4Z0UA

Rnase hi/ssb-ct complex
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interaction with Single-stranded DNA-binding Protein Stimulates Escherichia coli Ribonuclease HI Enzymatic Activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Escherichia coli o139:h28
total genus 49
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2015-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4z0uA00
1C1CA 1S6QA 4M3XA 2G8KA 4F2SA 3CFPA 3TAFA 3ITHA 4I9LA 4AHUA 3QESA 3V4IA 3KLIA 2KW4A 3NF8A 4BE2A 3V1OA 1CXUA 4Z4EA 1G15A 2B6AA 1ZBLA 3QO9A 4DQIA 4RW8A 5HBMA 4CJKA 3OYIA 3LPUA 4CEOA 4JS5A 4ZTJA 1JLFA 4DTRA 2KQ2A 4BE1A 2YNGA 3KLFA 2FBYA 3QEPA 4E1MA 3DRRA 5I3UA 4G1QA 2W42A 4DTJA 2VG7A 4L8RB 4AHRA 3TANA 5KI6A 3M8RA 3OYHA 3NGYA 4NCBA 3ZT3A 4AH9A 1W0HA 2VG5A 4CF9A 4IG0A 3VQCA 1U49A 3AA3A 2GBZA 4DLEA 3L2UA 4DMNA 3OJSA 3SQ2A 1X9MA 2BDPA 3NH1A 3V9SA 3SPYA 3V9UA 4W5OA 3PX4A 1SKWA 4DU1A 4B9NA 3P1GA 4DQSA 4N76A 3HPHA 3ULDA 1RT6A 4FM1A 1IH7A 3V9WA 4E7LA 4BDYA 5HRNA 2KFNA 2XY6A 4KTQA 1YT3A 4E89A 2YHAA 4RG8A 3L2VA 1TK5A 4FJJA 4M45A 3ZSRA 4IG3A 3H08A 3S3OA 4O44A 1QQCA 3V9XA 3PV8A 4DU4A 5DK5A 4OVLA 3VQDA 1RT7A 4CJVA 4LD0A 4E1NA 1U45A 1CZ9A 3AO4A 2YNHA 3DRPA 3FFIA 2Z1HA 3L2QA 1GOCA 3TR8A 3KKRA 4PA1A 4CF8A 4CJFA 2RF2A 1FXXA 3HM9A 3CG7A 1LAWA 3UIQA 2XO7A 2OA8A 1NKCA 3SJJA 1L3TA 1JLEA 3DRSA 1BISA 1SV5A 1RTJA 4FM0A 4DSJA 3ZSYA 1ASWA 4I2QA 4M3ZA 1C0UA 2IAJA 3JYTA 1IKYA 4HCBA 5DMRA 4YFUA 4PUOA 3VQ4A 1J54A 1RCHA 3PX0A 1SL0A 4B9MA 3OYNA 5CYQA 3LAMA 2D0CA 4B8CA 3SQ4A 3M8QA 3T19A 1A5VA 3ZT2A 3P83D 4DG1A 1C6VA 1TK8A 1MU2A 4M3RA 3ZT4A 1X9WA 3ASMA 3OYGA 4C8LA 1KTQA 3MXMA 4CJPA 4ELUA 4KHNA 4O0JA 2AJQA 4CFCA 1NJWA 2EHGA 1U47A 1EXQA 1ASVA 5C25A 