4AH9A

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
156
structure length
154
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords INTEGRASE
total genus 59
structure length 154
sequence length 156
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ah9A00
1X1PA 2ZD1A 1ZBFA 3KD5E 1JLBA 3OYEA 4HHTA 5CYQA 5JS1A 2HVIA 2HHWA 4ID5A 4HTUA 3QNOA 4M3WA 3DLBA 3HYFA 1BCMA 1DLOA 3C6TA 1RTHA 4E7JA 3S9HA 3CFOA 2W42A 2KTQA 1VSJA 4B8CA 2HHVA 4MQ3A 4BE0A 5T7BA 3KLGA 1ZBIA 5KRTA 3NGIA 4O5BA 3KLFA 4FLWA 2JGUA 5C42A 1JLFA 2EX3A 4M3ZA 4CIEA 1BISA 1RDBA 1U04A 4E1NA 3KJVA 1BQNA 3ZT4A 1BHLA 4DF8A 3RR7A 3EY1A 2FBYA 4FZZA 4OLAA 1ITGA 3V1OA 4AH9A 4DSEA 3NGYA 4FLTA 4I9QA 4CFCA 4Z4EA 4ELUA 3MEDA 3SQ0A 4FJ9A 4CFBA 2ETJA 1JLAA 4DFJA 1JXBA 1C1CA 4DSFA 1D5AA 1EXQA 4KFBA 1NOZA 3ALYA 1JLQA 1B92A 1TKTA 3AA2A 3AO1A 3AVCA 3B6PA 4FVMA 1A5VA 4FCYA 1NK7A 1Y97A 4FJKA 1S6PA 2O4IA 4M3YA 4I9LA 3KD1E 3HK2A 3KK2A 4DFPA 4KKOA 4I2PA 5DMRA 5JS2A 4PWDA 1EETA 4E7KA 4FZXC 4CHPA 4CEZA 2XO7A 2X6SA 1NKBA 1RT2A 4DS5A 3LP3A 1A5XA 4FLVA 4RW9A 1U48A 2D0BA 1VRTA 1KCFA 2DFHA 3MEGA 2DFFA 4HUFA 3S3MA 1XHZA 3S3NA 2QKKA 3QEIA 2Z1HA 2BE2A 3KKRA 4IG3A 4DU1A 3V81A 3RMAA 4N56A 1KLNA 4B9SA 1MU2A 5KGXA 4O44A 3RRHA 1TK8A 3PO5A 2OPRA 5FROA 3DLKA 3WNGA 3SUQA 4DTOA 3HPOA 1R0AA 4YFUA 2IAJA 1QSSA 1YT3A 3G10A 3AA3A 4DFKA 2ZE2A 3QERA 3V4IA 3NBPA 4DTSA 3SCXA 3DLEA 3TAEA 4FJHA 4FJXA 2E6MA 2OPPA 2P5OA 3KLEA 1RT7A 3V1RA 4CJKA 3PV8A 3TARA 3DMJA 3S3OA 1J53A 2HB5A 2WOMA 4FM0A 3ULDA 1CLQA 4Z4HA 3ZSRA 2DFEA 2HW3A 3QLHA 4B9LA 4B9UA 3VQ5A 2FBTA 4DWIA 4FJMA 3OJSA 3K5NA 3DRRA 3QIOA 3NH1A 1FKOA 2XRIA 1BI4B 3K2PA 4CGGA 1UWBA 3QNNA 2VG6A 4IG0A 2P51A 1T05A 2KFNA 1S9EA 3M8PA 2Z1JA 2LSNA 3F9KA 4EZ9A 2VG7A 3LPUA 3MAQA 5DK5A 2RF2A 1XWLA 2Z1IA 4GVMA 3VA3A 3CG7A 5K14A 3AVJA 5KTQA 3OYGA 2BANA 2YV0X 4BACA 1XC9A 1RBTA 3SV3A 2PYLA 4KO0A 3PX0A 2YHBA 1L3UA 3ZSWA 4FJJA 3HVRA 4CFAA 3DM2A 4JLHA 5HROA 2PYJA 1KVAA 4XIUA 3U3GA 3O3FA 3VQCA 4CHNA 3HSTB 1QTMA 3OYKA 3AVAA 1RT3A 2GBZA 3QINA 4OVLA 4HUEA 2X74A 3TANA 1LV5A 3AA4A 3PX6A 1C1BA 1SL1A 3LALA 4ZHRA 1XHXA 1JL2A 1CXUA 1A5WA 