BG3 A;  5FRM A;  5M1Q A;  2DTU A;  3NDK A;  1XNQ K;  1ZBS A;  4A59 A;  5AQS A;  1A5V A;  4DTU A;  1N5Y A;  4DF8 A;  3IG1 A;  4Q5V A;  2P9K B;  1IKV A;  4CFC A;  3NH0 A;  3AY9 A;  3GDQ A;  4A5B A;  1EXQ A;  3RSE B;  3O3F A;  4M3W A;  1J9A A;  4YOU A;  1REV A;  2FBV A;  3OYD A;  1SL0 A;  2G8I A;  2GEL A;  4HTL A;  4AM7 A;  3PSF A;  1RBU A;  4C1N I;  3T1Y K;  4FLU A;  4JI0 K;  3MCA B;  4AM6 A;  5ADX H;  4A5A A;  5C25 A;  4FLZ A;  2O8F A;  4C8N A;  2VWJ A;  4DUZ K;  2W41 A;  3QET A;  3HZ6 A;  5EX5 A;  3MWT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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