4DFKA 2PY5A 3TABA 4FJIA 1EX4A 3NDKA 3K58A 4B8AB 4FJMA 1JLGA 3I0RA 4E3SA 4B9LA 1TV6A 4DF8A 2HHWA 4OGEA 2DFFA 3L2RA 1W9HA 2X6NA 3SCXA 2A1RA 4F3TA 3K2PA 4N56A 1IKVA 4XIUA 4FJ7A 3LAKA 3C95A 3RTVA 4ID5A 4DSKA 4EZ9A 2O4GA 3L3UA 3DLBA 3VQ6A 4FJHA 4Z4IA 4RW7A 3WNEA 4EP5A 1FK9A 1HJRA 3V1RA 3QERA 1TAUA 4Z4CA 1JXBA 1CZBA 1VSKA 1XHXA 2E4LA 2OPPA 1RDBA 3VQPA 1U4BA 4ICLA 3AA2A 1DLOA 3HXMA 3NE6A 3HK2A 2HW3A 3VQ7A 4CHNA 1A5XA 5HRSA 4FJ5A 3RRGA 1REVA 4GW6A 1NOZA 4OKKA 3C94A 4CIGA 3QLHA 3KK3A 3ALYA 4NYFA 3VQBA 1JLBA 4LSNA 4GMJB 5HRRA 4CJRA 4FJKA 2RKIA 3PX6A 1NOYA 3HP6A 3LP0A 1T7PA 1TKXA 2XRIA 4CJ4A 5J2QA 1TKDA 3L8BA 4KHUA 3MEDA 2HHVA 2E6MA 3NFAA 4OKJA 4DS5A 4W5TA 3NF9A 4CGFA 1N5YA 4KKOA 5C24A 1WSFA 3ZT1A 3OYKA 1RBRA 4CHPA 5HRPA 3IG1A 3HJFA 1BQNA 1FKOA 2F96A 4FZXC 1S9EA 1RDCA 1KRPA 3SQ0A 3L3VA 3AVJA 1TKZA 2DY4A 3G0ZA 4NCAA 1RTHA 1T03A 3KIOA 4OLAA 1U48A 5CYMA 1QSYA 3O4NA 4KFBA 5CZ1A 3OYLA 2LSNA 4NCGA 4F4KA 2DTUA 1ZBUA 3IRXA 1IKXA 4BE0A 3NH2A 2HNZA 3SQ1A 1C0TA 1TL3A 2OPRA 3S3NA 4M3TA 1WN7A 3LZIA 4CECA 3AO5A 5HLFA 5CZ2A 4KAZA 4FM2A 4F3OA 4Q0BA 2D0BA 5J2PA 3B6OA 1VRTA 3AO1A 1RNHA 3SI6A 3C6UA 1VSHA 4KHWA 3LP2A 3DLEA 3AVGA 5KRTA 1TVRA 5FDLA 1RBUA 3IS9A 1QTMA 4QOZB 1BIZA 4B9TA 3MECA 1NK9A 1SKRA 4C8MA 4F2RA 5EU7A 4CJQA 3MXIA 4KRFA 2PYJA 4CJWA 2BGGA 1WAJA 1LW2A 5D3GA 1KVBA 3DYAA 4CHOA 2ITGA 1UOCA 2IDOA 3ZCMA 2O4IA 1S6PA 3ISNC 3F73A 1X9SA 4DS4A 3G10A 3U3GA 3SPZA 1SUQA 2YKNA 2OZSA 5K14A 3THVA 1LW0A 4N41A 3QEXA 4AILC 4QAGA 2IOCA 2GUIA 1VSIA 3QNNA 4IFYA 3KD1E 4W5QA 2D5RA 3V9ZA 3OS1A 1RTIA 4FLTA 4E7HA 4RW9A 2KFZA 3NBPA 2YHBA 3RR8A 1SL1A 2Z1GA 3VQ8A 3LDSA 4O4GA 3OYAA 4CEAA 2OZMA 1D8YA 4O5BA 3DM2A 3HP9A 4W5RA 1NJZA 4FK2A 4KHQA 2QKBA 1HNIA 