3CM5A 3SJJA 2QK9A 4KHSA 5J2NA 4CEFA 4F3OA 4FJGA 3DRPA 4OKJA 1C0MA 4CFDA 2YHAA 3L2QA 4B3OA 4AILC 1O1WA 4FXDA 1TL1A 4C8LA 2RPIA 3SNNA 4W5NA 3FFIA 4IDKA 4F3TA 1U47A 3DLRA 1TVRA 1VSEA 2Y1JA 1L3SA 4FK4A 2G8WA 1HMVA 2Z1GA 4LSNA 5CY4A 4DU4A 4DF4A 4Z0UA 2QXFA 1HYSA 4CJLA 1IKYA 2OPSA 4OKEA 3OVNA 4OKKA 1UA1A 1RBUA 5CZ1A 1RCHA 4KHNA 5HRNA 2QKBA 3CM6A 4CESA 4FW1A 4CJFA 5FRMA 3CFPA 1SV5A 2YNGA 3DLHA 1C1AA 3HP9A 3HT3A 3VQPA 4DU3A 1KSPA 4AHUA 3DI6A 3SPZA 5HRSA 1L3VA 4G1QA 1W0HA 3D45A 3CYMA 4CGJA 3L2UA 2B4JA 4LSLA 4W5RA 3K5OA 4E7HA 3IRXA 4FJIA 2I5JA 3P83D 4DTMA 3QEXA 4FK0A 4OPJA 3AVLA 3LZIA 4DQSA 3TAQA 2HVHA 4LH5A 3KKSA 2RKIA 4FM1A 1S1UA 4UQGA 1NK5A 3V1QA 2P5GA 1KRPA 4CEDA 4DTNA 2VG5A 3BGRA 4CGHA 1Q9YA 2XY8A 2G8UA 4H4OA 1EX4A 2D0AA 2OZMA 1BIZA 1S1WA 3QESA 5J1EA 4Y1CA 4BDZA 4O0JA 4DQPA 3RMBA 1CZBA 1IKWA 1FXXA 4TSXA 4DTJA 1D9FA 3KTQA 1RDAA 3U3YA 1FKPA 4LY7A 1SKSA 2VWJA 4FJ7A 4E1MA 4M3RA 3AO2A 3HL8A 3SQ1A 1WAFA 1C0TA 2YNHA 3MEEA 4KRFA 4N41A 3T1AA 1YTAA 1T03A 4M3TA 1LWCA 3SUPA 4M42A 1TAUA 4B9VA 3SUOA 1EKEA 4LH4A 4CIFA 1TK5A 1NK6A 4E7IA 1DTQA 4F4KA 1WSEA 4CF0A 4KV8A 4Q5VA 1BQMA 1TAQA 3PY8A 4ELVA 1W9HA 1NK9A 4NCAA 2HNYA 3AO4A 3AVGA 4CF9A 3L3VA 4CEAA 1NJZA 2B5JA 2KW4A 4FLZA 2A1RA 4GW6A 1ASUA 2G8FA 3SYZA 3ZSQA 4PUOA 4DG1A 1HQUA 3QIPA 3OYDA 5FDLA 4CEQA 4H8KA 3L2RA 4PY5A 3QO9A 3LPTA 3L2VA 1B9DA 3T3FA 1CZ9A 1SKWA 4K8ZA 1RT6A 4DMNA 1RDCA 3K57A 3SZ2A 3M8SA 3EZ5A 4JS4A 4HCCA 1BIUA 3V9WA 1DTTA 1LW0A 4CJQA 3OJUA 3OYMA 3ZT2A 3P5JA 4CEOA 1K6YA 3VA0A 1S9GA 3V9XA 5CZ2A 1RTDA 2DY4A 4CE9A 3ZT0A 4CK3A 4DLGA 4C8KA 1HYZA 1QS4A 1RBSA 3AO3A 4ID1A 4OGEA 1WSGA 1KVCA 4CJ3A 1S1XA 4CJWA 5EU7A 3VQ9A 2KZMA 2XY5A 4KHQA 3OS2A 3LANA 3KIOA 1HJRA 4BDYA 4KHYA 1IH7A 4KTQA 1WN7A 1JXEA 1CXQA 4CERA 4DQRA 4M3XA 5I3UA 3AVKA 4NCGA 4CK1A 2HHQA 4EZ6A 1WAJA 1HYVA 4O55A 3OYIA 4Q0BA 2HMIA 3E01A 3VQQA 2BDPA 3F73A 1B9FA 2Q3SA 3G0ZA 1UAXA 5HP1A 3UIQA 4IKFA 3KK3A 4WE1A 4CHOA 4DFMA 4IFYA 2ZQBA 3L3UA 4RW7A 1NK8A 1WSFA 4LD0A 3NDKA 2G8KA 3QETA 2G8IA 2KZZA 1QSYA 4KTWA 1JLEA 2FC0A 4CJEA 3HJFA 3AA5X 3SI6A 2PY5A 3RR8A 1F21A 4ELTA 4OPKA 2OPQA 3AVMA 3HP6A 