4AH9A

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
156
structure length
154
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 59
structure length 154
sequence length 156
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ah9A00
5C25A 1NKCA 3AO4A 4DF8A 4DG1A 4FLUA 3ASMA 4I9LA 4OLBA 3DI6A 3K5NA 1JLCA 2YKNA 5CZ1A 3RMBA 1HQEA 2X74A 3THVA 3MEDA 2G8IA 1IKWA 4E7KA 3AA5X 1RBUA 3O4QA 1EP4A 3BDPA 4KV8A 2X6SA 4B9LA 4CGDA 2XY8A 2G8HA 4KTZA 4W5QA 2FBTA 4BDZA 4EZ6A 4M3TA 1EXQA 2GBZA 4CJRA 1XHXA 1IKXA 1WSFA 3QO9A 2X6NA 2Z1HA 3VN5A 4ELUA 4CFAA 2ATQA 4IBNA 2F8TA 3M8SA 3PX4A 1F21A 1VRUA 3AVHA 1NK9A 5FDLA 1IG9A 3ZSRA 4I9QA 1Z26A 1BCMA 1A5VA 1U47A 4AHSA 4CJ5A 3ZCMA 5HP1A 4KHYA 1TKZA 1I39A 3OS0A 1JLFA 3DOLA 4DFPA 1X9WA 1KTQA 4DLEA 4G1QA 3UIQA 1KVBA 4B9TA 1HPZA 1NJZA 1VSLA 4KPYA 4I2PA 3HO1A 1HJRA 4DQPA 2XHBA 4DQSA 4FK4A 1SKWA 1CLQA 3V9XA 1C6VA 3VQPA 5KRSA 5KTQA 1Z25A 4FW2A 1S9GA 4IFYA 5K14A 3KLEA 4E7IA 1KCFA 1RBSA 4E1NA 2HHVA 4FXDA 1RTJA 3RRGA 1HQUA 3AA3A 3DMJA 2RPIA 4CEDA 3S9HA 1Q8IA 2D0CA 5T7BA 1U45A 4JRQA 1ZBIA 1BQNA 3TI0A 4CK2A 1S6QA 4FYDA 3VQ6A 1K6YA 5DMRA 3NGIA 1NJYA 4B9NA 1WSIA 4CJFA 4PWDA 1UOCA 1W9HA 2KZZA 4GVMA 4CERA 3LZIA 3HJFA 3NBPA 4BE2A 1VSEA 4FJLA 3KKRA 1ITGA 4FLTA 3L3VA 3V4IA 4OPJA 4CE9A 4DU1A 4CGFA 4CEZA 4DTJA 3WNFA 2A1SA 3ZT0A 4CJQA 1RCHA 3AVBA 2Z1GA 3G10A 4E3SA 4F3OA 3ZSYA 2JGUA 1QSYA 4J2EA 3HYFA 4KREA 4CF0A 3RMCA 4CEAA 1XC9A 3V1OA 1VSIA 2XRIA 2Y1JA 3OY9A 4PUOA 2VWKA 2G8FA 3LP1A 4KHQA 2YHAA 3RMAA 3F9KA 4Y1DA 3NCIA 3DLEA 1JKHA 1TL1A 2O4GA 1WAFA 2VG5A 3P1GA 3QLHA 1C0MA 4DQIA 4HUEA 3HPOA 1JXEA 3PO5A 4B9UA 4UQGA 3KK1A 4JS5A 3TAGA 4XIUA 1VSMA 4KO0A 3U3GA 4FLYA 4ZTFA 1KFDA 1NK8A 1LWFA 4HVJA 5J1EA 1RT5A 1TKXA 3LP2A 3NF9A 3RTVA 1S1VA 1G15A 3NGZA 3S3NA 4DSJA 1UAXA 3HP6A 1X1PA 1SL0A 1NKBA 4C8KA 3L2RA 4DSKA 4DSIA 1NKEA 3L2VA 4DMNA 4KHWA 3G0ZA 1QS4A 2R7YA 3IRXA 4Z0UA 3PX6A 1XHZA 3ZSVA 2D0BA 4L8RB 5FRNA 1C1BA 3DRRA 1TK0A 4W5NA 3B6OA 3CG7A 4N47A 3VQ7A 3ZSXA 3V9WA 2F8SA 3ISNC 4DTXA 1TAQA 3SQ0A 1BCOA 1HNVA 2KFZA 2PYLA 3LP3A 1TKTA 4BE1A 2OPSA 5SWMA 1S1XA 3L3UA 3D45A 1DLOA 