The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
mRNA bound to the 30S subunit is a HigB toxin substrate.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| source organism |
Proteus vulgaris
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
30
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV4 K; 4NXM K; 4DV5 K; 3J7A P; 4V19 S; 4LF8 K; 4JI8 K; 4GKK K; 4B3T K; 2UXC K; 4OX9 K; 2VQE K; 4LFA K; 4X62 K; 1HNX K; 1N36 K; 4LF4 K; 4B3S K; 4K0K K; 1XNR K; 2ZM6 K; 4CW7 B; 4JV5 K; 2HHH K; 5LMN K; 4DV3 K; 1HNZ K; 2UUC K; 4DUY K; 4JI7 K; 4JI5 K; 4JYA K; 3T1H K; 4JI6 K; 5AJ3 K; 4DV6 K; 3OTO K; 4NXN K; 1IBL K; 1N33 K; 4DR6 K; 4X65 K; 4CVN E; 5LMU K; 4JI2 K; 4DV1 K; 4YHH K; 4LF7 K; 4DR4 K; 3J7Y P; 1XNQ K; 4LF9 K; 3T1Y K; 4DR7 K; 1IBM K; 2UXB K; 5IWA K; 4DR2 K; 3JAM O; 5BR8 K; 1XMO K; 2UXD K; 4DV7 K; 4DUZ K; 4DR3 K; 1I94 K; 4AQY K; 2F4V K; 4JI3 K; 1XMQ K; 2UUB K; 1FJG K; 5IT9 O; 1N34 K; 4LF5 K; 2UUA K; 4JI1 K; 5LL6 Z; 4KHP K; 1HNW K; 4X66 K; 4DR1 K; 5A2Q O; 4B3M K; 4JI4 K; 2VQF K; 4GKJ K; 4DR5 K; 2UU9 K; 4B3R K; 2E5L K; 4LFC K; 3J81 O; 5FLX O; 1IBK K; 1HR0 K; 4JI0 K; 4LFB K; 4X64 K; 3J80 O; 4YY3 K; 1N32 K; 4DV2 K; 1J5E K; 4DV0 K; 4LF6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4I7F A; 3ZX2 A; 3T19 A; 4CI6 A; 3RTV A; 4U67 L; 1L3T A; 3NH0 A; 3ATV A; 1RDU A; 5SWM A; 1TK0 A; 1NJX A; 1YTU A; 5EXW A; 3TAN A; 2ASP A; 4B1Z A; 3VA3 A; 4Z4C A; 1Q9Y A; 3VQD A; 4BC5 A; 5BPM A; 4KPY A; 2O8F B; 1L5U A; 3D0P A; 3DLB A; 3UKU A; 4EZ6 A; 3LM9 A; 2CGL A; 2E6M A; 4OPK A; 3BDP A; 1KXP A; 4MDA A; 4JKE A; 3VET A; 3AVG A; 3DXK B; 4WE1 A; 5JLF A; 1QQM A; 4KI6 A; 1WOQ A; 1VRT A; 1N33 K; 1QVG M; 2ASO A; 3O4Q A; 3QIC A; 3ZET A; 3KIO A; 4DQS A; 2XY5 A; 4A57 A; 3CJC A; 4IO9 L; 4YHH K; 2WBN A; 3KD1 E; 5CYM A; 4CHZ A; 4YFU A; 3MEE A; 1JLG A; 3H08 A; 1JKH A; 4FZX C; 1S1X A; 4BRN A; 4O0I A; 3WNF A; 5KPZ A; 4DF8 A; 4IEE A; 4AHT A; 2BH1 A; 4BAC A; 3O9T A; 3K59 A; 3NE6 A; 2I7P A; 1Q7Y O; 1L3U A; 3MN7 A; 5JMV A; 4IJN A; 1XHX A; 1MWK A; 1ZBU A; 5BR8 K; 5FRM A; 2P9S B; 2RPI A; 5HOO A; 4KAZ A; 2GBZ A; 3R3L A; 2GV9 A; 3IAY A; 3AAR A; 5FRN A; 1VQK N; 4JI3 