4FLUA 4PQUA 1J9AA 4C8NA 1HRHA 3LZJA 1VK0A 2IS3A 4RW8A 1GOBA 4BDPA 4F8RA 1I3AA 4L8RB 3DOKA 2X6NA 3VQ8A 2VWKA 3V6DA 4Z4FA 4Z4GA 2HHXA 3LDSA 1TKXA 4IFVA 5KGWA 1N5YA 4MFBA 1IKXA 3DRSA 2HNZA 1GOCA 3V9UA 1U49A 2IC3A 1J54A 1LWEA 1D9DA 1X9WA 4HUGA 2A1SA 4DSJA 3K59A 4JS5A 4RW6A 3ZSVA 4KHWA 3QEWA 5HRRA 2GUIA 3SV4A 3QEPA 2HHTA 1VSHA 1U45A 3O4QA 5J2QA 2PZSA 4AHRA 4R5PA 4CHYA 1VSLA 1WLJA 4BE2A 3AVBA 1LWFA 3D0PA 4DTPA 4PA1A 4C8OA 4KTZA 4O4GA 1T8EA 4KAZA 4I2QA 4ZTJA 1FK9A 1KTQA 1VSDA 3AVIA 4BWMA 5KI6A 3CQ8A 1ZYQA 4CF1A 4J2EA 1XI1A 1ZBUA 4C8MA 3B6OA 4CEBA 4BE1A 1L5UA 1D8YA 3LWMA 2OA8A 1TKDA 3OYCA 1C6VA 4OJRA 4N5SA 3VQAA 1I39A 3NE6A 2OYQA 1UOCA 3V9ZA 4OLBA 4E0DA 4RW4A 1JKHA 4FYDA 3NF9A 1BGXT 3OYLA 4FJLA 3NF7A 3ZCMA 4FZYA 1ASWA 2IDOA 1IG9A 2XY6A 1ZBLA 1JLGA 5KRSA 1TL3A 1WNSA 4E7LA 4DTXA 2WONA 3LAKA 1LAWA 3I0SA 1NJXA 3RWUA 1HNIA 1KFSA 1RDDA 1QQCA 4NYFA 4F2RA 2G8VA 3TAPA 1S1VA 3VQBA 3NGZA 4DQQA 1L3TA 1Q9XA 4CGFA 1G15A 1S5JA 1SUQA 4CHZA 4FJNA 4DSKA 2O4GA 4M45A 5D3GA 1RBVA 3ZT1A 3NH0A 3CFRA 5HLFA 4M3UA 1BCOA 3TAGA 3WNEA 1HPZA 1KLMA 4RG8A 4N47A 3OS1A 3SUNA 4KB1A 3IS9A 1RT4A 2D5RA 4FLXA 3LP0A 3I0RA 4DS4A 1X9MA 3JYTA 3QEVA 5HRPA 3WNHA 3RMCA 4FJ8A 1WSIA 3AVFA 3VQEA 4KB0A 4KI4A 3O4NA 3M8RA 2G8HA 5CYMA 4EP5A 1HNVA 4KHUA 4B08A 1REVA 3LP2A 1RILA 4DLEA 4FLYA 1NJYA 3O3GA 4E89A 3P1GA 1LW2A 3WNFA 4AHVA 2X78A 3VQ4A 4J2DA 2GV9A 5SWMA 2F8SA 2R7YA 3MXJA 2KQ2A 2BGGA 3MXIA 4CK2A 4ICLA 2Y1IA 2IGIA 4B9MA 1ZBHA 3HPHA 2E6LA 4NCBA 4M41A 2YNIA 2IOCA 1VSFA 2AJQA 3SQ2A 3MECA 3NF8A 4EP4A 3U6FA 4CJTA 3SPYA 2D0CA 4B8AB 4W5TA 1RT5A 1U4BA 3M8QA 2HNDA 2YKNA 3ZSZA 3KLIA 5J2PA 4J2BA 3VQ7A 1UA0A 1BL3A 3AVNA 3O3HA 3L8BA 3DOLA 4AHSA 4CF2A 3NH2A 3VQDA 3TAMA 2ATQA 2F96A 3K5MA 1BI4A 4CJPA 4CJRA 1IKVA 3EYZA 3MXMA 1Q8IA 1NJWA 4QAGA 3BDPA 4CJ4A 1C0UA 1JL1A 2OZSA 4Y1DA 3I8DA 4CJVA 4H4MA 1SL2A 4CCHA 2B6AA 3LAMA 4CGDA 4BWJA 1TKZA 3HPGA 3SQ4A 4B9TA 4DSIA 2HHSA 2YNFA 3KLHA 4GMJB 4CEEA 3HXMA 3TI0A 4F2SA 1YVUA 1EP4A 3ZSXA 1QSLA 5SZTA 3ISNC 1LAVA 5C24A 3OS0A 4ZTFA 3PO4A 2HHUA 4FK2A 2XY7A 3LP1A 4CIGA 3DYAA 1NOYA 4FJ5A 3ITHA 3TABA 1VSKA 3HVTA 5C25A 