2VG7A 3O3HA 3MEEA 3T1AA 4EZ9A 1CXQA 4PY5A 2AJQA 4ELVA 3SYZA 1EX4A 2QXFA 1A5XA 1JLGA 3L2UA 3NF6A 4QCLA 3VQCA 2ZQBA 4CEEA 1VRTA 2B5JA 4B3OA 4H4MA 4FM2A 3D0PA 4H8KA 2DFFA 1LW2A 3JYTA 4CHPA 4CGJA 3TAEA 4OGEA 4W5OA 3KD1E 3QESA 4DSLA 1EETA 4IDKA 3CYMA 3OYNA 3OYDA 3CFRA 4CIGA 1DTTA 3AVKA 4AHTA 4CIFA 3OYFA 3LWMA 1IKYA 4C8NA 1NOZA 3KLGA 4FM0A 4KTQA 3AVIA 3SUNA 3VQ9A 3HM9A 3IG1A 4CJLA 1NOYA 4J2BA 4N41A 1B9DA 2ZE2A 4W5TA 3QETA 4OVLA 1HYVA 4E89A 3DLHA 3DOKA 1RT4A 4KB1A 1GOBA 3HVRA 3K5OA 2E4LA 2DTUA 4LH4A 4E7LA 1T7PA 3LALA 3DYAA 2OPQA 3HP9A 3L8BA 1GOAA 2IS3A 4ICLA 1IO2A 3AO2A 3SQ1A 4CFBA 2A1RA 3SV4A 3TWHA 3TAFA 2EHGA 4NYNA 3EZ5A 3V1QA 4B9MA 3V9ZA 4KHSA 1VSHA 2D0AA 4F2SA 3V6DA 3P83D 3LWLA 4FM1A 4IKFA 4F4KA 2FBVA 4BDYA 4HUFA 4FJKA 1T03A 3NH0A 1FXXA 4DTRA 5HRPA 4BE0A 3QEVA 3AO1A 4JS4A 4CJKA 1EKEA 4AHVA 3OJSA 4DTSA 4OKEA 1YVUA 3V9UA 3WNGA 4FK2A 1S6PA 1JLQA 1CZ9A 3DLRA 4E1MA 4F8RA 4CEFA 3VA0A 2GUIA 3VQQA 3RWUA 4FJHA 4Z4GA 1RDCA 1LAVA 1S5JA 3VQ5A 2Z1JA 2IGIA 4I7FA 1WSHA 4EP4A 1TKDA 2F96A 1KSPA 4JRPA 4DF4A 4FJMA 4YFUA 2BE2A 3ZT1A 4B8CA 3HT3A 1SV5A 3OVNA 4NCBA 2WOMA 1L3UA 4LSLA 4DFKA 3KLIA 4FJ8A 4M3RA 3ULDA 5D3GA 4RW4A 4LY7A 2RF2A 4KI6A 4RW7A 4CIEA 3SNNA 5KGXA 1KFSA 1ZBFA 1J53A 2HNDA 4OLAA 3VQ4A 4RW6A 1Q9YA 1L3TA 2XY6A 3JSMA 3HPGA 3SCXA 4PQUA 4KI4A 4AH9A 1X9MA 3RRHA 4MQ3A 2HNZA 2B4JA 3DM2A 4DFMA 1N6QA 3ITHA 5CYQA 3C6UA 3SQ2A 4J2DA 4DSEA 2HVHA 2EX3A 1S9EA 4CHQA 4CF8A 4O0JA 1WAJA 1SL1A 1WSEA 3LAMA 4C8MA 4Z4HA 3PX0A 3I0SA 4FJ9A 1VSJA 3KIOA 3K57A 1TAUA 3SUOA 3QEPA 4K8ZA 4FZZA 3OYJA 3SI6A 1A5WA 4FLXA 3KLHA 2LSNA 1HYSA 4PA1A 3AA4A 4CGIA 3M8RA 5SZTA 1KVCA 1I3AA 1RT7A 5KRTA 4FCYA 3SPZA 3DLBA 4CHZA 2P51A 3CM6A 2OPRA 3NF7A 5KI6A 4CHNA 1B9FA 2QKBA 2PY5A 4ID1A 3KKSA 4B08A 4CCHA 3I0RA 4O4GA 2XY7A 3AVGA 4FJ7A 2OZMA 3I8DA 2YV0X 1FKOA 4BDPA 4DTOA 3LPUA 4RW8A 2PZSA 4FLWA 4CF1A 2PYJA 4LH5A 4FLVA 1QSLA 4C8LA 3K59A 4FZXC 4O0IA 2X78A 3C95A 2RN2A 3KD5E 1REVA 1KRPA 3AO3A 3AVJA 4GMJB 4TSXA 3L2QA 4NYFA 1RT3A 2O4IA 1TVRA 4FJXA 4DS5A 3O4NA 2YNFA 4I2QA 4AHUA 1IKVA 4DS4A 1RILA 3QNOA 1JL2A 1SUQA 4QAGA 1BIZA 3K58A 3C94A 