1RDDA 1CLQA 3ZSVA 3QNOA 3D0PA 3EY1A 4DQPA 1NK4A 2FC0A 4DQQA 2G8WA 4AHTA 4DFPA 1LWFA 3WNGA 1SL2A 4KO0A 3HPGA 2G8UA 4CHQA 3HVRA 3IAYA 2XY8A 4CGDA 3K5OA 2YV0X 3AA5X 5J2MA 4DF4A 1NK7A 4CK1A 2IS3A 3NF7A 4C8NA 2KZZA 4EP4A 1WNSA 1WSEA 1HYSA 3TWHA 4PQUA 3M8SA 4KPYA 4IFVA 4CF2A 3TAGA 2X6SA 5FRNA 1LAVA 3LZJA 3LWLA 3SZ2A 3VA3A 3KLHA 3F9KA 3TARA 4M42A 1IO2A 3HYFA 3JSMA 4Q5VA 4BDZA 3RMAA 3TAPA 3CYMA 4CF0A 3PO4A 3ZT0A 4DTSA 1J9AA 3U3YA 1BQMA 3CFOA 4KTZA 1S1VA 2BANA 3B6PA 3BDPA 3M8PA 4CEEA 3ZSZA 4BDPA 3K59A 3SUPA 2P5GA 2QK9A 1RDAA 4UQGA 1NKBA 1JLQA 1JKHA 5FROA 3OS0A 3TI0A 4PWDA 3ZSWA 1RT2A 4Z0UA 2P5OA 2QKKA 3MEEA 3I8DA 3WNFA 1A5WA 3V1QA 2YKMA 3NCIA 4OJRA 4FLZA 2PYLA 2JGUA 4J2AA 4KI6A 3KD5E 5HP1A 4KB0A 4I9QA 3RR7A 3HVTA 1RILA 3OYMA 4J2EA 4CK2A 3NH0A 1EETA 4CGGA 1JL2A 3OYBA 2G8FA 3HSTB 4CESA 4DQRA 1WSJA 4JRQA 5SZTA 4CK3A 3HPOA 1Y97A 4ELVA 3LALA 4CE9A 3O3FA 3AVHA 3LANA 1NK8A 4BWMA 4KB1A 3AA4A 4M41A 4CJ5A 1D9DA 1RBSA 4CFAA 3QETA 3ZSXA 4DSLA 4FW1A 3NGZA 1N6QA 3HT3A 1WSIA 1WLJA 4LY7A 4DTNA 3SUNA 1KVAA 4FK0A 1LV5A 3CM5A 2RN2A 1XHZA 3KTQA 3PUFA 1UA1A 1ZBIA 1L3SA 2DFHA 3S3MA 4DWIA 2HHUA 4DSIA 3SYZA 1ZBFA 1VSFA 4DTOA 3AV9A 3VQQA 4CEFA 4FLXA 1BIUA 1K6YA 1Q8IA 1X1PA 3I0SA 4H4OA 3SUOA 4K8XA 1QSSA 3NAEA 5J2NA 2PZSA 3AVIA 2FBTA 2HB5A 1L5UA 2QXFA 3DI6A 1O1WA 1LWEA 1NK5A 4HTUA 2G8HA 1JXEA 1S1XA 1RBTA 2FBXA 4KHYA 4DFJA 4FXDA 2HHXA 1YTUA 1GOBA 3VQEA 2Z1IA 2HHQA 2HNYA 3MEGA 3TAMA 2B5JA 2HHSA 1HMVA 1HPZA 4LH5A 3AVMA 1VSLA 4I7FA 5KGWA 5C42A 4CIFA 3OYEA 4FJGA 3LPTA 4Z4FA 4MQ3A 4Y1DA 4FJ8A 1VSDA 3DLKA 3E01A 4OPJA 3OYCA 1XC9A 1NJYA 3KK1A 1L3UA 4B9UA 3RWUA 4IBNA 4KI4A 1ZYQA 1C1AA 3AVCA 1D9FA 2X74A 1QHTA 4WE1A 4E0DA 2GV9A 4B08A 4CEDA 4BWJA 2ATQA 1ASUA 