K; 3N4Q A; 1C1A A; 2ZWH A; 3MDQ A; 4BRO A; 4JI1 K; 1BI4 B; 1MDU B; 2O8C B; 2QXL A; 4PKG A; 3BF3 A; 2GWK A; 3K0S A; 1HMV A; 1YI2 N; 1C1C A; 3ZEU A; 3HTV A; 3O6W A; 4B1U B; 4IKF A; 4B3R K; 2OAN A; 4CJL A; 3GOI A; 4Y1D A; 1GLL O; 2P9U A; 3C6H A; 1KAX A; 1LWF A; 1LAW A; 3A5O C; 1QZ5 A; 3K9J A; 1IKX A; 1VSD A; 1QHA A; 1TAQ A; 3C7N B; 2HHV A; 3DXK A; 1ASW A; 3LAM A; 3C65 A; 4DV4 K; 2BTF A; 3LDO A; 1K6Y A; 3VGL A; 3VEY A; 3K58 A; 4BR4 A; 2HND A; 1BCM A; 4E7J A; 3KZB A; 3NGI A; 2A3Z A; 3CJB A; 3CD6 N; 2DPN A; 3G0Z A; 2IC3 A; 1BU6 O; 1UOC A; 1WNS A; 1O1W A; 3S3N A; 3FZM A; 4DSK A; 1M1K O; 5K14 A; 4BRI A; 1OVY A; 4DLE A; 4I6M B; 4DU1 A; 1C1B A; 3MN5 A; 3D45 A; 4KKO A; 3GBT A; 2Z1G A; 4NXN K; 5E26 A; 3LPU A; 1MU2 A; 1HKC A; 1NKB A; 4BRD A; 4DTX A; 4BE1 A; 4QOZ B; 1HPM A; 2O8C A; 4O5F A; 3LWL A; 1BG3 A; 1NG9 A; 1GLB G; 4CJF A; 4J2D A; 2P9N B; 4ILH A; 3GE1 A; 4M3Z A; 1SKR A; 1ASU A; 1XNQ K; 1ZBL A; 5C15 A; 4KRF A; 4KRE A; 3B8A X; 5FPE A; 1EP4 A; 3L0Q A; 2FSJ A; 3H3O B; 2P1J A; 1Z25 A; 2FBX A; 4GMJ B; 4C8K A; 4CJT A; 1RFQ A; 1EWR A; 2PZS A; 4HCC A; 2AP1 A; 4DSI A; 1NMN A; 3ZX0 A; 1UWB A; 4JS4 A; 1ATS A; 4B9L A; 1EO1 A; 4DQR A; 3H6E A; 3S41 A; 3A5N C; 3GG4 A; 2YNG A; 3VQP A; 2PFU A; 1NWK A; 4DFK A; 2YKM A; 1DTQ A; 3EZ5 A; 3DLH A; 3MN6 A; 4IFY A; 4BE0 A; 3CFO A; 3PIP L; 4E19 A; 4CFB A; 1UA1 A; 4JRQ A; 4OPA A; 1OH8 A; 1WSG A; 3MCA B; 4NLC A; 1SL1 A; 3ZSZ A; 3FZF A; 3I56 N; 3THX A; 5AQN A; 5AQX A; 5T7B A; 3ALY A; 2O4I A; 1I3A A; 3M8R A; 3VF2 A; 3WQU A; 1IG8 A; 4OGE A; 3V6D A; 1J5E K; 1NGB A; 2KZZ A; 4DF4 A; 4NCG A; 3AA4 A; 3TWH A; 5M1Q A; 3AVA A; 4KHN A; 2OPR A; 4EZ9 A; 2E6L A; 4DS5 A; 1NGF A; 4KB0 A; 3ASM A; 1WSF A; 4BDP A; 4ID1 A; 2P9N A; 1LOT B; 3OYE A; 4WQ4 C; 1HNX K; 3FGU A; 4BRH A; 3H45 C; 4CZH A; 1TKX A; 4RW8 A; 3F9K A; 3O8M A; 2I5J A; 2XY7 A; 4CE9 A; 4JI6 K; 3VN5 A; 2Q0R A; 4QAG A; 5KRT A; 1ATN A; 3CMA N; 3M5R A; 2YNH A; 4E7H A; 2OPP A; 3SMS A; 3OTO K; 4N5S A; 2KZM A; 1GLF O; 3QBW A; 4BRQ A; 1X9M A; 2ZJR L; 3U3G A; 3OYK A; 3HRG A; 4DWI A; 3V9S A; 4JKA A; 4NYN A; 5KGW A; 1RGI A; 4CJS A; 4CF2 A; 4HUF A; 2BE2 A; 4CZG A; 4DCH A; 2IOC A; 3SQ1 