3V9SA 5KGWA 2HMIA 5I3UA 4FJNA 1QTMA 3RR8A 3NE6A 3LDSA 1C1CA 3H08A 2G8UA 2B6AA 4GW6A 4HUGA 4FZYA 3EY1A 1LV5A 1BHLA 1RT6A 4CF9A 3MXMA 3FFIA 3PY8A 2NUBA 4OJRA 4FJGA 4M42A 1J9AA 1N5YA 1JL1A 1HMVA 2RKIA 3HL8A 4IG0A 3CM5A 5HBMA 2HHQA 5J2NA 1WSGA 2OZSA 3V1RA 5CYMA 3CQ8A 2JLEA 1RNHA 2E6LA 1MU2A 3IS9A 4FLZA 1IH7A 4BWMA 3ZSWA 4CHOA 1SKSA 1RTDA 3RR7A 4N76A 4M3UA 2KZMA 5FRMA 1JLEA 1LW0A 4N5SA 4F3TA 3SQ4A 1D8YA 2FC0A 3HPHA 3K5MA 2DY4A 3TAPA 3VQDA 4C8OA 2HNYA 4Q5VA 4DLGA 2IOCA 1RDBA 4N56A 5HLFA 4RW9A 4O5BA 4DU4A 1T8EA 4O55A 3VQEA 1J54A 1TK5A 4M45A 3VQ8A 1X9SA 2QKKA 4M3WA 2HHXA 4DSFA 4KFBA 3QINA 4FJJA 1RTHA 4DWIA 3EYZA 2Z1IA 3QIPA 4Z4FA 3PV8A 4CEOA 1L3VA 4CESA 1Y97A 1RBVA 1S1TA 4CFCA 3OYKA 3LANA 2IDOA 1FK9A 4B8AB 4CJPA 1NK5A 4B9SA 4Z4CA 4HCBA 3O3GA 5I42A 4M3XA 1JLBA 4CJWA 4DTPA 1C0TA 1QE1A 3MEGA 3SPYA 3OJUA 4R5PA 4OPKA 1LWEA 2HHTA 1RT1A 2P5OA 2OPPA 3NH2A 5E41A 3NDKA 1ZBHA 2KQ2A 2P5GA 1W0HA 3SUQA 1ZBLA 4AHCA 3O3FA 4YNQA 3MXIA 3KTQA 4CJ3A 1D9DA 3KJVA 3ZT3A 1YT3A 1B92A 3VQAA 4CK3A 2ETJA 3NH1A 3KLFA 3NHGA 1D9FA 1UA0A 3BGRA 1HRHA 1DTQA 1ASWA 3AVLA 2D5RA 3RMDA 1BL3A 3WNEA 1NK4A 4ID5A 1BIUA 1TL3A 3MXJA 1D5AA 1FKPA 5JS2A 4J2AA 4M41A 1QSSA 2VG6A 3T3FA 4KHNA 3LP0A 3QEWA 4M3YA 1ASUA 2ZD1A 1L5UA 4AHRA 1TV6A 4O44A 1KLNA 1NJWA 1S1UA 1TGOA 4HHTA 3DRPA 1WLJA 1BISA 1U04A 2IC3A 5HRRA 3ZSZA 3OYEA 2HVIA 4CJ4A 3QNNA 4E7JA 3QEXA 3AO5A 4CEQA 3OYIA 1RDDA 4ZHRA 1VSDA 1ZBUA 3NFAA 2Y1IA 4CJEA 4AILC 4CJUA 2GV9A 1L3SA 3SUPA 3QEIA 3A2FA 4BWJA 3WNHA 4CHYA 4E0DA 2KTQA 4FK0A 2XO7A 3K2PA 1KLMA 3S3OA 1SL2A 4ZTJA 1NK0A 3L2WA 1RBRA 3AA2A 4LD0A 1RBTA 1UA1A 4B9VA 3OYBA 2W42A 1U48A 1R0AA 1T05A 1YTUA 5CZ2A 3LPTA 1WNSA 3MECA 3S3MA 4F2RA 5J2PA 3CFPA 3TAQA 2BDPA 1RDAA 1VSKA 3AVNA 3VQBA 2YNIA 3ALYA 4IFVA 3U6FA 4DQRA 3TARA 4Q0BA 5JS1A 1WN7A 4QOZB 3F73A 3AVAA 2KW4A 3T19A 2OYQA 5HRNA 4K8XA 3HXMA 5HROA 4CF2A 3KK2A 4WE1A 4CK1A 1LAWA 1C1AA 3NAEA 3LZJA 1SKRA 2Q3SA 4NCGA 5J2QA 3SZ2A 2XY5A 4MFBA 4CJTA 1NJXA 4DU3A 2E6MA 2IAJA 2I5JA 3C6TA 2WONA 2FBXA 3PUFA 3SJJA 1S1WA 4IG3A 1RTIA 4OKKA 4Y1CA 2OA8A 5EU7A 3V81A 1LWCA 3CFOA 4CFDA 4LSNA 3VA3A 