1VRUA 3VQ5A 2XY5A 3TAEA 1NKEA 4IDKA 4HHTA 3QINA 1S9GA 1WAFA 4KV8A 4HVJA 4J2DA 3P5JA 1HYVA 4OGCA 3VQ9A 4KHSA 2Z1JA 4FW2A 1HQEA 1JL1A 4MFBA 3KKSA 4FJXA 4OPKA 1RT3A 1KLMA 3VN5A 3C6TA 3EYZA 1ITGA 1F21A 1S1UA 3A2FA 4DTPA 1WSHA 3KJVA 3QEWA 1RT1A 2B4JA 3AVBA 2YNIA 2OPQA 4TSXA 1I3AA 2Y1IA 1UA0A 4FJNA 1EP4A 3V6DA 1UWBA 3OYFA 2Y1JA 1QSLA 1GOAA 1RT4A 4ELTA 5T7BA 2X78A 2HVIA 5SWMA 5J1EA 3NGIA 1BCOA 1B92A 4HUEA 2HVHA 2KZMA 4E7KA 4YNQA 5HROA 3LP1A 1S1TA 1R0AA 1VSEA 4DSEA 1RBVA 2ZD1A 2ZE2A 1NJXA 4IKFA 1KSPA 1BHLA 1L3VA 1RT5A 4I2PA 4DU3A 3DLHA 4LSLA 3V81A 1KCFA 4RW4A 3K5MA 3CQ8A 1BI4A 4HUFA 1VK0A 1TK0A 4PY5A 4H8KA 3AO3A 4CERA 4QCLA 1BI4B 3MXJA 3OYJA 1QE1A 2G8VA 1B9DA 4CEBA 3DLRA 1TL1A 1J53A 3AVAA 4CJEA 4E7IA 4AHSA 3OJUA 1EKEA 3OS2A 1D5AA 1BGXT 1J5OA 3K5NA 2KTQA 4F8RA 1S5JA 3MAQA 3RMDA 1RTDA 3TAQA 3AO2A 3AVNA 4ZTFA 1NK6A 1WSGA 4C8KA 2IC3A 1T8EA 1I39A 1Q9XA 2EX3A 3QIOA 1ZBHA 2WONA 5JS2A 2FBVA 4EZ6A 2OPSA 3BGRA 3NF6A 4CGJA 4Z4HA 2OYQA 3DOKA 1KVCA 5I42A 2HHTA 2RPIA 2ETJA 4O55A 4AHCA 3AVKA 4CCHA 1HRHA 4Z4GA 4FJLA 3KLGA 1Z26A 3HL8A 4ID1A 3SV4A 4E7JA 4RW6A 5FRMA 2P1JA 4FVMA 1JLAA 2I5JA 3K57A 2DFEA 3T1AA 3OVNA 3NHGA 4HCCA 5JS1A 1C0MA 4FZZA 4DTXA 3AVFA 1KFSA 4DSFA 4CJ3A 1U04A 4CHZA 3DLGA 4FLYA 2F8SA 2HMIA 4CJSA 4CFBA 4FCYA 5CY4A 3QEIA 3WNHA 3L2WA 1HNVA 1TAQA 2G8IA 1YTAA 4KTWA 3K5LA 1Z25A 1T05A 1JLCA 2VWKA 4B9VA 2A1SA 2D0AA 2JLEA 4CHYA 4N5SA 3U6FA 4B3OA 4GVMA 1VSJA 4J2BA 3QEVA 2Q3SA 4FLUA 2ZQBA 3VA0A 2VG6A 4FK4A 2WOMA 1VSMA 4CGHA 4N47A 3PY8A 4K8ZA 4W5NA 3SV3A 2BE2A 3AVLA 4M3WA 4NYNA 4CJUA 3S9HA 1Q9YA 2P51A 1CXQA 4E19A 1XWLA 1YVUA 4CJLA 2YNFA 5KGXA 1BL3A 2HNDA 4CEQA 4LH4A 3OYDA 4CGIA 4DTMA 4DFMA 1UAXA 3RMBA 4H4MA 3PO5A 3KLEA 2XY7A 1IG9A 