3NCIA 2P1JA 1WSHA 4OGCA 3NFAA 3V9SA 3L2WA 4NYNA 4DTRA 3OYHA 3K58A 1RTIA 3ASMA 4J2AA 1KVBA 5E41A 1Z26A 1QE1A 1S6QA 1NK0A 3OYNA 3IAYA 3PX4A 4K8XA 1N6QA 1Z25A 1TK0A 4QOZB 1SL0A 4Z4CA 4HVJA 4CECA 2NUBA 4JRPA 5HBMA 1IO2A 4CJUA 3HM9A 2FBVA 3DLGA 4JRQA 1X9SA 4YNQA 4W5OA 4KI6A 3NAEA 4CJSA 3TAFA 3NF6A 3TWHA 3C94A 1TV6A 2FBXA 1VSIA 3K5LA 1KFDA 3C6UA 2DTUA 3ZSOA 3AO5A 1S1TA 4DQIA 2F8TA 4CHQA 1NKCA 3A2FA 1RTJA 1JLCA 1SKRA 1RT1A 4KREA 2EHGA 3OYAA 4FW2A 3HO1A 4DTUA 1RNHA 3THVA 1TGOA 1WSJA 4CJ5A 1T7PA 2RN2A 3OY9A 4N76A 4QCLA 3RMDA 4IBNA 5I42A 1NKEA 4AHTA 4Z4IA 3IG1A 3PUFA 3ZSYA 3AV9A 3OYFA 4CF8A 2XHBA 4B9NA 2YKMA 3C95A 3OYJA 4AHCA 3H08A 4W5QA 5J2MA 3VQ6A 1ASVA 3RTVA 4HCBA 1GOAA 1J5OA 1HQEA 3OYBA 2E4LA 1VRUA 1NK4A 2JLEA 3KK1A 4CGIA 4DSLA 3ZT3A 3TR8A 3NHGA 4FM2A 1QHTA 3VN5A 4I7FA 4E3SA 5FRNA 1VSMA 4KPYA 3T19A 3RRGA 2KFZA 1RBRA 4E19A 3JSMA 4O0IA 3AVHA 1YTUA 3LWLA 2ITGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZD1A 1U2VA 5AQIA 2FLOA 4HHTA 2HHWA 3HYFA 4E7JA 4NLCA 2D4WA 4B8CA 2HHVA 4MQ3A 5JMVA 1V4TA 4O5BA 3KLFA 2JGUA 1OH8A 2EX3A 4M3ZA 5HOOA 4CIEA 1Q18A 1RDBA 2ZWHA 3RR7A 4E1NA 3CJAA 1BHLA 4JV5K 3EY1A 2FBYA 1KD1O 4DSEA 3NGYA 4I9QA 4Z4EA 3MEDA 3SQ0A 2Q2RA 2P9UA 2O8FA 4DSFA 1IJJA 4X65K 1EXQA 3C7NB 4KFBA 1EWQA 3ALYA 1B92A 1TKTA 3AVCA 3B6PA 1NK7A 1A5VA 2O4IA 3HK2A 2O8EA 3VEOA 5DMRA 1W7AA 2BUPA 5A2QO 4CEZA 2XO7A 1NKBA 4FLVA 4RW9A 1OH5A 2DFHA 4IOCL 3QEIA 4K8XA 4IG3A 5AQMA 1MU2A 3P4IA 3DLKA 1NG9A 3HPOA 1R0AA 4YFUA 3VTHA 1YT3A 3IMXA 3G10A 3QERA 4DTSA 3TAEA 2P5OA 2OPPA 4LFAK 3CQYA 4YDUC 3PV8A 3TARA 1ATNA 3DMJA 4M3UA 4FM0A 2HB5A 1VQNN 1DKGD 2DFEA 2HW3A 4B1WB 5AQHA 3QLHA 2HBJA 4DWIA 3ENHA 3EE8A 4H5TA 5LMUK 1FKOA 1BI4B 2E2PA 3O9TA 4IG0A 2P51A 2VQFK 4ILGB 1TUYA 2D1KA 2LSNA 1FW6A 1RGIA 3Q7CA 5DK5A 3DXKB 5K14A 3AVJA 5KTQA 5BRFA 3SV3A 2O8BA 4BR7A 1VQON 1L3UA 4PL8A 5EXWA 4JLHA 5FPEA 3VQCA 2P9PB 4CHNA 1QTMA 1YITN 4DR4K 3H3OB 3CCMN 1LV5A 2X74A 1J6ZA 3HM8A 3CC2N 3AA4A 1C1BA 3LALA 1KAXA 5F0XA 1JL2A 5AZJA 4KHSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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