A; 3T1Y K; 1S9G A; 3OYG A; 1KLM A; 5AR0 A; 3NVM A; 4O55 A; 5D3G A; 3VQQ A; 1UAX A; 3T3F A; 2V51 B; 3DLL L; 4CEE A; 5BRF A; 3WXJ A; 4DTM A; 3SV3 A; 3BF1 A; 4K42 A; 3ZX3 A; 3KLH A; 3L2R A; 2NRV A; 2QKK A; 3S9H A; 3M1F A; 4N56 A; 1TK8 A; 5DM6 L; 1X1P A; 3CQY A; 3SQ4 A; 4DU3 A; 2HB5 A; 4A61 A; 2D1K A; 3CXC M; 1VQL N; 3THY A; 1TL3 A; 3TTD A; 3CPW M; 2CH6 A; 3JYT A; 1SKW A; 5GIO A; 1R0A A; 2WOM A; 4IG0 A; 4C23 A; 4DFP A; 4ILG B; 3QEI A; 4LFC K; 5FLX O; 4CZI A; 4U7B A; 4X64 K; 3KJV A; 3VQA A; 2ETJ A; 3D2E B; 4DQ8 A; 1HQE A; 3CER A; 3O1B A; 4JHD A; 3VGM A; 3RWU A; 3VES A; 4JKF A; 4KI4 A; 2QXF A; 2W40 A; 3VEV A; 3VGK A; 1TGO A; 4BR0 A; 4FXD A; 2HF4 A; 1CZB A; 4DHY A; 2OYQ A; 5E41 A; 3VOV A; 3QDK A; 3LDP A; 5BRE A; 5JIC A; 1HKB A; 3NH1 A; 3RRH A; 4C8M A; 1NJW A; 5EU7 A; 3P38 A; 2ZF5 O; 4FWK A; 1Z26 A; 3RRG A; 4H5R A; 3HVT A; 4Q0B A; 2Q3S A; 3KD5 E; 4O4G A; 3U4L A; 4BRA A; 4JK9 A; 3MN9 A; 3DOL A; 1VQ6 N; 4FWR A; 4YDU A; 1U49 A; 4CD1 A; 4X65 K; 5LMU K; 3DXM B; 1B92 A; 4LD0 A; 2FLO A; 4XH1 A; 3BGR A; 2O8E B; 3OS2 A; 4ID5 A; 5HBM A; 5KPT A; 2YI1 A; 3U9Z A; 2NZT A; 3E66 A; 3KTQ A; 2HOE A; 3I55 N; 3NVK A; 3RMD A; 2A42 A; 1JLB A; 4RG8 A; 5IWA K; 3OYM A; 1C0F A; 3VPZ A; 4KHU A; 2GX9 A; 3CHW A; 4PL7 A; 4KBO A; 1YJ9 N; 1SAZ A; 3DMJ A; 4BRF A; 2QI2 A; 4B1W B; 2D0A A; 4HCB A; 3MXJ A; 1C0U A; 2PAV A; 4ISG A; 3O9Q A; 4BDZ A; 2P9L A; 3L4Q A; 1RTJ A; 4IOC L; 3UKR A; 5JLH A; 3LM2 A; 4JI4 K; 3S3O A; 3OJS A; 2YHY A; 4M3T A; 1WSI A; 3CCS N; 4R79 A; 4FPA A; 1WLJ A; 4DR5 K; 1ASV A; 1KC8 O; 1S5J A; 3I8B A; 3ZSQ A; 3KVG A; 2VGN A; 1D9D A; 3JSM A; 4FVU A; 1WN7 A; 3HYF A; 3J80 O; 1N32 K; 1NOZ A; 4O8U A; 3PX0 A; 4W5T A; 1YTA A; 3QFU A; 1YVN A; 3BP8 A; 2F9W A; 4FM2 A; 2YCH A; 4NXM K; 4DV5 K; 4FSV A; 1S1V A; 3ITH A; 4UQG A; 3KK2 A; 3QEV A; 2O8E A; 5AQT A; 2GEM A; 1U45 A; 4DTN A; 5J1E A; 2E4L A; 2KW4 A; 4FWL A; 3NBP A; 4DUY K; 1LCU A; 2H3G X; 2Q0U A; 1RT6 A; 1OH5 A; 4PKI A; 4I9Q A; 1SUQ A; 4CGG A; 1RBT A; 5CZ1 A; 4JNE A; 4F4K A; 3R6M A; 3HPO A; 1F21 A; 4LSL A; 4B1X B; 4CER A; 3CME N; 3CQ8 A; 3VQ5 A; 4G1Q A; 1TYQ B; 4XIU A; 4MO4 A; 3LP2 A; 2IIR A; 2A41 A; 5GAG P; 