4FYDA 3LP3A 1TKTA 1TGOA 4AHVA 1S1WA 3LWMA 3CFRA 3O3HA 4DLGA 3DOLA 1DTTA 4ZHRA 4Y1CA 4DTUA 1HQUA 3SUQA 1DTQA 2IGIA 3DMJA 5E41A 2E6LA 3O3GA 5KRSA 3RRHA 4OKEA 4R5PA 1FKPA 3D45A 3QIPA 4OLBA 2NUBA 3EZ5A 4JS4A 1NK0A 4CFDA 1KFDA 4O0IA 2VWJA 2F8TA 3CM6A 3O4QA 4CIEA 4HUGA 4FLVA 4M3YA 1XI1A 1BCMA 2R7YA 3VQAA 4CF1A 1HYZA 3KK2A 1QS4A 4BACA 4CJTA 3OY9A 4FLWA 4KREA 3SNNA 1SKSA 3ZSQA 4JRPA 1LWCA 4C8OA 1B9FA 4JLHA 4B9SA 1C1BA 3RMCA 4CEZA 3ZSOA 1KLNA 2XHBA 1IKWA 5KTQA 3T3FA 4FJ9A 3HO1A 4FZYA 4M3UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S6QA 4M3XA 4CD3A 5ADXH 4F2SA 1EQYA 5BREA 3NF8A 1GLLO 3V1OA 3A5OC 2A3ZA 1YAGA 1DEJA 3WQTA 3VENA 1G15A 4RW8A 4K42A 3LPUA 4DTRA 4JKFA 3RVCA 3QEPA 5AQRA 3OTOK 3K0SA 3K9JA 4AH9A 1W0HA 4IG0A 3AA3A 3I8BA 3SQ2A 3OJSA 1X9MA 2BDPA 4UY8O 3SPYA 3PX4A 3SAHA 4N76A 4YOVA 4L3QA 3M1FA 1RT6A 2XY6A 4KTQA 2YHAA 1X3NA 3SBTA 3ZSRA 1WOQA 3IUCA 3H08A 1VQ5N 2V7ZA 3S3OA 4IOXA 3VMFB 4WQ5A 1RT7A 5AFUA 5AQHA 4E1NA 1RGIA 3AO4A 1U45A 1IV0A 2YNHA 2QWOA 4CF8A 3KHYA 3ZX0A 5JVGL 3CCRN 4A57A 2OA8A 3SJJA 1R59O 3DRSA 1BISA 2IIRA 1RTJA 4B3MK 4AM7A 1ASWA 3J7AP 3PX0A 4B9MA 1YUWA 3OYNA 5CYQA 1A5VA 3P83D 1V4TA 1C6VA 1TK8A 4BR2A 1X9WA 3ASMA 1KTQA 3S41A 3MXMA 4O0JA 3MX5A 2AJQA 4BRQA 4CFCA 5C2DA 3ATVA 1U47A 3THXA 2PY5A 4FJIA 4B8AB 4LFBK 5E26A 4OGEA 2BUPA 3L2RA 1YXQA 2X6NA 4FJ7A 3C95A 2WUSA 4ID5A 4DSKA 3DLBA 3L3UA 1VQNN 3VQ6A 3VEYA 4RW7A 3FZFA 1TAUA 3M5RA 1XC3A 1RDBA 3VQPA 1U4BA 3HXMA 2HW3A 3RRGA 1REVA 4GW6A 1NOZA 1JCFA 4NYFA 3RSEA 1JLBA 4GMJB 5HRRA 1T7PA 3HP6A 1XMQK 2E6MA 4OKJA 4DS5A 4W5TA 1NGJA 5C24A 3ZT1A 4CVNE 4FSVA 2NLXA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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