4DQQA 1U49A 1Q9XA 3OYGA 1BI4B 2BANA 1UWBA 4Z4EA 3TAMA 3OYHA 3QERA 3KK3A 1VSFA 4KKOA 3OYCA 4CECA 1CXUA 1BGXT 1JXBA 4KHUA 2BGGA 1U4BA 3E01A 5HRSA 1QQCA 3TR8A 4Z4IA 2QK9A 5CY4A 2HHWA 2YNHA 5C42A 3TABA 1HNIA 1J5OA 3M8PA 2YHBA 2YNGA 4FJIA 3DLGA 5DK5A 4FW1A 2HB5A 3NGYA 1BI4A 3AVFA 1YTAA 4HTUA 2YKMA 4NCAA 2HHSA 1VK0A 3HSTB 4KB0A 3TANA 4FVMA 1HYZA 3HVTA 3ZT4A 4E19A 4CJVA 3MAQA 3B6PA 3OS2A 1O1WA 3SV3A 2P1JA 1XI1A 1NK7A 1GOCA 4OGCA 4M3ZA 5FROA 3OS1A 3DRSA 4RG8A 3AVCA 4CJSA 3U3YA 4KAZA 2G8WA 1QHTA 4CEBA 4OKJA 4KRFA 3NF8A 4DTMA 1BQMA 3DLKA 4JLHA 1RT2A 1WSJA 3OYAA 2G8KA 3PO4A 4HCCA 2ITGA 2DFHA 3M8QA 4EP5A 4ELTA 5C24A 1CZBA 4H4OA 1TK8A 3HK2A 2HW3A 1ASVA 4KTWA 4CGHA 1JLAA 2DFEA 1C0UA 3K5LA 2G8VA 3QIOA 1KVAA 1ZYQA 3ZSQA 4DTNA 2KFNA 4E7HA 1NK6A 3ZT2A 2FBYA 3P5JA 3LAKA 3OYLA 2VWJA 4FJ5A 4CGGA 4DFJA 3IAYA 2HHUA 4DTUA 3ZSOA 4W5RA 3AVMA 3AV9A 5J2MA 4BACA 3OYMA 1XWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JVGL 1NKCA 1NM1A 3EZWA 4DF8A 4FLUA 3BUZB 2HF3A 3DI6A 3K9JA 2YKNA 5CZ1A 4BROA 5M1QA 2X74A 3THVA 3MEDA 3WT0A 2G8IA 2O8CA 3CCLN 3KWIA 3AA5X 3BDPA 1EP4A 2RHKA 3HTVA 4CGDA 2Q2RA 5BPMA 4EZ6A 4M3TA 3ZETA 2GBZA 4CJRA 1HPMA 2X6NA 2Z1HA 2P9IB 4CFAA 1QVGM 3M8SA 1NK9A 3ZSRA 1Z26A 1U47A 3ZCMA 4KHYA 3UIQA 1KVBA 4U7BA 1ZXOA 4DR6K 2E2QA 3A5LC 5JLFA 3R9PA 4I2PA 5JLHA 4DQSA 5IT9O 3THYB 5KRSA 5KTQA 2HHVA 1KAYA 3PSIA 1JCFA 4CEDA 1Q8IA 2D0CA 3ID6A 2F7TA 1ZBIA 2QTDA 4CK2A 4JHDA 4FYDA 3FE1A 4NO7A 4GVMA 4DB3A 3LZIA 2NLXA 3HJFA 4BE2A 4FJLA 3L3VA 3V4IA 1WBDA 1ESVA 3MWTA 5I9EB 2A1SA 3C6AA 3J7AP 2FSJA 2Z1GA 3O9SA 3R3LA 4CJQA 4J2EA 2JGUA 2O8FB 1YVNA 3CJCA 1XC9A 1VSIA 3O80A 3D2EB 2QWNA 1T3VA 1QZ5A 4PUOA 4KHQA 2DPNA 4Y1DA 1JKHA 2O4GA 3P1GA 3T7ZA 1C0MA 3WXIA 3MK6A 2GELA 4HUEA 2HBLA 3O6WA 1VQ8N 3TAGA 2YHWA 1KFDA 1NK8A 1RT5A 5KPRA 3RTVA 4DSJA 3HP6A 2YJFA 3I33A 4DSKA 4B3TK 1XHZA 4GV6A 1NU0A 4W5NA 1TK0A 1HNZK 3H3OB 2F8SA 2HMPA 4WFBL 1BCOA 1Y64A 2OPSA 3O3HA 3T1AA 4EZ9A 2QXFA 1A5XA 4DV3K 2B5JA 4A5BA 3THWA 1LW2A 1P8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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