5LJV A; 1U47 A; 1KLN A; 3DRR A; 4OGC A; 3D2F A; 4H8K A; 2QM1 A; 1A5V A; 3O80 A; 5AQQ A; 3AAQ A; 4BGA A; 2VYP A; 4KTW A; 5BPN A; 3C6U A; 4BR7 A; 1HUX A; 2O8B A; 3DRS A; 4KO0 A; 3ENO A; 4AM6 A; 4FJ9 A; 1VSE A; 4GY2 B; 4M3X A; 3EL2 A; 4K41 A; 2QTD A; 4CEO A; 2Y1I A; 2D0C A; 2EWS A; 1B9D A; 1BQN A; 3P1G A; 5CE3 A; 3AO5 A; 3CCU N; 3U9D A; 1RDC A; 3QEP A; 3F73 A; 5IT9 O; 1RT5 A; 1N34 K; 1X9J A; 2VWB A; 3FZK A; 2E2N A; 1W9H A; 5JVH L; 4FK0 A; 4DR1 K; 1BA1 A; 1LAV A; 3Q7C A; 1C6V A; 1IG9 A; 3KKS A; 4DLG A; 4IDK A; 2KHO A; 3PSI A; 3SPZ A; 1VSI A; 4BY9 C; 4LH5 A; 5AZI A; 4E3S A; 1YUW A; 3K9K A; 1NMD A; 2E2O A; 3CF5 L; 3CM6 A; 4H5V A; 3ZT4 A; 2D0B A; 3OYH A; 5I3U A; 3FE1 A; 4BVO A; 2OZM A; 4JI0 K; 1RT2 A; 4DQI A; 4YY3 K; 1TKD A; 1LWC A; 3E1Y A; 4BG9 A; 1DKG D; 2NRT A; 4IZ9 A; 3CPE A; 1DLO A; 4B9U A; 1KVC A; 3HP9 A; 3KLE A; 4B9S A; 3KLI A; 4YOR A; 4CEQ A; 1WAF A; 1KFD A; 1VSK A; 4OKE A; 4C1N I; 4CF1 A; 3V1Q A; 3EKU A; 1ILY A; 1GOC A; 4B3S K; 1K8K B; 2CGJ A; 5BR9 A; 4O5B A; 5MLC Q; 2W42 A; 1S22 A; 3THV A; 1RDA A; 3O3F A; 1W0H A; 3GDQ A; 3DLR A; 5HRN A; 3CJ9 A; 4M3W A; 2FSN A; 5AQR A; 3ZLJ A; 4MDB A; 5AZJ B; 4BRL A; 4NCA A; 3RSE A; 2VG7 A; 1B9F A; 1OH7 A; 3CJA A; 4Y0W A; 3AVJ A; 4AH9 A; 4DR6 K; 3NAE A; 5KPR A; 3P31 A; 2XO7 A; 3KWI A; 4CIG A; 3DAW A; 2A40 A; 3L8B A; 3DOK A; 4DR4 K; 4H5T A; 2D4W A; 3SUN A; 4FWM A; 1RNH A; 1TKT A; 3PX4 A; 1JLE A; 2A6A A; 3IRX A; 3DRP A; 5SZT A; 4QS9 A; 4CHQ A; 3B6O A; 5FRO A; 3A2F A; 3UE5 A; 3W3D A; 4XEI A; 4Z4H A; 3RVC A; 4FOE A; 3CG7 A; 1KVB A; 1I94 K; 4FJI A; 3SBG A; 3V9X A; 5AQI A; 3THW B; 1LW2 A; 1WB9 A; 1VAZ A; 3JS6 A; 1KQS M; 1S72 N; 4CEF A; 4KB1 A; 3K5M A; 2HNY A; 3M8P A; 4CK1 A; 1BDG A; 3LP3 A; 3H1V X; 1FXX A; 4TSX A; 1ZBF A; 2HHT A; 4H0T B; 3HO1 A; 4CGI A; 1ITG A; 4AHS A; 1U4B A; 1VQ5 N; 3D6R A; 1JLF A; 2UU9 K; 2X74 A; 4CJP A; 2E5L K; 3OYJ A; 4BR2 A; 1E4G T; 1KTQ A; 4DG1 A; 3V1O A; 1S1T A; 3QNO A; 5M1F A; 3HK2 A; 1UA0 A; 5F2R A; 1KFS A; 5TKW A; 3AY9 A; 4LY7 A; 1REV A; 4DTS A; 3SLC A; 5C2F A; 3IS9 A; 4KH5 A; 3PIO L; 2ZJP L; 3P39 A; 4KHS A; 1XQS C; 1CXQ A; 4N47 A; 4HUG A; 4EHT A; 3FR0 A; 1VSJ A; 2GEL A; 2ZJQ L; 4JAX A; 4C1N K; 2O8F A; 1GLE G; 4CW7 B; 4F3O A; 4FLT A; 4JI7 K; 3NCI A; 1HJO A; 1T8E A; 1Q9X A; 4NO7 A; 3OS1 A; 1O13 A; 2PYJ A; 4HUE A; 3M8Q A; 1FK9 A; 4B9M A; 3THW A; 4YOV A; 1WSE A; 3DM2 A; 4B9N A; 3EN9 A; 4PA1 A; 4F2R A; 1IBL K; 4JKD A; 4PL8 A; 5CY4 A; 5M1K A; 1BA0 A; 4OPH A; 4JI2 K; 3EO3 A; 1HJR A; 4CFD A; 4LF7 K; 3BEX A; 1T7P A; 4CJW A; 1C0G A; 3T7Z A; 3WNE A; 5AFU A; 3RMC A; 1RTD A; 4ILJ A; 2OCE A; 5HRO A; 2IAJ A; 2P9S A; 4W5N A; 2BAN A; 2F7T A; 4DR7 K; 2XY6 A; 3CJ7 A; 1TUY A; 4E1J A; 4GV6 A; 4ELV A; 4FLV A; 1X3N A; 3JXU A; 4DR3 K; 1ZBH A; 1J54 A; 4F9O A; 1TV6 A; 4BWM A; 1WSH A; 2UUB K; 1BI4 A; 3NF7 A; 4LF5 K; 2CH5 A; 3QIP A; 4CJ4 A; 4GVE A; 1BO5 O; 2QWO A; 4W5O A; 2R7Y A; 1QSS A; 5A2Q O; 3SI6 A; 4FWO A; 1RTI A; 1SKS A; 4FPB A; 1NGJ A; 3MAQ A; 3HOS A; 3EEQ A; 2HNZ A; 2NLX A; 4AF1 A; 1SL2 A; 2Z1H A; 1T3V A; 2D5R A; 3C7N A; 1QQC A; 2E8A A; 4JD2 B; 4JKB A; 1JL1 A; 3ZCM A; 3LAN A; 4Z4I A; 4DTJ A; 1IKY A; 4GW6 A; 3NF9 A; 3IDH A; 3WXI A; 5ADX H; 3WT0 A; 1QSL A; 4Z4F A; 1DTT A; 2KQ2 A; 4OX9 K; 1DEJ A; 4LF4 K; 2OTJ N; 4KTZ A; 4PHT X; 1VQ8 N; 4I6M A; 2ZD1 A; 3H46 O; 1A5X A; 1XUP O; 1HNZ K; 4FO0 A; 1QHT A; 3TI0 A; 5TKY A; 4DTP A; 4O0J A; 1WSJ A; 4H4M A; 1BGX T; 5JVG L; 4IWV A; 4JKG B; 1YJW N; 5AQL A; 2JWK A; 3SUQ A; 3NMU A; 2XRI A; 4DTU A; 4AHU A; 1QQO A; 4BGB A; 1YIJ N; 3DLG A; 1HPZ A; 5J2Q A; 4DKW A; 3H3N O; 3C6T A; 3SAF A; 3J7Y P; 5KI6 A; 4FYD A; 3U6F A; 4FLX A; 3PV8 A; 4BG8 A; 2UXB K; 2DFE A; 4JRP A; 4CHP A; 2G8H A; 3M8S A; 2Z1J A; 3OA9 A; 3L2U A; 3TAQ A; 1J5O A; 4BRP A; 1BCO A; 3ZT0 A; 1RT7 A; 3SBT A; 3K57 A; 3WXK A; 1XMQ K; 1FJG K; 3O9R A; 2RE2 A; 1NGE A; 3EZW A; 4JLH A; 3ZT3 A; 2UUA K; 1CZA N; 2HVI A; 4B8A B; 2RKI A; 3CFP A; 5GIN A; 4YOU A; 3QO9 A; 4FJK A; 1NGG A; 5GAH P; 3NGZ A; 1TL1 A; 1EQY A; 2VQF K; 3ENB A; 4CIF A; 4YDU C; 1ZBI A; 4J2B A; 2P9K B; 1NK6 A; 2A1R A; 4H5N A; 2VWJ A; 4AHC A; 4BC2 A; 1QTM A; 4OPJ A; 4PY5 A; 2YHA A; 3HPG A; 1U04 A; 1V4S A; 3SYZ A; 1BIU A; 1VSL A; 4IOA L; 4FJJ A; 4CZJ A; 4JS5 A; 2UYT A; 3IKM A; 4MLE A; 4EAH D; 1NKE A; 5ELZ A; 4WYB A; 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